黄瓜悬浮细胞蛋白质组双向电泳分析技术

为建立适于黄瓜悬浮细胞蛋白质组分析的双向电泳体系,对黄瓜悬浮细胞蛋白质双向电泳分析所采用的胶条pH范围、样品制备方法、裂解液配方及分离胶浓度等参数进行研究。结果表明,采用pH范围为4～7的IPG胶条,直接裂解后丙酮沉淀法制备黄瓜悬浮细胞蛋白质,裂解液为8mol/L尿素、2mol/L硫脲、2%IPG Buffer、4%CHAPS、1%TBP、65mmol/L DTT、2mmol/L EDTA、0.001%溴酚蓝和1%鸡尾酒,分离胶浓度为11%,可获得蛋白质点分离清晰的双向电泳图谱。     

小麦小花高纯度线粒体的分离及其蛋白质双向电泳体系建立

应用差速离心和Percoll不连续密度梯度法分离纯化小麦三核期小花线粒体. 在裂解液选择、IPG胶条pH值范围、SDS-PAGE胶浓度及蛋白质上样量等方面对线粒体蛋白质双向电泳体系进行探索和优化,确立了一套适用于小麦小花高纯度完整线粒体的分离方法及其蛋白质双向电泳的技术体系. 结果表明,采用20%、24%和40% Percoll密度梯度和28% Percoll自形成密度高速离心体系,获得了有活性、高纯度且较完整的线粒体;经TCA-丙酮法提取蛋白,以7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,4% CHAPS(W/V),65 mmol/L DTT,0.5% IPG缓冲液(V/V),0.001% 溴酚蓝(W/V)裂解液溶解蛋白,采用17 cm,pH 4～7 IPG胶条和11% SDS-PAGE分离胶,上样量为160 μg,硝酸银染色法,更适合小麦小花线粒体蛋白质组双向电泳分离. 经PDQuest 2DE 8.0.1软件包统计分析,在2-DE图谱上分辨出约150个蛋白点,蛋白点清晰呈圆形,无横条纹干扰,这为利用双向电泳技术在亚细胞水平对线粒体进行蛋白质组学研究与分析奠定了基础,更为进一步分析研究线粒体与雄性不育的关系提供了理论与技术支撑.     

油菜黄化突变体蛋白质组分析：两种蛋白质提取方法比较

以芥菜型油菜黄化突变体L638-y及其野生型L638-g五叶期叶片为材料,用IEF/SDS-PAGE双向凝胶电泳技术对两种不同蛋白质提取方法(TCA/丙酮沉淀法和改进的PEG分级沉淀法)进行了比较,同时在IPG胶条pH范围及SDS-PAGE胶浓度选择上进行了探索与优化．结果表明,以pH 4～7 17 cm的线性IPG胶条进行IEF,11% SDS-PAGE进行第二向电泳,每350 μl体系上样量为180 μg,蛋白质可以得到较好的分离,2-DE图谱质量最佳．用改进的PEG分级沉淀法提取的突变体L638-y叶片总蛋白的2-DE图谱可清晰识别的蛋白质点数目为(1235 ± 6)个,比TCA/丙酮沉淀法多识别出330个蛋白质点;用该方法提取蛋白质时,在突变体L638-y与其野生型L638-g叶片总蛋白2-DE图谱上可识别出差异蛋白质点数目为190个,比用TCA/丙酮沉淀法提取蛋白质时多鉴别出100个差异蛋白质点．由此表明,研究芥菜型油菜黄化突变体L638-y叶片蛋白质组变化,采用改进的PEG分级沉淀法提取蛋白质更为简单有效．     

发菜蛋白质组双向电泳技术的建立及优化

为建立适用于发菜(Nostoc flagelliforme)蛋白质组研究的双向电泳技术,对发菜蛋白质的提取、裂解、上样量、IEF及SDS-PAGE电泳等关键步骤进行了优化,结果显示:发菜蛋白质主要分布在pH 4～7范围内,采用改良TCA法可提高提取液中蛋白质的含量和双向电泳图谱的分辨率,裂解液含60 mmol/L DTT,24 cm IPG胶条上样量1.5 mg时不仅提高了蛋白质的溶解性,而且改善了双向电泳的分离效果,得到近800个蛋白点,且蛋白点清晰,图谱分辨率较好.采用优化后的双向电泳体系提高了发菜蛋白质双向电泳的分辨率和重复性,建立起一套适用于发菜蛋白质组分析的双向电泳方法.     

洋葱伯克霍尔德菌外膜蛋白双向电泳的建立与优化

目的:洋葱伯克霍尔德菌外膜蛋门的分离及双向电泳图谱的建立和优化.方法:用月桂酰基氯酸钠法提取外膜蛋白,以同相pH梯度为第一向和SDS-PAGE为第二向进行双向电泳,对裂解液成分,IPG胶条的pH和凝胶染色方法等进行优化.结果:获得外膜蛋白浓度为2.87μg/μl;最佳裂解液成分为:7mol/L尿素,2mol/L硫脲,4%Chaps,2%pharmalyte,65 mmol/L DTT,0.5%Triton X-100,10mmol/L Tris.结论:提取的外膜蛋白满足双向电泳条件;获得理想的外膜蛋白双向电泳图谱用于后续实验中.     

建立和优化双向电泳分析柱花草根系蛋白谱的方法

本研究以柱花草根系为材料,比较了不同蛋白质提取方法和蛋白上样量等因素对双向电泳方法分析根系蛋白图谱的影响。结果表明,在苯酚法提取蛋白中,加入0.7mol·L-1NaCl和20%乙醇,并在蛋白沉淀过程中加入1/10倍体积5mol·L-1NaCl,能够有效去除组织样品中的非蛋白成分,结合使用pH4～7范围的IPG胶条,1mg根系蛋白可以在双向电泳图谱上分辨出较多蛋白点,图谱背景清晰,该体系适合柱花草根系蛋白质的双向电泳分析。     

小鼠黑质双向凝胶电泳技术的优化

为了优化小鼠黑质双向凝胶电泳(2-DE)技术,比较了不同样品预处理方法、不同胶条和不同上样量对凝胶电泳结果的影响。研究发现,两种样品预处理方法均可顺利升至最高等电聚焦(IEF)电压(10000V)。与Clean-upkit法相比,TAC/丙酮沉淀法预处理后蛋白得率较低,同时丢失了样品中的部分中、小分子蛋白质。pH3-10L胶条中蛋白点主要分布在中间区域;pH3-10NL胶条对中间区域的蛋白点的分离有所改善;pH4-7胶条中蛋白点分布均匀,横条纹较少。80μg上样量的图谱背景干净,但点数最少(411);180μg上样量的图谱蛋白点较多(883),且圆润、清晰,背景干净,分辨率高;300μg上样量的图谱蛋白点虽然最多(904),但背景较深,部分蛋白点融合,横条纹也较多。研究表明,对于小鼠黑质蛋白质,使用Clean-upkit法对样品进行预处理,选取pH4-7的胶条,采用180μg的上样量能获得背景干净、分辨率高的双向电泳图谱,为帕金森病的生物标志物和药物靶点的研究打下了基础。     

多子房小麦蛋白质双向电泳体系的建立及优化

为建立适用于显性多子房小麦细胞质效应的蛋白质双向电泳体系,以显性多子房小麦材料DUOII与特异细胞质材料TeZhiI杂交的F1幼穗为材料,采用TCA-丙酮法提取蛋白质,并在IPG胶条长度和pH范围、SDS-PAGE凝胶浓度及蛋白质上样量等方面,对多子房小麦幼穗蛋白质双向电泳体系进行了探究与优化.结果表明,本文采用的蛋白质定量方法准确度高(R²=0.9999),确立了17 cm, pH4～7的IPG胶条, 12% SDS-PAGE分离胶,上样量为900 μg的双向电泳方法体系,获得了最适合本研究蛋白质组分析的双向电泳图谱. 经PDQuest 2DE 8.0.1软件分析,2-DE图谱上可分辨出1.444±14个清晰蛋白质点,且重复性较高(95%), 相关系数为0.960. 建立了一套适用于显性多子房小麦细胞质效应研究的蛋白质双向电泳体系.     

甜瓜叶片中Rubisco的去除及双向电泳体系的优化

为降低Rubisco的干扰,建立适合于甜瓜叶片蛋白质的双向电泳技术,本文比较了不同全蛋白提取方法和上样量对双向电泳的影响。结果表明,Mg/NP-40/PEG3350/TCA/丙酮提取法可去除样品中绝大多数的Rubisco,使低丰度蛋白得以检测,适合后续分析。以该法提取的蛋白,采用600、800、1000和l200μg四种上样量进行双向电泳,上样量为l000μg的样品用pH3～10的IPG胶条,在2-DE胶上分辨出质量好、数量多的蛋白质点（562个）。因此,Mg/NP-40/PEG3350/TCA/丙酮法是适合甜瓜叶片蛋白质提取的方法,l000μg是最适上样量。     

黄瓜叶片胞间隙蛋白质双向电泳体系的建立

以黄瓜种质‘PI088’幼苗为材料,提取胞间隙液,制备蛋白样品,通过对不同IPG胶条、等电聚焦条件、分离胶浓度、上样量等条件的探索,建立适合黄瓜叶片胞间隙蛋白质组的双向电泳体系.结果显示:(1)用pH 3～10的非线性IPG胶条,等电聚焦时间为70 000 Vh,分离胶浓度为10％,上样量为800 μg时,能够得到较好的2-DE图谱.(2)利用所建立的双向电泳体系找到了对照及接种霜霉菌后2d的黄瓜叶片胞间隙差异蛋白,其中的12个上调表达点和10个下调表达点的表达量变化在1.5倍以上.并选取一个差异点成功进行了质谱分析.(3)质谱分析结果显示,所找的差异点为一种酸性的几丁质酶,等电点为4.27.可见,采用所建立的双向电泳体系可获得分辨率高、重复性好的2-DE图谱并能很好地用于质谱分析.     

产热凝胶土壤杆菌ATCC31749蛋白质组双向电泳图谱的构建

建立了热凝胶生产茵土壤杆茵茵体总蛋白的蛋白质提取方法和双向电泳方案,确定了使用蛋白质裂解液(7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,1%ASB-14去垢剂,40 mmol/L Tris,0.001%溴酚蓝,1 mmol/L EDTA,1%TBP和1%两性电解质)结合超声破碎法来提取茵体总蛋白的方案为最佳,选择17 cm...     

果实蛋白质组学研究的实验方法

双向电泳技术是蛋白质组学研究的基本方法之一。果实由于富含糖、多酚、单宁和有机酸等物质,蛋白质的提取比其它植物组织更加困难。本文主要介绍不同果实蛋白质的提取、等电聚焦系统和凝胶染色技术,并建立了一套适用于桃、樱桃、苹果、芒果和冬枣等多种果实蛋白质组学的研究方法。结果表明,采用匀浆法和酚抽提法提取果实的蛋白质,裂解缓冲液2溶解蛋白质,并用固相pH梯度进行等电聚焦,可以获得背景清晰和分辨率高的凝胶图谱,具有较好的重复性,可用于果实蛋白质组学的研究。我们的研究结果显示,固相干胶条与IEF管胶相比,具有更加明显的优势。而不同的染色方法,对结果影响不大。     

Efficient extraction of proteins from woody plant samples for two-dimensional electrophoresis

Protein extraction from plant samples is usually challenging due to the low protein content and high level of contaminants. Therefore, the 2-DE pattern resolution is strongly influenced by the procedure of sample preparation. Efficient solubilization of proteins strictly depends on the chaotrope and detergent in the extraction buffer. Despite the large number of detergents that have been developed for the use in protein extraction and IEF, there is no single compound able to efficiently extract proteins from any source. Hence, optimization has to be performed for each type of sample. We tested several chaotrope/detergent combinations to achieve optimal solubilization and separation of proteins from Norway spruce [Picea abies (L.) H. Karst.] needles and European beech (Fagus sylvatica L.) leaves and roots. The same chaotrope mixture (7 M urea, 2 M thiourea) was found to be suitable for the extraction and separation of proteins from all samples. Nonetheless, the efficiency of the surfactants tested varied between samples so that optimal extraction and separation was achieved with different detergents or combination of detergents for each sample. The 2-DE separation of spruce needle proteins was optimal in a mixture of two zwitterionic detergents (2% CHAPS and 2% decyl dimethylammonio propanesulfonate). Beech proteins were best separated in buffers containing sugar-based detergents (2% n-octyl beta-D-glucopiranoside in the case of leaf samples and 2% dodecyl maltoside for the root samples). IEF was performed in buffers with the same composition as the extraction buffer except for the root proteins that were better focused in a buffer containing 2% CHAPS.     

果实蛋白质组学研究的实验方法

双向电泳技术是蛋白质组学研究的基本方法之一。果实由于富含糖、多酚、单宁和有机酸等物质,蛋白质的提取比其它植物组织更加困难。本文主要介绍不同果实蛋白质的提取、等电聚焦系统和凝胶染色技术,并建立了一套适用于桃、樱桃、苹果、芒果和冬枣等多种果实蛋白质组学的研究方法。结果表明,采用匀浆法和酚抽提法提取果实的蛋白质,裂解缓冲液2溶解蛋白质,并用固相pH梯度进行等电聚焦,可以获得背景清晰和分辨率高的凝胶图谱,具有较好的重复性,可用于果实蛋白质组学的研究。我们的研究结果显示,固相干胶条与IEF管胶相比,具有更加明显的优势。而不同的染色方法,对结果影响不大。     

枸杞花药蛋白质组双向电泳体系的建立及应用

采用改良TCA丙酮沉淀结合Tris-HCl法提取枸杞花药蛋白质,对蛋白质裂解液成分、IPG胶条的pH范围、上样量及染色方法进行了探索.结果表明:(1)采用17 cm胶条、400 μg的上样量、含有2 mol/L硫脲的裂解液,硝酸银染色,可得到重复性好、质量高的枸杞花药蛋白2-DE图谱,枸杞花药蛋白主要集中在pH 4～7范围.(2)采用该体系分析了‘宁杞1号’和‘宁杞5号’四分体时期花药蛋白,并利用PDQuest 8.0软件在pH 4～7的2DE图谱上检测到500多个蛋白点,其中差异表达量大于2倍的蛋白有25个.     

蝴蝶兰叶片蛋白质提取及双向电泳体系优化

通过对蛋白质提取、IPG胶条选择、上样量、水化方式、聚焦条件等方面的优化,建立蝴蝶兰叶片蛋白质的双向电泳体系。结果表明,采用酚抽提法提取蝴蝶兰叶片蛋白质的纯度较高,复溶较完全;双向电泳优化体系选用24 cm pH 3～10 NL的IPG胶条,被动水化,上样量为1.35 mg,B1程序进行等电聚焦,12%分离胶进行第二向电泳,考马斯亮蓝G-250染色。该方法获得分辨率较高、重复性较好的蝴蝶兰叶片双向电泳图谱,蛋白数点多达1163个,可以满足蝴蝶兰蛋白质组学研究和分析。     

胡杨异形叶的蛋白质组学研究

通过探索不同的裂解液成分配比和优化2-DE条件,建立了适合胡杨叶蛋白质组学研究的技术体系,同时以同一小枝上的异形叶为试验材料寻找异形叶间差异表达的蛋白质。结果表明：使用含7mol/L尿素、2mol/L硫脲、2% CHAPS、60mmol/L DTT、0.2% 载体两性电解质的裂解液复溶蛋白沉淀的效果好。通过对差异蛋白点的串联质谱鉴定,发现异形叶在光合及呼吸作用方面存在差异。本研究为了解异形叶产生的分子调控机制,揭示胡杨的耐逆性积累了有价值的信息。