鄱阳湖及邻近水系银鲴的种群分化研究

以2010 ～2011年采自鄱阳湖及邻近水系(赣江和洞庭湖)的7个地理种群的228例银鲴样本为研究对象,结合形态和线粒体Cyt b数据,研究了银鲴种群的分化情况.主成分分析显示,银鲴地理种群间已具有一定的形态差异,尤其是赣江种群与其他种群间形态差异显著,能够明显区分.判别分析显示各地理种群间判别率较高,尤其是赣江种群高达100％.综合形态分析结果,银鲴各地理种群间形态差异明显.分子分析中,获得长度为1131 bp的Cyt b基因部分序列,共检测到107个单倍型.各地理种群单倍型多样性均较高(0.96471 ～ 0.99310),核苷酸多样性均较低(0.00419～0.00560).分子变异分析(AMOVA)表明,银鲴群体的遗传变异主要发生在地理种群内,地理种群间分化程度很低,相互间存在着广泛的基因交流.结合形态和分子分析结果,认为银鲴不同地理种群间的形态差异主要是其对特定环境适应的结果,而不是遗传分化所产生的.     

基于线粒体细胞色素b基因序列的版纳鱼螈四个种群遗传多样性与遗传结构研究

版纳鱼螈Ichthyophis bannanicus 是蚓螈类在我国分布的唯一物种,目前已知分布在云南、广西和广东的部分地区.本研究获得4个版纳鱼螈种群的87个个体的线粒体DNA细胞色素6基因1 000 bp序列,对序列变异、遗传多样性、种群结构和种群动态进行了分析.经比对后87个序列发现39个(3.9%)多态性位点,共定义了22个单倍型.序列分析结果显示版纳鱼螈种群单倍型多样性和核苷酸多样性与其它两栖动物接近,说明版纳鱼螈各种群仍保持一定的遗传多样性水平.单倍型网络关系图和系统发生分析均显示来自云南和两广地区的版纳鱼螈分歧明显,已形成了不同的进化谱系.种群遗传结构分析也显示来自云南的勐腊种群与两广各种群之间显著的遗传差异,这提示分布在云南与两广地区的版纳鱼螈应作为不同的管理单元(MU)进行保护.综合两种中性检验(Fu's Fs=9.44,P=0;Tajima's D=1.88,P=0.013)和种群增长指数(g=5415.03±297.55)分析的结果表明,两广地区的版纳鱼螈可能经历近期的种群扩张事件.     

基于细胞色素b基因的中国岩羊不同地理种群遗传差异分析

为了揭示中国岩羊不同地理种群的遗传差异,探讨岩羊亚种分化的分子机制,采用中国岩羊不同地理种群的细胞色素b(Cyt b)基因的全序列,分析了碱基变异情况、遗传距离以及核苷酸序列差异。用最大似然法和贝叶斯法构建分子系统树并对获得的拓扑结构进行分析。结果发现,西藏亚种与四川亚种Cyt b基因平均序列差异为4.2%(±0.007),处于偶蹄目亚种的序列差异范围内,支持了目前对岩羊西藏亚种的分类地位。四川亚种内部各地理种群之间的遗传距离(0.033±0.0 111)与它们分别到西藏种群的遗传距离(0.042±0.007)差异不显著(t=1.824,P=0.084),说明四川亚种内部各地理种群间已经发生较显著的遗传分化。其中,四川、甘肃和青海种群亲缘关系较近,并与四川亚种内部的其它种群已产生了显著的遗传分化。因此认为四川亚种内部各地理种群的种下分化需要深入研究。     

马麝诸种群地理分化初步探讨

马麝是我国的一种重要经济动物, 是古北界特有种, 主要分布在我国青藏高原及其临近地区。为保护物种多样性, 本文利用分子生物学技术在分子水平探讨了马麝各地理种群之间遗传多样性问题。用线粒体细胞色素b(Cytochrome b) 的DNA 序列进行系统进化分析显示: 马麝四川种群、甘肃种群和西藏两种群在大约100 万年前具有共同祖先。四川种群最先分化出来, 甘肃马麝与西藏马麝的关系最近, 四川马麝与西藏马麝、甘肃马麝间的关系较远, 甘肃马麝与四川马麝约在80 万年前分化, 而甘肃与西藏察隅和类乌齐两种群马麝间分化时间则分别为34万年和57 万年前, 四川马麝与西藏察隅和类乌齐两种群马麝分化时间在90 万年和100 万年前。结果初步表明分布于甘肃、四川和西藏的马麝种群可能为不同的亚种。     

云南桔小实蝇五个地理种群的遗传分化研究

对云南省瑞丽、景洪、化念、元江、河口的桔小实蝇5个地理种群共27个个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ) 基因进行了部分序列测定。序列的碱基变化中转换明显多于颠换、无碱基的插入和缺失。5个地理种群中共有27个多态位点和23种单倍型,其中2种为共享单倍型。桔小实蝇5个地理种群的Fst值在0.0364～0.1364之间(P>0.05), Nm值在3.88～13.25之间。对其所有单倍型聚类分析发现,单倍型在系统树中的分布散乱、混杂,没有显示出明显的地理分布族群。分析认为5个地理种群间已存有一定程度的遗传分化,但分化的程度还比较低。造成5个种群这种遗传分化的因素主要与地理隔离有关,而种群间低程度的遗传 分化估计与桔小实蝇在云南的发展历史及生态适应有关。     

马鹿四个亚种的起源和遗传分化研究

利用线粒体ＤＮＡ的细胞色ｂ基因片段序列差异来分析探讨马鹿４个亚种的起源和遗传分化问题。结果表明：马鹿各亚种的ＤＮＡ差异都达到了亚种分化水平,并指出天山马鹿东西两个种群可能是两个不同的亚种;马鹿各亚种在５４－７６万年前开始分化,其中天山马鹿最先分化出来;     

长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼种群遗传结构及种群历史分析

应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术及细胞色素b（Cytｂ）基因序列,分析了长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼（Boleophthalmus pecinirostris）群体遗传结构及种群历史,结果显示这一区域大弹涂鱼群体的遗传多样性水平很高。（1）RAPD分析结果：从100个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对长江口九段沙湿地、浙江舟山定海、福建霞浦群体各20个体进行RAPD分析,3个群体分别获得236、270、274条带,共301个有效位点。3群体多态位点比例（P）、Nei基因多样性指数（H）、Shannon多样性指数（I）分别在93.02%—96.35%、0.3890—0.4219、0.5618—0.6044。分子方差分析（AMOVA）表明,大弹涂鱼群体间存在显著的遗传分化（Fst= 0.03004-0.03254,P<0.05）,但仅3.2%的遗传变异来自群体间。（2）Cytｂ基因序列分析结果：从采自九段沙、定海、霞浦及浙江慈溪的42尾大弹涂鱼样本中,共获得33个Cytｂ基因单倍型（序列长1 141 bp）。4群体的平均单倍型多样性（h）、核甘酸多样性（π）分别为0.9814、0.0048。4群体间的遗传分化指数Fst为0.00043—0.07814,仅1.93%的变异来自群体间（AMOVA分析）,而基因交流值却达14.50—30.79,群体间K2-P遗传距离为0.0040—0.0056,从而显示大弹涂鱼群体间没有发生明显的地理分化。以Cyt b基因序列构建的NJ树揭示4个群体的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关。中性检验、错配分析和网络亲缘关系分析皆表明大弹涂鱼群体有过种群扩张,扩张时间约在更新世末期的0.057—0.023百万年前。     

中国西南部小鲵属的遗传分化

运用同工酶电泳和DNA测序技术,我们研究了中国东南部两种小鲵的遗传多样性。同工酶数据显示义乌小鲵和安吉小鲵之间存在中等水平的种间差异。而线粒体DNA序列数据则显示两种之间存在较高水平的种间差异。安吉小鲵种群存在明显的近亲繁殖现象;义乌小鲵种群间存在明显的分化。舟山群岛上义乌小鲵种群明显有别于大陆种群。     

西鄂尔多斯特有种四合木种群遗传多样性及遗传分化研究

利用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对西鄂尔多斯高原特有种四合木（Tetraena mogolica）4个种群遗传多样性和遗传分化进行了初步研究。电泳结果表明,四合木在种和种群水平维持较高的遗传多样性,1多态位点百分率P＝60％,等位基因平均数A＝1.6,平均期望杂合度He=0.245。4个种群之间遗传分化很小,基因分化系数GST只有0.052,明不同于其它濒危物种。四合木种较高的遗传多样性和极低的种群间分化,说明不同的种群可能有共同的起源,随机遗传漂变和近交衰退不是影响遗传多样性的主要过程。     

云南4个地区高山姬鼠线粒体细胞色素b遗传分化的研究

基于云南昆明、中甸、丽江和剑川4个种群(n=43)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列的遗传变异分析,探讨了该地区高山姬鼠种群的遗传分化。在1 140 bp Cyt b基因序列中,有50个变异位点(占全变异的4.38%),定义了22个单倍型。在4个种群中,昆明种群单倍型多样性和核苷酸多样性最高。分子变异分析表明,种群间的遗传变异占30.2%,种群内的遗传变异占69.8%。FST分析表明,除中甸种群和丽江种群之间差异不显著(P>0.05),其它种群间的差异均极显著(P<0.01)。22个单倍型在系统发生树中明显聚为两支(A和B),进化网络关系显示昆明种群处于进化分支最末端,推测种群进化方向可能从横断山地区到昆明地区,支持了姬鼠属从北向南扩散的理论。     

长白红景天天然种群遗传多样性及遗传分化

本研究利用水平淀粉凝胶电泳技术对分布于黑龙江省大海林业业局平顶山及吉林省的长白山北坡的四个海拔梯度的长白红景天的遗传多样性及遗传分化进行了初步分析,     

缢蛏5个群体遗传多样性和遗传分化的SNP分析

利用多态性SNP标记,采用SNaPShot方法分析了缢蛏(Sinonovacula constricta)5个群体(山东东营群体DY、浙江乐清群体YQ、福建云霄群体YX、广东湛江群体ZJ及广西钦州群体QZ)的遗传多样性和遗传结构。结果表明, DY、YQ、YX、ZJ和QZ的平均有效等位基因数(Ne)分别是1.754、1.555、1.558、1.533和1.519;平均香农指数(I)为0.605、0.501、0.502、0.489和0.471;平均观测杂合度(Ho)为0.317、0.282、0.282、0.265和0.285;平均期望杂合度(He)为0.423、0.336、0.338、0.325和0.313;平均最小等位基因频率(MAF)为0.336、0.241、0.238、0.234和0.229;缢蛏5个群体具有较高遗传多样性。STRUCTURE分析显示所有的缢蛏个体可以划分为5个聚类簇, 5个群体在每个聚类簇中占比为0.075—0.397,均未聚集到单个聚类簇中;AMOVA分析结果显示,群体间遗传分化系数(Fst)值为–0.0061—0.0829;群体两两之间遗传距离为0.0023—0...     

少孢节丛孢DNA随机扩增多态性及变种分析

本文对少孢节丛孢的１０个菌株进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。４个随机引物获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈多态性,单个引物获得的ＲＡＰＤ片段数在２～１３个之间。供试的１０个菌株来自不同的地方,形态差异较大,但四个随机引物的扩增结果基本上都体现了少孢节丛孢种的特征“指纹”。基于遗传距离分析和应用ＵＰＧＭＡ方法构建的分子系统树显示,少孢节丛孢不同地理群体间不存在遗传分化,提示ＲＡＰＤ在少孢节丛孢群体中没有显著的地区特异性。结果表明,根据分生孢子的大小将少孢节丛孢划分为三个变种的观点不能成立,而附属丝在少孢节从抱形态分类上没有意义。     

八面山银杉林的遗传多样性和群体分化

采用水平淀粉凝胶电泳技术对分布于湖南八面山的濒危植物银杉(cathaya argyrophylla Chun etKuang)的遗传多样性和群体分化进行了初步研究。对13个酶系统25个等位酶位点的检测表明,该地区的银杉林群体遗传变异水平很低,多态位点比率 P=0.28,等位基因平均数 A=1.36,平均期望杂合度He=0.100;但3个小群体间存在着明显的遗传分化,基因分化系数高达G_ST=0.26,明显不同于其它裸子植物的报道。八面山银杉林低水平的遗传变异和明显的群体分化,一方面反映了银杉的古老性和残遗性,另一方面也说明在银杉的进化过程中可能发生了严重的遗传漂变,而且群体之间的基因流明显受阻。     

周公河齐口裂腹鱼种群的遗传多样性和遗传结构

为探讨周公河中齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的遗传多样性和遗传结构, 沿周公河连续设定6个采样点进行齐口裂腹鱼采集, 在进行基因组DNA提取后以线粒体控制区(D-loop)为分子标记进行种群遗传多样性和遗传结构的评估。结果从63尾齐口裂腹鱼中共检测到32个单倍型, 核苷酸多样性(π)为0.013, 单倍型多样性(h)为0.966。遗传多样性最高的为张家湾种群(PopF, π=0.018, h=1.000), 核苷酸多样性最低的为罗坝种群(PopC, π=0.010, h=0.970), 单倍型多样性最低的为瓦屋山大坝下游种群(PopB, π=0.015, h=0.867)。种群间共享13个单倍型, 多数齐口裂腹鱼种群间的遗传分化水平中等或较低, 仅Pop C和Pop F (F_st=0.195, P<0.01), 种群Pop A 和PopE (F_st=0.158, P<0.01)分化程度较高, 显示各种群间较密切的遗传关系。周公河不同河段齐口裂腹鱼群体的遗传多样性处于较高的水平, 各种群间具有较近的遗传关系。     

东北地区豚草种群的遗传变异与遗传分化

采用水平切片淀粉凝胶电泳测定了东北地区分布的不同生态环境条件下7个豚草种群的遗传结构。统计分析了10个酶系统的12个位．点,结果表明：豚草种群内存在着丰富的遗传变异。多态位点百分率为81．32％,等位基因平均数为1．816,期望杂合度为0．377,遗传一致度和遗传距离为0．941和0．044。     

基于SNP标记的短须裂腹鱼自然群体遗传多样性分析

研究应用SLAF-seq技术开发了短须裂腹鱼(Schizothoraxwangchiachii)的SNP标记, 并使用开发的SNP标记分析了野生种群的遗传多样性。结果显示实验中RsaⅠ-HaeⅢ的酶切效率为86.93%, 共得到80.08 M reads。通过生物信息学分析, 共获得709758个SLAF标签, 其中多态性的SLAF标签共有243304个, 共得到777082个群体SNP, 测序平均Q30为94.79%, 平均GC含量为40.16%, 测得观测等位基因数为2.005, 期望等位基因数为1.5272, 观测杂合度为0.2007, 期望杂合度为0.3160, 平均遗传距离为0.1523, 遗传多样性指数为0.3386, 香浓指数为0.4827, 多态性信息含量(PIC)为0.2562, 次要基因型频率(MAF)为0.2313, 结果表明目前金沙江阿海至龙开口段短须裂腹鱼野生种群遗传多样性处于中等水平, 这和人为干扰有关。近年来短须裂腹鱼数量逐年减少, 研究短须裂腹鱼的遗传多样性对保护其种质资源起着重要的作用。     

PREDICTING HETEROSIS IN GRAIN YIELD FROM GENETIC DIVERGENCE ANALYSIS IN SUNFLOWER

Geneticdivergenceanalysiswasconductedbasedonperformanceof12quantitativetraitsin85sunflowerinbredlines,tostudyitseffectivenessinpredictingyieldheterosisofthe72hybridsfromthem.Resultsshowedthatlinearregressionmodelfittherelationshipbetweenheterosisofseedoilcontentandgeneticdistance,andquadraticregressionequationtherelationshipbetweengrainyieldheterosisandgeneticdistance,whichcanbeusedinpredictingheterosisfromtheparentperformances.Clusteranalysiswaseffectivetocertainextent,butitsutilizationshouldbelimited.Grainyieldandoilcontentcanbeimprovedsimutaneouslyaccordingtotherelationsbetweengeneticdivergenceandtheheterosisofthesetwotraits.     

GENETIC VARIABILITY AND POPULATION DIFFERENTIATION INFERRED FROM DNA FINGERPRINTING IN SILVEREYES (AVES: ZOSTEROPIDAE)

This study evaluated DNA fingerprinting as a tool for estimating population genetic diversity and differentiation by comparing minisatellite variation in island and mainland populations of silvereyes (Aves: Zosterops lateralis). Three populations with different recent histories were compared: (1) Heron Island and neighboring islands, colonized 3000 to 4000 yr ago; (2) Lady Elliot Island, colonized within the past two decades; and (3) an adjacent mainland population, which presumably has existed for thousands of years. The degree of genetic variability within the three populations reflected both their size and the time since their colonization. Minisatellite diversity was highest in the mainland population, intermediate in the Capricorn Island group (which was shown to represent a single admixture), and lowest in the Lady Elliot Island population, possibly because of a recent population bottleneck during colonization. Mean band sharing between any two populations was less than the mean within either of those populations, and four fingerprint bands common to island birds were rare or absent in the fingerprints of mainland birds. In the absence of significant gene flow between the mainland and the islands, the populations have apparently become distinct at minisatellite loci, as evidenced by differences in both allelic diversity and in the frequencies of specific fragments. Within the Heron Island population, cohort analyses demonstrated the temporal stability of the fingerprint profile over 6 yr. This study demonstrates that length polymorphisms at minisatellite loci may be stable enough over time to retain information about recent historical and demographic effects on the relative genetic variability and differentiation of small, closely related populations.