东北虎中五个Sox基因的保守区序列分析(英文)

在哺乳动物中,Y染色体决定着雄性性别,这是由于在其短臂上存在一个编码睾丸决定因子 (TDF) 的基因。1990年,人们克隆了睾丸决定因子基因并命名为SRY。序列分析表明SRY基因中存在一个保守区,与染色体高迁移率组 (HMG) 蛋白质上的DNA结合结构域具有一定的相似性。基于HMG基序的保守性人们发现了一个新的基因家族Sox基因家族。凡是在HMG区域与SRY基因具有50%以上相似性的基因被称为Sox基因。Sox基因在早期胚胎发育过程中参与多种发育途径,具有重要的作用。参与诸如性别决定、骨组织的发育、血细胞生成过程、神经系统的发育、晶状体的发育等多种早期胚胎发育过程。 虎(Panthera tigris)作为世界上最濒危的兽类之一,东北虎(Panthera tigris altaica Temminck)是其中的一个亚种,被列为一类珍稀动物。本文对其发育基因家族—SOX基因进行了研究。 利用肌肉组织为材料制备基因组DNA, 应用特异于HMG-box区域的兼并引物, 扩增了东北虎的SOX基因。在扩增产物中发现一条220bp的扩增带。经过克隆与序列测定和同源性检索,发现5个基因片段(Fig.1&2)。其与人SRY基因的相似性分别为75%、56%、51%、67% 和48%;与小鼠Sry基因的相似性分别为73%、54%、57%、66% 和 48% (Table 1)。因此这5个DNA片段为东北虎的5个Sox基因片     

小鼠SOX基因的扩增及序列分析

用特异扩增人SRY基因保守区的一对引物研究了小鼠雌性和雄性个体基因组中的SRY盒基因 ,结果表明 ,该引物可以在小鼠雌雄个体中扩增出一条 2 3 5bp的带。经序列分析 ,雌雄之间没有差异 ,且与已知的人SRY基因的HMG box区及小鼠和家兔雄性特异的SRY同源基因进行比较 ,同源性均在 60 %以上。本文结果支持SOX基因在进化上十分保守的结论。     

虎斑颈槽蛇Sox基因的克隆及测序

参照人SRY基因HMG-box保守区序列设计一对兼并引物,PCR扩增虎斑颈槽蛇的Sox基因,采用SSCP技术筛选阳性克隆,并对其进行了测序。结果表明：在雌雄个体中共筛选出3个Sox基因,其中一个为雄性独有,显示出性别差异性,3个Sox基因DNA序列及编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX11,SOX22基因的相似性分别为91%,92%,91%和98%,96%,96%。显示出高度的保守性,实验结果为虎斑颈槽蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

菜蛾对杀虫双和杀螟丹抗药性遗传的DNA随机扩增多态性研究

利用室内选育119代的抗杀虫双和抗杀螟丹小菜蛾Plutellaxylostella品系和敏感品系,通过反复回交建立近等基因系.用Operon公司合成的80个引物对抗杀虫双近等基因系和抗杀螟丹近等基因系小菜蛾基因组DNA进行PCR扩增;在抗杀虫双近等基因系中有3个引物分别产生了1条特异扩增带,2个引物分别产生了2条特异扩增带,1个引物产生3条特异扩增带;在抗杀螟丹近等基因系中,有4个引物分别产生了1条特异扩增带,1个引物产生了2条特异扩增带.在培育近等基因系的多次回交过程中,与抗性有关的遗传因子被逐步置换到敏感品系的基因组中,因此可以认为这些特异带与小菜蛾对杀虫双和杀螟丹的敏感性有关.     

小菜蛾对杀虫双和杀螟丹抗药性遗传的DNA随机扩增多态性研究

利用室内选育119代的抗杀虫和抗杀螟丹小菜蛾Plutella xylostella品系和敏感品系,通过反复回交建立近等基因系。用Operon公司全盛的80个引物对抗杀虫比近等基因系和抗杀螟丹近等基因系小菜蛾基因组DNA进行PCR扩增;在抗杀虫双近等基因系中3个引物分别产生了1条特异扩增带,2个引物分别产生了2条特异扩增带,1个引物产生3条特异拉增带;在抗杀螟丹近等基因系中,有4个引物分别产生了1条特异扩增带,1个引物产生了2条特异扩增带,在培育近等基因系的多次回交过程中,与抗性有关的遗传因子被逐步换到敏感品系的基因组中,因此可以认为这些特异带与小菜蛾对杀虫双和杀螟丹的敏感性有关。     

华南虎、东北虎、孟加拉虎的D-100p和ND5序列及其在系统进化分析中的应用

本文采用PCR和质粒克隆测序方法,获得了华南虎线粒体D-loop区的480bp序列和东北虎、孟加拉虎线粒体D-loop区的503bp序列;同时还获得了这三个虎亚种和金钱豹线粒体ND5基因5’端309bp的部分序列。根据D-loop序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离(p-distance)分别为0．11088和O．11087,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0．00994;根据ND5序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离分别为0．11434和0．11758,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0．00324。三个虎亚种的mtDNA D-loop和ND5序列比较表明,华南虎是这三个虎亚种中最为古老的亚种。     

饲养条件下东北虎交配行为的观察

1999年和 2 0 0 0年的 1 1～ 1 2月期间共记录了黑龙江东北虎林园 1 6对东北虎的 1 693次交配事件 ,对其中 1 1 92次成功的交配事件进行了分析 ,建立了东北虎的交配行为谱 ,记录了 1 6种个体行为和 7种社会行为。东北虎的交配持续期为 (6 5 0± 2 5 0 )d ,不同繁殖对的交配次数差异很大 ,最少为 49次 ,最多可达 1 1 3次 ,交配成功率为 70 41 %。东北虎的交配高峰出现在 8∶0 0～ 1 0∶0 0时和 1 6∶0 0～ 1 8∶0 0时。交配成功的次数在第 3～ 5d达到高峰 ,失败的次数在开始交配时最高 ,以后则逐渐降低。在将雌、雄虎赶入小围栏内的首次爬跨前东北虎需花费 (2 0 2 4± 1 2 85 )min的时间做准备 ,其后的各次爬跨与首次相似 ,只是花费时间大大缩短 ,且持续的时间相差很大 ,最短仅为 4 70s,最长则达 6 3 1min。交配后的休息过程同时也是下一次交配前的准备阶段。每次将雌、雄虎赶入小围栏内东北虎要连续进行 (9 40± 4 60 )次爬跨 ,整个交配过程持续 (1 2 67± 3 0 5 )min ,每次爬跨历时 (1 0 0 9± 5 45 )s。     

对Cry1Ac毒素敏感性不同的三种BT1-Tn-5B1细胞品系基因组DNA的RAPD及SSR分析

用Operon公司W系列和F系的 40个随机引物列对BT1 Tn 5B1Cry1Ac敏感细胞、抗性细胞和抗性衰退细胞的基因组DNA进行PCR扩增。经琼脂糖凝胶电泳和EB显色总共扩增出了 2 5 9条清晰带 ,其中有 2 5 0条带为三种细胞所共有 ,有 9条为特异性扩增带。其中 3条特异性带为敏感细胞和抗性衰退细胞样品共有 ,3条特异性带为抗性细胞和抗性衰退细胞样品所特有 ,1条特异性带为抗性衰退细胞样品特有 ,2条特异性带为抗性细胞和敏感细胞样品共有 ,另外某些带在三种细胞之间还存在明显的强弱和宽窄差异。用三个微卫星引物序列分别对三种细胞的总DNA进行扩增 ,得到了 14条清晰的扩增带 ,发现它们在带形上并无太大差异 ,但有 1条带存在明显的强弱差异。这表明BT1 Tn 5B1细胞对Cry1Ac抗性的产生和衰退与基因组DNA的多态性有关。     

野生稻和栽培稻的随机多态DNA(RAPD)分析

应用 RAPD方法对药用野生稻、普通野生稻、粳稻和籼稻进行基因组多态性分析。 1 2个随机引物共扩增出 1 3 2条 RAPD带 ,片段大小在 3 0 0～ 3 5 0 0 bp之间 ,其中有 1 0 6条表现出多态性 ,占总扩增片段的86.4%。根据遗传距离分析 ,用 UPGMA法构建了聚类树状图 ,结果表明 ,普通野生稻的遗传特性比药用野生稻更接近于栽培稻。     

mRNA差异显示条件的优化

运用优化的mRNA差异显示技术分离受内生真菌诱导的差异基因。优化差异显示条件表现在增如指定引物和随机引物的长度、改变PCR参数和再扩增程序、运用银染显色等。应用这些条件共获得7个阳性差异片段。用未优化的PCR程序1筛选35条差异带,得到3个两端均为随机引物的差示片段。而用优化的PCR程序2,52条差异带中得到9条只能用锚定引物和随机引物才能扩增出的片段。地高辛标记的反向-Northern鉴定为阳性后进行克隆和测序。PCR方法1所得的3个差示片段均无开放的阅读框。PCR程序2得到7个差异表达的基因中,2个为已知基因,5个为未知基因。因此可运用优化的差显技术分离差异表达的基因。     

赤链蛇Sox基因的克隆及序列分析

参照人SRY基因HMG-box保守区的序列,设计一对兼并引物,采用PCR技术扩增了赤链蛇的Sox基因,并对扩增产物进行了克隆和测序,结果在雌雄个体中共筛选出三个Sox基因,其中有一个为雌雄共有,显示出性别差异性;三个Sox基因编码的氨基酸序列与人相应SOX3,SOX4,SOX22基因的相似性分别为96%,98%,96%。显示出Sox基因在进化上的高度保守性,本文为赤链蛇的性别决定机制研究提供了分子资料。     

应用RAPD标记分析黑麦属品种的遗传多样性

四川农业大学小麦研究所侯永翠、郑有良、魏育明等研究人员对黑麦遗传多样性课题作了研究。他们采用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记 ,对黑麦属 (SecaleL) 7个品种共 1 2份材料进行了遗传多样性检测 ,发现被检测材料间RAPD标记多态性较高 ,在 4 0个随机引物中 ,有 2 5个引物约占整个的 6 2 .5 %的扩增产物具有多态性。这 2 5个中共扩增出 1 6 7条带 ,其中 89条带约占 5 3.2 %具有多态性 ,每个引物可扩增出 1～ 1 0条多态性带 ,平均为 3～ 6条。RAPD标记遗传距离GD变异范围为 0 .1 382～ 0 .4 5 1 2 ,平均为 0 .2 71 2。通过聚类分析表…     

SOX6 基因3'UTR 区野生型和突变型重组质粒的构建与鉴定

目的:构建含单核苷酸多态性(SNP)位点rs1065024的SOX6基因3'UTR双荧光素酶报告基因载体,并用生物信息学软件预测与rs1065024位点区域相结合的mi RNA,为进一步研究此SNP位点的功能及mi RNA与SOX6基因3'UTR区之间的关系奠定基础。方法:提取人全血基因组DNA,以基因组DNA为模板,通过PCR扩增含SNP位点在内的SOX6基因3'UTR片段,经过胶回收纯化后,将回收的目的片段插入双荧光素酶报告基因载体p MIR-REPORT中,再经DH5a转化扩增,挑单克隆进行菌落PCR并进行质粒提取,对质粒进行双酶切鉴定,最后进行DNA测序鉴定。针对SNP进行定点突变,构建出野生型和突变型重组质粒,并用生物信息学软件预测出与SNP位点相结合的mi RNA。结果:经单菌落质粒测序验证显示带有T碱基的SOX6基因3'UTR重组质粒p MIR-REPORT-3'UTR-T构建成功;经定点突变,成功将p MIR-REPORT-3'UTR-T质粒转变为p MIR-REPORT-3'UTR-C,经比对未引入任何其他突变;生物信息学预测显示,rs1065024位点位于mi R-190b、mi R-190a-5p、mi R-451b、mi R-4791与SOX6基因3'UTR的结合区域,其多态的改变可以影响mi RNA与m RNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含SNP位点rs1065024的p MIR-REPORT-SOX6-3'UTR野生型和突变型重组质粒,为今后SOX6基因3'UTR的SNP位点的功能及mi RNA与SOX6基因3'UTR区之间的关系研究奠定基础。     

内蒙古中东部草原大针茅的种群遗传分化

对内蒙古中东部草原区分布的 11个大针茅 (Stipa grandis P. Smirn)地理种群进行了 RAPD分析。从 10 0个随机引物中筛选出 18个有效引物 ,共扩增出 2 2 1条 DNA带 ,多态性 DNA带 12 1条 ,占 5 4 .75 % ,平均每个引物扩增的 DNA带数为 12 .2 8条 ;特异性 DNA带 2 5条 ,占 11.31%。基于 Jaccard遗传相似性系数对此 2 2 1条 DNA带进行 U PGMA聚类分析 ,将 11个种群分为 3类 ,白音锡勒牧场的 8个种群聚为一类 ,林西种群和克什克腾种群两个种群聚为一类 ,阿巴嘎种群单独成为第 3类。用Mantel检验作进一步分析表明 ,在相对较大的尺度上 ,大针茅的遗传分化与地理距离相关极显著 (g>g0 .0 0 5) ;而在相对较小的尺度上 (白音锡勒牧场 8个种群 ) ,相关不显著 (gg0 .0 5)。     

笼养和半散放东北虎行为时间分配及活动规律差异的比较

1998年 3月～ 2 0 0 1年 4月 ,在哈尔滨动物园和黑龙江东北虎林园采用全事件取样法、扫描取样法和目标取样法 ,对笼养和半散放东北虎的行为时间分配和活动规律进行了比较研究。结果表明 ,在时间分配方面 ,笼养东北虎的休息远远高于半散放东北虎 ,而摄食、站立和其它行为则明显低于半散放东北虎 ,笼养和半散放东北虎的运动较为接近。在活动规律方面 ,虽然笼养和半散放东北虎均有 2个运动的高峰期 ,但笼养东北虎的相对集中且变化幅度较大 ;半散放东北虎的休息有 1个明显的高峰期和 2个不明显的高峰期 ,与笼养东北虎的 1个高峰期有很大不同 ;笼养东北虎的摄食仅出现在 16∶0 0～ 17∶0 0 ,而半散放东北虎则在 1d中均有发生 ,且在 9∶0 0～ 11∶0 0和 14∶0 0～ 16∶0 0有 2个高峰期 ;笼养和半散放东北虎的站立和其它行为变化规律较为相似 ,但半散放东北虎的发生强度要远远高于笼养东北虎。通过对笼养和半散放东北虎各种行为进行的配对T检验 ,发现二者的休息、摄食、站立和其它行为存在极显著差异 (P<0 0 0 1)。     

中华鳖4个Sox基因保守区的序列分析

采用PCR技术,扩增和克隆了中华鳖Sox基因（TSSox）。经DNA序列分析显示,Sox基因在系统进化上十分保守,其中TSSox4与鸟类LF4基因编码的氨基酸序列完全相同、与人类SOX4和Sox4编码的序列仅一个氨基酸的差异;TSSox5与鸟类的LF5基因的编码也仅一个氨基酸发生了改变;TSSox2与海龟的TSox2相似性最高。4条TSSox序列中,TSSox与人SRY基因序列相似性最高,达75％;序列上的相似性可能暗示了它们在功能上的保守性。     

FOXL2、SOX14及BPESC1 mRNA在小睑裂综合征患者眼睑组织中表达水平的研究

目的 研究小睑裂综合征（blephamphimosis—ptosis—epicanthusinversus syndrome,BPES）患者与正常人相比眼睑组织中FOX12、SOX14及BPESC13个基因mRNA的相对表达水平,探讨这3个基因与BPES的相关性,以及可能存在的发病机制。方法TRIzol法抽提眼睑组织总RNA,反转录为cDNA,应用实时荧光定量PCR技术分别检测15例BPES患者（A组）及15例正常人眼睑组织（B组）中FOXL2、SOX14和BPESClmRNA的表达水平,用两配对样本wilcoxon符号秩检验法和2-AAC,法分析两组数据及其差异。结果FOXL2、SOX14和BPESCI3个基因tuRNA的表达水平在A、B两组间的差异均具有统计学意义,P值均〈0．05。A、B两组间,FOXL2基因的△Ct之差（△△ct）,负秩与证秩的平均秩分别为6．00和8．50,SOX14基[天1的△△Ct负秩与正秩的平均秩分别为4．20和9．33,BPESC1基因的△△ct负秩与正秩的平均秩分别为8．23和6．50,可认为A组FOXL2基因和SOXl4基因的△ct值大于B组,BPESCI基因的△ct值小于B组,即A组的FOXL2基因和SOX14基因的表达水平低于B组,BPESCI基因表达水平高于B组。结论FOXL2、BPESC1及SOX14均与BPES具有一定相关性,FOXL2和SOX14的低表达以及BPESC1的高表达可能与BPES的发病相关。     

基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。     

费氏中华根瘤菌042BS结瘤调节基因的克隆及功能检测

费氏中华根瘤菌 (Sinorhizobiumfredii) 0 4 2BS可以在大豆和苜蓿上结瘤。用费氏中华根瘤菌USDA2 5 7的nodD1和nodD2基因分别作为探针 ,与 0 4 2BS总DNA进行Southern杂交 ,发现其DNA经EcoRI酶切后分别在 3 0kb和 6 0kb处各有一条阳性带。回收这两条阳性带附近的DNA片段 ,建立部分基因文库 ,克隆到带有nodD1基因的 3 0kb片段 ,以及带有nodD2基因的 6 0kb片段。对nodD1和nodD2进行序列分析 ,结果表明 0 4 2BS的nodD1与费氏中华根瘤菌根瘤菌USDA2 5 7和USDA1 91的同源性高达 99% ,而nodD2与USDA2 5 7的同源性为1 0 0 %。再将nodD1的片段克隆到pBBRIMCS 5载体上 ,导入豌豆根瘤菌蚕豆生物变种 (Rhi zobiumleguminosarumbv.viciae)LPR5 0 5 4中进行功能检测 ,显示 0 4 2BS的nodD1均可被大豆分泌的类黄酮物质染料木黄酮以及苜蓿分泌的类黄酮物质毛地黄黄酮所诱导     

小麦品种Triticum spelta album中抗条锈病基因Yr5的RAPD标记

共用520个10碱基随机引物对小麦抗条锈基因Yr5的近等基因系进行了RAPD分析,发现了3个特异性DNA片段S1496、S14181950与Yr5基因连锁,其中S1496761与Yr5基因紧密连锁,遗传距离为2．7cM。经对特异性DNA片段S1496 761进行克隆,测序,设计了PCR扩增用专化引物SC－S1496 761a和SC－S149676b,用该引物可扩增出与原RAPD引物扩增出的相似的特异DNA片段,由于该引物还可扩增出迁移率极为相近的另1条非特异带,在琼脂糖凝胶上难以分辨,需用聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染进行检测,经用F2分离群体及部分相关品种材料检测,已证明该标记的可靠性。