冰核微生物中冰核基因重复序列PCR分析*

在本试验的条件下 ,PseudomonoassvringaeinaZ基因产生的蛋白的主要重复基元的编码区 :5’-GCCGGTTATGGCAGCACGCTGACC- 3’序列既在冰核真菌、细菌中存在 ,也在非冰核真菌、细菌中存在 ,即冰核细菌、真菌和非冰核细菌、真菌都有扩增产物 ,并且产物呈多态性 ,同一个种不同菌株间也呈多态性 ,说明该引物不适合用于鉴定真菌、细菌中冰核基因是否存在 ,也不能用于区分冰核真菌和非冰核真菌以及区分冰核细菌和非冰核细菌 ,更不能根据其扩增片段的量和大小说明冰核真     

冰核细菌(Erwinia ananas 110)冰核基因克隆和序列分析

从作者自行分离的冰核细菌（Erwinia ananas110)中克隆到我国第1个细菌冰核基因,并完成其序列测定和分析,所克隆基因编码区全长3921bp,编码1306aa,氨基酸序列明显分为3个区即N-端（161aa),C-端（41aa)的单一序列区和中部的高度重复序列R区（1104aa)。以16氨基酸为重复单元的R区占整个编码序列的84.5%。序列分析表明我们所克隆的基因为一个新冰核基因,将其命名为iceA。该基因已在GenBank上登录,登录号为：AF387802。     

冰核细菌及冰核基因的应用研究进展

引起水由液态变为固态的物质称为冰核或成核剂。冰核种类繁多,目前已发现4属23种或变种的细菌、4属11种或变种的真菌和1种病毒,它们都具成冰活性。细菌冰核是一类蛋白质,也称冰蛋白,由细菌冰核基因编码。作为生物冰核领域的研究重点,冰核细菌的研究已涉及到促冻杀虫、防霜冻、植物病害等多个领域;同时冰核细菌已成功地应用于人工降雪、制冷和高敏检测等方面,具有广阔的应用前景。主要对冰核细菌的应用研究现状和发展进行综述。     

平胸龟Sox基因的克隆和序列分析

本文采用ＰＣＲ技术扩增和克隆了平胸龟的Ｓｏｘ基因,并通过银染测序进行了序列分析。结果显示,平胸龟雌雄个体均能扩增出相同长度的片段,其ＤＮＡ序列与人ＳＲＹ基因的ＨＭＧ－ｂｏｘ同源性达７２．７％,推测的氨基酸序列与ＳＲＹ基因的ＨＭＧ－ｂｏｘ序列同源性为４６．５％,充分显示出Ｓｏｘ基因在系统进化上的保守性。本文为Ｓｏｘ基因的起源和进化研究提供了资料。     

鲤鱼生长激素基因的PCR扩增、克隆及其序列比较

从鲤鱼(Cyprinus carpio)脑垂体中分离其总RNA,经反转录成为第一条链cDNA。以第一条链cDNA为模板,以合成的两段29个寡聚核苷酸为引物,再经过PCR扩增,合成了鲤鱼的生长激素基因,并把其克隆到大肠杆菌表达载体(P^{blue-ocripx Ks+/-})上。序列分析和限制酶切图谱表明所克隆的鲤鱼生长激素基因的开放读框含有630bp,编码210个氨基酸,其中含有22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟GH序列。我们所克隆的鲤鱼GH基因与Koren发表的鲤鱼GHcDNA的序列在编码区完全一致,但是与chao发表的鲤鱼GHcDNA比较,在编码区核酸序列和氨基酸序列的同源性分别为95．6％和96．7％。     

微生物基因组全序列分析进展

目前已测定了１３种微生物的基因组全序列，为追踪生物进化网络提供了宝贵信息，本文综述了已经取得的重要成果，并提出进一步研究的意见。     

赤链蛇Sox基因的克隆及序列分析

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计一对兼并引物,采用PCR技术扩增了赤链蛇的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序,结果在雌雄个体中共筛选出三个Sox基因,其中有一个为雌雄共有,显示出性别差异性;三个Sox基因编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX4,SOX22基因的相似性分别为96%,98%,96%。显示出Sox基因在进化上的高度保守性,本文为赤链蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

冰核活性细菌基因的研究进展及其应用

冰核活性细菌是一类可以诱导过冷水结冰而导致霜冻灾害的细菌,它已成为一种重要的生物资源获得广泛的研究与开发,在基础理论和应用研究方面取得了较大进展。近些年来,许多国家的学科研究者对于冰核基因的研究与开发开展了大量的工作。自1985年克隆出了第一个冰核基因后,目前已经从冰核细菌中克隆了8个冰蛋白基因并完成了测序。冰核活性细菌及基因资源具有广阔的研究开发的价值,且具有良好的应用前景。所以,对于冰核活性基因的结构特点及近年来的研究现状有个总体了解是很有必要的。本文主要介绍了冰核活性基因及其应用方面的研究进展情况。     

细菌基因组重复序列PCR技术及其应用

细菌中散在分布的DNA重复序列近年来不断被报道,基因外重复回文序列和肠细菌基因间共有重复序列是两个典型的原核细胞基因组散在重复序列。重复序列在染色体上的分布和拷贝数具种间特异性,用它们的互补序列作为引物,以细菌基因组DNA为模板进行PCR扩增反应,反应产物的琼脂糖电泳可以提供非常清晰的DNA指纹图谱,使用此图谱既可对各种微生物进行快速分型及鉴定,又可对它们进行DNA水平上的遗传多样性分析。细菌基因组重复序列PCR技术具有简捷、快速、结果稳定等特点,可对细菌进行分子标记,用于菌株分型、分类鉴定和亲缘关系等方面的研究。     

新石器时代人骨遗骸中古代DNA的提取及X—Y染色体同源基因片段的PCR扩增

从中国新石器时代人骨遗骸中提取出古代ＤＮＡ。通过聚合酶链式反应技术扩增得到Ｘ－Ｙ染色体上的单考贝同源基因片段。由于扩增的基因片段长度具有性别多态性,从而为古代人骨和牙齿提供了分子生物学的性别鉴定。     

中国苏云金芽孢杆菌的分布与cry基因的多样性

采集全中国27个省、自治区及4个直辖市昆虫孳生地粉尘、土壤等样品1080份,在其中的406份中分离到苏云金芽孢杆菌965株.镜检可观察到大菱形、小菱形、方形、长方形、圆形、椭圆形、镶嵌形和不规则形等8种主要形态的伴孢晶体;采用cryⅠ、cryⅡ、cryⅢ、cryⅣ和cryⅤ基因的通用引物对221株Bt分离株进行的PCR检测结果表明各类基因的含量依次为cryⅠ＞cryⅡ＞cryⅤ＞cryⅢ基因,分别占被检菌株的75.6%、67.9%、58.4%和14.5%,没有检测到cryⅣ基因,共得到10种基因组合类型.对其中含有cryⅠ基因的菌株分别以cryIAc、cryIC和cryIE基因的特异性引物进行PCR检测,得到20株同时含有cryIAc、cryIC、cryⅡ和cryⅤ优良基因组合的Bt分离株,其中菌株Bt-15A3对棉铃虫、甜菜夜蛾及小菜蛾均表现出高毒力,具有生产开发潜力.     

云南程海螺旋藻养殖池中污染菌的研究

对程海螺旋藻玻璃温室－半封闭跑道式循环培养池中的细菌、真菌进行研究,结果发现,细菌总数通常为10^4-10^7个／mL,并且随培养时间呈一定规律性波动;养殖藻的报废与细胞总数有一定关系,与藻种抗逆性关系更大;在鉴定,优势菌为奈瑟氏球菌属（Neisseria)、葡萄球菌属（Staphylococcus)、微球菌属（Micrococcus)、肠杆菌科（Enterobacteriaceae)、拟青霉属（Paecilomyces)、曲霉属（Aspergillus)、束丝菌属（Ozonium)等;少数菌株能明显抑制或促进螺旋藻生长,主要是通过其代谢物对藻体产生影响。     

丝状真菌基因表达系统研究进展

本文是26篇关于丝状真菌基因表达系统的研究论文的综述,包括两部份内容。前一部分叙述1979年开始建立并迅速发展起来的丝状真菌转化系统,着重介绍丝状真菌中转化系统的构建及转化的一般特点。后一部分叙述在转化系统发展基础上产生的丝状真菌基因工程,文中列出了截至1991年9月为止报道的一些成功的实例,说明它在丝状真菌工业育种和作为外源基因产物的生产和分泌系统中的应用。     

中国对虾16 S rRNA基因序列多态性的研究

利用ＰＣＲ技术扩增获得中国对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ｒＲＮＡ基因片段,通过测定该基因片段的序列,分析了取自我国烟台、长岛近海和宁波养殖的１７只中国对虾遗传多态性。结果发现,不同地理种群存在丰富的ＤＮＡ序列多态性,１７只个体具有１７种基因型,在扩增的长为５２３ｂｐ的基因片段中,共检测到３７个多态性核苷酸位点（７．０７％）。ＵＰＧＭＡ法构建的分子系统树表明不同地理     

黑曲霉N25植酸酶phyA基因的克隆及序列分析

通过对黑曲霉N2 5植酸酶phyA基因PCR扩增 ,获得了一条长约 1 6kb的特异性PCR产物 ,并进行了酶切鉴定。然后在pUC1 8质粒中构建了含有目的基因片段的克隆质粒pFNP 1。DNA序列测定表明 ,目的基因片段含有植酸酶phyA基因的完整序列 ,phyA基因全长1 50 6bp,其中包含一段长 1 0 2bp的内含子 ,编码 467个氨基酸 ,5’端有一段编码 1 9个氨基酸的信号肽序列。黑曲霉N2 5与产植酸酶酶活最高的天然黑曲霉标准菌株NRRL31 35的植酸酶phyA基因 (GenBankAccession :M94550 )相比较 ,其同源性为 96 746% ,编码的氨基酸序列同源性为 97 64%。将黑曲霉N2 5植酸酶phyA基因序列及其相应的氨基酸序列在国际基因库中注册 (注册号分别为 :AF2 1 881 3,AAF2 5481 1 ) ,此基因是目前中国在国际基因库中注册的第一个植酸酶phyA基因。     

乌龟Sox gene的PCR扩增及其条件

参照人SRY gene HMG-box保守区的序列,设计一对引物,扩增了乌龟的Sox gene,并对扩增条件进行了优化。结果显示乌龟Sox gene的扩增片段与人SRY gene扩增片段大小相同,为220bp左右,且雌雄个体间无差异;最佳扩增条件为：Mg^2 2.0mM、dNTP120μM、引物0.3μM及退火温度52℃。本研究为探索乌龟的性别决定机制以及Sox gene进货的保守性提供分子资料。     

棉铃虫核型多角体病毒p35基因的PCR扩增和克隆及其在原核细胞中的表达

用苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（ Ａｃ Ｎ Ｐ Ｖ） 凋亡抑制基因ｐ３５ 的合成引物,从棉铃虫核型多角体病毒（ Ｈａ Ｎ Ｐ Ｖ） 基因组中用 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增到了１ｋｂ 片段。采用 Ｐ Ｃ Ｒ－ 双脱氧核苷酸链终止银染法,测定了所扩增到的１ ０１０ｂｐ 全序列,发现其开放阅读框完整,长８９７ｂｐ ,编码２９９ 个氨基酸。用 Ｄ Ｎ Ａ Ｓ Ｉ Ｓ 和 Ｐ Ｒ Ｏ Ｓ Ｉ Ｓ 软件分析发现,此片段与 Ａｃ Ｍ Ｎ Ｐ Ｖ ｐ３５ 基因同源区核苷酸同源性为９１ ％ ,氨基酸同源性也达８１ ％ ,证明了所扩增的片段是 Ｈａ Ｎ Ｐ Ｖ 的ｐ３５ 基因。为了研究此ｐ３５ 基因的功能及其效应机制,克隆了这一基因并在大肠杆菌细胞中实现了表达。     

水稻富硫10kD醇溶谷蛋白基因的克隆和序列分析比较

用ＰＣＲ技术从我国水稻品种“广陆矮”（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ ｖａｒ． ｉｎｄｉｃａ）和“中花８ 号”（Ｏ． ｓａｔｉｖａｖａｒ． ｊａｐｏｎｉｃａ）中特异地扩增并克隆测序了富硫１０ ｋＤ醇溶谷蛋白基因,它共有５２５ 个核苷酸,编码１３４ 个氨基酸。经分析,克隆的基因与水稻属其它种或品种的同类基因同源率为９６．６％ 到１００％ ,与玉米１０ ｋＤ醇溶蛋白基因同源率为３４．２％ ;与某些双子叶植物的贮藏蛋白也有一定的同源性,例如和巴西豆富硫水溶蛋白同源率达３１．２％ 。水稻１０ ｋＤ醇溶谷蛋白Ｎ 端有一段信号肽含２４ 个氨基酸,经分析,发现这段信号肽与禾谷类玉米、高粱和燕麦的贮藏蛋白信号肽同源率很高,分别为６５．０％ 、６５．０％ 和６２．５％ ,而在双子叶植物的贮藏蛋白中未发现有相似序列。所测定的“广陆矮”和“中华８ 号”１０ ｋＤ醇溶谷蛋白基因序列已被ＥＭＢＬ数据库接受,收录号分别为Ｌ３６６０４ 和Ｌ３６６０５     

罗非鱼颗粒蛋白前体cDNA序列与表达分析

颗粒蛋白前体(Progranulin,PGRN)在先天免疫反应调控及个体生长发育过程中均有重要作用。通过对罗非鱼外周血白细胞全长cDNA文库筛选得到的序列进行生物信息学分析,获得罗非鱼Pgrn全长cDNA序列(GenBank登录号为GQ241348)。该cDNA克隆总长843bp,包含一个完整的开放阅读框,编码206个氨基酸,其中推定信号肽20个氨基酸,两个GRN重复单位均56个氨基酸。研究采用实时定量PCR(Real-time RT-PCR)方法对感染海豚链球菌后奥尼罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和吉富罗非鱼4种组织(脑、肝脏、脾脏和头肾)Pgrn mRNA表达情况进行分析。结果显示,Pgrn mRNA在攻毒后4种罗非鱼4种组织中表达均有上调趋势,并且在脾中的表达量最高,提示PGRN在鱼类先天免疫反应调控中起重要作用。另外,奥尼罗非鱼在感染海豚链球菌后6h的脑和肝脏、6h和12h的脾脏和头肾中Pgrn mRNA表达均下调,然后表达升高,这种表达变化在其他三种鱼中不明显,这也许是奥尼罗非鱼抗病力较强的一个原因。研究为从分子水平探讨PGRN在罗非鱼先天免疫反应中的作用机制提供了数据,也为罗非鱼的抗病选育提供了参考分子标记。