小麦黄花叶病毒基因组核苷酸序列分析

以小麦黄花叶病毒 (WYMV)HC分离物为材料 ,合成病毒基因组cDNA并进行序列分析 .结果表明 ,病毒RNA1共有 76 2 9个核苷酸 ,编码 1种由 2 40 7个氨基酸组成的多聚蛋白 ,切割产生病毒外壳和其他 7种可能的蛋白质 .该病毒的RNA2共有 36 39个核苷酸 ,编码 1种由 90 3个氨基酸组成的蛋白 ,可能切割产生 2种非结构蛋白 .WYMV虽然与小麦梭条花叶病毒 (WSSMV)在基因组结构上具有相似性 ,但是两者间在核苷酸及氨基酸水平上的同源性却分别低于 70 %和 75 % .由此结果可以确认 ,WYMV与WSSMV是大麦黄花叶病毒属 (Bymovirus)的 2种不同病毒 .     

烟草花叶病毒蚕豆株系基因组全序列 分析及结构特征*1)

根据已报道的TMV-U1株系核苷酸序列合成引物,利用RT-PCR技术获得了覆盖整个烟草花叶病毒蚕豆株系（TMV-B）基因组的cDNA重组克隆.结合末端测序技术,完成了TMV-B全基因组序列测定.TMV-B全基因组共有6 395个核苷酸组成,包括4个开读框（ORF）,分别编码126 ku（含1 116个氨基酸）、183 ku（含1 616个氨基酸）、30 ku（含268个氨基酸）和17.5 ku蛋白（含159个氨基酸）.TMV-B与TMV-U1相比全基因组同源率达99.4%,两病毒基因组5′,3′非编码区和CP基因完全相同.TMV-B与TMV-U1之间在126 ku蛋白中有6个氨基酸差异,54 ku蛋白中有2个差异,30 ku蛋白中有3个差异.对导致TMV-B侵染蚕豆的可能致病机理进行了分析.     

耐药淋球菌相关核苷酸序列的克隆与初步分析*

为克隆淋球菌染色体耐药相关核苷酸序列,我们利用抑制性消减杂交技术构建耐药性淋球菌与标准参考菌株差异DNA消减库,从中筛选淋球菌耐药相关核苷酸序列。通过初步筛选,对克隆得到的DNA片段进行测序,经GenBank和淋球菌基因组序列库检索分析,发现5个未知新核苷酸序列。这些核苷酸序列可能与淋球菌染色体耐药性相关,将为研究淋球菌耐药性提供新的实验对象。     

肠道病毒71型中国分离株全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH98基因组建立了覆盖全基因组的5个首尾重叠的克隆,并在此基础上进行了全基因组(未包括多聚腺苷酸尾)7408个碱基的核苷酸序列测定.数据分析表明,SHZH98株与其他EV71毒株相比,5′UTR和3′UTR的长度和序列有一定的差异.同源性分析发现,与免疫源性密切相关的P1结构蛋白基因与台湾流行株的同源性最高,与欧美流行株的同源性较低,P2,P3区非结构蛋白基因的同源性与Coxsakievirus A16及MS,BrCr株较高,而与台湾流行株相比则较低.遗传进化分析发现,SHZH98株结构蛋白基因与台湾流行株亲缘关系较近,而非结构蛋白基因与Coxsakievirus A16及MS,BrCr株的亲缘关系较近.上述结果在分子水平上对肠道病毒71型中国分离株进行分析,并探索了中国分离株的可能进化途径,有助于肠道病毒71型及整个肠道病毒的基础研究和我国对于EV71所致疾病的预防.     

小麦黄花叶病毒和小麦梭条斑花叶病毒的生物学和分子生物学研究

线状土传小麦花叶病毒病在欧洲、亚洲和北美洲等地均有发生.这类病毒由根肿菌纲的禾谷多粘菌(Polymyxa graminis)传播,并归类于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)的大麦黄花叶病毒属(Bymovirus).     

我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH03进行了全基因组(未包括多聚腺苷尾)7406个碱基的核苷酸序列测定.结果表明,SHZH03株与其它肠道病毒71型毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,其5′UTR和3′UTR区的长度和序列有一定的差异.核苷酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与SHZH98株、中国台湾流行株(TW2086、TW2272)的同源性较高(分别为92.5%,90.1%和87.9%),与新加坡流行株SIN5666、SIN5865及标准株MS、BrCr的同源性则在81%左右,而与Coxsackievirus A16(Cox.A16)的同源性最低(63.6%).氨基酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与Cox. A16的同源性最低,但在P2和P3区SHZH03株与Cox.A16的同源性最高.P1区的遗传进化分析表明,SHZH03株和中国台湾1998年流行的EV71毒株的亲缘关系较近,属于同一型(genogroup),而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远.上述结果有助于肠道病毒71型的基础研究和中国对于EV71所致疾病的预防.     

芜菁花叶病毒温州分离物HC-Pro基因序列分析*

从浙江温州盘菜上获得芜菁花叶病毒温州分离物（TuMV-WZ）,病毒提纯后,经电镜观察,可发现大量长约700nm的线形粒子。利用免疫捕捉RT-PCR,通过特异性引物对TuMV-WZ的HC-Pro基因进行PCR扩增,经电泳可见1.5kb的特异条带。PCR扩增产物经过纯化后进行序列测定,序列长度为1449个核苷酸,编码482个氨基酸。其核苷酸序列与已报道的TuMV的其他分离物（Canada,Ukl和Japanese）同源率分别为83.9％、96.5％和94.0％,氨基酸同源率分别为97.3％、98.8％和99.     

花椰菜花叶病毒(新疆分离物)基因组DNA的全部核苷酸序列

用Maxam-Gilbert化学切断法,从含全长病毒DNA的克隆pCaMV C17中,测定了CaMV-XJ基因组的全部核苷酸序列。CaMV-XJ DNA含有8,060个碱基对。在不同的译读相位中,CaMV基因组含有6个主要ORF或可能的基因,与其他巳作全序列测定的三个CaMV分离物比较,有三个显著的差别;(1)ORFⅥ编码的氨基酸变化达16％,显著高于其他区域的变化和其他三个分离物之间的差别,(2)在ORFⅣ的近氨基末端有39bp的插入,它与被插入区的序列几乎是直接重复;(3)由于核苷酸置换而引入了终止信号,所以T.Hohn[2]推测,可能存在的ORFⅦ不可能编码有功能的蛋白。     

一种中国发生的真菌传小麦花叶病毒RNA－13＇末端核苷酸序列分析

以采自河南的真菌传小麦花叶病毒（ＦＷＭＶ－Ｃ）为材料,抽提病毒ＲＮＡ,合成互补ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）。对杂交筛选所得ｃＤＮＡ克隆进行亚克隆及序列分析,结果表明,亚克隆ｐＧＳＩ含有一个长度为８９１个核苷酸的不完整开放阅读框架（ＯＲＦ）和长度为２５８个核苷酸的３＇末端非编码区（ＮＴＲ）,并带有Ｐｏｌｙ（Ａ）尾序。此段序列与大麦黄花叶病毒（ＢａＹＭＶ）及法国报道的一种小麦梭条花叶病毒（ＷＳＳＭＶ－Ｆ）的ＲＮＡ－１３＇末端分别具有６７．６％和６９．９％的同源性。由所测序列编码区（１－８９１ｎｔ）可推导产生２９６个氢基酸,并与ＷＳＳＭＶ－Ｆ及ＢａＹＭＶ外壳蛋白氨基酸序列分别具有７５．９％和７１％的同源性。此结果表明,ＦＷＭＶ－Ｃ为另外一种不同于ＷＳＳＭＶ－Ｆ的大麦黄花叶病毒组（Ｂａｙｍｏｖｉｒｕｓ）病毒,所测基因组片段应为ＲＮＡ－１３＇末端序列,其中可能包括了病毒全长外壳蛋白编码区域。     

西瓜花叶病毒中国分离株全基因组核苷酸序列测定

西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)是马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员,主要危害西瓜和甜瓜,引起花叶病。在田间,该病害主要由蚜虫以非持久性方式传播。西瓜和甜瓜花叶病在国内陕西、山东、云南、辽宁、山西、新疆、河南和黑龙江等地广泛发生[1-6]。从20世纪80年代中期开始发生,逐渐上升为普遍发生的主要病害。我国大部分地区因西瓜和甜瓜病毒病造成的损失为30%~50%,甚至会绝产,西瓜花叶病毒已经成为制约西瓜和甜瓜高产稳产最主要的因素之一[7]。到目前为止,多数工作集中在对西瓜和甜瓜病毒病的鉴定,在分子生物学上仅限于对CP基因…     

小麦黄花叶病毒低分子量RNA1的鉴定

利用小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic virus, WYMV)潢川分离物连续继代机械接种感病小麦品种鄂恩1号,经继代接种12 代以上的小麦症状明显加重, Northern blot 检测发现一条明显的低分子量病毒RNA1(LMW RNA1),并在随后至26代的继代接种发病材料中稳定存在,但在利用同样病叶提纯的病毒粒子内检测不到LMW RNA1,表明其不能被包装到病毒粒子内。序列分析结果表明,低分子量RNA1 由病毒RNA1 发生内部缺失而产生,从RNA1 5′端非编码区(第68nt)到CI基因编码区的3′端(第2448nt)共缺失2380 个核苷酸,在缺失区域两端的结合位点存在六个碱基的正向重复序列CGTCTC。据此对此低分子量RNA1 的缺失机制进行了讨论,认为由一种模板转换机制导致了缺失的发生。     

22株猪瘟病毒E2基因部分编码序列的序列分析*

利用RT PCR方法获得了 1 3株猪瘟病毒分离株、石门系强毒、中国C株及法国温度敏感株Thiverval株的E2基因部分编码序列的扩增片段 ,并对其进行了测序 ,得到了251bp的E2基因部分编码序列。利用DNAStar软件对其中224bp的片段进行了序列分析 ,并与已发表的Alfort、Brescia等毒株进行比较 ,结果 1 3株猪瘟分离株所测片段均为猪瘟病毒E2基因的序列 ,与石门系强毒的序列相比所有毒株的碱基替换随机地分布于整个序列 ,无碱基缺失和碱基插入。其中变化较大的区域位于序列的 3′端。     

小麦黄花叶病毒低分子量RNA1的鉴定

利用小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic virus, WYMV)潢川分离物连续继代机械接种感病小麦品种鄂恩1号,经继代接种12代以上的小麦症状明显加重,Northern blot检测发现一条明显的低分子量病毒RNA1(LMW RNA1),并在随后至26代的继代接种发病材料中稳定存在,但在利用同样病叶提纯的病毒粒子内检测不到LMW RNA1,表明其不能被包装到病毒粒子内.序列分析结果表明,低分子量RNA1由病毒RNA1发生内部缺失而产生,从RNA1 5'端非编码区(第68nt)到CI基因编码区的3'端(第2448nt)共缺失2380个核苷酸,在缺失区域两端的结合位点存在六个碱基的正向重复序列CGTCTC.据此对此低分子量RNA1的缺失机制进行了讨论,认为由一种模板转换机制导致了缺失的发生.     

芜菁花叶病毒(TuMV)特性的研究进展*

芜菁花叶病毒 (TuMV)是世界范围内广泛分布的重要病毒。从生物学和理化特性、基因组结构、侵染和繁殖、变异及利用转基因技术提高病毒抗性等方面对TuMV的国内外研究现状进行了阐述。     

山东烟台小麦土传病毒病由小麦黄花叶病毒和土传小麦花叶病毒相关病毒复合侵染所致

在山东省烟台地区的小麦上发生一种由土壤中禾谷多粘菌Polymyxa graminis传播的病毒病,感病小麦植株表现矮化褪绿和花叶症状.我们于1997年4月从病区采集感病小麦植株,进行了病毒种类鉴定.直接电镜观察发现有二种病毒粒子,一种粒子呈棒状,占大多数,其长度约为300nm和150nm; 另一种粒子呈线状,数量较少,长度为500nm～700nm.免疫电镜结果表明,棒状病毒粒子仅与土传小麦花叶病毒(soil-borne wheat mosaic virus, SBWMV)抗血清反应,而不与小麦黄花叶病毒(wheat yellow mosaic virus,WYMV)抗血清和小麦梭条斑花叶病毒(wheat spindle streat mosaic virus,WSSMV)抗血清反应;反之,线状病毒仅与WYMV、WSSMV抗血清反应,而不与SBWMV抗血清反应.用WYMV和SBWMV两种抗血清同时进行修饰时,线状病毒粒子和棒状病毒粒子均发生反应.     

苜蓿花叶病毒提纯方法的改进*

用来自于白车根草（Trifolium repens）上的一个苜蓿花叶病毒分离物AMV－SY为材料,比较了3种以差速离心为主结合PEG沉淀和超速离心提纯病毒的方法,对提纯病毒进行紫外吸收测定、电镜检查和SDS－聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果显示：以交替使用含有0.1mol/LEDTA和0.1mol/L MgSO4的磷酸缓冲液作为病毒悬浮介质的提纯程度最为理想,该方法提取苜蓿花叶病毒的得率为47.6mg/100g昆诺藜鲜病叶,该病毒分离物的外壳蛋白分子量为29kD。该方法的病毒得率较高、杂蛋白较少、病毒粒子完整,是比较理想的提纯方法。     

水稻黄矮病毒基因2的核苷酸序列

从水稻黄矮病毒基因组的ｃＤＮＡ文库中,获得了包含邻接核衣壳蛋白基因的基因２的克隆,并测定了其核苷酸序列。ＲＹＳＶ基因２的５‘端起始序列推测为５’ＡＡＣＡＣ－３‘,该起始序列与ＲＹＳＶ其他基因及其他弹状病毒基因的５’端起始序列高度同源。     

黄单胞菌多糖发酵中试*

野油菜黄单胞菌（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ）Ｌ４在两吨发酵罐中,以蔗糖为底物发酵７２ｈ,发酵液粘度达到６０００～１２０００ｃｐ,转化率平均达到６２．４５％。