中国鮡科鱼类RAPD分析及鰋鮡鱼类单系性的初步研究

鱼类已被形态学证明是(鱼兆)科鱼类的一个自然类群,包括原(鱼兆)属(Glyptosternum)、石爬(鱼兆)属(Euchiloglanis)、(鱼兆)属(Pareuchiloglanis)、(鱼兆)属(Exostoma)等9属31个种。       

鲤科鱼类前方椎体的形成及其在系统发育上的意义

本文对九种鲤科鱼类与中国胭脂鱼幼体的前方椎体的发育进行了比较。观察结果表明这两个科鱼类的前方椎体发育是近似的,它们的魏氏小骨有共同的来源;魏氏复合骨由前方椎体上方的第二骨化中心形成,这个骨化中心与第三和第四上神经骨相当。另一方面,胭脂鱼幼体的第二椎体副突已与第四椎体的胸肋相接;魏氏复合骨的扩展是骨化中心背脊部均匀地发生的,这些与鲤科有着明显的不同。鲤科幼体的魏氏复合骨发育具有共同的特点,第二骨化中心的前方有一棘状物在早期出现,它代表了第三上神经骨伸出部份。但随后的发育可以区分为两种不同方式:一种为雅罗系鱼类所具有,即第二骨化中心以棘状物的扩展为主,前、后棘存在并有缝合线相连;另一种为鲃系鱼类所有,即第二骨化中心的发育以其背中部伸出的实心嵴突为主,仅有不发达的前棘,此系属于派生性结构。与魏氏复合骨相关的是2—3椎体间的关系也有相应的差别:雅罗系鱼类的幼体其2—3椎体间分离(仅鳑(鱼皮)亚科鱼类例外),而鲃系鱼类的幼体其2—3椎体愈合。由于幼体魏氏复合骨与椎体的特征比成体表现更为明显,它们在系统发育上能提供更为清楚的信息。     

似Ju类鱼类的系统发育研究（鲤形目：鲤科）

本文通过对似Ｊｕ类８属１３种和外类群７属１０种鱼类的比较研究,选取３７个骨骼及外部特征,运用外类群比较进行特征分析,根据分支系统学原理重建了似Ｊｕ类的系统发育。特征分析和系统发育分析表明似ｊｕ类是具有许多共同离征的单系群,朝着流水性氏栖生活和刮食性的主干方向发展;其中以似Ｊｕ属最原始的,胡Ｊｕ属最特化构成７对姐妹群,蛇Ｊｕ属是较早分化出的相对特化的类群,棒花鱼属和小鳔Ｊｕ属的关系相对较远。     

五种鲤科鱼类的RAPD分析兼论稀有鮈鲫的系统位置

本文作者采用20个随机引物,对五种鲤科鱼类,即稀有鲫、中华细鲫、麦穗鱼、唐鱼和草鱼的基因组进行了DNA随机扩增分析（RandomAmplifiedPolymorphicDNA,即RAPD）。其目的是为了探讨稀有鲫的系统分类位置。研究结果表明在所研究的物种中,稀有鲫与中华细鲫和唐鱼有更近的亲缘关系。     

鲤科盘鮈属鱼类系统发育及其历史地理分布格局解析

以盘鮈属鱼类作为内群,以巴马拟缨鱼作为外群。通过形态比较共筛选出85个稳定的特征,形成形态特征状态矩阵表。以PAUP4.0b软件,采用均权方式,在无序和有序状态下分别按Heuristic、Branch-and-Bound以及Bootstrap等3种方式计算和构树。每种方法计算均得到唯一的1棵树,最大简约树与严格一致树、Bootstrap值检测树呈现微小差异。但仅最大简约树体现了各种之间先后分化的次序以及各姐妹群之间的关系,所以选择最大简约树作为盘鮈鱼类的系统发育树。其结果显示,盘鮈具小吸盘的种类与具大吸盘的种类分别构成了A、B两支。B支又可分为C、D两支。其中,C支的种类以吻端形成1对明显珠星,甚至形成吻突而区别于同属中具大吸盘的其他种类。运用Component(2.0)软件计算,得到盘鮈属种类分布河流的唯一分支树,其结构基本与水系的地理分布成对应关系。盘鮈属鱼类祖先的形成时期应为第4纪中期之初或更早。古云贵高原是盘鮈属鱼类的起源、分布和分化中心。云贵高原面的抬升与河流的袭夺促成了盘鮈属鱼类的多次分化和扩散,由此形成了该属鱼类的现今分布格局。     

RAPD分子标记在酱油生产菌系统发育分析中的应用

以米曲霉沪酿3.042(AS3.951)、酱油曲霉AS3.495为参照,对从商品酱油曲精中分离到的8株酱油生产菌进行RAPD分析。实验筛选到6个扩增产物谱带多、特征好、覆盖面广的引物:Primer1、Primer5、Primer6、Primer7、Primer8、Primer9,重复实验证明其RAPD-PCR扩增图谱具有较好的稳定性,扩增产物谱带一般4~8条,各实验菌株主带1~4条,次带丰富。根据RAPD-PCR扩增图谱构建的系统进化树较好地吻合了传统的形态分类学,证实了RAPD分子标记在酱油生产菌系统发育分析中应用的可行性。     

鲤科鲴亚科鱼类的系统发育及动物地理学

以雅罗鱼亚科为外群,采用分支系统学的原理和方法对鲐亚科17个属(须鳊属除外)进行了系统发育和动物地理学的分析。结果表明,(1)鲴亚科这17个属为一个单系群,并由4个较小的单系群组成;(2)鲴亚科现在的地理分布格局除源自离散事件外,主要源于扩散事件。鲐亚科的特征演化还表明,东亚地区地质历史的反转演化和平行演化可能在鲴亚科系统发育过程中起了重要的作用。     

鲤科鲌亚科鱼类的系统发育及动物地理学

以雅罗鱼亚科为外群,采用分支系统学的原理和方法对鲌亚科17个属(须鳊属除外)进行了系统发育和动物地理学的分析.结果表明,(1)鲌亚科这17个属为一个单系群,并由4个较小的单系群组成;(2)鲌亚科现在的地理分布格局除源自离散事件外,主要源于扩散事件.鲌亚科的特征演化还表明,东亚地区地质历史的反转演化和平行演化可能在鲌亚科系统发育过程中起了重要的作用.     

鳅鮀鱼类鳔囊结构及系统发育研究(鲤形目:鲤科)

本文应用分支系统学原理对鳅(鱼它)鱼类的鳔囊、鳔及相关结构进行了特征分圻,并以(鱼句)亚科作为外类群。解剖结果表明,鳅(鱼它)鱼类的鳔分四种类型;分析结果进一步证实鳅(鱼它)鱼类是一个单源群,作为一亚科可分为异鳔鳅(鱼它)属和鳅(鱼它)属,后者又分为原鳅(鱼它)和鳅(鱼它)二个亚属。     

日本产和中国产中华细鲫的RAPD分析

使用20个随机引物对日本和中国辽宁产中华细鲫、日本产Hemigrammocypris sp.和中国产衡有Ju鲫各个4个个体的随机扩增,得到了大量DNA多芯片段。通过Rapdplot程序将DNA的多态片段转换成遗传距离(d=1-S,S=2NxNy/Nx Ny）。该遗传距离的矩阵经Phylip软件包中Neighbor程序计算,生成了四个物种的相互关系分支图。从图中可以看出,分布于日本和中华细鲫有较近的遗传距离,然后是Hemigrammocypris,最后是稀的Ju鲫。该结果说明分布于日本和中国的中华细鲫是同一个物种。日本的Hemigrammocypris是一个独立的物种。     

小麦双引物RAPD分析方法的研究

ＲＡＰＤ标记是近几年迅速发展的一种新型分子标记,标准的ＲＡＰＤ的反应是以１０个寡聚核苷酸作引物,通过ＰＣＲ反应扩增出基因组的部分片段,我们在研究外源ＤＮＡ导入小麦后外源遗传物质的追踪时,对这个方法进行了改进,采取了双引物进行扩增,结果双引物反应能够比单引物反应扩增出更多的多态性片段。分子杂交结果表明,双引物扩增出的新片段与单引物扩增片段无同源性,并对双引物扩增出的多态性片段产生的可能原因进行讨论。     

THE RELATIONSHIP BETWEEN EVOLUTIONARY THEORY AND PHYLOGENETIC ANALYSIS

The relationship between phylogenetic reconstruction and evolutionary theory is reassessed. It is argued here that phylogenies, and evolutionary principles, should be analysed initially as independently from each other as possible. Only then can they be used to test one another. If the phylogenies and evolutionary principles are totally consistent with one another, this consilience of independent lines of evidence increases confidence in both. If, however, there is a conflict, then one should assess the relative support for each hypothesis, and tentatively accept the more strongly supported one. We review examples where the phylogenetic hypothesis is preferred over the evolutionary principle, and vice versa, and instances where the conflict cannot be readily resolved. Because the analyses of pattern and process must initially be kept separate, the temporal order in which they are performed is unimportant. Therefore, the widespread methodology of always proceeding from cladogram to evolutionary ‘scenario’ cannot be justified philosophically. Such an approach means that cladograms cannot be properly tested against evolutionary principles, and that evolutionary ‘scenarios’ have no independent standing. Instead, we propose the ‘consilience’ approach where phylogenetic and evolutionary hypotheses are formulated independently from each other and then examined for agreement.     

鲤科（Cyprinidate）鱼肠道菌群分析

对江苏大纵湖区的草鱼、白鲢、团头鲂和鲤鱼等4种鱼肠道菌群中的好氧菌或兼性厌氧菌进行分离鉴定.对每种鱼的肠道中菌群数量和种类组成进行了分析,发现在上述鱼肠道中存在哈夫尼亚菌属、致病杆菌属、气单胞菌属、柠檬酸菌属、假单胞菌属、链球菌属、葡萄球菌属等.     

利用RAPD技术对木耳属菌株进行分类鉴定的研究*

利用ＲＡＰＤ技术对木耳属不同种和种内不同菌株进行了分子鉴定。结果表明,在供试的２６个随机引物中,有１０个引物可扩增出清晰、稳定的ＤＮＡ带型,其中引物Ｓ４和Ｓ６与供试木耳属菌株的基因组ＤＮＡ结合位点少而保守,扩增图谱具有种的特异性,可用于种的快速准确鉴定;其综随机引物的扩增ＤＮＡ多态性较强,可用于种内不同菌株的鉴定;聚类分析表明,在７５％相似水平下,可将供试的木耳属菌株分成四大类,其中有三大类各代表一个形态鉴定的种。研究结果表明了ＲＡＰＤ技术可有效地用于木耳属种或菌株的快速准确鉴定。     

利用RAPD技术对木耳属菌株进行分类鉴定的研究

利用ＲＡＰＤ技术对木耳属不同种和种内不同菌株进行了分子鉴定。结果表明,在供试的２６个随机引物中,有１０个引物可扩增出清晰、稳定的ＤＮＡ带型,其中引物Ｓ４和Ｓ６与供试木耳属菌株的基因组ＤＮＡ结合位点少而保守,扩增图谱具有种的特异性,可用于种的快速准确鉴定;其综随机引物的扩增ＤＮＡ多态性较强,可用于种内不同菌株的鉴定;聚类分析表明,在７５％相似水平下,可将供试的木耳属菌株分成四大类,其中有三大类各代表一个形态鉴定的种。研究结果表明了ＲＡＰＤ技术可有效地用于木耳属种或菌株的快速准确鉴定。     

弯孢节丛孢和厚皮单顶孢菌株的RAPD分析

对来自不同地方的7个弯孢节丛孢（ArthrobotrysmusiformisDrechsler）和9个厚皮单顶孢（Monacrosporiumeudermatum（Drechsler）Subram）标准菌株用4个随机引物（OPW-18、OPW－16、OPM-1、OPK-19）进行了随机扩增多态性DNA（RAPD）分析。扩增谱带聚类分析结果不能将弯孢节丛孢和厚皮单顶孢的菌株分开,具有附属丝的菌株没有被聚在一起,菌株间地理起源上的亲缘关系也没有体现,证明RAPD分析不能作为节丛孢属和单顶孢属的属间鉴别分析,附属丝地捕食线虫真菌不具分类学意义,不能以之作为成立小掘氏霉属的证据,系统聚类关系与地理来源基质也没有相关性。     

似鮈属鱼类遗传多样性的RAPD分析及种的划分问题

似属PseudogobioBleeker隶属鲤形目Cypriniformes、鲤科Cyprinidae的鲤亚科Gobioninae。