加热对IgG结合DNA能力的影响

 加热对ＩｇＧ结合ＤＮＡ能力的影响梁俊峰,郑昌学（清华大学生物科学与技术系,北京１０００８４）聚集免疫球蛋白Ｇ（ＡｇｇｒｅｇａｔｅｄｌｇＧ）是指在某些条件（如温度、自由基等）影响下,ＩｇＧ自身聚集所形成的ＩｇＧ的多聚体．聚集不仅影响ＩｇＧ的免疫反应活性...     

HPV-2E2蛋白(A338V)突变体对E2蛋白DNA结合能力增强的研究

HPV-2是引起皮肤寻常疣的常见HPV型别,病毒E2蛋白可抑制病毒早期启动子的活性。我们曾经报道来自一例巨大寻常疣患者的HPV-2突变E2蛋白对病毒早期启动子活性的抑制作用明显减弱,该E2蛋白在其C末端的DNA结合区域带有A338V的点突变。本研究利用原核表达系统表达纯化了突变E2(A338V)和HPV-2原毒株的羧基端和全长蛋白。电泳迁移率实验结果显示,E2蛋白可与带有E2蛋白特异性结合位点的寡核苷酸探针形成复合物,突变E2蛋白比原毒株E2蛋白的DNA结合能力强。这提示DNA结合能力的增强可能为E2蛋白对病毒启动子活性影响的分子基础,与患者出现罕见巨大寻常疣这一临床表型关联。     

加热灭活病毒的静脉注射免疫球蛋白的研究

<正>静脉注射免疫球蛋白(IVIG)的研究已有30多年的历史,能够大量供临床应用还是近十几年的事情。自1987年以来,我国的IVIG研究发展很快,已有较大规模生产条件问世,并已在加紧研究灭活病毒的新工艺。IVIG的出现,为需要大剂量注射免疫球蛋白的病人带来了许多好处和方便。但随之也不断出现因输注IVIG而发生非甲非乙肝炎的报导。近年来,日本学者致力于灭活病毒的IVIG-IH生产研究,并取得了成功。我有幸在1991年春赴日学习该技术,在导师指导下进行了VIG的提取及质量分析研究,现将结果介绍如下:     

三链DNA的形成抑制DNA结合蛋白与启动子的结合

电泳迁移分析方法及DNaseⅠ足迹实验表明21nt脱氧寡核苷酸G3TG2T GT2G5TG2TGT(CP1)与乙肝病毒(HBV)核心启动子(Cp)片段之间三链DNA的形成有较高的特异性及稳定性.凝胶滞留实验显示, 在大鼠肝细胞核提取物体外转录系统中, CP1可特异地抑制DNA结合蛋白与Cp片段的结合, 而不能与Cp结合形成三链DNA的脱氧寡核苷酸CP3(TGTG2TG5T2GTG2TG3)对蛋白与Cp的结合并无抑制作用.这些结果表明, 三链DNA的形成有可能抑制HBV DNA的转录.     

哺乳动物转录因子DNA结合谱

基因差异表达是生物发育和对刺激作出应答的分子基础,转录因子在这种基因差异表达中发挥着重要的调控作用。因此,要弄清楚转录因子调控基因差异表达的机理,就必须鉴定出它们全部的靶基因并构建其操纵的转录调控网络。对基因组DNA的序列特异性结合是转录因子调控基因转录的关键环节,因此,要鉴定转录因子的靶基因,就必须从它们与DNA相互作用的分子水平,鉴定它们能够识别并结合的全部DNA序列,即转录因子DNA结合谱。近年来随着DNA微阵列芯片和高通量DNA测序技术的产生和快速发展,出现了建立转录因子体内及体外DNA结合谱的一系列革命性的新技术,对该领域的研究带来重大影响。这些新技术主要包括建立转录因子体内DNA结合谱的染色质免疫沉淀-芯片技术(ChIP-chip)和染色质免疫沉淀-测序技术(ChIP-Seq),以及建立转录因子体外DNA结合谱的双链DNA微阵列芯片技术(dsDNA microarray)、指数富集配体系统进化-系列分析基因表达技术(SELEX-SAGE)、结合-n-测序技术(Bind-n-Seq)、多重大规模并行SELEX技术(MMP-SELEX)、凝胶迁移实验-测序技术(EMSA-Seq)和高通量测序-荧光配体互作图谱分析技术(HiTS-FLIP)。文章将对这些新技术做一综述。     

应用生物膜干涉技术检测鱼腥藻HetR结合靶DNA的亲和力

正鱼腥藻PCC7120是一种固氮丝状蓝藻,当环境中化合态氮源充足时,其藻丝只有进行光合作用的营养细胞;在环境中缺乏可利用的氮源时,部分营养细胞会在藻丝上以一种半规律的格式分化成异形胞(异形胞间隔约10个营养细胞),从而进行固氮作用。早在1984年,Wolk实验室通过与大肠杆菌接合转移的方式,成功地将穿梭质粒转入鱼腥藻PCC7120,建立了遗传转移系统~([1])。在2001年,日本Kazusa研究中心完成了对鱼腥藻PCC7120全基因组测序~([2])。有规律的细胞分化格式,成熟的遗传转移系统以及完整可用的基因组序列使得鱼腥藻PCC7120     

以猪IgG重链恒定区为抗原载体的抗口蹄疫病毒DNA疫苗的研制

口蹄疫(Foot-and-Mouth Disease, FMD)是当今世界上最为严重的家畜传染病之一,主要危害猪、牛、羊等偶蹄动物.FMD的致病原为FMD病毒(FMDV),属小RNA病毒科口蹄疫病毒属,有A、O、C、SATⅠ、SATⅡ、SATⅢ及AsiaⅠ共7个血清型.FMDV结构较简单,完整的病毒颗粒由4种结构蛋白VP1、VP2、VP3及VP4各60个拷贝构成的衣壳包裹一条单股正链RNA组成,其中VP1是主要的抗原蛋白[1].     

鉴定免疫细胞中DNA疫苗结合蛋白

为研究DNA疫苗从细胞质到细胞核的过程,对免疫细胞中DNA疫苗的结合蛋白进行初步鉴定。 提取小鼠脾脏免疫细胞的细胞质蛋白,将细胞质蛋白分别与 DNA 疫苗 pVAX-OVA 和空载体 pVAX 共孵育,孵育后首先由琼脂糖凝胶电泳分离与DNA结合的蛋白,然后通过SDS-PAGE进行分离和纯化,最后应用质谱技术分析其蛋白组分。质谱结果初步鉴定了免疫细胞中pVAX-OVA 结合的蛋白有IQ motif containing F4 等。免疫细胞中与 pVAX 结合的蛋白有Foxl2,SUV420H2 和 gamma actin 等。Foxl2具有核定位序列,DNA结合区域和与核转运蛋白相互作用的特点,可能对DNA疫苗的进入具有促进作用。这些蛋白质是否可以影响DNA疫苗有效进入细胞核进行基因表达需要进一步研究。     

DNA与蛋白质结合的荧光测定

构建了插入λ阻抑蛋白（Ｒｅｐ）的操纵基因（ＯＲ）和ＢｇｌⅡ识别位点的ＰＢＲ３２２重组质粒。阻抑蛋白与该质粒的相互作用可用ＢｇｌⅡ对它的水解作用引起的ＥＢ荧光变化来研究。在Ｅ．ｃｏｌｉ中表达的Ｒｅｐ表现了与该重组质粒结合的活力。核苷酸序列具精确二重对称性的ＯＲ（ＯＲｃｏｎｓ）对Ｒｅｐ的亲和力比天然的ＯＲ１小。     

DNA的核骨架结合序列（MARs）研究进展

核骨架结合序列(Matrix-associated Reg-ions,MARs)是存在于真核细胞染色质中的一段与核骨架特异性结合的DNA序列。它常常位于基因的侧翼区内,与一些调控因子相邻;序列具有A-T丰富的特点,而且常常含有拓扑异构酶Ⅱ的酶切位点。近年来的研究表明MARs参与了细胞的许多重要的生命活动,包括染色质的组装,基因的复制和表达。因此,MARs被认为是一种决定染色质结构性和功能性区域的新的顺式调控因子。本文对MARs的特点,生物学功能以及研究方法等方面的最新进展进行了阐述。     

山羊精子结合和内化外源DNA的特征及影响因素

外源DNA与精子相互作用后的定位及内化率是精子载体法制备转基因动物的关键环节.实验以标记的DNA片段为示踪材料,就精子与外源DNA相互作用的基本特征及影响因素进行了研究.结果表明:山羊精子可自发性结合外源DNA,外源DNA最初结合于顶体后区质膜外表面,随后部分内化进入细胞内.精子对外源DNA的结合和内化能力随供体的不同而差异明显,在实验所检查的35只公羊中,结合率(DNaseⅠ消化前)波动于4.6%～62.4%,内化率(DNaseⅠ消化后)波动于2.1%～53.8%,个体间差异显著(P<0.01).对于同一供体的精子而言,阻止DNA结合的最主要因素是精浆,与射出的原精液相比,洗涤后精子的结合率和内化率分别提高了3倍和5倍;其次精子获能也将导致结合率和内化率降低(P<0.01).死精子不能完成外源DNA的内化过程,但反复冻融导致质膜破裂的死精子具有更高的结合率,而且阳性率与动物个体无关.上述结果提示,筛选合适的精子供体,采用优化的转染处理方法是提高精子载体方法效率的前提和保证.     

利用序列比较寻找胰岛素基因表达启动区与DNA结合蛋白的结合位点

NDFl、IPFl和HNF4是与胰岛素基因表达有关的DNA结合蛋白,通过比较SWISSPROT蛋白质数据库中人类、小鼠、大鼠这三种核蛋白氨基酸一级序列、模体和结构域,发现其结构十分相似,根据蛋白质结构和功能的关系,推测这些DNA结合蛋白与胰岛素基因结合的核苷酸序列相似;从GenBanl(核酸数据库中获得人类、小鼠、大鼠胰岛素DNA序列,用ClustalW比较三者Promoter区的核苷酸序列,显示有一段核苷酸序列较为相似,同时搜索TRANSFAC基因转录数据库中NDFl、IPFl和NHF4蛋白核苷酸结合位点,发现核酸比对保守的部分序列与TRANSFAC数据库中这三个转录因子的DNA结合位点一致,另外一些核酸保守序列可能为其他未知DNA结合蛋白的结合位点。这种核酸序列比对设计为分子生物学实验寻找和验证胰岛素DNA结合蛋白与核苷酸的结合位点提供了简单而实用的方法。     

dsDNA芯片的DNA结合蛋白质计算机模拟系统

dsDNA芯片(double-stranded DNA microarray)是用于DNA结合蛋白质表达研究的新技术,应用一种新的dsDNA芯片制作方法,研究了dsDNA探针设计,开发了相应的计算机模拟系统—DBP软件。可实现芯片上dsDNA探针的选取以及DNA结合蛋白质检测的实验过程模拟,功能包括模拟酶切、模拟电泳、模拟杂交等实验环节。DBP系统包括了可以不断完善的DNA结合蛋白质数据库。对研究dsDNA芯片,检测和分析在生物 体中DNA结合蛋白质的表达谱,揭示细胞的分化和凋亡、信号转导、DNA转录调控的分子机制有重要意义。     

极端嗜热古菌——芝田硫化叶菌DNA结合蛋白Ssh12对DNA超螺旋的影响

通过SPSepharose,DNA纤维素和磷酸纤维素等柱层析 ,从极端嗜热古菌———芝田硫化叶菌 (Sulfolobusshibatae)中纯化得到分子量为 11.5ku的DNA结合蛋白Ssh12 .Ssh12约占细胞总蛋白的 4% .该蛋白既能与负超螺旋DNA也能与松弛DNA结合 .利用含单切刻环状DNA进行的切刻闭合分析表明 ,Ssh12在与DNA结合时能够固定负超螺旋 .这种能力在室温 ( 2 2℃ )下很弱 ,而在 3 7℃以上则大大增强 .Ssh12的细胞内含量和固定负超螺旋的能力提示 ,该蛋白对于芝田硫化叶菌染色体DNA的组织以及热稳定性起着重要作用 .     

链球菌G蛋白IgG结合域（GBx）的融合表达及其IgG结合活性的比较分析

链球菌G蛋白的IgG结合域能够特异性地结合IgG 的Fc区,是制备免疫微阵列的一种理想的IgG固定材料。克隆表达了具有IgG结合活性的3种IgG结合域的GST融合蛋白（GST-GBx）,该3种蛋白分别含有1个、2个和3个IgG结合域。采用ELISA对三蛋白IgG结合能力进行了比较分析。结果表明在含B-Domain的量相同的情况下,GST-GB3蛋白固定IgG的量最多,其次为GST-GB2,GST-GB1最弱;对IgG的灵敏度也是GST-GB3最强,GST-GB1最弱,提示GST-GB3固定IgG的能力较其他两蛋白具有明显优势。