黑麂（Muntiacus crinifrons）3个种群的遗传多样性

黑麂,为我国特有动物,被公认为目前世界上最珍稀的鹿科动物之一.为了更好地保护黑麂这一珍稀的濒危野生动物,基于黑麂线粒体控制区序列对遂昌分布中心的3个黑麂种群的遗传多样性和基因流进行了研究.结果显示,3个种群的36个个体中有13个变异位点,占分析序列长度的2.71%,且这13个变异位点皆为碱基置换,并未出现碱基插入或缺失的现象,并由此定义了12个单倍型.遗传多样性检测结果显示遂昌种群具有最高的遗传多样性,应予以优先保护.从Tajima′s D和Fu and Li′s D值的估算结果来看,这3个黑麂种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P＞0.1),没有明显的证据显示这3个黑麂种群间存在很强的平衡选择.3个种群间基因流 Nm均大于1,这3个黑麂种群间存在着较为丰富的基因流.3个黑麂种群单倍型间的序列差异为0.009,这表明这3个黑麂种群的单倍型未出现分化.     

伏牛山区连翘遗传多样性研究

利用2个叶绿体及1个核基因片段,对伏牛山区3个连翘野生种群30个个体进行了遗传多样性分析.结果表明,叶绿体基因数据得到4个单倍型(H1～H4),单倍型多样性指数(h)为0.545±0.066,核酸多样性指数π为0.001 72±0.000 21.核基因数据得到10个单倍型(A～J),单倍型多样性指数为0.501±0.076,核酸多样性指数π为0.002 53±0.000 49.核基因种群间遗传分化(ФST)为0.167,小于叶绿体基因ФST(0.886),种群间基因流(Nm)为1.250,显著大于叶绿体基因Nm(0.030).研究发现,伏牛山区野生连翘种群目前仍具有较高的遗传多样性,但部分人类活动较多的地区已经造成了连翘遗传多样性的降低.连翘种群间地理距离会限制种子介导的基因流,但在小区域范围内对花粉所介导的基因流影响不明显.     

长江上游小眼薄鳅线粒体DNA遗传多样性

小眼薄鳅是长江上游特有的小型鱼类,自然分布狭窄。本研究采用线粒体细胞色素b(cytochrome b,cyt b)和控制区序列,对长江上游江津段和岷江下游宜宾段两个群体共108尾小眼薄鳅(Leptobotia microphthalma)样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果表明:小眼薄鳅群体cyt b序列共检出28个多态位点,34种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.889和0.00382;控制区序列共检出变异位点49个,单倍型65种,Hd指数和Pi指数分别为0.958和0.00420。分子方差分析(AMOVA)显示:小眼薄鳅采样点群体内的变异大于群体间的变异,遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化(F_(ST)0.05),平均基因流(Nm)表明小眼薄鳅各采样点群体间基因交流十分频繁。基于Network网络结构可将小眼薄鳅样本划分成3个谱系,谱系间显示了显著的遗传分化(FST0.25),提示小眼薄鳅种群内部可能有隔离的产生。核苷酸错配分布及Tajima's D中性检验结果显示小眼薄鳅可能未发生种群扩张事件。     

长江中游鳊群体的遗传多样性

采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素b基因(cytb)和控制区序列,分析长江中游宜都、沙市、燕窝、团风等4个产卵场鳊种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:长江中游鳊群体cytb序列共检出82个多态位点,86种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.930和0.00244;控制区序列共检出变异位点46个,单倍型76种,Hd指数和Pi指数分别为0.972和0.00505;构建的单倍型网络结构和分子方差分析(AMOVA)显示,4个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化;群体间的分化指数(FST)、平均基因流(Nm)和平均K2-P遗传距离均表明,4个鳊地理群体间存在广泛的基因交流,未发生明显群体遗传分化;中性检验表明,鳊历史上发生了群体扩张,扩张时间在第四纪冰期后期。     

基于线粒体COI序列变异的高原鼢鼠种群遗传分化研究

基于线粒体COI基因序列对高原鼢鼠7个地理种群的遗传多样性、遗传分化和基因流进行分析,158条COI基因序列中发现了570个变异位点,界定了54个COI单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.911,种群单倍型多样性在0.278—0.964之间,高原鼢鼠的种群遗传多样性较高。群体总的遗传分化系数Fst为0.611,群体间的基因流Nm在-0.020—3.700之间,部分地理种群之间的遗传分化程度高,基因流弱。AMOVA分子变异分析显示,高原鼢鼠的遗传变异主要来自种群之间(77.56%),种群内部的遗传变异较低(22.44%)。中性检验(P0.01)与错配分析显示高原鼢鼠种群经历了群体扩张事件。IBD未检测到地理距离与种群间遗传距离的显著性相关关系(R2=0.124,P=0.118)。综合分析认为,高原鼢鼠不同地理种群间遗传分化的原因除地理隔离外,还与迁移扩散方式、进化过程和其他环境因素有关。     

东北地区狍种群的遗传多样性研究

狍为我国重要的经济动物,并且是国家一级保护动物东北虎的主要猎物之一。因此,深入了解狍各地理单元内种群的遗传变异,可以为我们制定保护管理策略提供依据,进而使珍稀濒危物种得到有效的保护和管理。本文对88个不同狍个体(来自8个不同地点)的线粒体DNA控制区的部分序列进行了测定和群体分析,获得了463bp的片断,并检测到59个变异位点,占分析长度的7.84%,且这59个变异位点皆为碱基置换,未出现碱基插入或缺失的现象,定义了30种单倍型,核苷酸多样性平均值为0.02641,种群总体遗传多样性较高。从Tajima’sD和FuandLi’sD值的估算结果来看,这8个狍种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P0.1),没有明显的证据显示这8个狍种群间存在很强的平衡选择。30个单倍型整体上将东北狍种群分为3个亚群,分子变异分析表明3个亚群间基因流Nm均大于1,说明这3个狍亚群间存在着基因流。     

基于线粒体COI基因序列的内蒙古沙葱萤叶甲种群遗传多样性及遗传分化

沙葱萤叶甲Galeruca daurica(Joannis)是一种近年来在内蒙古草原上猖獗发生为害的新害虫,为明确内蒙古沙葱萤叶甲不同地理种群间的遗传多样性及遗传分化,本研究测定了内蒙古8个地理种群的197头沙葱萤叶甲的线粒体COI基因417 bp序列,利用Dna SP 5.0、Arlequin 3.11和Network 4.6.1.0等软件对沙葱萤叶甲种群间的遗传多样性、遗传分化、分子变异等进行分析。在所分析的197个COI序列中,共有43个变异位点和62个单倍型,其中2个单倍型为各种群共享,每个种群具有3个及以上的独享单倍型。总种群的单倍型多态度指数Hd为0.9466,不同地理种群单倍型多态度Hd在0.8889-0.9600。总群体固定系数Fst为0.0315,基因流Nm为15.37。中性检验结果不显著(Tajima's D=-1.6300,0.10P0.05),说明内蒙古沙葱萤叶甲在较近的历史时期内没有出现种群扩张现象。分子变异分析(AMOVA)结果表明,沙葱萤叶甲的遗传分化主要来自种群内部(96.34%),而种群间未发生明显的遗传分化。各种群间遗传分化程度与地理距离无显著相关性。不同地理种群的单倍型在中介网络图上散布在不同的分布群中,未形成明显的地理分布格局。结果表明沙葱萤叶甲不同地理种群遗传多样性高,基因交流程度高,遗传分化不明显且与地理距离无显著相关性。     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

黑麂皖-浙分布中心种群的遗传多样性

本文基于黑麂线粒体控制区序列对皖浙分布中心的4个黑麂种群的遗传多样性和基因流进行了研究。结果显示:4个种群的33个个体中有14个变异位点,占分析序列长度的2·91 %,并由此定义了12个单倍型;遗传多样性检测结果显示4个种群中开化种群具有最高的遗传多样性,应予以优先保护;4个种群间尚存在着一定的基因流,但存在可能由于遗传漂变而产生分化的危险。从Tajima’s D和Fu and Li’s D值的估算结果来看,这4个黑麂种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离,具有较为稳定的种群结构(P>0·1),没有明显的证据显示这4个黑麂种群间存在很强的平衡选择。     

基于cpDNA atpB-rbcL非编码序列分析桫椤种群遗传结构和遗传多样性,以贵州赤水桫椤国家级自然保护区为例

以PCR产物克隆后测序的方法测定了贵州赤水桫椤国家级自然保护区3个种群59个个体的叶绿体DNA (cpDNA) atpB-rbcL非编码区序列.序列长度介于727~732 bp之间,具长度多态性,A+T百分比含量较高,介于63.27%~63.89%之间.遗传多样性水平较低,表现出较高的单倍型多样性(h=0.639)和低的核苷酸多样性(Dij=0.00028)并存的特征,提示现有种群可能源自一个有效群体规模较小的种群的快速扩张,扩张时间尚短,不足以形成更为复杂的遗传结构.种群间的高基因流Nm、低遗传分化度FST、AMOVA分析以及DNA歧异度结果一致显示各种群间无明显的遗传分化.