难治性癫痫婴幼儿肠道菌群的变化

目的探讨难治性癫痫婴幼儿的肠道菌群特点。方法研究纳入年龄1~3岁的确诊难治性癫痫婴幼儿14例,同时匹配同年龄段健康婴幼儿30例作为对照。留取受试者的粪便标本,提取总DNA并扩增,对16S rRNA基因进行高通量测序,对测序结果进行生物学分析。结果两组婴幼儿样本门水平的优势菌群主要有厚壁菌、拟杆菌、变形菌和放线菌四类,癫痫组婴幼儿拟杆菌和放线菌所占比例明显低于健康组(28.60%vs 53.19%,2.58%vs 8.50%),而厚壁菌和变形菌的比例则明显高于健康组(43.19%vs 34.00%,24.87%vs 3.09%)。癫痫组婴幼儿Cronobacter属和Erysipelatoclostridium属的比例高于健康组(23.59%vs 0.86%,9.50%vs 0.76%),而拟杆菌和双歧杆菌的比例明显低于健康组(19.44%vs 42.84%,1.04%vs 7.85%)。结论婴幼儿难治性癫痫存在肠道微生态失衡,尚需进一步研究肠道菌群在难治性癫痫发病中的作用。     

小檗碱对大鼠肠道菌群结构的体外影响

目的研究小檗碱在体外对高脂饮食诱导的肥胖、胰岛素抵抗大鼠(HFD)肠道菌群和正常饮食对照大鼠(NCD)肠道菌群结构的体外影响。方法采用体外厌氧培养、PCR-DGGE和454焦磷酸测序技术研究小檗碱对肠道菌群结构和多样性的影响。结果 DGGE指纹图谱和454焦磷酸测序结果都表明,小檗碱可以改变肠道菌群的结构,高剂量的小檗碱可以减少肠道微生物的多样性。应用偏最小二乘法判别模型分析(PLS-DA)挑选与小檗碱相关的细菌类群(OTU),在HFD组中挑选了55个关键OTUs,其中53个被明显抑制或消除,剩余2个分别属于Proteus和Escherichia/Shigella属的OTUs则被小檗碱富集。在NCD组中挑选的51个关键OTUs中,32个被小檗碱抑制,17个被小檗碱富集。被富集的除了属于Klebsielal属的OTU外,还包括可以产生短链脂肪酸的Lactobacillus、Blautia属的OTUs。结论小檗碱可以直接调节肠道菌群的结构,对不同结构的肠道菌群其作用也不相同,不同浓度的小檗碱对肠道菌群的影响有较大差异。高浓度的小檗碱可以抑制大部分细菌的生长(其中有很多为肠道条件致病菌),减少肠道微生物的多样性,富集Enterobacteriaceae科的细菌(Proteus、Escherichia/Shigella、Klebsielal)。相较于HFD组,小檗碱可以显著富集NCD组大鼠肠道菌群中的短链脂肪酸产生菌。     

中国深圳和芬兰艾斯堡地区 健康婴幼儿肠道菌群的比较

目的探索中国与欧洲沿海发达地区婴幼儿肠道菌群的结构差异及随年龄增长的变化趋势。方法招募深圳地区健康婴幼儿35名并收集其粪便样本,采用Illumina的MiSeq平台对肠道菌群的16S rRNA V4序列进行测序。同时,结合40名芬兰艾斯堡地区健康婴幼儿肠道菌群数据,进行两地儿童菌群结构比较。结果中国与芬兰地区幼儿肠道菌群结构较为一致,在物种多样性及均匀度方面差异无统计学意义。菌属水平分析中,两组幼儿肠道内均呈现以拟杆菌属、双歧杆菌属为主导的菌群结构。回归分析表明,幼儿肠道内菌群多样性随年龄的增长明显增加(R~2=0.174,P0.05),0～1岁与1～3岁幼儿的菌群结构差异有统计学意义(R~2=0.079,P0.05)。韦荣球菌、肠球菌和布劳特菌等菌属随年龄增长丰度明显降低,而粪杆菌、瘤胃球菌、罗斯菌等菌属显著增加。结论生命早期肠道菌群的发育主要与年龄因素密切相关,地区因素为次要因素。     

食物过敏婴儿和健康儿肠道菌群分析

目的检测食物过敏婴儿与健康婴儿的大便菌群,为食物过敏与肠道菌群关系的研究提供依据。方法以在重庆儿童医院体检的52例食物过敏婴儿和年龄、性别匹配的100例健康婴儿为研究对象,收集所有对象的新鲜粪便,采用直接快速涂片法分析肠道菌群。结果食物过敏婴儿革兰阳性杆菌比例降低,革兰阴性杆菌、革兰阳性球菌比例增高[(71.43±8.70)%vs(78.91±9.25)%,(15.69±6.26)%vs(11.85±6.66)%,(11.67±4.02)%vs(7.60±4.27)%,P均<0.001]。不同喂养方式下,食物过敏婴儿的大便菌群比例显示不同的改变,但革兰阳性杆菌比例降低是其共同的特点(P均<0.05)。结论食物过敏婴儿肠道菌群与健康婴儿的肠道菌群差异存在显著性。不同喂养方式的婴儿显示不同的大便菌群组成。肠道正常菌群的改变可能在食物过敏的发生中起一定作用。     

慢性胃炎患者肠道菌群分析

探索慢性胃炎（CG）患者肠道菌群变化特点。

采集我院青年CG患者（CG组）和健康人群（NC组）的粪便样品,对其细菌16S rDNA V3—V4区域进行扩增并进行高通量测序,然后运用多种生物信息学手段进行分析。

CG组与NC组对象肠道菌群在门和科水平上均有不同之处,其中CG组对象有较高丰度的Actinobacteriota和较低丰度的Ruminococcaceae。CG组对象肠道菌群多样性及均一度均显著低于NC组（均P＜0.05）,但两者具有相似的丰富度水平。多元方差分析和相似性百分比分析均发现CG组和NC组对象肠道菌群有较大差异。Bifidobacterium、Blautia、Collinsella、Ruminococcus_torques_group和Streptococcus与CG患者密切相关。

CG患者的肠道菌群存在较大变化,其中Bifidobacterium、Blautia等细菌与CG的发生相关。

     

儿童肠道菌群与食物过敏关系的研究进展

食物过敏(food allergy, FA)在儿童中的发生率逐年升高,严重影响其生活质量,已经成为全球面临的公共卫生问题之一。近年来,人们发现FA儿童的肠道菌群组成与健康儿童有显著差异。深入研究发现,肠道菌群可通过调节树突状细胞、辅助性T细胞、调节性T细胞、肥大细胞和粒细胞等免疫细胞维持免疫平衡,也可通过多种方式增强肠道屏障功能,抑制FA的发生。在已有研究基础上,益生菌和益生元在治疗儿童FA方面也得到了一定应用,但目前的应用效果并不明确。本文以婴幼儿FA在全球范围内患者规模日益扩大为背景,综述了肠道菌群影响FA的部分机制,总结了近年部分益生菌和益生元在治疗和预防婴幼儿FA方面的应用,并为肠道菌群在FA发生和发展中的作用机制研究和益生菌及其相关代谢产物在儿童FA治疗和预防中的应用提出了新思路,对促进婴幼儿FA治疗方法和策略的研究有重要意义。     

乳腺炎小鼠肠道菌群改变及与炎性因子的相关性分析

目的 采用高通量测序技术分析乳腺炎小鼠肠道菌群的丰度特征与组织炎性因子的关系。方法 选用24只泌乳10 d的昆明雌鼠,随机分成4组（每组6只）：健康对照组、低剂量攻菌组（含金黄色葡萄球菌103 CFU/25 μL）、中剂量攻菌组（含金黄色葡萄球菌104 CFU/25 μL）和高剂量攻菌组（含金黄色葡萄球菌105 CFU/25 μL）。用非损伤方法经乳头管分别注入不同浓度的金黄色葡萄球菌悬浊液于小鼠的第4对（腹部）乳腺内。观察小鼠、组织病理学变化以及乳腺组织中TNF-α和Cav-1含量变化;收集小鼠粪便,采用高通量测序技术对小鼠粪便菌群进行分析。结果 （1）与健康对照组小鼠相比,高剂量攻菌组乳腺组织呈明显的炎性病理变化,TNF-α表达明显升高（P<0.05）,Cav-1表达明显降低（P<0.05）;（2）不同组小鼠肠道菌群物种丰度不同,对照组肠道菌群以拟杆菌门和厚壁菌门为主;与对照组相比,高剂量攻菌组乳腺炎模型小鼠厚壁菌门丰度增高,拟杆菌门、疣微菌门丰度降低,变形菌门无显著差异;进一步比较后发现,从属以上水平看,后者拟杆菌属、另枝菌属、普雷沃菌属丰度相对较低。结论 提示乳腺炎发生和进展与肠道菌群的平衡有密切的关系,结果为研究乳腺炎的免疫学、病理学提供实验依据。     

肠道菌群与婴幼儿过敏性疾病

肠道菌群是一个被遗忘的"器官",其在宿主消化营养免疫发育等诸多方面发挥着极为重要的作用。0~3岁是婴幼儿肠道菌群建立的关键时间窗,其与肠道免疫系统的成熟同步,是形成免疫耐受的关键时期,如果这一时期肠道菌群发生紊乱,可导致免疫耐受破坏,引起婴幼儿过敏性疾病。近年来流行病学调查和实验研究提示婴幼儿早期肠道菌群紊乱与过敏性疾病的发生发展密切相关,本研究就婴幼儿常见过敏性疾病如特应性皮炎、食物过敏、哮喘、过敏性鼻炎等与肠道菌群的相关性进行综述。     

抑郁症患者肠道菌群研究

目的研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况。方法选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例。收集患者新鲜粪便,利用16SrRNA基因测序技术分析患者肠道菌群。结果对159例粪便标本进行16SrRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16SrRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组。在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组。抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关。结论抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比。     

克罗恩病患者肠道菌群多样性变化研究初探

目的探讨克罗恩病(CD)患者肠道菌群多样性变化。方法收集8例确诊CD患者的粪便标本(CD组),以同期8例健康人群粪便作为对照组(CN组)。收集新鲜粪便样本提取DNA,并将样本进行PCR扩增,最终进行16SrRNA数据分析。结果测序共获得990 890条高质量序列,CD组和CN组多样性指数Shannon和Simpson比较差异有统计学意义(t=-3.802和t=-2.886,P0.05)。OTUs(可操作分类学单位)比较韦恩图显示CD组共有7 437株菌种,而CN组共有7 744株菌种,其中3 438株菌种重叠。LDA差异贡献分析图提示CD患者肠道菌群以芽胞杆菌、变形菌、乳杆菌目、放线菌目、异常球菌纲、栖热菌目、假单胞菌目和交替单胞菌目等为主要特征差异细菌菌类,而CN组则以双歧杆菌目及双歧杆菌科,Odoribacteraceae、Christensenellaceae、弧菌目及弧菌科等为主要特征差异细菌菌类。据物种进化树的样本菌落分布图显示:两组样本厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门、酸杆菌门和螺旋菌门占主要门类分布。CD组及CN组细菌科类分析结果:毛螺菌科、韦荣球菌科、瘤胃菌科、丹毒丝菌科、红蝽菌科、紫单胞菌科、双歧杆菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、产碱菌科和链球菌科在两组样本中共同存在。同时从该进化树可发现,CD组中红蝽菌科、产碱菌科、丹毒丝菌科和链球菌科相对于CN组优势丰度分布,而普雷沃菌科、拟杆菌科和双歧杆菌科比CN组丰度明显减少。此外,Dethiosulfovibrionaceae、丙酸杆菌科、盐单胞菌科、希万菌科等为CD组特有菌种。结论 CD组的菌群多样性明显少于CN组,CD组有其特有优势菌群。     

急性脑卒中患者肠道菌群研究

通过粪便标本检测急性脑卒中患者肠道菌群变化情况, 探讨急性脑卒中患者肠道菌群结构。

通过高通量二代测序技术对10例健康者(对照组)及10例急性脑卒中患者(疾病组)粪便样本进行菌群结构测序分析。

与对照组比较, 急性脑卒中患者粪便样本中物种OTU信息量显著增加(P < 0.01), 菌群多样性指数(Shannon)和物种均一度指数(Evenness)也有所增加但差异无统计学意义(均P > 0.05)。门水平上, 疾病组患者肠道Bacteroidetes数量较对照组显著增加, Firmicutes数量显著减少(均P < 0.05)。属水平上, 疾病组患者肠道Bacteroides、Bilophila、Butyricimonas比例较对照组显著升高, 而Collinsella、Coprococcus、Clostridium等比例较对照组显著降低(均P < 0.05)。

急性脑卒中患者肠道菌群结构与健康人存在显著差异。

     

湿疹患儿肠道菌群高通量测序初步探索

目的为了解湿疹患儿肠道菌群的结构与湿疹之间的关系,通过对湿疹患儿和健康儿童粪便样本细菌总DNA提取,利用高通量测序技术,比较健康儿童和湿疹患儿肠道菌群的异同。方法 10例年龄在2个月~2岁婴幼儿由皮肤科门诊确诊为湿疹伴有过敏性疾病家族史作为研究对象,年龄和性别相当健康儿童10例作为对照,分别收集其粪便标本并提取所有样本中细菌的总DNA,对16SrRNA基因进行高通量测序,获得两组的肠道菌群结构数据并进行菌群差异性分析。结果通过Roche 454高通量测序,两组肠道微生物菌群多样性指数比较差异无统计学意义。两组主要由Firmicutes(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)4个门组成;两组在门水平上进行菌群结构比较,差异无统计学意义。两组样本在属水平上共获得200个不同属的细菌,其中Bacillus(芽孢杆菌属)、Bilophila(噬胆菌属)、Christensenella(纺锤状细菌属)、Coprobacillus、Eikenella(艾肯菌属)、Enterobacter(肠杆菌属)、Eubacterium(真杆菌属)、Lactococcus(乳球菌属)、Megamonas(巨单胞菌属)、Leuconostoc(明串珠菌属)、Morganella(摩根菌属)、Rhizobacter(根杆菌属)、Proteus(变形菌属)、Sutterella(萨特菌属)、Veillonella(韦荣球菌属)、Akkermansia、Anaeroglobus、Anaerotruncus、Butyricicoccus、Epulopiscium、Gordonibacter、Lachnospiraceae uncultured、Robinsoniella和Varibaculum共24个属在两组间差异具有统计学意义。结论湿疹患儿肠道菌群与健康儿童相比,菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)未见明显差异,但在菌群结构上发生了一些变化,某些特别的细菌菌属存在显著性差异。     

肠道菌群核酸提取自动化流程的优化

目的:优化肠道菌群核酸提取自动化流程。方法:收集粪便样本,分别采用手工方法、核酸提取工作站提取核酸,然后利用液体工作站制备PCR反应液进行PCR扩增,最后采用文库工作站建库测序。结果:400μl样品用QIAamp~ Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒裂解液裂解后,用MagMAX~(TM) Express 96机器提取核酸的方法与用QIAamp~ Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒手工提取核酸的方法相比,测序得到的序列数基本一致,分析结果也没有明显区别;而单独采用MagMAX~(TM)Viral RNA Isolation Kit试剂盒提取核酸由于样品投入体积受限(50μl)、核酸浓度低、测序得到的序列数太少,不能满足后续的分析要求。结论:通过结合使用两种不同的试剂盒,可以实现核酸提取、PCR反应液配制及文库制备的全流程自动化操作,从而大大提高工作效率和结果的稳定性。     

孕妇肠道菌群与婴幼儿肠道菌群及肥胖的关系研究进展

女性妊娠过程中,身体的生殖、消化、内分泌等系统会发生一系列变化,孕妇的肠道菌群也会发生相应变化。母亲肠道菌群与子代肠道菌群密切相关,婴幼儿生命早期肠道菌群的来源主要有母亲肠道菌群、母亲阴道菌群和母亲体表菌群,出生以后婴幼儿肠道菌群的定殖主要受喂养方式、生活环境、抗生素暴露等因素的影响。此外,人体肠道菌群功能强大,其可通过调节人体营养物质吸收和外周器官的代谢而成为影响肥胖的一种重要的内环境因素。综述孕妇妊娠期间包括孕早期、孕中期、孕晚期肠道菌群的变化和影响婴幼儿肠道菌群定殖的主要因素,以及对子代肥胖的影响,以期为临床医务人员对预防和控制婴幼儿肥胖提供参考。     

肠道气泡堆积对银鲳肠道菌群结构的影响

为研究肠道气泡堆积对银鲳(Pampus argenteus)肠道菌群的影响,2019年3月于东海水产研究所福鼎研究中心采集了15尾肠道气泡堆积的银鲳为病鱼组,15尾健康银鲳为健康鱼组,并通过16S r DNA基因DNA高通量测序技术结合LEfSe分析方法,对两组样品间菌群结构和多样性进行对比分析。结果显示,病鱼组肠道菌群多样性与健康鱼组无显著差异(P> 0.05),但病鱼组肠道菌群的均匀度和相对丰度都显著低于健康鱼组(P <0.05)。两组样品的优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria),且相对丰度都较大(超过97%)。此外,利用LEfSe分析两组样品发现,病鱼组中如根瘤菌(Rhizobium)、栖热菌(Thermus)等好氧菌丰度显著高于健康鱼组,而不动肝菌(Acinetobacter)、微酸菌(Ilumatobacter)等显著低于健康鱼组,蓝细菌(Cyanobacteria)相对丰度显著高于健康鱼组。由此可以表明,肠道气泡堆积很可能会引发肠道菌群紊乱。     

肠道菌群与婴幼儿体重的研究进展

肥胖已成为全球急需解决的公共健康问题之一。新生儿体重过重伴随着易患各种感染性疾病和造成孕妇分娩困难等问题。另外,婴幼儿超重在儿童期和成年期更容易发生超重和肥胖问题。近年来,大量研究对肠道菌群与肥胖之间的调节和作用关系,以及影响肠道菌群组成的因素进行了深入的探索。本文主要从我国新生儿肥胖现状及其危害,肠道菌群与肥胖的关系,婴幼儿肥胖与影响肠道菌群组成的饮食、抗生素等因素之间的关系等多个方面综述肠道菌群与体重的最新进展,为预防婴幼儿肥胖提供有效依据。     

大熊猫肠道菌群的研究进展

随着最近分子生物学和高通量测序技术的快速发展,对大熊猫肠道菌群的结构和功能有了更深层次的认识。研究发现,大熊猫肠道菌群受到消化道结构、饮食、季节和年龄等多种因素的影响,在宿主免疫、消化和代谢等方面起到了重要的作用。本文综述大熊猫肠道菌群的群落结构以及生物学特性研究的最新进展,并讨论未来可能的研究方向。     

绝经综合征患者肠道菌群特征

研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

选取77例绝经综合征患者为病例组（P组）,24例绝经前后健康女性为健康对照组（H组）,采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。

两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义（均P＞0.05）。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种（种水平）有14个（LDA分数＞2.0）。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关（均P＜0.05）,这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关（均P＜0.05）。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集（均P＜0.05）。

绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。

     

婴幼儿腹泻患者肠道菌群分布特点研究

目的 研究不同年龄段腹泻患儿肠道菌群分布特点,探讨不同年龄腹泻患儿肠道菌群与疾病的关联。方法 选取9例符合临床诊断标准的0~1岁婴儿腹泻患者和8例符合临床诊断标准的1~3岁幼儿腹泻患者的粪便样本,同时于健康儿童中随机选取6例粪便样本作为对照,提取各组对象粪便总DNA,采用PCR-DGGE进行菌群多样性与差异性分析。结果 0~1岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,肠道菌群构成差异显著,条件致病菌巴黎链球菌数量显著增加。1~3岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,条件致病菌解没食子酸链球菌、屎肠球菌数量显著增加,长双歧杆菌数量下降。结论 婴幼儿腹泻患者肠道菌群的构成与健康对照组相比差异显著,该特点可作为婴幼儿腹泻早期诊断的实验依据。     

中西部幼儿肠道菌群与膳食关系的比较

目的探究中部和西部地区幼儿肠道菌群的结构差异与膳食的关系,为幼儿营养健康状况监测和营养改善工作提供有效的营养干预。方法选择“贫困地区儿童营养改善项目”河南汝阳和贵州福泉,随机抽取107名汉族健康幼儿为调查对象,食物摄入采用24 h消费调查方法。应用高通量测序技术对肠道菌群进行测序和生物信息分析,研究两县幼儿肠道菌群差异。结果两县幼儿肠道菌群组成结构较为一致,但Alpha多样性分析表明,贵州福泉县幼儿肠道物种丰富度和多样性高于河南汝阳县。细菌属水平分析中,两县幼儿肠道内均以拟杆菌属、普雷沃菌、柔嫩梭菌和双歧杆菌属为主导的菌群结构,但河南汝阳县幼儿肠道双歧杆菌属和乳杆菌属丰度显著高于贵州福泉县(12.36% vs. 7.44%;0.19% vs. 0.03%)。结论中西部地区幼儿肠道菌群结构差异不大,但有益菌含量存在显著差异,这为研究肠道菌群与膳食及营养健康状况之间的关系提供了依据。