斑马鱼突变体和转基因鱼系命名规则简介

本文简要介绍斑马鱼(Danio rerio)突变体和转基因鱼系的命名规则,内容主要译自《ZFIN斑马鱼命名指南》的相应部分(https://wiki.zfin.org/display/general/ZFIN+Zebrafish+Nomenclature+Guidelines),并对其进行了较大幅度的整理,添加了更多的细节与解释。     

三种蕨类植物新命名

本文发表了三种蕨类植物新命名,即基羽复叶耳蕨Arachniodes ba-sipinnata(Ching)Ching ex Y.T.Hsieh,stat.nov.;南方复叶耳蕨Arachn-iodes australis Y.T.Hsieh,nom.nov.;湘黔复叶耳蕨Arachniodes michelii(Level.)Ching ex Y.T.Hsieh,comb.nov.。     

生物谱系命名法规简评

基于林奈命名法和林奈分类系统的生物分类系统已经存在250多年并仍然为广大生物学工作者使用,由此产生的国际动物、植物、细菌的命名法规亦执行了100年(1905年,国际植物命名法规第1版产生),并在不断修订.随着分类方法的不断进步,林奈分类系统的一些缺陷逐渐显露,一种被称为生物谱系命名法规(PhyloCode)的新的命名法出现在人们眼前.这种基于系统发育系统学的命名法规一经问世就引起诸多争论,但是,作为一种新的命名法规,无论与传统的命名法规融合还是独立发展,对于已有的分类系统都是一个新的机遇和挑战.     

SLAⅠ类基因最新命名进展

介绍了国际动物遗传学会（ISAG）SLA命名委员会2004年制定的依据基因测序及进化树分析的SLAⅠ类基因系统命名法,详细叙述了对SLAⅠ类基因座、等位基因组、等位基因及单倍型的命名规则,其中概括介绍了命名新等位基因对基因序列的具体要求。SLAⅠ类基因系统命名法对于人类移植免疫学、猪免疫遗传及抗病育种具有重要意义。     

三氯乙烯对斑马鱼胚胎心脏发育的毒性作用及机制*

目的:研究三氯乙烯(TCE)对斑马鱼胚胎心脏发育的毒性作用及其机制,为寻找干预靶点提供实验依据。方法:斑马鱼胚胎来自于国家斑马鱼资源中心,分为DMSO组(对照组)、DMSO+CHIR组、DMSO+XAV组、TCE处理组、TCE+CHIR组和TCE+XAV组(TCE设置为1、10、100 ppb三个不同的浓度;DMSO:二甲基亚砜;CHIR:CHIR-99021,Wnt信号通路激活剂;XAV:XAV-939,Wnt信号通路抑制剂),每组60条。斑马鱼胚胎饲养于系统养殖水中,恒温28℃,每隔24 h更换养殖水,并分别加入相应药物。连续培养72 h,收集斑马鱼胚胎的心脏组织,提取RNA进行转录组芯片分析,并以荧光定量PCR验证Wnt信号通路相关基因的表达。结果:与对照组相比,三氯乙烯暴露导致斑马鱼心脏畸形显著增加,以心房心室比例异常、环化不全以及心包水肿等为主要表型。芯片分析结果显示,TCE处理组Wnt信号通路相关基因(Axin2、Sox9b、Nkx2.5)表达受到显著影响。qPCR结果进一步验证,TCE处理组与DMSO对照组相比,Wnt通路靶基因Axin2、Sox9b及Nkx2.5的mRNA水平显著下调(P＜0.05),提示Wnt信号通路被抑制。Wnt激活剂CHIR降低TCE导致的斑马鱼胚胎心脏发育异常,而添加Wnt通路抑制剂XAV后,斑马鱼胚胎心脏畸形率显著增加(P＜0.05)。结论:三氯乙烯暴露导致斑马鱼胚胎心脏畸形,Wnt信号通路参与三氯乙烯的心脏发育毒性。     

斑马鱼粗线期二价体高分辨多重带模式图构建

采用碱性低渗结合高氯仿固定法, 由斑马鱼(Danio rerio)初级精母细胞获得了分散良好的减数分裂粗线期二价染色体分裂相, 且二价体上具有高分辨多重带, 其带纹特征和数目相对稳定, 重复性好. 参照人类细胞遗传学的国际命名法体制, 构建了斑马鱼粗线期二价染色体599条带纹的高分辨带模式图, 并对每条二价体进行了区带划分, 描述了其识别要点.     

斑马鱼中kdm4aa基因对低温耐受能力的影响

为了研究赖氨酸特异性去甲基化酶4aa(lysine demethylase 4aa, kdm4aa)在斑马鱼(Danio rerio)低温耐受能力中的作用,本研究通过实时定量PCR检测kdm4aa^-/-斑马鱼中kdm4其他家族成员的表达水平和低温处理后野生型(wild type, WT)斑马鱼中kdm4aa基因的表达水平;通过斑马鱼行为轨迹跟踪系统检测低温下kdm4aa^-/-幼鱼的运动能力;采用逐级降温方法检测kdm4aa^-/-斑马鱼低温耐受能力;通过DCFH-DA荧光探针、 ATP检测试剂盒、 Western blot检测低温下kdm4aa^-/-斑马鱼中活性氧(reactive oxygen species, ROS)、腺苷三磷酸(adenosine triphosphate, ATP)、磷酸化组蛋白H2A.X(gamma histone H2A.X,γH2A.X)和微管相关蛋白1轻链3(microtubule-associated protein 1 light chain 3, LC3)水平。...     

斑马鱼elovl8缺失对抗冷胁迫下存活率及脂肪代谢的影响

研究利用CRISPR/Cas9技术构建了斑马鱼elovl8a-/-、elovl8b-/-和DKO(elovl8a和elovl8b)敲除模型,通过组织学观察、实时荧光定量PCR和脂肪酸组成分析等实验方法,探究了脂肪酸延长酶8(elovl8)缺失对斑马鱼抗冷胁迫能力的影响.结果表明elovl8缺失导致斑马鱼在低温环境下的存...     

病毒的分类与命名进展概况

早在60年代,业已知道感染脊椎动物、无脊椎动物、植物和细菌的病毒约数百种,但这些病原体的分类与命名处于混乱状况。1966年,在莫斯科举行的国际微生物学代表会议上,成立了国际病毒命名委员会(International Committee on Nomenclatureof Viruses,简称ICNV),其目的是寻求一个各种病毒通用的分类系统,该委员会是在病毒应如何分类与命名的激烈争论中诞生,同时也在各种意见极为分歧的争论中获得发展。1971年,由wildy整理并发表了“ICNV第一次报告——病毒的分类与命名”,描述并承认43个病毒属和组的名称,还确定了两个病毒科:乳多空病毒科(Papovavi-     

关于栽培植物的命名问题

介绍了栽培植物命名规则,包括其分类等级和命名体系。简要介绍了《中国梅花品种图志》、《中国桂花品种图志》等著作的作者提出和遵循的关于栽培植物品种中文名命名的原则和意见,并对我国栽培植物品种中文名命名中存在的主要问题进行了简要评述。     

基因工程中常用术语的命名规则

1　基因的命名基因符号最初用英文的第 1个字母的大写表示。例如 ,T代表苏氨酸 ,T+代表苏氨酸合成酶野生型基因 ,T-代表苏氨酸合成酶缺陷型基因。但随着基因数目的增多及众多突变类型的出现 ,这一套符号已经不够用了。1 90 6年 ,M.Demerec等提出了一套新的基因命名规则 :1 )每个基因座位用 3个小写斜体字母表示 ,这 3个字母来自说明基因特性单词的前 3个字母 ;2 )表型相同基因不同的突变型 ,用 3个字母后面加了 1个大写字母表示 ;3 )同一基因的不同突变位点用基因符号后面所加的阿拉伯符号表示 ,如果突变位点所属的基因还不确定 ,那么大写…     

我国生物制品通用名命名原则的修订

对我国生物制品通用名命名原则进行了立题研究,旨在建立和完善我国生物制品通用名称命名原则。通过分析我国生物制品通用名现状、存在的问题及新型生物药发展趋势,研究比较了国际上具有主导性的药品通用名命名体系,并参照世界卫生组织国际非专利名称(WHO INN)命名原则,在中文语言识别的基础上,对我国生物制品通用名称命名原则提出了具体的增修订意见。     

水环境因子对镧系元素生物毒性效应的影响

镧系元素(稀土)应用的不断拓展引起了人们对其生物安全性的关注。为探明环境因素对镧系元素生物毒性效应的影响，以斑马鱼(Danio rerio)为受试生物，研究水环境因子(pH、HCO₃~-、Ca²⁺-Mg²⁺、K~+和Cl~-等)对镧系元素生物毒性和生物蓄积性的影响，分析不同水环境条件下4种代表性镧系元素(La、Ce、Gd和Ho)的毒性大小及其趋势。结果表明：在标准水中，La对斑马鱼成鱼的96 h-LC50为165.6μmol·L^-1,毒性大小与水中pH、HCO₃~-和Ca²⁺-Mg²⁺浓度显著相关，其斜率分别为0.912、1.135和0.222,而与水中Cl~-、Na~+、K~+和SO₄^2-的浓度无显著性关系；4种镧系元素均可在测试开始阶段与HCO₃~-络合形成沉淀颗粒，pH的降低或HCO₃~-的减少可促进颗粒态镧系元素向可溶态转化，从而增强其生物...     

视黄酸缺乏对斑马鱼心脏房室分化的影响

目的 通过化学遗传学方法建立视黄酸缺乏的斑马鱼模型,探讨视黄酸缺乏对斑马鱼胚胎心脏前后轴发育即房室分化的影响.方法 在斑马鱼胚胎孵育的5 hpf,用不同浓度梯度的视黄醛脱氢酶2抑制剂DEAB(1×10-6、5×10-6、10×10-6、25×10-6 mol/L)处理斑马鱼胚胎,实时观察斑马鱼胚胎发育的全过程.通过给予斑马鱼胚胎外源性视黄酸,观察其对DEAB的拮抗作用.应用胚胎整体原位杂交观察视黄酸缺乏对心脏特异基因vmhc和amhc表达的影响.结果 斑马鱼胚胎的生存率随着DEAB处理浓度的增加而降低,当DEAB浓度≥5×10-6 mol/L时,斑马鱼的畸胎率达100%.5×10-6 mol/L DEAB的致畸作用能够被1×10-9mol/L外源性视黄酸所拮抗.整体原位杂交结果显示视黄酸缺乏会导致斑马鱼胚胎心脏房室分化异常,表现为vmhc表达细胞的范围增大,amhc表达细胞的范围缩小.结论 通过外源性DEAB处理能有效地建立视黄酸缺乏的斑马鱼模型,DEAB影响胚胎发育存在剂量依赖性.视黄酸在斑马鱼心脏前后轴发育过程中起重要调控作用,心脏发育早期视黄酸缺乏会抑制心房的发育而支持心室的发育,出现房室分化异常.     

纳米ZnO对斑马鱼(Danio rerio)肝组织mdr1、nka、ctr1、hif基因mRNA的影响

随着纳米材料的广泛应用,越来越多的人开始关注并研究纳米材料的环境安全性,特别是生物毒性。基因mRNA受环境的影响往往早于毒性损伤,可作为组织损伤的前兆。以斑马鱼为受试生物,运用RT-PCR研究了ZnO纳米颗粒(5.6 mg/L)对肝组织mdr1(多药耐药性基因)、nka(Na+-K+-ATP酶基因)、ctr1(高亲和铜转运蛋白基因)、hif(低氧诱导因子基因)mRNA的影响,这些基因主要与斑马鱼肝组织自身免疫、细胞膜转运功能以及氧化应激有关。实验发现各基因与对照组相比有显著性差异(p<0.05),说明ZnO纳米颗粒对斑马鱼肝组织mdr1、nka、ctr1、hif基因有影响。     

斑马鱼功效模型在验证乳制品补钙和促进肠蠕动中的应用

目的基于斑马鱼补钙和肠蠕动模型,验证和对比不同牛奶补钙和酸奶促进肠蠕动的作用效果。方法选择发育健康且阶段一致的3 dpf野生型斑马鱼,加入不同浓度(2. 5、5. 0、10. 0 mg/m L)的纯牛奶稀释液,同时设置空白对照组。处理至7 dpf后,用2 mg/m L钙黄绿素染色,在荧光显微镜下观察拍照,计算斑马鱼的椎骨荧光强度。选取5 dpf的斑马鱼,用尼罗红染料处理16 h,加入不同浓度(2. 5、5. 0、10. 0 mg/m L)的酸奶和乳酸菌饮料稀释液,同时设置空白对照组。处理24 h后,在荧光显微镜下观察拍照,计算斑马鱼肠道内荧光强度。结果纯牛奶、酸奶和乳酸菌饮料作用效果都随浓度的增加而增强。与空白对照组比较,6种纯牛奶中2种纯牛奶处理的斑马鱼骨骼荧光强度有一定增加; 8种酸奶和乳酸菌饮料都显著引起了肠道荧光强度的减弱,酸奶的效果优于乳酸菌饮料。结论纯牛奶、酸奶和乳酸菌饮料对斑马鱼的最大耐受浓度(MTC)为10 mg/m L,且对斑马鱼起到补钙和促进肠蠕动的作用。     

有关昆虫中文命名的一些商榷

昆虫中文名称的厘定,或根据古代传统的命名方式,或由近代昆虫学者根据昆虫的形态特征、地区分布、寄主种类等加以命名,或根据西文涵义加以命名。由于昆虫种类繁多,制订一个昆虫名称,颇非易事;有人提出一些具体要求,一是系统化,即是由科、亚科、属、种等分类体系来命名。二是便于记忆和应用,在应用中文名称时,与这类昆虫的西文属名、种名或其形态特征、分类系统能在无形中联系起来,则对分类学等的学习,会有不少帮助。以下就常见的一些昆虫中文名称,提供探讨。螽斯：螽斯俗名有螽斯、斯螽、草螽、螽、聒聒儿、春箕、草虫等。日本…     

α-L-岩藻糖苷酶基因在斑马鱼发育过程中的功能分析

α-L-岩藻糖苷酶(alpha-L-fucosidase,FUCA1/2)是糖基水解酶家族的成员,参与糖蛋白、糖脂等生物大分子的分解代谢反应.为了解α-L-岩藻糖苷酶在动物发育中的功能,检测了fuca1和fuca2在斑马鱼组织和胚胎发育中的特异表达模式.fuca1和fuca2基因在斑马鱼成体中的表达存在组织差异,在斑马鱼的精巢中表达量最高,此外肝脏中也检测到fuca1和fuca2的高表达.在斑马鱼胚胎发育中,在其整个胚胎发育时期均检测到了fuca1和fuca2的表达.构建了fuca1基因的反义表达载体,显微注射到斑马鱼受精卵.统计结果显示反义载体注射导致斑马鱼胚胎高致死率.研究表明,fuca1和fuca2基因在鱼类胚胎发育和成体的精巢、卵巢与肝脏发育中可能具有重要的作用.     

转基因斑马鱼分析胰岛β-细胞发育情况

斑马鱼的个体小、高产和体外受精等特点使其已经迅速成为研究脊椎动物器官发育和人类疾病的模式生物之一。我们建立了一个转基因斑马鱼动物模型来研究胰岛β-细胞的发育。首先,构建了斑马鱼胰岛素（Insulin ,INS） 启动子与绿色荧光蛋白(GFP) 组成的表达载体, 命名为INS:GFP。其次,将质粒在斑马鱼1-细胞期注射到细胞质内。最后我们成功获得了生殖系稳定遗传胰岛素转基因斑马鱼,在成鱼和幼鱼期均可以通过GFP标记β-细胞。通过方便的荧光筛选,我们观察到胰岛在受精后18h开始形成,1－5d后由初始的脊索中线两侧向右迁移。从我们构建的胰岛素转基因斑马鱼,可以直观判断胰岛的发育情况,为研究胰岛的发育、损伤和再生提供了一个简便和直观的新型工具。     

广西靖西县壮族民间对植物的命名

采用民族植物学方法,对广西靖西县常见植物进行了调查,完成了103种当地植物的民族植物学编目.通过分析这些植物的命名规律,结果发现:靖西县壮族民间对植物的命名采用了“双名”法,植物名称的前面部分包含了植物的形态型或用途类型,而后面的部分则包含了植物的形态特征、颜色、生长环境、性状和用途等方面.本文还对靖西县壮族民间植物命名与双名法以及其他民族命名进行了比较,探讨了其相似之处和不同点.从对植物的命名和发音等方面来看,壮族和傣族两个民族具有语言上的相似性.