基于从头算的缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势

本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工作,做法是舍弃12个相互作用能大于5Kcal/mole或原子间距离小于1.68(?)的布点,对其余148个布点进行拟合.拟合结果的标准偏差为SD=0.48Kcal/mole.     

糖类和蛋白质的相互作用

(一)糖类和蛋白质相互作用的重要性糖类是生物体内除了蛋白质和核酸外的又一类重要的生物分子,但和蛋白质或核酸相比,糖类研究还处于落后的状态。糖类在生物体内的重要性近几年中越来越为人们所认识,与此同时也注意到糖类的生物合成、降解和利用乃至生物功能的发挥无不与蛋白质有关。而且糖类的分离纯化以及结构研究也都离不开有关的蛋白质。     

RNA和蛋白质的相互作用

RNA与蛋白质的相互作用是许多基本的细胞生理过程得以实现的决定性因素.近年来,随着技术的改进和新方法的建立,RNA和蛋白质的相互作用研究取得了长足进步.目前科研人员已经鉴定了许多RNA上的蛋白质结合位点,也发现了许多蛋白质中的RNA结合结构域,并对它们的结构特征进行了比较详细的研究.这些都为最终探明RNA和蛋白质相互作用的分子机制,从而从本质上认识相关的细胞生理过程打下了坚实的基础.     

环化腺苷酸和蛋白激酶的结合部位——从头计算法的研究

本文应用从头计算法和CNDO法对cAMP分子进行了计算,讨论了它的电子结构特点和蛋白质(依赖cAMP的蛋白激酶和cAMP受体蛋白)的相互作用.     

基于贝叶斯网络和相互作用可信度的蛋白质功能预测方法

蛋白质功能注释是后基因组时代研究的核心内容之一,基于蛋白质相互作用网络的蛋白质功能预测方法越来越受到研究者们的关注.提出了一种基于贝叶斯网络和蛋白质相互作用可信度的蛋白质功能预测方法.该方法在功能预测过程中为待注释的蛋白质建立贝叶斯网络预测模型,并充分考虑了蛋白质相互作用的可信度问题.在构建的芽殖酵母数据集上的三重交叉验证测试表明,在功能预测过程中考虑蛋白质可信度能够有效地提高功能预测的性能.与现有一些算法相比,该方法能够给出令人满意的预测效果.     

基于相互作用的蛋白质功能预测

蛋白质功能预测是后基因时代研究的热点问题。基于相互作用的蛋白质功能预测方法目前应用比较广泛,但是当"伙伴蛋白质"(interacting partners)数目k较小时,其预测准确率不高。从蛋白质相互作用网络入手,结合"小世界网络"特性,有效解决了k较小时预测准确率不高的问题。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的相互作用网络进行预测,当k≤4时其预测准确率比相同条件下的GO(global optimization)方法有一定提高。实验结果表明:该方法能够有效的应用于伙伴蛋白质数目较小时的蛋白质功能预测。     

病毒和膜脂的相互作用

物理因素在病毒和其寄主间相互作用中的重要性有多大?Wageningen 农业大学分子物理系的RuudSpruijt 及同事与Groningen 大学生理化学实验室的Jan Wilschut 和本校病毒学系合作开展了这项研究,研究膜结构在植物病毒侵染早期事件,如穿透寄主细胞和病毒脱壳中的作用。以磷脂小泡(人工膜)和植物病毒、豇豆退绿斑驳雀麦花叶病毒(CCMV)或丝状噬菌体(M_(13),Pf_1和Pf_3)为模型系统,鉴定了无包被植物病毒或其壳蛋白(以不同的聚集状态)与人工膜之间相互作用的方式。这些相互作用明确显示出病毒壳蛋白在病毒繁殖周期的各个基本步骤中的多功能性质。静电和疏水力相互作用及可逆性聚集只体现了壳蛋白单体的部分多功能性,这似乎是所有病毒蛋白的共性。CCMV 壳蛋白较特殊,因其具有带大量正电的N-端臂,与负电性膜有很强的静电相互作用。这可能是壳蛋白与植物细胞的负电性膜相互作用的基础。下一步工作将继续研究CCMV 壳蛋白N-端臂在与核酸及膜相互作用中所起的作用。此外,还将研究     

GA和其它植物激素的相互作用

目前已知的植物激素主要有赤霉素(GA),生长素(auxin)、细胞分裂素(CK),脱落酸(ABA),乙烯(ET),油菜素内酯(BR),茉莉酸(JA)等。植物体内往往是几种激素同时存在,共同调控着植物生长发育进程中的任何生理过程。因此,根据前人的研究成果,对GA和其它激素间的相互作用进行了总结归纳。     

菌根和植物相互作用的本质

介绍了菌根真菌在植物吸收、运输营养物质中的作用,宿主植物体内碳水化合物的流动,菌根真菌和其它根际微生物之间的相互作用。     

糖类和蛋白质相互作用的应用和展望

既然糖和蛋白质相互作用与许多生理和病理过程有关,那么糖和蛋白质相互作用的研究也就有其广泛的应用价值。 (一)免疫毒素和“生物导弹”目前用于肿瘤治疗的免疫毒素被通俗地别称为“生物导弹”,很是引人注目。原因是免疫毒素以对肿瘤细胞表面特征抗原专一的单克隆抗体作为“导向”分子,使与之相连的作为“弹头”的毒素富集到肿瘤细胞内,从而既能提高疗效又能降低毒素对正常细胞的伤害。就“生物导弹”这一词而言,凡是能把某种分子或组份定向地送到特定的靶细胞或靶器官,     

令人瞩目的细菌和植物的相互作用

<正> 目前,有关细菌-植物相互作用的分子生物学的大多数研究可分为两方面。1984年6月4～8日在美国康奈尔大学举行的细菌-植物相互作用的第二次学术讨论会上,这两方面都受到极大注意。会上提出的大部分论文都涉及到豆科作物(如大豆或三叶草)根系中固氮根瘤细菌功能的研究。在数量上接近第二位的是有关Ti细菌质粒的论文,该质粒在植物上引起冠瘿肿瘤,已成为重要的遗传工程工具。这些学术论文中,德国的两篇论文有些不同寻常。拜鲁兹大学的研究人员Mahavir Siagh和Walter Klingmüller研究了土壤中与小麦根系有密切关系的一种固氮微生物Enterbacter agglomerans,他们发现这种菌带有质粒,而固     

元素衡算和代谢衡算在类人胶原蛋白表达期的应用研究

应用元素衡算和代谢衡算方法,建立用重组大肠杆菌发酵生产类人胶原蛋白表达期的数学模型,并利用非线性优化法对模型中的未知参数进行估算。结果表明该模型与重组大肠杆菌的生长、代谢动力学模型一致,且模型的关键计算参数αh、αp和mx分别为1.173 molo C-mol-1、293.814 molo C-mol-1和17.878 molo C-mol-1oh-1。该模型能较好地预测重组类人胶原蛋白表达期中的宏观反应速率,且在类人胶原蛋白发酵表达期,必须通过控制葡萄糖的补料速率来控制菌体的生长,当?=0.04 h-1时,类人胶原蛋白的比生成速率达最大值。     

植物体内硒和硫的相互作用

植物体内硒,硫和同化途径类似,硒和硫的相互作用表现在植物中硒和硫的吸收,运输和积累过程以及植物硒甲基化过程中,可影响植物生长发育及品质成分,这种相互作用随植物种类,硒和硫形态,浓度,植物的生育期,以及生长部位的不同而呈现出不同的特点。     

肠道菌群和流感病毒感染的相互作用

流感病毒感染可引起肺部损伤甚至引发严重的并发症,因其抗原性易发生变异,所以疫苗难以进行全面防护。而肠道菌群具有促进免疫系统正常发育及调节免疫细胞内稳态的功能。本文综述了肠道菌群与流感病毒的相互作用和影响,从肠道菌群提高人体固有免疫反应、减轻肺部免疫损伤、促使树突状细胞成熟及形成同源异型交叉保护等方面,探讨肠道菌群对流感病毒感染的预防和治疗作用及其机制,旨在为将肠道菌群作为预防治疗疾病手段和潜在的药物靶点提供思路。     

SUMO化和磷酸化的相互作用和共同修饰

翻译后修饰如磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化和SUMO化调节不同蛋白质的不同功能。磷酸化可能是最常见的修饰之一,蛋白质磷酸化通过一系列的激酶和磷酸酶催化,从而改变蛋白质功能。SUMO修饰是一种类泛素化修饰。SUMO修饰包括活化、结合、连接和解离,涉及多个酶多个步骤的催化过程。SUMO化可调节蛋白质相互作用、亚细胞定位、蛋白质稳定性和转录活性。关于磷酸化和SUMO化的蛋白质翻译后修饰,已有广泛研究报道。但很少关注于磷酸化和SUMO化之间的相互作用,以及它们对蛋白质的共同修饰。本文综述了蛋白质磷酸化和SUMO化之间的相互作用,以及共同修饰对细胞生理和肿瘤的影响。     

细胞核基因组和线粒体基因组的相互作用

线粒体DNA是细胞内唯一的核外遗传物质,线粒体的主要功能是合成ATP,为细胞生命活动提供直接能量。线粒体基因组与核基因组在基因、蛋白以及细胞水平上相互作用,共同保证细胞能量代谢有关的活动,维持着线粒体的正常功能和细胞的正常状态。