SDSC-TAB和高盐沉淀法提取香蕉枯萎病菌基因组DNA的比较

以香蕉枯萎病菌菌株为试验材料,采用SDS- CTAB法和高盐沉淀法提纯香蕉枯萎病菌基因组DNA。结果表明:高盐沉淀法是适合于香蕉枯萎病菌基因组DNA提取的方法。该方法提取的DNAOD2 60 2 80值显示产物纯度较高;经琼脂糖凝胶电泳得到一条带型较宽且清晰的DNA谱带,DNA浓度较高,基本无DNA碎带;不用RNase处理,已无RNA的干扰,无需任何纯化处理即可用于PCR扩增和RAPD分析。同时对DNA提取过程中的细节问题进行了探讨与分析。     

细菌基因组DNA提取方法概述

细菌基因组DNA提取是分子生物学研究的基础,DNA提取的质量和效率可直接影响后续实验结果的准确性和精确性。综述并比较了近10年细菌DNA提取的几种方法,分析不同方法的提取效率,以期为分子生物学研究提供更可靠的基础。     

木棉基因组DNA提取方法的比较研究

木棉组织细胞含有多酚类、糖类、萜类化合物和其他次生代谢物质,很难得到高质量的基因组DNA。为了获得高质量的木棉基因组DNA,本实验以两个不同地方采集的木棉成熟叶片为材料,采用CTAB法、SDS法、普通试剂盒、磁珠法试剂盒以及对以上4种方法进行改良后的4种方法,提取总的木棉DNA。通过微量紫外-分光光度计、琼脂糖电泳对所提取DNA的纯度、得率,毒害及耗时等方面进行了比较。结果表明:经改良后提取的DNA质量都有所提高,且改良的磁珠法试剂盒效果最佳,可直接用于下游分子生物学实验。     

蜘蛛基因组DNA提取方法的比较

分别用SDS法,SK251基因组DNA小量抽提试剂盒法,自制试剂盒法,对蜘蛛组织的基因组DNA进行了提取,经比较,自制试剂盒法对提取蜘蛛基因组DNA最简便面又有效的方法。     

木棉基因组DNA提取方法的比较研究

木棉组织细胞含有多酚类、糖类、萜类化合物和其他次生代谢物质,很难得到高质量的基因组DNA。为了获得高质量的木棉基因组DNA,本实验以两个不同地方采集的木棉成熟叶片为材料,采用CTAB法、SDS法、普通试剂盒、磁珠法试剂盒以及对以上4种方法进行改良后的4种方法,提取总的木棉DNA。通过微量紫外-分光光度计、琼脂糖电泳对所提取DNA的纯度、得率,毒害及耗时等方面进行了比较。结果表明:经改良后提取的DNA质量都有所提高,且改良的磁珠法试剂盒效果最佳,可直接用于下游分子生物学实验。     

金丝小枣基因组DNA的优化提取方法

采用SDS和CTAB两种方法分离提取金丝小枣基因组DNA,并比较其提取效果。结果表明,改进后的CTAB法可获得高质量、高得率的基因组DNA,可用于金丝小枣的各种分子生物学研究。     

从全血中提取基因组DNA方法的对比研究

目的:建立从全血中提取基因组DNA的方法,并评价提取DNA的产量和质量.方法:分别采用传统酚-氯仿抽提法和试剂盒法制备基因组DNA,比较这两种方法提取DNA的产量、纯度、稳定性以及方法本身的优缺点、费用等.结果:试剂盒法简单快速,但其制备的DNA产率、纯度、稳定性低于酚-氯仿抽提法.结论:采用酚-氯仿抽提法可以提取较高质量的基因组DNA,适用于下游的分子生物学实验.     

蚜虫基因组DNA提取方法的改进

蚜虫基因组DNA的提取是蚜虫分子生物学研究中的难点。参照动物基因组DNA的提取方法,根据蚜虫体型微小,体表有外骨骼的特点,对SDS法作了改进。改进的方法无需用组织捣碎棒破碎虫体,操作简便。与现在常用的提取方法相比,改进的SDS法能快速、有效地提取单头蚜虫的基因组DNA,适用于RAPD随机引物和测序引物的PCR扩增。     

药用植物艾纳香基因组DNA提取方法研究

以药用植物艾纳香为研究对象,以-20℃保存、4℃保存、室温自然干燥和硅胶干燥四种样品保存方式,并采用SDS法、CTAB法、SDS-CTAB法和改良CTAB法4种不同的基因组DNA提取方法进行了对比试验,以期建立艾纳香的较好的样品保存方法和基因组DNA提取方法。结果表明,-20℃保存是艾纳香的较理想的样品保存方式;改良CTAB法是艾纳香基因组DNA提取较适宜的方法,该方法提取的DNA经紫外检测,其A_(260)/A_(280)为1.8左右,明显优于SDS法(1.1～1.5)、CTAB法(1.2～1.5)和SDS-CTAB法(1.4～1.6),琼脂糖凝胶电泳、酶切检测和PCR扩增也得出了同样的结论。     

一种通用的基因组DNA提取方法

目的:探讨一种通厢的基因组DNA提取方法.方法:采用改良的膜法分别从动植物组织、外周血、细菌、细胞等标本提取基因组DNA,DNA样品经紫外吸收、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增和酶切进行榆测.结果:该方法提取的基因组DNA纯度较高,电泳条带清晰,DNA质量能满足下游分子生物学研究的需要.结论:该方法简便快速、适用范围广,是提取基因组DNA的一种有效方法.     

香蕉枯萎病菌4号生理小种致病相关基因foABC1的分离

通过对香蕉枯萎病菌4号小种致病突变体B1233的进一步研究,分离了被突变的致病相关基因foABC1,同源性分析及保守结构预测该基因编码一类ABC转运蛋白,其功能可能同稻瘟病菌的ABC转运蛋白一样,负责真菌毒素的泵出,或是像其他真菌的ABC转运蛋白,在病原菌侵染寄主植物时能忍耐植物因防卫反应所释放的植保素或抗毒素类物质。     

尖孢镰刀菌古巴专化型MAPK FoSlt2敲除突变体的转录组分析

尖孢镰刀菌古巴专化型Fusarium oxysporum f. sp. cubense（FOC）是威胁香蕉生产的重要土传病原真菌。丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase,MAPK）FoSlt2信号通路在调控尖孢镰刀菌古巴专化型的生长发育、细胞壁完整性和致病性方面发挥着重要作用。为了揭示FoSlt2信号通路的致病机理和寻找农药靶标,本研究利用高通量RNA-seq技术对该病菌野生型菌株和FoSlt2敲除突变体菌株的转录组进行了比较分析,结果表明差异表达基因共有2 164个,其中上调表达基因有1 184个,下调表达基因有980个。Gene Ontology（GO）功能分析结果表明,差异表达基因主要参与在结合、催化分子功能组和代谢过程、细胞过程生物学通路中。KEGG 功能富集分析结果表明,差异基因主要参与戊糖和葡糖醛酸盐转换、氨基糖和核苷酸糖、氨基葡聚糖降解、磷酸肌醇和碳类物质代谢通路,说明这些通路与尖孢镰刀菌古巴专化型的生长发育和致病性相关。该研究为尖孢镰刀菌古巴专化型致病机制的阐明奠定了理论基础。     

pH值对香蕉枯萎病菌4号生理小种生长的影响

【背景】香蕉枯萎病菌4号生理小种(镰刀菌)是香蕉产业的致命威胁。已有研究表明土壤pH值越高,香蕉枯萎病发病率越低,但是现有pH值对镰刀菌影响的研究大都是用强酸强碱调节pH值,pH值没有缓冲体系保护,而且尚未检测试验终点时介质的pH值。此外,关于pH值对香蕉枯萎病菌4号生理小种(Foc4)影响的研究尚不系统,难以用于指导生产实践。【目的】为系统地了解土壤酸碱度对Foc4生长的影响。【方法】在pH 3.0-11.0之间设定9个pH值梯度,模拟酸性到碱性土壤pH值条件,于室内培养条件下系统研究pH值对Foc4生长、产孢、孢子萌发的影响及其生长过程对环境pH值的影响。【结果】弱酸性至中性环境(pH 5.0-7.0)最适宜于香蕉枯萎病菌的生长、产孢和孢子萌发。弱碱性处理(pH8.0和pH9.0)孢子平均萌发率较弱酸性环境处理(pH5.0和pH6.0)下降了73.1%。与pH 6.0酸性处理相比,pH 8.0和pH 9.0处理的产孢量分别下降了52.3%和68.1%。【结论】香蕉枯萎病菌Foc4生长和萌发过程会产酸,但是在缓冲体系液体培养基中,除了pH 9.0和pH10.0处理终点培养液pH值分别下降了0.34和0.27个单位外,其它处理起始和终点的pH值无差异。说明在缓冲体系液体培养基中的研究结果可以反映环境pH值对Foc4生长和萌发的影响。在作物可以生长的pH值范围内(pH5.0-9.0),碱性和微碱性条件(pH8.0-9.0)能明显抑制Foc4生长、产孢和孢子萌发。     

Investigation of the diversity of effector genes in the banana pathogen,Fusarium oxysporum f. sp. cubense,reveals evidence of horizontal gene transfer

It is hypothesized that the virulence of phytopathogenic fungi is mediated through the secretion of small effector proteins that interfere with the defence responses of the host plant. In Fusarium oxysporum, one family of effectors, the Secreted In Xylem (SIX) genes, has been identified. We sought to characterize the diversity and evolution of the SIX genes in the banana‐infecting lineages of F. oxysporum f. sp. cubense (Foc). Whole‐genome sequencing data were generated for the 23 genetic lineages of Foc, which were subsequently queried for the 14 known SIX genes (SIX1–SIX14). The sequences of the identified SIX genes were confirmed in a larger collection of Foc isolates. Genealogies were generated for each of the SIX genes identified in Foc to further investigate the evolution of the SIX genes in Foc. Within Foc, variation of the SIX gene profile, including the presence of specific SIX homologues, correlated with the pathogenic race structure of Foc. Furthermore, the topologies of the SIX gene trees were discordant with the topology of an infraspecies phylogeny inferred from EF‐1α/RPB1/RPB2 (translation elongation factor‐1α/RNA polymerase II subunit I/RNA polymerase II subunit II). A series of topological constraint models provided strong evidence for the horizontal transmission of SIX genes in Foc. The horizontal inheritance of pathogenicity genes in Foc counters previous assumptions that convergent evolution has driven the polyphyletic phylogeny of Foc. This work has significant implications for the management of Foc, including the improvement of diagnostics and breeding programmes.     

农杆菌介导的香蕉枯萎病菌4号生理小种转化体系的优化

香蕉枯萎病是世界范围内香蕉种植区最为严重的病害之一,严重威胁和影响着香蕉产业的发展.本文针对香蕉枯萎病病原菌的4号生理小种,建立了农杆菌介导的转化体系,确定了影响转化效率主要因子的优化体系是:农杆菌在IM培养基诱导前农杆菌OD_(600)为0.15、农杆菌经IM液体培养基诱导的时间为7 h、乙酰丁香酮(AS)浓度为150 μmol/L、Focr4孢子浓度为1×10~6个/mL、共培养时间为48 h、培养温度为25℃、诱导培养基pH值为5.5.在此条件下,转化效率能达到700～800个转化子/10~6个香蕉枯萎病菌孢子.PCR验证表明外源的T-DNA已经成功随机地整合到该病原菌基因组中.目前,应用该转化体系已获得2 300多个转化子,为后续克隆相关致病基因打下了良好基础.     

香蕉枯萎病菌Argonaute基因功能分析及其调控小RNA发生

尖孢镰刀菌古巴专化型Fusarium oxysporum f.sp.cubense是威胁香蕉生产的重要土传病原真菌,其中4号生理小种(Foc4)能感染几乎所有的栽培品系.Argonaute蛋白(AGO)介导的RISC复合体在RNAi干扰中起到重要作用.Foc4含有两个进化上高度保守的AGO蛋白,本研究利用同源重组技术获...     

香蕉枯萎病菌果胶甲基酯酶基因的克隆与生物信息学分析

旨在了解香蕉枯萎病菌(Fusarium oxysporumf.sp.cubense)4号生理小种(FOC4)PME基因序列特征,根据同源物种PME相关序列设计引物,利用PCR和RT-PCR技术,克隆FOC4序列基因和开放阅读框,命名为Foc4Pme。结果表明,所获得的PME基因均含有2个内含子和3个外显子,990 bp的片段,编码329个氨基酸。预测编码蛋白有信号肽,具有1个功能位点,其分子质量和等电点分为34.894 8 kD和9.17,该蛋白为稳定存在的蛋白。该蛋白疏水性最大值为2.022,最小值为-2.156,大部分区域为亲水区。该基因编码的蛋白具有一定保守性,进化上与镰刀菌亲缘关系最近。     

Biocontrol of Fusarium oxysporum f.sp. cubense tropical race 4 by formulated cells and cell-free extracts of Streptomyces griseus in sterile soil environment

The biocontrol activities of cells and cell-free extracts of Streptomyces griseus was tested against Fusarium oxysporum f.sp. cubense tropical race 4 (FOC race 4) in a sterile soil environment. They were first formulated in sodium alginate, kaolin clay and in alginate–kaolin combination, prior to introducing into sterile soil inoculated with 6 log₁₀ cfu FOC race 4 g^?1 soil. Results revealed that bioformulated cells of S. griseus, irrespective of the materials used, were generally more effective in inhibiting growth of FOC race 4 when compared to non-formulated cells of S. griseus. Kaolin was the most suitable inert material as formulation of S. griseus with kaolin effectively suppressed FOC race 4, with only 5.40 log₁₀ cfu g^?1 of FOC race 4 recovered after 20 days. Kaolin formulations also allowed good cell recovery post-formulation. Alginate was less desirable as poorer control was demonstrated, with 6.12 and 6.16 log₁₀ cfu g^?1 of FOC race 4 recovered from soils treated with alginate only and alginate–kaolin formulated S. griseus, respectively. Bioformulations did not benefit cell-free extracts at all. Our study suggests formulation of cells of S. griseus is more beneficial than cell-free extracts and kaolin is the preferred material for formulation.     

应用PCR-RFLP和巢式PCR检测黄瓜尖镰孢菌

以3株黄瓜尖镰孢菌(Fusarium oxysporum f.sp.cucumarinum)、23株镰孢菌属(Fusariumspp.)真菌和分离自土壤的20株真菌、6株细菌和7株放线菌为材料,采用化学裂解法提取总DNA,进行PCR-RFLP和巢式PCR检测,试验证明PCR-RFLP程序不能完全区分Fusarium属内不同种,而巢式PCR对黄瓜尖镰孢菌具有特异性.运用优化的PCR-RFLP和巢式PCR检测程序对染病黄瓜组织进行了检测,结果表明,两种方法均可在接种发病早期(未显症时)检测出黄瓜枯萎病菌,PCR-RFLP在感病品种接种后3d即可检测到病原菌,而巢式PCR在接种后5d才能检测到病原菌.