一种快速有效的识别DNA重复序列的方法

按统计的相应分析方法设计和编制了基因组重复序列的识别软件。经众多Ａｌｕ序列的回顾性分析,错报率为４．８％,漏报率为５．８％,又地剪入编码区的Ａｌｕ序列的细致检查和对Ｔ细胞受体基因组的Ａｌｕ序列的大尺度搜索,证实本程序是一种快束速和良好的识别ＤＮＡ重复序列的工具。     

基于DNA序列数据挖掘算法研究

引入数据挖掘技术,研究DNA序列数据内在规律性,并给出DNA序列分类问题的算法．综合考虑碱基组的出现概率以及相邻氨基酸之间的关系,从DNA序列片段的个案中密码子分布密度角度出发,提取出已知类别的DNA序列片段的特征;应用分类的逐步判别分析方法,剔除判别能力不显著的变量,给出DNA序列分类的判别函数．仿真结果表明,该算法具有分类计算公式简单且分类结果精度的优点．     

一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法

在原有的生物大分子序列比对算法的基础上,结合图论中的关健路径法,提出了一种新的计算两寡核苷酸序列间最大配对程度的算法。采用此算法结合生成并测试的方法,能够寻找给定长度的一组适用于DNA计算的寡核苷酸序列。同时采用DNA芯片杂交方法验证了用该算法设计的一组序列的杂交特异性。     

一种快速有效纯化DNA序列分析模板的方法

介绍一种ＤＮＡ序列分析模板的快速、有效的纯化方法。该法对ＤＮＡ模板的回收率可达９５％以上。多次测序结果表明,此法与其他常规纯化方法相比,具有简便、快速、有效、可靠等优点,其测序结果电泳带清晰,无模糊带及“鬼带”出现,重复性及稳定性较好。     

DNA序列信息的一种新的测度

根据信息理论给出了测度ＤＮＡ序列信息的一种新的方法,获得ＤＮＡ序列４个层次的信息量测度：Ｉｂ,Ｉｆ（１）,Ｉｆ（２）ａｎｄＩｆ（３）,这４种信息测度可分别用来测度ＤＮＡ的碱基序列、密码子序列、编码蛋白质序列和功能蛋白质序列的信息量。从Ｍ．ｅｄｕｌｉｓ的线粒体基因组中两个较短的编码蛋白质的ＤＮＡ序列和使用具有不同倍性的间并密码子组组成的模拟ＤＮＡ序列中所获得计算结果表明,这些信息测度确实能用来揭示所     

基于DNA序列K-tuple分布的一种非序列比对分析

文章在基因组K-tuple分布的基础上, 给出了一种推测生物序列差异大小的非序列比对方法。该方法可用于衡量真实DNA序列和随机重排序列在K-tuple分布上的差异。将此方法用于构建含有26种胎盘哺乳动物线粒体全基因组的系统树时, 随着K的增大, 系统树的分类效果与生物学一致公认的结果愈加匹配。结果表明, 用此方法构建的系统进化树比用其他非序列比对分析方法构建的更加合理。     

一种有效的DNA序列测定方法

比较了单链和双链DNA(ss和dsDNA)模板和两种不同的聚丙烯酰胺凝胶电泳对DNA序列测定的影响。结果表明:在相同的条件下,ssDNA模板明显优于dsDNA模板;缓冲液梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳测定DNA序列的长度在40cm长的胶上可达350nt。而一般的线性聚丙烯酰胺凝胶电泳才可测150nt。对于基因组序列分析,采用单链DNA模板和缓冲液梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳是一种有效的测定方法。     

一种能识别DNA重复顺序的序列装配方案

提出一种能识别ＤＮＡ重复顺序的序列装配方案。首先通过预筛选和序列联配来判断两处 否真正重叠。然后把来自不同重复区域的所有片段组建成一个重复重叠群（ｒｅｐｅａｔ ｃｏｎｔｉｇ）,而其余片段建成单拷贝重叠群（ｎｏｎｒｅｐｅａｔ ｃｏｎｔｉｇ）。接着重复重叠群被拆分成两个重叠群并与其余的单拷贝重叠群连接成全序列片段顺序。最后按照该全序列片段顺序进行序列多重联配,得到全序列。经过８个目标序列库的验证,表明     

快速检查寡聚DNA片段序列的方法

以质粒为模板,用待测寡聚DNA片段和通用测序引物进行PCR（聚合酶链式反应）,PCR片段经纯化后插入到pUC－18或pUC－19的多克隆位点中,然后用通用测序引物测定重组质粒上待测寡聚DNA片段,即可清晰、正确地知道它的序列．     

基于DTW距离的DNA序列相似性分析

在DNA序列相似性的研究中,通常采用的动态规划算法对空位罚分函数缺乏理论依据而带有主观性,从而取得不同的结果,本文提出了一种基于DTW（Dynamic Time Warping,动态时间弯曲）距离的DNA序列相似性度量方法可以解决这一问题．通过DNA序列的图形表示把DNA序列转化为时间序列,然后计算DTW距离来度量序列相似度以表征DNA序列属性,得到能够比较DNA序列相似性度量方法,并用这个方法比较分析了七种东亚钳蝎神经毒素（Buthusmartensi Karsch neurotoxin）基因序列的相似性,验证了该度量方法的有效性和准确性．     

一种新的DNA序列进化距离及其应用

为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法.     

古代DNA序列的分析与甄别──兼评恐龙DNA研究

从古代生物中获取的古代ＤＮＡ序列为进一步从分子水平上认识古代生命及其演化提供了新的证据。分析和甄别古代ＤＮＡ序列是古代ＤＮＡ研究的关键步骤之一。本文着重讨论甄别古代ＤＮＡ序列的主要标准如：野外取样与实验室控制,ＤＮＡ“行为”分析、系统发育验证和实验结果的可重要性,并在此基础上评述近期发表的有关恐龙ＤＮＡ的研究。     

7种方法提取质粒DNA用于序列分析的比较

对取自同一摇瓶内的菌体,采用7种不同提取质粒的方法分离DNA,将分离的DNA做电泳观察、紫外吸收及序列分析,结果表明CTAB法具有快速、方便、可行的特点。     

一组DNA序列分析的微机程序

本文介绍了作者编制的一组用于分析DNA序列资料的计算机程序。程序用BASIC语言写成,在IBM微型机伤调试运行,包括序列打入、核苷酸频率统计、转译及限制酶切点查找等级部分。     

基于ITS1 DNA序列分析的几种酵母菌的分子分类

采用ITS1序列分析的手段。对来自Dekkera/Brettanomyces/Eeniella的15株菌株进行了分子分类学的研究。研究结果支持4个Dekkera/Brettanomyces种类的确认;D.anomala/B.anomalus,D.bruxellensis/B.bruxellensis,D.custersiana和D.naardenensis,以及把E.nana合并于Brettanomyces属的建议,此外,研究也揭示了ITS1在酵母分子分类学中的价值。     

基于非线性方法的DNA序列分析

以人类DNA序列为原始数据,对其进行数字编码。在利用功率谱分析编码DNA序列的基础上,利用Hurst指数进一步分析序列的自相似性。从分析结果看出,DNA序列中的确存在长程相关现象,而且这种长程相关现象与DNA的组成结构有关,表现为它的结构基团的Hurst指数大于其功能基团的Hurst指数。同时,从内含子含量的角度分析序列的长程相关程度,结果表明,同一序列中,内含子含量与不同的化学基团具有不同的关系。这表明不同的化学结构对DNA序列特征具有不同的贡献。这些结论从非线性方法的角度对DNA序列的分析提供了新的思路。     

马来熊的DNA序列分析与遗传多样性研究

马来熊在ＩＵＩＣＮ红皮中被列为受胁动物,其保护受到广泛的关注,本文研究了４只马来熊的线粒体ＤＮＡ序列,其中１只来自云南,其余３只产地不详,但来自不同的搜集渠道,对于每个个体,我们测定了３９７ｂｐ的细胞色素ｂ基因,３４６ｂｐ的１２ＳｒＲＮＡ基因,９８ｂｐ的ｔＲＮＡ基因和３３３ｂｐ的Ｄ环区序列,共计１１７４ｂｐ。经与黑犀牛序列比较,发现ＲＮＡ基因的空间结构对基因的进化有显著影响,环区的进化明显快于茎区     

一种个人DNA数据隐私保护算法的改进

DNALA是一种个人DNA数据隐私保护的方法。该方法能有效的实现对个人DNA数据的隐私保护,但前期数据预处理复杂,而且后期处理精度不高。本文针对DNALA的这些缺点进行改进,形成了Savior算法。Savior算法在数据预处理阶段用双序列比对代替了DNALA中的多序列比对,在随后的处理中用随机爬山法代替了DNALA中的贪心策略,从而克服了原算法的缺点。对比实验说明:在达到同样的保护强度时,Savior对数据的改动小于DNALA,数据预处理耗费的时间小于DNALA。     

一种新型的基于图像的DNA序列可视化模型

传统的DNA序列可视化模型局限于短DNA序列的可视化,并且缺乏对可视化图形的通用分析方法。因此,文章提出了一种基于图像的DNA序列可视化模型,这种模型通过将一维的DNA序列转换为二维的256色的灰度图像,可以实现长DNA序列的可视化,具有很高的空间紧密性。借助成熟的图像处理方法来分析DNA可视化图像,可以获取原始DNA序列的规模、4种不同碱基的分布、无序程度等重要信息。通过比较不同DNA序列的可视化图像,可以获取这些序列的相似性信息。