不同日粮饲养黄牛的胃部微生物群落多样性比较分析

为分析不同饲料喂养对黄牛胃中微生物群落结构的影响,分别用芒草单一喂养和农家混合饲料喂养两年的黄牛为实验组和对照组。以瘤胃、蜂巢胃、重瓣胃和皱胃四个胃中的微生物为研究对象,采用原位包埋裂解法和脉冲场电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）提取微生物总 DNA,脉冲场电泳（pulsed field gel elec-trophoresis,PFGE）。使用细菌16S rRNA 引物341F ／534R 及真菌18S rDNA 引物 NS1／GCFungi 进行降落 PCR 扩增。变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）对扩增产物进行区分,使用硝酸银染色。电泳扫描结果通过 Quantity one 软件进行分析,SPSS 软件进行数据统计。针对实验组和对照组瘤胃样品共性条带和特性条带测序并比对。结果表明：实验组与对照组细菌群落结构变化较大,UPGAM聚类图上被分为两支,相似性只有0．35。且香农多样性指数及条带丰度都明显少于对照组。真菌 DGGE 图谱条带差别不大,聚类图上显示实验组四个样品与对照组四个样品相似性在0．43～0．68之间。多样性及条带丰度在实验组与对照组之间差异0．0027～0．5999。测序结果,细菌与数据库中未培养细菌种类较为接近,而真菌中部分与已知菌种接近。芒草单一饲养对牛胃中的微生物群落结构具有极大的影响,对细菌的影响尤为明显。     

近三年微生物多样性研究进展（英文）

综述了近三年来微生物多样性研究领域的研究进展,对不同年份相关文章的数量、不同数据库中相关文章的数量以及作者倾向于选择的不同微生物多样性研究对象的相关文章的数量进行了统计。文中针对微生物多样性研究领域作者选择的不同研究重点进行了分类和归纳,并且对其研究结果进行了简要介绍。为研究者提供了近年来微生物多样性研究的大致框架,为研究对象的选择和研究重点的设定提供依据。     

孑遗植物桫椤内生真菌的多样性与群落组成（英文）

桫椤为木本蕨类,在世界范围内属于濒危的孑遗植物,关于桫椤内生真菌的研究还未见报道。本文基于形态学特征和DNA序列分析技术,探讨了桫椤内生真菌多样性和群落组成。研究发现,桫椤组织中蕴藏着丰富的真菌资源,内生真菌定殖率达到87.6%;从桫椤的234个生活组织块中,分离到内生真菌291株,被鉴定为64个分类单元;桫椤组织中常见真菌种类大约占内生真菌的60%,其中铺散内曼菌Nemania diffusa表现出明显的分布优势;内生真菌总体多样性指数达到3.53的较高水平,并且表现出叶轴根部羽片叶柄茎皮的分布规律;分析不同组织中内生真菌的相似性系数和聚类结果,发现桫椤的组织性质影响内生真菌的组成和分布;根据物种累积曲线,现有的研究样本中超过80%的内生真菌已经被分离到,研究结果能够反映桫椤内生真菌的多样性和群落组成。通过分析桫椤的叶柄凋落物中真菌定殖率、丰度、多样性、相似性和真菌种类等特征性数值,表明凋落的桫椤组织中真菌的分布特征已经发生了明显改变。     

硬核资源遗传多样性的AFLP分析（英文）

为了解云南省硬核[Scleropyrum wallichianum (Wight et Arn.) Arn.]的遗传多样性,采用AFLP标记分析了7个居群84份种质材料的遗传变异。结果表明,从64对引物组合中挑选出多态性较好的引物8对,共扩增出1 728条带,其中多态性条带1 388条,多态性百分率为80.14%。硬核在物种水平的多样性指数分别为Na=1.416, Ne=1.179, H=0.137, I=0.225,在居群水平上分别为H=0.111,I=0.175;在遗传相似性系数为0.52时,这些种质材料可分为3组,其中易武居群具有丰富的遗传变异,大部分的遗传变异存在于居群内,而在0.05置信区间内居群间遗传变异仅为11.5%;居群间的遗传距离和地理距离无显著相关性(r=0.0323, P=0.5820)。因此,硬核资源可采用就地和迁地保护策略,以增加其遗传多样性。     

PCR-DGGE技术分析染整废水微生物群落多样性

旨在揭示水解酸化-生物接触氧化工艺处理染整废水过程中的微生物多样性.取初级沉淀池,水解酸化池,生物接触氧化池和二沉池的活性污泥,通过细胞裂解直接提取基因组DNA,以细菌通用引物进行16S rRNA基因V3区域PCR扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,获得微生物群落的DNA特征指纹图谱,并对条带进行统计分析和切胶测序,进行了同源性分析并建立了系统发育树.研究表明,整个水处理过程中含有丰富的微生物群落,其中初级沉淀池、水解酸化池、二沉池和生物接触氧化池的污泥样品分别测出36条带、42条带、30条带和29条带.不同区段微生物群落间相似度最高达68％,最低达42.4％,说明群落间演替明显,不同工艺区段既存在共同的微生物种属也存在特异微生物种属.     

中国江苏太湖和阳澄湖细菌群落组成、多样性和时空动态比较研究（英文）

为了调查与比较太湖和阳澄湖浮游细菌群落的分布、多样性及动态,采用密集时间(每周)采样法于2012年6月至10月采集了85个样品,并通过16S r RNA基因高通量测序分析了其菌群组成。原始读长序列经过滤后,共获得142 354条高质量读长序列,归属于4 589个运算分类单元(operational taxonomic units, OTUs),其中变形菌门(主要包括γ-变形菌门)和拟杆菌门是两个湖泊的主要类群。两个湖泊的菌群共同拥有19.55%的OTUs,这些OTUs占总读长序列条数的95.01%,表明它们之间存在高度重叠。阳澄湖的群落α-多样性高于太湖,这可能主要归因于两个湖泊的稀有菌群。有趣的是,我们观察到浮游细菌群落的组成随时间急剧波动,推测在极浅湖泊中菌群抵抗外来干扰的能力较低。综上所述,本研究结果对人们更好地理解湖泊菌群的组成差异及时空动态具有重要参考价值。     

家养及大型养殖场鸡肠道微生物菌群及四环素耐药菌多样性的比较研究（英文）

本研究分析比较了农家家养鸡与大型养殖场鸡肠道菌群组成及抗四环素抗性基因在肠道菌群中的分布情况。通过454焦磷酸法对细菌16SrRNA V3区进行测序来分析肠道菌群的组成;用平板琼脂法筛选四环素耐药菌株,对其16SrRNA基因全长测序,并与RDP(Ribosomal Database Project)数据库比对进行菌种鉴定;聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测常见四环素耐药基因。家养鸡粪便中菌群香农多样性指数为5.321±0.590,养殖场鸡为4.398±0.440,前者显著大于后者(Mann-Whitney U test,P=0.008)。从家养鸡和养殖场鸡粪便中随机分离到69株和65株四环素耐药菌株,后者四环素耐药菌的种类多于前者。家养鸡较养殖场鸡的肠道菌群更具多样性,而抗生素抗性基因在养殖场鸡的肠道菌群中分布更广泛。结果表明,不同饲养方式对鸡的肠道菌群有影响,对抗生素抗性基因的分布也有一定影响。     

猎豹(Acinonyx jubatus)肠道微生物多样性及其性别差异研究（英文）

【目的】探讨猎豹(Acinonyx jubatus)肠道微生物多样性特征。【方法】通过采集新鲜粪便样品,对9只健康成年野生猎豹(4只雄性,5只雌性)的肠道微生物16S rRNA基因V3–V4区进行高通量测序,对猎豹肠道微生物多样性进行研究。【结果】测序共获得肠道微生物16S rRNA基因V3–V4区有效序列599349条,序列平均长度405 bp。通过以97%的序列相似性进行分类,共获得操作分类单元(OTU)268个。经序列比对和分类鉴定,这些OTU都属于细菌域,包括10个门,21个纲,35个目,72个科,144个属。其中,丰度最高的5个细菌门是厚壁菌门(Firmicutes,平均占OTU总数的42.29%%)、放线菌门(Actinobacteria,31.54%)、梭杆菌门(Fusobacteroidetes,16.66%)、变形菌门(Proteobacteria,5.30%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,4.19%)。拟杆菌门的丰度较低是猎豹肠道微生物的主要特征。丰度最高的5个科依次是红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae,31.28%)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae,平均占17.66%),梭杆菌科(Fusobacteriaceae,15.46%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae,12.40%)、梭菌科I(Clostridiaceae_I,6.93%)等。丰度最高的5个属依次是柯林斯氏菌属(Collinsella,30.16%)、梭杆菌属(Fusobacterium,15.46%)、艰难梭菌属(Peptoclostridium,11.46%)、Blautia属(8.28%)和狭窄梭菌属1(Clostridium_sensu_stricto_1,6.39%)。约有2.32%的OTU没有归类到属。群落alpha多样性分析结果显示,猎豹肠道微生物群落Shannon指数为2.93–4.41,Simpson指数为0.72–0.91。通过依据性别进行分组,对雌雄两组之间的alpha多样性比较表明,雄性组的物种和Shannon指数略高于雌性组。Beta多样性分析表明,雌雄两组之间的差异高于各组内部不同个体之间的差异。然而,聚类分析显示,相同性别的猎豹的肠道微生物并没有聚在一起。【结论】本文通过高通量测序技术研究了猎豹肠道微生物多样性特征和性别差异,为猎豹的保护、救护饲养和消化生理学研究提供了基础数据。     

不同品种酿酒葡萄表皮微生物群落多样性分析

葡萄酒酿造是多种微生物参与代谢的过程,其中的微生物在没有外源接种的情况下通常认为源自酿酒葡萄本身。应用高通量测序技术,分析沙城地区不同品种酿酒葡萄表皮的微生物群落,旨在从源头上了解葡萄酒酿造原料的品质,为研究酿酒葡萄微生物对酿酒品质的影响提供理论依据。结果显示,无论细菌还是真菌丰富度最大的均为雷司令,细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等8个门,优势细菌主要是欧文氏菌属(Erwinia)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)等6个属。真菌仅分布在子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota)3个门,链格孢菌属(Alternaria)、枝孢属(Cladosporium)、茎点霉属(Phoma)、镰孢属(Fusarium)等9个主要的属。细菌中心OTU最相似菌种分别为节杆菌(Arthrobacter sp.)、假单胞菌(Pseudomonas sp.)等,真菌为枝孢菌(Cladosporiumsp.)、茎点霉(Phoma sp.)、链格孢菌(Alternaria sp.)以及大量未知种属的OTU。研究表明,葡萄品种是影响微生物群落的最重要的因素,推测酿酒葡萄上的一些微生物会对葡萄植株的健康、葡萄果实的品质以及葡萄酒酿造产生有益或有害的影响。     

人工湿地不同植物根际微生物群落多样性比较研究

应用平板计数与PCR-DGGE技术相结合的方法,对人工湿地芦苇(Phragmites australis)、香蒲(Typha latifolia)和黑麦草(Lolium perenne)三种植物根际微生物群落多样性进行研究。结果表明,三种植物根际具有不同的微生物数量和群落结构;根际微生物数量显著高于非根际(P<0.05),两者具有不同的群落结构和优势种群;芦苇根际具有数目最多的常见物种和最大的物种均匀性,根际与根区多样性指数差别最大,根际效应R/S最大,表明芦苇能够更好的影响土壤微生物的富集和分布,提高微生物群落多样性。     

贵州施秉喀斯特地区林地土壤甲螨的群落组成及多样性（英文）

【目的】为了解施秉喀斯特地区林地土壤甲螨的分布和群落组成特点,明确中国西南喀斯特地区林地类型对土壤甲螨群落密度、组成和物种多样性的影响,对该区林地土壤甲螨的群落结构及多样性进行了的调查和分析。【方法】2012年8月选取了中国西南施秉喀斯特地区典型生境中的8个样地,每个样地9个取样点,用Berlese-Tullgren装置分离土样24 h。多样性分析采用常见的多样性指数;群落相似性分析采用Jaccard相似性系数(C_J);群落聚类分析分别采用Marczewski Steinhaus 距离(C_ms)和Bray-Curtis距离,应用R 2.11程序进行类平均法聚类。【结果】结果显示,中国西南喀斯特8个样地中土壤甲螨由少数的优势属和数量众多的稀有属组成。其中全菌甲螨属 Perscheloribates (22.48%)和长单翼甲螨属 Protoribates (11.45%)个体数量最为丰富。长单翼甲螨属 Protoribate、上罗甲螨属Epilohmannia、小奥甲螨属 Oppiella、小盾珠甲螨属 Suctobelbella 和盖头甲螨属 Tectocepheus 分布广泛。本区的甲螨组成（属级水平）表现出明显热带和亚热带地区特点。在天然常绿落叶阔叶林中,甲螨的个体数量和种类数较多,但多样性不高,而在人工针叶林中甲螨多样性最高。甲螨群落组成和分布特征多样,异质性高,特别是在天然常绿落叶阔叶林中突出。【结论】研究表明,施秉喀斯特生态系统的不同林分影响甲螨的物种多样性和群落稳定性,天然常绿落叶阔叶混交林是甲螨的“避难所”。     

造纸废水活性污泥的微生物群落结构及多样性分析

为探究造纸废水活性污泥中微生物群落结构多样性以及对造纸废水处理效果的影响，利用Illumina MiSeq 高通量测序方法，分析在处理造纸废水过程中，同一运行阶段两个并联氧化沟内活性污泥的微生物群落与多样性组成。结果表明，系统中处理造纸废水的活性污泥在同一废水条件下微生物群落结构总体稳定，优势细菌为绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门（Bacteroidota）、变形菌门（Proteobacteria）、Myxococcota、放线菌门(Actinobacteria）、厚壁菌门(Firmicutes）等。最重要的优势细菌类群为Chloroflexi，相对丰度占比为47.67%~48.22%，远远高于其他废水中Chloroflexi的占比，其中厌氧绳菌纲（Anaerolineae）是其主要成员，占比84.39%~88.34%，可针对性地去除造纸废水中的污染物。造纸废水活性污泥样品中存在大量特殊功能菌群，其在废水中污染物尤其是木质素的去除中发挥着重要作用。     

走马胎种质资源遗传多样性的ISSR分析（英文）

走马胎(Ardisia gigantifolia)是紫金牛科(Myrsinaceae)紫金牛属(Ardisia)多年生小灌木植物。走马胎作为我国传统中药材,已有多年的药用历史。目前,走马胎不再局限于临床药用,在食疗和保健方面的开发利用崭露头角,大大扩展了其应用范围。随着走马胎市场需求量的增大,野生走马胎植物被过度采挖,导致野生走马胎资源几乎枯竭。人工栽培走马胎逐渐成为供应药用市场的主力军,但是人工栽培走马胎种质、种子来源混杂,常会造成质量和疗效的不稳定,而利用分子标记技术可以从分子水平上对走马胎进行种质的区分和评价。该研究利用ISSR分子标记技术,对来自广西地区的36份走马胎种质资源进行了遗传多样性分析,采用POPGEN32软件进行数据分析,用UPGMA软件绘制聚类图。结果表明:14条ISSR引物共检测到136个清晰的扩增位点,多态性位点112个,多态位点百分率为82.35%;Nei’s基因多样性指数(H)为0.296 5,Shannon多样性指数(I)为0.441 7,基因分化系数(Gst)为0.855 8。个体间的遗传相似系数为0.667 8~0.838 2,平均为0.739 1。基于聚类分析可知,所有的个体被划分为5类,其中绝大多数来自相同或者邻近地区的个体严格按照地理位置聚为相同的一类或者亚类,只有少数个体在归类上与地理位置相悖。研究证明ISSR分子标记技术在评价走马胎种质资源亲缘关系和遗传变异等方面有很好的适用。该研究结果为该药用植物的种质资源评估和引种栽培提供了科学依据。     

宏基因组分析城市休闲水域九山湖的微生物群落结构和抗性基因（英文）

【背景】城市水环境正面临着严峻的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)污染。然而关于城市休闲水域中ARGs的研究较少。【目的】对城市休闲水域夏冬季节的微生物群落和抗性基因组成进行研究分析,促进对休闲水域水生生态系统的认识。【方法】基于高通量测序技术,对休闲湖泊九山湖夏季和冬季的微生物及ARGs组成进行分析。【结果】在夏季和冬季样本中分别检测到148门和152门。变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)是两个季节样本的主要菌门。夏季优势属为聚球藻属(Synechococcus),冬季优势属为Liminohabitans。此外,共鉴定出449种抗性基因型(304种是两个季节所共有的抗性基因,66种是夏季特有的抗性基因,79种是冬季特有的抗性基因)。夏季样本中ARGs的相对丰度显著高于冬季。MCR-1.2和BcI分别是夏季和冬季水样的主要ARGs。九山湖样本检测到的抗性基因的耐药机制主要是抗生素外排、抗生素失活或抗生素靶位改变。冗余分析(redundancy analysis,RDA)和典型对应分析(can...     

不同年龄段银杏树根系土壤微生物群落功能多样性分析

为研究不同年龄段银杏树根系土壤微生物群落代谢功能多样性特征规律,运用Biolog-生态板(ECO)技术,结合主成分分析(PCA)和香农-韦弗(Shannon-Weaver)指数(H)、丰富度指数(S)、均匀度指数(E)、McIntosh指数(U)等研究幼年期(10年以下)、挂果期(20年)和盛果期(40年以上)银杏树根...     

基于16S rRNA基因测序分析微生物群落多样性

微生物群落多样性的研究对于挖掘微生物资源,探索微生物群落功能,阐明微生物群落与生境间的关系具有重要意义。随着宏基因组概念的提出以及测序技术的快速发展,16S rRNA基因测序在微生物群落多样性的研究中已被广泛应用。文中系统地介绍了16S rRNA基因测序分析流程中的四个重要环节,包括测序平台与扩增区的选择、测序数据预处理以及多样性分析方法,就其面临的问题与挑战进行了探讨并对未来的研究方向进行了展望,以期为微生物群落多样性相关研究提供参考。     

汉阳陵陶俑表面微生物群落结构与种群多样性分析

【背景】汉阳陵是我国截至目前发现的规模最大、陪葬级别最高的汉代陶俑群,出土了大量形神毕肖的裸体俑群,考古学家认为这种裸体陶俑原本“着衣、装木臂”,称为“着衣式陶俑”,为皇室独有,异常珍贵。然而这些推测尚无科学依据,而且陶俑表面附着微生物可能会腐蚀俑体。【目的】通过比较研究汉陶俑表面微生物的组成差异,为汉裸体陶俑着有衣物且装有断臂的推测提供一定的科学佐证,同时为汉陶俑微生物腐蚀的防控提供靶标。【方法】应用微生物高通量测序与纯培养相结合的方法,对着衣式陶俑不同部位微生物进行测定。【结果】高通量测序结果显示女俑头部微生物多样性较高;男俑上半身微生物多样性最高,腿部居中,头部较低。汉陶俑表面微生物组成按俑的类别及不同部位聚集在一起,其优势菌为放线菌门的克洛斯氏菌属、糖多孢菌属、假诺卡氏菌属及链霉菌科,其他各部位优势类群相对丰度存在差异,断臂处与碳循环相关功能微生物的相对丰度最高。纯培养结果显示女俑头部的可培养细菌数量高于男俑头部可培养的细菌数量;男俑上身与腿部可培养的微生物数量高于男俑头部,表明上半身与腿部可能有衣物覆盖,导致其营养差异。【结论】汉陶俑头部与身体表面部位微生物多样性与组成存在明...     

中国华南地区多孔菌多样性研究（英文）

2002至2019年对广东、广西和海南主要森林生态系统的72个保护区、森林公园、植物园、公园和林场等的多孔菌进行了采集和调查,共采集标本2095号,经对这些材料全面和系统的研究,发现多孔菌500种,按照最新的系统学研究分属于8个目、20个科、145个属,其中多孔菌科和锈革孔菌科分别有173种和124种,约占总数的60%,是最重要的多孔菌类群。此外,其中有10个新属和132个新种是作者等人根据华南地区模式标本发现描述的。本文对华南地区多孔菌多样性进行了系统归纳,按最新的分类系统以属名顺序给出了名录,根据采集材料提供了每种的生长基质,并对所有种类的生长基质习性进行了统计。其中,294、138、112、97、78、77和29种分别生长在倒木、落枝、朽木、死树、活立木、树桩、掉落小枝和地上,故倒木是多孔菌最重要的生长基质。     

黑龙江省东部矿区鸟类群落多样性的比较分析

2007年12月至2009年2月,采用样线法和样方法对黑龙江东部4个主要矿区(鸡西、鹤岗、双鸭山和七台河矿区)的鸟类群落多样性进行了调查,共记录到鸟类16目36科107种。其中古北种50种,东洋种11种,广布种46种;留鸟22种,夏候鸟64种,冬候鸟1种,旅鸟20种;国家Ⅰ级重点保护鸟类1种,国家Ⅱ级重点保护鸟类13种。4个矿区中以鸡西矿区的鸟类多样性和均匀性最高,鹤岗最低,这与煤矸石的堆积、采矿方式,以及矿区生境类型、植被演替等有关。在植被演替的不同阶段鸟类多样性存在差异,处于演替中期的针阔混交林中鸟类多样性最高,处于演替早期的阔叶林最低。