芒AFLP反应体系的建立

以芒DNA为材料,对AFLP分子标记分析中的基因组酶切体系选择性扩增中Mg2+、dNTP和Taq酶浓度等4个因素进行了比较。结果表明20μL基因组双酶切体系中,使用1UEcoRⅠ和1UM seⅠ酶切3 h能够实现完全酶切;选择性扩增的PCR 10μL反应体系中1.4 mmol.L-1Mg2+,0.4 mmol.L-1dNTP及0.6 U Taq酶是进行芒AFLP分析的最佳反应条件,能够得到丰富稳定的带纹。该体系的构建为AFLP技术在芒相关研究中的应用奠定了基础。     

华中五味子AFLP反应体系的建立

目的：建立一个适于华中五味子研究用的AFLP反应体系。方法：以华中五味子硅胶干燥嫩叶为试材,采用改良CTAB法提取到高质量DNA。通过琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳对MseⅠ/EcoRⅠ双酶切、连接、预扩增和选择性扩增过程中的关键因素进行分析。结果：双酶切6h,片段主要集中在250～2000bp;连接产物和预扩增产物最适稀释倍数均为10倍;预扩增产物经选择性引物E-ACT/M-CAT和E-ACA/M-CAG扩增,琼脂糖电泳检测其主带分别集中在250～375bp和500～750bp,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测及银染,条带清晰可辨。结论：该体系具有稳定性高、重复性好等优点,可用于华中五味子AFLP分析。     

丹参SRAP反应体系的建立与优化

相关序列扩增多态性(SRAP)是一种新发展起来的分子标记技术.实验以丹参总DNA为模板,对SRAP-PCR反应体系的重要参数设置梯度实验,筛选最佳的SRAP-PCR反应条件.经过大量重复性实验,建立了一套适用于丹参稳定可靠、重复性好、带型清晰的SRAP-PCR反应体系:25μL的反应体系中,模板DNA量40ng、2.5mmol/L Mg2 浓度、0.8μmol/L的上下游引物、200μmol/L的dNTPs以及Taq酶1U.研究结果表明,该体系可应用于丹参植物种质的分类鉴别,并为其地道性及功能基因的研究奠定基础.     

菠萝SRAP反应体系的建立及优化

目的:建立一种适合菠萝基因扩增的 SRAP 反应体系.方法:用改良 CTAB 法提取菠萝 DNA,对扩增结果影响重要的反应组分 Taq 酶、Mg2 、随机引物及 dNTPs 进行单因素体系优化,以确定最佳菠萝 SRA P反应体系.结果:用这种方法建立的菠萝SRAP 反应体系为:20μL 反应体系中含1×PCR buffer,2.5mmol/L Mg2 、1.2U TaqDNA 聚合酶、0.2mmol/L dNTPs、0.3umol/L随机引物、20ng DNA 模板.结论:用引物Me4-Em4 组合对供试菠萝 19 个品种进行扩增,结果扩增条带清晰、丰富、重复性好,此 SRAP反应体系适合菠萝基因型扩增.     

余甘子ISSR反应体系的优化

应用ISSR技术开展余甘子遗传变异分析、辅助育种、品种鉴定、系统进化等研究,以(TC)8C为引物,采用正交设计和单因素试验,研究余甘子基因组DNA的浓度、退火温度、引物浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶用量对余甘子ISSK-PCIR反应的影响,建立并优化了适宜于余甘子ISSK分析的扩增体系:20μl的反应体系中采用25ng的模板DNA、0.35μmol/L ISSR引物、1.25U Taq 酶,0.3mmol/L dNTPs,引物(TC)8C的最佳退火温度为51.7℃.     

小桐子ISSR-PCR体系的优化

采用正交试验设计方法.建立了小桐子ISSR-PCR反应体系和扩增程序.结果表明,在20μl反应体系中含有1×PCR缓冲液、200μmol/L dNTP、0.5μmol/L引物、2.0mmol/L MgCl2、0.5U Tag DNA聚合酶和90ng模板DNA最适用于小桐子ISSR-PCK扩增.适宜的扩增程序为94℃ 7min;94℃ 1min,44℃～56℃(退火温度随引物不同而定)45s,72℃ 1min,35个循环;72℃7min;4℃保存.     

武湖日本沼虾繁殖生物学研究

武湖日本沼虾产卵场位于全湖沿岸带．越冬虾主要繁殖期为春夏季(4月中旬～7月中旬,水温20．5～31℃)。当年虾繁殖期为秋季(7月中旬～9月中旬,水温31～23℃),7月中下旬为新老世代交替期．非繁殖季节雄虾多于雌虾,繁殖季节雌虾多于雄虾．越冬虾绝对繁殖力明显大于当年虾．绝对繁殖力与体长呈幂函数关系,与体重呈直线相关．相对繁殖力RW为常数,其95％置信区间为1067．76±16．94eggs·g^-1。     

短蛸AFLP分子标记分析体系的优化与建立

本研究构建了短蛸扩增片段长度多态性(AFLP)分析体系,对DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤进行了分析。得到了一种适于短蛸AFLP技术分析的优化体系,该体系中各优化因素为:模板DNA浓度为200 ng/μL;酶切体系中,MseI和EcoR I各加入5 units,缓冲液使用MseI buffer Tango,反应时间为3-4 h;连接最适反应时间为12 h;预扩增产物最适稀释倍数为20倍。该体系的构建为AFLP技术在短蛸分子遗传多样性研究中的应用奠定了基础。     

利用COI基因序列分析长江与澜沧江水系日本沼虾群体的遗传结构

测定了我国长江水系和澜沧江水系的日本沼虾9个群体,共79个个体的线粒体COI基因序列片段(约450bp),结果发现有89个变异位点,共计有46个单倍型。其中云南昆明(KM)群体具有较丰富的遗传多样性(h=1.000,π=0.028),而重庆(CQ)群体的遗传多样性最小(h=0.700,π=0.008)。AMOVA分析表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的9.66%,而90.34%的遗传变异源于群体内。采用邻接法(NJ)构建的分子系统树显示,46个单倍型明显地聚为长江中下游和长江上游与澜沧江两个族群。其结果可以为合理开发和利用日本沼虾自然野生资源,以及建立和保护日本沼虾种质资源库及基因库提供必要的参考。     

吉富罗非鱼AFLP反应体系的建立与优化

本文以我国水产养殖主导品种吉富罗非鱼(farmed tilapia)为研究材料,进行扩增片段长度多态性(AFLP)反应体系的研究,初步建立了一套适合罗非鱼的AFLP反应体系。对体系中关键环节的优化结果如下:基因组DNA要求无降解和RNA污染,OD260/OD280比值在1.8~2.0之间;基因组DNA EcoRⅠ/MseⅠ37℃双酶切6h、20℃连接20h,连接产物10倍稀释,PCR预扩增产物稀释45倍作为选择性扩增的模板,选择性扩增产物经6%变性丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得条带清晰、背景干扰小的图像。该体系的构建为今后进行罗非鱼群体遗传多样性分析、种质鉴定、重要经济性状分子标记的开发及遗传连锁图谱构建等方面研究提供了参考。     

长江口安氏白虾与日本沼虾营养成分比较

本文对长江口安氏白虾和日本沼虾的营养成分和营养品质进行了比较.结果表明:安氏白虾的水分和粗灰分含量显著低于日本沼虾 (P<0.05),而粗脂肪和粗蛋白含量显著高于日本沼虾(P<0.05);安氏白虾和日本沼虾的氨基酸组成基本一致,均含有17种氨基酸,必需氨基酸指数(EAAI)分别为52.77和52.67,其构成比例符合联合国粮农组织/世界卫生组织(FAO/WHO)的标准;安氏白虾脂肪酸中二十碳五烯酸(EPA)与二十二碳六烯酸(DHA)的总量明显高于日本沼虾,分别为28.32%±0.49%和14.89%±0.63%;矿物元素中常量和微量元素含量均较丰富,微量元素之间的比例较合理,其中,安氏白虾的常量元素含量较高,而日本沼虾的微量元素含量较高,而日本沼虾的微量元素含量较高,从以上结果可见,安氏白虾和日本沼虾均含有较丰富的各种营养成分,但从EPA和DHA的含量来看,脂肪酸的营养价值安氏白虾高于日本沼虾;从Fe、Cu、Zn和Se的含量来看,微量元素营养价值日本沼虾高于安氏白虾.     

华中五昧子AFLP反应体系的建立

目的:建立一个适于华中五味子研究用的AFLP反应体系.方法:以华中五味子硅胶干燥嫩叶为试材,采用改良CTAB法提取到高质量DNA.通过琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳对Mse I/EcoR Ⅰ双酶切、连接、预扩增和选择性扩增过程中的关键因素进行分析.结果:双酶切6 h,片段主要集中在250～2 000bp;连接产物和预扩增产物最适稀释倍数均为10倍;预扩增产物经选择性引物E-ACF/M-CAT和E-ACA/M-CAG扩增,琼脂糖电泳检测其主带分别集中在250～375 bp和500～750 bp,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测及银染,条带清晰可辨.结论:该体系具有稳定性高、重复性好等优点,可用于华中五味子AFLP分析.     

Population Structure and Historical Demography of the Oriental River Prawn (Macrobrachium nipponense) in Taiwan

The oriental river prawn (Macrobrachium nipponense) is a non-obligatory amphidromous prawn, and it has a wide distribution covering almost the entire Taiwan. Mitochondrial DNA fragment sequences of the cytochrome oxidase subunit I (COI) and 16S rRNA were combined and used to elucidate the population structure and historical demography of oriental river prawn in Taiwan. A total of 202 individuals from six reservoirs and three estuaries were separately collected. Nucleotide diversity (π) of all populations was 0.01217, with values ranging from 0.00188 (Shihmen Reservoir, SMR, northern Taiwan) to 0.01425 (Mingte Reservoir, MTR, west-central Taiwan). All 76 haplotypes were divided into 2 lineages: lineage A included individuals from all sampling areas except SMR, and lineage B included specimens from all sampling locations except Chengching Lake Reservoir (CLR) and Liyu Lake Reservoir (LLR). All F_ST values among nine populations were significantly different except the one between Jhonggang River Estuary (JGE, west-central Taiwan) and Kaoping River Estuary (KPE, southern Taiwan). UPGMA tree of nine populations showed two main groups: the first group included the SMR and Tamsui River Estuary (TSE) (both located northern Taiwan), and the second one included the other seven populations (west-central, southern and eastern Taiwan). Demographic analyses implied a population expansion occurred during the recent history of the species. The dispersal route of this species might be from China to west-central and west-southern Taiwan, and then the part individuals belonging to lineage A and B dispersed southerly and northerly, respectively. And then part individuals in west-central Taiwan fell back to and stay at estuaries as the sea level rose about 18,000 years ago.     

基于果蝇DNA甲基化的AFLP体系的建立及优化

以黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Canton-S品系为材料,采用改良SDS法提取高质量DNA,对连接、预扩增及选择性扩增进行分析,建立适用于果蝇基因组DNA甲基化多态性研究的AFLP优化体系:1)10μL连接体系加T4连接酶1 U,AluⅠ接头50 pmol,EcoR Ⅰ接头5 pmol,4℃反应12 h;2)25μL预扩增体系含Mg2+0.2 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,模板1.0μL,Taq DNA聚合酶2 U,E-00 50 ng,A-00 50 ng;3)25μL选择性扩增体系含Mg2+0.1 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,模板2.0μL,Taq DNA酶1.5 U、E+340 ng,A+3 40 ng.该体系稳定性高、重复性好,适用于果蝇基因组DNA甲基化多态性研究.     

云斑尖塘鳢AFLP分析技术的建立

以云斑尖塘鳢为对象,对其扩增片段长度多态性（AFLP）体系中的连接、预扩增、选择扩增等关键步骤的参数进行了对比实验。结果表明,在采用磷酸化接头,预扩增PCR增加延伸反应及20倍稀释预扩增产物的条件下,可得到清晰稳定的电泳图谱。所筛选的48个引物组合中,14个引物组合的产物带型稳定清晰,分布均匀,扩增片段为50-70条。本研究获得的AFLP优化参数及引物能够运用于云斑尖塘鳢群体遗传分析及分子辅助育种研究。