基因芯片筛选新疆维吾尔妇女宫颈癌差异表达基因

新疆南部维吾尔族聚居区是宫颈癌高发区. 本文旨在利用基因芯片技术筛选与维吾尔族妇女宫颈癌发生相关的基因. 首先,分别提取5例新疆维吾尔妇女宫颈癌和5例子宫肌瘤组织(对照)的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记子宫肌瘤组织的cDNA,用Cy5 dUTP标记宫颈癌组织的cDNA,制成芯片杂交探针.为筛选出宫颈癌组织中差异表达的基因,上述标记探针分别与含有20 000条人类基因的Affymetrix基因芯片进行杂交,杂交信号用GeneChip Scanner 3000扫描仪扫描,并用芯片图像分析软件(SAM software)分析扫描结果.筛选出的差异表达基因经GO(Gene Ontology)分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信号通路分析,确定其在宫颈癌中的作用.基因芯片筛选结果显示,在宫颈癌组织中发现2 758个差异表达基因,其中1 326个上调基因,1 432个下调基因.GO分析和KEGG信号通路分析表明,表达差异在两倍以上的基因涉及168个信号通路,包括细胞粘附分子、细胞周期以及MAPK和mTOR信号通路等.上述结果表明,基因芯片技术筛选出大量与宫颈癌发生相关的基因,其中表达差异显著的基因涉及细胞粘附分子、细胞周期和mTOR等信号通路.     

筛选差异表达基因和蛋白质的方法进展

分离和鉴定差异表达基因和蛋白质不仅有助于发现基因和蛋白质的功能,更有助于揭示某些疾病的发生机理.目前筛选差异表达基因的方法主要有差异显示PCR方法(differential display RT-PCR,DDRT-PCR)、消减杂交法(subtractive hybridization,SH)、基因芯片技术(DNA chip technique)和基因表达的系统分析(serial analysis of gene expression,SAGE)等,其中消减杂交法中又先后建立了代表性差异分析技术(representational difference analysis,RDA)、抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)和获得全长基因的消减杂交法(full-length-gene-obtainable subtractive hybridization).筛选差异表达蛋白质的方法主要有双向电泳技术(two-dimentional gel electrophoresis)和噬菌体全套抗体库技术(phage display antibody repertoire library technique).这些方法各有特点,各有利弊,研究者可根据自己的需要选择适合于自己的方法.     

基因芯片筛选差异表达基因方法比较

摘要: 使用计算机模拟数据和真实的芯片数据, 对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析, 旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明, 所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面, SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好; 数据分布方面, 正态分布的识别效果较好, 卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明, SAM、Samroc和回归模型方法相近, 而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。     

宫颈癌淋巴结转移相关基因的表达谱研究

淋巴结转移是影响宫颈癌预后因素的首要因素,但分子机理尚不清楚,探讨宫颈癌淋巴结转移的分子机制,筛选可能用于临床诊断和治疗的新的分子靶标尤其重要.BRB-Array Tools软件对基因表达综合数据库(Gene Expression Ominibus, GEO)中有/无淋巴结转移早期宫颈癌的基因芯片表达谱数据进行统计学分析,找出二者的差异基因,利用GenCLip软件进行文献挖掘研究这些差异表达基因的功能关系.筛选出71个差异表达基因,其中35个在有淋巴转移的宫颈癌中表达上调,36个下调.文献挖掘发现FZD10、PDZK1IP1、SERPINB9、COMP、MAGEA1等几个新的宫颈癌淋巴转移相关基因.结果表明生物信息学方法能有效地分析基因芯片数据并获取生物内在信息,为宫颈癌淋巴转移发生机制及治疗靶位开辟新思路.     

利用表达谱基因芯片筛选溃疡性结肠炎差异表达基因

目的:利用人类全基因组表达谱芯片技术,分析溃疡性结肠炎患者和健康者基因表达谱差异,筛选出溃疡性结肠炎相关基因。方法:采用Trizol法提取8例溃疡性结肠炎患者和8例健康对照者结肠粘膜组织总RNA并纯化,逆转录合成c DNA,利用荧光染料Cy3标记aa UTP,转录合成标记的c RNA,并与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选出相关差异表达基因,采用DAVID在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,并对部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果:筛查出溃疡性结肠炎结肠粘膜组织差异表达基因4132个,其中上调基因2004个,下调基因2128个。选取6条差异表达基因进行PCR验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论:溃疡性结肠炎患者与健康对照者基因表达存在明显差异,分析这些差异表达基因有助于我们探索溃疡性结肠炎的发病机制,为疾病的治疗提供理论依据。     

利用基因芯片数据挖掘宫颈癌相关基因的EST片段

目的:利用基因芯片数据,探讨宫颈癌在分子水平上的发病机制,挖掘肿瘤相关基因EST片段,探索恶性肿瘤标志物,为肿瘤防治找到新的有效手段。方法:从基因芯片数据库GEO(gene expression omnibus)中获得GSM99077基因芯片数据,利用该数据筛选出宫颈癌相关基因的EST片段;然后通过NCBI中的在线BLAST软件找到与之相匹配的同源序列,对这些同源序列进行生物学功能分析,找到与肿瘤的相关性。结果:共发现宫颈癌组织与正常宫颈组织差异表达EST共127条,其中上调的106条,下调的11条,这些差异表达EST的同源序列的转录产物参与转录、翻译、细胞增殖分裂及细胞信号传导等过程。结论:基因芯片能有效、高通量地获取生物内在信息,通过对基因芯片数据再挖掘,可发现宫颈癌的发生涉及多个基因共同作用。     

筛选差异表达基因方法的新进展

了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要信息。以差别筛选、削减杂交等基本方法为出发点,研究基因表达差异的方法不断完善,先后出现了DDRT—PCR、RDA、SSH、cDNA微阵列(基因芯片)、基因表达的系统分析(SAGE)等技术。本着重对这些方法的优缺点及改进进行论述和评介,并对技术的发展趋势进行了分析。     

银鲫原肠胚差异表达基因的筛选

胚胎发育是基因组中各个基因在时间和空间上选择性表达的结果。为了鉴定参与鱼类早期胚胎发育和胚层分化的调控因了,分别构建了银鲫(Carassiusauratusgibelio)原肠胚和成熟卵子的SMARTcDNA文库,并采用差异筛选的方法,从银鲫原肠胚SMARTcDNA文库中筛选不同于成熟卵子的差异表达基因。通过菌斑和PCR产物的两轮斑点杂交,从大约1500个克隆中筛选出131个阳性克隆,从中选择58个克隆测序并将测得的序列进行了数据库比对分析,结果显示这些差异表达基因大部分为参与转录和翻译的调控因子和核糖体蛋白以及一些在胚胎早期大量表达的参与脂类代谢的脂蛋白和一些未知的新基因。接着采用RTPCR技术,对其中6个基因在胚胎发育不同阶段的表达特征进行了分析,进一步证实这些基因在胚胎发育过程中存在表达差异;研究还从分析的基因中揭示出4类不同的表达模式。通过本研究,已筛选出一批在银鲫胚胎发育早期开始表达的调控基因,为开展鱼类胚胎发育早期表达基因的功能研究奠定了前期工作基础。       

鸡胚公母性腺差异表达基因的基因芯片杂交筛选

采用Affymetrix公司鸡基因组芯片对9日龄鸡胚公母性腺总RNA进行了芯片杂交, 并对基因表达谱进行了分析。统计结果显示, 9日龄母鸡性腺表达基因数19 368个, 公鸡性腺表达基因数19 493个; 公母性腺绝对差异表达基因,即公鸡性腺表达而母鸡性腺不表达基因145个, 母鸡性腺表达而公鸡性腺不表达基因189个。绝对差异表达基因功能分类结果显示, 参与细胞组成、细胞加工和分子结合基因占多数, 部分基因参与细胞器组成、代谢加工、生物学调控以及催化反应和细胞信号转导等。值得注意的是, 本研究发现了一些已经报道同性别决定和分化有一定关联的基因, 如ASW、CHD1和SOX9等, 同时也发现了一些未知其同性腺分化和发育有关联的基因和编码假想蛋白的表达序列。进一步分析这些基因和表达序列的生物学功能和表达模式, 将对鸟类性别决定和分化机制的了解提供有益参考。     

Affymetrix基因表达谱芯片在新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间差异表达基因筛选中的运用

目的:运用基因表达谱芯片筛选并分析新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间的差异表达基因。方法:收集我院2014年1月至2016年6月间行手术切除的维吾尔族与汉族胰腺导管细胞癌组织并提取总RNA,选取经Nanodrop 2000与Agilent 2100仪器质检合格的样本总RNA采用Affymetrix基因表达谱芯片筛选出差异表达基因并绘制统计图,运用基因本体(GO)分析及信号通路(Pathway)分析对这些差异表达基因的生物信息进行汇总分析。结果:通过基因表达谱芯片分析,新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间共检测到1063个基因存在差异表达,在维吾尔族胰腺癌标本中显著上调表达的基因共281个,差异表达倍数最高的为IGLV1-44基因(差异倍数:9.99)下调表达的基因共782个,差异表达倍数最高的为CPB1基因(差异倍数:33.76);在Gene Ontology数据库中共检索到815个上述差异表达基因具有明确的GO分类,差异表达倍数最高的为CPB1基因(差异倍数:33.76);Pathway分析中共检测到30条信号通路包含有上述差异表达基因,共涉及196个基因,其中以FAK信号通路差异表达基因富集程度最高,差异表达倍数最高的基因为COL11A1基因(差异倍数:5.02)。结论:基因表达谱芯片分析结果显示,在新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间存在大量的差异表达基因,这些基因与胰腺癌的增殖分化、侵袭转移及多药耐药等特性密切相关,且参与了多条生物体内重要信号转导通路的调控。     

宫颈癌患者外周血循环肿瘤细胞检测的意义

目的:通过分析宫颈癌患者的临床资料与循环肿瘤细胞(CTC)之间的关系,评估其在宫颈癌患者诊疗过程中的临床意义。方法:回顾性分析我院2017年3月至2018年6月行机器人辅助下宫颈癌根治术的病例共82例,术前术后分别行CTC检测,分析CTC阳性率及CTC水平与临床参数的相关性。结果:不同病理类型、分化程度、脉管侵犯、淋巴转移及临床分期宫颈癌患者术前及术后CTC阳性率及CTC水平比较差异均无统计学意义(P0.05)。当宫颈癌浸润深度≥5 mm时,CTC的阳性率及CTC水平明显升高,CTC阳性率的差异仅在术前有统计学意义(P0.05);而CTC水平的差异在术前及术后均有统计学意义(P0.05)。结论:CTC的阳性表达及水平与肿瘤的浸润深度密切相关。检测宫颈癌患者CTC水平可为宫颈癌的诊治及预后评估提供重要参考价值。     

HGF和EZH2在宫颈癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系

目的:探讨肝细胞生长因子(HGF)、果蝇zeste基因增强子2(EZH2)在宫颈癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系。方法:选取2016年10月到2018年1月期间在新疆医科大学附属肿瘤医院接受治疗的宫颈癌患者50例,收集其手术切除的病理组织作为宫颈癌组的检测标本,另选取同期在我院收治的子宫肌瘤患者,收集其行全子宫切除术时切除的宫颈组织,其中上皮内瘤样病变(CIN)组织和正常宫颈组织各50例,CIN组织作为CIN组的检测标本,正常宫颈组织作为对照组的检测标本。比较宫颈癌组、CIN组和对照组标本中HGF和EZH2的阳性表达情况。分析HGF和EZH2的表达与宫颈癌患者临床病理特征的关系,分析宫颈癌组织中HGF、EZH2表达的相关性。结果:各组标本中的HGF和EZH2的阳性表达率整体比较差异均有统计学意义(P0.05),宫颈癌组、CIN组的HGF和EZH2的阳性表达率均明显高于对照组,且宫颈癌组EZH2的阳性表达率高于CIN组(P0.05)。宫颈癌组织中HGF和EZH2的表达与年龄、肿瘤类型、肿瘤大小无关(P0.05),临床分期II期、有淋巴结转移、病理分级G3的宫颈癌组织中HGF和EZH2的阳性表达率高于临床分期I期、无淋巴结转移、病理分级G1+G2的宫颈癌组织(P0.05)。经Spearman相关分析显示,宫颈癌组织中HGF与EZH2表达呈正相关(P0.05)。结论:HGF和EZH2在宫颈癌组织中呈高表达,且其表达水平与临床分期、淋巴结转移、病理分级有关。     

FHIT基因在宫颈癌细胞中的表达及其甲基化调控

目的：分析FHIT基因在宫颈癌细胞中表达情况以及甲基化的调控情况。方法：对RJC-1、SiHa、CS1213以及C4-1细胞进行培养,提取这些细胞的DNA并经过亚硫酸氢盐修饰,进行PCR反应和产物的检测。分析FHIT基因在宫颈癌细胞中表达情况以及甲基化的调控情况。结果：RJC-1、CS1213细胞仅有甲基化引物扩增出了目的条带,为完全甲基化状态。其他细胞则是甲基特异性引物与非甲基特异性引物共同扩增出73bp的目的条带,其状态为甲基化杂合性。通过5-aza-CdR处理细胞后,通过实时定量PCR检测FHIT mRNA的表达,显示处理后各种细胞中的FHIT mRNA的表达升高。结论：FHIT基因的甲基化是其表达下调的重要机制之一,是临床研究宫颈癌细胞的重要方向之一。     

利用转录组测序筛选低切应力作用下人脐静脉内皮细胞的差异表达基因

目的:通过转录组测序分析获得不同切应力作用下人脐静脉内皮细胞的基因的表达谱,为进一步探索切应力影响内皮细胞形态和功能的机制提供依据。方法:以人脐静脉内皮细胞为材料,通过Streamer系统建立6通道可调控切应力的流体动力学细胞模型,以层流切应力(15 dynes/cm~2)为对照,以低切应力(0.1 dynes/cm~2)为实验组,分别加载细胞18 h。提取总RNA逆转录合成cDNA,建立文库,以二代测序平台Illumina HiSeq中进行扩增和测序。结果:序列比对结果显示,有19986个基因比对上,新转录本分析显示各组新转录本数约占总转录本数的50%。基因表达差异分析显示,较对照组,低切应力组表达上调基因983个,表达下调基因701个。GO分析显示,有18499个基因得到了归类注释,绝大多数基因富集到生物学过程。KEGG分析显示,富集Top20的信号通路与细胞周期、DNA复制和细胞分裂、细胞应激和凋亡等生物学过程相关。结论:低切应力作用不仅仅激活内皮细胞中细胞的增殖相关基因,同时也涉及到DNA损伤修复和凋亡相关基因。     

生殖道感染与宫颈癌及宫颈癌前病变的相关性研究

目的:探讨生殖道感染与宫颈癌、宫颈癌前病变的相关性及危险因素分析。方法:选取我院收治的185例宫颈癌及宫颈癌前病变患者和同期206例健康体检者分为两组,对人乳头瘤病毒(HPV)、沙眼衣原体(CT)、细菌性阴道病(BV)、阴道滴虫进行检测,观察分析相应病原微生物导致的生殖道感染与宫颈癌及宫颈癌前病变的关系,同时根据HPV不同基因型在宫颈癌及宫颈癌前病变中的致癌作用和程度,判定危险程度。结果:宫颈癌及宫颈癌前病变患者上述指标感染检出率明显高于对照组,差异具有统计学意义(P=0.000、0.001、0.000、0.037),其中高危HPV感染率随宫颈上皮内瘤变级别的升高而呈明显上升趋势,CINⅠ～Ⅲ级感染率分别为57.1%、78.6%和82.9%,宫颈癌感染率最高达91.1%,高危HPV为高危因素。结论:生殖道HPV、CT、BV、滴虫感染与宫颈癌及CIN存在必然或一定相关性,加强对妇女生殖道病原体感染的重视和检测对防治宫颈癌及CIN具有积极意义。     

图像引导下精确放疗治疗宫颈癌的价值分析

摘要 目的：探讨与分析图像引导下精确放疗治疗宫颈癌的价值。方法：2016年1月至2017年12月选择在本院进行诊治的宫颈癌患者120例,根据治疗方法的不同把患者分为观察组80例与对照组40例。对照组给予常规放疗方法,观察组给予图像引导下精确放疗,记录与随访两组的预后情况。结果：治疗后观察组的总有效率为85.0 %,显著高于对照组的60.0%(P<0.05)。观察组治疗期间的放射性直肠损伤、放射性膀胱损伤、消化道反应、血液系统反应等毒副反应发生率显著低于对照组(P<0.05)。观察组治疗后的IgG与IgA值都显著高于治疗前(P<0.05),也高于对照组(P<0.05),对照组治疗前后对比差异无统计学意义(P>0.05)。Kapplan-meier法分析显示观察组的无疾病进展生存时间和总生存时间都显著长于对照组(P<0.05)。结论：图像引导下精确放疗治疗宫颈癌能促进患者免疫功能的恢复,提高治疗效果与减少毒副反应的发生,从而延长患者的生存时间。     

葛根素对U14宫颈癌小鼠血液流变学、脾淋巴细胞增殖及细胞毒性影响

摘要 目的：研究葛根素治疗对U14宫颈癌小鼠血液流变学、脾淋巴细胞增殖活性及对宫颈癌细胞毒性的影响。方法：45只雌性昆明小鼠随机分为对照组、模型组和葛根素组。模型组和葛根素组小鼠通过腋下注射U14小鼠宫颈癌细胞建立U14宫颈癌移植瘤小鼠,并且葛根素小鼠通过葛根素灌胃进行治疗,对照组和模型组小鼠给予等量生理盐水。比较各组小鼠血流变学、脾淋巴细胞增殖活性及对宫颈癌细胞毒性。结果：经葛根素治疗的葛根素组宫颈癌小鼠肿瘤重量显著低于模型组小鼠（P<0.05）,葛根素治疗宫颈癌小鼠的抑瘤率是（42.91±12.91）%。宫颈癌小鼠低切/高切全血粘度、血浆粘度值以及血细胞比容均显著升高（P<0.05）,而葛根素治疗可显著降低宫颈癌小鼠低切/高切全血粘度、血浆粘度值以及血细胞比容（P<0.05）。宫颈癌小鼠脾脏重量、脾脏指数和脾淋巴细胞体外增殖能力均显著下降（P<0.05）,而葛根素治疗可显著提高宫颈癌小鼠脾脏重量、脾脏指数和脾淋巴细胞体外增殖能力（P<0.05）。此外,经葛根素治疗的宫颈癌小鼠脾淋巴细胞对U14宫颈癌细胞细胞毒性显著高于模型组宫颈癌小鼠（P<0.05）。结论：葛根素治疗可降低U14宫颈癌小鼠血液粘度、改善血流变性质,并且可以提高脾淋巴细胞的增殖活性和对宫颈癌细胞的杀伤力。     

加速康复外科理念在根治性子宫切除术患者中的应用研究

目的:探讨加速康复外科理念对行根治性子宫切除术的宫颈癌患者的围手术期应用价值。方法:选取2013年1月至2018年7月在我院行因宫颈癌行根治性子宫切除术的66例患者作为研究对象。将入院患者随机分为观察组及对照组,观察组接受加速康复外科理念治疗(30例),对照组为常规治疗组(36例)。比较两组患者的肠鸣音恢复时间、肛门排气时间、下床行走时间、术后住院时间以及术后并发症的发生情况。结果:观察组与对照组肠鸣音恢复时间分别为(35.9±3.4)h及(39.6±3.0)h,术后首次排气时间分别为(50.7±2.7)h及(54.8±3.2)h,下床行走时间分别为(49.9±2.6)h及(53.6±3.2)h。术后住院时间分别为(7.6±1.7)d及(9.2±1.8)d,观察组以上指标均显著短于对照组(P0.01)。观察组与对照组的术后并发症总发生率分别为10.11%及23.44%,观察组显著低于对照组(P0.05)。两组拔除尿管后尿潴留的发生情况比较差异无统计学意义(P0.05)。结论:加速康复外科理念用于宫颈癌根治术患者的围手术期可有效加速患者的康复,且安全性较高。