红球菌启动子识别及b-半乳糖苷酶报告基因表达

红球菌属在生物降解、生物修复、生物转化和生物表面活性剂等领域得到了日益广泛的应用。本研究以红球菌-大肠杆菌穿梭质粒pNV18.1为载体,以腈水合酶为模式酶,研究了大肠杆菌tac、lacZ启动子和红球菌酰胺酶启动子(ami-1/ami-2)在红球菌中的启动效率。结果表明,启动子Ptac、Pami-1(7bpSD-ATG间隔)、Pami-2(13bpSD-ATG间隔)和PlacZ在紫红红球菌ATCC33278中启动表达腈水合酶的比酶活分别是野生菌株的7.5、6.3、5.3和1.8倍,表明这些启动子都可以被红球菌的RNA聚合酶所成功识别。采用PlacZ启动子在红球菌宿主中启动β-半乳糖苷酶报告基因(lacZ),结果表明,lacZ能够在红球菌中高效表达,是优选的红球菌报告基因。     

对胞必佳生产菌株的重新鉴定

主要是从形态学观察、菌株脂肪酸成分和16S rRNA基因全序列3个方面出发,重新对胞必佳生产菌株红色诺卡氏菌(Nocardia rubra)进行鉴定。结果表明,该菌株并非诺卡氏菌属中的红色诺卡氏菌,而属于红球菌属。16S rRNA序列相似性比较和系统进化树进一步说明,该菌株与Rhodococcus ruber(AY114117.1)的同源性最高,是1株红色红球菌。     

异常球菌属的分类及应用研究进展*

异常球菌属的菌株是一类对引起细胞致死效应的辐射有极强抵抗能力的细菌,这类菌株不形成内生孢子,细胞呈球形或杆状,不具运动性。1956年,Anderson从经过射线灭菌处理后的肉罐头中发现了第一个异常球菌属的菌株(Deinococcusradiodurans)R1,该菌已得到了较为广泛的研究,以期阐明其抗辐射机制。伴随着微生物分类技术的发展,异常球菌属菌株的分类地位经历了很大的变化。目前,该属已涵盖了20个有效发表种。也由于异常球菌属菌株耐受辐射的能力是大肠杆菌忍耐辐射能力的千倍之上,而使其应用     

异常球菌属的分类及应用研究进展

异常球菌属的菌株是一类对引起细胞致死效应的辐射有极强抵抗能力的细菌,这类菌株不形成内生孢子,细胞呈球形或杆状,不具运动性。1956年,Anderson从经过射线灭菌处理后的肉罐头中发现了第一个异常球菌属的菌株（Deinococcus radiodurans）R1,该菌已得到了较为广泛的研究,以期阐明其抗辐射机制。伴随着微生物分类技术的发展,异常球菌属菌株的分类地位经历了很大的变化。目前,该属已涵盖了20个有效发表种。也由于异常球菌属菌株耐受辐射的能力是大肠杆菌忍耐辐射能力的千倍之上,而使其应用研究受到了广泛关注。     

高温单孢菌属分类研究进展

自从Henssen于1957年建立高温单孢菌属至今,高温单孢菌属各菌种的分类地位一直处于不断的变化之中。近年来,随着该属一些种的重新分类以及新种的发现,高温单孢菌属的分类发生了很大的变化。这主要是由于分类手段已由传统的形态学分类方法向现代的多相分类方法过渡。介绍了自高温单孢菌属建立以来,该属分类的研究现状,认为高温单孢菌属在系统分类上尚需进一步的研究。     

《乳酸细菌分类鉴定及实验方法》

该书是乳酸细菌分类鉴定及实验方法的一本专著。该书以全新的概念划定了乳酸细菌类群的范围,汇集了乳酸细菌分类研究的最新动态和资料,并包括这类细菌现有的对个主要属和２２０多个种的分类鉴定特征及其生境、与人类的关系等性状。现有的２３个主要属为：乳杆菌属、肉食杆菌属、链球菌属、肠球菌属、乳球菌属、漫游球菌属（Ｖａｇｏｃｏｃｃｕｓ）、明串珠菌属、片球菌属、气球菌属、双歧杆菌属、奇异菌属、利斯特氏菌属、环丝菌属（Ｂｒｏｃｈｏｔｈｒｉｘ）、丹毒丝菌属、孪生菌属、糖球菌属（Ｓａｃｈａｒｏｃｏｃｃｕｓ）、四联球菌属…     

诺卡氏菌形放线菌枝菌酸的气相色谱分析

以已知的棒杆菌枝菌酸,红球菌枝菌酸及自诺卡氏菌典型株提取的枝菌酸为参照样品,用硅烷化的枝菌酸甲酮气相色谱分析方法,分析侧定了包括以前我们发表的两个诺卡氏菌种在内的7株诺卡氏菌形放线菌的枝菌酸。结果表明.鲜黄诺卡氏菌A100和黄粉诺卡氏菌N10的枝菌酸分子碳原子数(58-64)均在诺卡氏菌枝菌酸的范围内;而另一株原名珊瑚诺卡氏菌N21的枝菌酸碳原子数(32-40)则与红色红球菌8372一样在红球菌枝菌酸范围内。其余结果均与文献报道的相一致。本文还讨论了这一方法在诺卡氏菌形放线菌分类鉴定中的作用和意义。     

植物病原棒形细菌的分类研究进展

植物病原棒形细菌从棒杆菌属中独立出来之后,对于其中各菌分类地位的确立一直有较多争议。近年来已分别归入棒形杆菌属（Clavibacter）、短小杆菌属（Curtobacterium）、节杆菌属（Arthrobacter）、红球菌属（Rhodococcus）和拉氏杆菌属（Rathayibacter）5个属中。但此后又有人提出有些属中仍有异质性。这些分类上的变化主要是由于分类手段逐渐由传统的形态学分类方法向分子生物学方法和多相分类法过度。新的方法还在不断的完善之中。此外,植物病原棒形细菌分类系统的完善还有赖于植物病理学和微生物学家等多学科科学家的合作。     

植物病原棒形细菌的分类研究进展*

植物病原棒形细菌从棒杆菌属中独立出来之后,对于其中各菌分类地位的确立一直有较多争议。近年来已分别归入棒形杆菌属（Clavibacter）、短小杆菌属（Curobacterium）、节杆菌属（Arthrobacter）、红球菌属（Rhodococcus）和拉氏杆菌属（Rathayibacter）5个属中。但此后又有人提出有些属中仍有异质性。这些分类上的变化主要是由于分类手段逐渐由传统的形态学分类方法向分子生物学方法和多相分类法过度。新的方     

宿主感染马红球菌的免疫机制

马红球菌(Rhodococcus equi)作为一种人兽共患病原菌,主要引起3～6月龄马和免疫缺陷患者肺部相关疾病,病死率为50%～80%;此外还可以感染猪、羊、猫、狗、骆驼等动物。该菌不仅对马业造成严重经济损失,还危害免疫缺陷患者的健康,因此在世界范围内受到公共卫生学的重视。马红球菌感染宿主后,其通过抑制吞噬体/自噬体与溶酶体的融合抵抗巨噬细胞杀伤从而进行免疫逃逸;此外,由于马驹固有免疫和适应性免疫存在功能缺陷使其不能有效抵抗马红球菌感染。目前关于宿主感染马红球菌的免疫机制尚未阐述清楚,从马红球菌与宿主免疫细胞相互作用的角度出发,就宿主感染马红球菌的免疫机制进行综述,以期更好地了解马红球菌感染的免疫机制,同时为该菌所引发疾病的防治策略提供参考。     

中国白蛉亚科数值分类研究（双翅目: 毛蠓科）

【目的】 对中国白蛉亚科（Phlebotominae）昆虫进行数值分类研究, 探索其在系统发育过程中的亲缘关系。【方法】 选取中国白蛉40个蛉种作为分类单元以及白蛉的68项形态特征为分类指标, 进行系统聚类分析。【结果】 聚类分析结果与传统属级及白蛉属Phlebotomus的亚属级分类一致。司蛉属Sergentomyia的亚属分类与传统分类有一些区别, 聚类分析将司蛉属分为8类, 其中尼克组nicnic group与司蛉亚属subgenus Sergentomyia和传统分类一致; 泉州司蛉S. quanzhouensis和唐氏司蛉S. tangi聚入帕蛉亚属subgenus Parrotomyia; 尹氏司蛉S. yini聚入新蛉亚属subgenus Neophlebotomus, 应氏司蛉S. iyengari、马来司蛉S. malayensis、吐鲁番司蛉S. turfanensis、兰州司蛉S. lanzhouensis和南京司蛉S. nankingensis聚为一类; 歌乐山司蛉S. koloshanensis、方亮司蛉S. fanglianensis和云南司蛉S. yunnanensis与尼克组nicnic group聚成一类, 此类群和此属中其他蛉种系统发育关系距离远。【结论】 中国白蛉亚科昆虫的聚类分析结果与传统分类基本一致, 验证了传统分类系统的可靠性, 并揭示了传统分类中一些蛉种不确定分类问题。司蛉属聚类分析结果与传统分类有差别, 提示有个别蛉种需重新考虑其分类地位。     

The Scoliolegnia asterophora aggregate, formerly Saprolegnia asterophora de Bary (Oomycetes)

The taxonomy of isolates referred to Saprolegnia asterophora de Bary has been investigated. Two new species are described and Saprolegnia asterophora has been re-defined. These three species are regarded as segregate species within an aggregate and are placed in a new genus of the Saprolegniaceae, Scoliolegnia Dick.     

DNA evidence shows vocalizations to be a better indicator of taxonomic limits than plumage patterns in Zimmerius tyrant-flycatchers

We investigated mitochondrial and nuclear DNA in the small tyrant-flycatcher genus Zimmerius (Tyrannidae) and show that molecular data are in strong disagreement with morphology-based taxonomy, but in good concordance with vocal characters. Our molecular data identified two independent cases of well-supported polyphyletic species arrangements within this genus that indicate the following taxonomic changes: elevation of Z. acer and Z. albigularis to species level, separation of northern populations of Z. chrysops as a species and inclusion of southern populations of Z. chrysops into Z. viridiflavus. Although polyphyly has rarely been encountered in bird systematics it has previously been shown for two other tyrannid genera and suggests that tyrannid taxonomy may be poorly resolved, presumably as a consequence of the conserved plumage patterns observed in many tyrannid genera. Our study suggests that vocalizations can be a better indicator of taxonomic limits than plumage pattern in tyrannids.     

Two new species of Gomphidius from the Western United States and Eastern Siberia

Study of the genus Gomphidius from recent material from Asia and North America has been carried out using traditional taxonomy combined with molecular systematics. Two new species of Gomphidius (G. borealis and G. pseudoflavipes) are described, one from Eastern Siberia and a second from rarely collected habitats in the Western United States. One taxon has the longest spores reported for the genus and the second species appears to be associated with a Siberian larch.     

木霉菌及其系统分类学研究回顾

从木霉菌(Trichodermaspp.)的分类历史、主要分类系统、分子生物学在木霉菌分类研究中的应用、我国木霉菌分类研究状况等几个方面,对木霉菌的分类研究进展进行了简要回顾。近些年来国际上对木霉菌的分类研究取得了显著进展,陆续发表了许多新种,目前木霉属已报道有3组60种和2个变型。另外,对木霉分类研究中存在的问题也进行了讨论。     

A Proposed Genus Boundary for the Prokaryotes Based on Genomic Insights

Genomic information has already been applied to prokaryotic species definition and classification. However, the contribution of the genome sequence to prokaryotic genus delimitation has been less studied. To gain insights into genus definition for the prokaryotes, we attempted to reveal the genus-level genomic differences in the current prokaryotic classification system and to delineate the boundary of a genus on the basis of genomic information. The average nucleotide sequence identity between two genomes can be used for prokaryotic species delineation, but it is not suitable for genus demarcation. We used the percentage of conserved proteins (POCP) between two strains to estimate their evolutionary and phenotypic distance. A comprehensive genomic survey indicated that the POCP can serve as a robust genomic index for establishing the genus boundary for prokaryotic groups. Basically, two species belonging to the same genus would share at least half of their proteins. In a specific lineage, the genus and family/order ranks showed slight or no overlap in terms of POCP values. A prokaryotic genus can be defined as a group of species with all pairwise POCP values higher than 50%. Integration of whole-genome data into the current taxonomy system can provide comprehensive information for prokaryotic genus definition and delimitation.     

线粒体D-loop序列变异与东方鲀属鱼类系统发育

东方鲀属的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）是后基因组时代的一种重要模式生物。本研究中,利用东方鲀属11种鱼类（18尾）的D-loop基因序列,对东方鲀属鱼类的系统发育关系进行研究。经序列比对排定后,分析中D-loop序列有841个位点,其中395个位点为可变位点,267个位点为系统发育信息位点。分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和贝叶斯方法构建了分子系统树。研究结果表明：（1）东方鲀属鱼类为一单系类群;（2）由横纹东方鲀（T. oblongus）和铅点东方鲀（T. alboplumbeus）构成的姊妹群位于这个类群的基部。此外,本属鱼类物种分类现状还需要进一步的澄清。