罗氏诊断和默克化工参展BIOTECH CHINA2008

罗氏诊断产品（上海）有限公司一罗氏应用科学部本次展位号B49＋B50 本次展会现场将发布最新的细胞学研究检测分析产品，展示的产品将包括：唯一一款具有可检测未知基因突变位点的高分辨率熔解曲线（HRM）分析功能的模块式高通量实时荧光定量PCR系统Light Cycler480系统，可应用于基因检测、基因定量，基因分型及基因扫描等基因表达分析研究的需要。     

基因逻辑网络研究进展

海量生物数据的涌现,使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径．特别是对于基因的复杂的功能系统,建立基因网络这种理论方法的意义更为突出．Bowers在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系,从而建立了系统发生谱数据的逻辑分析（LAPP）的系统方法．LAPP和通常建立模型的方法不同,它给出了一个从复杂网络的元素（或部件）的表达数据出发,通过逻辑分析,找到元素之间逻辑关联性的建模方法．这种方法能够从蛋白质表达谱数据出发,利用信息熵的算法发现两种蛋白质对一种蛋白质的联合作用,对于发现蛋白质之间新的作用机理有重要意义．由于涉及功能的基因组通常是一个大的群体构成的系统,因此LAPP方法也是一个生成复杂的基因逻辑网络的方法．基因逻辑网络的建立,方便实现通过逻辑调控进行基因调控的目的．这种方法可以应用在很多方面,如物种进化、肿瘤诊疗等等．系统阐述并分析了LAPP方法,并指出其在方法和应用方面的新进展以及评述．     

罗氏沼虾蜕皮周期中内分泌调控和蜕皮信号通路相关基因的表达分析

蜕皮是罗氏沼虾重要的生理过程,为了探究罗氏沼虾蜕皮周期中内分泌调控与蜕皮通路中相关基因在蜕皮周期中的表达模式,阐明罗氏沼虾蜕皮的分子调节通路。本研究测定了罗氏沼虾肝胰腺和血淋巴组织中蜕皮周期内蜕皮相关酶活性（谷氨酰胺合成酶,β-N乙酰氨基葡萄糖苷酶和几丁质酶）与蜕皮激素含量,并通过RT-qPCR分析了蜕皮信号通路中Mr-ETHR、MrFTZ-F1以及RXR、ECR和MIH基因在罗氏沼虾不同蜕皮周期内的表达模式。酶活测定结果表明,谷氨酰胺合成酶在血淋巴组织中活力高于肝胰腺组织（P<0.05）;β-N乙酰氨基葡萄糖苷酶在肝胰腺和血淋巴组织中蜕皮前期的活力远高于蜕皮后期（P<0.05）。在肝胰腺中几丁质酶在蜕皮后期活力显著高于其他时期（P<0.05）。肝胰腺和血淋巴组织中蜕皮激素含量在蜕皮间期最低,蜕皮后期达到最高,呈上升趋势。通过PCR扩增与测序验证获得了Mr-ETHR、Mr-FTZ-F1基因ORF全长序列,Mr-ETHR基因ORF全长1 173 bp,编码390个氨基酸;Mr-FTZ-F1基因ORF全长为1 206 bp,编码401个氨基酸。荧光定量结果表明Mr-ETH...     

胃癌差异表达基因在染色体上的定位及其功能分析

利用标准化的Affymetrix公司生产的U133A基因芯片检测胃癌（T）与切缘正常胃黏膜（C）基因表达谱差异,并利用生物信息学方法对检测结果进行差异基因在染色体定位和功能分析。结果表明：胃癌与正常胃黏膜比较差异8倍以上共有270个基因,其中表达上调[信号比的对数值（SLR）≥3]有157个,表达下调（SLR≤-3）有113个。从表达差异的基因在染色体定位分析,发现除4个基因未知其定位外,其余所有差异表达基因散在分布和各条染色体上,但以1号染色体为最多,有26个（占9．8％）,其次是11和19号染色体上分别有24个（各占9．1％）。而差异表达的基因发生在染色体短臂（q）上有173个（占65％）。从表达差异的基因功能分类看,属于酶和酶调控子基因最多（67个,24．8占％）,其次是信号传导基因（43个,占15．9％）,第3类是核酸结合基因（17个,占6．3％）,第4类是转运子基因（15个,占5．5％）,第5类是蛋白结合基因（12个,占4．4％）,还有功能未知的基因有50个,占18．5％。以上5大类共占基因总数56．9％。胃癌差异表达基因散在分布在各条染色体上,但以1、11、19号染色体差异表达基因居多。这5大类（酶和酶调控子、信号传导、核酸结合、转运子、蛋白结合）相关基因异常是今后研究胃癌的重要基因。     

利用eQTL构建基因-基因网络挖掘类风湿性关节炎风险基因

目的：类风湿性关节炎是一种全身的慢性炎症型疾病,可能影响许多组织和器官,主要发作于灵活的关节。全世界人群中大约有1％会患有类风湿性关节炎。目前已经证实了一些基因与类风湿性关节炎相关,但是这些基因只能解释一小部分遗传风险,因此我们需要新的策略和方法来解决这个问题。方法：表达数量性状位点（eQTL）是指能够调控基因或蛋白质表达的基因组位点,本文采用了eQTL数据构建基因一基因网络并挖掘候选类风湿性关节炎风险基因。结果：首先,利用eQTL数据,基于基因之间的共调控系数,建立基因-基因网络,我们建立了5个不同阈值（0、O．2、0．4、0．6和0．8）的基因-基因网络;然后,在OMIM和GAD数据库中搜索已经证实的与类风湿性关节炎相关的186个基因;最后我们将已证实与类风湿性关节炎相关的186个基因分别投入到这5个网络中,利用基因与基因之间的相关性来挖掘到一些可能与类风湿性关节炎相关的候选风险基因。结论：本文基于eQTL构建了基因．基因网络,结合已知类风湿性关节炎风险基因,挖掘未知风险基因,得到了较好的结果,证明了本方法的有效性,且对于类风湿性关节炎的发病机制研究具有重要价值。除了类风湿性关节炎外,本方法还可推广到其它复杂疾病中,因此本方法对人类复杂疾病的研究具有很强的学术理论价值和应用价值。     

罗氏沼虾幼体精氨酸激酶基因的cDNA克隆及其在双顺反子病毒感染后的表达特征

为探求罗氏沼虾精氨酸激酶（Macrobrechium rosenbergii arginine kinase,MrAK）基因特征和与病毒感染的相关性,研究通过AK基因mRNA全长克隆,并采用QPCR检测病毒感染前后不同时间点罗氏沼虾幼体AK基因的转录差异。最终克隆得到的AK序列全长为1740 bp（GenBank:KT970484）,其开放阅读框包含1068个碱基,编码356个氨基酸;同源性分析显示MrAK基因编码区蛋白与多齿新米虾、南极磷虾、鲑鱼海虱和安氏伪镖水蚤的同源性分别为97%、82%、83%和79%;系统进化树分析表明,该基因与多齿新米虾的AK聚在同一分支簇,而蟹、对虾和螯虾聚在另一分支;氨基酸结构分析表明,其存在一个可能的ATP:胍基磷酸转移酶的活性位点（Cys286-Pro287-Thr288-Asn289-Leu290-Gly291-Thr292）;病毒感染罗氏沼虾幼体后,其AK基因表达在第9h开始出现显著性上调,在12h时达到峰值,随后开始降低。以上研究结果表明,AK基因在无脊椎甲壳动物中存在多样性,其蛋白结构存在保守性,并且其在罗氏沼虾病毒感染过程中起到潜在的能量供给调节作用。     

产业动向

国家发改委认定四大国家生物产业基地;我国在杭州建立自主知识产权抗癌新药生产基地;我国首个木薯燃料乙醇项目开工;默克11亿美元收购Sirna公司;罗氏与GSK先后授权打造抗禽流感药新格局;美国农业专家访问暨南大学（科仁）微生物生物技术研究所;[编者按]     

人工神经原网络处理PCR数据在细菌鉴定中的应用

目的16SrRNA和16S-23SrRNA间区片段是常用细菌分类鉴定靶点,本研究探讨人工神经原网络（ANN）对上述位点PCR扩增产物数据分析在细菌快速鉴定方面的价值。方法2对15SrRNA基因荧光引物和1对16S-23SrRNA区间基因引物用于扩增血液标本中分离出的317株细菌。相关毛细管电泳（CE）限制性片段长度多态性（RFLP）和单链构象多态性（SSCP）数据进行人工神经原网络分析。结果16S-23SrRNA基因的RFLP数据对未知菌鉴定的准确率高于16SrRNA基因的SSCP数据,分别为98．0％和79．6％。结论实验证明了人工神经原网络作为一种模式识别方法对于简化细菌鉴定十分有价值。     

新疆维吾尔族运动员ACTN3基因R577X多态性研究

目的：研究新疆维吾尔族α-辅肌动蛋白-3（ACTN3）R577X多态性与运动能力相关性。方法：聚合酶链式反应．限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）法。结果：①维吾尔族普通人群ACTN3 R577X多态性频率符合H-W遗传平衡标准,有群体代表性;②速度力量型项目运动员RR基因型频率明显高于对照组（P〈O．05）;③耐力型项目运动员XX基因型频率高于对照组,但差异没有显著性（P〉O．05）;④足球运动员RR基因型频率高于对照组（P〈O．05）而低于速度力量组。结论：AcrN3RR基因型与维吾尔族速度力量素质呈显著相关;没有发现XX基因型与耐力型项目存在相关性,RR基因型亦可用于足球运动员选材的辅助因子。     

具有划时代意义的韩国拷贝数变异研究

罗氏NimbleGen已与韩国疾病控制与预防中心（KCDC）和Macrogen,Inc．公司签署合作协议,将共同实施一项针对韩国人的为期8个月的高密度CNV研究。该研究分为两个阶段,包括对韩国人口的大规模CNV特征描述,并对包括糖尿病在内的复杂疾病的基因相关研究中常见的CNV进行分析。     

乌鲁木齐市维吾尔、汉、哈萨克族人群NA等位基因频率调查分析

目的：通过中性粒细胞抗原（NA）等位基因的频率调查,了解乌鲁木齐地区（乌市）健康、无血缘关系的维吾尔族、汉族、哈萨克族人群NA基因的多态性,为NA相关的输血性疾病建立可靠的基因诊断技术。方法：优化并建立了多重PCR—SSP法,对乌鲁木齐市健康、无血缘关系的维吾尔族120名,汉族118名,哈萨克族102名进行中性粒细胞抗原（NA）的NA1和NA2等位基因频率的调查。结果：维吾尔族NA基因频率（NA10．383,NA20．617）,汉族、哈萨克族NA基因频率（NA1分别为0．555、0．510;NA2基因频率为0．445、0．490）。结论：多重PCR—SSP法分析NA基因等位基因频率结果较为可靠,重复性良好,方法操作简单。     

腺病毒载体介导的GFP基因在鸭胚成纤维细胞中的表达及RNA干扰

目的：建立在鸭胚成纤维细胞（DEF）中进行RNA干扰（RNAi）的技术平台,为鸭基因组功能的研究提供新的技术手段。方法：以绿色荧光蛋白（GFP）基因为报告基因,脂质体转染化学合成的GFP特异小干扰RNA（GFP-siRNA）,用流式细胞仪测定GFP-siRNA对重组腺病毒（Adv-GFP）介导的GFP基因在DEF中表达的干扰效果。结果：200MOI（感染复数）Adv-GFP介导的GFP基因在DEF中表达效率最高,为31．20％±3．1l％,对DEF的活力无明显影响;GFP-siRNA能有效干扰GFP基因在DEF中的表达,相对抑制率为98．56％。结论：在DEF中进行RNAi是可行的,Adv-GFP是介导外源基因在DEF中表达较为理想的载体;首次建立了在DEF中进行RNAi的技术平台,为鸭基因组的功能等研究提供了新的技术手段。     

筛选大鼠血管钙化消退差异表达基因及初步分析

目的：探讨大鼠在血管钙化消退过程中基因表达的变化。方法：选取6周龄SPF级雄性SD大鼠24只,随机分成3组（n=8）,分别为对照组、钙化组和消退组。钙化组和消退组制作血管钙化模型（vitamin D3 plus nieotine,VDN）,对照组生理盐水和花生油灌胃。钙化组和对照组于实验第8周处死,消退组继续饲养至16周处死,测定各组大鼠动脉组织钙含量并作病理检查。采用抑制性消减杂交方法将消退组和钙化组大鼠血管cDNA作差减杂交,分离消退组较钙化组高表达或低表达基因的cDNA片段,建立消退组和钙化组的差异表达文库,扩增、鉴定文库并测序阳性克隆,BLAST比对测序序列。随机挑选4个基因进行RT-PCR验证和DNA条带半定量分析。结果：①血管组织钙含量测定显示钙化组（（15．34±2．51）mg／g）较对照组（（5．20±0．75）mg／g）血管组织钙含量明显升高（P〈0．01）;消退组（（12．73±1．89）mg／g）较钙化组降低（P〈0．05）;②构建了血管钙化的差减文库,对所获阳性克隆进行测序和BLAST比对分析,获得28个表达上调基因和22个表达下调基因。RT-PCR验证示Prdx3,Ank2,Ror2,Abcel等基因在消退组和钙化组间差异表达,消退组较钙化组表达增高,平均约为后者的1．7倍。结论：VDN模型诱导的大鼠血管钙化可以发生主动消退。钙化消退过程中焦磷酸合成相关基因、谷氨酸信号相关基因、还原及凋亡调节基因表达上调,同时见较多骨化相关基因及氧化活性等基因表达下调。钙化抑制基因的表达增多而钙化促进基因表达的下降可能是钙化发生主动消退的内源性机制。     

卵巢上皮癌中ING4基因启动子的甲基化状态及其临床意义

目的：探讨卵巢上皮癌中ING4基因启动子的甲基化状态及其临床意义。方法：收集2005年7月至2012年6月哈尔滨医科大学附属第一医院行全面分期手术并经病理检查确诊的150例卵巢上皮癌组织标本,并以同期因子宫肌瘤或子宫腺肌症行子宫全切除术或次全切除术并经病理检查确诊为正常卵巢组织的150例标本作为对照组。采用甲基化特异性PCR（MSP）技术检测卵巢上皮癌组织与正常卵巢组织中ING4基因启动子的甲基化状态,蛋白印迹法检测1NG4蛋白的表达,并分析ING4基因启动子的甲基化状态与卵巢上皮癌临床病例特征的关系。结果：卵巢上皮癌组织中ING4基因启动子的甲基化阳性率为42．7％（64／150）,明显高于正常卵巢组织（4％,6／150）,差异有统计学意义（P〈0．05）。ING4基因启动子甲基化阳性的卵巢上皮癌组织中ING4蛋白表达阴性或弱阳性;1NG4基因启动子甲基化阴性的卵巢上皮癌和正常卵巢组织中ING4蛋白表达阳性;在64例1NG4基因启动子甲基化的卵巢上皮癌组织中,ING4蛋白表达强度与ING4基因启动子的甲基化程度呈负相关（r=-0．435,P〈0．05）。卵巢上皮癌组织中,1NG4基因甲基化的阳性率随着手术病理分期和组织学分级的增加而增加（P〈0．05）;卵巢透明细胞癌（55．6％,10／18）和卵巢子宫内膜样癌（59-3％,16／27）中ING4基因甲基化的阳性率显著高于浆液性囊腺癌（33．9％,20／59）和粘液性囊腺癌（39．1％,18／46）（P〈0．05）;ING4基因启动子的甲基化状态与患者的年龄、有无腹水及淋巴结转移均无显著相关性（P〉0．05）。结论：ING4基因启动子的甲基化可能促进了其在卵巢上皮癌组织中的表达失活,进而促进了卵巢上皮癌的生长和分化。     

基因诱捕技术及基因诱捕数据库

基因诱捕（gene trap）是基于小鼠胚胎干细胞、报道载体（诱捕载体）建立的一种基因突变方法。诱捕载体在整合位点利用内源基因调控元件模仿内源基因表达,使其表达终止,从而可以阐明内源基因的功能。由于诱捕载体及其报道基因的特点,基因诱捕技术可用于高通量生产,便于小鼠基因功能的大规模研究．为各类疾病动物模型的建立奠定良好基础。     

真正走向基因检查时代，当务之急是取得人们的一致认同

在利用聚合酶链反应（PCR）法进行基因检查方面完全处于领先地位的罗氏公司。走向个性化（Tailor-made）医疗时代,DNA芯片诊断药的开发也正式开始。他呼吁,基因诊断的普及,建立人们的认同感是必不可少的。[编者按]     

嵌合中国分离株基因的丙型肝炎病毒（1b／2a）细胞培养模型的建立

目的：建立嵌合中国分离株基因的丙型肝炎病毒（HCV）细胞培养模型。方法：利用3片段融合PCR的方法将中国HCV河北分离株（1b）的全长包膜蛋白基因引入JFH1（2a）株基因骨架,构建包膜蛋白基因区相互置换的嵌合HCV（1b／2a）全长基因组,经线性化后体外转录获得全长RNA,转染Huh7．5．1细胞系,用免疫荧光及蛋白印迹实验检测。结果：该RNA可以产生具有体外感染活性的嵌合HCV,且感染性可在共同培养的细胞间传播。结论：首次在国内建立了嵌合中国HCV分离株基因的HCV细胞培养体系。     

高低转移卵巢癌细胞株差异表达基因在染色体定位及其功能

用基因芯片技术研究高（H）、低（L）转移卵巢癌细胞株（HO-8910PM和HO-8910）和正常卵巢上皮（C）基因表达谱差异,筛选与卵巢癌转移相关的基因,并利用生物信息学方法对检测结果进行差异基因在染色体定位和功能分析。结果：高、低转移卵巢癌细胞株比较表达差异2倍以上共有409个基因,其中表达上调（信号比的对数值[SLR]≥1）有271个,表达下调（SLR≤-1）有138个。从表达差异的基因在染色体定位分析,发现除1个基因未知其定位外,其余所有差异表达基因散在分布于各条染色体上,但以1号染色体最多有43个（占10．7％）。其次是6号染色体有39个（占9．6％）,第三是2号染色体有29个（占7．1％）。第四是17号染色体有28个（占6．9％）。第五是3号染色体有25个（占6．2％）。第6是5号和11号染色体各有24个（各占5．9％）。而差异表达的基因发生在染色体短臂（q）的有264个（占64．7％）,在13,14,15,21和22号仅发现在q都有异常表达。从表达差异基因的分子功能分类看,属于酶和酶调控子基因为最多（104个,占25．4％）,其次是信号传导基因（43个,占10．5％）。第3类是核酸结合基因（42个,占10．3％）。第4类是蛋白结合基因（34个,占8．3％）。以上4大类共占基因总数54．5％。还有功能未知的基因有76个,占18．6％。高、低转移卵巢癌细胞株差异表达基因散在分布在各条染色体上,但以1、6、2、17、3、5和11号染色体差异表达基因居多。肿瘤的转移是多基因共同作用的结果。4大类（酶和酶调控子、信号传导、核酸结合和蛋白结合）相关基因异常是我们今后研究卵巢癌转移的重要基因。     

IL-10基因启动子-627位点多态性与过敏性哮喘

目的：探讨白细胞介素-10（IL-10）启动子-627C／A基因多态性和等位基因频率与过敏性哮喘血清IgE、IL-10浓度以及病情严重程度的相互关系。方法：从哮喘病人DNA文库中选择青岛地区过敏性哮喘病人518例和健康志愿者501例,采用PCR—RFLP方法对IL．10基因启动子．627位点多态性进行观察,比较两组基因型和等位基因的分布频率,同时测定血清中总IgE、IL-10浓度和肺功能检查（FEV1、FVC、FEV1／FVC）。结果：轻度和中一重度哮喘组AA、CA和CC基因型所占比例分别为38．1％、46．0％、15．9％和45．6％、46．2％和8．2％（P=0．0168,X2=8．232,df=2）。A等位基因与哮喘病轻的严重程度有明显相关性（P〈0．05）。AA基因型哮喘病人血清的IgE浓度显著升高（P〈0．01）,但其血清IL-10浓度比CC基因型携带者明显降低（P〈0．01）。结论：IL-10基因启动子-627位点多态性与过敏性哮喘的发生有一定的相关性,等位基因A是哮喘患病的风险基因,而等位基因C则是哮喘病的保护基因。     

新的抗流感药市场前景看好

在日本．一说到流感治疗药首先想到的就是罗氏集团公司旗下的中外制药公司销售的达菲（oseltamivir）。甚至有人说日本的消费量曾达到过达菲销售量的70％。据中外制药公司报告,2009年度达菲的销售额增加了9．1倍．金额达到762亿日元（1日元=0．0768元人民币．仅供参考,下同）。