淋病奈瑟菌基因分型进展

淋病奈瑟菌表型分型方法的局限性限制其在该菌分型方面的应用。近年来,一系列该菌基因分型方法的建立弥补了表型分型方法的不足。各种基因分型方法,如Opa分型法、Por分型法、脉冲场凝胶电泳等有着各自不同的基因分型基础、应用范围及优缺点等。本文就近年来新发展的最主要的该基因分型方法作一简要介绍。     

分子流行病学：现代技术在微生物分型中的应用

分子生物学技术在细菌鉴别上的应用对临床病人的处理和流行病学调查都有重要作用。用于细菌分型的现代技术包括表型和基因型方法，它们已庄广泛应用于各种细菌的分型。就其分型性、重复性和分辨力而言，各有优、缺点，但以免疫印迹法、多聚酶链反应（ＰＣＲ）及核苷酸序列分析法较好，应在不同的要求和条件下分别采用。     

结核分枝杆菌基因分型技术的应用

结核分枝杆茵在分子生物学检测技术方面的发展使人们对结核流行和传播的理解有了革命性的变化。目前该茵基因分型主要的技术方法有IS6110分型法、分枝杆茵重复单位分型法、Spologotyping分型法。基因分型法的应用在临床、结核病传播预测、结核病控制,以及对相应基因型的结核发病机制的认识等方面都有很重要的意义,尤其在结核病的预防和控制中显示出更美好的应用前景。     

新型冠状病毒基因组序列的网络平台与基因分型

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病原体,目前COVID-19仍在世界范围内大规模流行。随着学者对SARS-CoV-2研究的不断深入,以及各大数据库的序列资源共享,一些学者开发了SARS-CoV-2相关序列分析网络在线平台,并发表了对SARS-CoV-2基因分型、命名的规则。"GISAID"是目前SARS-CoV-2基因组序列共享和储存最大的数据库,"Nextstrain"和"CoV-GLUE"是国际最常用的SARS-CoV-2序列分析平台。目前有四种比较通用的SARS-CoV-2的基因分型方法,在本文中分别简称为:"中国分型法"、"Pangolin分型法"、"GISAID分型法"和"Nextstrain分型法"。这四种分型方法的定义不尽相同,但又有相似之处。本综述对目前SARS-CoV-2在线分析网络平台和不同的基因分型方法进行了较为系统的介绍、对比和总结。     

人乳头瘤病毒基因分型方法的进展

人乳头瘤病毒(HPV)的不同基因型有不同的致病能力,其基因分型方法在HPV治疗、疫苗研究、流行病学预防控制措施制定中均有重要作用.HPV主要基因分型方法有杂交法和以聚合酶链反应为基础的分型法两大类.由于不同基因分型方法有各自不同的优、缺点,因此可根据不同的临床和实验需要,选择合适、有效的方法.     

铜绿假单胞菌分型研究进展

铜绿假单胞菌（特别是多重耐药菌株）是引起医院内感染,甚至大规模暴发流行的重要条件致病菌,本文对铜绿假单胞菌流行病学研究常用的两种分型方法（表型分型法及基因分型法）的研究现况和进展进行了简要介绍。     

流感病毒的检测和分型技术研究进展

近年来,病毒性流感的不断流行和暴发已引起世界范围的广泛关注。为了更好地对流感病毒进行检测和分型,我们对目前流感病毒常用的血清学检测和分型方法、免疫荧光法、PCR方法、多重RT-PCR法、实时RT-PCR法、依赖核酸序列的扩增法、环介导等温扩增法、焦磷酸测序法、基因芯片技术分别进行了描述,并阐述了其优缺点。     

一种快速的leptin^ob和leptinr^db等位基因SNP分型方法

目的建立leptinob和leptinrdb等位基因的SNP分型方法-单管双向等位基因专一性扩增（single-tubebi-directional allele specific amplification,SB-ASA）,同时与传统的PCR-酶切法进行比较分析。方法用PCR-酶切法和SB-ASA方法同时对ob/＋杂合小鼠的7只后代小鼠和db/m的9只后代小鼠进行了检测分型。结果两种方法都成功地对ob、db小鼠进行了分型,且结果完全一致。结论成功建立了一种快速的leptinob和leptinrdb等位基因的SNP分型方法-SB-ASA,促进了ob、db小鼠的繁殖育种工作。     

指甲游离缘的核DNA分型研究

为探讨指甲游离缘核DNA分型的可行性, 采集无关个体指甲游离缘样本10份, 分别以不同消化体系, 采用有机法、Chelex-100法,有机法结合Chelex-100法等3种方法提取指甲游离缘核DNA, AmpFlSTR IdentifierTM试剂盒复合扩增, ABI PRISM 3130自动遗传分析仪检测分析。结果显示：与对照血样比较,有机法结合Chelex-100法提取的样本核DNA均获得满意的STR分型, 有机法提取的样本核DNA可以进行STR分型, 但部分样本图谱峰值不均衡, Chelex-100法提取的样本核DNA不能分型或出现较多等位基因缺失。提示指甲游离缘可以进行成功地核DNA的分型, 有机法和有机法结合Chelex-100法提取的DNA质量都可成功检测, 其中以有机法结合Chelex-100法提取DNA的检测成功率最高。     

双向等位基因特异性PCR与限制性片段长度多态性基因分型方法比较

目的:比较双向等位基因特异性PCR(Bi-PASA)法与聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(RFLP)法对EZH2基因单核苷酸多态性(SNPs)位点rs887569基因分型结果有无差异,并用Bi-PASA法对EZH2基因rs17171119位点基因分型后分析与结直肠癌(CRC)易感性的相关性。方法:提取96名CRC患者与100名体检健康者的外周血DNA,分别用Bi-PASA法与聚合PCR-RFLP法检测EZH2基因单核苷酸多态性(SNPs)位点rs887569基因型,对两种分型结果进行比较;使用Bi-PASA法对EZH2基因rs17171119位点进行基因分型后用病例-对照方法分析该SNPs在中国人群中的分布。结果:Bi-PASA与PCR-RFLP对EZH2基因rs887569位点基因分型的准确率分别为99.5%和100%;EZH2基因的rs17171119 SNPs位点多态性与结直肠癌易感性无显著相关性(P=0.938,OR=0.846,95%CI:0.586-1.221)。结论:Bi-PASA是一种简单有效检测SNPs的方法,分型结果较为可靠;rs17171119 SNPs位点多态性与结直肠癌易感性无关,但本结论还有待更大样本量基因分型的验证。     

骨皮质核DNA分析在法医学中的应用研究

目的:为探讨在白骨化案件的骨皮质中提取到一定质和量的可供核DNA分析的DNA模板,本文从受环境因素和生物因素影响较小的骨皮质中有效地提取到了核DNA,并成功地进行DNA分析,进行个人识别和亲子鉴定.方法:采集10根无关个体胫骨骨皮质,分别用有机法、Chelex-100法、有机法结合Chelex-100法、有机法结合磁珠纯化柱法4种方法提取骨皮质核DNA,用常规荧光标记复合STR基因分型法成功分析骨皮质核DNA,获得满意STR基因座分型.结果:有机法能提取到骨皮质核DNA,进行STR分型时部分样本图谱峰值不均衡;仅用Chelex-100法提取的核DNA得不到STR分型结果或出现较多的等位基因缺失;有机法结合Chelex-100法、有机法结合磁珠纯化柱法提取的核DNA均能成功进行STR分型,没有等位基因的缺失,其中有机法结合磁珠纯化柱法提取的核DNA检测成功率最高.结论:骨皮质中能提取到核DNA,可以成功地进行DNA分析.     

Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用

Melting Temperature shift(Tm-shift)是一种新的基因分型方法,主要通过在两条特异性引物5′端加入不同长度的GC序列,PCR扩增后根据熔解曲线中产物Tm值的差异来完成分型。文章建立了Tm-shift法对2 048份样品的29个SNP进行分型,通过分型成功率、重复检测一致率、测序验证准确度综合评价分型效果。结果显示,29个SNP中有27个可以采用本方法分型,分型成功率为93.1%。测序验证准确性达到100%。3种基因型阳性标准对照重复检测一致率为100%;100个随机样品重复检测,重复性为97%。因此,Tm-shift基因分型法是一种成本低廉、准确灵敏、稳定可靠、通量灵活、操作简便的基因分型方法,可在遗传学研究中推广应用。     

丙型肝炎病毒基因分型研究进展

丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）基因型众多,其命名和分型标准已渐趋统一,一般采用Ｓｉｍｍｏｎｄｓ命名系统。不同基因型的分布地理差异明显,我国以１ｂ、２ａ型最常同北差异可能不大。现有的ＨＣＶ基因分型法有多种,ＰＣＲ和血清学两类方法有其局限性疟的相应也出现多种改进及新方法,主要是针对ＰＣＲ法的改进。近几年新兴的ＤＮＡ芯片技术也开始应用于ＨＣＶ基因分型,很可能提供一种更敏感、快速、高效的ＨＣＶ基因分型法。     

微生物测序分型系统——基于美国应用生物系统公司基因分析仪的MicroSeq微生物鉴定系统

当微生物危害人类健康时,需要依靠高效、快速、高精确性的微生物鉴定系统检测。为了获得可靠的结果,越来越多的制药公司、食品企业和公共卫生实验室、相关医院卫生系统依靠DNA测序法来进行微生物鉴定。DNA测序鉴定方法已经被证明比传统的生化分型和表型分型方法更加准确、快捷,尤其在其他方法分型失败时特别有价值。16SrRNA基因是伯杰方法（Bergey’Manual）细菌菌种分类的客观基础,也是DNA测序鉴定分型的基础。     

随机扩增DNA多态性及其在微生物分型中的应用

用于微生物分型的现代技术包括表型和基因型方法。随机扩增多态性ＤＮＡ是在聚合酶链反应技术基础上发展起来的一种新的基因分型法。主要特点是利用随机寡核苷酸引物扩增基因组ＤＮＡ片段,进而通过凝胶电泳分析其指纹图特征,借以显示不同菌株间存在细微差别。这种方法简单,快速,现已在许多微生物分型中得到运用。     

鹦鹉热嗜衣原体分型的研究进展

鹦鹉热嗜衣原体广泛分布于世界各地,能感染禽鸟、哺乳动物及人类,严重威胁人类健康,并对世界各国的禽类养殖业造成巨大影响。传统的血清学分型法由于其特异性低、敏感性差等缺点几乎已被淘汰,随着分子生物学技术的发展,基因分型法凭借其高特异性、高敏感性、高分辨率等优点,有效地弥补了血清学分型的不足。本文就Cps分型方法的研究进展进行了综述。     

乙型肝炎病毒基因分型方法及其分子流行病学研究进展

随着分子生物学的发展以及对乙型肝炎病毒研究的深入,乙型肝炎病毒血清分型法已不能适应对该病毒感染研究的需要,而出现的基因分型法则引起广泛的重视,它能真正反映病毒的异质性,现就该病毒基因分型及其分型方法,不同基因型的地理分布以及进化关系进行综述。     

金黄色葡萄球菌的流行病学分型

金黄色葡萄球菌引起的医院获得性感染问题至今仍备受国内外有关部门重视。控制感染的一个重要策略就是弄清传染源及传播途径，中断菌株在敏感病人之间或无症状携带者与病人之间的传播，这样的流行病学研究依赖于有高鉴别力的分型系统来辨别菌株的相关性。本文就金葡菌传统的基于表型的噬菌体分型、血清学分型、耐药谱分型、凝固酶分型以及新兴的质粒分型、染色体ＤＮＡ脉冲电泳分型、核糖分型和全细胞蛋白图谱分型等分子生物学分型方法作一综述。     

SLAⅠ类基因研究新进展

SLAⅠ类基因编码细胞表面高度多态的糖蛋白, 负责将内源性抗原肽递呈给T细胞, 激发特异的免疫反应。文章介绍了近年来SLAⅠ类基因分子结构、组织中的表达、表达调节、基因分型、多态性及进化研究的新进展, 重点介绍了SLAⅠ类基因分型方法及多态性研究。SLAⅠ类基因分型方法主要包括血清学法、DNA序列测定、PCR-SSP、PCR-SSOP、微卫星法, 其中PCR-SSP法快速简便, 在SLAⅠ类基因分型研究中应用广泛。文章对SLAⅠ类基因在基因功能、肽疫苗、异种移植等方面的研究和应用前景进行了讨论。     

多杀性巴氏杆菌分子分型方法简述

多杀性巴氏杆菌是一种能感染多种动物甚至是人的重要革兰氏阴性病原菌。目前临床上用于多杀性巴氏杆菌诊断的分型方法主要包括血清学分型方法和分子分型方法。其中血清学分型方法主要基于免疫学实验技术建立,操作过程繁琐,技术要求高,工作量大,不适用于临床上大规模快速开展多杀性巴氏杆菌流行病学调查的需要;而基于分子生物学手段建立的分子分型方法相对于传统的血清学分型方法而言具有快速、简单、灵敏、灵活等特点,特别是某些分子分型方法与传统的分型方法形成了较为精确的对应关系,因而在临床上得到了广泛的应用。目前适用于临床上开展多杀性巴氏杆菌分离鉴定的分子分型方法主要包括多重PCR方法及多位点序列分型法(MLST),其中多重PCR方法又包括基于荚膜编码区及脂多糖外核编码簇建立的PCR方法。本文将重点就这3种常用的多杀性巴氏杆菌分子分型方法进行综述,介绍其建立原理、实现手段以及各自的优缺点,为临床上开展多杀性巴氏杆菌的流行病学调查特别是分子流行病学调查提供参考。