人类基因组学的新战略：全基因组随机测序

人类基因组学的新战略：全基因组随机测序吴家睿（中国科学院上海生物化学研究所,上海２０００３１）关键词人类基因组ＤＮＡ测序遗传图谱物理图谱人类基因组计划（ＨＧＰ）的战略构想是,以“作图”（Ｍａｐｐｉｎｇ）为测序的基础。也就是说,首先将人类的整个基因组一...     

47个早期人胚胎低丰度表达基因ESTs筛选及结果分析

构建高质量ｃＤＮＡ文库在基因克隆、ｍＲＮＡ差异展示、表达序列标签测序和基因定位等研究中具有十分重要的作用。为了从早期胚胎中分离人类新基因,构建了受精后３周龄的人ｃＤＮＡ文库,用标记的一链ｃＤＮＡ探针对该文库的６５０８个克隆子进行菌落原位杂交,得到１６７７个无任何杂交信号的低丰度表达克隆子,从中随机挑选了４７个进行５′端部分测序,将测序结果与三大基因库进行序列同源性比较,发现１８个克隆（３８．３％）     

鹅源腺病毒基因组DNA物理图谱的构建

将鹅源腺病毒Ｙ８１Ｇ４株全基因组ＤＮＡ的ＨｉｎｄⅢ酶切片段分别插入质粒ｐＵＣ１８,成功构建了全基因组ＤＮＡ文库。在此基础上,将重组质粒携带的插入片段切出、回收并分别用地高辛标记后作为探针,与经限制酶ＢａｍＨⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＰｓｔⅠ、ＥｃｏＲⅤ消化的病毒基因组ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｌｏｔｔｉｎｇ,杂交结果经比较综合后获得了该病毒基因组ＤＮＡ的ＨｉｎｄⅢ、ＢａｍＨⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＰｓｔⅠ、Ｅｃ     

利用RT_PCR、DNA序列分析及原核基因表达对我国大豆花叶病毒进行分子鉴定(英文)

大豆花叶病毒（ＳＭＶ） 在大豆（ Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ Ｌ．） 上引起严重病害。利用ＲＴ＿ＰＣＲ 扩增并克隆了ＳＭＶ＿ＺＫ（ 一个中国ＳＭＶ 分离株） 基因组中全部蛋白质编码区的ｃＤＮＡ。通过对ＨＣ＿ＰＲＯ、ＮＩｂ 和ＣＰ编码区进行序列测定与分析,发现ＳＭＶ＿ＺＫ 与ＳＭＶ＿Ｇ２ 高度同源,从而在分子水平上证明在我国大豆作物中存在ＳＭＶ＿Ｇ２ 类似株系。将ＳＭＶ＿ＺＫｃＤＮＡ克隆于细菌表达载体,获得并提纯了６ 种ｃＤＮＡ 的表达产物。这项工作将为进一步研究ＳＭＶ 基因组的功能奠定基础。     

叶绿体基因组结构与表达调控

植物叶绿体ＤＮＡ是存在核基因外的细胞质基因组,它是一种双链ＤＮＡ分子、在细胞内,与核基因协调编码与光合作用有关的蛋白质,叶绿体基因组中基因的结构与表达调控与原核生物相似,但也有一些区别,深入开展叶绿体基因组的基因,对探讨光合作用机理与细胞器的起源等问题具有重要意义。     

双探针原位杂交揭示稻属BB,CC和EE基因组之间的分化

利用双探针原位要交技术,揭示了稻属Ｏｒｙｚａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ复合体中ＢＢ、ＣＣ和ＥＥ基因组之间的分化。以标记的ＢＢ基因组（来自二倍体的Ｏ．ｐｕｎｃｔａｔａＫｏｔｅｃｈｙ ｅｘ Ｓｔｅｕｄ．）的总ＤＮＡ为探针,同ＢＢＣＣ基因组（Ｏ．ｍｉｎｕｔａＪ．Ｓ．Ｐｒｅｓｌ．ｅｔ．Ｃ．Ｂ．Ｐｒｅｓｅｌ）的中期染色体杂交,结果表明,ＢＢ基因组的ＤＮＡ探针同与四倍体Ｏ．ｍｉｎｕｔａ中的ＢＢ基因组的染色体之间     

酶母K.cicerisporus基因组中有启动子功能的DNA片段的克隆

利用以３′－氨基糖苷磷酸转移酶基因（ＡＰＨＩ）为报道基因的一套启动子探针质粒ｐＳＫ－ｋａｎ４０１、ｐＳＫ－ｋａｎ１１０５、ｐＳＫ－ｋａｎ１２３８,从酵母Ｋｌｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｃｉｃｅｒｉｓｐｏｒｕｓ基因组中克隆到８个有较强启动功能的ＤＮＡ片段,分析出３′端ＤＮＡ序列,并在酵母Ｋｌｕｙｖｅｒｏ８ｍｙｃｅｓｅ ｌａｃｔｉｓ中通过检测报告基因与３－磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＡＰＤＨ）的ｍＲＮＡ表达量的比     

人组织性纤溶酶原激活物衍生物在大肠杆菌硫氧化还原蛋白融合表达系统中的

目的：克隆含ｔＰＡ中３５５个氨基酸密码子（１－３和１７６－５２７氨基酸）的ｃＤＮＡ序列（ｔＰＡ３５５）,将其在大肠杆菌融合蛋白表达系统中表达,并在体外复性使其具有激活纤溶酶原的生物活性。方法：采用ＲＴ－ＰＣＲ技术从人黑色素瘤细胞Ｂｏｗｅｓ中克隆出ｔＰＡ３５５ ｃＤＮＡ,然后在ｐＥＴ３２ａ（＋）ＢＬ２１（ＤＥ３）大肠杆菌表达系统中表达,将表达出的融合蛋白Ｔｒｘ－ｔＰＡ３５５（Ｔｈｉｏｒｅｄｏｘｉｎ,Ｔｒｘ）包涵体在体外进行变性、复性和纯化以使其具有激活纤溶酶原的生物活性。结果：测序结果表明本研究克隆的编码ｔＰＡ中３５５个氨基酸密码子的ｃＤＮＡ序列与美国专利（公开号：５,５８７,１５９）中对应的序列完全一致,将其在ｐＥＴ３２ａ（＋）／ＢＬ２１（ＤＥ３）大肠杆菌表达系统中表达可获得稳定表达的融合蛋白Ｔｒｘ－ｔＰＡ３５     

cDNA RDA法克隆小鼠鼻咽部组织特异性表达基因

采用ｃＤＮＡ代表性差异分析法（ｃＤＮＡ ＲＤＡ）克隆小鼠鼻咽部组织特异性表达基因。通过三轮消减杂交后,获得了七个差异片段。随机选择两个差异片段ＴＤＰ１和ＴＤＰ４,经ＤＮＡ印迹和ＲＮＡ印迹证实了ＴＤＰ１在鼻咽部特异性表达,而ＴＤＰ４在鼻咽部及食道均有表达,并没有特异性。进一步对这两片段测序分析,并与Ｇｅｎ－Ｂａｎｋ等数据库同源比较,推测ＴＤＰ１和ＴＤＰ４是两个新的基因片段,但是仅ＴＤＰ１在小鼠鼻咽部     

酵母基因组共表达基因簇与其上游顺式作用元件的关系

ＤＮＡ微阵列技术的快速发展开辟了从表达图谱研究基因组功能的新途径。酵母全基因组的测定和基因组表达图谱数据的发表使其成为研究真核基因转录调控机制的首选目标。运用生物信息学的工具研究了酵母基因组中基因上游顺式调控元件与基因组表达图谱的关系。结果表明,表达紧密关系的同一簇基因都具有若干特异的顺式作用元件,其表达受到相应反式调控因子的控制。找到的位点中,一部分与已知顺式作用元件相对应;另一部分可能是新的顺     

菜豆基因组微卫星DNA的分离与鉴定

从耐高温型菜豆（Ｐｈａｓｅｏｌｕｓ ｖｕｌｇａｒｉｓ Ｌ．）品种“Ｈａｉｂｕｓｈｉ”基因组分离微卫星ＤＮＡ,可以提供与耐热性ＱＴＬ（ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔ ｌｏｃｕｓ）连锁的多态遗传标记。为此,利用ｌａｍｂｄａ ＺＡＰⅡ载体构建了一个包含４００－８００ｂｐ插入片段的菜豆基因组文库。利用地高辛末端标记寡聚核苷酸（ＧＡ）１０和（ＣＡ）１０作为探针筛选该文库,并对部分阳性克隆进行测序分析,     

人类基因组辞汇

人类基因组辞汇柴建华Ｐｈａｇｅ噬菌体。没有细胞结构的最简单的生命,是一种寄生在细菌细胞内的病毒。见ｖｉｒｕｓ。ＰｈｙｓｉｃａｌＭａｐ物理图谱。标示可识别的ＤＮＡ位标在ＤＮＡ分子上位置的图（如限制性酶切点,基因等）。距离以ｂｐ表示。对于人类基因组,最低分辨率的物理图谱是２４个不同染色体的分带图,最高分辨率的物理图谱是染色体的全部核苷酸顺序。     

膜联蛋白VcDNA的克隆及其在大肠杆菌中的表达

利用ＲＴ－ＰＣＲ技术成功地从人胎盘组织中克隆了膜联蛋白Ｖ的ｃＤＮＡ,测序分析表明,与文献报道的核苷酸序列完全一致,交膜联蛋白Ｖ的ｃＤＮＡ克隆进Ｔ７启动子控制下的表达质粒ｐＥＴ－２４ａ（＋）中,经大肠杆菌ＢＬ１（ＤＥ３）后,经ＩＰＴＧ诱导可高效表达分子量为３６ｋＤ的膜联蛋白Ｖ蛋白,表达产物以可溶形式存在。表达产物占菌体总蛋白的３８％左右。表达产物经肝素亲和层析纯化后具有明显的延长部分凝血活酶时间的作     

单股环DNA病毒基因组的复制及其转录调控因子结合序列

单股环ＤＮＡ病毒基因组的复制及其转录调控因子结合序列崔治中（扬州大学农学院兽医系,生物技术系,扬州２２５００１）关键词单股环ＤＮＡ病毒,基因组复制,调控区结构最近定名的单股环ＤＮＡ病毒科（Ｃｉｒｃｏｖｉｒｉｄａｅ）是迄今为止发现的一类最小的动物病毒。...     

普通小麦三个基因组之间的遗传关系及原位杂交分析

以普通小麦（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍＬ．）的３个可能的二倍体供体种（乌拉尔图小麦（Ｔ．ｕｒａｒｔｕＴｈｕｍ．）拟斯卑尔脱山羊草（ＡｅｇｉｌｏｐｓｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓＴａｕｓｃｈ）和粗山羊草（Ａｅ．ｔａｕｓｃｈｉｉＣｏｓｓ．）的基因组ＤＮＡ为研究对象,通过它们之间的相互杂交,比较杂交强度以及泳道中带纹的不同,并结合部分ＤＮＡ重复序列在基因组间含量差异的数据,得出结论：Ａ＾ｕ和Ｄ基因组的关系     

胰岛素受体的配体结合结构域的克隆与表达

用ＰＣＲ方法从人胎盘ｃＤＮＡ 中获得编码胰岛素受体α亚基中结合胰岛素的相对独立的结构域Ｌ１、Ｌ２以及人工设计的Ｌ１－（Ａｌａ）１０－Ｌ２的基因,克隆入含Ｔ７噬菌体ＲＮＡ聚合酶启动子的表达质粒ｐＥＴ－３ａ中,转化大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３）,用ＩＰＴＧ诱导表达成功。ＤＮＡ测序、氨基酸组成分析以及蛋白质Ｎ端测序证明所表达的蛋白质正确。经过包涵体的分离、洗涤、溶解和纯化,得到了纯的变性状态受体的胰岛素高亲     

水稻齿叶矮缩病毒Segment 9 dsRNA的序列分析及其在大肠杆菌DE3中的表达

通过有机试剂抽提,ＣＦ－１１纤维素柱层析,从感染水稻齿叶矮缩病毒菲律宾分离株（ＲｉｃｅＲａｇｇｅｄＳｔｕｎｔＶｉｒｕｓ,Ｐｈｉｌｉｐｐｉｎｅｉｓｏｌａｔｅ,简称ＲＲＳＶ－Ｐ）的水稻植株中获取该病毒的全基因组,即获得从Ｓｅｇｍｅｎｔ１到Ｓｅｇｍｅｎｔ１０（Ｓ１－Ｓ１０）的１０条双链ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）,然后设计合适的引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法得到Ｓ９的ｃＤＮＡ并将其克隆到ｐＵＣ１１９质粒上扩增,以双链测序法测定该ｃＤＮＡ的全序列。同时又将此ｃＤＮＡ克隆到大肠杆菌表达质粒ｐＧＥＸ－３Ｘ上,在大肠杆菌菌株ＤＥ３中用ＩＰＴＧ诱导表达,经超声波破菌、离心、Ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ－ｓｅｐｈａｒｏｓｅ４Ｂ亲和层析,得到纯化的分子量为６４ｋＤ的融合蛋白。     

通过基因组相减从悬铃木突变体中分离缺失DNA

悬铃木（Ｐｌａｔａｎｕｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ Ｌ．）突变体是其种子经γ射线辐射培育出的一种营养生长正常而开花发育过程受阻的不育植株。经过１０多年的观察研究证明：突变体的花芽不能形成是因为突变体细胞染色体有部分缺失。应用基因组相减技术分离这些在突变体中缺失但在野生型中存在的ＤＮＡ,经过４次循环富集缺失片段后克隆了１个２．０ ｋｂ 的ＤＮＡ 片段,ＤＮＡ 杂交证明此片段只存在于野生型基因组中而不存在于突变体中。将基因组相减方法应用在复杂植物基因组中获得成功的研究还未见报道     

产气肠杆菌α—乙酰乳酸脱羧酶基因的克隆和表达及影响重组酶活性？…

用ＰＣＲ方法从产气肠杆菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）中克隆出０．９ｋｂ的ＤＮＡ片段,经ＤＮＡ测序证明是α－乙酰乳酸脱羧酶（α－ａｃｅｔｏｌａｃｔａｔｅ ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ,α－ＡＬＤＣ）基因。将α－ＡＬＤＣ基因重组到质粒,ｐＢＶ２２０后,转化大肠杆菌,经筛选获得的高效表达的重组子菌株。     

研发动态

我国人基因组图谱研究取得重要进展 11月6日,Natue杂志以封面文章的形式,介绍了我国科学家在基因科学方面的最新成就：独立自主地完成了第一个中国人基因组序列图谱（定名“炎黄一号”）的绘制和分析工作。这篇论文描绘了第一个中国人的全基因组图谱,测序数据总量达到1177亿碱基对,基因组平均测序深度达到36倍,有效覆盖率高达99．97％,变异检测精度达99．9％以上。