普氏野马线粒体DNA D-loop区序列多态性研究

目的:了解中国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马(Equus przewalskii)遗传多样性及其遗传背景.方法:采用PCR产物直接测序法,对15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区进行测序分析.结果:测定15个个体的线粒体DNA D-loop高变区15464～15866片段序列402bp.检测到12种单倍型,包括37个多态位点,占全部序列的9.2%,其中转换位点24个、颠换位点20个、转换位点和颠换并存位点8个、缺失位点3个.A%+T%含量(56.1%)高于G%+C%含量(43.9%),平均A含量为28.4%,T含量为27.7%,C含量为29%,G含为14.9%.单倍型间平均遗传距离为0.030,单倍型多态性(h)为1±0.00116,核苷酸多态性(π)为2.90%.15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区之间平均核苷酸变异率为2.48%.结论:研究表明我国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马线粒体DNA D-loop区序列存在丰富的多态性.     

中国驴种线粒体DNA D-loop多态性研究

利用Clustal W软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNA D—loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5．76％。以欧洲驴D—loop作对照,我国5个家驴品种D—loop区序列的平均核苷酸变异率为1．80％,其中凉州驴的平均核苷酸变异率为0．35％．云南驴为1．25％,关中驴为2．30％,新疆驴为2．91％,佳米驴为2．20％。家驴品种内与品种间mtDNA D—loop区序列歧异度分别为0．25％-5．01％和4．51％-5．51％,说明家驴品种间D—loop区序列多态性比较丰富。在所测家驴个体中,mtD NAD—loop序列由11种单倍型组成,单倍型比例为42．31％,表明我国家驴mtDNA遗传多态性正逐步丧失,需要加强其种质资源保护。引用GenBank中亚洲野驴和欧洲家驴的序列,构建了我国5个家驴品种的NJ分子系统树,首次从分子水平证实中国家驴可能起源于非洲野驴,而与亚洲野驴无关。     

应用线粒体DNA D—loop区遗传多样性分析云南4个少数民族的遗传关系

对傣,佤,拉祜和藏族4个群体的99名个体mtDNA非编码区(D-loop)高变区I 16048－16569及I－41的563bp片优进行序列分析,计算了核酸多态度,并用Neighbro-Joining法构建系统进化树,在进化树中,99个mtDNA序列分别聚在4个群中,所有在COII／tRAN^Lys基因间序列存在9bp 缺失的个体均聚在C1如中,C2群由1个佤族个体和4个藏族个体组成,C3群中除2个藏族个体外均为其他3个民族个体,4个群体的大部分个体聚在C4群,根据核酸多态度计算的净遗传距离重建的进化树显示,傣族,佤族和拉祜族的亲缘关系较接近,与藏族距离较远,结果表明遗传距离与他们的地理分布是非常一致的,而拉枯族与相传同为氐羌后裔并有相近语言的藏族遗传距离却较远,这一结果提示这两个民族可能具有不同的起源。     

普氏野马艰难放归路——饮食之难

全球野马管理计划的最终目标即是将野马重引入争原生环境且保存现存圈养野马种群90％以上的遗传多样性。     

云南地区恒河猴线粒体DNA控制区遗传多态性研究

目的从分子水平探讨云南地区恒河猴遗传多样性,为今后开展恒河猴遗传资源的保护及合理利用提供借鉴和背景资料。方法采用PCR直接测序法测定云南地区恒河猴96份样品的线粒体DNA控制区全序列,用Mege 4.0和DNA SP软件对变异位点数、简约信息位点数、单倍型、单倍型多样度、核苷酸多样度等遗传信息进行分析,基于邻接法（neighbor-joining,NJ）和最小进化法（minimum-evolution,ME）构建系统发生树。结果在96份样品中,共检测出了149个多态性位点,定义了46种单倍型,单倍型多样度（Hd）为0.968±0.007,核苷酸多样度（Pi）为0.020。结论云南地区恒河猴存在着较丰富的遗传多态性。     

扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性

扬子鳄(Alligator sinensis)是中国特有的珍稀爬行动物,至2000年,野生扬子鳄的个体数已不足150条,作为保护这一物种的措施之一,先后于80年代初建起了2个养殖场,现人工繁殖的扬子鳄总数已达9000余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性,从两个饲养种群中采集了42个个体的样品,其中宣州样品33个(xZSP),长兴样品9个(CxSP),用PCR方法扩增mtDNA控制区,扩增产物纯化后直接用ABI310全自动遗传分析仪荧光标记测序,得到其中39个个体的血DNA控制区5’端462bP的序列。经比对发现,39个个体间的5’端mtDNA控制区没有任何变异位点,共享一种单元型,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏,造成这一结果的主要原因是近50年来,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出3点建议。     

新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系

对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼(Leuciscus merzbacheri)、贝加尔雅罗鱼(Leuciscus leuciscus baicalensis)和高体雅罗鱼(Leuciscus idus)3个鱼种共24尾个体的线粒体DNA D-loop控制区核苷酸序列进行了测定,获得24条长度为667—669bp的同源基因序列。3种雅罗鱼之间的序列差异在6．39％—9．89％之间,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼种间序列同源性高,变异程度小;贝加尔雅罗鱼与准噶尔雅罗鱼种间序列同源性最低,变异程度最大。所采集的贝加尔雅罗鱼两个地理群体(赛里木湖和额尔齐斯河)内mtDNA的平均核苷酸碱基序列差异为1．07％和1．08％;两群体间的序列差异为1．07％,显示两个地理群体间无明显分化。DNA序列数据显示,这3种鱼类线粒体DNAD-loop序列变异丰富,24尾个体呈现独自的单倍型。同源基因序列平均含AT碱基64．1％,GC碱基35．9％,显示准噶尔雅罗鱼、贝加尔雅罗鱼、高体雅罗鱼的线粒体DNAD-loop区核苷酸组成的不均一性。分子系统树提示,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼亲缘关系较近,准噶尔雅罗鱼是3种雅罗鱼中较古老的鱼种。     

川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。     

贵州从江侗族Y-DNA及线粒体DNA 序列多态性分析

为分析贵州从江侗族父系及母系遗传结构,探讨其起源及迁徒, 通过聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP), 研究贵州从江侗族无亲缘关系个体由10个单核苷酸位点(SNPs)组成的Y染色体单倍型及11个单核苷酸位点组成的线粒体DNA单倍群频率。结果显示, 从40份男性样本的Y-SNP基因分型中,得到H6 、H11、H14 共3种单倍型;H11的频率为92.5%;通过对线粒体DNA基因分型,得到6种单倍群,有75%的个体能明确分类其所携带的单倍群特征,说明贵州从江侗族父系遗传构成相对简单。通过主成分分析,证明贵州从江侗族与其他的壮侗语族人群相聚,母系遗传结构复杂,无C单倍群分布可能为该民族特征之一。Abstract: To study the patrilineal and matrilineal genetic structure and the origin of Dong Ethnic of Congjiang Guizhou. Study the distribution of Y-chromosome haplotypes which consisted of 10 SNPs of Y-DNA and mtDNA haplogroups consisted of 11 SNPs by using PCR-RFLP method. The result is three haplotypes H6,H11,H14 were detected, the frequency of H11 is 92.5%. Six haplogroups were identified by mtDNA analysis, 75% of the people can be identified. The patrilineal genetic structure of Dong of Guizhou is simple, Principle component indicated that the structure is closer to Zhuang-Dong branch of Sino-Tibetan language family. The matrilineal genetic structure of Dong of Guizhou is complicated.     

山东荣成人群线粒体DNA多态性研究

人类线粒体DNA（mtDNA)COⅡ/tRNA^lys区有两个9－bp(CCCCCTCTA)的串联重复序列,此重复序列中一个重复单位的缺失,在亚态地区人群中很普遍。对210名山东荣成人的mtDNA COⅡ/tRNA^lys区的9-bp 缺失情况进行了检测,并从中随机选取95个样本,利用PCR－RFLP法对另外6个区进行了多态性分析,以确定其单位型。结果表明,荣成人9－bp缺失频率为12.4%,相对于已检测的中国其他群体,此缺失频率处于中等水平。同时多态性分析也表明在95个被检测对象中存在27种不同的单倍型。此外还发现了两个未报道过的新酶切位点,序列分析表明是由点突变造成的。     

山羊品种间线粒体DNA限制性片段长度多态性研究

本试验利用ＡｐａⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＢｃｌⅠ、ＢｇｌⅠ、ＢｇｌⅡ、ＣｌａⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＥｃｏＲⅤ、ＨａｅⅡ、ＨｉｎｄⅢ、ＫｐｎⅠＰｓｔⅠ、ＰｖｕⅡ、ＳａｃⅠ、ＳａｌⅠ、ＳｍａⅠ和ＸｈｏⅠ计１８种限制性内切酶,研究了来自欧洲,非洲及国内的５个山羊品种共计３３只个体的ｍｔＤＮＡ,共检测了２７处限制性态型,可归结为８种单倍型。结果表明,国内２个百品种的基本单倍型为ＢａｍＨⅠ－Ａ,ＢｃｌⅠ－Ｂ、ＣｌａⅠ－Ａ     

基于线粒体DNA控制区序列的重庆岩原鲤人工养殖群体遗传多样性分析

为研究重庆市长寿和涪陵地区岩原鲤(Procypris rabaudi)人工养殖群体的遗传多样性,采用PCR扩增获得175尾岩原鲤个体的线粒体DNA控制区(mt DNA D-loop)部分序列片段。对其中692 bp序列分析共发现11个单倍型,其中Hap1为主要单倍型,占总样本的76.57%。单倍型Hap10演化速率较快,并且与单倍型Hap6遗传距离最远。长寿及涪陵地区岩原鲤人工群体的单倍型多样性分别为0.4100±0.0550和0.3970±0.0820,核苷酸多样性分别为0.0013±0.0003和0.0013±0.0004。通过与长江上游江段野生群体(苍溪江段、合江江段、木洞江段、通江江段、万州江段、武隆江段、习水河和唐河)及北碚区人工养殖群体的遗传多样性进行比较,发现岩原鲤长寿及涪陵地区人工养殖群体遗传多样性明显低于野生群体,但略高于北碚人工养殖群体。为保持岩原鲤人工养殖群体的遗传多样性,应尽量选择遗传距离较远的亲本进行配对,并定期补充不同遗传背景的个体作为后备亲鱼。     

汉族人线粒体DNA单倍型与散发型帕金森病关系的研究

目的：研究汉族人线粒体DNA（mtDNA）单倍型与散发性帕金森病（PD）的关系。方法：用酚／氯仿法从65例PD患者和50名健康者（对照组）的外周静脉血中提取基因组DNA,通过斑点杂交方法对PD患者和对照组的10个单核苷酸多态性（SNP）位点（G1719A,G4580A,C7028T,G8251A,G9055A,A10398G,A12308G,G13366A,C13708T,G16391A）和单倍型进行检测。结果：PD组G1719A突变5例、G9055A突变2例、C13708T突变4例,对照组G1719A突变1例,2组的突变率无显著性差异（P〉0.05）。PD组H单倍型54例（83.1％）,其他11例（16.9％）;对照组H单倍型49例（98.0％）,其他1例（2.0％）。结论：10398G不是汉族人散发性PD发病的易感因子,也没有保护作用;不宜用H、I、J、K、T、U、V、w和x等9个mtDNA单倍型来评估汉族人散发性PD发病风险。     

藏羚羊mtDNA D-Loop区遗传多样性研究

该研究采用非损伤性DNA基因分型技术,对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444~446bp）进行了序列分析,结果显示A、T%含量（61.8%）明显高于G、C%含量（38.2%）,共发现10种单倍型,包括48个多态位点,其中转换位点44个、颠换位点1个、插入位点1个、缺失位点2个。单倍型间平均遗传距离为0.031,单倍型多态性（h）为1.000,核苷酸多态性（π）为2.96%。说明藏羚羊线粒体控制区存在着丰富变异,最后从藏羚羊的生态习性及地理分布两方面对这一结果进行了分析探讨。      

中国部分黄牛品种mtDNA遗传多态性研究

对我国8个黄牛品种22个个体的mtDNA D-loop区910bp全序列进行了分析。结果表明：8个黄牛品种D-loop区序列中,A T平均含量为61．65％;经比对,共检测到66个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的7．25％;D-loop全序列突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存,它们分别占核苷酸多态位点的81．82％、6．06％、7．57％、3．03％及1．52％。以欧洲牛mtDNA D-loop全序列为标准,8个黄牛群体D-loop的平均核苷酸变异率分3个层次：西镇牛、蒙古牛、黑白花牛及秦川牛的核苷酸变异率最低,分别为0．37％、0．44％、0．52％和0．66％;南阳牛与郏县红牛的核苷酸变异率居中,分别为1．91％和2．02％;晋南牛与岳阳牛的核苷酸变异率最高,分别为4．47％和4．73％。中国黄牛品种内D-loop区序列歧异度为0．55％～5．39％,品种间序列歧异度为1．21％～6．59％。在所测黄牛个体中,mtDNA D-loop序列由19种单倍型组成,单倍型比例为86．36%,说明中国黄牛mtDNA遗传多态性很丰富。由此构建了中国8个黄牛品种的NJ分子系统树,聚类分析表明：所测黄牛的mtDNA D-loop序列表现为3个单倍型组,从而揭示中国黄牛可能有3个母系起源,以普通牛起源和瘤牛起源为主。     

海南长臂猿线粒体D-loop区序列分析及种群复壮

海南长臂猿(Nomascus hainanus)是世界上最濒危的灵长类动物之一, 但目前有关海南长臂猿的种群遗传学方面的信息以及种群复壮所面临的困难未见报道。为更好地保护该极危物种, 作者以粪便为研究材料, 首次在分子生物学水平上测定了海南长臂猿1个群体(B群)共6个个体的线粒体D-loop区基因序列。结果显示: 202 bp的D-loop区基因共检测到5个变异位点, 4个单倍型, 单倍型多样性(h)为0.6000, 核苷酸多样性(π)为0.00829, 表明海南长臂猿B群的遗传多样性较低; 与此同时, 海南长臂猿还面临着种群数量过小, 性比失衡, 以及栖息地质量低下等严峻的问题。     

应用mAPLP方法分析湖南汉族、苗族和土家族mtDNA编码区多态性

为建立线粒体DNA编码区SNP快速分型方法, 在线粒体DNA编码区选取16个SNP位点(5178A、10398A、14979C、 8020A、 13104G、11959G、10400T、14178C、3970T、5417A、11969A、12811C、10873T、4580A、7028C、12612G), 采用多重扩增产物片段长度多态性分析方法, 对湖南地区汉族、苗族和土家族各100人进行了mtDNA编码区多态性分析。结果显示SNP 3970T在汉族和土家族人群中的分布频率(均为17%)与苗族相比(8%)存在明显差异(P＜0.01), SNP 8020A在汉族人群中的分布频率(6%)与苗族和土家族人群( 分别为2%和0%)相比存在差异( P＜0.05)。在所分析的300名个体中, 共检测到45种单倍型, 3个民族共有的单倍型12种, 两个民族共有的有10种, 有23种单倍型仅在1个民族中出现, 其中汉族特异性的单倍型有8种, 苗族特异性的有6种, 土家族特异性的单倍型有9种。mAPLP是通过设计两条不同的正向或反向引物(使PCR扩增片段长度不同)和1条共用的反向或正向引物, 使两个等位特异扩增片段大小不同, 从而达到SNP分型。     

广西壮族人群线粒体ＤＮＡ序列遗传多态性分析

测定了８３例广西壮族人的线粒体ＤＮＡ（mtDNA）第一高变区５１５bp的序列,并从这一母系遗传标记的角度对壮族人群的起源和群体的遗传结构进行了探讨,在所测定的８３个个体中,共检测到６６个单倍型,包括７１个多态位点,显示了高度的遗传多样性,对单倍型的系统发育分析表明：壮族人群内部存在一定的分化,不同地区的壮族人群在mtＤＮＡ遗传变异上有一定的差异,其中柳州和河池地区的个体有一半以上属于聚类簇Ⅱ,而南宁和百色地区的个体属于聚类族Ⅰ的较多,结合已相关报道的人群比较分析显示,壮族和我国北方民族群体亲缘关系较远,而与南方的少数民族及南方汉族亲缘关系较近,壮族人群中单倍型辐射型体分布,系统树中壮族人群与其他人群聚类先后次序都表明壮族是一个较为典型的南方群体。     

贵州瑶族3支系Y-DNA及线粒体DNA序列多态性分析

采用PCR－RFLP技术,通过观察由12个单核苷酸多态位点(SNPs)组成的Y染色体单倍型及由9个多态位点组成的线粒体DNA单倍型在贵州瑶族中的分布,分析贵州瑶族父系及母系遗传结构,探讨其起源及迁徙。结果显示,97份男性样本分别属于H7、H8、H9、H11 4种Y-DNA单倍型,苗瑶语系特异Y-DNA单倍型H7的平均频率为92.4%;通过对线粒体DNA基因分型,得到8种单倍型,可归入B4、B5、D4、D5和N*单倍型类群中,CoⅡ/tRNA^Lys区域间的9bp缺失平均频率为58.2%。结果提示贵州瑶族父系遗传结构单一,具有典型的苗瑶族群特征,又存在与其他族群的融合。母系遗传结构相对复杂,9 bp缺失是贵州瑶族的母系遗传结构特征。      

舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析

小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一,过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,序列长度在795~801bp之间,长度差异不大。采用ClustalX1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析,结果显示:53条小黄鱼线粒体DNA D-loop区的T、C、A和G碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%,排除13处核苷酸的插入或缺失后,共检测到93处转换和颠换位点,约占分析序列总长度的11.6%,其中包括53个单一多态位点和40个简约信息位点,共确定了52种单倍型,单倍型多样性(hd)为0.9993,单倍型间的平均遗传距离为0.012,转换/颠换平均值为4.305,平均核苷酸差异数(k)为9.73875,核苷酸多样性(π)为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。