革兰氏阳性细菌分类研究概况

细菌分类学既是一门基础学科,又是综合性学科。它的任务是在全面了解细菌生物学特性的基础上,研究细菌的种类,探求其起源、演化与其它类群生物及其内部各类群间的亲缘关系,从而提出反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。细菌分类学发展较晚,开始也是以外部形态为分类依据,以后逐渐采用一般生理生化特征,但是,依此所建立的分类系统仍摆脱不了人为因素。近二十年来,     

“伯杰氏系统细菌学手册(第二版)”第5卷与我国的放线菌系统学研究

"伯杰氏系统细菌学手册"(下文简称"伯杰氏手册"),是世界各国分类学家普遍接受的学术观点的汇总,集科学性、统一性和实用性于一身。2012年5月,随着"伯杰氏手册"第二版第5卷(放线菌专刊)分A、B两册出版,这部经典巨著在Michael Goodfellow等的领导下精心组织并顺利完成。"伯杰氏手册"第5卷对放线菌分类系统做出了重大调整,正式建立了放线菌门,包括6个纲、23个目(含一个未确定目)、53个科、222个属、近3000个种,其分类阶元为细菌域、放线菌门,在门下为纲、目、科、属和种。"伯杰氏手册"收录了我国放线菌分类学研究的大量成果,这是我国四代放线菌分类学家们共同努力的结果。但需要指出的是,由于"伯杰氏手册"过于严谨、保守的著书宗旨与漫长的出版周期,对DNA基因多位点序列分析(MLSA)技术、基因芯片技术和基因组技术等在分类学领域中所做出的新研究成果采纳不足,而这部分内容或许在不久的将来会使原核生物分类学发生深刻的改变。     

续谈伯杰手册的变化

《伯杰氏鉴定细菌学手册》(以下简称《手册》)自1923年以来,已有九个版本,每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。近年来,由于细胞学、遗传学和分子生物学等的渗透,大大促进了细菌分类学的发展,使分类系统与真     

放线菌分类学研究进展

放线菌分类学研究进展姜成林（云南大学,云南省微生物研究所,昆明６５００９１）伯杰手册是世界公认的细菌（包括放线菌）分类鉴定的权威著作。１９８９年出版了《伯杰系统细菌学手册》第４卷［１］。这一卷全是放线菌,由英国著名放线菌学家Ｗｉｌｌｉａｍｓ主编。与１...     

AM真菌分类学最新研究进展

自从Frank(1885)发现菌根及Thaxter(1922)提出内囊霉科的分类以后,直到20世纪50年代,分类学研究一直停滞不前,分类归属也非常混乱。60年代“纯盆培养法”和“湿筛倾析法”的相继建立,标志着AM真菌分类学开始进入快速发展阶段,尤其最近10年更为迅速。目前已发现AM真菌170多种,比1988年增长了约1/4,并不断有新种报道。同时分类方法、分类概念和分类系统都有了新的发展。现代分子生物学和生化技术在分类学中的应用越来越受到重视。本文旨在介绍AM真菌分类学领域的最新研究进展。 1 AM真菌新科属的建立与分类特征 在Schenck和Perez(…     

胃磨结构在蟹类分类研究上的意义(甲壳纲:歪尾派)

在早期分类研究工作中,分类学家几乎完全以形态性状为基础划分分类阶元。蟹类的分类研究工作也不例外。随着进化论的创立与发展,分类学家工作目标之一是建立反映系统发育的分类系统。在化石记录缺乏的情况下,要达到这一目标就应该尽可能利用多方面的分类性状。自本世纪以来,蟹类分类系统的研究逐渐地被解剖学、胚胎学、古生物学、     

《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”历史回顾、发展现状及未来展望

2023年是《伯杰氏鉴定细菌学手册》出版一百周年。《伯杰氏鉴定细菌学手册》的诞生，旨在建立起原核微生物分类的明确标准，开启对原核微生物分类学探索的使命。随着生物学、物理学、化学、分子生物学、生物信息学及其相关研究技术的发展及学科交叉，微生物分类学逐渐发展为以系统发育和多相分类为基础、研究微生物物种进化与生物学特性和物种间相关性的学科，因此新发现的微生物物种及其生物学特征信息增加迅猛，该手册在2015年改名为《伯杰氏古菌与细菌系统学手册》，并采用了电子版，使得更新快捷，为原核微生物系统分类学领域注入新的生机和活力。《伯杰氏鉴定细菌学手册》是微生物系统分类学的经典之作，为微生物学者提供微生物物种分类信息的同时，也在引领该领域的学者探索更为广阔的微生物世界。“伯杰氏国际系统微生物学学会”于2009年成立，旨在促进国际微生物领域的学术交流，推动原核微生物系统分类学的发展。本综述全面回顾了《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”的发展历史及最新进展，并对其未来发展方向进行了展望。     

从形态分类到准分支系统分类——修订版Treatise双壳纲卷分类系统简介

修订版Treatise双壳纲卷首卷即将正式出版,其分类系统的纲要已提前公开发表。在古生物学家、现代生物学家和分子生物学家的共同努力下,终于顺利地实现了化石和现生双壳类分类系统的初步融合,与1969版的形态分类相比,整个分类系统已经面目全非。为此,有必要全面介绍其分类方法和原则,介绍新分类系统带来的种种重大变化。新分类系统将进化学派的系统发育概念与分支系统分析方法的合理内核有机结合,发挥后者在方法论方面的优势,摒弃其系统发育即分岐演化的错误概念和某些不合理的分类学原则,如拒绝接受并系群和姐妹群必须具有相同级序等;充分发挥林奈系统的长处并加以改进,形成由共同衍征主导同时也考虑前进演化的林奈式级序体系,准分支系统分类方法由此形成。新方法兼顾分支发生和进化级这两个不同的方面,注重恢复可能的祖-裔关系;主要根据系统树但借鉴分支图方法来确定级序格架,将级序与系统树的分枝点对应,即与衍征的分歧时间对应,使级序的划分不再主观任意;一般将姐妹分类单元置于同一级序,必要时将并系群与其后裔类群置于同一级序,而姐妹群则可能被置于不同的级序。采用近亲单元和准近亲单元分别作为无级序的单系群和并系群的标识,解决了将化石分类群融入现代生物分类系统的技术难题,可简化并有效地保持分类系统的稳定性。新方法使双壳纲完成从形态分类向准分支系统分类的转变,这代表着分类学未来发展的新趋势,而林奈式级序体系则为林奈系统今后的改革提供了新的范例。     

粘孢子虫分类学研究进展

粘孢子虫是变温动物体内常见的寄生虫,绝大部分寄生于鱼类。近年来,粘孢子虫引发的病害日益严重,但其基础研究尚处于初级阶段,尤其在分类地位和分类系统方面还存在许多争议。分子生物学方法的快速发展与应用,使粘孢子虫的分类学研究取得了长足进步。该文从粘孢子虫分类地位与起源、分类系统和分类学方法等三个方面对国内外粘孢子虫分类学研究的现状进行了综述,同时就目前粘孢子虫在分类地位和起源中存在的分歧观点以及分类方法的发展趋势等做了讨论,以期为鱼类粘孢子虫病的研究奠定基础。     

中国蝗总科分类、查询及鉴定专家系统(ESCA)设计与实现

专家系统是人工智能研究的一个应用领域,将其应用到蝗总科分类中,通过信息获取、加工、软件编程,建立中国蝗总科形态学和分类学数据库,进而设计并实现了《中国蝗总科分类、查询、鉴定专家系统》(简称ES—CA),作为我国蝗灾治理工作中一种快捷高效的分类、查询、鉴定工具。ESCA是计算机信息处理技术与蝗总科形态分类学的有机结合,使经典分类学升华为数字信息的形式,是利用计算机功能提高生物形态分类学科研、教学效率的一种新途径。     

光合细菌N9281的分离鉴定和应用研究

1991年我们从黑龙江省同江市三村乡的水稻根际分离纯化得到一株光合细菌N9281(Photosynthetic bacteria N9281)。对光合细菌N9281的细菌学鉴定,我们主要按照[一般细菌常用鉴定方法](中国科学院微生物研究所细菌分类组编著,科学出版社出版,1978)一书及伯捷氏细菌鉴定手册(第八版及第九版)的方法进行。鉴定结果为光合细菌N9281菌株     

介绍重要外刊Systematic Botany

<正> 《系统植物学》(Systematic Botany)又译作《植物分类学》,是一份由美国植物分类学家协会出版的植物系统分类学专业性杂志。该刊创刊于1976年,每年1卷4期,分季出版,目前每卷价格为75美元,发行量1650份。至1992年6月已出版了17卷共66期。之所以以《系统植物学》命名此刊与其办刊的方向有很大的关系,该刊主要刊载有关植物起源和系统分类等方面的研究报告、纯理论性的植物分类学论文以及综合性的文献评述,侧重于那些阐述有机体或分类群之间关系或系统进化理论研究新进展的论文。     

关于核糖体DNA序列分析在昆虫系统学中的作用浅析

在昆虫系统学中,传统分类学作为昆虫分类的主要方法,在昆虫形态分类中发挥着重要的作用,但是对于近缘种分类上却没有明确的界限。生物学技术的发展,在昆虫系统学中应用核糖体DNA序列分析的方法,有效的解决了传统分类学的局限性,在昆虫种、属和种群水平的研究中发挥了重要作用。本文对核糖体DNA序列分析的方法进行分析,探讨其在昆虫系统学中的应用。     

基因组分析方法在微生物分类学中的应用

细菌分类学始于19世纪后半叶,当时主要是以表型标记和生理生化特性为基础的简单分类,之后DNA-DNA分子杂交、16S rRNA基因序列分析方法的出现给微生物分类带来了极大的便利。尽管如此,这些分类学方法仍然存在一些局限性,而基因组时代的到来,为微生物分类带来了新思路。本文主要介绍了5种基于全基因组数据的微生物分类方法,包括平均核苷酸同源性分析、核心基因组分析、最大唯一匹配指数分析、K串组分矢量法和基因流动性分析,并论述了这些方法在微生物分类学中的应用。     

黏细菌资源及其系统分类

黏细菌是一类捕食性革兰氏阴性菌,广泛分布在土壤、海洋和淡水等生境中,是多类环境的优势类群。根据16S rRNA基因序列,黏细菌被归属于变形菌门的δ分支黏细菌目(Myxococcales)。新近根据120个保守性的单拷贝标识基因和16S rRNA基因序列,对变形菌门的系统分类学研究将黏细菌类群单列为黏细菌门(Myxococcota)。本文介绍了黏细菌资源的特性,并围绕从目到门的分类地位变迁,系统简述了黏细菌分类学研究的历史演变,对黏细菌资源的应用和发展进行了展望。     

我国植物种级水平分类学研究刍议

对洪德元先生最近在《生物多样性》(2016年第24卷第3期)发表的《关于提高物种划分合理性的意见》一文中的部分观点进行了进一步阐述。强调我国植物确实还存在大量种级水平的分类学问题有待解决, 我国植物分类学研究在一些重要发展阶段(如系统阶段和物种生物学阶段)上存在明显缺失, 需要弥补。指出分类学发展到今天, 不宜再强调“经典分类学”和“实验分类学”之分, 应采用多学科手段解决分类学问题; 我国应加强植物分类专著水平的研究工作, 注意培养年轻一辈植物分类学专著工作者; 在分类处理中应用居群概念和统计学方法时应特别谨慎; 在系统植物学中接受物种概念的多元性是必要的, 但要向达到广义的生物学种概念努力, 不宜以有所谓的“归并派”和“细分派”之分为借口而完全主观地划分物种。     

现代分子方法在细菌分类学方面的应用

现代分子方法在细菌分类学方面的应用李颐,陈锡时（沈阳农业大学土化系,１１０１６１）分子方法应用于细菌分类始于六十年代初。这些方法的应用对改进和扩大细菌分类学领域作出了积极的贡献,并越来越受到微生物学界的重视。其中ＤＮＡ：ｒＲＮＡ杂交技术在属及超属的水...     

植物分类学于中药资源学的意义:《中国药典》植物药材基源物种科属范畴变动考证及学名规范化研究

药用植物是中药资源的主要组成部分,在中药材的使用过程中,利用植物分类学方法对药用植物进行鉴定、亲缘关系及演化规律研究,有助于中药资源的系统认知、合理开发利用以及科学保护.本文参考国内外权威植物名录数据库、植物分类系统,以及最新的分子系统研究成果,对2020年版《中国药典》(一部)收载的植物药材基源物种科属范畴变动进行了系统考证,并对相关物种的拉丁学名和中文名进行了梳理,旨在推动植物分类学与中药资源学进一步学科交叉,维持药典的科学性和先进性,促进中医药行业的科学发展与国际影响力的提升.     

分类学发展史概略和坚持分类学的完整概念

温故而知新。本文以历史进程为序,根据分类学中的重大事件,粗线条勾画出一个框架以反映分类学发展的的轨迹。包括以下几个部分:古代至林奈之前的生物分类;近代分类学科的诞生;进化理论的确立与修正及其深远影响;分类学的蓬勃发展(居群概念、新系统学与Biosystematics,细胞分类法与化学分类法,学派争鸣促进分类学繁荣);分子生物学为分类学注入强大活力。在讨论部分论述了坚持分类学的完整概念,不宜将分类的某个依据和方法理解和翻译为某个分类学,如chemotaxonomy,cytotaxonomy,DNA taxonomy应理解和翻译为某个分类方法,而不是"化学分类学","细胞分类学","DNA分类学"等,说明了其理由和依据。对于林奈创立了二名法、将二名法理解为物种的学名是由属名+种名组成等一些不确切的说法给予了澄清。     

计算机辅助分支分析：方法和程序

数量分类学和分支分类学理论建立与发展为生物分类学提供了新的方法论基础。目前,这两种分类手段都已渗透到众多的研究领域中,并且两者间也逐渐产生了相互结合的趋势,即不断发展的数量分支分类学(numerical cladistic taxonomy)方法。事