鹿科动物线粒体控制区序列分析与系统进化

通过测定鹿科麂亚科中的小麂、赤麂和黑麂的线粒体全基因组,从而定位它们的控制区,并从GenBank获得鹿科另外3个亚科9种动物的线粒体控制区全序列。利用MEGA软件计算了各物种控制区序列的碱基组成、遗传距离和遗传相似度,通过比较序列同源性,以羊线粒体控制区序列为外群,构建NJ分子系统树,探讨了鹿科4个亚科12种动物的系统进化关系。序列分析表明,鹿科12种动物控制区序列的碱基长度在909～1049bp之间,A T含量约占62．06％,其中363个核苷酸位点存在变异(约占34％)。系统进化关系结果表明：(1)以线粒体控制区构建的鹿科12种动物分子系统树基本与NCBI分类一致;(2)美洲鹿亚科驼鹿属驼鹿在鹿科这12种动物中处于最为原始的地位;(3)小麂比赤麂和黑麂更为原始;(4)獐亚科獐属的獐与美洲鹿亚科狍鹿属的狍鹿和美洲狍鹿聚为一支。     

鸮形目两种鸟类线粒体基因组全序列测定与比较研究

利用Long-PCR和Primer Walking结合克隆测序法对短耳鸮和长耳鸮线粒体基因组进行了全序列测定. 结果表明: 短耳鸮mtDNA序列全长为18858 bp, 长耳鸮mtDNA全长为18493 bp, 其中短耳鸮mtDNA是目前已知最长的鸟类线粒体基因组. 两种鸮类的基因组结构和基因排列顺序与家鸡相同, 无假控制区, 在ND3基因174位点都存在一个额外插入的胞苷酸(C). 控制区序列异常增大是造成这两种鸟类mtDNA增大的主要原因, 短耳鸮控制区长度为3288 bp, 长耳鸮为2926 bp, 这是目前已知的脊椎动物线粒体基因组中仅次于盲鳗的最大的控制区. 在其控制区3′端存在大量的串联重复序列, 分析发现这两种鸮类的重复序列和Mt5调控元件有较高的序列相似性, 且能形成多重的茎环二级结构, 这表明该重复序列可能具有一定的生理功能, 影响线粒体基因组的复制或转录表达, 从而使相应物种具有更大的选择优势, 以适应环境和生存竞争.     

中国狼不同地理种群遗传多样性及系统进化分析

为了解中国狼不同地理种群遗传多样性及系统发育情况,从中国境内狼的主要分布区青海、新疆、内蒙古和吉林4个地区采集样品,用分子生物学技术手段成功地获得44个个体线粒体DNA控制区第一高变区(HVRⅠ)序列和40个线粒体Cyt b部分序列。线粒体控制区HVRⅠ共检测到51个变异位点,位点变异率为8.76%;线粒体Cyt b部分序列发现31个变异位点,位点变异率为5.33%,未见插入及缺失现象,变异类型全部为碱基置换。共定义了16个线粒体HVRⅠ单倍型,其中吉林与内蒙种群存在共享单倍型,估计这两地间种群亲缘关系较近。4个地理种群中新疆种群拥有较高的遗传多样性(0.94)。中国狼种群总体平均核苷酸多态性为2.27%,与世界其他国家地区相比,中国狼种群拥有相对较高的遗传多样性。通过线粒体HVRⅠ单倍型构建的系统进化树可以看出,中国狼在进化上分为2大支,其中位于青藏高原的青海种群独立为一支,推测其可能长期作为独立种群进化。基于青海种群与新疆,内蒙种群的线粒体Cyt b遗传距离,推测中国狼2个世系可能在更新世冰川时期青藏高原受地质作用急速隆起后出现分歧,分歧时间大约在1.1 MY前。     

用mtDNA控制区序列鉴定长须鲸标本

测定了采自长江口和杭州湾交汇海域的一头死亡大型须鲸骨骼标本的线粒体DNA(mt DNA)控制区序列(Control region)976 bp(登录号MF781125)、细胞色素C氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)序列642 bp(登录号MG010134)和Cyt b序列307 bp(登录号MG010133)。通过与Gen Bank已发表的同源序列blast结果表明,与美国加利福尼亚海域长须鲸(Balaenoptera physalus)的控制区序列相似度达99%,仅在756 bp处有一个碱基T和C转换的差异;基于HKG+G模型,使用UPGMA聚类分析法和最大似然法(ML)构建的系统发育树与blast结果一致,故将标本鉴定为长须鲸,推测该个体来源于北太平洋。获取的细胞色素C氧化酶Ⅰ和Cyt b序列存在多个终止密码子,无法获取同源性较高的序列,推断可能为线粒体假基因。     

用mtDNA序列鉴定出上海海域 须鲸科物种大村鲸

测定了采自上海海域的一头死亡须鲸骨骼样本的线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b基因（Cyt b）序列330 bp（登录号MK295815）、细胞色素C氧化酶Ⅰ基因（COⅠ）序列206 bp（登录号MK317953）和控制区（control region）序列231 bp（登录号MK317954）。通过GenBank中的BLAST分析,结果表明,样本的上述三部分序列与大村鲸（Balaenoptera omurai）对应序列的相似性均达到100%,基于最大似然法（ML）法构建的系统发育树与BLAST结果一致,故将标本鉴定为大村鲸,为上海海域首次记录。     

两种竹鸡线粒体DNA的遗传变异

采用PCR和直接测序的方法测定灰胸竹鸡(Bambusicola thoracica)与棕胸竹鸡(B.fytchii)线粒体DNA(mtDNA)控制区1142bp的序列,分析二者间的遗传变异。两种竹鸡间共发现32个变异位点,其中20个转换,12个颠换。灰胸竹鸡mtDNA控制区的碱基含量T34.26%、C25.98%、A24.84%和G14.96%,棕胸竹鸡的分别是T34.47%、C25.60%、A25.03%和G14.93%。t-检验分析显示,两种竹鸡mtDNA控制区的T和C含量差异显著。在系统发生树上,两种竹鸡在系统发生树各聚成一支,支持率达到100%。两种竹鸡间的遗传距离是0.0396。根据分子钟计算,它们大约在200万年前分歧进化。推测它们的物种形成主要受更新世第二次寒冷期的影响。     

鳄龟科和平胸龟科线粒体控制区序列分析和结构比较

本文参照龟类近缘种的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)控制区(control region,CR)及邻接序列,设计了二对特异引物,采用PCR和测序技术,获得了大鳄龟(Macroclemys temminckii)、小鳄龟(Chelydra serpentina)和平胸龟(Platysternon megacephalum)mtDNA CR区序列,其长度分别为1062bp、1124bp和1119bp;A T的含量分别为68.93%、69.34%和69.44%。序列分析显示,三种龟CR区3'末端均存在丰富的微卫星序列,其中大鳄龟和小鳄龟各有一段2bp的TA序列分别重复20和15次;小鳄龟另有一段5bp的TATAT序列重复13次;平胸龟则是一段10bp的AGTATGTTAT序列重复4次和一段17bp的GTTGTTATATAACATAT序列重复13次。本文还结合GenBank中已发表的其他6种龟鳖类动物的控制区序列,探讨了龟鳖类动物微卫星序列的类型及分布,结果表明:9种龟鳖类动物都存在丰富的微卫星序列,且微卫星所在位置及序列存在很大差异。     

新疆两个民族人群线粒体DNA V区缺失多态性

目的：调查中国新疆塔吉克族和柯尔克孜族人群线粒体DNA COⅡ／tRNA^Lye基因间小非编码V区串联重复序列9-bp缺失频率。方法：应用PCR及DNA序列分析技术。结果：研究发现,在塔吉克族及柯尔克孜族样本中只发现标准型和缺失型两种多态性,70例柯尔克孜族人群中有2例（2．86％）mtDNA 9bp缺失;70例塔吉克族人群中有1例（1．43％）mtDNA 9-bp缺失。结论：研究结果表明中国新疆塔吉克族和柯尔克孜族人群中存在很少的mtDNA 9bp缺失多态性,与其他民族或人种有一定差异。     

用mtDNA序列鉴定一头小布氏鲸标本

测定了采自浙江省瑞安市的一头须鲸类标本的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,cyt b)基因369bp和控制区（control region)933bp的序列,通过与已发表的须鲸类同源序列比对,发现与西太平洋和日本水域的布氏鲸的cyt b基因和控制区分别有6.78%-7.05%和13.30%－14．40％的序列差异,而与来自所罗门群岛的布氏鲸之间cyt b基因的序列完全相同,控制区的序列也仅相差一个碱基（0.28%)。提示与邻近的西太平洋和日本海的普通布氏鲸在遗传上有显著区别,而可能与所罗门群岛的布氏鲸为同一种,即小布氏鲸（Balaenoptera edeni)。同时表明,应用分子生物学手段为进行鲸肉及其制品的种类鉴定是可行和有效的。     

广东地区汉族群体线粒体DNA 9bp序列缺失频率研究

旨在研究中国广东省部分地区汉族人群线粒体DNA RegionⅤ9bp序列缺失情况.采用PCR-PAGE和直接测序法对3个群体144份样本mtDNA RegionⅤ进行序列分析.结果只检测到标准型和短型(即9 bp缺失)两种多态.广东汉族人群的平均缺失频率为21.5%,广州、东莞和湛江汉族人群的缺失频率依次为20.8%、19.2%和25.0%.由此得出,广东汉族人群mtDNA 9 bp缺失频率较高,与其它地区汉族群体存在一定的差异.     

Global phylogeography of the genus Capreolus (Artiodactyla: Cervidae), a Palaearctic meso‐mammal

Areas of sympatry and hybridization of closely related species can be difficult to assess through morphological differences alone. Species which coexist and are similar morphologically may be distinguished only with molecular techniques. The roe deer (Capreolus spp.) is a meso‐mammal having a Palaearctic distribution, with two closely related species: the European C. capreolus and the Siberian C. pygargus. We analysed mtDNA sequences from 245 individuals, sampled through all the entire range of the genus, to investigate the distribution of genetic lineages and outline phylogeographical patterns. We found that: (1) a C. pygargus lineage occurs in Poland and Lithuania, much farther west than the area which so far was believed its westernmost limit; (2) no haplotype of this C. pygargus lineage matches any found in East Europe and Asia – this should rule out human introductions and may indicate Pleistocene–Holocene migrations from the east; (3) no geographical structuring of C. pygargus lineages occurs, questioning the existence of putative subspecies; (4) several genetic lineages of C. capreolus can be recognized, consistent with the existence of two subspecies, respectively in central–southern Italy and southern Spain. Coalescence times suggest that intraspecific variation in C. capreolus and C. pygargus developed approximately 100–10 kya. The extant mitochondrial lineages pre‐dated the Last Glacial Maximum. Capreolus pygargus must have moved westward to Central Europe, where at least one genetic lineage still survives, coexisting with C. capreolus. © 2013 The Linnean Society of London     

圈养条件下狍繁殖行为的研究

本试验研究了狍(东北亚种)在人工饲养条件下的繁殖行为。研究结果表明:(1)在交配季节,雄狍具有卷唇嗅闻、扒土等行为;雄狍与雌狍的卧息、冲突行为差异显著,尾阴探究差异极显著。(2)妊娠雌狍选择隐蔽处分娩产仔。(3)在临产前,雌狍有临产表现,采取侧卧分娩姿势,仔狍娩出后,舔食仔狍的胎水和胎膜。     

黑龙江省胜山林场冬季驼鹿、马鹿和狍的种间关系

1987—1989年的两个冬季在黑龙江省黑河市胜山林场,对驼鹿、马鹿和狍的食性、采食高度和栖息地进行了研究。驼鹿的主要食物是柳(22.4％)、榛(16.0％)、红松(14.3％)和桦(13.8％);马鹿为杨(36.0％)、桦(22.7％)和红松(17.3％);狍为桦(26.5％)、柳(19.0％)、杨(12.7％)。三种动物采食高度的频次为正态分布。驼鹿的采食高度(标准差)为137.4(±39.0)厘米;马鹿为136.2(±37.0)厘米;狍为84.2(±29.2)厘米。驼鹿和马鹿对红松林的利用程度最高,而狍主要利用沼泽植物和红松林。驼鹿与狍在食物维和栖息地维上的生态位重叠最大,驼鹿与马鹿在采食高度维上的重叠最大。三种动物在食物、采食高度和栖息地三维生态位上的重叠大小的顺序为:驼鹿和马鹿>驼鹿和狍>马鹿和狍。     

黄泥河自然保护区狍冬季卧息地选择

2009年12月到2010年1月,在黄泥河自然保护区采用样线法对狍冬季卧息地选择进行研究.在研究中共设置了47条样线,调查了72个狍利用样方和109个对照样方,评价了15类生态因子对狍冬季卧息地选择的影响.研究结果表明:在黄泥河自然保护区冬季,狍在卧息时喜欢选择平均海拔在591 m,位于阳坡中坡位上雪被较浅、食物丰富度、灌丛盖度、郁闭度和隐蔽水平都较高的针阔混交林生境,尤其喜欢在针阔混交林中的针叶树下卧息,避开选择阴坡、针叶林和裸岩.逻辑斯蒂回归分析结果表明:食物丰富度、针叶树、雪深、裸岩和海拔是影响黄泥河自然保护区冬季狍卧息地选择的主导因子,林型、坡向和隐蔽水平是次要因子.由这7个变量组成的回归模型为:Z=32.628+11.675×坡向(1) +9.741×坡向(2)-5.486×林型(1)-7.933×林型(2)-7.496×裸岩(1)-9.906×针叶树(1)-0.043×海拔+0.170×隐蔽水平+0.220×食物丰富度-0.429×雪深.模型选择利用概率为P(z)=ez/1+ez,整体正确预测率为96.1％.     

Hypoderma actaeon: an emerging myiasis in roe deer (Capreolus capreolus)

Subcutaneous larvae of Hypoderma spp. (Diptera: Oestridae) were detected in the dorsal region in 10 roe deer, Capreolus capreolus (Artiodactyla: Cervidae), hunted in central Spain between January and March 2016. All larvae were found in the inner side of the hide during the skinning of the animals. The study of the morphological features of eight larvae of different stages collected from two animals allowed the identification of Hypoderma actaeon Brauer. The small size (4–5 mm) of some of the first instars suggests that the internal lifecycle of H. actaeon may be exclusively subcutaneous. This is the first confirmation of H. actaeon in roe deer; however, further studies to assess the spread of the parasite and to follow the evolution of this myiasis in roe deer are needed.     

黄泥河自然保护区狍冬季栖息地选择

2009年12月—2010年1月,在黄泥河自然保护区采用样线法对狍冬季栖息地选择进行了研究。共设置了47条样线,调查了109个狍利用样方和109个对照样方,测定了海拔、坡度、坡向、坡位、隐蔽级、郁闭度、食物丰富度、灌丛盖度、树胸径、人为干扰距离、林型、裸岩、雪深、倒木和针叶树15类栖息地因子。Baileys法和Mann-WhiteyU检验表明:在黄泥河自然保护区冬季,狍喜欢在坡度平缓、平均海拔602m,位于阳坡或半阴半阳坡的中坡位上雪被较浅,食物丰富度、灌丛盖度和隐蔽级都较高的针阔混交林生境中活动,对倒木因子表现出明显的选择性,避开选择阴坡、裸岩和针叶林生境。在主成分分析中,前5个主成分中的累积贡献率达到88.6%,第一主成分贡献率为30.8%,主要反映利用样方的林型、海拔和隐蔽级的影响,第二主成分贡献率为26.5%,主要反映利用样方的食物丰富度和灌丛盖度影响。