多数据库分析肝细胞癌中GLTPD2的表达及临床意义

人类糖脂转运结构域2蛋白(GLTPD2)是糖脂转运蛋白(GLTP)家族的一个新成员.本研究的目的在于通过生物信息学分析,探究GLTPD2在肝细胞癌(LIHC)中的表达及临床意义.利用TCGA数据库的第三方在线工具LinkedOmics分析GLTPD2的表达与LIHC各临床病理特征的关系;利用Ualcan工具分析GLTP...     

基于在线数据库的鳞翅目刺蛾科昆虫物种多样性及其全球分布格局

鳞翅目刺蛾科昆虫在全球范围内广泛分布, 是重要经济林、行道林的主要害虫。本研究通过对在线数据库中刺蛾科昆虫分布数据进行整理分析, 阐明其在全球范围内的物种多样性及分布格局, 并初步探讨造成其物种分布不均的原因, 从而为物种多样性保护及害虫防治提供科学依据。通过检索生物条形码数据库(Barcode of Life Data System V4, BOLD V4)和全球生物多样性信息数据库(Global Biodiversity Information Facility, GBIF)中记录的标本信息, 并结合部分地区鳞翅目昆虫名录及野外采集样本数据, 对刺蛾科昆虫的分布信息进行汇总分析并绘制分布图。统计得到具有明确地理坐标的刺蛾科昆虫分布信息61,947条, 共187属637种。结果表明, 在世界动物地理区系尺度上, 东洋区刺蛾科昆虫物种多样性最高, 共72属, 古北区31属, 澳新区及新热带区均为27属, 非洲热带区22属, 新北区19属。在国家尺度上, 中国存在刺蛾科昆虫123种, 越南116种, 其次为哥斯达黎加(75种)和澳大利亚(69种)。中低纬度地区具有较高的刺蛾科昆虫物种多样性和丰富度, 这有可能与该地区的气候历史条件及丰富的寄主植物资源有关。     

生物谱系命名法规简评

基于林奈命名法和林奈分类系统的生物分类系统已经存在250多年并仍然为广大生物学工作者使用,由此产生的国际动物、植物、细菌的命名法规亦执行了100年(1905年,国际植物命名法规第1版产生),并在不断修订.随着分类方法的不断进步,林奈分类系统的一些缺陷逐渐显露,一种被称为生物谱系命名法规(PhyloCode)的新的命名法出现在人们眼前.这种基于系统发育系统学的命名法规一经问世就引起诸多争论,但是,作为一种新的命名法规,无论与传统的命名法规融合还是独立发展,对于已有的分类系统都是一个新的机遇和挑战.     

国际植物命名法规简介(Ⅱ)

本篇将介绍法规的基本原则和一些常用的术语。原则是作为制订法规的基础,按照这些原则(Princip1c)制订出详细的条款。条款分成“规则”(Rule)和“辅则”(Recommendation)。规则的任务是以整顿过去     

国际植物命名法规中的术语介绍

现今,国际上已普遍接受国际植物命名法规(International code of botanical nomenclature)作为管理植物学(包括藻类学和真菌学)科学命名的规则。该规则由历届国际植物学大会的命名法分会会议修订,因而每六年出版一次修订版。最新版的维也纳法规     

海洋生物多样性信息资源

海洋生物多样性甚高, 但却饱受人为的破坏及干扰。目前全球最大的含点位数据的在线开放性数据库是海洋生物地理信息系统(OBIS), 共约12万种3,700万笔资料; 另一个较大的数据库世界海洋生物物种登录(WoRMS)已收集全球22万种海洋生物之物种分类信息。除此之外, 以海洋生物为主的单一类群的数据库只有鱼库(FishBase)、藻库(AlgaeBase)及世界六放珊瑚(Hexacorallians of the World)3个。跨类群及跨陆海域的全球性物种数据库则甚多, 如网络生命大百科(EOL)、全球生物物种名录(CoL)、整合分类信息系统(ITIS)、维基物种(Wikispecies)、ETI生物信息(ETI Bioinformatics)、生命条形码(BOL)、基因库(GenBank)、生物多样性历史文献图书馆(BHL)、海洋生物库(SeaLifeBase); 海洋物种鉴定入口网(Marine Species Identification Portal)、FAO渔业及水产养殖概要(FAO Fisheries and Aquaculture Fact Sheets)等可查询以分类或物种解说为主的数据库。全球生物多样性信息网络(GBIF)、发现生命(Discover Life)、水生物图库(AquaMaps)等则是以生态分布数据为主, 且可作地理分布图并提供下载功能, 甚至于可以改变水温、盐度等环境因子的参数值, 利用既定的模式作参数改变后之物种分布预测。谷歌地球(Google Earth)及国家地理(National Geographic)网站中的海洋子网页, 以及珊瑚礁库(ReefBase)等官方机构或非政府组织之网站, 则大多以海洋保育的教育倡导为主, 所提供的信息及素材可谓包罗万象, 令人目不暇给。更令用户感到方便的是上述许多网站或数据库彼此间均已可交互链接及查询。另外, 属于搜索引擎的谷歌图片(Google Images)与谷歌学术(Google Scholar)透过海洋生物数据库所提供的直接链接, 在充实物种生态图片与学术论文上亦发挥极大帮助, 让用户获得丰富多样的信息。为了保育之目的, 生物多样性数据库除了整合与公开分享外, 还应鼓励并推荐大家来使用。本文乃举Rainer Froese在巴黎演讲之内容为例, 介绍如何使用海洋生物多样性之数据来预测气候变迁对鱼类分布的影响。最后就中国大陆与台湾目前海洋生物多样性数据库的现况、两岸的合作及如何与国际接轨作介绍。     

全球啄木鸟濒危格局及研究现状

啄木鸟科物种作为初级洞巢者与蛀干害虫控制者,对森林高度依赖,是森林生态系统重要的伞护种和环境指示物种。自20世纪以来,由于全球范围的栖息地丧失和片段化,啄木鸟科物种的森林生境急剧萎缩,威胁着该类群物种的生存和繁衍。为探究啄木鸟科动物濒危情况和研究现状,本研究利用世界自然保护联盟濒危物种红色名录(IUCN Red List)和国际鸟盟(BirdLife International)在线数据库,检索并整理出1988年到2023年以下内容：(1)全球啄木鸟的物种数、濒危等级及其变化情况;(2)各大洲的啄木鸟物种数及其受威胁物种的比例;(3)啄木鸟的主要威胁因素;(4)通过Google学术搜索等方式检索并统计啄木鸟相关文章的研究内容。结果显示：(1)目前现存254种啄木鸟,33年间全球受威胁啄木鸟由7种增加至18种,受威胁物种数占当年已命名啄木鸟物种数的比例由3.4%上升至7.0%。(2)亚洲、南美洲和北美洲各分布了83种、93种和56种啄木鸟,受威胁物种占比分别为12.0%、6.4%、5.3%。非洲和欧洲分别分布了36种和11种啄木鸟,当前没有受威胁物种。(3)农业和生物资源利用以及放牧是啄木鸟的主要威胁因素。(4)共检索到研究啄木鸟的有关文章1 024篇,研究覆盖了140种啄木鸟,其中,文章数最多的物种是红顶啄木鸟(Leuconotopicus borealis)(162篇)。研究主要集中在巢相关特征(129篇)、生境选择特征(122篇)、取食行为(112篇)、繁殖行为(99篇)和种群状况(66篇)等基础生态学内容。这些研究为啄木鸟生物学、生态学积累了一定的基础,但物种覆盖程度还远远不够。在生物多样性急剧丧失的大背景下,亟需开展更为广泛和深入的研究。本研究对全球啄木鸟的濒危格局与研究现状进行了全面的分析,以期为后续啄木鸟的研究与保护工作提供参考。     

全球外来入侵生物与植物有害生物数据库的比较评价

[目的]为了明确全球生物安全与植物保护领域内数据库建设进展和我国数据库的建设成效,对全球重要的外来入侵生物与植物有害生物数据库进行分类介绍和比较评价研究.[方法]根据数据库收录物种的地理范围、类群及数据库特色功能,对数据库进行分类.对重要数据库的主要功能进行简要介绍,设立多指标评价体系将我国数据库与国际优质数据库进行比...     

基于网络药理学和分子对接技术的生姜挥发油治疗头风病作用机制研究

通过网络药理学和分子对接的方法探讨生姜挥发油治疗头风病的作用机制.采用气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术测定生姜挥发油的化学成分,通过TCMSP和Swiss Target Prediction在线分析工具对生姜挥发油的靶点进行预测,通过Drugbank、OMIM和DisGeNET数据库对头风病疾病的靶点进行预测,绘制...     

食品常见真菌毒素的危害及其防止措施

真菌毒素是一类由真菌产生的普遍存在的化合物。危害人类健康的真菌毒素主要源于曲霉Aspergillus、青霉Penicil-lium、麦角菌属Claviceps和镰刀菌Fusarium等产生的次生代谢物。从全球范围来看,粮食安全问题经常是由谷物、坚果、水果和绿色咖啡豆上的真菌毒素造成的。其中,玉米和花生仁中的黄曲霉素经常超过安全阈值。在以这些食物作为主食的地处温暖和潮湿气候国家的消费者特别容易食用到黄曲霉素污染的食物。而真菌毒素往往会引起人类和动物急性中毒、慢性中毒和致癌。其不可避免地、广泛地、持续地影响着全球人类的健康。目前的防止措施包括选用抗真菌植物、采用适当方法贮藏食物以及食用绿色蔬菜等来预防癌症等。本文阐述了食品中常见真菌毒素的污染情况及其毒性,并对常用防止措施进行了综述,以期为食品真菌毒素防控工作提供参考。     

全球虾青素研究专利计量分析

由于虾青素具有极高的应用价值,近几十年来,虾青素的应用研究取得了很大的进展。本文以Derwent Innovations Index(DII)数据库为统计分析源,检索并分析了数据库中关于虾青素的所有专利产出,利用Thomson Data Analyzer(TDA)分析工具和Thomson Inovation分析平台进行数据挖掘。通过对专利申请趋势、高产机构、核心技术、专利布局、热点技术领域等方面的计量分析,揭示了全球虾青素技术的发展现状,探索我国发展虾青素技术面临的机遇与挑战。虾青素的应用集中在鱼类饲料的添加剂和疾病治疗两个领域。日本、美国和中国为排名前三的优先权受理国,日本公司的申请数量占主导地位,从专利布局看,杜邦和东曹公司几乎全部集中在发酵或使用酶的方法合成目标化合物或组合物或从外消旋混合物中分离旋光异构体和微生物或酶其组合物这两个领域,而排名靠前的日本公司的研究领域主要集中在医用、牙科用或梳妆用的配制品、食品、食料或非酒精饮料制备或加工处理以及化合物或药物制剂的特定治疗活性三个领域。     

Fact Sheet Fusion:生物多样性自动化建库工具

随着全球对生物多样性保护和持续利用的重视,在现代信息技术支撑下,生物多样性数据库和信息系统不断趋向多媒体、超链接和分布式等特点.Fact Stleet Fusion (FSF)是一款顺应该发展趋势的生物多样性自动化建库工具,生物分类专家无须设计编辑数据库和网页,就可快速设计与创建规范标准、风格统一、维护简便的生物信息系统.文章介绍它的建库框架和功能特色,并以膜翅目茧蜂科滑茧蜂属Homolobus昆虫为例简要说明如何应用FSF建立昆虫多样性信息系统.     

新版国际植物命名法规(维也纳法规)中的主要变化

出版于2006年9月的最新版的《国际植物命名法规》,即维也纳法规（Vienna Code）,取代了圣路易斯法规（Saint Louis Code）而成为管理植物学（包括藻类学和真菌学）科学命名的唯一有效法规。本文报道了维也纳法规和圣路易斯法规之间的主要区别。这些区别包括两版法规在起始日期、有效发表、合格发表、化石植物、多型真菌、拼写和附录诸方面的不同。     

生物酶降解真菌毒素的研究进展

真菌毒素是真菌在其生长代谢中产生的一种次级代谢物,已成为食品和饲料行业中广泛存在的污染源。降解真菌毒素是食品工业和农业中的一个重要课题。随着生物技术的发展,生物脱毒逐渐取代传统的物理、化学脱毒成为了真菌毒素降解的主流方法。目前,已经有很多的微生物被证实能够降解一些真菌毒素。本文中,笔者将针对一些常见的真菌毒素进行总结归纳,对其特征进行概述,并列举其相应的生物降解方法。另外,总结了一些与真菌毒素相关的新的酶或微生物,并对一些新的技术(如蛋白质工程等)在真菌毒素降解中的应用进行讨论。     

全球转基因大豆专利信息分析与技术展望

转基因大豆作为目前转基因作物推广种植面积最广的作物,在保障人类油料与饲料供给上发挥着重要作用。基于智慧芽数据库(PatSnap)对欧盟、美国及中国等国家地区1985~2016年收录的全球转基因大豆技术领域专利文献进行统计分析,得出全球转基因大豆专利信息的总体发展趋势、研发热点及技术分布与格局,并对比分析了我国转基因大豆研发的竞争力,对未来转基因大豆的产业发展提出了展望。     

RNA研究的网络资源

随着RNA功能多样性的发现,RNA研究领域日益受到重视,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长.利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示.与此同时,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网络站点的建设,为RNA的研究带来了极大的方便.介绍了RNA序列和结构数据库、软件资源以及一些常用的在线分析工具,文中所列网络资源均可在http://dna.sibc.ac.cn/bio/rna.html上浏览.     

·信息服务·RNA研究的网络资源

随着RNA功能多样性的发现,RNA研究领域日益受到重视,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长.利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示.与此同时,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网络站点的建设,为RNA的研究带来了极大的方便.介绍了RNA序列和结构数据库、软件资源以及一些常用的在线分析工具,文中所列网络资源均可在http://dna.sibc.ac.cn/bio/rna.html上浏览.     

基于DNA条形码的四川老君山国家级自然保护区尺蛾科昆虫种类鉴定

为了解四川老君山国家级自然保护区鳞翅目Lepidoptera尺蛾科Geometridae资源,于2019年6—8月和2020年5—6月通过灯诱法采集2402号标本,运用DNA条形码技术对标本进行分子鉴定.通过BOLD数据库,邻接法构建系统发育树和ABGD在线工具对获得的297条线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因...     

世界上已知维管植物有多少种? 基于多个全球植物数据库的整合

维管植物是地球上生物多样性的重要组成部分, 拥有超过200年的研究历史。然而, 世界上有多少种维管植物, 其中有多少种已被发现和描述等问题迄今仍未很好回答。本文整合分析了全球4个主要植物数据库, 以期回答全球已发现和描述了多少物种的问题。结果表明, 全球已发现和描述的维管植物有376,366种(包括自然杂交种)。排除自然杂交种后, 全球共包含369,054种维管植物, 其中广义蕨类植物13,810种, 裸子植物1,172种, 被子植物354,072种。我们的结果比已有的4个数据库中的任何一个的物种数都至少要多17,700种。     

《生物多样性公约》企业与生物多样性全球平台的发展情况及对中国的政策建议

《生物多样性公约》(以下简称《公约》)是国际社会协力保护生物多样性最主要的公约, 也是中国参与和引领全球生态文明建设的重要平台。《公约》一直不断推动企业参与生物多样性保护的相关工作和国际体系建设。该国际体系主要包括两大支柱: 一是“企业与生物多样性全球伙伴关系”国际机制(Global Partnership on Business and Biodiversity, 以下简称GPBB机制); 二是“企业与生物多样性全球伙伴关系”资源平台(Global Platform for Business and Biodiversity, 以下简称GPBB平台)。前者是工作组织和资金机制, 后者是前者的技术支持和保障机制, 二者相辅相成, 协同增效。总体来看, 自1996年《公约》第三次缔约方大会(COP-3)以来, GPBB平台的相关概念和机制不断发展完善, 至今已形成了一个GPBB平台在线数据库, 可为我国推进相关工作提供技术支撑。通过梳理总结GPBB平台及其相关机制等的发展情况, 得出: (1)企业参与生物多样性保护的意愿及对GPBB平台的需求日益增强; (2)《公约》对企业参与的要求更加明确; (3)《公约》对如何促进企业参与生物多样性的路线图更加清晰; (4) GPBB机制已基本建立; (5) GPBB平台已基本完善。展望未来, GPBB平台发展将有望继续保持以下三大趋势: (1)平台建设力度将不断加强; (2)平台的影响将不断提升; (3)平台发展将向重点部门倾斜。目前, GPBB平台可提供相关最新研究成果、方法学、工具、自愿性标准和指引、简报、最佳实践案例等免费信息, 以及一系列项目实施过程中的企业参与机会, 以支持企业在决策和运营中纳入生物多样性, 并鼓励支持各国政府、企业、非政府组织和学术科研机构等多利益相关方共同参与、贡献与受益。中国自2015年正式加入GPBB机制后, 对各成员国的企业参与倡议开展了较为深入的研究, 为成立发起“中国企业与生物多样性伙伴关系”(CBBP)联盟倡议做出有益探索。但总体而言, 对GPBB平台的研究借鉴以及参与建设还有很多工作可做。我们建议: (1)在制度贡献方面, 应加强政策研究, 研提COP-15企业参与新决议草案; (2)在机制建设方面, 积极参与和逐渐引领GPBB机制建设, 协力支撑一带一路等中国倡议; (3)在人员保障方面, 加强人才队伍建设, 提升引领能力; (4)在GPBB平台方面, 加强研究借鉴和技术参与, 为GPBB平台建设提供技术支持。