紫色非硫细菌Rhodocista属一新分离株的鉴定及其系统学研究

从污水处理厂分离到一株紫色非硫细菌３ｐ ,该菌株具避光性,能形成孢囊,具片层状光合内膜,在波长７９８ ｎｍ 处的吸收峰很低,需硫胺素和维生素Ｂ１２ 作生长因子。该菌株可以琥珀酸为碳源,最佳生长温度为３４ ℃～４１ ℃,体内未发现Ｒ 体结构,醌类的主要成分是Ｑ９ 。对菌株３ｐ 的１６ＳｒＲＮＡ 基因的分子系统学分析结果表明,菌株３ｐ 与世纪红篓菌（ Ｒｈｏｄｏｃｉｓｔａ ｃｅｎｔｅｎａｒｉａ） 关系最近,相似性为９５ ％ ,二者可归为同一属;与Ｒｃ．Ｃｅｎｔｅｎａｒｉａ 的杂交结果表明,二者的ＤＮＡ 相关性为５６ ％ ,故可把３ｐ 定为一个新种：北京红篓菌（ Ｒｈｏｄｏｃｉｓｔａｐｅｋｉｎｅｎｓｅ ｓｐ ．Ｎｏｖ） ．     

内蒙古碱湖中紫色非硫光合细菌的分离和鉴定

从内蒙古碱湖水样中分离得到一株紫色非硫光合细菌,命名为JH1-6.对该菌株进行了形态学观察、生理生化鉴定、活细胞吸收光谱以及16S rDNA序列分析.16S rDNA序列分析结果表明该菌株与沼泽红假单胞菌的16S rDNA序列同源性高达99%,结合形态特征和生理生化特性以及活细胞吸收光谱特征等,确定菌株JH1- 6在分类地位上属于沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).     

一株紫色非硫光合细菌净化养殖水体初步研究

选取从杭州养鱼塘水样中分离得到的1株紫色非硫光合细菌菌株HZ-1,利用它的纯培养物处理养殖水体,测定COD去除率和亚硝态氮降解率。结果表明,菌株HZ-1可以有效地分解水体中的污染物,去除水体中的COD,对养鱼塘水去除率达到20.99%;对养虾池水去除率达到了36.09%;菌株HZ-1可以有效地降低水体的亚硝态氮,对养鱼塘水亚硝态氮的降解率为41.18%,具有较好净化效果。     

紫色非硫细菌质粒的制备与性质

介绍一种适于紫色非硫细菌质粒的制备方法,该法简单,易操作,质粒ＤＮＡ纯度好,收率高,通过在加富培养基上连续传代数次,质粒ＤＮＡ可自行消除。     

紫色非硫细菌光合基因表达调控研究进展

紫色非硫细菌光合基因表达调控研究进展吴大庆,钱新民（山东大学微生物所,济南２５０１００）紫色非硫细菌ｐｕｒｐｌｅｎｏｎｓｕｌｆｕｒｂａｃｔｅｒｉａ,以下简称ＰＮＳ菌,即红螺菌科（Ｒｈｏｄｏｓｐ－ｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）,属于光合细菌的α和β亚门,具有较...     

紫色非硫细菌的砷代谢机制

[目的]系统阐述紫色非硫细菌(PNSB)砷代谢机制和砷代谢基因簇的进化关系.[方法]通过生物信息学方法分析了PNSB砷代谢基因簇的分布、组成、排布方式.采用UV-Vis和HPLC-ICP-MS方法,研究了3个PNSB种类对砷的抗性、砷形态及价态的转化、砷在细胞中的积累和分布以及磷酸盐对As细胞毒性的影响.[结果]砷基因簇分析表明:已公布全基因组序列的17个PNSB菌株基因组中均含有以ars operon为核心的砷代谢基因簇,由1-4个操纵子组成,主要含有与细胞质砷还原和砷甲基化代谢相关的基因,但基因的组成和排列方式因种和菌株而异,尤其是arsM和两类进化来源不同的arsC.实验结果表明:光照厌氧条件下,3个PNSB种类对As(V)和As(Ⅲ)均具有抗性,As(V)和As(Ⅲ)均能进入细胞 ;在胞内As(V)能够还原为As(Ⅲ)并被排出胞外,但不能将As(Ⅲ)氧化为As(V),也未检测到甲基砷化物 ;磷酸盐浓度升高,能够抑制As(V)进入细胞,降低As(V)对细胞的毒性,而不能抑制As(Ⅲ)进入细胞.[结论]PNSB砷代谢机制主体为细胞质As(V)还原,也还有砷甲基化途径.通过对砷代谢基因簇结构多样性特点和进化方式分析,提出了与Rosen不同的ars operon进化途径.这对深入开展PNSB砷代谢和基因之间的相互作用研究奠定基础.     

净化养殖水体紫色非硫光合细菌的筛选与鉴定

本研究从杭州养鱼塘水样及底泥样品中富集分离得到三株紫色非硫光合细菌,分别命名为HZ-3,HZ-4,HZ-5。 通过比较这三株菌对鱼、虾养殖水体的净化效果,筛选出菌株HZ-5 净化能力较强 ,经过5天的处理,该菌株使养鱼塘水样的COD 降低24.87%;使养虾池塘水样的COD 降低 36.99%;使养鱼塘水样的亚硝态氮的降解率达到97.79%。对菌株HZ-5进行了形态学观察、生理生化鉴定、活细胞吸收光谱以及16S rDNA序列分析。16S rDNA序列分析结果表明该菌株与沼泽红假单胞菌的16S rDNA序列有高达99％的同源性,结合形态特征和生理生化特性以及活细胞吸收光谱特征等,将其鉴定为沼泽红假单胞菌（Rhodopseudomonas palustris）。     

阳宗海中紫色非硫光合细菌的生态研究

为得到高原深水湖泊中的微生物生态分布信息,运用统计学软件,在2002年对阳宗海中的紫色非硫光合细菌的数量进行了数学分析。影响湖泊中PNSB数量分布的主要因素是水平位点、深度和采水期,溶氧、温度、透明度、COD和叶绿素a含量等环境因子对PNSB数量也有影响。各环境因子如叶绿素a含量和透明度之间也有相关性,对其进行了分析并计算出环境因子之间关系的一元回归方程。     

紫色非硫细菌固体石蜡双层平板培养法

紫色非硫细菌是一类不产氧光合细菌,具有重要的生态学意义和应用价值。建立固体石蜡双层平板法,与传统的培养法相比较,发现该方法可以更方便、更快捷地计数和分离紫色非硫细菌。结合分子生物学技术,将该方法应用于水稻土紫色非硫细菌的研究,发现以甲酸为碳源的固体石蜡双层平板法可以很好地对环境中可培养的紫色非硫细菌多样性进行研究。该方法的建立将更有助于紫色非硫细菌的研究。     

一株高含玫红品的红树林海洋紫色硫细菌分离鉴定及特性

摘要:【目的】挖掘我国海洋紫色硫细菌物种资源、深入理解紫色硫细菌在红树林生态系统中的作用。【方法】采用琼脂振荡稀释法、显微技术、紫外可见吸收光谱法、TLC、HPLC 和MS 法。【结果】从福建泉州洛阳桥红树林潮间带泥水样分离获得一株细胞内含多个硫粒的细菌菌株,光合内膜呈囊状、含细菌叶绿素a 和螺菌黄质系类胡萝卜素,结合16S rRNA 基因序列分析和系统发育分析,表明该菌株属于海洋着色菌属(Marichromatium)。该菌株细胞球杆状;最适pH 范围5.7－6.7;最适盐度范围2%－3.5%;温度范围20℃ －35℃;能耐受3.6 mmol/L 硫化物;主要积累玫红品类胡萝卜素,而不是螺菌黄质;3 种细菌叶绿素组分中,一种为BChl aP,另2 种未见报道;不需要生长因子;可光同化固定CO2、能很好利用多种有机酸盐、多价态氮化物和硫化物,尤其能利用柠檬酸、葡萄糖、蔗糖、果糖和丙醇;对氯霉素、头孢唑林、苯、对羟基联苯、恩诺沙星、啶虫脒、HgCl2 和CdCl2的IC50 值分别为70、100、20、20、3、170、5 mg /L和25 mg/L。【结论】该菌株是一株轻度耐酸、高含玫红品类胡萝卜素的紫色硫细菌,被鉴定为Marichromatium gracile 新菌株,编号YL28。该菌株具有广泛利用多种碳源、氮源和硫源物质的能力,对抗生素氯霉素和头孢唑啉、农药啶虫脒、重金属汞和镉具有较强耐受性,对抗生素恩诺沙星较敏感。     

芽胞杆菌型益生菌YK-1R的分子分类及系统发育地位的研究

目的：对具有良好益生作用的芽胞杆菌YK－1R菌株的分类地位及其与Bacillus属细菌的系统进化关系进行研究,为对益生素产品进行质量控制和设计专一性探索对此菌进行种群动态监测提供依据。方法：16S rDNA近全序列PCR扩增、克隆和测序,再对其序列在Ribosomal Database Project Ⅱ中进行比较鉴定,然后用此序列与GenBank中Bacillus属其他53种菌的16S rDNA进行系统进化关系比较,最后用特异性引物扩增Bacillus subtilis相关菌的600bp的特征序列。结果：YK－1R的序列在RDP中与Bacillus subtilis的同源性在98％以上。系统进化关系分析得到有5个分支的无根进化树,YK－1R属于Bacilus subtillis为代表的一支。此菌株也带有Bacillus subtilis相关菌的600bp的特征序列。结论：YK－1R应为Bacillus subtilis种内的一个菌株,与普通细菌学的结果能相互印证。     

一个甲烷杆菌新种的描述和系统分类学研究

从清华大学环境科学系处理北京啤酒厂污水的厌氧消化器中分离到一株产甲烷菌菌株Px1。其菌体形态为弯曲杆状 ,淡黄色菌落 ,只利用H2 +CO2 产生甲烷。通过生理、形态、结构特征与 1 6SrDNA序列的同源性分析 ,表明菌株Px1是甲烷杆菌属中一个与其它成员不同的新种 ,命名为弯曲甲烷杆菌 (Methanobacteriumcurvumsp .nov .)。     

HETEROGENEITY OF THE CYANOBACTERIAL GENUS SYNECHOCYSTIS AND DESCRIPTION OF A NEW GENUS,GEMINOCYSTIS1

The study and revision of the unicellular cyanobacterial genus Synechocystis was based on the type species S. aquatilis Sauv. and strain PCC 6803, a reference strain for this species. Uniformity in rRNA gene sequence, morphology, and ultrastructure was observed in all available Synechocystis strains, with the exception of the strain PCC 6308, which has been considered by some to be a model strain for Synechocystis. This strain differs substantially from the typical Synechocystis cluster according to both molecular (<90% of similarity, differences in 16S–23S rRNA internal transcribed spacer [ITS] secondary structure) and phenotypic criteria (different ultrastructure of cells). This strain is herein classified into the new genus Geminocystis gen. nov., as a sister taxon to the genus Cyanobacterium. Geminocystis differs from Cyanobacterium by genetic position (<94.4% of similarity) and more importantly by its different type of cell division. Because strain PCC 6308 was designated as a reference strain of the Synechocystis cluster 1 in Bergey’s Manual, the members of this genetic cluster have to be revised and reclassified into Geminocystis gen. nov. Only the members of the Synechocystis cluster 2 allied with PCC 6803 correspond both genetically and phenotypically to the type species of the genus Synechocystis (S. aquatilis).     

糖单孢菌16S rDNA的PCR-RFLP分析

ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析适用于种和种间水平的多相分类研究。文章对ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法应用于糖单孢菌属分类有具体方法进行了探讨;报道了一组适于糖单孢菌属ＰＣＲ－ＰＦＬＰ分析的限制性内切酶,并用这组酶对６株糖单孢菌属分离株进行了研究,进一步探讨了实验菌株在该属的分类地位。同时指出了ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法应用中应注意的问题。     

慢生根瘤菌16S—23S rDNA IGS的RFLP分析

本文对慢生根瘤菌属（Bracyrhizobium）3个已知种及从10种豆科植物中分离的32株慢生根瘤菌进行了16S—23SrDNAIGS的RFLP分析。IGS的PCR产物电泳只出现一条rDNA片段,但表现在长度上菌株间有一定差异,大小在930～1050bp之间,可大致划分为IGSa、IGSb和IGSc3种。用4种四碱基识别序列的限制性内切酶AluI、HaeIII、HinfI和MspI酶解IGSrDNA,综合得到26种IGS－RFLP类型．每一种酶可产生6—12种不同的酶切图谱．结果表明这一方法能很好区分、鉴别慢生根瘤菌,也支持该技术是一种快速、简单、准确及重复性好的微生物鉴定手段．     

自溶高温放线菌的生物学特性及16S,rDNA序列分析研究

从云南各地土样及温泉水样中分离到多株高温放线菌。对其中的自溶高温放线菌的形态,生理生化特性、细胞化学组分、同功酶谱及16S rDNA序列进行了研究,结果表明它们与非自溶放线菌在上述各方面存在着明显差异分别属于高温放线菌属（Thermoactinomyces)和链霉菌属（Streptomyces)。同时发现培养基成分、温度、空气湿度对菌体自溶均有显著影响,特别是水分对链霉菌的自溶起着关键作用。     

几株红假单胞菌属细菌的表观特征及其遗传多样性研究

采用变性梯度胶电泳(DGGE)分析方法和传统的表型特征研究方法、化学方法、核酸杂交方法等技术对14株紫色非硫细菌进行了多相研究。它们均具有红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)的基本特征：具片层状光合内膜结构,出芽分裂,含细菌叶绿素α和正常的螺菌黄素等。根据形态大小、黑暗条件下能否形成好氧菌落及碳源利用上的差异可将14株菌分为T群和gc群两群。用一对引物341f～906r扩增3株标准菌株Rps.palustris ATCC 17001、Rps.rutila R1、Rps.julia ATCC 51105和14株分离株的16S rRNA基因片断,作DGGE分析,结果发现,17株菌中有5个遗传型：gc型、R1型、T型、pal型、jul型。3个标准菌株分别是R1型、pal型、jul型,而14株分离菌株除包括R1型外,另有2个新的遗传型：T型和gc型。几个代表菌株的总DNA的杂交结果表明,T型和gc型可能代表2个新的种群。     

黄颡单尾虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于28S rDNA和ITS-5.8S序列的系统地位分析

采用形态分类学方法与以28S rDNA和ITS-5.8S序列为基础的分子系统学研究方法,对采自嘉陵江重庆市磁器口江段的黄颡单尾虫Unicauda pelteobagrusMa,1998进行了形态学和分子生物学的研究。基于28S rDNA数据探讨了黄颡单尾虫以及单尾虫属与相邻种属粘孢子虫间的系统地位;基于5.8S rDNA数据比较分析了粘孢子虫的系统地位。补充了黄颡单尾虫重庆种群形态学信息和28S rDNA、ITS-5.8S rDNA序列的分子信息。     

尼氏单极虫(粘体门,双壳目)重描述及基于18S rDNA系统地位分析

采用常规细胞学方法与18S rDNA序列比较的方法,对采自于重庆市嘉陵江段的粘孢子虫,尼氏单极虫Thelohanellus nikolskii进行了形态学和分子生物学的研究,此为首次在我国长江流域检获尼氏单极虫。本文在补充了尼氏单极虫中国种群18S rDNA序列信息的分析、比较基础上,探讨了该虫与相邻种属的系统关系,佐证了其分类学位置。     

鸡眼草根瘤菌的１６SrDNA全序列分析

Based on the previous studies on numerical taxonomy, SDS-PAGE of whole-cell protein and DNA hybridization, the rhizobial strains isolated from Kummerowia sp. in semi-arid area of North-west constituted a new subgroup, the 16S rDNA sequence of representative strain SH714 were tested. The unrooted phylogenetic tree was produced. In this tree, the strain SH714 with Sinorhizobium xinjiangensis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga constituted a branch of Sinorhizobium. Within this branch, the similarity valuse of 16S rDNA sequence between strain SH714 and S. xinjiangesis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga were 97.4%, 97.5%, 96.8%, 96.7%, 97.2% and 95.6% respectively, the values were more than 95%, this indicated that these known species should belong to the same genus. The values of DNA homology between type strains of these species were less than 70%. Thus, the strain SH714 represented a new rhizobial species, and there were some diversity between SH714 and known rhizobial species in phenotypic feature and composition of protein.