人基因组分析技术——染色体特定区域单拷贝探针群的制备

人基因组分析是一项非常巨大的工程,要完成人基因组3×10~9bp核苷酸序列分析的第一步是要完成人基因组各染色体DNA大片段克隆和物理图谱(physical map)分析。每个人染色体的平均大小为1.3×10~8bp,按照目前的YAC(Yeast Artificial Chromosome)克隆技术,覆盖一个人染色体的YAC重迭群(contig)需要约1000个YAC克隆,为了得到染色体各区段的YAC重迭群并把它们串联起来,需一系列的已在染色体上定位的DNA探针,我们称     

人体基因组随机单拷贝顺序的分离及其在染色体上的定位

本文从构建杂种细胞14-7-1的基因组文库出发,用种特异的探针分离出含有人体基因组顺序的重组子,并进一步分析了其中13个克隆,得到8个单拷贝顺序。通过与已建立的杂种细胞克隆分布板杂交以及染色体的原位杂交方法,将1个单拷贝顺序FD11-1定位在11p11-q11上。由于已经报道在11号染色体上具有3个连锁群,它们分别位于11p15、11p13和11q13上,因此,FD11-1有可能为11号染色体连锁基因图的建立提供1个有意义的座位。     

直接杂交法检测基因组的单拷贝基因

本文叙述一种用于基因组限制性图谱研究的Southern印迹术的改良方法。正常和地中海贫血DNA经限制性内切核酸酶完全消化及凝胶电泳分离后,进行干印,变性与中和处理,再和相应的珠蛋白基因探针杂交。修改过的凝胶杂交法具有简便、经济和省时等优点,可对单拷贝基因进行灵敏、可靠的检测,因此能用于遗传病的产前诊断和DNA多态性的分析。作者还就此法与现存的探针制备系统合用的可行性作了扼要讨论。     

人基因组连锁分析和基因定位

连锁分析是确定基因之间连锁关系的统计学方法,是目前进行基因定位的重要手段,ＬＯＤ法是最为常用的有效的连锁分析的方法,本文连锁分析原理,方法和应用成果及前瞻等三方面进行了介绍。     

人基因组转录图研究技术

人类基因组研究的主要任务是二个:第一是读出人基因组全部ATCG“语言”,即全基因组DNA核苷酸顺序分析;第二是读懂人基因组全部ATCG“语言”,即全部基因的DNA顺序及功能研究。无疑第二项任务有赖于第一项任务完成的基础。在进行第一项研究任务时,由于人基因组十分巨大和复杂,不可能直接进行顺序分析,所以通常总要先进行染色体DNA的大片段克隆,并借助于某些物理标志把克隆在染色体上排序,这样就形成了某种物理图谱。现在已在进行的人基因组的图谱分析有以下几种:遗传连锁图(Linkage Map),分辨率在     

黄藤染色体核型及基因组大小分析

为探究黄藤(Daemonoropsjenkinsiana)染色体核型和基因组的大小,采用体细胞染色体常规制片法与显微摄影技术相结合的方法,对黄藤染色体进行了核型分析,同时以番茄(Lycopersicon esculentum)为内标,应用流式细胞术对黄藤叶片基因组大小、DNA含量和DNA倍性进行了测定。结果表明,黄藤茎尖是理想的染色体制片材料;黄藤的染色体数为2n=24,核型公式为K(2n)=1M+17m+5sm+1st,核型类型为2C;核型不对称系数61.20%;黄藤的DNA含量为1.57 pg,基因组大小为1 539.53 Mb,黄藤的DNA倍性为二倍体(2n)。这是首次报道黄藤的核型和基因组大小,为深入开展黄藤属及其近缘属植物的核型和基因组比较分析提供了参考依据。     

人基因组的STS图谱分析

人基因组分析是现代生物学研究的前沿之一,其目标是分析人基因组3×10~9bp的全核苷酸序列,识别所有基因的位置和功能,基因组分析的第一步是要进行物理图谱分析,然后才能分段进行序列分析,最后将全部序列连成人基因组的全序列。由于人基因组之巨大,传统的图谱分析如cosmid,由于其克隆容量只有40Kb;而经典的分析方法如遗传连锁(geneticlinkage)分析的分辩力太低(1cM,相当于1Mb,megabase,百万碱基对),不宜于作为人基因组分析的第一克隆工具。1987年,美国华盛顿大学的M.Olson小组首次在成功地将长达数百Kb的人染色体片段以YAC(Yeast Artificial Chromosome)形式克隆到酵母细胞中,     

元基因组文库分析技术研究进展

随着新的分析技术的不断出现和成熟,促进了微生物分子生态学及相关学科的诞生和迅速发展。其中,元基因组文库分析技术即是近年来微生物分子生态学研究领域兴起的一种新的分析技术。就元基因组分析技术诞生的背景及该技术的原理进行了讨论,着重阐述了元基因组文库分析技术在寻找新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性、人类元基因组测序等方面的应用。另外,归纳总结了目前国际上常用的诸如PCR为基础的筛选、荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization,FISH）、底物诱导的基因表达筛选（substrate induced gene expression screening,SIGEX）、基因芯片等元基因组文库筛选方法,并就不同方法的优缺点进行了分析和讨论,指出了目前元基因组文库分析技术存在的主要问题并对今后该技术的发展进行了展望。     

桃基因组及全基因组关/联分析研究进展

桃(Prunus persica [L.] Batsch)是蔷薇科重要的核果类果树, 适应性强, 栽培范围广, 果实口感好, 深受消费者喜欢。提高桃果实品质及增加抗病、抗虫性一直是桃遗传育种者关注的焦点。文章对近年来桃遗传分子标记连锁图谱和物理图谱构建、分子标记开发应用、全基因组和转录组测序工作中所取得的最新成果进行综述, 同时阐述了高密度SNP芯片标记技术在桃以及其它作物上所开展的全基因组关联分析应用实例, 为桃进一步开展全基因组关联分析, 挖掘目标性状QTLs以及高效育种选择标记提供理论基础     

人类基因组3pter-p26区域的序列比较分析

对人类基因组3号染色体短臂的3pter-p26区域进行了初步分析, 序列组装后整个区域全长约为8.1 kb, 靠近端粒区还存在一个约20~30 kb的空洞. 序列比较分析表明: (ⅰ) 该区域的GC含量为38.5%, 为人类基因组所有近端粒区域最低; (ⅱ) 共含有42个基因, 平均大小为97.5 kb, 以前通过基因连锁分析定位于该区域的基因Cntn3存在定位错误, 应位于3p12.3; (ⅲ) 该区域散在重复序列活跃程度高于全基因组平均水平, 其中(TA)_n含量是全基因组平均水平的2倍; (ⅳ) 该区域在小鼠6号染色体104.1~112.4 Mb的位置有一个保守的同源序列; 通过染色体进化分析推断, 3pter-p26区域可能于最近的一次染色体重排之后才转移到染色体的末端, 其发生时间应在人与小鼠的基因组分离之后, 在这次重排过程中, 染色体断裂点附近的一些序列, 连同所包含的基因发生了丢失, 而丢失的基因总拷贝数却在基因组的其他地方得到了增加; (ⅴ) 3pter-p26区域较低的GC含量可能不利于保持染色体末端的稳定, 容易发生DNA丢失, 而这又可能是引发基因表达异常导致疾病的原因之一.     

基因组序列的大尺度同源分析

本文报道了一种大尺度基因组现源分析方法,利用散列检索技术和稀疏动态规划算法实现快速的序列比较。经植物叶绿体基因组,哺乳类Ｔ细胞受体基因哺乳类眼γ－晶状体基因簇等实例应用,证明了此方法可以十分快捷地提供足够精确的联配结果,可实际应用基因组序列分析。     

人博卡病毒2基因组扩增及序列分析

为获得人博卡病毒2(Human bocavirus 2,HBoV2)基因组序列,以2010年HBoV2单阳粪便标本为材料,PCR方法扩增HBoV2基因组不同区域,经序列拼接后得到5444bp的全基因组序列(HBoV2-NC)。系统进化分析显示,HBoV2-NC与兰州株HBoV2亲缘关系最近;DINAMelt末端回文结构预测证实,HBoV2-NC 5′末端存在反向互补序列,具有典型的细小病毒末端的茎环样结构;接头法PCR扩增得到HBoV2-NC部分末端侧翼序列。     

人类Y染色体长臂异染色质区与鱼类基因组的比较分析

脊椎动物有一些共同特征,这些共有性状都是在漫长的进化历程中保留下来的,因而极具保守性.这种进化上性状的保守性反映了它们的基因组结构存在一定的保守性.人类和硬骨鱼类在进化地位上相差甚远,正因如此,它们基因组之间的保守结构才真实代表了脊椎动物进化的最本质特征.因此,以斑马鱼( Dario rerio )和河豚等鱼类模式物种与人类之间直接开展比较基因组研究是近年来的国际学术探讨热点之一(Amores et al .,1998; Meyer et al .,1998).     

枯草芽孢杆菌N2-10的基因组测序和比较基因组分析

【背景】枯草芽孢杆菌N2-10是一株具有较强抑菌能力且能产纤维素酶等多种水解酶的革兰氏阳性菌,在发酵饲料中具有较大的应用潜力。【目的】通过获得枯草芽孢杆菌N2-10的全基因组序列信息,进一步解析菌株次级代谢产物合成基因信息,并通过比较基因组学分析菌株N2-10与模式菌株的差异性,为阐明N2-10抑菌和益生机制提供理论基础。【方法】通过二代Illumina NovaSeq联合三代PacBio Sequel测序平台,对菌株N2-10进行全基因组测序,将测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释,并利用比较基因组学分析N2-10与其他菌株的差异。【结果】菌株N2-10基因组大小为4 036 899 bp,GC含量为43.88%;共编码4 163个编码基因,所有编码基因总长度为3594369bp,编码区总长度占基因组总长度的89.04%;含有85个tRNA、10个5S rRNA、10个16S rRNA、10个23S rRNA,以及2个CRISPR-Cas、1个前噬菌体和6个基因岛;在GO (gene ontolog)、COG (clusters of orthologous groups of...     

基因组分析与人类X染色体物理图谱

基因组分析与人类Ｘ染色体物理图谱柴建华（复旦大学遗传学研究所上海２００４３３）人类基因组分析自１９８７年首先在美国开始以来,已经过了６年多时间。美国已经有了１４个人类基因组研究中心,英、法、德、日等国及我国也投入了这项研究,已经取得了长足进展。人类基因组研究的总任务有两个：１）“读出”人类基因组全部ＡＴＣＧ语言,即全基因组核苷酸顺序测定;２）“读懂”人类基因组全部ＡＴＣＧ语,即人类全部基因的编码及功能的研究。