基于数据挖掘分析MTERF2基因在子宫内膜癌的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析线粒体转录终止因子2(MTERF2)基因在子宫内膜癌及正常子宫内膜组织中的表达情况,并进一步探讨MTERF2对子宫内膜癌患者预后的影响。方法:利用Oncomine数据库分析MTERF2基因DNA拷贝数在子宫内膜癌组织中的变化;利用cBioportal分析MTERF2基因在子宫内膜癌组织中的突变情况;通过基因表达谱动态分析(GEPIA)探讨人体正常组织及其相应的肿瘤组织中MTERF2基因的表达差异;经MethHC分析子宫内膜癌和正常子宫内膜组织中MTERF2基因DNA启动子区甲基化水平的差异;利用OncoLnc对MTERF2基因的表达水平与子宫内膜癌患者生存率做Kaplan-Meier生存分析和Log-Rank检验;在String-DB数据库中探索MTERF2基因在线粒体DNA表达调控过程中关系密切的相关基因。结果:与正常子宫内膜组织相比,子宫内膜癌组织中MTERF2基因DNA拷贝数无明显变化(P0.05),在mRNA水平呈显著低表达(P0.05),DNA启动子区甲基化水平显著降低(P0.005);MTERF2基因的表达水平与子宫内膜癌患者的总体生存时间无显著相关性(Log-Rank P0.05);TFB1M、TFB2M、POLMT、MTERFD1、MTERFD2、PTCD1、SSBP1、COA3、HDGFRP3等基因与MTERF2基因关系密切,可能存在相互作用。结论:大样本数据挖掘能迅速获取子宫内膜癌组织中MTERF2基因表达的相关信息,为深入探究MTERF2基因在子宫内膜癌发生发展中的作用机制及其预后价值奠定基础。     

肝细胞癌中FHIT基因启动子甲基化状态分析及其与临床病理特征之间的关系研究

目的:分析肝细胞癌组织中FHIT基因启动子甲基化状态及其与FHIT基因表达和肝细胞癌临床病理特征的关系。方法:运用甲基化特异性PCR(MSP)方法分析肝细胞癌组织和癌旁正常肝脏组织中FHIT基因启动子甲基化状况;应用RT-PCT和Western免疫印迹方法检测FHIT基因mRNA和蛋白的表达情况;统计学分析FHIT基因启动子甲基化与肝细胞癌临床病理特征的关系。结果:MSP分析结果表明肝细胞癌组织中FHIT基因甲基化率(60.8%)显著高于癌旁正常组织中FHIT基因甲基化(16.2%;x2=31.071,P=0.000)。同时我们还发现:发生完全或者部分甲基化的肝细胞癌组织或者癌旁正常肝组织中FHIT基因mRNA和蛋白表达水平显著降低。FHIT基因启动子甲基化和肝细胞癌患者的临床分期和肝外转移情况密切相关(P=0.006和0.049),而与其他临床病理特征无相关性(P>0.05)。结论:FHIT基因甲基化是导致FHIT基因在肝细胞癌中失活的一个重要因素,与肝细胞癌的发生密切相关,有望成为肝细胞癌早期诊断的分子检测标志物和分子治疗新靶点。     

卵巢癌中线粒体转录终止因子1的表达及其意义

目的:探讨人线粒体转录终止因子1(MTERF1)在卵巢癌中的表达及其在预后判断中的作用。方法:利用Oncomine数据库对比分析卵巢癌和正常卵巢组织中MTERF1基因表达水平;提取10例配对卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织总RNA和蛋白质,real time RT-PCR检测MTERF1 mRNA在各组织中的表达,Western印迹检测MTERF1蛋白在各组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析MTERF1表达对卵巢癌患者的预后价值。结果:Oncomine数据库中共收集了8个不同类型的研究结果,荟萃分析显示MTERF1在卵巢癌中表达增高,且差异具有统计学意义(P0.05)。本研究10例卵巢癌及其配对的正常卵巢上皮组织中,有6例卵巢癌中MTERF1 mRNA和蛋白质表达水平增高。Kaplan-Meier plotter数据库分析显示,MTERF1 mRNA表达水平越高,早于2期的卵巢癌患者无进展生存期越短,预后越差(P0.05);但卵巢癌患者的总生存期与MTERF1 mRNA表达水平无相关性(P0.05)。结论:卵巢癌组织中MTERF1 mRNA和蛋白质表达升高;在早期卵巢癌患者中,MTERF1表达水平越高,预后越差,可作为预测卵巢癌患者预后的潜在分子标记物。     

HPX基因在肝癌中表达及与肿瘤细胞增殖的关系

[目的]探究HPX基因在肝细胞癌中的表达水平,阐述其表达水平与患者预后的关系以及其表达对肝癌细胞增殖的影响.[方法]利用Oncomine数据集探索HPX基因在肝癌肿瘤组织及癌旁正常组织的表达差异;用Kaplan-Meier法分析HPX表达水平对肝癌患者总生存期及无复发生存期的影响;实时荧光定量PCR法检测正常肝细胞和肝...     

基于TCGA数据分析研究TMEM206在HCC中的表达及其与预后的相关性

[目的]探讨TMEM206表达在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断和预后中的价值。[方法]从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肝细胞癌数据集表达谱及临床病理特征资料。采用KaplanMeier和Cox分析,观察TMEM206表达对肝细胞癌患者生存和预后的影响。使用TCGA数据集进行基因集富集分析(GSEA)。[结果]TMEM206在HCC肿瘤组织中的表达高于癌旁组织(P 0.000 1),并且TMEM206的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期都有显著相关。生存分析结果表明TMEM206表达越高,HCC患者的总体生存时间越短。单因素和多因素Cox分析表明,TMEM206 mRNA的表达可能是判断HCC预后的有效生物标志物。GSEA鉴定了TMEM206在HCC中的高表达可能与泛素介导的蛋白质水解、胞吞作用、RNA降解、小细胞肺癌、癌症通路、胰腺癌、胞质DNA传感途径、慢性粒细胞白血病、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞周期等反应有关。[结论]TMEM206 mRNA高表达是肝细胞癌的诊断和预后中的有效生物标志物。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

基于大数据分析CAP2基因在肝细胞癌中的表达意义

[目的]研究CAP2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义.[方法]对TCGA和Oncomine数据库中CAP2进行检索,并对所获取的数据二次分析.[结果]Oncomine数据库中共收集了33项(高表达14项、低表达19项)CAP2在肿瘤组织与正常对照组织中表达差异具有统计学意义的结果.肝细胞癌中CAP2高表达有5项,低表达...     

人线粒体转录终止因子3基因RNA干扰表达载体的构建筛选与干扰效果评价

目的:构建人线粒体转录终止因子3(MTERF3)基因的短发夹RNA(shRNA)干扰表达载体,并在mRNA和蛋白质水平对其干扰效率进行验证,以检测和筛选出干扰效率最优的shRNA表达载体。方法:根据人MTERF3基因全长cDNA序列,利用Oligoengine在线软件设计4个shRNA序列,合成4条互补寡核苷酸链,退火成双链后克隆至psiU6.1载体,得到4个重组干扰质粒psi-MTERF3-1～psi-MTERF3-4,并通过PCR和DNA测序对其进行鉴定;将重组干扰质粒利用脂质体介导瞬时转染He La细胞,转染48 h后采用real time RT-PCR检测4个干扰质粒对MTERF3 mRNA表达水平的影响,采用Western印迹检测其对MTERF3蛋白表达水平的情况,并筛选出最有效的shRNA干扰质粒。结果:PCR鉴定和DNA测序鉴定证实重组质粒中已插入目的DNA序列;real time RT-PCR和Western印迹结果表明4个重组载体均可以显著降低人MTERF3基因mRNA和蛋白质的表达水平(P0.05),其中以pSi-MTERF3-4的干扰效率最优,对MTERF3 mRNA表达的抑制率为70.1%,对MTERF3蛋白表达的抑制率为72.2%。结论:在人宫颈癌He La细胞系筛选出有效干扰MTERF3基因表达的shRNA序列,构建了针对MTERF3基因的RNA干扰真核表达载体且能够有效抑制目的基因的表达,为进一步研究人MTERF3在宫颈癌发生发展中的作用机制提供了实验基础。     

MTERF2在人子宫颈癌细胞株中的表达及对细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的:线粒体转录终止因子2(MTERF2)是线粒体类核的重要组成成分,且参与线粒体基因的表达调控。本研究旨在阐明MTERF2基因在体外培养的人类正常子宫颈上皮细胞株和子宫颈癌细胞株中的表达情况,并进一步探讨MTERF2对子宫颈癌HeLa细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法:采用qRT-PCR和Western印迹检测正常子宫颈上皮细胞株(End1/E6E7)和子宫颈癌细胞株(HeLa、SiHa、C-33A、C4-1、CaSki)中MTERF2 mRNA及其蛋白质的表达情况;分别构建MTERF2稳定过表达或下调表达的子宫颈癌HeLa细胞株,通过XTT实验、细胞划痕实验、Transwell迁移实验、Transwell侵袭实验、克隆形成实验和流式细胞术等方法观察MTERF2基因过表达或表达下调对子宫颈癌细胞恶性生物学行为的影响。结果:MTERF2蛋白及mRNA在子宫颈癌细胞株中的表达水平均低于正常宫颈上皮细胞株。与对照组相比,稳定过表达MTERF2的子宫颈癌HeLa细胞增殖能力下降,同时子宫颈癌HeLa细胞的克隆形成能力、迁移能力和侵袭能力均显著下降;细胞周期出现G1/S期阻滞,周期蛋白D1和pRb蛋白的表达水平明显下降。下调MTERF2表达的子宫颈癌HeLa细胞的增殖能力、克隆形成能力、迁移能力和侵袭能力均有所增强,且未出现细胞周期阻滞。此外,稳定过表达或下调MTERF2表达对子宫颈癌HeLa细胞凋亡均没有显著影响。结论:MTERF2基因在子宫颈癌细胞株中的表达水平低于正常子宫颈上皮细胞株,且负调控子宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭,提示其可能在子宫颈癌发生发展中发挥类似抑癌基因的作用。     

环氧化物水解酶2在肝细胞癌中的表达水平与功能作用

本研究通过公共数据和实验数据,全面分析环氧化物水解酶2(epoxide hydrolase 2, EPHX2)在肝细胞癌中的表达情况、功能作用以及预后意义。利用GEO和MitoCarta数据集,筛选肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因;利用TCGA数据库分析EPHX2及其相关基因在肝细胞癌中的表达水平;运行R包绘制Kaplan-Meier生存曲线和功能富集分析;基于STRING和GSEA构建蛋白质互作网络和基因集富集分析;荧光定量PCR和GEO数据集验证EPHX2在肝细胞癌中的表达水平。本研究共筛选得到15个在肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因。EPHX2在肝细胞癌组织中的表达水平显著降低(P<0.01)。EPHX2表达水平与肝癌患者性别、分期和级别有关,而与年龄、T分期等因素无关。与EPHX2低表达组肝癌患者相比,EPHX2高表达组肝癌患者预后较好。功能富集结果显示,EPHX2与补体途径、脂肪酸降解等信号通路有关。蛋白质互作网络结果显示,EPHX2与HAO1、AGXT、ACOX1、GSTκ1、SCP-2、CAT、CYP2C8,CYP2C9,CYP2B6,和CYP2J2等密切相关。GSEA结果显示,EPHX2低表达组与肝癌细胞增殖、肝癌复发等基因集正相关。荧光定量PCR和GEO数据集验证结果显示,EPHX2在肝细胞癌组织和肝癌细胞株中呈显著低表达。EPHX2在肝细胞癌中呈显著低表达,提示其可能在肝细胞癌发生发展过程中发挥抑癌基因作用,但具体作用机制还需进一步验证。     

鼠肝细胞癌变中DNA甲基化作用的研究

本文用~3H标记的S-腺苷酰甲硫氨酸(~3H-SAM)为甲基供体,以同位素掺入法测定了正常小鼠肝细胞、H_(223)腹水癌细胞及荷癌肝细胞的DNA甲基化酶活力。并用HPLC法测定了上述细胞的DNA甲基化水平。发现:H_(223)腹水癌细胞及荷癌肝细胞的DNA甲基化酶活力和DNA甲基化水平明显低于正常肝细胞。当以抗肝癌药物去甲斑蝥素和斑蝥酸钠处理荷癌小鼠6天后,可使H_(223)腹水癌细胞及荷癌肝细胞的DNA甲基化酶活力回升,但并未检出DNA甲基化水平的回升。     

基于公共数据库分析TCF3在胃癌中的表达及临床意义

[目的]探讨TCF3在胃癌组织中的表达水平及其与临床预后的相关性。[方法]通过GEPIA、ULCAN数据库分析TCF3在胃癌组织中的差异性表达、临床病理资料以及与错配修复基因之间的关系,并利用Kaplan-Meier Plotter数据库绘制TCF3与胃癌患者生存预后曲线。根据Spearman相关系数寻找胃癌中和TCF3作用相关的基因,另外对TCF3及其相关基因进行G0/KEGG富集分析,找出其中最具差异性的生物学注释,最后使用String数据库搭建TCF3蛋白质和上下游蛋白的调控互作网络。[结果]胃癌组织中TCF3表达水平明显高于正常胃组织(P<0.05),而且TCF3与错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6、PMS2之间存在显著相关性(P<0.001),另外TCF3表达与肿瘤组织分化程度高低、是否感染幽门螺旋杆菌有关(P<0.05)。生存分析数据表明TCF3表达量越高,胃癌患者的总生存率和进展后生存率越低(P<0.001)。生信富集分析结果显示TCF3及其相关基因在生物遗传信息保存、细胞周期、肿瘤发生发展方面有重要作用(P<0.05),蛋白质网络提示...     

DNA甲基化对牛Igf-2r表达的影响及其在克隆牛发育中的作用

目前认为克隆效率低的主要原因是供体核的不完全重编程导致发育过程中一些重要的基因异常表达。运用DNA甲基化转移酶抑制剂5′-脱氧胞苷(5′-azacytidine,5′-aza)处理MDBK细胞(牛肾上皮细胞),并通过实时荧光定量PCR方法对Igf-2r基因的表达进行了定量分析;在此基础上,应用亚硫酸盐甲基化测序法检测正常牛及克隆牛脑、肺、心、肝组织Igf-2r印迹调控区DMR2(DNA differentially methylated region,DMR)及非印迹调控区3′-UTR(3′-untranslated region,UTR)的DNA甲基化水平。研究发现,5′-aza处理MDBK细胞后,Igf-2r基因的表达上调。正常牛各组织中Igf-2r DMR2区的DNA甲基化程度差异较大,3′-UTR区较稳定;与正常牛相比,克隆牛DMR2区的甲基化程度变化较大,3′-UTR区无显著性变化。结果表明,DNA甲基化修饰影响Igf-2r基因的表达。正常牛不同组织中Igf-2r基因DMR2区的DNA甲基化程度不同,提示Igf-2r基因的印迹调控方式在不同组织中可能不同。克隆牛发育过程中,调控Igf-2r基因印迹的DMR2表观结构被明显改变,而非印迹调控区3′-UTR则无明显变化,提示Igf-2r基因印迹调控区被破坏,很可能是导致克隆牛发育异常的一个重要原因。