人分泌粒蛋白III的克隆和表达(英文)

研究了一个新的人分泌蛋白基因_分泌粒蛋白III(secretograninIII,SgIII)。SgIII蛋白序列共有 4 6 8个氨基酸残基 ,N端有一段疏水信号肽 ,序列中含有DSTK重复序列和 7对二元碱性氨基酸 (dibasicsites) ,这些结构特点同其他分泌粒蛋白家族成员相类似。人源SgIII蛋白在小鼠、大鼠和爪蟾中各有一个同源蛋白。基因组分析表明 ,SgIII基因位于人 15号染色体上 ,含有 12个外显子 ,分布在 39kb长的基因组DNA上。Western印迹和免疫细胞化学实验证实 ,SgIII蛋白同其他分泌粒蛋白家族成员一样 ,通过分泌途径被分泌到胞外。SgIII在多种组织中都有表达 ,Northern印迹显示SgIII的mRNA主要有 2 .2kb和 1.9kb两种形式 ,但在脑中还有 4 .5kb和 3.3kb大小的两种特异转录本。     

嗜麦芽寡养单胞菌SMP蛋白的胞外可调控分泌及序列分析

为了观察和探讨嗜麦芽寡养单胞菌SMP蛋白胞外可调控分泌现象及其机制,将收集到的环境株菌D2株及9株临床株在含不同成分的培养基中培养,取培养液上清利用SDS-PAGE电泳观察SMP蛋白分泌情况;提取各菌株基因组DNA,PCR扩增其smp基因并进行克隆和序列测定;将获得的SMP氨基酸序列用Blastp、Megalign等进行分析,并构建系统发育树。结果显示,不同来源的嗜麦芽寡养单胞菌胞SMP蛋白分泌均存在可调控现象,酵母提取物可抑制该蛋白的分泌,而适宜浓度的麦芽糖则具有促进作用。序列对比及系统发育树分析显示,SMP的氨基酸序列具有种属的特异性,且临床株和环境株中存在一定的差异,临床株中该蛋白的氨基酸序列高度保守,而环境株则序列差异相对明显的,但不同来源的菌株SMP均含有保守的信号肽;提示该蛋白可能与其致病性相关,其胞外分泌的可调控机制值得进一步深入探究。     

柳树β微管蛋白基因家族的克隆和序列分析

该研究克隆鉴定了旱柳和龙爪柳β微管蛋白基因,并对其进行了序列相似性、系统发育、染色体定位以及表达模式的分析。结果显示,2种柳树β微管蛋白基因家族各有20个成员,家族内部成员间核酸和氨基酸序列相似性分别在74.0%和86.6%以上,种间同源蛋白氨基酸序列相似性在85.8%以上,柳树与其它植物β微管蛋白间的氨基酸序列相似性在81.5%以上。系统发育分析显示,柳树β微管蛋白家族被分为4个亚组,结合杨树β微管蛋白基因染色体定位,推测柳树β微管蛋白基因家族经历了杨柳科全基因组重复事件和串联重复事件,而柳树TUB11和TUB12可能来源于区段重复或者转座。基因表达模式分析发现,该家族成员的表达具有一定的组织特异性,并且部分重复基因对在所检测组织中表达差异较大。柳树β微管蛋白基因家族成员序列的高度相似性、成员数量的进化扩张、以及表达模式的多样性可能赋予了细胞分裂与生长更高的灵活性,这对多年生木本植物的生长发育习性意义重大。     

玉米扩展蛋白Expansin基因家族定位及基因表达模式分析

扩展蛋白（Expansin）是一类能够使植物细胞壁松弛的活性蛋白,在植物生长发育过程中起着重要作用。利用PLAZA、NCBI、MaizeGDB、Uniprot、PLEXdb等基因组数据库,获得玉米Expansin家族的基因序列、染色体基因座位、蛋白质序列以及长度,构建玉米Expansin基因家族系统进化树,进行基因组织表达谱的分析。结果表明,玉米基因组中含有93个Expansin基因,分布于玉米的9条染色体上;多数Expansin具有250~300个氨基酸;玉米Expansin基因家族有40个Expansin A（EXPA）、47个Expansin B（EXPB）、6个Expansin-like A（EXLA）,未发现Expansin-like B（EXLB）;44个玉米Expansin基因在不同玉米组织中特异表达。该研究结果不仅为玉米扩展蛋白的深入研究奠定了基础,而且为其他研究人员对基因信息的获取提供了参考。     

Reticulons家族蛋白研究进展

Reticulons（RTNs）蛋白是一类广泛存在于真菌、植物及动物等真核生物的膜蛋白,主要定位于内质网,尤其是管状内质网,原核生物中至今尚未发现其同系物。哺乳动物基因组中有RTN1、RTN2、RTN3及RTN4共四类相互独立的基因,因启动子及选择性剪接方式不同每个基因可产生不同转录本。RTNs家族成员氨基端序列高度可变且大小显著不同,羧基端的约200个氨基酸残基则高度保守,被称为内质网蛋白同源结构域（reticulon-homology domain,RHD）。RTNs高度可变的氨基端赋予其各成员物种特异性及细胞特异性的功能,羧基端的RHD则是其执行基本细胞功能的基础。越来越多的研究结果表明,RTNs可参与蛋白转运、参与膜结构形态发生或稳定及细胞分裂、构成内质网膜通道或转运体、调节细胞凋亡、调节β分泌酶（β-site APP cleaving enzyme1,BACE1）活性及抑制神经再生等。该文就RTNs家族各成员基因和蛋白的结构特性以及功能特点的研究进展进行简要综述。     

幽门螺杆菌热休克蛋白70基因的克隆与表达

从幽门螺杆菌染色体ＤＮＡ,用ＰＣＲ方法扩增得到了热休克蛋白７０基因。序列分析表明,我国Ｈｐ临床分离株Ｙ２的热休克蛋白７０基因与经全基因组序列测定的两株幽门螺杆菌２６６９５和ｊ９９有高度同源性。将该基因克性到融合分泌表达载体ｐＭＡＬ－ｐ２中,转化大肠杆菌,在ＩＰＴＧ诱导下表达出与预期大小相符的１１３ｋＤ的融合表达蛋白。该蛋白质３０℃诱导表达５ｈ后,可达到细菌周质总蛋白质的１９．４％。用免疫印迹分析表     

一个抗真菌蛋白在绿色木霉中的分泌表达

AFP(antifungalprotein)是在丝状真菌巨大曲霉 (AspergillusgiganteusMDH18894 )中分泌的一个抗真菌蛋白。其mRNA含长度为 4 30bp的开放阅读框 ,编码 94个氨基酸的AFP前体 ,而成熟的AFP为 5 1个氨基酸的多肽。根据推测 ,在巨大曲霉中 ,AFP前体可能经两步剪切去除前导序列 (4 3个氨基酸 ) ,并最终形成具有抗真菌活性的成熟AFP ,已有报道证实 ,在另一种丝状真菌绿色木霉 (Trichodermaviride)基因组中存在一个类似AFP基因但不表达的序列 ,该序列与没有内含子的AFPcDNA序列完全一样。为了解巨大曲霉AFP基因可否在绿色木霉中表达 ,将AFP基因开放阅读框插入真菌表达载体trpC基因的启动子和终止子之间 ,并成功的转化了绿色木霉。SDS PAGE和Western印迹分析表明 ,绿色木霉转化子分泌表达了具有抗真菌活性的成熟AFP。为研究在绿色木霉中分泌表达具有重要应用价值的异源真核蛋白质打下了基础。     

水稻扩展蛋白家族的生物信息学分析

扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等方面起到重要的作用。水稻的全基因组序列统计分析显示,水稻扩展蛋白基因家族包含58个成员,分属于A(34)、B(19)、LA(4)和LB(1)4个亚家族,分布在水稻10条染色体上的58个位点,且同一亚家族成员有成簇存在的现象。扩展蛋白基因长度范围为687~1128 bp,编码蛋白质具有保守的结构域,以及保守的半胱氨酸和色氨酸残基。多数情况下,亚家族成员之间的氨基酸一致率小于35%,而同一亚家族成员之间的氨基酸一致率大于35%。在内含子、外显子组成模式上,水稻扩展蛋白呈现明显的亚家族特异性,除个别基因以外,A类基因含有1或2个内含子,B类含有3个内含子,LA和LB类含有4个内含子。密码子使用统计显示,与其他物种相比,水稻中的扩展蛋白具有更多的密码子使用偏好性,有26个高频密码子存在。研究结果展示了水稻扩展蛋白基因家族的基本信息,为深入研究扩展蛋白基因的功能、探讨物种间的进化关系奠定基础。     

一种新型锌指蛋白基因——人ZNF313的克隆、定位及表达

运用正常可育男性和无精症病人睾丸组织的mRNA差异显示和cDNA末端快速扩增（PACE）等方法,从人睾丸组织中分离了一个同时含有指环结构和C2H2结构域的新型锌指蛋白基因——人ZNF313。运用荧光原位杂交（FISH）方法,将该基因定位到人染色体20q13。该基因含6个外显子,编码228个氨基酸。基因组结构分析显示,外显子6含有的2个加尾信号,产生2种不同的3‘端非翻译区。Northern杂交及多组织RT-PCR的结果显示该基因含有0.75kb和2.4kb两种转录本,其中0.75kb转录本在正常睾丸中高表达,而其他组织、无精症患者及胎儿睾丸组织中该基因代表达。结果提示：人ZNF313基因对精子发生和男性可育性可能起重要作用。     

大肠埃希氏杆菌UTI89分泌蛋白组的预测分析

目的：从大肠埃希氏杆菌UTI89基因组中筛选出全部潜在的分泌蛋白并进行初步研究。方法：使用SignalP3.0、TatP1.0、 SecretomeP2.0等蛋白分析软件对5211个ORF进行预测;对筛选出的信号肽及分泌蛋白的基本特征进行统计学分析;使用Blast 2 Sequences进行同源性分析。结果：共筛选出432个sec途径分泌蛋白,19个Tat途径分泌蛋白,386个非经典分泌蛋白;信号肽、分泌蛋白平均长度分别为25.5aa、282.8aa;信号肽中出现频率最高的3种氨基酸依次为L、A、S;仅有两个信号肽的氨基酸序列完全相同,相应的分泌蛋白高度同源。结论：大肠埃希氏杆菌UTI89基因组中有837个ORF可能编码分泌蛋白;分泌蛋白集中在500aa以下;组成信号肽的氨基酸相对保守,多数为疏水氨基酸;信号肽变异性较大,含相同信号肽的蛋白可能由同源基因编码。     

人类新型Krüppel类转录因子hBKLF的cDNA克隆、亚细胞定位及表达特征

人胎肝cDNA文库FLD4585克隆可能编码一种造血相关的转录因子,本文旨在从22周孕龄人胎肝中获得其编码基因的全长cDNA序列,分析其编码蛋白的功能域、基因组结构、染色体定位、亚细胞定位及表达谱特征.采用5′RACE方法获得FLD4585克隆全长;生物信息学方法确定hBKLF基因结构、染色体定位及功能域特征;GFP融合蛋白技术确定hBKLF亚细胞定位;Northern 杂交、RT-PCR、Western印迹方法分析其表达谱.结果获得了FLD4585克隆编码的hBKLF cDNA全长序列,它含1810 bp,编码345个氨基酸,与小鼠BKLF同源,C端含3个特征性C2H2结构的锌指,是KLF转录因子家族的新成员.hBKLF基因跨越33 kb,含6个外显子和5个内含子,位于4号染色体4p15.2～p16.1.GFP-hBKLF融合蛋白在COS-7细胞中呈细小点状分布于核内,核仁区无分布.hBKLF含有两个转录本,大小为4.4 kb～7.5 kb和1.35 kb～2.4 kb.大转录本在成人及胎儿组织广泛表达,小转录本在外周血白细胞、肝脏和骨髓表达量最高,红系和粒系细胞均表达hBKLF.hBKLF表达量随肝脏发育成熟而下降,随红系、粒系成熟而升高.以上研究提示hBKLF可能是一种在体内广泛发挥作用的转录因子,在造血的调控中可能有重要作用.     

棉铃虫核型多角体病毒p40基因序列分析

克隆了棉铃虫（Helicoverpa armigera）单粒包埋型核型多角体病毒（HaSNPV）基因组HindⅢ-H,J片段,其长度分别为10kb和6．7kb。通过对克隆片段末端测序,得到HaSNPV p40基因全序列。p40基因编码区全长966bp,预计可编码36.kD的多肽。HaSNPVp40基因核苷酸序列与HzSNPVp40基因有98％的相同性,这两种基因与BmNPVp40（GenBank-L33180）和AcMNPVgp41(GenBank-L22858)的在酸序列相似性43％左右,但四种蛋白对应于HzSNPVp40,HaSNPVp40的28－277氨基酸区域,同源性高达62％,并且存在一个保守的亲水性结构域,进一步将在基因组中相邻的Hind Ⅲ-H、J两片段用BamHⅠ、EcoRⅠ、HinⅢ、PstⅠ四种限制性切酶进行了分析。     

西伯利亚PsPIP1基因的克隆及其在NaHCO3胁迫下的表达

应用cDNA末端快速扩增（RACE）技术从西伯利亚蓼叶cDNA文库中克隆了质膜内在蛋白基因（PsPIP1的完整编码区cDNA序列（GenBank accession No．EU626398）,长度为1004bp,编码285个氨基酸。基于和其他植物水通道蛋白的氨基酸序列、推测的三维结构的比较以及系统进化分析结果,初步确定此基因为水通道蛋白基因家族中的PIP1亚族成员。RT-PCR结果显示,PsPIP1在西伯利亚蓼的地下茎、茎、叶中均有表达,叶中表达量最高,地下茎次之,茎中最低。在NaHCO3胁迫与去胁迫的过程中,此基因在地下茎、茎、叶中的表达模式也有较明显的差异。     

毛竹扩展蛋白基因的鉴定及其表达分析

为全面了解毛竹中扩展蛋白的分子特征和表达模式,本研究利用生物信息学方法在毛竹基因组中共鉴定出43个扩展蛋白基因家族成员,属于4个亚家族（EXPA、EXPB、EXLA和EXLB）,分别包含18、17、7和1个成员,分布在37个Scaffold上。除PeEXPA1没有内含子和PeEXLB1含有11个内含子外,其它毛竹扩展蛋白基因的内含子为1~5个。毛竹扩展蛋白基因编码蛋白长度为91~508个氨基酸,所有的氨基酸都具有高频密码子,大部分蛋白为碱性亲水性蛋白。大部分毛竹扩展蛋白二级结构中β转角占比例最少,而β折叠占比例最大,各亚家族多数成员具有类似的三级结构。qRT-PCR结果表明,18个EXPA亚家族成员在不同组织表达存在明显差异,除PeEXPA2、PeEXPA6外其它基因表达的最高值均出现在叶片中,表明它们可能在叶片生长过程中发挥着重要作用。     

簇毛麦(Dasypyrum villosum L.)中一个γ-醇溶蛋白基因序列的研究

目的：研究簇毛麦中一个新的γ-醇溶蛋白基因序列及结构特点,为小麦品质育种和该类基因的进化分析提供资料。方法：利用基因组PCR技术从簇毛麦基因组中克隆到1个γ-醇溶蛋白基因（Dv-γ）的全编码序列,利用生物信息学研究其序列结构特点。结果：该序列与已知的γ-醇溶蛋白有着很高的相似性。推导的氨基酸序列包含5个典型的结构域,其中含有8个保守半胱氨酸残基,高变重复区Ⅱ中的重复单元与其他物种来源基因有较大区别。γ-醇溶蛋白中常见的乳糜泄抗原决定簇在其内部也有发现。进化分析表明,此基因与亚家族Ⅰ中的γ-醇溶蛋白基因有着较近的亲缘关系。结论：获得了一个新的γ-醇溶蛋白基因。     

西伯利亚蓼PsGRX基因的克隆及其在NaHCO_3胁迫下的表达

采用cDNA末端快速扩增（RACE）技术从西伯利亚蓼叶cDNA文库中克隆到谷氧还蛋白基因（PsGRX）的完整编码区cDNA序列（GenBank注册号为GU139794）,长度为465bp,编码106个氨基酸。根据与其他植物谷氧还蛋白的氨基酸序列的比对以及系统进化分析的结果,初步确定此基因为谷氧还蛋白基因家族成员。实时定量PCR的结果显示,PsGRX在西伯利亚蓼的叶、茎、地下茎中均有表达,叶中表达量最高,地下茎和茎中较低。在NaHCO3胁迫的过程中,此基因在叶、茎和地下茎中的表达模式也有较明显的差异。     

人新基因hbrp的染色体定位及其对TPK活性的抑制作用(简报)

hbrp(HumanBSP-RelatedProtein)是我们实验室最近在睾丸组织中克隆的一个人与BSP(bovineseminalplasma)蛋白相关的新基因。为了将有关该新基因信息与现有人类基因组转录图相整合,我们应用荧光原位杂交(fluorescentinsituhybridization-FISH)法进行了该基因的人染色体基因定位,结果成功地将hbrp基因定位在人19号染色体长臂1区3带上。hbrp基因是在对BSP蛋白功能的研究过程中发现并克隆的,其同源性分析发现,与其序列最相近的是BSP蛋白家族。hbrp基因编码的蛋白质氨基酸序列中含有四个纤连蛋白Ⅱ型结构域,而BSP蛋白     

人脂多糖结合蛋白基因的克隆及序列测定

采用PCR技术,从人肝cDNA文库中扩增获得了1.5 kb的脂多糖结合蛋白（LBP）的全长基因.序列分析表明,克隆的LBP基因编码的氨基酸序列与文献报道相同.     

斜纹夜蛾核型多角体病毒BamHI—J片段序列分析

报道了斜纹夜蛾核型多角体病毒（SpltMNPV)BamHI-J片段的序列结构。该片段定位于SpltMNPV基因组25.8-29.9图单位（msp unit）,包括4个完整的开放读码框,几丁质酶基因（chiA）的3′端部分序列和一个同源区（hr）的部分序列。4个完整的读码框包括lef-8基因,杆状病毒J结构域蛋白基因（baculovirus J domain protein gene,bjdp),ORF570和ORF165。序列分离表明：ORF570与毒蛾核型多角体病毒（Lymantria dispar MNPV）的解旋酶－2基因有31％的氨基酸同源性。ORF165为SpltMNPV特有。J结构域蛋白在其他杆状病毒基因组中尚未见报道,其氨基酸序列N端存在J结构域,推断该蛋白质具有与DnaJ蛋白类似特征。lef-8基因编码的氨基酸与已报道的杆状病毒基因组中的lef-8基因编码的氨基酸具有高的同源性,且其C端具有与其他杆状病毒LEF－8类似的保守序列CIKICGIHGQKG。     

南极eel Pout(Lycodichthys dearborni)多聚体Ⅲ型抗冻蛋白基因的克隆及进化分析

冰冻海洋中生存的南极eelpout（Lycodichthys dearborni）体内能合成高浓度的Ⅲ型抗冻蛋白（AFPⅢ）。为了寻找新的AFPⅢ基因，构建了L．dearborni肝脏cDNA文库。通过斑点杂交筛选此文库，发现一个2．87kb的cDNA克隆，LD12。序列分析采用DNAssist2．0和ClustalX 1．8软件。结果显示，LDl2分子由12个串联重复的片段构成，每一个片段编码一个61个氨基酸（aa）的Ⅲ型抗冻蛋白分子和一个9aa的连接子。这是第一次在合成AFPⅢ的极地鱼类中发现这样的多聚蛋白结构基因。有趣的是，组成、结构和起源都不相同的抗冻糖蛋白AFGP，其基因也呈现类似的多聚蛋白结构的现象。因此，这种独特的多聚基因结构可能是鱼类基因组在适应极端寒冷的环境中采取的一种普遍方式。