一种随机引物联合多特异性DNA片段检测结核分支杆菌的新方法

目的:针对目前结核性疾病实验室诊断的局限性,探索一种更为敏感和特异的结核分枝杆菌DNA检测新方法。方法:选取10株江苏地区流行的结核分支杆菌(MTB)菌株,选取临床其他常见菌株及分枝杆菌菌株作为对照组,分别提取DNA作为随机引物的模板。参考国内、外文献设计12条随机引物,并分别对MTB及对照菌株进行单个引物随机扩增,2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行分离并切胶纯化,通过TA克隆将纯化片段连接到质粒pEASYTM-T5 Zero并进行测序,通过BLAST-nr比对验证是否为MTB DNA片段。按照所确定的MTB片段序列,在其内部设计、合成一对特异性引物。用此特异性引物扩增对应的随机引物扩增产物,获得MTB特异性条带图谱。并将该方法检测的敏感性和特异性与临床上常用的real-time PCR进行比较。结果:经BLAST-nr比对,随机引物IS986F,S535及IS986R扩增的条带与MTB DNA有高度同源性(均为99%)。随机引物IS986F、S535和IS986R分别联合其特异性引物可以检测稀释105倍、105倍和103倍的MTB DNA,其特异性分别为100%、90%和80%。常规real-time PCR可检测出稀释104倍的MTB DNA。结论:随机引物IS986F联合其特异性引物检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异性优于S535、IS986R两组,特异性为100%,且灵敏度优于常规real-time PCR法。     

高分辨率熔解曲线分析技术检测结核分枝杆菌的耐药性

目的:探讨高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting,HRM)技术检测结核分枝杆菌耐药突变位点的可行性。方法:对218株结核分枝杆菌进行利福平(RFP)和异烟肼(INH)的药物敏感性测定,并进行耐药基因位点的PCR扩增和测序,同时采用HRM方法检测RFP和INH耐药基因位点情况,分析HRM的敏感性和特异性。结果:218株结核分枝杆菌药敏试验结果显示,有106株(48.6%)对RFP耐药,100株(45.9%)对INH耐药,81株(37.4%)对RFP和INH均耐药。测序发现,101株(46.3%)存在RFP耐药基因的突变,107株(49.1%)存在INH耐药基因的突变。HRM检测结果显示,100株(45.9%)存在RFP耐药基因的突变,103株(47.2%)存在INH耐药基因的突变。分别以药敏试验和测序结果为标准,HRM检测RFP耐药的敏感性为94.3%(100/106)和99.0%(100/101);特异性为97.3%(109/112)和100%(117/117);INH耐药的敏感性为97.0%(97/100)和98.1%(103/105);特异性为97.3%(109/112)和100%(113/113)。结论:HRM快速检测结核分枝杆菌耐药具有较高的特异性和灵敏度,能够满足临床需求。     

结核分枝杆菌Rv3871抗原优势肽段的克隆表达及抗原性鉴定

目的:为了提高结核病诊断试剂的特异性和敏感性,克隆表达结核分枝杆菌H37Rv株RD1区Rv3871抗原优势肽段,并应用ELISA法对其抗原性进行初步鉴定。方法:利用Biosun生物信息学软件对Rv3871抗原进行表位分析,通过PCR从结核分枝杆菌H37Rv基因组中扩增Rv3871抗原优势肽段编码基因,在大肠杆菌HB101中进行表达,采用间接ELISA法初步评价其抗原性。结果:Rv3871-1肽段检测的敏感性为32.5%(13/40),特异性为97.2%(35/36);Rv3871-2敏感性为45%(18/40),特异性为100%;Rv3871-3敏感性为37.5%(15/40),特异性为91.6%。结论:结核分枝杆菌RD1区Rv3871抗原优势肽段Rv3871-2有较高的特异性和敏感性,有望作为候选抗原用于结核病患者的血清学检测。     

MTB新疆临床分离株MDR-TB和XDR-TB耐药情况初步调查

目的:分析新疆喀什地区结核分枝杆菌(MTB)临床分离株对4种一线和7种二线抗结核药物的耐药情况,初步探讨本地区耐多药结核病(MDR-TB)和广泛耐药结核病(XDR-TB)的流行情况。方法:收集2008.11.1~2009.10.31日期间新疆喀什地区结核病患者痰液标本,进行分离培养及菌种鉴定,并应用比例法对所分离得到的菌株进行耐药性检测。结果:102株分枝杆菌中,88株(86.3%)属于结核分枝杆菌复合群,7株(6.9%)属于牛型分枝杆菌,7株(6.9%)属于非结核分枝杆菌。对一种以上的抗结核药物具有耐药性的有20株,总耐药率为22.7%(20/88),耐多药率为6.8%(6/88),pre-XDR为33.3%(2/6),无XDR-TB病例。结论:新疆喀什地区结核病患者耐药率较高,在结核病治疗工作中应给予重视,尤其应加强对Pre-XDR的重视,以免发展成XDR-TB。     

空洞型肺结核组织样本耐药菌及相关基因检测的临床研究

目的:比较分析空洞型肺结*核组织样本与痰样本结核分枝杆菌培养的阳性率及检测的一致性,并基于rpoB基因及KatG基因突变检测在诊断耐多药结核分枝杆菌中的重要作用,探讨直接应用肺结核组织样本进行结核分枝杆菌耐药性检测的临床意义.方法:对肺结核实施肺部手术患者,在术前和术后分别进行痰及手术切除组织样本利用BacT ALERT 3D快速培养系统进行分枝杆菌培养,对培养阳性者进行菌种鉴定,对结核分枝杆菌分离株应用绝对浓度法进行异烟肼(H)、利福平(R)药物敏感性测定,比较分析二者的一致性;同时应用特异性引物对手术切除组织样本直接进行分枝杆菌rpoB、KatG基因扩增,并与其培养结果进行比较.结果:62例进入分析的病例中,术前痰培养阳性22例,阳性率35.5%(22/62),药敏试验耐药18例,耐异烟肼16例,耐利福平13例.二者均耐药12例,术中所取结核组织培养阳性34例,阳性率55%(34/62),耐药30例,耐H26例,耐R20例,二者均耐药17例,术中所取结核组织耐药基因检测与INH耐药性相关的KatG基因突变表现有22例,与RFP的耐药性相关的rpoB基因突变18例.二者同时有突变表现的16例.所有培养为结核敏感菌的组织检测中,无上述二基因突变表现.在相关的rpoB基因突变18例病例中有16例同时表现出KatG基因突(89%,16/18).结论:厚壁空洞肺结核患者肺部手术切除组织样本病原学检测与痰样本间具有较好的一致性,且结核菌培养的阳性率明显高于普通痰培养.同时可直接应用组织样本进行结核分枝杆菌rpoB基因、KatG基因检测,可更加及时、准确地用于指导临床术后抗结核的药物治疗.     

新疆南疆MTB临床分离株异烟肼耐药情况及耐药相关基因的突变研究

目的:探索新疆南疆部分地区维吾尔族结核病人群中分离到的结核分枝杆菌基因组中的katG、inhA、kasA、ahpC基因突变与耐异烟肼的关联,揭示新疆肺结核病高患病率、高死亡率的可能原因.方法:收集新疆南疆部分地区维吾尔族结核病患者痰液标本,对MTB进行分离培养后,应用比例法检测其对异烟肼耐药性,运用PCR技术对所分离菌株的上述基因相关片段扩增并进行测序及序列分析.结果:筛选出实验菌株99株,其中敏感株63株,耐异烟肼菌株36株,耐药率为36.4%.耐药株中katG基因突变率为63.9%,315位点突变,突变类型AGC→ACC(Ser→Thr)、AGC→AAC(Ser→Asn);inhA基因突变率为47.2%,有缺失、同义突变和错义突变;kasA基因突变率为41.7%,突变类型为缺失和错义突变;ahpC基因突变率为8.3%,属于错义突变.结论:新疆南疆结核病高患病率、高死亡率的可能原因之一是结核分枝杆菌对INH产生了耐药,结核分枝杆菌对INH耐药机制可能与耐药菌株基因组内katG、inhA、kasA和ahpC基因发生了突变有关.     

不同牛分枝杆菌特异性基因PCR方法的比较

【背景】牛结核病是我国二类动物疫病,世界动物卫生组织将其列为法定报告的动物疫病。牛主要通过患病牛呼吸道分泌物和咳嗽所产生的气溶胶感染;人则主要通过食用未经高温处理的病牛的肉或奶感染。因此,经过病原学PCR检测对疑似患病牛牛奶或屠宰组织样品进行快速检验确诊,能够最大限度地减少奶牛养殖中乳品生产业的经济损失。【目的】研究并确定适宜的牛分枝杆菌PCR扩增引物及参数,为临床快速准确诊断牛结核病提供参考。【方法】对已报道的5对PCR引物,运用降落(touch down) PCR法确定适宜退火温度(Tm);运用梯度稀释的牛分枝杆菌C68001株(国内牛结核菌素生产用菌株)基因组DNA以及不同菌液含量的人工模拟临床样本(淋巴结、肺脏和牛奶),确定不同引物PCR方法的敏感性;同时以6种常见牛感染菌(牛种布鲁氏菌2308、羊种布鲁氏菌Rev.1、牛分枝杆菌C68001和AN5、禽分枝杆菌C68202、副结核分枝杆菌C68681和胞内分枝杆菌C68226)核酸样本,确定不同引物PCR方法的特异性。【结果】所有引物在53-63℃均含有目的条带,确定引物的最佳退火温度是60℃。在细菌核酸敏感性检验中,1号和3号引物的检测敏感性最高,达10-10 ng/μL;其次是2号和5号,达10-5 ng/μL。对于人工模拟感染样本,1号、3号和4号引物在淋巴结和肺脏中检测敏感性最高,其次是2号;而2号、3号、4号和5号引物对奶样检测敏感性最高。对于特异性检验,2号和5号引物特异性较好,可检测到明显的牛分枝杆菌特异性条带,对通常不引起牛结核病而只干扰免疫学诊断的禽分枝杆菌检测条带较微弱,而布鲁氏菌、副结核分枝杆菌和胞内分枝杆菌均无检测条带。【结论】2号引物及其反应参数的PCR方法敏感性、特异性良好,适合用于牛结核病的快速准确诊断。     

建立液相芯片方法检测鉴别结核分枝杆菌复合群、鸟分枝杆菌与副结核分枝杆菌

运用液相芯片技术原理,以分枝杆菌菌种(群)特异基因序列IS6110、IS1081、IS1245和F57为目标基因,设计筛选4套扩增引物和杂交探针,建立同时检测鉴别结核分枝杆菌复合群、鸟分枝杆菌和副结核分枝杆菌的四重液相基因芯片检测方法。对13种共54株分枝杆菌菌株以及23种常见微生物样品的检测结果显示,四重液相芯片方法可特异检测鉴别目标菌种(群),与其它分枝杆菌菌种或微生物无非特异交叉反应;检测敏感性达2.1×101-2.5×102基因拷贝或0.06-0.74 fg DNA;组内检测变异系数和组间检测变异系数均<10%。采用四重液相芯片方法从临床结核疑似人痰样和牛组织样品中检出结核致病菌,检出率分别达75.6%(99/131)和94.9%(37/39),显著高于培养法(38.9%和53.8%)。对副结核疑似临床样品的检测试验结果显示,四重液相芯片方法与荧光PCR方法的阳性符合率为83%(24/29)。对四重混合模板的检测试验结果显示该液相芯片方法可鉴别不同菌种混合感染。四重液相芯片方法的检测周期<1 d,其中对纯化DNA模板的检测时间可在2-3 h内完成。     

应用GeneXpert MTB/RIF对肺外结核的快速检测及评估

目的评估GeneXpert MTB/RIF检测肺外结核分枝杆菌的准确性,并与传统方法进行比较。方法选取2016年6月至2017年6月在本院就诊的144例疑似肺外结核病患者,对所有标本分别进行金胺“O”荧光染色镜检、液体培养及药敏试验、固体培养及比例法体外药敏试验和Xpert法检测。结果收集的144例疑似肺外结核标本中,确诊108例,以胸水、淋巴结活检和脓液感染较多,另36例阴性患者中,10例为非结核分枝杆菌感染。Xpert试验的敏感性为28.73%,特异性为96.00%,其阳性预测值和阴性预测值均高于其他3种检测方法。在阳性检出率方面,Xpert试验高于涂片镜检(χ~2=17.39,P0.05)、低于液体培养(χ~2=8.64,P0.05),而与固体培养之间差异无统计学意义(χ~2=2.56,P0.05)。固体培养、液体培养和Xpert试验3种方法对结核分枝杆菌利福平耐药率检测差异无统计学意义(P0.05),耐药率分别为8.33%、9.68%和11.11%,且Xpert试验方法检测出2株耐多药结核分枝杆菌,平均耗时2.5 h。结论 GeneXpert MTB/RIF可以作为一种筛选及快速检测工具应用于肺外结核的诊断,同时可作为检测MDR-TB的一种指标。     

六种藓类植物茎的比较解剖学研究

通过对6种藓类植物,即褶叶青藓(Brachythecium salebrosum(Web.et Mohr.)B.S.G.)、湿地匐灯藓(Plagiomnium acutum(Lindb.)Kop.)、侧枝匐灯藓(Plagiomnium maximoviczii(Lindb.)Kop.)、大凤尾藓(Fissidensnobilis Griff.)、大羽藓(Thuidium cymbifolium(Doz.et Molk.)B.S.G.)和大灰藓(Hypnum plumaeforme Wils.)嫩茎和老茎的石蜡切片和显微观察发现,同一藓类植株的嫩茎和老茎,茎结构稳定,不同种藓类植物茎横切面具有不同特征.植物体茎横切面形状、表层细胞的层数、细胞大小和细胞壁厚薄、皮层细胞大小和形状、中轴的有无以及比例等特征可以作为藓类植物的分科分类依据之一.     

Cause of Senescence of Nine Sorts of Flowers

The levels of endogenous phytohormones and respiratory rate in nine sorts of flowers such as Cymbidium faberi Rolfe, Nopalxochia ackermannii Kunth and others were investigated both at full bloom and senescence and meanwhile the effect of exogenous phytohormones on prolonging the blossoms and promoting ethylene production were tested. There is a high content of endogenous ethylene in all the long-lived flowere, about 3–16 folds higer than the short-lived ones. There is a high level of ABA at full blooming flowers of short-lived flowers, in which there is no or only some cytokinins in it, but the ratio of CTK (6BA+zeatin)/ABA is smaller(l.7). The endogenous ABA reached a much higher level at senescence in all nine sorts of flowers, so it is reasonable to consider that it is ABA which plays an important role of regulation in controlling flower's senescence. There is a much higher level of GA3 and zeatin in the long-lived flowers which is not demonstrated in the shortlived ones. The respiratory rate is one of the factors controtling the longevity of flowers, but it does not play a decided role. Application of 6BA and zeatin prolongs distinctly orchid’s longevity, however exogenous IAA through the promotive action on ethylene production, evidently extends the longevity of the flowers of the Nopalxochia ackermannii Kunth.     

真菌类遗传学分析的知识结构教学

本文以认知结构理论为指导,讨论了真菌类遗传分析与高等动植物遗传分析的内在联系,认为利用这种内在联系进行教学可收到好的效果并说明了作者的具体教学过程。 Abstract:In the paper, the relationship between genetic analysis of Fungi and genetic analysis of high animal and plant was discussed.A good results were obtained when we adopted this method in the teaching.     

医疗机构合理用药评价模型的构建研究

目的 针对医疗机构的合理用药水平进行评价研究。方法 根据医疗机构合理用药的具体要求,构建医疗机构合理用药评价指标体系,采用基于模糊群决策的方法和多指标评价分析法构建医疗机构合理用药评价模型。结果 构建了基于模糊群决策的医疗机构合理用药评价模型,并通过实例分析证明了评价模型的可行性。结论 建立的基于模糊群决策的医疗机构合理用药评价模型能够对医疗机构的合理用药水平进行科学评价,为提高医疗机构合理用药水平奠定基础。     

棉铃虫钙粘蛋白N端多肽多克隆抗体制备及对Bt抗性的初步检测

用重组表达的棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)中肠钙粘蛋白N端多肽片段制备兔多克隆抗体,并利用其对Bt抗性进行鉴定。通过RT-PCR方法对棉铃虫中肠钙粘蛋白N端多肽的基因片段Cad285进行PCR扩增,将其克隆到pET-30a原核表达载体中,在大肠杆菌BL21(DE3)中经IPTG诱导表达,得到35ku的重组融和蛋白,融合表达的包涵体经过变性、Ni-NTA柱亲和纯化、复性等方法处理包涵体,获得可溶性纯化蛋白,用纯化后蛋白免疫新西兰兔制备多克隆抗体,ELISA检测其效价高于1∶16000;利用最终获得的多克隆抗体对室内纯合Bt抗/感品系的棉铃虫中肠钙粘蛋白进行Western blot分析,结果显示敏感和抗性品系之间有明显差异,表明其能够应用对Bt抗性进行初步检测。     

龙胆科药用植物化学成分的研究现状

龙胆科植物在我国的分布范围很广,且多数为药用植物,其多数种属的药用植物,至今其化学成分尚未被系统研究。综述了目前龙胆科药用植物的化学成分的研究现状及一般提取方法,对近年来发现的环烯醚萜及裂环烯醚萜类化合物进行了总结,为本科药用植物的更深入研究提供了参考。     

青蒿素生物合成机理研究现状

本文总结了目前有关青蒿素生物合成机理方面的研究,主要包括青蒿素生物合成中生理因子的影响,青蒿素生物合成中间体及前体,青蒿素生物合成细胞定位等。指出了存在的一些问题及今后的研究发展前景。