网络药理学和分子对接技术研究桑黄类真菌对疾病的潜在作用机制

桑黄类真菌是一类极具研究价值的药用真菌。近年来,对于桑黄类真菌的研究,多集中于对某一个物种的成分及药理活性的研究,系统比较桑黄类真菌中成分及药理活性的研究较少。本研究利用网络药理学和分子对接技术从理论上初步探讨了5种桑黄类真菌中化合物与疾病之间的分子作用机制。研究结果表明5种桑黄类真菌(栎木桑黄Sanghuangporus quercicola、鲍姆桑黄Sanghuangporus baumii、粗毛纤孔菌Inonotus hispidus、裂蹄木层孔菌Tropicorus linteus、黑盖木层孔菌Phellinus nigrians)中的39种有效成分,对应潜在靶点588个。KEGG通路富集筛选得到165条通路,分析结果发现这39种化合物的靶点主要分布在与炎症、糖尿病、肝癌、阿尔茨海默病和衰老相关的信号通路上。筛选出桑黄类真菌中抗病的潜在靶点共486个,构建抗病靶点的蛋白互作(PPI)网络,并筛选出LCK、STAT3、PTPN11、STAT1、STAT5B、MAPK1、JAK1、MAPK3、JAK3和JAK2作为关键靶点,构建5种桑黄类真菌-化合物-关键靶点-5种疾病的网络互作图,并进行分子对接验证。筛选出的桑黄类真菌中的12个有效成分均可与这些关键靶点产生相互作用,其中酚类化合物居多,此外二萜类化合物异海松酸与MAPK1结合能力最强。因此,5种桑黄类真菌可以通过多种化合物、多种靶点和多种途径起到抗病的作用,本研究为探索桑黄类真菌治疗和预防疾病潜在机制提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨冬虫夏草治疗肾纤维化的潜在作用机制

为了探究冬虫夏草治疗肾纤维化的分子机制,本研究运用网络药理学方法筛选出冬虫夏草抗肾纤维化的活性成分、潜在作用靶点及相关信号通路,并对关键的化合物和靶点进行分子对接。结果表明,冬虫夏草共有22个化合物和364个潜在靶点参与治疗肾纤维化,蛋白互作（PPI）分析出IL-6、TNF-α、MAPK3、EGFR、SRC、CASP3和MAPK1等关键潜在靶点,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路。分子对接结果显示,冬虫夏草治疗肾纤维化过程中,其核心化合物金色酰胺醇酯、啤酒甾醇、酒渣碱、花生四烯酸、11,14-二十碳二烯酸分别与PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD、MAPK1、MAPK3、RELA等具有良好的结合性能。分析结果显示,冬虫夏草具有通过多成分、多靶点、多通路减缓肾纤维化的潜力,为其抗肾纤维化临床使用提供了一定的依据。     

基于网络药理学和分子对接探析槲皮素对抑郁的作用机制

应用网络药理学及分子对接技术探究槲皮素治疗抑郁的潜在机制。从SwissTargetPrediction、Superpred数据库中筛选出“槲皮素”相关靶点;从OMIM、Genecards数据库中筛选出“抑郁”的相关靶点。通过Jvenn获得二者的共同蛋白质靶点信息后,使用Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并对hub基因进行筛选。使用David平台对相同靶点进行GO、KEGG等富集分析。最后采用分子对接技术进行准确性检验。PPI网络中共有103个节点,536条边,其中SRC、MTOR、EGFR、AKT1、PTK2等靶点度值排名较高。GO、KEGG富集分析结果表明,槲皮素对抑郁的作用主要涉及凋亡过程的负向调节、信号转导、蛋白磷酸化反应等生物学过程。信号通路主要包括HIF-1、ErbB、磷脂酶D信号传导、神经营养素信号传导等。分子对接结果显示SRC、MTOR、AKT1等靶点与槲皮素结合程度较好,且在KEGG通路中富集。揭示了槲皮素作用于抑郁的潜在靶点及机制,以期望研制出治疗抑郁症新药物。     

基于网络药理学和分子对接探讨苓桂术甘汤治疗冠心病的作用机制

苓桂术甘汤是出自伤寒论的经典名方,临床上对治疗冠心病(coronary heart disease,CHD)具有显著疗效。由于苓桂术甘汤复杂的分子组成和多样的药学活性,且关于其治疗CHD的基础理论研究较少,目前苓桂术甘汤治疗CHD的作用机制和靶点尚未完全阐明。本文采用网络药理学的研究方法探索苓桂术甘汤治疗CHD的作用机制,并利用分子对接验证药物效应分子与靶点间的相互作用。本文通过TCMSP数据库获取苓桂术甘汤中103个有相关靶点信息的活性成分及对应靶点,通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取4 618个CHD相关靶点蛋白。将苓桂术甘汤与CHD的交集靶点导入到Cytoscape3.9.1软件中构建“苓桂术甘汤-活性成分-CHD作用靶点”网络,并利用STRING数据库获取交集靶点相互作用关系,筛选出AKT1、TP53、STAT3等核心靶点并绘制PPI网络。利用交集靶点在David数据库中进行GO和KEGG富集分析发现,苓桂术甘汤通过调控细胞凋亡、细胞增殖、血管生成、胆固醇代谢、炎症反应以及对脂多糖、缺氧、肿瘤坏死因子的响应等生物学过程和AGE-RAGE、脂质与动脉粥样硬化...     

基于网络药理学和分子对接探讨金钱草治疗痛风的作用机制

本研究采用网络药理学和分子对接方法探讨金钱草治疗痛风的作用机制.通过检索TCMSP、TCMID、ETCM、Sym-Map、BATMAN-TCM数据库,并在PubMed、中国知网、万方数据库进行文献挖掘,获取金钱草活性成分;通过GeneCards、TTD、OMIM和DisGeNET数据库收集痛风靶点,并将活性成分靶点与疾...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡疏肝散治疗肝血管瘤的作用机制

肝血管瘤是常见的良性肿瘤之一,临床上常采用柴胡疏肝散进行治疗,但其具体的作用机制仍是未知的。本研究利用网络药理学和分子对接方法,通过成分-靶点网络图分析得出关键靶点和成分信息,对关键靶点和成分进行分子对接,获得相应分子对接图谱,并探讨其作用机制。结果显示,共获得柴胡疏肝散活性成分142个,相对应靶点269个,肝血管瘤疾病靶点351个,两者共同交集靶点61个。基因本体（GO）功能富集有184条生物学过程,主要涉及转录因子活性、DNA结合及转录的正向调控。京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析筛选得到138条信号通路,主要涉及PI3K-Akt、乙型肝炎、MAPK、AGE-RAGE等信号通路。分子对接结果显示,AKT1蛋白与活性成分β-谷甾醇结合稳定,VEGFA蛋白与活性成分槲皮素和异鼠李素均结合稳定,ESR1和MAPK3分别与β-谷甾醇和柚皮素结合稳定。柴胡疏肝散可能是通过槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、山柰酚和柚皮素等活性成分作用于STAT3、AKT1、VEGFA、ESR1、MAPK3等靶点的,通过诱导血管新生、保护血管和肝细胞的活化等发挥治疗肝血管瘤的作用,这为临床上应用柴胡疏...     

基于网络药理学的玫瑰花潜在药理及保健作用机制

基于网络药理学探讨药食同源玫瑰花的有效化合物及其潜在药理及保健作用机制。利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)和蛋白质相应作用平台(STRING),过滤玫瑰花的有效化合物及对应作用靶点;运用Cytoscape 3.7.0软件建立并分析玫瑰花有效化合物-作用靶点网络;利用STRING数据库平台和Cytoscape 3.7.0软件建立并分析玫瑰花有效化合物作用靶点PPI网络;利用Bioconductor对作用靶点进行生物功能注释(GO)和KEGG通路富集分析。结果显示:玫瑰花中的番茄红素、Rubixanthin、Rugosin A、β-谷甾醇、豆甾醇、Cyanine、维生素E、去甲氧基茵陈色原酮、β-胡萝卜素和槲皮素10个有效化合物可能通过AGE-RAGE、TNF、IL-17和HIF-1等161条信号通路作用于PTGS2、NCOA2、PTGS1、BCL2、CASP9、JUN、CASP3和CASP8等154个作用靶点,发挥抗氧化、抗肿瘤、抗炎、抗病毒、免疫调节和保肝等药理作用以及降糖、降脂、抗衰老及改善皮肤等保健功能。玫瑰花发挥药理及保健作用具有多成分、多靶点和多途径的特点,研究结果可为玫...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗特发性肺纤维化的分子机制

本研究旨在以黄芪活性成分为切入点,基于网络药理学及分子对接研究黄芪治疗特发性肺纤维化的分子机制.首先,通过TCMSP筛选黄芪的活性成分;利用Swiss Target Prediction预测黄芪化学成分潜在靶点;使用Gene-Cards和CTD筛选出特发性肺纤维化的相关基因,交集获得黄芪治疗特发性肺纤维化的潜在靶点,对...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗病毒性心肌炎的作用机制CSCD

本文基于网络药理学方法探讨黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用机制。通过TCMSP数据库和疾病数据库,分别检索并筛选得到黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用靶点,利用Cytoscape 3.7.1构建“黄芪活性成分-病毒性心肌炎-靶点”网络、蛋白互作网络,然后利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Sybyl-X 2.0对重要黄芪活性成分和靶点进行分子对接。结果表明,黄芪活性成分22个,关键靶点97个,共涉及1327个生物学过程,29个细胞组分,66个分子功能及90条信号通路。分子对接结果显示异微凸剑叶莎醇与TP53结合最好。本研究初步探讨了黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用靶点及重要信号通路,为后续提供了新的思路。     

基于网络药理学和分子对接探索桑白皮治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

本研究运用网络药理学和分子对接方法对中药桑白皮治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的活性成分、潜在作用靶点和信号通路进行研究,探索桑白皮治疗DPN的可能作用机制。首先从中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出桑白皮的活性成分及靶点基因。通过GeneCards数据库及OMIM数据库筛选出DPN的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-靶基因-疾病"中药调控网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。运用R语言对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。其次从活性成分及靶点基因中根据degree值筛选出前3个关键成分,并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前3个核心靶点,然后从RCSB数据库下载相关蛋白的结构,使用Pymol软件去除溶剂分子与配体,使用AutoDock软件进行分子对接。最后通过酶联免疫吸附实验和荧光光谱实验验证网络药理学富集分析的结果。最终预测到31个桑白皮活性成分,312个活性成分相关靶点,120个桑白皮-糖尿病周围神经病变共同有效靶点。活性...     

基于网络药理学和分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制

基于网络药理学及分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制。利用中药系统药理学平台,结合文献报道,获取清震汤中3味中药的活性成分和作用靶点,借助UniProt数据库对靶点蛋白名称进行规范。通过DrugBank、GeneCards等数据库获取偏头痛相关靶点。运用在线Venny作图平台,得到清震汤治疗偏头痛的潜在作用靶点。通过STRING平台构建潜在靶点PPI网络,将所得蛋白互作信息导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因,运用DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析,采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-通路”调控网络并进行拓扑分析,使用Autodock软件进行分子对接验证。网络药理学分析结果显示,清震汤中治疗偏头痛可能与槲皮素、山奈酚、豆甾醇等40个化学成分有关,IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等为关键靶点。富集分析得到GO条目436条,KEGG通路92条,主要涉及TNF信号通路,神经信号传递通路等。分子对接结果显示,上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。该研究初步表明,清震汤中多种活性成分通过作用于IL6、CXCL8、TNF、PT...     

银杏叶黄酮的乙醇提取方法研究

研究了银杏叶总黄酮含量的季节悸变化规律及利用乙醇提取银杏叶黄酮的方法,结果表明,根据银杏叶在一年生长间总黄酮含量确定银杏叶最佳采收时间为8－9月份,通过单因素试验和正交试验,确定乙醇提取银杏叶总黄酮的最佳条件为：银可中粉碎至50－60目,以70％乙醇按照液固比6：1的比例,于80℃条件下提取2次,每次1h,银杏叶总黄酮提取率可达87．6％。     

银杏叶黄酮提取方法比较

比较不同溶剂提取银杏（ＧｉｎｋｇｏｂｉｌｏｂａＬ．）叶黄酮类化合物的提取效率,从成本效益角度考虑,以７０％乙醇作为提取溶剂更为有利。在分级沉淀中,黄酮含量与蛋白质含量呈正相关,在乙醇提取液中黄酮和蛋白质含量最高;蛋白质的存在有助于提高黄酮的溶解度。乙醇提取液用饱和（ＮＨ４）２ＳＯ４浓缩两次,可使醇相中的黄酮沉淀析出。根据试验结果,提出了银杏叶黄酮的优化提取方法。     

银杏叶中聚戊烯醇含量及其季节性变化

银杏 (ＧｉｎｋｇｏｂｉｌｏｂａＬ .)叶中聚戊烯醇 (ｐｏｌｙｐｒｅｎｏｌｓ)含量较高[1] ,聚戊烯醇在人体中是多萜醇的中间体[2 ] ,对细胞膜糖蛋白生物合成具有重要作用[3 ] ,用于多发性硬化症 (痛风 ,红斑狼疮等 )等免疫功能疾病、糖尿病、慢性肝炎及肿瘤病人化疗的辅助治疗     

银杏叶单组分双黄酮分离制备及抗氧化活性研究

从银杏叶中分离制备高纯度双黄酮对照品,探讨其抗氧化活性强弱。以60%乙醇-水提取的银杏叶浸膏为原料,反溶剂沉淀得到含量80.40%的双黄酮粗品,再以甲醇-水为流动相,半制备色谱梯度洗脱。结果得到了4种符合中药化学对照品要求的高纯度双黄酮,在最佳制备条件下,4种双黄酮纯度:阿曼托黄素(98.45%)、白果素(98.66%)、银杏黄素异构体(98.87%)、金松双黄酮(99.29%),其产率(mg/kg)分别为:22.5、23.8、192.5、71.8,考察了它们的抗氧化活性,并采用60%乙腈和有机酸水溶液对银杏黄素异构体进行了完全分离。建立的制备方法快速简便,所得单组分双黄酮纯度、产量高。本工作为单组分银杏双黄酮新药的研究与开发提供重要的技术支持。     

银杏分子技术的研究进展

综述了近些年来分子技术在银杏研究中的应用情况,对银杏的遗传多样性、进化地位、品种鉴别、遗传连锁图谱、雌雄鉴别及其它相关研究进展进行了介绍,并对当前研究中存在的问题和今后的发展方向作了进一步探讨。     

基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨朱茯苓用于失眠的作用机制

为探讨朱茯苓治疗失眠的可能作用机制,通过TCMSP、BAT-MAN、TCMID和STITCH数据库以及文献挖掘筛选朱茯苓的活性成分及潜在靶点,利用TTD、OMIM、GeneCards和CTD数据库获取失眠类疾病的相关靶点,采用Cyto-scape软件和String数据库构建活性成分-靶点网络和靶点蛋白相互作用网络,通过...     

银杏叶多酚的机械力辅助提取及其体外抗氧化活性研究

为优化银杏叶多酚提取工艺,通过单因素试验考察填充率、球磨转速、球磨时间、乙醇浓度、料液比、提取温度、提取时间七个因素对机械力辅助提取银杏叶多酚得率的影响,以银杏叶多酚得率为响应值,采用Box-Benhnken三因素三水平响应面设计优化工艺,同时比较了4种提取方法对银杏叶多酚提取得率和抗氧化活性的差异。结果表明,机械力辅助提取银杏叶多酚的最佳工艺条件为:填充率26%、球磨转速为400rpm、球磨时间为15min。在此条件下,银杏叶多酚的得率为7.33%。机械力辅助乙醇提取银杏叶多酚得率低于碱水提取法,但是抗氧化活性高于碱水法提取的银杏叶多酚;抗氧化活性与乙醇回流法提取的银杏叶多酚相当,但是提取得率高于乙醇回流法。此提取工艺高效可行,具有一定的参考价值。