猕猴桃模板DNA的提取及RAPD-PCR最佳反应体系的建立

以改良CTAB法从猕猴桃叶片中制备模板DNA ,优化了PCR热循环参数 ,建立了RAPD PCR扩增的最佳反应体系。实验结果表明 ,CTAB提取液中EDTA组分的浓度对模板提取影响很大 ,其最适浓度为 80mmol/L ;用异丙醇沉淀后不经乙醇洗涤纯化的DNA不会影响扩增效果。PCR热循环参数为 :94℃预变性 5min ;94℃变性 1min ,37℃退火 1min ,72℃延伸 2min ,循环 4 0次 ;最后在 72℃延伸 6min。     

西伯利亚蝗基因组DNA提取及RAPD分析条件的优化

以西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus(L.)为研究材料,利用改良的SDS法提取高质量的DNA,分别测试了dNTP浓度、镁离子浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA的量等因素对反应结果的影响。通过各因子的组合比较,建立了西伯利亚蝗RAPD优化体系:25μLPCR反应体系,10×buffer2·5μL;dNTP0·24mmol/L;MgCl22·0mmol/L;Taq DNA聚合酶1U;DNA模板45ng;引物30ng。扩增程序为:94℃预变性1min45s、94℃变性30s、35℃退火1min30s、72℃延伸2min,45个循环、72℃延伸10min。结果表明,利用优化的反应条件进行西伯利亚蝗基因组DNA分析,实验有着良好的重复性和稳定性。     

竹黄菌基因组RAPD分子标记体系的建立

目的：建立随机引物扩增多态性DNA（RAPD）分子标记体系,为研究华东地区不同地理居群竹黄菌Shiraia bambusicola的遗传多样性奠定基础。方法：应用SDS法提取竹黄菌基因组DNA,并优化影响RAPD反应的条件因素。结果：竹黄RAPD的最佳反应体系为：25μlPCR反应体积,10×PCR缓冲液2.5μl,1.0UTaq酶,50ng模板DNA,2mmol/LMg2＋,0.2mmol/LdNTPs,0.4μmol/L随机引物。PCR循环程序为：94℃预变性4min,然后,94℃变性1min,38℃退火70s,72℃延伸90s,40次循环,最后72℃延伸6min,12℃保存。结论：建立了竹黄菌Shiraia bambusicola的最佳RAPD分子标记体系,可获得良好的竹黄菌RAPD指纹图谱。     

塔里木盆地荒漠区柽柳属植物总DNA提取及RAPD体系优化

本研究以干旱荒漠盐生植物柽柳的幼嫩叶片为实验材料,探究摸索其总DNA的提取方法与RAPD-PCR的反应体系及扩增条件。结果表明,改良CTAB-高盐沉淀法较好地提取出了柽柳植物的总DNA,其产量、质量均有明显提高,比较适合于多数柽柳属植物的DNA提取;同时,通过单因素试验比较优化筛选出了适合于柽柳植物RAPD分析的最佳的PCR反应体系与扩增条件,其25μL的反应体系中包含有Mg2+=2.5 mmol/L、d NTPs=0.25 mmol/L、引物=0.30μmol/L、Taq DNA聚合酶=1.5 U、模板DNA=200 ng;其最适扩增条件为95℃预变性4 min,94℃变性30 s、36℃退火40 s、72℃延伸1 min、40个循环;最终在72℃下延伸10 min,4℃下保存;另外,通过6条多态性引物的扩增效果证实该优化体系比较稳定,扩增条件比较合适,能够满足多数柽柳植物分子多态性的检测要求。     

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性（RAPD）扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg^2＋、dNTPs、引物和Tap DNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好：20μL反应体系中使用20-40ng的模板、1．5-2．0mmol／L的Mg^2＋、0．15＋0．20μmol／L的dNTPs、0．15-2．0μmol／L的引物、1．0U的Taq DNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、360℃ 1min、720℃ 1．5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。     

米心水青冈基因组DNA提取及RAPD反应体系优化

采用4种方法对米心水青冈基因组DNA进行提取,通过比较得出改良CTAB法提出的DNA纯度较高,能够达到扩增要求,因此采用此方法用于正式DNA的提取。适合米心水青冈的RAPD反应体系为：反应体积为25 μL,模板DNA40 ng,引物0.8 μmol·L^-1,Taq聚合酶1.25 U,Mg²⁺浓度2.0 mmol·L^-1,dNTP浓度0.16 mmol·L^-1。适合米心水青冈RAPD扩增程序： 94℃预变性3 min,一个循环,94℃变性30 s,37℃退火1 min,72℃延伸2 min,45个循环。     

土壤微生物RAPD分析体系的优化研究

采用正交实验设计,对影响土壤微生物RAPD扩增体系的Mg2+、dNTP浓度及引物浓度进行了研究,同时对退火温度、延伸时间及循环次数进行摸索。结果表明,适宜土壤微生物PCR扩增反应在25μl体积中进行,包括7ng土壤微生物DNA样品、20pm随机引物l、.5uTaq酶、3.0mmol.L-1Mg-CL2和0.2mmol.L-1dNTP。PCR扩增反应进程如下:94℃3min,使土壤DNA变性;然后再进行39个循环,每个循环包括94℃1min,37℃40s,72℃90s,结束后72℃延伸7min。     

突托蜡梅ISSR引物反应条件的优化与筛选

为从突托蜡梅(Chimonanthus grammatus)叶片中提取高质量的总DNA,比较了CTAB法、改良的CTAB法、SDS法、高盐低pH值法、SDS-CTAB法、SDS-蛋白酶K法.结果表明:改良的CTAB是提取突托蜡梅基因组DNA的有效方法.以U811(GA)8C为引物,确立了适合突托蜡梅的ISSR反应体系:在20 μL反应体系(50 ng DNA、0.6 μmol/L引物、1.5 mmol/L Mg2 、0.15 mmol/L dNTPs、2.0 U Taq DNA聚合酶)中,反应程序为:94℃预变性5 min、94℃变性1 min、57.2℃退火45 s、72℃延伸2 min,循环40次,最后于72℃延伸5 min.用来自不同居群的7个个体,以100个ISSR引物进行PCR扩增,筛选出了扩增效果较好的10个引物,得到了74个位点,其中39个为多态位点,多态性位点比例为52.7%.     

冬瓜和节瓜DNA提取及RAPD反应体系优化

以8份冬瓜和节瓜为材料,采用改良CTAB法提取基因组DNA,采用正交试验设计,对冬瓜和节瓜RAPD条件进行了优化,建立了最佳反应体系:25μL反应体系中含1×buffer,模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq酶的浓度分别为20 ng、2.0mmol/L、0.24 mmol/L、0.3μmol/L和1.0 U。PCR扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,36.9℃退火45 s,72℃延伸1.5min,共40个循环;72℃延伸10 min,12℃保存。     

红锥基因组RAPD反应体系的建立和优化

以红锥(Castanopsis hystrix A.DC.)嫩叶为材料,应用改良的CTAB方法成功提取了红锥基因组DNA,并对影响随机扩增多态DNA(RAPD)反应的各因素进行了优化,建立了红锥RAPD的优化反应体系及程序.在25μl反应体系中,模板DNA 0.8 ng μl-1,10×Buffer 2.5 μl,Mg2 2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.8 U,dNTPs 0.35 mmol/L,随机引物S42 0.28 μmol/L.PCR循环程序为:94℃预变性3 min,然后94℃ 30 s,39℃ 1 min,72℃ 2 min,35个循环,最后72℃延伸10 min,4℃保存.     

正交设计优化紫萼藓科植物的ISSR-PCR反应体系

目的:建立紫萼藓科(Grimmiaceae)植物ISSR-PCR反应的最佳体系。方法:通过L16(45)正交试验,研究了dNTP浓度、镁离子浓度、模板DNA浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度这5个因素在4个水平上对ISSR-PCR的影响。结果:建立了紫萼藓科ISSR-PCR反应的最佳反应体系,其中dNTPs浓度为0.8mmol/L、Mg2+浓度为3.0mmol/L、模板为15ng、引物浓度为1.4μmol/L、Taq酶量2U,总体积为25μl。反应程序为:扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性30s,48～52℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环;72℃延伸10min;4℃保存。采用引物UBC812等均能够得到有效扩增。结论:该优化体系的建立为下一步对紫萼藓进行ISSR分子标记奠定了基础。     

Development of an optimized random amplified polymorphic DNA protocol for fingerprinting of Klebsiella pneumoniae

Aims:  To develop an optimized random amplified polymorphic DNA (RAPD) protocol for fingerprinting clinical isolates of Klebsiella pneumoniae. Methods and Results:  Employing factorial design of experiments, repeatable amplification patterns were obtained for 54 nosocomial isolates using 1 μmol 1^?1 primer, 4 mmol 1^?1 MgCl₂, 0·4 mmol 1^?1 dNTPs, 2·5 U Taq DNA polymerase and 90 ng DNA template in a total volume of 25 μl. The optimum thermocycling program was: initial denaturation at 94°C for 4 min followed by 50 cycles of 1 min at 94°C, 2 min at 34°C, 2 min at 72°C and a final extension at 72°C for 10 min. The optimized RAPD protocol was highly discriminatory (Simpson’s diversity index, 0·982), and all isolates were typable with repeatable patterns (Pearson’s similarity coefficient ～100%). Seven main clusters were obtained on a similarity level of 70% and 32 distinct clusters on a similarity level of 85%, reflecting the heterogeneity of the isolates. Conclusions:  Systematic optimization of RAPD generated reliable DNA fingerprints for nosocomial isolates of K. pneumoniae. Significance and Impact of the Study:  This is the first report on RAPD optimization based on factorial design of experiments for discrimination of K. pneumoniae.     

海南特有极小种群植物文昌锥的SCoT-PCR体系建立及有效引物评价

为了应用SCoT分子标记研究文昌锥种质资源,通过单因素试验和正交试验2种方法,分析DNA、引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶这4种因素对文昌锥SCoT-PCR扩增结果的影响,优化建立文昌锥SCoT-PCR体系,并对文昌锥SCoT标记引物进行有效性评价。结果表明：各个因子对SCoT-PCR扩增影响大小依次为：DNA > dNTPs > 引物 > Taq DNA聚合酶;最优反应体系为：总体系为20 μL,DNA含量为2.5 ng,引物浓度为0.8 μmol·L^-1,dNTPs浓度为0.2 mmol·L^-1,Taq DNA聚合酶的含量1 U;经验证,该体系获得的扩增产物清晰、稳定;应用该体系筛选出15条多态性好且适合文昌锥扩增的引物,为今后利用SCoT分子标记技术对文昌锥及其他壳斗科植物进行相关研究提供技术支持。     

桔梗RAPD反应体系的优化

以通化桔梗为材料,用改进的CTAB法提取桔梗叶片的总DNA,通过对不同镁离子浓度、dNTP浓度、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量条件下的RAPD扩增反应的效果,建立了一个适合桔梗的比较稳定的RAPD反应体系,用于桔梗遗传多样性分析。结果表明,桔梗RAPD扩增反应的最佳体系为:模板DNA20ng,dNTP150μmol/L,引物0.3μmol/L,Mg2+浓度2.0mmol/L,TaqDNA聚合酶1Unit,10×Buff-er2.0μL,PCR反应总体积为20μL。按此优化RAPD条件进行实验,重现性良好。     

观赏桃ISSR-PCR反应体系的优化

采用改良CTAB法从观赏桃满天红叶片中提取基因组DNA,通过单因素实验探讨了模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs和Taq DNA酶等条件对观赏桃ISSR-PCR扩增结果的影响,建立了ISSR-PCR扩增的最佳体系:2.5μl反应体系中包含10×Buffer 2.5μl,模板DNA 40ng,Mg~(2+)浓度2.5mmol/L,引物浓度04 μmol/L,dNTPs浓度0.4mmol/L,Taq DNA酶0.5U.利用所建立的体系对红叶桃、菊花桃和春艳等13份材料进行检验,其结果表明优化后的体系适合观赏桃的ISSR-PCR反应.     

番茄叶霉病菌ISSR-PCR体系的建立

以番茄叶霉病菌(Passalora fulva)基因组DNA为模板,采用单因素试验和正交设计试验对该菌ISSR-PCR体系中的一些重要参数(Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA、TaqDNA聚合酶、缓冲液、循环次数)和引物进行筛选和优化,并对退火温度进行了梯度优化,建立了番茄叶霉病菌ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L,dNTPs 0.4 mmol/L,引物1.5μmol/L,模板DNA45 ng,TaqDNA聚合酶1.0 U,1倍的PCR缓冲液,循环40次,退火温度50℃。     

海南龙血树RAPD-PCR反应体系的优化

采用单因子试验和正交试验设计,对影响海南龙血树RAPD-PCR反应的模板DNA量、Mg2+、dNTP和引物浓度,Taq聚合酶用量等因子进行研究,分析各因子对RAPD-PCR扩增结果的影响,确立了海南龙血树RAPD-PCR反应的最佳条件,即在25 μL反应体系中,包含10×buffer 2.5 μL,2.0 mmol/L...     

利用正交设计法对叉叶苏铁ISSR-PCR反应体系的优化研究

比较CTAB法和SDS法提取叉叶苏铁（Cycas micholitzii）的总DNA,发现CTAB法是提取叉叶苏铁总DNA的较好方法;对叉叶苏铁ISSR-PCR反应体系中的4个主要因素dNTPs,Taq DNA聚合酶,引物及Mg²⁺进行最优条件筛选;采用单因素法探讨DNA模板量、退火温度和循环次数的最佳反应条件,建立了适合于叉叶苏铁的最佳ISSR-PCR反应体系 （20 μL体系）： 1×Buffer,75 ng DNA模板,dNTPs 250 μmol·L^-1, Taq酶1.0U,引物0.2 μmol·L^-1,Mg2+ 2.5mmol·L^-1,反应程序为：94℃预变性5 min,94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸2 min,循环40次,72℃延伸10 min,4℃保存。本研究结果为苏铁纲植物的分子生物学和分子系统学研究提供理论参考。     

美国黑核桃SSR反应体系优化

优化SSR-PCR反应体系是黑核桃（Juglans nigra L.）SSR基因鉴定和群体遗传等研究的基础。本研究通过对PCR反应中Mg²⁺浓度、牛血清白蛋白（Bovine Serum Albumin,BSA）浓度、Taq聚合酶用量、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA量的组合以及PCR程序组合试验,确定了黑核桃SSR的最佳反应体系,即在10 μL的PCR反应体系中,含10 ng模板DNA,0.1 mg·mL^-1牛血清蛋白（BSA）,0.25 mmol·L^-1 dNTPs,1.5 mmol·L^-1 Mg²⁺ 1 μL 10X Taq DNA聚合酶反应缓冲液,0.5 U Taq聚合酶,1.0 mmol·L^-1单对引物（0.5 mmol·L^-13对引物）。SSR-PCR反应扩增程序为：94℃变性3 min;93℃变性15 s,50℃或者53.5℃退火1 min,72℃延伸30 s,32个循环;72℃后延伸10 min,置4℃保存。利用此反应体系对黑核桃进行PCR扩增并电泳检测,其结果清晰、稳定、可靠,适合进一步对黑核桃群体遗传、基因型鉴定和分子生态研究。     

珍稀濒危植物永瓣藤DNA提取与ISSR条件优化

以硅胶干燥叶片为材料,研究永瓣藤DNA的提取方法,并对影响简单重复序列区间分子标记反应的各条件进行了优化。建立了永瓣藤ISSR的优化反应体系和程序,即在20μL反应体系中,含20ng模板DNA、2.375mmol/L Mg2+、0.15mmol/L dNTPs、1.5U Taq DNA聚合酶、225nmol/L随机引物;扩增程序为:94℃预变性5min;然后94℃15s、48~50℃45s、72℃1min,35个循环,最后72℃延伸10min,4℃保存。本研究为进行永瓣藤种群遗传多样性研究奠定了基础。