幽门螺杆菌感染对正常胃部菌群多样性和组成的影响

目的通过高通量测序分析,探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)感染在正常胃部菌群多样性和组成中的差异。方法选择2017年10月-2018年1月在本院就诊的胃镜体检受试者40例,其中H.pylori阳性20例,阴性20例,均无阳性体征,收集胃液样本行胃部菌群MiSeq高通量测序分析。结果 H.pylori感染组α-多样性指数Shannon(t=-6.690,P0.001)和Simpson(t=-3.673,P=0.002)显著改变,显示胃部菌群多样性降低;菌群丰富度指数如PD Whole tree(t=-2.282,P=0.008),Chao1(t=-2.173,P=0.036)和Observed species(t=-2.627,P=0.012)在H.pylori阳性受试者中显著降低;β-多样性指数PCA分析可显著区分两组,结果显示H.pylori感染胃部菌群显著改变。LEfSe组成差异分析发现,胃部菌群组成亦发生了显著改变,H.pylori感染阳性组中变形菌门细菌显著升高,而厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门等显著降低;在属水平上,螺杆菌属(Helicobacter)、盐单胞菌属(Halomonas)、希瓦内拉菌属(Shewanella)和葡萄球菌属(Staphylococcus)等显著富集,而普氏菌属(Prevotella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽胞杆菌属(Bacillus)等显著降低(LDA2,P0.05)。PiCRUSt菌群功能预测分析发现,H.pylori阳性的胃部菌群细菌分泌系统、脂多糖合成蛋白、脂多糖合成、细菌毒素、癌症信号通路的表达显著升高,而氨基酸代谢通路显著降低,这与胃癌的发生发展具有密切的联系。结论 H.pylori感染是影响正常胃部菌群多样性和组成的重要因素,这些改变可能与胃癌发生发展及预后密切相关。     

内毒素血症对新生鼠肠道菌群的影响

目的 利用高通量测序技术分析内毒素血症新生鼠肠道菌群的变化,探究肠道菌群与内毒素血症的关系,为临床诊治提供思路。方法 复制新生大鼠内毒素损伤模型,注射LPS后第24小时、第3天、第7天分别处死新生大鼠,留取粪便并将对照组(C1组6只、C3组5只、C7组7只)和LPS组(L1组5只、L3组5只、L7组5只)按处死天数各分为3组。高通量测序分析各组间菌群多样性及相对丰度差异。结果 (1)Alpha多样性分析提示对照组和LPS组菌群多样性及丰度有显著差异,C3组较L3组Shannon指数均值小(t=-3.386 8,P=0.009 5),Simpson指数均值大(t=3.102 4,P=0.014 6);C7组较L7组Shannon指数均值大(t=2.459 4,P=0.033 7),Simpson指数均值小(t=-2.475 6,P=0.032 8)。(2)物种组成分析表明LPS组的菌群结构发生改变,在门水平LPS组较对照组变形菌门相对丰度高,厚壁菌门相对丰度低;在属水平上LPS组较对照组埃希菌-志贺菌属相对丰度高,乳杆菌属相对丰度低;且随着天数的递增LPS组埃希菌-志贺菌属呈递增趋势,红...     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响,实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明,不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验:P>0.05),其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等;属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等;但各优势菌群在个体间的丰度差异较大,且在成虾阶段趋于保守,属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验:P<0.05)。在门水平上,优势菌群较为一致,包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾,表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上,成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(F...     

基于高通量测序的精神分裂症患者 肠道菌群多样性

目的探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法收集16例精神分裂症患者(schizophrenia,Sch)与18例健康者(healthy donor,HD)的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16SrRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数(226.58±31.67)、Chao1指数(222.29±34.45)和Shannon指数(2.66±0.69)明显低于健康对照组(293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36),差异均有统计学意义(Ps0.001),而Simpson指数(0.20±0.17)明显高于健康对照组(0.07±0.03),差异有统计学意义(P0.01);Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义(21.76%vs.27.05%,P=0.008;0.00%vs.0.20%,P=0.033),而放线菌门明显高于健康组(13.52%vs.2.88%,P=0.020),差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组(9.15%vs.20.60%,P=0.031;3.29%vs.9.58%,P=0.005),差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组(10.89%vs.1.78%,P=0.025;10.88%vs.1.98%,P=0.046;10.78%vs.2.69%,P=0.026),差异有统计学意义。结论基于16SrRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

采用高通量测序技术 研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3-V4区进行高通量测序,并对测序的结果进行生物信息学分析。结果高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高(t=-2.71,P=0.026;t=-2.30,P0.05);分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低(t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037),理研菌属极显著降低(t=3.79,P=0.005)。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高(均P0.05);梭杆菌属、泛菌属极显著升高(t=-3.19,P=0.013;t=-3.50,P=0.008);分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低(t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048)。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

妊娠期合并甲状腺功能减退患者肠道菌群的研究

目的 探究妊娠期甲状腺功能减退患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择2018年12月至2019年12月于大连大学附属中山医院住院分娩的妊娠期甲状腺功能减退患者8例为甲减组,选择同期健康妊娠期妇女14例为对照组。收集两组对象孕晚期粪便样本,采用16S rRNA测序法对其肠道菌群进行分析。结果 两组对象肠道菌群构成存在明显差异,甲减组患者肠道菌群Simpson指数显著降低(t=-2.093,P=0.023),Ace指数(t=-2.025,P=0.003)及Chao1指数(t=-1.922,P=0.022)较对照组显著升高。与对照组相比,甲减组患者肠道厚壁菌门的丰度增高,变形菌门和放线菌门的丰度降低;在属水平上,甲减组患者肠道Dialister、Blautia、unidentified_Ruminococcaceae、unidentified_Enterobacteriaceae和Subdoligranulum丰度增加,Bifidobacterium、Phascolarctobacterium和Streptococcus丰度降低。结论 ...     

基于16S rDNA高通量测序技术对克罗恩病患儿肠道菌群变化的研究

目的研究克罗恩病(Crohn′s disease, CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。方法纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。     

IgA肾病患者与健康人肠道菌群的比较

目的通过16S rRNA高通量基因测序方法对IgA肾病患者与健康人的肠道菌群进行比较。方法纳入生活于同一地区的40例IgA肾病患者与10例健康人,收集研究对象的新鲜粪便样本,提取粪便细菌总DNA,通过PCR扩增后上机测序,然后进行可操作分类单元聚类、物种分类分析及Alpha多样性分析、Beta多样性分析,最后比较两组之间的肠道菌群差异。结果与健康人相比,IgA肾病患者肠道菌群丰富度指数(Ace、Chao1)下降(u=2.308,P=0.033;u=2.259,P=0.039),多样性指数(Shannon、Simpson)升高(u=5.370,P0.001;u=4.601,P=0.007);相对丰度方面,IgA肾病患者的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门细菌数量增加(t=2.301,P=0.037;t=6.729,P=0.005;t=5.285,P=0.006),而变形菌门细菌数量减少(t=4.138,P=0.009);拟杆菌属、链球菌属细菌数量增加(t=9.037,P=0.003;t=6.001,P=0.008),而unidentified_Enterobacteriaceae数量减少(t=2.198,P=0.033)。PCoA图提示两组肠道菌群有显著差异。LDA差异贡献分析发现两组之间共有15个物种存在显著差异,其中造成显著差异影响力最大的5个物种依次是γ-变形菌纲、unidentified_Enterobacteriaceae、肠杆菌科、肠杆菌目、变形菌门(t=9.930,P=0.002;t=2.198,P=0.033;t=2.604,P=0.015;t=2.393,P=0.021;t=4.138,P=0.009),它们刚好落在同一个进化树上,在IgA肾病组的相对丰度显著降低。结论 IgA肾病患者存在肠道菌群失调,显著减少的肠杆菌科的未知属可能是IgA肾病的特征菌,其对机体免疫的影响及在IgA肾病发生发展中的作用尚不清楚,进一步研究可能为IgA肾病的防治提供新的靶点。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

基于16S rDNA测序的自身免疫性甲状腺疾病患者肠道菌群研究CSCD

目的 探讨Graves病患者、桥本甲状腺炎患者及健康人的肠道菌群结构、多样性和丰度差异。方法 选取2020年8月至2020年12月于湖北省中医院甲状腺疾病诊疗中心就诊的新诊断且未经治疗的Graves病患者(GD组)、桥本甲状腺炎患者(HT组)各15例以及15例年龄、性别相匹配的健康受试者(健康对照组)。采集参与者粪便样本,采用16S rDNA高通量测序法分析肠道菌群,比较各组对象肠道菌群物种组成及丰度差异。结果 与健康对照组相比,GD组患者肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数偏低,Coverage指数偏高(均P<0.05)。GD组与HT组以及HT组与健康对照组比较,其肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数、Coverage指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。3组对象肠道优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、梭杆菌门。瘤胃球菌属、罗斯伯里菌属、罗姆布茨菌属、链球菌属等在3组对象中差异均有统计学意义(均P<0.05),其中GD组患者肠道乳杆菌目、链球菌属、链球菌科的相对丰度较高;HT组患者肠道瘤胃球菌属、消化链球菌科、消化链球菌—蒂氏菌目、罗姆布茨菌、梭菌科、严格厌氧梭状芽胞杆菌1、梭菌目的相对丰度较高;而罗斯伯里菌属、光冈菌属在健康对照组中丰度较高。GD组患者肠道中严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea丰度低于HT组,而Streptococcus的丰度高于HT组(均P<0.05)。结论 Graves病患者、桥本甲状腺炎患者的肠道菌群与健康人群有显著差异,促进脂肪累积与能量吸收的菌群在Graves病患者中降低,而条件致病菌在自身免疫性甲状腺疾病患者中丰度增加,这些菌种变化可能通过破坏肠道稳态,干预免疫调节,促进炎症反应介导自身免疫性甲状腺疾病的发病。严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea、链球菌属可能是Graves病和桥本甲状腺炎的关键差异菌属,但还需要进一步的研究以明确这些菌株介导疾病的机制。     

基于高通量测序的油茶地区人群肠道菌群多样性

目的探索广西油茶地区人群肠道菌群的特征。方法采用1∶1病例对照研究方法,在广西油茶地区和非油茶地区按性别、年龄匹配收集20对健康男性人群粪便和血样,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;测定血生化指标,采用16S rDNA的 V4-V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。 结果油茶组人群肠道菌群丰度(Ace指数、Chao1指数)较非油茶组显著增加(t=2.202、3.210,P=0.034、0.003);厚壁菌门、柔壁菌门在油茶组中丰度显著高于非油茶组,拟杆菌门、梭杆菌门在非油茶组中显著高于油茶组;油茶组Dialister、Faecalibacterium、毛螺旋菌属、普雷沃菌属、棒状杆菌、微球菌、双歧杆菌的丰度显著高于非油茶组;油茶组人群体质量、BMI、血清总胆固醇、低密度脂蛋白、超敏C 反应蛋白水平显著降低(t或z=2.682、3.843、2.238、2.702、1.581,P=0.007、<0.001、0.031、0.010、0.013)。结论广西油茶地区人群肠道菌群多样性具有显著特征,为通过肠道菌群研究油茶的健康效应提供了新的理论依据。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化

目的 运用16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。方法 纳入60例STC患者和健康志愿者20例,留取新鲜粪便样本,冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱,应用16S rRNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 测序后共得到1 702 004 524条有效序列,样本序列平均有效长度为414.1 bp,总样本平均序列条数为2 127 505.7条。与对照组比较,STC患者肠道菌群丰度指数Ace指数、Chao指数和肠道菌群多样性指数Shannon指数下降(P<0.05),肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高(P<0.05)。在门水平上,STC组以拟杆菌门、放线菌门为主,正常对照组以厚壁菌门为主。在属水平上,STC组以拟杆菌属(Bacteroides)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、巨单胞菌属(Megamonas)为主,正常对照组以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特...     

沙门菌感染后0至5岁婴幼儿肠道微生物群落

目的比较0至5岁沙门菌感染和健康婴幼儿的肠道菌群分布特点,研究沙门菌感染导致的婴幼儿肠道菌群微生态失调情况,为腹泻病的发病机制和防治提供微生态学理论依据。方法采集9例沙门菌腹泻婴幼儿(腹泻组)与11例健康婴幼儿(健康组)的粪便样本,通过16S扩增子测序分析肠道菌群的多样性,并比较2组样本的群落结构差异,研究沙门菌对婴幼儿肠道微生态的影响。结果腹泻组婴幼儿粪便样本的Shannon指数显著低于健康组(2.261 1 vs 4.069 9,t=-4.892 0,P=0.001 0),Simpson指数也显著低于健康组(0.562 9 vs 0.873 3,t=-3.721 0,P=0.006 0)。腹泻组婴幼儿粪便样本的变形菌门(Proteobacteria)丰富度显著高于健康组(t=0.035 7,P=0.009 2),而厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)丰富度显著低于健康组(t=0.115 4,P=0.044 6;t=0.035 7,P=0.007 0)。腹泻组婴幼儿粪便样本的人类疾病(human diseases)功能的基因丰富度显著高于健康组(t=0.131 5,P=0.026 0),而新陈代谢(metabolism)功能和生物体系统(organismal systems)功能的基因丰富度显著低于健康组(t=0.099 1,P=0.009 8;t=0.142 9,P=0.046 3)。结论沙门菌降低了婴幼儿肠道菌群的多样性,改变了肠道菌群的群落结构,并调控机体功能的基因表达。细菌性腹泻与病原菌侵袭、肠道微生态失衡及机体功能密切相关。     

肠道菌群与孤独症谱系障碍儿童功能性便秘的关系

目的 探讨孤独症谱系障碍（autism spectrum disorder,ASD）儿童肠道菌群组成与功能性便秘之间的关系,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择101例2～7岁ASD儿童和82例年龄、性别相匹配健康儿童为研究对象,采用罗马Ⅳ标准评估便秘,将所有儿童分为ASD便秘组（ASD constipated,AD-C）、ASD非便秘组（ASD non-constipated,AD-NC）、正常便秘组（neurotypical constipated,NT-C）、正常非便秘组（neurotypical non-constipated,NT-NC）。对所有粪便样本中细菌16S rRNA基因V3-V4高变区进行测序,检测肠道菌群。结果 与NT组相比,AD组儿童肠道菌群α多样性指数（Chao1）显著升高（t=2.258,P=0.006）,组间β多样性差异有统计学意义（R=0.210,P<0.001）。AD组儿童肠道优势菌群为双歧杆菌属、柯林斯菌属、脱硫弧菌属等。与NT-NC组相比,AD-NC组患儿肠道菌群Chao1指数显著升高（t=2.170,P=0.021）,组间β多样性差异有统计...     

湿疹患儿肠道菌群高通量测序初步探索

目的为了解湿疹患儿肠道菌群的结构与湿疹之间的关系,通过对湿疹患儿和健康儿童粪便样本细菌总DNA提取,利用高通量测序技术,比较健康儿童和湿疹患儿肠道菌群的异同。方法 10例年龄在2个月~2岁婴幼儿由皮肤科门诊确诊为湿疹伴有过敏性疾病家族史作为研究对象,年龄和性别相当健康儿童10例作为对照,分别收集其粪便标本并提取所有样本中细菌的总DNA,对16SrRNA基因进行高通量测序,获得两组的肠道菌群结构数据并进行菌群差异性分析。结果通过Roche 454高通量测序,两组肠道微生物菌群多样性指数比较差异无统计学意义。两组主要由Firmicutes(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)4个门组成;两组在门水平上进行菌群结构比较,差异无统计学意义。两组样本在属水平上共获得200个不同属的细菌,其中Bacillus(芽孢杆菌属)、Bilophila(噬胆菌属)、Christensenella(纺锤状细菌属)、Coprobacillus、Eikenella(艾肯菌属)、Enterobacter(肠杆菌属)、Eubacterium(真杆菌属)、Lactococcus(乳球菌属)、Megamonas(巨单胞菌属)、Leuconostoc(明串珠菌属)、Morganella(摩根菌属)、Rhizobacter(根杆菌属)、Proteus(变形菌属)、Sutterella(萨特菌属)、Veillonella(韦荣球菌属)、Akkermansia、Anaeroglobus、Anaerotruncus、Butyricicoccus、Epulopiscium、Gordonibacter、Lachnospiraceae uncultured、Robinsoniella和Varibaculum共24个属在两组间差异具有统计学意义。结论湿疹患儿肠道菌群与健康儿童相比,菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)未见明显差异,但在菌群结构上发生了一些变化,某些特别的细菌菌属存在显著性差异。     

不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群的影响

目的 探讨不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群定植的影响。方法 以胎龄(周)为34~(0/7)～36~(6/7)的15例晚期早产儿为研究对象,根据分娩方式分为自然分娩组(n=8)和剖宫产组(n=7)。收集早产儿出生后3 d、7 d、14 d的粪便标本,应用高通量测序技术对细菌16S rRNA可变区中的V4区进行测序,分析肠道菌群多样性及组成结构。结果 (1)自然分娩组晚期早产儿粪便标本菌群多样性指数逐渐上升,剖宫产组的多样性指数较平稳,两组相比差异无统计学意义;(2)45份粪便标本中共检测出10个菌门,均以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌门,两组晚期早产儿生后变形菌门、拟杆菌门所占比例逐渐降低,厚壁菌门、放线菌门呈增多趋势。两组相比,剖宫产组7 d、14 d时拟杆菌门的相对丰度显著低于自然分娩组(Z=-2.896,P=0.004;Z=-2.120,P=0.040),变形菌门相对丰度仅在7 d时显著高于自然分娩组(Z=-2.190,P=0.030);(3)两组研究对象中,除自然分娩组14 d时以双歧杆菌属为优势菌属外,余下均以肠杆菌属为优势菌属。相比于自然分娩组,在7 d时剖宫产组拟杆菌属所占比例显著降低(Z=-2.806,P=0.005),肠杆菌属所占比例显著升高(Z=-2.199,P=0.030)。结论 剖宫产能显著影响婴儿早期肠道菌群的定植,降低肠道中早期拟杆菌的水平。     

过敏性鼻炎患儿肠道菌群变化 及双歧杆菌三联活菌散对其辅助治疗效果

摘要：目的 观察过敏性鼻炎患儿肠道菌群变化及双歧杆菌三联活菌散对其辅助治疗的效果。方法 选取我院就诊的过敏性鼻炎患儿60例,从中随机抽取10例为疾病组,并以10例体检的健康儿童为健康对照组,采集两组对象粪便标本,用高通量测序法对比过敏性鼻炎患儿与健康对照组肠道菌结构的差异。另一方面,将入选的60例过敏性鼻炎患儿分为对照组（30例,采用常规治疗）和治疗组（30例,常规治疗联合双歧杆菌三联活菌治疗）。两组患儿连续治疗8周后,观察其治疗前后临床症状评分及血清IL-4、IL-12、IgE水平变化。结果 过敏性鼻炎患儿肠道菌群多样性低于健康对照组。患儿肠道菌群以拟杆菌门为主,健康对照组以厚壁菌门为主（P＜0.05)。患儿肠道双歧杆菌属数量低于健康对照组,而毛螺菌属,瘤胃菌属,红蝽菌属和普雷沃菌属有所增多（均P＜0.05)。治疗8周后,治疗组患儿临床症状评分明显降低,治疗的总有效率高于对照组（P<0.05）。治疗组患儿血清IL-4、IgE水平明显降低,IL-12水平明显升高,且治疗组患儿以上指标的改善程度均优于对照组（均P<0.05）。结论 过敏性鼻炎患儿与健康儿童相比肠道菌群存在差异,肠道菌群失衡可能是促进过敏性鼻炎发生发展的一个因素。双歧杆菌三联活菌散对过敏性鼻炎有辅助治疗的作用,能显著改善患儿临床症状,调节机体的免疫能力,具有一定临床应用价值。     

过敏性鼻炎患者鼻腔菌群特征及其 与血清IgE和黏膜嗜酸性粒细胞水平的关系

目的探究过敏性鼻炎(AR)患者鼻腔菌群特征及其与血清IgE和黏膜嗜酸性粒细胞(Eos)水平的关系。方法选取2019年3月至6月在首都医科大学北京友谊医院平谷医院诊断及治疗的AR患者28例作为过敏性鼻炎组,选取同时期体检的健康个体28例作为对照组,检测两组患者鼻腔微生物特征,同时对比两组血清IgE及粘膜Eos%,使用Pearson相关性分析探究各指标间的相关性。结果两组样本微生物构成存在显著差异,样本PCA1及PCA2分别为27.67%及14.23%,过敏性鼻炎组链球菌属、金黄色葡萄球菌、嗜血杆菌属、梭杆菌属、差异球菌属、变形菌门的相对丰度显著高于对照组,对照组痤疮丙酸杆菌、放线菌门、丙酸杆菌属、气球菌属、棒杆菌属、嗜胨菌属的相对丰度显著高于过敏性鼻炎组(Ps0.05),过敏性鼻炎组IgE水平(Z=6.005,P=0.000)及Eos%(t=10.776,P=0.000)显著高于对照组,变形菌门与IgE水平呈显著正相关(r=0.391,P=0.017),痤疮丙酸杆菌与IgE(r=-0.421,P=0.009)及Eos%(r=-0.328,P=0.048)呈显著负相关。结论 AR患者鼻腔变形菌门、痤疮丙酸杆菌分别与IgE水平、鼻粘膜Eos水平具有相关性。     

基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

目的观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。方法 50只恒河猴,分为成年(5～10岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只。采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。结果老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性(P> 0.05)。α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数(P=0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P=0.0132)。老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242)。在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021)。在属水平,老年组unidentified_Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八迭球菌(Sarcina)、unidentified_Spirochaetaceae相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028)。β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003)。LEfSe分析,在成年组,链球菌属(Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物。结论恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变。丰度降低,多样性增高。     

健康与腹泻林麝肠道菌群的多态性

目的分析圈养状态下正常林麝和腹泻林麝粪便菌群的组成差异,找到能够影响肠道总菌群稳态的标志菌,为减少林麝腹泻提供防治新策略。方法测序分析54只健康林麝(正常组)和18只有腹泻症状的林麝(腹泻组)肠道菌群总DNA中16S rRNA基因V3-V4区,注释微生物种类和数量。计算Chao1、Ace、Shannon和Simpson等多样性指数,进行聚类分析。结果正常组和腹泻组之间共有的可操作分类单元(OTUs)2 366个,正常组特有的OTUs 409个,腹泻组特有的OTUs 150个。按组计算α多样性指数,结果表明腹泻组Chao1指数(1 352.766±75.497,t=10.798 7,P0.000 1)、Ace指数(1 381.480±75.937,t=11.037 5,P0.000 1)均高于正常组(1 126.655±81.090,1 149.175±81.370),Shannon指数(6.839±0.546,t=1.810 3,P=0.053 0)、Simpson指数(0.937±0.041,t=3.644 4,P0.000 1)均低正常组(7.097±0.448,0.974±0.025)。通过Wilcoxon秩和检验,MRPP分析计算比较值A为0.072 4,组间差异大于组内差异(Significance=0.01),差异有统计学意义。2组门水平上比较,找到5个差异物种,分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、放线菌门(Actinobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)和黑水仙菌门(Melainabacteria)。属分类水平上,找到差异物种23个,其中有代表性的物种为拟杆菌属(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)、不动杆菌属(Agathobacter)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、根瘤菌属(Rhizobiaceae)和黄金杆菌属(Chryseobacterium)。结论腹泻发生时,林麝的肠道菌群丰富度和多样性有所下降,菌群总量显著增加。拟杆菌门物种丰富度极显著性减少的同时,作为潜在致病菌标志的变形菌门(Proteobacteria)比例上升,Chryseobacterium数量极显著升高,研究结果丰富了对林麝腹泻基于肠道菌群变化的认识。