检测低拷贝数HBVDNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度.方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1× 101-1.0× 103拷贝数/毫升的低拷贝数标本.然后,三家不同公司的试剂(方法B、方法C、方法D)对这些样本进行复核.另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本.随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人.结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102 (21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7).同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果.巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1～3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上.结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性.巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法.该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息.     

不同方法检测血清HBV DNA水平的比较

目的:研究不同方法检测血清HBVDNA水平的比较.方法:采用151份标本分别采用COBAS Amplicor、实时定量PCR(LightCycler及Mx3000p)方法进行平行检测.结果:①检测灵敏度:COBAS Amplicor方法灵敏度高于实时PCR方法(P=0.005、0.014),而Mx3000p灵敏度高于LightCycler方法(P=0.042).②相关性:实时定量PCR(LightCycler及Mx3000p)与COBAS Amplicor方法所测HBV DNA结果均呈线性相关(r=0.842,P＜0.01;r=0.946,P＜0.01).结论:实时定量PCR方法是较为经济且准确的HBV DNA检测方法,而Mx3000p在准确性和灵敏度上可能优于LightCycler方法.     

实时荧光定量PCR法检测转基因小鼠拷贝数

目的利用实时荧光定量PCR法鉴定转基因小鼠外源基因插入拷贝数。方法以TG-CARK转基因首见鼠为研究对象,选取小鼠的高度保守基因Fabpi为内参,利用绝对定量的实时荧光PCR法鉴定转基因小鼠拷贝数,并与传统的Southern blot方法的定量结果进行比较。结果实时定量PCR鉴定的转基因拷贝数与Southernblot法完全一致,三只TG-CARK首见小鼠的拷贝数分别为1,7,45。结论实时定量PCR技术具有高准确性、高稳定性、高通量和低成本的优点,是比传统杂交技术更好的鉴定小鼠转基因拷贝数的方法。     

实时荧光定量PCR(TaqMan)法测定外源基因的拷贝数

实时荧光定量PCR是近年新兴的一项技术,因其快速、方便、便宜,需要DNA样品量少,无需放射性检测等优点被广泛应用于基因的定量分析。该文就实时荧光定量PCR(TaqMan)技术的发展、基本原理及测定外源基因拷贝数的技术流程做一介绍。     

自然人群乙型肝炎病毒慢性感染者HBV DNA的流行病学分析

目的了解寿光市自然人群乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)慢性感染者HBV DNA的流行病学特征,为乙型肝炎的防治提供依据。方法采集2012年寿光市3个镇街道居民体检发现的HBs Ag阳性者静脉血5 m L,以实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)法检测血清HBV DNA载量,分析HBV DNA与性别、年龄、有无乙肝/肝癌家族史、密切接触史、输血史等因素的相关性。结果在2 026例HBs Ag阳性感染者中,HBV DNA阳性率为49.41%(1 001/2 026),HBV DNA载量的平均值为6.27×107拷贝/m L。其中男性HBV DNA阳性率为53.28%(585/1 098),女性为44.83%(416/928),差异有统计学意义(χ2=14.370,P<0.01);HBV DNA均值男性为(6.72×107±2.07×108)拷贝/m L,女性为(5.56×107±1.44×108)拷贝/m L,差异无统计学意义(t=0.447,P>0.05)。HBVDNA阳性率与年龄呈负相关(r=-0.983),与HBV感染的主要影响因素乙肝/肝癌家族史、密切接触史、输血史等均无关。结论 HBV DNA阳性率与慢性HBV感染者的性别、年龄有关,与HBV感染的主要影响因素无关。     

利用实时荧光定量比较Ct法检测转基因小鼠外源基因拷贝数

目的：在建立转基因小鼠模型时,外源基因拷贝数是影响其表达水平和遗传稳定性的重要因素之一。外源基因拷贝数的精确测定,是建立转基因动物模型的重要环节。方法：合成cagA基因和内参基因GAPDH的引物,用标准曲线法测得cagA和GAPDH基因的扩增效率分别为97．6％和98．6％;将128拷贝阴性小鼠基因组和128拷贝c0鲥打靶质粒的混合物作为参照样品,取6只来自同一母本的F2阳性小鼠的128拷贝基因组作为待测样品;选取GAPDH作为内源参照基因,用比较Ct法对待测样品进行定量。结果：经计算,6只待测小鼠的cagA基因拷贝数平均值为8。结论：利用实时荧光定量PCR仪,呆用改良后的比较Ct法对转基因小鼠的外源基因拷贝数进行了精确测定。     

转红色荧光蛋白基因唐鱼外源基因拷贝数的测定

目的:测定转红色荧光蛋白基因唐鱼的外源基因拷贝数。方法:以杂合F5代和杂合F6代转红色荧光蛋白基因唐鱼为材料,以其外源插入片段(pDsRed-mylz2)与基因组插入位点5′侧翼区之间的边界序列作为特异性内参片段,同时以外源整合的红色荧光表达载体序列(pDsRed-mylz2)作为目的基因,采用实时荧光定量PCR技术测定外源基因整合的拷贝数。结果:运用外源基因与特异内参在同批次实时荧光定量PCR中的初始拷贝数比值,得到杂合F5代和杂合F6代转红色荧光蛋白基因唐鱼中插入的外源红色荧光表达载体序列pDsRed-mylz2的拷贝数均值均为3。结论:转红色荧光蛋白基因唐鱼的外源基因拷贝数为3。     

RT-PCR检测毕赤酵母外源β-甘露聚糖酶基因拷贝数

利用荧光定量PCR方法检测毕赤酵母外源β-甘露聚糖酶基因(man)拷贝数。以毕赤酵母中高度保守基因三磷酸甘油醛脱氢酶基因(gap)为内参基因,分别构建含有gap和man的克隆质粒,进行RT-PCR反应构建gap和man双标准曲线;获得的双标准曲线具有良好的重复性,其相关系数(R2)均为0.999,其扩增效率分别为105.1%和102.2%。提取含有外源man基因的毕赤酵母基因组进行RT-PCR检测,通过双标准曲线计算出外源man基因的拷贝数。结果显示:预先经过博莱霉素(Zeoicn)抗性筛选得到的10株毕赤酵母重组菌株中含有1、2、3、4、5和7个不等拷贝的β-甘露聚糖酶基因。结果表明该方法能够高效快速筛选和鉴定出含有不同外源β-甘露聚糖酶基因拷贝数的毕赤酵母重组菌株。     

多重PCR在质粒拷贝数检测中的应用

聚合酶链式反应(PCR)作为常规分子克隆技术已在分子生物学的各个领域得到广泛应用.然而,多重PCR技术应用于质粒拷贝数检测的研究尚未见报道.为深入探索多重PCR在质粒拷贝数测定中的应用,首先利用构建的多重PCR引物设计及评估体系分别针对细菌基因组DNA和质粒载体DNA序列设计多重PCR引物;然后以转化有不同质粒载体的大...     

PCR检测血清HBV DNA

本文利用ＨＢＶ ＤＮＡ基因组ｐｒｅＣ和Ｃ区的一套引物,以ＰＣＲ法检测了２６例健康正常人血清和９５例免疫标志各异、临床症状不同的乙肝或可疑乙肝患者的血清,前者无１例检出ＨＢＶ ＤＮＡ,后者共检出的６６例血 清存在ＨＢＶ ＤＮＡ。该方法特异性强,适用于检测任一亚型的ＨＢＶ ＤＮＡ,一轮ＰＣＲ最低可检出０．１ｐｇ的ＨＢＶ ＤＮＡ。     

PUC衍生质粒的一个低拷贝数突变型

本文报道大肠杆菌的ColE1类似质粒的一个低拷贝数突变型。从载体质粒pUC4衍生的重组质粒pPGVT3在大肠杆菌宿主DF2145中是不稳定的,以pPGVT3转化DF2145时在4o℃培养得不到转化子。用诱发点突变的羟胺体外处理pPGVF3质粒DNA,得到一个稳定性提高了的突变质粒pPGVT3HA,突变的位置被确定在质粒的pUC部分,突变降低了pUC及其衍生质粒的拷贝数。文中对质粒的稳定性与拷贝数的关系作了讨论。     

光标生物素HBV-DNA探针及其临床应用

本文报告了应用生物素交联光敏补骨酯素(Bp,Biotin-Psoralen)标记HBV DNA探针的动力学研究和临床应用结果。表明化学合成Bp经366nm光照与DNA发生加成反应。能标记dsDNA,也能标记ssDNA。加热可使Bp-dsDNA变性,强碱则不能使Bp-dsDNA变性。临床DNA检测结果表明,应用Bp-HBV探针杂交,DNA检出率与HBeAg符合率达99.08％,与~(32)P-HBV符合率达98.8％,提示光标记Bp-HBV探针灵敏度接近同位素探针。     

国产HBVDNAPCR试剂的质量研究

首次利用中国药品生物制品检定所建立的一套国家参考品对国内几个厂家的ＰＣＲ试剂进行检测,检测过程中发现这几家国产ＰＣＲ试剂都是利用原血清直接扩增ＨＢＶＤＮＡ,比较快速,且灵敏度较高,但也存在一些问题需要更深入的研究。同时对这几家ＰＣＲ试剂的临床应用价值做了讨论,并讨论了应注意的几个问题     

用DNA重组法表达丙肝病毒部分NS_4-NS_5基因

用ＤＮＡ重组法表达丙肝病毒部分ＮＳ_４－ＮＳ_５基因祁自柏,谷金莲,李河民（中国药品生物制品检定所,北京１０００５０）丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）是一种ＲＮＡ病毒,为研究其复制机理,制备检测丙肝抗体的诊断试剂,需大量纯化的各种丙肝病毒蛋白,我们在国内首次用Ｄ...     

双裂解法提取血清HBV DNA技术的建立

为进行ＰＣＲ实验建立了一种两步裂解血清ＨＢＶ提取其ＤＮＡ的方法。该法首先用ＳＤＳ及蛋白酶消化裂解病毒,随后再进行碱裂解,操作较酚提取法大为简化,而ＰＣＲ实验进行的两法的灵敏性比较,说明双裂解法至少不低于酚法。     

纳米金增强复杂体系中PCR扩增低拷贝基因的反应特异性初步研究

目的：利用纳米金颗粒提高复杂体系基因组低拷贝基因PCR扩增的反应特异性。方法：首先,模拟复杂基因组扩增模式体系,以接近单拷贝的λDNA为模板,在PCR过程中加入纳米金颗粒,设计优化实验,以便模拟建立复杂基因组低拷贝目的基因PCR扩增的模式体系。随后,扩增人类基因组的疾病相关的低拷贝基因模板（如人基因组肿瘤坏死因子基因外显子1的380bp）,以检验纳米金优化增强PCR反应特异性的实际效果。结果：在复杂体系基因组的低拷贝基因PCR扩增中,纳米金颗粒能够较好地增强其PCR反应的特异性。结论：初步表明基于纳米金的纳米粒子PCR方法可以对复杂的实际基因组体系低拷贝基因的PCR扩增起到优化作用,这对于PCR反应优化方法的改进、推广具有重要的参考价值。     

基于数字PCR的不同品种鸭组织中线粒体与核DNA拷贝数差异研究

肉和肉制品是人类生活的重要营养来源,但近年来肉制品中发生的掺假使假事件屡见不鲜,使得肉品的质量安全问题已经成为全世界关注的热点话题。以核酸为目标的动物源鉴定是当前普遍使用的方法。在核酸检测中,常用线粒体基因或核基因作为靶标,缺乏统一标准。以绍兴鸭和北京鸭等不同品种及生鲜组织(鸭血、鸭胸肉、鸭肝、鸭皮、鸭心和鸭腿肉)为实验材料,提取DNA后利用微滴式数字PCR开展线粒体和核DNA拷贝数的比较研究,以两者拷贝数及其比值的变异系数为判定依据。结果显示,核DNA的拷贝数在不同品种鸭组织间相对稳定,且变异系数小于线粒体DNA,表明核DNA是开展鸭肉制品掺假定量检测的最适DNA来源。鸭腿肉中线粒体/核DNA拷贝数比值的变异系数最小,表明线粒体DNA作为靶基因的鸭肉掺假比例定量检测时,鸭腿肉来源的肉制品是最佳选择。     

人体基因组随机单拷贝顺序的分离及其在染色体上的定位

本文从构建杂种细胞14-7-1的基因组文库出发,用种特异的探针分离出含有人体基因组顺序的重组子,并进一步分析了其中13个克隆,得到8个单拷贝顺序。通过与已建立的杂种细胞克隆分布板杂交以及染色体的原位杂交方法,将1个单拷贝顺序FD11-1定位在11p11-q11上。由于已经报道在11号染色体上具有3个连锁群,它们分别位于11p15、11p13和11q13上,因此,FD11-1有可能为11号染色体连锁基因图的建立提供1个有意义的座位。