深圳地区2001～2004年肠道病毒71型部分VP1区基因分析

肠道病毒71型（Enterovirus type71,EV71）自1974年Sehmidt等人首次报道从美国加利福尼亚暴发的表现为中枢神经系统症状的患者标本中分离到后,世界上许多国家相继报道了EV71在不同地区的流行。近年来EV71在亚洲地区的流行呈上升趋势。目前已知EV71的感染可以导致手足口病、无菌性脑膜炎、脑炎和脊髓灰质炎样的麻痹性疾病等多种与神经系统相关的疾病。EV71已经取代脊髓灰质炎病毒成为肠道病毒中最受瞩目的成员。根据病毒衣壳蛋白VP1核苷酸序列的差异,可将EV71分为A、B、C3个基因型。     

肠道病毒71型中国分离株全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH98基因组建立了覆盖全基因组的5个首尾重叠的克隆,并在此基础上进行了全基因组(未包括多聚腺苷酸尾)7408个碱基的核苷酸序列测定.数据分析表明,SHZH98株与其他EV71毒株相比,5′UTR和3′UTR的长度和序列有一定的差异.同源性分析发现,与免疫源性密切相关的P1结构蛋白基因与台湾流行株的同源性最高,与欧美流行株的同源性较低,P2,P3区非结构蛋白基因的同源性与Coxsakievirus A16及MS,BrCr株较高,而与台湾流行株相比则较低.遗传进化分析发现,SHZH98株结构蛋白基因与台湾流行株亲缘关系较近,而非结构蛋白基因与Coxsakievirus A16及MS,BrCr株的亲缘关系较近.上述结果在分子水平上对肠道病毒71型中国分离株进行分析,并探索了中国分离株的可能进化途径,有助于肠道病毒71型及整个肠道病毒的基础研究和我国对于EV71所致疾病的预防.     

肠道病毒71型SHZH03株VP1基因的进化分析

构建了肠道病毒71型（EV71）中国（深圳）分离株SHZH03全基因组的8个相互重叠的克隆,对其全基因组7406bp的核苷酸进行序列测定,利用DNA—Star软件分析外壳蛋白基因VP1的遗传进化。结果表明,SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的台湾1998年流行株、日本1999年流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000年和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与一些欧洲流行株有较大的差异。以上结果说明我国深圳地区流行的肠道病毒71型有可能来源于台湾1998年的EV71大规模流行时的毒株。     

肠道病毒71型北京分离株VP4基因序列及蛋白抗原性分析

为探讨肠道病毒71型(EV71)VP4基因序列与手足口病(HFMD)不同临床类型之间的关系,分析重组蛋白EV71 VP4的抗原性,并初步探讨其与柯萨奇病毒A16(CA16)重组蛋白VP4是否存在交叉反应性,对2007~2009年从北京患HFMD儿童标本分离到的10株EV71的VP4基因进行克隆测序,运用生物学软件对测序结果进行比较分析,并选择其中1株与1株同期分离的CA16的VP4分别进行原核表达;用表达产物对189份正常体检的成人及来首都儿科研究所就医的非HFMD患儿血清中的IgG进行Western Blot检测,并分析14份确诊为EV71感染和12份CA16感染患者急性期血清中的IgM抗体。分析表明这10株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.20%~100.00%,所推导的氨基酸序列则完全相同,从重症与轻症患儿分离的毒株之间VP4的核苷酸序列未见一致性的差异,基于EV71 VP4基因核苷酸序列的进化树分析表明2007~2009年北京地区所流行的毒株均属于C4亚型;本研究中EV71和CA16的VP4核苷酸序列的同源性为69.60%,所推导的氨基酸序列的同源性为78.60%,在运用Western Blot检测189份血清中的VP4特异性IgG时,EV71 VP4的血清阳性率为38.10%,说明其具有良好的抗原性,CA16 VP4的血清阳性率为58.20%,两者差别具有显著统计学意义(2χ=15.30,P<0.01),提示EV71 VP4与CA16 VP4没有交叉反应性;在用表达的VP4检测已确诊为相应病毒的特异性IgM时,两者皆为阴性,提示感染后机体对VP1和VP4产生不同的反应。     

我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH03进行了全基因组(未包括多聚腺苷尾)7406个碱基的核苷酸序列测定.结果表明,SHZH03株与其它肠道病毒71型毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,其5′UTR和3′UTR区的长度和序列有一定的差异.核苷酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与SHZH98株、中国台湾流行株(TW2086、TW2272)的同源性较高(分别为92.5%,90.1%和87.9%),与新加坡流行株SIN5666、SIN5865及标准株MS、BrCr的同源性则在81%左右,而与Coxsackievirus A16(Cox.A16)的同源性最低(63.6%).氨基酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与Cox. A16的同源性最低,但在P2和P3区SHZH03株与Cox.A16的同源性最高.P1区的遗传进化分析表明,SHZH03株和中国台湾1998年流行的EV71毒株的亲缘关系较近,属于同一型(genogroup),而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远.上述结果有助于肠道病毒71型的基础研究和中国对于EV71所致疾病的预防.     

人肠道病毒71型与手足口病的分子流行病学及其分子进化

人肠道病毒71血清型(Enterovirus 71, EV71)是手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)的主要病原体之一,除了引起手、足和口腔等部位出现疱疹的手足口病典型症状,还能引起无菌性脑膜炎和急性迟缓性麻痹等神经系统并发症并致死亡。EV71在历史上曾经造成多起手足口病疫情,尤其是1997年之后,在亚太地区发生了大规模的手足口病疫情,造成了大量的手足口病病例和死亡病例。手足口病尚无上市疫苗和抗病毒药物,主要依赖对症治疗,因此对EV71的分子流行病学和分子进化研究对手足口病的监测和防控具有重要意义。文章对EV71基因型的分类、时空分布、进化特征和模式以及所造成的代表性疫情进行了综述,为EV71致病机制、抗病毒药物和疫苗的研究以及对手足口病疫情的监测和防控提供启发。     

3株肠道病毒71型毒株的全基因组序列分析

目的：对获得的3株肠道病毒71（EV71）型毒株进行全基因组序列测定,并对其进化特点及分型进行初步分析。方法：提取病毒RNA,反转录得到eDNA,PCR分段扩增覆盖病毒全长序列的6个重叠片段（不包括多聚腺苷酸尾）;用软件将3株EV71的备片段序列进行拼接、编辑和校正,随后进行氨基酸翻译及序列比较;用MEGA4.1软件构建系统进化树。结果：获得了3株EV71的全长序列：GDV103株基因组全长7404 nt,包括741bp的5’端非编码区（UTR）、6582bp的病毒基因组编码区（ORF）及81bp的3’UTR;安徽株（Anhui2007）基因组全长7405nt,包括742bp的5＇UTR、6582bp的ORF及81bp的3＇UTR;VR1432株基因组全长7408nt,包括743bp的5’UTR、6582bp的ORF及83bp的3’UTR长。经同源性比对和进化树分析,证实GDV103和安徽株EV71属于C基因型的C4基因亚型。而VR1432株则属于C基因型的C2基因亚型。结论：获得了3株EV71的全长基因组序列,并进一步探讨了其型别,为下一步的干扰素保护宴,哈重定了基础．     

2009年广州人肠道病毒EV71型分离株重组分析

对人肠道病毒EV71型2009年广州分离株Guangzhou09构建序列系统进化树并分析其重组特点。P1、P2和P3区种系发生进化树提示该分离株发生重组,相似性曲线以及bootscan进一步分析显示该分离株于非结构编码蛋白2B片段区(核苷酸位置4 027bp)处存在EV71亚型C4Shanghai-FJ713137与CVA409-HQ728260型间重组。该分离株与中国大陆目前优势株流行趋势一致,是广州首例发生型间重组且由C4亚型及CVA4型发生重组。     

肠道病毒71型外壳蛋白VP1在Pichia pastoris酵母中的表达

利用逆转录聚合酶链式反应(RT PCR)扩增肠道病毒71型(EV71)外壳蛋白VP1基因,经序列测定证实后,构建重组表达质粒pPIC9K/VP1,转化Pichiapastoris酵母宿主菌GS115,甲醇诱导表达。SDS PAGE分析显示:表达产物的分子量约为34kD,与天然VP1大小一致。凝胶薄层扫描分析显示:目的蛋白表达量占培养上清总蛋白的60%以上。ELISA实验表明,重组蛋白VP1具有较好的抗原性。使用饱和硫酸铵分级沉淀法初步纯化的表达产物,能够较特异性地与EV71感染者血清中的抗体产生反应,而且与抗柯萨奇病毒A16特异性抗体不产生反应。通过利用表达产物作为抗原,对156份血清的检测初步证实,重组蛋白VP1可以作为检测EV71感染的的检测用抗原。     

The complete genome of Enterovirus 71 China strain

Five overlapping clones covering the full genome of Enterovirus 71 China strain SHZH98 were obtained and then the sequences were determined by the chain termination method. It showed that the full length of EV71 SHZH98 genome (not including Poly A tail) is 7408 bp. There are some diversities on the lengths and sequences of 5′ UTR and 3′ UTR between SHZH98 and the other EV71 strains. In P1 capsid region, which is closely associated with viral immunogenicity, EV71 strain SHZH98 shares the highest homology with Taiwan strains; but in P2 and P3 non-structural gene regions there are higher identities with Coxsakievirus A16 and EV71 strains MS, BrCr than with Taiwan strains. Phylogenetic tree constructed by structural gene region indicates that China strain SHZH98 has a closer relationship with Taiwan strains, however, in the non-coding region it has a closer relationship with Coxsakievirus A16, EV71 strains MS and BrCr. EV71 China strain was analyzed at the molecular level. The results will contribute to the basic study on enteroviruses and the EV71 prevention in China.     

Genetic analysis of the VP1 region of human enterovirus 71 strains isolated in Fuyang,China, during 2008

Enterovirus 71 (EV71) is a common cause of Hand, foot, and mouth disease (HFMD) and may also cause severe neurological diseases, such as encephalitis and poliomyelitis-like paralysis. To examine the genetic diversity of EV71, we determined and analyzed the complete VP1 sequences (891 nucleotides) from nine EV71 strains isolated in Fuyang, China. We found that nine EV71 strains isolated were over 98% homologous at the nucleotide level and 93%-100% homologous to members of the C4 subgenogroup. At the amino acid level, these Fuyang strains were 99% -100% homologous to one another, 97%-100% homologous to members of the C4 subgenogroup, and the histidine(H) at amino acid position 22 was conserved among the Fuyang strains. The results indicate that Fuyang isolates belong to genotype C4, and an H at position 22 appears to be a marker for the Fuyang strains.     

The complete genome of Enterovirus 71 China strain

Five overlapping clones covering the full genome of Enterovirus 71 China strain SHZH98 were obtained and then the sequences were determined by the chain termination method. It showed that the full length of EV71 SHZH98 genome (not including Poly A tail) is 7408 bp. There are some diversities on the lengths and sequences of 5' UTR and 3' UTR between SHZH98 and the other EV71 strains. In P1 capsid region, which is closely associated with viral immunogenicity, EV71 strain SHZH98 shares the highest homology with Taiwan strains; but in P2 and P3 non-structural gene regions there are higher identities with Coxsakievirus A16 and EV71 strains MS, BrCr than with Taiwan strains. Phylogenetic tree constructed by structural gene region indicates that China strain SHZH98 has a closer relationship with Taiwan strains, however, in the non-coding region it has a closer relationship with Coxsakievirus A16, EV71 strains MS and BrCr. EV71 China strain was analyzed at the molecular level. The results will contribute to the     

Reverse Genetic Analysis of Adaptive Mutations within the Capsid Proteins of Enterovirus 71 (EV-A71) Strains Necessary for Infection of CHO-K1 Cells

正Dear Editor,Previous studies had described the adaptation of enterovirus 71 (EV-A71) strains that enabled entry and viral replication in Chinese Hamster Ovary (CHO) cell line(Zaini and Mc Minn 2012; Zaini et al. 2012). These adapted     

肠道病毒ECHO20血清型鉴定和VP1序列初步分析

肠道病毒(Enterovirus)是最常见的人类致病病毒之一,包括脊髓灰质炎病毒、柯萨奇A组病毒、柯萨奇B组病毒和ECHO病毒。一般认为大多数肠道病毒感染症状轻微或不明显,然而有时肠道病毒感染也可能是严重甚至致命的[1]。2004年云南省潞西县局部地区发生小规模的甲肝流行,我们从当地     

肠道病毒ECHO20血清型鉴定和VP1序列初步分析

肠道病毒(Enterovirus)是最常见的人类致病病毒之一,包括脊髓灰质炎病毒、柯萨奇A组病毒、柯萨奇B组病毒和ECHO病毒.一般认为大多数肠道病毒感染症状轻微或不明显,然而有时肠道病毒感染也可能是严重甚至致命的[1].2004年云南省潞西县局部地区发生小规模的甲肝流行,我们从当地部分患者粪便标本中分离到多株甲肝病毒,同时,经过肠道病毒组合血清和单价血清的中和试验,证明患者为甲肝和ECHO20病毒双重感染.通过文献检索我们发现,国内对ECHO20病毒的相关研究极少,且多限于病毒的血清学分离鉴定,而对其重要的衣壳蛋白编码基因vp1的测定和分析尚未见报道,为阐明ECHO20分离株的分子流行病学特征,分析其基因变异规律,探讨我国分离株和国外分离株的区别和联系,我们测定了编码重要抗原决定簇的整个vp1序列,并和GenBank中已有的ECHO20病毒vp1基因序列进行了比较分析.