HCV抗原表位预测

应用网络生物信息资源查找丙型肝炎病毒基因组全序列,用软件Lasergene中的EditSeq将来自中国河北株mRNA序列翻译为氨基酸序列,尔后用程序Protean进行氨基酸序列分析,对HCV各区段的B细胞抗原指数进行预测。同时又在两个网站对中国汉族人中频率较高的HLA基因型进行CD8和CD4T细胞表位预测。B细胞和T细胞抗原表位预测结果对于HCV诊断试剂和疫苗研制有重要的指导意义。     

B型肉毒毒素重链抗原表位的预测及表位合成肽抗原性的检测

目的:预测B型肉毒毒素蛋白抗原表位,研究表位合成肽的生物学活性。方法:利用生物信息学,结合Anthwine分析软件及网络平台,预测B型肉毒毒素蛋白重链的B细胞抗原表位。人工合成4条(P1,P2,P3,P4)表位多肽,与抗B型肉毒毒素类毒素的马血清反应;采用腹腔注射的方式用合成肽免疫BALB/c小鼠,检测免疫血清与合成肽的结合;对免疫小鼠腹腔注射B型肉毒毒素。结果:合成的多肽能与抗B型肉毒毒素的类毒素的马血清结合;多肽免疫小鼠后能产生针对多肽的抗体,其中P1、P3、P4产生的抗体对受毒素攻击的小鼠具有保护作用。结论:成功预测了抗原表位,合成的表位多肽具有较好的抗原性。     

结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析

结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点。因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义。首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYFPEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位。最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位。结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8%,β折叠占41.6%,无规卷曲占6.6%;共有4个B细胞抗原位点,位于109～124、152～169、178～192、198～209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263～271、87～95、240～248氨基酸区段;5个Th表位,位于77～91、87～101、234～247、70～84、46～60氨基酸区段。生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础。     

T细胞抗原表位预测的研究方法进展

确定T细胞所识别抗原分子上的短肽序列对T细胞表位进行定位,对于研究特异性免疫应答有着重要意义。综述了近年来实验确定和理论预测T细胞蛋白质抗原袁位的常用方法,以及T细胞抗原表位分析的研究方法。     

人肠道病毒71型抗原表位的研究进展

人肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)是重症手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的主要病原体。我国已研发多种针对EV71的灭活疫苗,在大规模临床试验中取得了理想效果,其中,两种疫苗已于2016年上市,有望在保护儿童健康方面发挥重要作用。由于EV71通过快速进化来逃避宿主的免疫保护作用,因此需要对EV71的变异,尤其是抗原表位部分的变异,进行持续性监测,并及时更新疫苗。该文系统地收集和整理了EV71的抗原表位,简介了表位鉴定的实验和生物信息学研究方法,概述了表位参与的宿主免疫反应及抗病毒机制并展望了其临床应用价值。     

抗原表位的研究方法及口蹄疫病毒抗原表位的研究进展

本文综述了近几年来用于B细胞表位及T细胞表位研究的常用方法及其在口蹄疫病毒抗原表位研究中的应用,并介绍了口蹄疫病毒抗原表位的研究进展.     

蛋白质抗原表位研究进展

本文综述了蛋白质抗原表位的种类及特性,回顾了近几年来实验确定和理论预测B细胞蛋白质抗原表位的常用方法,介绍了表位作图和表位疫苗的研究现状。     

白念珠菌细胞壁蛋白Csp37抗原表位预测

目的预测白念珠菌细胞壁蛋白Csp37的抗原表位,分析其作为疫苗靶点的免疫原性。方法采用生物信息学方法对Csp37蛋白的抗原表位进行预测,利用ProtParam网络服务器分析蛋白基本理化性质,SignaIP 3.0预测信号肽,TMHMM软件预测跨膜区,GOR4在线分析蛋白二级结构,DNAStar预测分析亲水性、可塑性、表面可及性和氨基酸抗原指数,使用在线工具ABCPred预测B细胞抗原表位,Syfpeithi预测T细胞抗原表位。最后,综合分析B细胞和T细胞共有抗原表位。结果预测白念珠菌细胞壁蛋白Csp37的B细胞表位9个和T细胞表位8个,以及共有的优势抗原表位5个,共同优势区域为:45-48,76-78,153-158,222-225,303-305位氨基酸。结论白念珠菌细胞壁蛋白Csp37含有丰富的抗原表位,具有诱导细胞免疫应答和体液免疫应答的潜能,可以作为疫苗研究的新靶点。     

腺病毒55型抗原表位分析及评价

目的:筛选腺病毒55型(Ad55)抗原表位,为研制腺病毒免疫诊断试剂提供基础。方法:采用生物信息学方法预测Ad55六邻体、纤突的B细胞抗原表位;利用大肠杆菌优势密码子获得相应基因,插入载体pBVIL-1克隆表达后获得重组Ad55表位抗原;用临床疑似腺病毒呼吸道感染患者血清对重组Ad55表位抗原活性进行检测,用ROC曲线分析重组Ad55抗原的诊断意义;采用ClustalX软件进行多序列比较。结果:Ad55六邻体含有6个主要抗原表位,纤突含有2个主要抗原表位;采用退火延伸法获得上述8种表位基因,片段长度为90~180 bp;获得上述8种重组基因工程抗原,相对分子质量为18×103~21×103;血清学检测的ROC曲线分析显示,270~320、410~460和135~165氨基酸残基抗原表位的AUC面积超过0.75,具有一定的诊断意义(P0.05);序列比较结果显示,上述3种抗原表位与腺病毒11型序列高度同源,与3型存在较大差异。结论:获得了3个Ad55主要抗原,对研制通用性呼吸道传播腺病毒免疫诊断试剂具有一定的意义。     

基于分子动力学模拟与分子对接技术的CD47抗原表位预测

本文采用分子模拟技术预测CD47抗体的抗原结合表位及氨基酸残基理化性质,为下一步的抗体结构优化提供参考.使用Discovery Studio对CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2进行同源建模,并对其结构合理性进行评估与分析.使用GROMACS进行分子动力学模拟,深入分析抗体结构的稳定性以及抗体互补...     

不同基因型戊型肝炎病毒存在多种类型抗原表位

以戊型肝炎病毒(HEV)ORF2重组蛋白p166Us为免疫原制备单克隆抗体(McAbs),采用间接ELISA和免疫印迹法,检测McAbs与不同基因型和亚型HEV重组蛋白p166Bur(Ⅰa型)、p166Pak(Ⅰb型)、p166Mor(Ⅰc型)、p166Mex(Ⅱ型)、p166Us(Ⅲ型)、p166Nz(猪HEV,Ⅲ型)和p166Chn(Ⅳ型)的反应性,采用抗原或抗体竞争ELISA分析p166蛋白与天然HEV颗粒之间抗原表位的关系。结果获得4D3、2E3、11E11、12H5、3A3和1F16株稳定分泌McAbs的杂交瘤细胞株。4D3分泌的McAb与7种p166均发生反应,其与免疫原p166Us的结合可被Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ或Ⅳ型天然HEV颗粒或病人血清竞争抑制。2E3、11E11和12H5分泌的McAbs只与p166Us、p166Nz和p166Chn发生反应,它们与p166Us的结合仅能被Ⅲ和IV型病毒或血清所抑制。3A3分泌的McAb只与p166Us及p166Nz结合,1F1分泌的McAb只与p166Us结合,两者均能被Ⅲ型美国株竞争抑制,而Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ型不能抑制它们与p166Us的结合。由此可见,不同基因型和亚型HEV ORF2编码蛋白p166上存在多种类型抗原表位,其中包括Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ基因型共同的,Ⅲ、Ⅳ基因型共有的和第Ⅲ基因型特异的等,这些表位与天然HEV颗粒上的抗原表位具有相同的免疫学特征。     

轮状病毒LLR株VP7抗原表位的预测与验证

在GenBank中检索A组轮状病毒不同血清型的VP7基因信息,在氨基酸水平上与G10血清型LLR株的VP7序列进行序列对比,分析其血清型特异的氨基酸保守序列位点。结合蛋白质二级结构预测理论方案,设计合成3条具有轮状病毒G10血清型特异性氨基酸序列的多肽。通过检测合成肽对轮状病毒免疫血清与LLR抗原的结合抑制,证实三条多肽均具备了LLR表位属性。     

决定抗原表位特异性的氨基酸组成

所有蛋白质抗原表位既有其相对保守的氨基酸序列作为与相应ＭＨＣ分子相结合的“锚点”,也有与特定溶细胞性Ｔ细胞（ＣＴＬ）上的ＴＣＲ要子或抗体他子特异性结合的特异性氨基酸序列。对前者,分子免疫学已积累了相当多的资料,但对后者尚少有报道。我 立克病病毒的９个不同毒株对２个单抗的反应性及其３８ｋＤ磷蛋白基因的分析,确定了决定两个相叠的不同抗原表们特异性的氨基酸组成。     

恒河猴MHC-I类分子Mamu-A*02与猴免疫缺陷病毒抗原表位复合物的纯化和晶体学分析

恒河猴是研究人免疫缺陷型病毒(HIV)感染与获得性免疫缺失综合征(AIDS)疫苗研制的最为重要的动物模型,其组织相容性复合体(MHC)结构的解析将有助于了解HIV免疫逃逸机制。本研究克隆了1个恒河猴MHC-I类分子Mamu-A*02轻链(β2m)基因并插入到pET21a(+)原核表达载体中,成功构建了重组表达质粒pET21a(+)-Mamu-β2m。pET21a(+)-Mamu-β2m和之前构建好的恒河猴Mamu-A*02重链(α)重组质粒pET21a(+)-α分别转入BL21(DE3)大肠杆菌表达体系中,IPTG诱导表达。Mamu-A*02重链和猴β2m目的蛋白在BL21(DE3)中以包涵体形式表达。重链、轻链的包涵体蛋白和Mamu-A*02限制的猴免疫缺陷病毒(SIV)Nef表位多肽(YY9)通过稀释法共复性。高纯度的复合物蛋白经分子筛层析和阴离子交换层析纯化后获得。复合物晶体利用悬滴法筛选并优化,并在0.1mol/LBIS-TRIS(pH5.5)、2.0mol/L(NH4)2SO4条件下收集一套2.8?分辨率的X-射线衍射数据。晶体属于正交空间群P212121,其晶胞参数为a=128.99?,b=129...     

B细胞表位预测

从原理、方法及应用等多方面对B细胞表位预测研究的既往成果、当前现状及存在问题进行了回顾与分析,对其未来发展提出了建议并作展望。     

Ⅲ型脊髓灰质炎病毒抗原表位嵌合蛋白的免疫学研究

目的:对以轮状病毒(RV)重组VP6蛋白为载体插入Ⅲ型脊髓灰质炎病毒(PV3)VP1蛋白上1个抗原表位(VP1的91~102、254和168位氨基酸残基)所构建的嵌合蛋白6F/PV3N1进行体外免疫学研究。方法:利用分子克隆和基因重组技术将PV3抗原表位插入RV载体蛋白,构建重组抗原表位嵌合蛋白表达质粒,转染大肠杆菌后表达重组蛋白,经SDS-PAGE确认表达产物,再通过Western印迹分析嵌合蛋白的抗原反应性。结果:用载体蛋白VP6F、轮状病毒Wa病毒株免疫的豚鼠血清抗体分别都能与VP6F和6F/PV3N1产生特异性结合;PV3免疫的豚鼠血清抗体只能与6F/PV3N1产生特异性结合,不能与VP6F产生特异性结合;PV1免疫的豚鼠血清抗体则不能与6F/PV3N1和VP6F产生特异性结合。结论:PV1、PV3之间不存在交叉反应现象,以RV VP6为载体构建的嵌合蛋白6F/PV3N1具有较好的免疫原性,为研发RV/PV3嵌合疫苗提供了基础。     

汉坦病毒结构蛋白抗原表位的研究进展

汉坦病毒结构蛋白抗原表位的研究对于阐明该病毒结构蛋白的结构与功能及其基因工程疫苗研制至关重要,本文综述了近年来汉坦病毒抗原表位研究中应用的各种生物新技术以及汉坦病毒结构蛋白B细胞表位和T细胞表位的最新进展。     

生物信息学方法预测病原体抗原蛋白序列中多肽疫苗候选表位

根据病原体抗原基因中具有免疫原性的表位氨基酸序列,通过化学合成技术可制备该病原体的多肽疫苗.相较于灭活和减毒疫苗,多肽疫苗因成分简单、特异性强、安全性高、易于保存等优点成为疫苗研发的重点.然而,特异有效的疫苗候选表位的预测和筛选,仍是限制多肽疫苗设计与研发的一个重要因素.本研究综合多个生物信息学工具,构建了一个可用于预...     

猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测

以SVDV外壳蛋白基因序列为基础,采用Chou-Fasman法、Garnier-Robson 法和Karplus-Schulz法预测蛋白质的二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测SVDV外壳蛋白的B细胞表位。预测结果表明,SVDV外壳蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段;SVDV外壳蛋白的VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞优势表位,其中,VP1蛋白的B细胞表位优势区域比VP2和VP3蛋白的多,与已鉴定的B细胞表位相比较,该方法预测的结果有较高的准确度。为实验确定SVDV外壳蛋白的B细胞表位和反向疫苗学设计提供理论基础。     

戊型肝炎病毒第Ⅳ基因型特异性抗原表位的鉴定与定位

目的 研究戊型肝炎病毒(HEV)第Ⅳ基因型中国株开放阅读框架(ORF)2编码蛋白p166Chn的抗原表位特征.方法 制备HEV ORF2重组衣壳蛋白p166Chn的特异性单克隆抗体(McAb),进行中和活性鉴定,并利用7种HEV不同基因型p166重组蛋白以及22种N端或C端逐步截短的p166Chn进行酶联免疫吸附试验(ELISA)检测,确定McAb所识别抗原表位的性质和位置.结果 获得1株稳定分泌HEV McAb的杂交瘤细胞株,命名为B4.该McAb不与其他基因型p166重组蛋白反应,不能中和HEV对培养细胞的感染性,也不能竞争抑制已知中和性McAb与抗原p166Chn的结合,表明McAb B4所针对的抗原表位是HEV第Ⅳ基因型特异的非中和性抗原表位.此外,McAb B4能与截短蛋白pN452、pN460、pN462、pN463、pN464、pN465、pN466、pN468、pN470和pN472发生阳性反应,而与pN482、pN492、pC587、pC597、pC599、pC600、pC601、pC603、pC605、pC607、pN465-C601和pN460-C605均不反应.表明其可识别的抗原表位位于472～617位氨基酸,而且N端第472～482位氨基酸以及C端第607～617位氨基酸的1个或多个氨基酸对构成该抗原表位起着重要作用.结论 所发现的HEV第Ⅳ基因型特异性抗原表位是1个非中和性的构象依赖性表位,可定位于pORF2的第472～617位氨基酸.