阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究

为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析。结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸。这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支。同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6%(98%)、88.5%(94%)和96.4%(99.1%)。云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异。此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低。本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显。这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列。     

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox．A16)病毒SHZH00—1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox．A16SHZH00—1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5’端非编码区(5’UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3’端非编码区长为83bp。Cox．A16SHZH00—1基因组的结构与Cox．A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AFl77911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97．5％,氨基酸同源性为98．8％;而与Cox．A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79．1％,氨基酸同源性为94．5％。Cox．A16SHZH00—1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80％。     

云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒全基因组序列遗传特征分析

为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4%和97.7%;2株I型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin I疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9%和97.9%。减毒位点分析发现II型和I型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变。VP1序列分析显示II型和I型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1%和2.3%,重组分析显示II型和I型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关。因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据。     

轮状病毒的LLR疫苗株全基因组克隆及结构蛋白VP6基因遗传特征

目的了解轮状病毒(RV)的LLR疫苗株全基因组基因和蛋白特征、完善关键基因遗传稳定性研究,为疫苗的质量控制和研发提供依据。方法将LLR株毒种第38代在原代牛肾细胞上连续传至49代,提取第38、43、44、49代病毒RNA。通过RT-PCR方法扩增LLR株(38代)全基因组11个dsRNA片段和传代病毒VP6基因,分别将其克隆到p GEM-T载体中,进行序列测定与分析。结果 LLR株全基因组11条RNA,由18 498个核苷酸组成,共编码5 796个氨基酸;全基因组研究表明,所克隆的LLR株属于G10P[15]/NSP4[A]/SGⅠ基因型。LLR株VP6基因全长1 356 bp,含编码397个氨基酸的单一的开放读码框架(ORF)。各代次病毒的VP6基因核苷酸与推导的氨基酸变化完全一致,与Gen Bank中LLR参考株(L11595)同源性分别为99.9%和99.7%。与16株SGⅠ亚群RV代表株之间,核苷酸与推导的氨基酸序列同源性分别为84.0%~99.7%和97.0%~99.2%;与不同亚群RV代表株之间,VP6基因核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为77.7%~82.2%和92.2%~93.5%;LLR株各代病毒VP6基因核苷酸、氨基酸序列高度保守,各关键功能区未发生变异。结论 LLR疫苗株关键基因遗传特性稳定,为在分子水平保证LLR株毒种及其生产疫苗的安全性提供了依据;其全基因组克隆,为进一步研究RV生物学、免疫学和确定该病毒的分类学地位提供了科学依据。     

狂犬病疫苗株病毒aG株全基因序列测定及特征分析

对我国狂犬病疫苗生产株aG株进行全基因序列测定分析,为完善aG株毒种的质量控制提供数据支持。将aG株病毒全基因组RNA分成8段进行RT-PCR分段扩增,其中基因组5′末端采取5′RACE方法,将PCR扩增产物分别克隆入pGEM-T载体中,测定序列并拼接获得病毒全基因序列;用DNAStar软件包中的相应软件对基因全序列进行分析,并与国内外主要狂犬病疫苗生产株进行基因同源性分析和主要抗原位点比较。aG株病毒基因组序列全长11 925bp(GenBank登录号为JN234411),属基因Ⅰ型狂犬病病毒;各疫苗株生物信息学分析表明,各株病毒存在同源性差异。本研究获得了aG株病毒全基因组序列,对aG株基因特征进行了分析并将其与国内外疫苗株进行了比较,为完善其质量控制提供了参考和数据支持。     

肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子特性

为研究肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子基础,应用RT－PCR方法扩增并测定了A16株的M和S片段的序列,结果A16株M片段的全基因序列共3615个核苷酸,编码1133个氨基酸。S片段的全基因序列共1770个核苷酸,编码429个氨基酸。A16株M片段核苷酸全基因序列及其的氨基酸与HTN型毒株同源率为75.5%-90.3%和85.9%-97.1%,即A16与HTN同型毒株间的差异高达9.7%-24.3%和2.9%-14.1%,而与SEO型的同源率比较,核苷酸和氨基酸分别仅为70.2%-70.8%和73.4%-76.7%.S片段的序列同源率与M片段的结果相类似,即核苷酸和氨基酸的同源率与HTN型毒株分别为76.0%－905和92.1%-97.7%,与SEO型为67.0%-67.7%和81.7%-82.6%。结果显示,A16株虽然属于HTN型,但该毒株为HTN型病毒的新亚型病毒株。     

痘苗病毒天坛株全基因组结构特点的分析

通过我国痘苗病毒天坛株(疫苗株)全基因组核苷酸序列的测定,对痘苗病毒基因组的一级结构进行了详细的分析,发现天坛株全基因组由189274个碱基对和碱基组成,与其它痘苗病毒株相比,在病毒基因组旁侧区限制性内切酶Hind Ⅲ-C,B及中央区Hind Ⅲ-A片段出现多个DNA片段的缺失和新的DNA片段的插入,这些片段中编码的某些多肽目前已知与病毒的生物学性状有关,对阐明痘苗病毒疫苗株与非疫苗株毒力上的差别及正痘病毒属成员的致病机理等方面的研究提供了线索.除此之外,有关病毒启动子、开放读码框架的分布特点、G+C含量及密码子使用频率等基因组结构特点的分析,也为研究基因表达的调控机制和利用该病毒作为载体进行基因工程重组疫苗的开发奠定了基础.     

肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子特性

为研究肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子基础,应用RT-PCR方法扩增并测定了A16株的M和S片段的序列,结果A16株M片段的全基因序列共3 615个核苷酸,编码1 133个氨基酸.S片段的全基因序列共1770个核苷酸,编码429个氨基酸.A16株M片段核苷酸全基因序列及其推导的氨基酸与HTN型毒株同源率为75.5%～90.3%和85.9%～97.1%,即A16与HTN同型毒株间的差异高达9.7%～24.3%和2.9%～14.1%,而与SEO型的同源率比较,核苷酸和氨基酸分别仅为70.2%～70.8%和73.4%～76.7%.S片段的序列同源率与M片段的结果相类似,即核苷酸和氨基酸的同源率与HTN型毒株分别为76.0%～90%和92.1%～97.7%,与SEO型为67.0%～67.7%和81.7%～82.6%.结果显示,A16株虽然属于HTN型,但该毒株为HTN型病毒的新亚型病毒株.     

我国肾综合出血热疫苗生产株LR1株的基因组序列分析

为测定我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列,了解该株分子基础,从提纯的细胞总RNA逆转录PCR扩增,产物纯化后克隆T载体纯化后测序,结果证明,LR1株全基因组序列由L6533、M3616、S片段的1692个核苷酸组成,依各自读码框架分别编码21511、1135、429个氨基酸。序列同源比较分析表明,LR1毒株与国外HTN型毒株高度同源,属同一亚型,尤其与HTN代表株75－1183个片段同源率高达99．3％－99．8％,而与国内的HTN型病毒差异较大,同源率仅为79．4％－84．6％。氨基酸比较也显示了同样的结果。     

鸡传染性法氏囊病病毒超强毒上海株SH95基因组B片段的克隆与分子系统进化树分析

分离、纯化了鸡传染性法氏囊病病毒超强毒(vvIBDV)上海株(SH95)的病毒核酸dsRNA,应用随机引物将RNA反转录成cDNA,以此为模板一步扩增出全长基因组B片段,将其克隆入pGEM—T载体,并进行序列分析。克隆的B片段全长2827个核苷酸,其编码的氨基酸与超强毒株HK46的同源性达98．18％(863／879)。分子系统进化树分析表明,SH95超强毒株与美国变异株E的亲缘关系最近,但与基于基因组A片段的系统进化分析完全不同,表明该毒株在发生过程中基因重配比基因重组发挥了更重要的作用。通过对14株IBDV编码氨基酸序列的分析、比较,推测B片段上11个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。     

芜菁花叶病毒（广州油菜株）生化性质的研究

我们对芜菁花叶病毒广州油菜株(TuMV—G.Z)进行了生化性质的研究。结果表明,纯化的病毒外壳蛋白经10％SDS-聚丙烯胺酰胶电泳出,现一个组份,其分子量为1.4×10~4d;氨基酸组份分析表明,TuMV—G.Z外壳蛋白亚基由约107个氨基酸残基组成,其中包括1个色氨酸和5个酩氨酸;DNS—C1末端法测其N端,结果显示为苏氨酸,且其氨基是游离的。     

鸡减蛋综合征病毒（EDSV—76）基因组E1区结构特点分析

ＥＤＳＶ－７６病毒中国株ＡＡ－２经常规方法提取其病毒ＤＮＡ后,建立了限制性内切酶ＰｓｔＩ水解片段的全基因文库。对其中ＰｓｔＩ－Ｇ片段和ＰｓｔＩ－Ａ片段的正反链进行序列测定,获得ＥＤＳＶ Ｅ１区（０－８．８ｍ．ｕ）的核苷酸序列。经分析,ＥＤＳＶ Ｅ１区具有与其他腺病毒Ｅ１区类似的结构。以大于６０个氨基酸残基为标准,ＥＤＳＶ Ｅ１区共有７个开放读码框架（ＯＲＦ）,其中Ｒ１、Ｒ２、ＥｌｂｓＴ和Ｅ１ｂ１Ｔ     

IDENTIFICATION OF THE CYTOKININ ISOPENTENYLADENINE IN A STRAIN OF ARTHRONEMA AFRICANUM (CYANOBACTERIA)

Isopentenyladenine was isolated from a strain of the cyanobacterium Arthronema africanum (Schwabe et Simons) Komárek et Lukavský using a combination of biological and chemophysical techniques, including the soybean callus bioassay, cation exchange resin chromatography, paper chromatography, HPLC, and GC-MS. Positive identification of the major biologically active compound was achieved.     

甜菜增产菌P10菌株的鉴定

在新疆甜菜块根皮层内分离并筛选到对甜菜具有增产增糖作用的优化菌株Ｐ＿（１０）。通过形态培养征和生理生化特性研究,将该菌株鉴定为短小芽孢杆菌（Ｂａｃｉｌｕｓｐｕｍｉｌｕｓ）。     

鸡减蛋综合征病毒（EDSV—76）末端前体蛋白的基因结构分析

从中国发病鸡群中分离的鸡减蛋综合征病毒弱毒株ＡＡ－２,经常规方法提取其病毒核酸后,组建了完整的限制性内切酶ＰｓｔＩ及ＨｉｎｇⅢ水解片段的基因文库,并对其中ＨｉｎｄⅢ,－ＳａｃⅠ进行了序列测定。同源比较分析证明：其Ｌ链含编码病毒末端前体蛋白,容量为５８０个氨基酸残基的开放读码框架。     

一株产虾青素的黄杆菌CF—60的研究

从土壤中分离到一株黄杆菌（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐｐ）Ｃ(Ｆ－６０),该菌的生长需Ｍｇ２＋存在,ＭｇＳＯ４·７Ｈ２Ｏ的最适浓度为０．２％;蛋白胨是该菌株生长的最好氮源,它不能利用无机氮。种龄超过９６ｈ的菌体不能在新鲜培养基中生长。经５４ｈ的２Ｌ恒化器发酵,生物量达６．８ｇ／Ｌ,色素产量为１０．６ｍｇ／Ｌ。该菌产生的类胡萝卜素成分简单,主要成分的含量为９０．３％,该成分经初步鉴定是分子结构中含有羰基和羟基的虾青素。     

双孢蘑菇96．4菌株和单孢后代间的遗传变异

本文研究了野生双孢蘑菇菌株96．4（Agaricus bisporus)和它的10个单孢菌株的生长发育和遗传变异。研究表明,在菌株96．4和它的单孢菌株之间以及在10个单孢菌株之间在菌丝生速度和随机扩增多态DNA（RAPD）揭示的遗传变异等方面都存在着明显的变异。RAPD指纹揭示了96．4菌株通过有性生殖产生的丰富的生物学变异。     

PRODUCTION OF 7-DEOXY-OKADAIC ACID BY A NEW CALEDONIAN STRAIN OF PROROCENTRUM LIMA (DINOPHYCEAE)

7-Deoxy-okadaic acid and okadaic acid were identified as the major diarrhetic shellfish poisoning (DSP) toxins produced by a New Caledonian strain of Prorocentrum lima Ehrenberg. Dinophysistoxin-1 was not produced by this strain. The cellular concentrations of 7-deoxy-okadaic acid were about one tenth that of okadaic acid and were maximal (∼1.4 pg·cell ^{− 1}) during the stationary growth phase of batch culture. Autolytic hydrolysis of cell extracts did not increase the concentrations of 7-deoxy-okadaic acid, whereas okadaic acid production increased more than 4-fold, indicating that 7-deoxy-okadaic acid, unlike okadaic acid, is not directly derived from large sulfated precursors. 7-Deoxy-okadaic acid could be detected by liquid chromatography-selected reaction monitoring mass spectrometry, HPLC-fluorescence detection after derivatization with 9-anthryldiazomethane (ADAM), and inhibition of protein phosphatases. The solvent washes currently used for solid-phase clean-up of ADAM-derivatized DSP samples elute derivatized 7-deoxy-okadaic acid, indicating that the current sample clean-up protocol for HPLC-fluorescence detection would miss any contamination by this toxin.