正常与脑缺血大鼠的脑皮质蛋白质差异分析鉴定

Wistar大鼠随机分为正常组和模型组,采用改进的线栓法制备模型,在规定的时间点快速断头取脑,分离脑皮质组织,提取蛋白质后双向电泳展示,以ImageMaster 2D Elite v301软件对2_DE图谱进行差异表达分析,目标蛋白点用基质辅助激光解析电离质谱测定肽质量指纹图进行鉴定。线粒体应激70蛋白前体、血小板活化因子乙酰基水解酶Ibβ亚单位、ADP核糖基化因子蛋白3、电压依赖性阴离子选择通道蛋白1、泛素C末端水解酶同工酶L1、突触结合蛋白等11个蛋白在模型6h组表达上调,谷胱甘肽S-转移酶omega 1、 谷胱甘肽S-转移酶P、Cu-Zn超氧化物歧化酶、 ATP合酶D链、G蛋白β亚单位1、微管蛋白β链15、苹果酸脱氢酶等15个蛋白在模型6h组表达上调。胆绿素还原酶B、细胞因子A4前体为模型组新出现点,腺苷酸激酶同工酶1在模型组消失,Thiore doxin peroxidase 1在模型组分为2个点。以双向电泳技术得到分辨率较好的电泳图谱,并初步鉴定脑缺血后差异表达蛋白,为深入研究缺血性脑损伤病理机制奠定了基础。     

成年和老年小鼠脑蛋白质组双向电泳图谱比较

使用双向电泳(2-DE)比较成年和老年小鼠脑蛋白质差异,从分子水平初步探索老年脑蛋白整体变化规律.以固相pH梯度等电聚焦为第一向,SDS-聚丙烯酰胺凝胶水平电泳(PAGE)为第二向进行2-DE.图象分析软件Imagemaster^® 2D Elite分析电泳图谱.重复性实验结果显示,同组样品在三次不同实验中所得蛋白质斑点数目的相对标准差（变异系数）为4.43%±0.25%;同一蛋白质斑点在三次实验中等电点、分子质量和蛋白质量的相对标准差分别为8.76%±5.14%, 13.00%±4.22%和10.84%±9.16%.成年和老年小鼠脑组织2-DE图谱分别获得996和1256个蛋白质斑点,其中8个蛋白质在老年脑组织中含量降低,20个蛋白质斑点含量增加.另至少有4个蛋白质斑点在老年脑组织中缺失,14个蛋白质点为老年脑特有. 以上差异点的发现为研究脑老化和退行性疾病机理提供了有益的线索.     

截断型线粒体凋亡诱导因子相互作用蛋白质的筛选与鉴定

线粒体凋亡诱导因子(AIF)是一类存在于线粒体内外膜之间保守的黄素蛋白,它从线粒体到细胞核的转位可诱导细胞凋亡．AIF诱导细胞凋亡的确切机制还不是很清楚．为了筛选可能与截断型AIF存在相互作用的蛋白质,探讨截断型AIF诱导细胞凋亡的机制,用逆转录PCR扩增剪切掉线粒体定位信号的人AIF基因片段并克隆入pcDNA3.1载体,导入肝癌HepG2细胞．成功检测到截断型在转录与翻译水平上的表达．提取转染截断型AIF基因的细胞的蛋白质,用免疫沉淀方法分离与截断型可能存在相互作用的蛋白质,用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱对分离得到的蛋白质进行鉴定,其中一蛋白质条带经鉴定为β-actin．再次用反向免疫共沉淀法与Western blot法对筛选出的可能相互作用蛋白质进行验证．结果表明,截断型AIF与β-actin之间可能存在相互作用．     

双向电泳结合质谱初步分析蛇岛蝮蛇毒蛋白质组

采用荧光染料(Cy5)标记中国辽宁蛇岛蝮(Gloydius shedaoensis shedaoensis,GSS)蛇毒(snake venom,SV,GSS-SV)蛋白质,获得了该蛇毒的双向十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D SDS-PAGE)图谱,经DeCyder软件分析,分辨出1000多个蛋白点,分子量范围在10～150ku间,等电点在4～7的蛋白质点占78.8%。凝胶后染色(post-staining)采用蛋白荧光染料Deep Purple,选取的5个蛋白点经胶内酶解,产生的肽段经高效液相色谱-电喷雾串联质谱(high performance liquid chromatography/HPLC-electro-spray ionization tandem mass spectrometry/ESI-MS/MS,HPLC-ESI-MS/MS)进行序列测定,质谱数据经Sequest Bioworks软件分析,为蛇毒L-氨基酸氧化酶、金属蛋白酶、类凝血酶、纤溶酶原激活物和磷脂酶A2的同源蛋白。本研究采用的荧光标记2DSDS-PAGE结合HPLC-ESI-MS/MS的技术适于高通量研究蛇毒蛋白组成。     

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱与细菌的快速鉴定

用传统的方法鉴别细菌往往需要较长的时间(≥48h)和复杂的程序,不利于细菌的快速鉴定。基质辅助激光解析电离飞行时间质谱是最近采用的用于细菌检测的生物质谱技术,可以对完整的细菌进行检测。这种技术以激光作为能量来源,将待测细菌的表面成分解析为离子,产生重现性很好的质谱图。将未知细菌质谱图与细菌质谱图库进行比较,可以达到对细菌进行鉴剐的目的。此种质谱技术的应用,对微生物的快速鉴别有重要意义。     

大鼠脑皮质表达蛋白质组学研究

文章用蛋白质组学方法初步分析大鼠脑皮质蛋白质的表达。提取大鼠脑皮质蛋白质,双向凝胶电泳分离,考马斯亮蓝染色,胰蛋白酶胶内酶解,用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱对酶解后的肽段进行分析,根据肽质量指纹图谱,检索专业数据库(Swissprot),对蛋白质进行鉴定。鉴定出84个蛋白,分别属于代谢酶、细胞骨架蛋白、热休克蛋白、抗氧化蛋白、信号传导蛋白、蛋白酶体相关蛋白、神经元特异蛋白及神经胶质蛋白等。文章结果丰富了大鼠脑皮质蛋白质组数据库,为在大鼠模型上研究神经疾病奠定了基础。     

三种前处理在基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定假丝酵母菌属中的应用比较

目的 比较3种前处理方法在基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI TOF MS)鉴定假丝酵母菌属中的结果可靠性。 方法 以ITS测序鉴定结果为金标准,对临床分离的66株假丝酵母分别采用传统直涂法、改良直涂法和甲酸-乙腈蛋白提取法进行前处理,MALDI TOF MS鉴定,比较3种方法的Biotyper Log值,分析质谱图的差异。 结果 传统直涂法、改良直涂法和甲酸-乙腈提取法对66株假丝酵母的属水平鉴定率分别为48.5%、50.0%和97.0%,Biotyper Log均值分别为1.628、1.674和2.010,其中甲酸-乙腈提取法对66株假丝酵母的种水平鉴定率为53.0%。甲酸-乙腈提取法得到的质谱图比另2种方法的质谱图离子峰更加密集,图像更复杂,鉴定结果可信度更高。 结论 甲酸-乙腈蛋白提取法对假丝酵母菌属的鉴定成功率和可靠性明显高于传统直涂法和改良直涂法,对临床假丝酵母菌病的准确诊断具有重要价值。     

野生大豆与栽培大豆种子差异蛋白质组学研究

运用蛋白质组学方法比较研究3个野生大豆(Glycinesoja)和3个栽培大豆(Glycinemax)的种子贮藏蛋白差异情况.结果发现,在考马斯亮蓝染色的双向电泳pH4～7的胶上,经过PDQuest图像分析软件平均可检测到550个左右的蛋白质点.进一步分析发现,表达量变化2.5倍以上的点有10个,其中大部分蛋白质仅在栽培大豆中检测到.对这10个蛋白质点进行了胶内酶解,用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱测定均得到了肽质量指纹图谱.搜索大豆UniGene库和NCBI库共鉴定出5个蛋白质,主要是与大豆抗性、抗营养以及种子萌发相关的蛋白质,包括大豆血凝素,种子成熟蛋白PM24,糖结合蛋白,胰蛋白酶抑制剂p20以及成熟多肽.对这些蛋白质可能的作用进行了讨论.     

用双向电泳和质谱技术检测NGX6转染后人鼻咽癌细胞表达差异的蛋白质(英)

NGX6是克隆的鼻咽癌相关基因,它的功能与作用机制目前尚不十分清楚.通过脂质体转染把NGX6导入鼻咽癌细胞株中,采用双向凝胶电泳分离细胞内所有蛋白质,通过软件分析,找到与未处理细胞表达差异的蛋白质,通过质谱分析和生物信息学资料处理.鉴定出七种表达上调的蛋白质,其中包括Fas蛋白,锌指蛋白（ZNF）,主要组织相容性抗原Ⅱ（MHCⅡ）等.Fas蛋白参与细胞凋亡的信号传导途径,它的上调可以促进细胞凋亡;ZNF蛋白参与基因的转录调控,它的上调也可影响细胞异常增殖的信号传导通路;MHCⅡ可以促进机体对肿瘤细胞的免疫应答.这些结果说明NGX6可能通过多种途径抑制鼻咽癌细胞的生长,为研究NGX6的作用机制提供了很好的实验资料,对鼻咽癌的基因治疗奠定了一定的研究基础,也为研究其他基因的作用机制提供了新思路.     

成年牦牛与双性牦牛睾丸蛋白质双向电泳的比较研究

为了比较牦牛和双性牦牛睾丸组织中蛋白质的差异表达,以探索双性牦牛生殖障碍的机理。提取牦牛睾丸(n=4)和1头双性牦牛睾丸总蛋白质,采用双向电泳分离后,对差异表达蛋白质点进行质谱鉴定。实验获得了分辨率高、重复性好的牦牛与双性牦牛睾丸组织蛋白质的双向电泳图谱,2倍及以上差异表达的蛋白质24个,其中22个蛋白质经质谱分析和数据库搜索后得到鉴定。有6种蛋白质属于分子伴侣,在双性牦牛睾丸组织中表达量显著下降,推测与双性牦牛精子发生障碍有关。     

Proteomics analysis of cerebral cortex in Wistar rats

To analyze the protein expression pattern of the cerebral cortex in Wistar rats using the proteomics approach, proteins were separated by two-dimensional gel electrophoresis, stained with Coomassie brilliant blue and digested with trypsin. Then, we analyzed the peptide section using a matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) and identified the protein by indexing special database (SwissProt) according to the finger printing of the peptide quality. Eighty-four protein spots were identified, including metabolic enzymes, skeleton proteins, heat shock proteins, antioxidant proteins, signaling proteins, proteasome related proteins, neuron and glial specific proteins and serum associated proteins. The result of this study enriches the database of the proteome in the cerebral cortex of rats and lays a foundation for further research of neurological disorders in rat models. __________ Translated from Acta Biophysica Sinica, 2007, 23 (1): 151–156 [译自: 生物物理学报]     

Combination of Micropreparative Capillary Electrophoresis and Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry for Peptide Analysis

Signal suppression is a problem in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of peptides prepared by capillary electrophoresis. Many common electrolytes that are efficient for separation, such as sodium phosphate, also are strongly suppressive during laser desorption/ionization. We have tested individual electrolytes for highest performance in each step of separation and collection, respectively. Suppression is not observed if citrate, trifluoroacetic acid, or hydrochloric acid is used for collection, while phosphate still can be employed in the capillary providing excellent resolution. Low concentrations of hydrochloric acid added to the sample/matrix mixture generate mass spectra with better ion intensities than if trifluoroacetic acid or citrate is used.     

Comparative Analysis of the Endosperm Proteins Separated by 2-D Electrophoresis for Two Cultivars of Hybrid Rice （Oryza sativa L,）

Liangyoupeijiu is a two-parental-line, and Shanyou63 is a three-parental-line hybrid rice （Oryza sativa L.）. Although both belong to the indica subspecies, they have obvious differences with respect to morphology, physiology and grain quality. Variations in endosperm protein compositions were studied by comparing the 2-D electrophoresis （2-DE） maps for these two cultivars of hybrid rice. After matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry （MALDI-TOF/MS） analysis, a 21-kDa precursor of 19- kDa globulin was identified as the major storage protein for both cultivars. Some isoforms of peroxiredoxin and seed maturation protein were found to only exist in Shanyou63, whereas aldose reductase and starch granule-bound starch synthase were only detected in Liangyoupeijiu. These data might provide a foundation for further comparative studies of these two cultivars of hybrid rice.     

应用二维电泳和质谱技术初步研究NAG7基因的功能

为了进一步研究鼻咽癌相关基因NAG7的功能,NAG7基因编码框的cDNA片段被亚克隆至pcDNA3.1( )的表达载体,通过脂质体转染入鼻咽癌细胞系HNE1。抽提HNE1细胞和已转染了NAG7基因的HNE1细胞总蛋白质,用二维凝胶电泳分离蛋白质,获得二维凝胶图谱,PDQuest软件包分析后,确立表达上调的蛋白质斑点进行质谱分析,得到的肽质指纹经蛋白质数据库分析鉴定蛋白质。共分析了12个蛋白质点,其中3个未有质谱结果,已鉴定的9个蛋白质包括生长捕获特异蛋白、DNA结合蛋白、c-myc启动子结合蛋白及胱冬肽酶（caspase)6等蛋白质。通过对这些蛋白质性质和功能的讨论,发现它们参与了细胞周期调控、转录调节及细胞凋亡等重要事件。因此,VAG7很可能是通过介导上述蛋白质的表达上调而发挥作用。     

Mass spectrometric identification and microcharacterization of proteins from electrophoretic gels: Strategies and applications

The entire genomic DNA sequences of a number of prokaryotic and eukaryotic species are now available and many more, including the human genome, will be completed in the near future. The state-of-life of a cell at any given time, however, is defined by its protein composition, i.e., its proteome. Gel electrophoresis, mass spectrometry, and bioinformatics will be important tools for protein and proteome analysis in the post-genome era. Protein identification from electrophoretic gels by mass spectrometric peptide mapping or peptide sequencing combined with sequence database searching is established and has been applied to numerous biological systems. We describe current strategies and selected applications in molecular and cell biology. The next challenges are detailed structure/function analyses, which include studying the molecular composition of multiprotein complexes and characterization of secondary modifications of proteins. The advantages and limitations of a number of mass spectrometry-based strategies designed for microcharacterization of low amounts of protein from electrophoretic gels are discussed and illustrated by examples. Proteins Suppl. 2:74–89, 1998. © 1998 Wiley-Liss, Inc.     

一种SDS-PAGE与MALDI-TOF质谱联用的方法

以尿激酶原为材料,探索一种从SDS-PAGE胶上回收蛋白质做MALDI-TOF质谱的方法.所用的回收方法包括电洗脱、脱盐、除SDS等过程.电洗脱用的是高盐阻断法,脱盐用的是超滤技术,去除SDS用的是冷丙酮沉淀法.结果证明,此方法至少对一些蛋白质（如尿激酶原和牛血清白蛋白）是可行的.