不同养殖场林麝肠道微生物组成和功能的差异

肠道疾病是养殖林麝(Moschus berezovskii)常见疾病。动物肠道微生物伴随宿主进化并与胃肠道构成了复杂的微生态系统。为探究不同饲养环境对圈养林麝肠道微生物组成和功能的影响,本研究对采自国内5个不同养殖场的215份粪便样品进行了16S rRNA基因高通量测序,对比分析不同养殖场林麝肠道微生物组成、多样性和功能的差异。结果显示,厚壁菌门和拟杆菌门是未喂食复合益生菌的祁连县养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门,而喂食复合益生菌的甘肃两当县和陕西凤县的4家养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门为厚壁菌门和变形菌门。不同养殖场林麝肠道菌群组成、优势菌门、优势菌属、潜在致病菌、代谢及疾病相关功能均有显著差异。祁连县养殖场林麝肠道微生物的α多样性和疾病相关功能表达量显著低于其他养殖场,并以肠型2为主,其主导菌为厚壁菌门、UCG-005和拟杆菌属;两当县和凤县的4家养殖场林麝肠道菌群潜在致病菌相对丰度较低。本研究推测食物组成差异可能是导致不同养殖场林麝肠道微生物差异的主要因素,复合益生菌的使用可能是导致α多样性和潜在致病菌下降的重要因素。该结果可为林麝的人工养殖和有效管理提供科学依据,也对人工饲养...     

海拔高度对青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性的影响

[背景]肠道菌群与宿主健康及环境适应性密切相关,牦牛为青藏高原特有的草食性反刍动物,不同海拔高度如何影响牦牛肠道菌群组成及肠道菌群在牦牛适应高海拔生境中的作用尚不清楚.[目的]探究青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性及其与海拔高度间的关系.[方法]采集青海省玛沁县(海拔4220 m)和乐都县(2745 m)2个海拔高度放牧牦...     

IgA肾病患者与健康人肠道菌群的比较

目的通过16S rRNA高通量基因测序方法对IgA肾病患者与健康人的肠道菌群进行比较。方法纳入生活于同一地区的40例IgA肾病患者与10例健康人,收集研究对象的新鲜粪便样本,提取粪便细菌总DNA,通过PCR扩增后上机测序,然后进行可操作分类单元聚类、物种分类分析及Alpha多样性分析、Beta多样性分析,最后比较两组之间的肠道菌群差异。结果与健康人相比,IgA肾病患者肠道菌群丰富度指数(Ace、Chao1)下降(u=2.308,P=0.033;u=2.259,P=0.039),多样性指数(Shannon、Simpson)升高(u=5.370,P0.001;u=4.601,P=0.007);相对丰度方面,IgA肾病患者的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门细菌数量增加(t=2.301,P=0.037;t=6.729,P=0.005;t=5.285,P=0.006),而变形菌门细菌数量减少(t=4.138,P=0.009);拟杆菌属、链球菌属细菌数量增加(t=9.037,P=0.003;t=6.001,P=0.008),而unidentified_Enterobacteriaceae数量减少(t=2.198,P=0.033)。PCoA图提示两组肠道菌群有显著差异。LDA差异贡献分析发现两组之间共有15个物种存在显著差异,其中造成显著差异影响力最大的5个物种依次是γ-变形菌纲、unidentified_Enterobacteriaceae、肠杆菌科、肠杆菌目、变形菌门(t=9.930,P=0.002;t=2.198,P=0.033;t=2.604,P=0.015;t=2.393,P=0.021;t=4.138,P=0.009),它们刚好落在同一个进化树上,在IgA肾病组的相对丰度显著降低。结论 IgA肾病患者存在肠道菌群失调,显著减少的肠杆菌科的未知属可能是IgA肾病的特征菌,其对机体免疫的影响及在IgA肾病发生发展中的作用尚不清楚,进一步研究可能为IgA肾病的防治提供新的靶点。     

新疆四种荒漠跳鼠肠道菌群多样性与功能的比较

肠道菌群是维持机体健康的重要组成部分,了解动物肠道菌群多样性有助于认识和理解动物的生态学适应。已有报道表明荒漠沙鼠肠道微生物有助于其对荒漠环境的适应,但对于广泛分布于荒漠环境的跳鼠的肠道微生物群落结构、多样性的研究尚不明确。本研究以栖息于新疆荒漠地区的跳鼠科(Dipodidae)为对象,采用16S rRNA高通量测序技术对荒漠跳鼠4个亚科的代表物种三趾跳鼠(Dipus sagitta)、五趾跳鼠(Orientallactage sibirica)、长耳跳鼠(Euchoreutes naso)和三趾心颅跳鼠(Salpingotus kozlovi)的肠道微生物进行分析。共获得1557065条有效序列,发现2708个ASV,归属于20个门、50个纲、71个目、142个科和336个属。Alpha多样性指数中,长耳跳鼠和三趾心颅跳鼠组的ACE指数和Chao1指数显著低于其他两组,而Shannon指数和Simpson指数在4组样品中无显著差异。主坐标分析(PCoA)结果表明,4种跳鼠的肠道菌群结构具有显著差异。LEfSe分析表明,4种跳鼠肠道菌群共有10个显著差异的细菌菌属,其中大部分归属拟杆菌...     

基于高通量测序的精神分裂症患者肠道菌群多样性

目的 探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法 收集16例精神分裂症患者（schizophrenia,Sch）与18例健康者（healthy donor,HD）的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16S rRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果 精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元（operational taxonomic units,OTUs）水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数（226.58±31.67）、Chao1指数（222.29±34.45）和Shannon指数（2.66±0.69）明显低于健康对照组（293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36）,差异均有统计学意义（Ps<0.001）,而Simpson指数（0.20±0.17）明显高于健康对照组（0.07±0.03）,差异有统计学意义（P<0.01）;Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义（21.76% vs.27.05%,P=0.008;0.00% vs. 0.20%,P=0.033）,而放线菌门明显高于健康组（13.52% vs. 2.88%,P=0.020）,差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组（9.15% vs. 20.60%,P=0.031;3.29% vs. 9.58%,P=0.005）,差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组（10.89% vs.1.78%,P=0.025;10.88% vs.1.98%,P=0.046;10.78% vs.2.69%,P=0.026）,差异有统计学意义。结论 基于16S rRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

绝经综合征患者肠道菌群特征

研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

选取77例绝经综合征患者为病例组（P组）,24例绝经前后健康女性为健康对照组（H组）,采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。

两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义（均P＞0.05）。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种（种水平）有14个（LDA分数＞2.0）。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关（均P＜0.05）,这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关（均P＜0.05）。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集（均P＜0.05）。

绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。

     

野生藏酋猴理毛行为与肠道寄生虫感染的关系

理毛行为是灵长类动物群体中普遍存在且频繁发生的行为模式,越来越多的研究证实,对理毛者来说为其他个体理毛不再是一种低代价的投资,其主要原因是理毛行为能够增加寄生虫感染的潜在风险。然而,理毛行为感染何种类型寄生虫及其感染风险如何仍值得进一步研究。本研究以栖息于安徽黄山的野生藏酋猴(Macaca thibetana)为研究对象,采集动物个体的粪便样品并检测其中寄生虫的种类,通过分析理毛行为与寄生虫感染的关系,探讨理毛者在理毛投资过程中的潜在风险。结果显示,野生藏酋猴共感染了11种寄生虫,感染线虫(Capillaria spp., Trichostrongylus spp.)和结肠小袋纤毛虫(Balantidium coli)的风险最高(均为93%),感染鞭虫(Trichuris trichura)的风险次之(54%)。基于两两个体之间的理毛关系,研究发现,发起理毛行为时间越长感染结肠小袋纤毛虫的概率越高;接收理毛行为时间越长,感染蛔虫的概率越低。基于理毛行为网络的分析发现,理毛网络中节点强度较高的个体感染结肠小袋纤毛虫的概率最高。本研究不仅有助于认识和理解野生藏酋猴寄生虫感染状况,也为深入理...     

绝经综合征患者肠道菌群特征CSCD

目的研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取77例绝经综合征患者为病例组(P组),24例绝经前后健康女性为健康对照组(H组),采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。结果两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义(均P>0.05)。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种(种水平)有14个(LDA分数>2.0)。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关(均P<0.05),这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关(均P<0.05)。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集(均P<0.05)。结论绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。     

基于PacBio SMRT测序技术评估妊娠期糖尿病人的肠道菌群

[目的]肠道菌群是位于人体肠道内的微生物菌群,其组成与人类多种疾病相关。例如,已有研究表明肠道菌群的变化与妊娠期糖尿病（gestational diabetes mellitus,GDM）的发病密切相关。因此本研究基于PacBio SMRT测序技术评估及比较了不同民族（汉族和蒙古族）及是否患GDM的孕妇的肠道菌群。[方法]本研究利用PacBio SMRT测序技术对97例患有GDM及健康的汉族和蒙古族孕妇粪便样本进行了全长16S rRNA测序及分析。[结果]总体来说,处于相同孕期的4组孕妇肠道菌群的组成相似,不同核心菌群展现出不同强弱的相关性。本研究在种的水平上共鉴定到了44个种。在汉族人中,患有妊娠期糖尿病的孕妇肠道菌群中Akkermansia muciniphila菌的相对丰度要显著低于健康孕妇;而在蒙古族人中,健康孕妇与GDM孕妇间差异并不明显。在健康对照中发现汉族孕妇肠道菌群中Bacteroides uniformis菌的相对丰度显著高于蒙古族孕妇;但在患有GDM组中未找到不同民族分组间的差异。另外,功能预测结果发现四组样本菌群功能组成高度相似,大多数功能基因都与能量代谢有关。汉族GDM患者与健康对照组间没有发现显著差异,但在蒙古族GDM患者中发现无机离子运输等功能相对丰度显著高于与蒙古族正常孕妇。[结论]在相同的孕期,妊娠期孕妇的核心肠道菌群结构与功能是相对稳定的,而民族差异也不会对妊娠期菌群产生显著性影响。但在四组间可以检测到一些低丰度的差异菌群,如Akkermansia muciniphila,其丰度的变化可能导致了肠道中一些与肠道营养吸收等有关的代谢发生变化,而这些变化可能与妊娠期糖尿病的发生密切相关。本研究将有助于探究肠道菌群在GDM发病机制中的作用。     

人工饲喂对长尾仓鼠肠道菌群组成的影响

食物变化是引起小型哺乳动物肠道菌群改变的关键因素。野生动物由野外转至室内饲养会经历剧烈的生活方式变化,而目前对人工饲喂驱动其肠道微生物群落结构的演替过程还不完全了解。为明确人工饲喂对小型哺乳动物肠道菌群组成的影响,于2022年夏季(7—9月)在山西省吕梁市离石区(LS)、临汾市隰县(XX)、晋中市左权县(ZQ) 3个地区应用笼捕法捕获长尾仓鼠(Cricetulus longicaudatus)活体,基于16S rDNA测序技术分析不同生态环境中其肠道菌群的差异,并探究相同人工饲喂条件下长尾仓鼠肠道菌群的演替过程。结果表明：长尾仓鼠肠道菌群在野外环境中,XX和ZQ种群的厚壁菌门显著富集,LS种群的拟杆菌门显著富集,肠单胞球菌属(Intestinimonas)为3个种群的共有优势属。相同人工饲喂35 d后,拟杆菌门在3个种群显著富集且相对丰度趋于一致,ZQ种群Muribaculacea的相对丰度为48.85%,显著高于野外环境。本研究说明不同生态环境中长尾仓鼠肠道菌群具有差异性。经长期相同人工饲喂后,其肠道菌群的相似性显著增加,说明饮食变化对长尾仓鼠肠道菌群多样性及群落组成具有较大影响,而...     

黄山短尾猴的左右手倾向

就取食过程中惯用左手还是右手的问题,我们对安徽省黄山的一群短尾猴进行了研究。结果发现在调查的33只个体中,9只惯用右手取食,11只惯用左手取食,另外13只对左右手的使用没有偏好。而且短尾猴在左右手的偏好方面也没有性别或年龄的差异。以往的一些研究表明猕猴类动物习惯于用左手取食,但是研究群的短尾猴并没有表现出这种倾向。我们将短尾猴的研究结果与猕猴属其它种类进行了比较,并讨论了猕猴属在这一行为上的多样性。     

Seasonal changes in body weight of Macaca thibetana at Mt. Emei,China

This 1991–1992 study was designed to expand previous research on body weight (BW) in Tibetan macaques (Macaca thibetana) at Mt. Emei. Data on BW were collected in late autumn (LA) and late winter (LW) in groups ranging above 1,200 m. Over the winter, the BW fell significantly from a mean of 16.8 to 11.4 kg in females and from 19.5 to 17.0 kg in males. The previously reported BW means of 12.8 kg for females and 18.3 kg for males, measured in late spring, are near the center of the annual BW range for this species. In addition, with the sharper decline of female BW (?32% vs. ?13% seen in males), the sexual dimorphism (M /F ) in BW increased from 1.16 in LA to 1.49 in LW. This finding may be related to differential parental investment by two sexes. © 1994 Wiley-Liss, Inc.     

健康藏族与汉族大学生肠道细菌多样性研究

【目的】探究生活在相同环境下,同年龄段健康藏族人群和汉族人群肠道细菌组成的多样性特征及其可能的成因。【方法】入选同专业的20–24岁男性健康藏族学生和汉族学生各20名,同一时间段收集新鲜粪便,提取新鲜粪便细菌总DNA,通过高通量测序和生物信息学分析,结合对饮食习惯的问卷调查,研究健康藏族学生与汉族学生肠道细菌多样性与饮食习惯之间的关系。【结果】从40份样本中,测序共得到2880个OTU,alpha和beta多样性分析表明,生活在相同环境下,不同民族男性学生的肠道细菌组成有明显差异。Prevotella 9、Bacteroides和Lachnoclostridium等18个属为两民族学生共有,同时,Prevotella 9、Faecalibacterium和Succinivibrio等10个属细菌为对两民族学生肠道细菌组成差异具有显著性影响的标志性菌属。进一步聚类分析表明,所有学生样本分为ET F型、ET P型、ET F和ET B混合型3种不同肠型,随访调查结果显示不同类型分别对应以脂肪为主和以淀粉为主的不同饮食习惯。【结论】生活在相同环境下,健康藏族和汉族学生的肠道细菌组成特征及其差异可能与遗传因素及饮食习惯密切相关。     

雄性黄山短尾猴颅骨变量的异速生长研究

对雄性黄山短尾猴颅骨标本的36项主要形态变量指标进行定点测量,并进行了初步的统计分析和异速生长分析。结果表明,大多数变量的统计值在雄性个体间的变化范围都比较大,2/3的变量表现为正的异速生长,1/3的变量表现为负异速生长。颅骨变量的生长存在年龄及部位间的差异,这些差异与雄性的不同生长发育时期、在社群中的不同地位和竞争压力以及取食习性有关。     

黄山短尾猴mtDNA控制区序列变异及种群的遗传多样性

短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca),是我国特有的国家二级保护动物。为了更有效地保护其野生种群,本文研究了黄山短尾猴种群内的遗传多样性,并对黄山短尾猴与四川短尾猴种群间的遗传差异进行了分析。共测定了黄山短尾猴7个群体中的30个样本的mtDNA控制区5′端493bp的序列,只发现了7个变异位点,定义了3种单倍型,单倍型序列之间缺乏变异,种群中的核苷酸多样性很低(0.006);3种单倍型相应地将黄山种群分为了3个亚群,不同亚群之间呈现出一定的片断化分布,从分子水平上初步揭示了短尾猴黄山种群的遗传多样性。与四川短尾猴的相应序列比较,黄山短尾猴控制区序列存在很大差异,共有59个变异位点,而且存在大片段的碱基插入/缺失,有78%的遗传变异发生在两个种群之间,两个种群间的核苷酸歧异度已达8.21%。进一步分析表明,黄山短尾猴与四川短尾猴之间存在着极显著的遗传分化(FST=0.399,P<0.001),基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均将两者聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元。     

人工繁育环境下藏酋猴的分娩特点

对比2006年藏酋猴繁殖种群36只(后宫式1∶4～5)与恒河猴繁殖种群(1∶5)妊娠与分娩特征,并与人类分娩特点进行比较,认为藏酋猴与人类分娩特点有相似之处,对其进一步深入研究有较高科学价值。     

黄山短尾猴交配叫声及其影响因素

哺乳动物在交配过程中经常会发出独特且有节奏的交配叫声(Copulation call),这通常被认为是雌雄双方交配策略的一种体现.交配叫声的发生及其影响因素在不同物种间差异较大,对其深入研究有助于比较和揭示不同动物交配策略的差异及其适应性功能.为了阐明交配叫声的生物学和社会学因素,我们在安徽黄山记录了野生黄山短尾猴(M...     

藏酋猴达菲抗原/趋化因子受体基因的克隆与序列分析

利用GenBank公布的恒河猴达菲抗原/趋化因子受体基因(FY)核苷酸序列设计2对特异引物,采用PCR方法克隆藏酋猴Macaca thibetana FY基因,分别得到1.0kb和1.1kb的DNA片段,通过DNA测序和序列拼接获得藏酋猴FY基因1491bp片段,该片段包含2个外显子(21bp和990bp)和1个内含子(480bp)。该基因开放阅读框长1011bp,编码336个氨基酸,该蛋白等电点是5.77,分子量是35.52kDa,分子半衰期30h,不稳定指数是39.84,总平均疏水性是0.689,是疏水性蛋白。拓扑结构预测显示该基因编码氨基酸有15个潜在的功能位点:3个N-糖基化位点,2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,10个N-肉豆蔻酰化位点。整个蛋白质多肽链含有7个跨膜螺旋区,4个细胞外区和4个细胞内区。同源性比较结果显示,与人、恒河猴、牛、兔、犬、大熊猫6个物种FY基因编码区核苷酸序列间同源性分别为94.7%、99%、75.2%、80.2%、74.5%、71.7%,氨基酸序列间同源性分别为92%、99%、89.8%、78.2%、90%、89.3%。系统进化树结果表明:藏酋猴与恒河猴亲缘关系最近,与人类亲缘关系较近。     

藏酋猴微卫星富集文库的构建及微卫星分子标记的筛选

通过磁珠富集法构建了藏酋猴AC重复和AAAG重复的微卫星富集文库,分离微卫星序列并对其进行分析。将藏酋猴基因组DNA经Sau3AI酶切后纯化回收,连接特定接头。用生物素标记的探针与酶切片段杂交,捕获300～1000bp片段,随后将获得的片段连接到pMD-19T载体上,转化至JM109中,成功构建藏酋猴微卫星富集文库。(AC)n富集文库和(AAAG)n富集文库的阳性克隆率分别为50%和10%左右。根据测序得到的48个微卫星序列成功设计了24对引物,最终筛选出6个微卫星标记,这些标记将为藏酋猴的遗传多样性研究、圈养种群结构的分析和遗传图谱的构建等奠定一定的基础。     

黄山短尾猴繁殖的季节性和雌性性活动方式

1987年开始,我们对中国黄山的短尾猴(Macaca thibetana)的性和繁殖行为进行了研究。本文根据1992年全年野外观察,对黄山短尾猴的繁殖季节性和雌性性活动方式进行深入研究,以揭示短尾猴繁殖方式和雌性性行为如何影响雄性性行为。研究采用全事件取样和目标动物取样法。结果表明,短尾猴黄山种群的交配和产仔是季节性的：交配季节发生在7月至12月,其特征是交配频率高并伴有射精;产仔季节为1月至4月。交配季节之外的交配虽有少量发生．但交配频率很低且几乎不射精。成年雌性的会阴部有轻微肿胀的性皮,但性皮的大小和颜色既不随猴群繁殖季节变化,也不随雌性个体生理周期变化。同时,雌性缺乏典型的性要求的行为——发情。因此,我们认为雌性短尾猴倾向于隐蔽自己的排卵。对46个连续观察日中成年雄性对雌性的性行为分析还表明：雄性能够区别潜在繁殖和不繁殖的雌性但不能对同一雌性的生理状况做出准确判断。隐蔽排卵是雌性在性接受期间接受大量交配的主要原因。本研究否定了短尾猴的交配是非季节性的假设(Wadaand Xicmg,1996)[动物学报51(3)：365—375,2005]。