花生微卫星标记的研究进展

近年来花生微卫星标记的开发取得了一定的进展,初步揭示了花生在DNA水平上的遗传多样性。花生微卫星标记的开发途径主要包括通过构建小片段基因组文库开发基因组SSR标记,根据花生EST序列开发EST-SSR标记,根据豆科植物序列信息和SSR标记开发花生SSR标记,将SSR标记与其它分子标记结合开发新的DNA标记,以及基于SSR核心序列开发ISSR标记。花生微卫星标记主要应用于遗传多样性研究、遗传图谱与品种指纹图谱构建以及分子标记辅助育种等领域。本文综述了花生SSR标记开发研究的进展及应用。     

花生微卫星标记的研究进展

近年来花生微卫星标记的开发取得了一定的进展, 初步揭示了花生在DNA水平上的遗传多样性。花生微卫星标记的开发途径主要包括通过构建小片段基因组文库开发基因组SSR标记, 根据花生EST序列开发EST-SSR标记, 根据豆科植物序 列信息和SSR标记开发花生SSR标记, 将SSR标记与其它分子标记结合开发新的DNA标记, 以及基于SSR核心序列开发ISSR标记。花生微卫星标记主要应用于遗传多样性研究、遗传图谱与品种指纹图谱构建以及分子标记辅助育种等领域。本文综述了花生SSR标记开发研究的进展及应用。     

SSR标记在桉树树种精准鉴定中的应用分析

为精准鉴定桉树种质,利用4个在种内完全保守的SSR位点对28种桉树(Eucalyptus)进行鉴定。根据这4个SSR位点的微卫星重复次数和侧翼序列特异核苷酸组合,构建了28种桉树种间种质资源的鉴定条码,能够精准鉴定9种桉树。这为桉树杂交育种工作提供了生物学依据。     

微卫星DNA在分子遗传标记研究中的应用

随着种群遗传学的发展 ,分子遗传标记特别是微卫星标记已经成为研究种群遗传的有力工具。本文就微卫星遗传标记的研究背景、技术应用以及优势与不足等方面进行了综述。     

利用SSR技术研究花生属种间亲缘关系

用44对SSR特异引物对花生属不同区组的21份种质进行了分析,获得能稳定揭示花生属种间差异的SSR引物34对。34对引物在21份种质中共检测到190个等位基因变异,每个位点上检测的等位变异数为3~11个,平均为5.59个。21份材料间存在很大的遗传变异,平均遗传距离为0.63,变异范围为0.08~0.95。聚类分析表明,区组间的遗传分化大于区组内的遗传分化,匍匐区组的遗传分化大于其他区组的遗传分化,同一物种不同种质间也存在很大的差异。栽培种花生与花生区组材料的亲缘关系相对较近,与花生属的植物学分类一致,其中A基因组的A.duranensis和A.villosa及B基因组的A.bati-zocoi与栽培种花生的亲缘关系更近一些。     

SSR分子标记在橡胶树栽培品种鉴定中的应用

橡胶树是我国重要的热带经济作物,主要通过形态特征进行品种鉴定,但橡胶树品种间形态差异较小,品种鉴定难度较大.为建立一种快速、稳定且准确的橡胶树品种鉴定方法,本研究从426对橡胶树SSR引物中筛选出5对产物清晰且扩增稳定的引物组成核心引物对,利用高通量基因分型技术构建了129份橡胶树品种的特异DNA指纹图谱,5对引物共扩...     

濒危植物羊踯躅全基因组SSR标记开发与鉴定研究

该研究利用基于全基因组限制性酶切位点简化基因组测序技术（RAD seq技术）,开发濒危植物羊踯躅（Rhododendron molle G. Don）全基因组SSR标记,并对3个群体共63份羊踯躅材料进行验证鉴定,为进一步研究羊踯躅的遗传多样性和群体遗传结构以及保护利用提供技术支持。结果显示：（1）羊踯躅基因组测序获得原始数据7.653G bp,过滤后为7.513G bp;经组装发现,羊踯躅171.534 M bp的基因组分布在498 252 contigs中。（2）通过SSR检测,在11 961 SSR位点中获得了11 687对SSR分子标记,并且二核苷酸为基序的重复类型最丰富,达51.76%。（3）随机选取128对SSR标记在6个羊踯躅株系中进行PCR扩增,获得20对高多态性的SSR标记。（4）用所选的20对多态性SSR标记对3个群体共63份羊踯躅材料进行验证分析发现,这些多态性SSR标记位点的等位基因数为4~16个,期望杂合度（H_e）为0.489~0.908。 研究表明,羊踯躅的SSR丰度适中,且二核苷酸为羊踯躅中最丰富的重复序列,该实验进一步证明RAD seq技术是一种经济有效的基因测序方法,实验中开发的SSR引物将有助于进一步研究羊踯躅和其他近缘种的群体结构和多样性。     

EST-SSR标记在水曲柳雌雄鉴定中的应用

选用黑龙江省青山林木种子园成年水曲柳200棵树为实验材料,在来自NCBI中的5 423条白蜡属EST序列和该实验室测得的水曲柳转录组的179 502条序列中查找SSR位点并设计引物,通过PCR扩增筛选有效扩增和有差异片段的引物,用于水曲柳雌雄的鉴别。结果显示:(1)白蜡属EST和水曲柳转录组中的5 423条和179 502条序列中,分别查找到9 488个和3 557个SSR位点,SSR出现的频率分别是174.96%和1.98%,SSR的类型都是以二核苷酸为主。(2)232对引物中有208对引物获得有效扩增,74对引物在雌雄DNA中有差异,27对扩增片段符合预定大小片段。(3)经过3轮筛选,选出19号和56号引物用于200棵水曲柳中,雌雄差异率分别是64.5%和89.5%。研究表明,利用EST-SSR分子标记对水曲柳性别进行鉴定是一种有效可行的方法。     

微卫星标记在种群生物学研究中的应用

微卫星是以几个碱基 (一般为 1～ 6个 )为重复单位组成的简单的串联重复序列 ,具有丰度高、多态性高、共显性标记、选择中性、可自动检测等优点。本文着重介绍了微卫星在种群生物学研究中的应用。微卫星位点可以提供具高分辨率的遗传信息 ,这一特点使微卫星既适合于个体水平上的研究 ,又适合于种群水平上的研究。在个体水平上包括个体识别、交配系统和亲本分析、基因流等研究。微卫星是常用的个体识别手段 ,但在克隆植物遗传结构研究方面的应用还很有限 ;微卫星提高了交配系统和亲本分析、基因流等研究的准确性。在种群水平上微卫星可用于遗传结构、有效种群大小、种群的系统发育重建等研究。微卫星在很多物种 (包括珍稀物种 )的遗传结构研究中得到应用 ;利用微卫星标记确定有效种群大小、检测有效种群大小的波动可以促使我们正确理解种群遗传结构动态和种群进化过程 ;微卫星在种群的系统发育重建研究方面有很大的应用潜力。然而微卫星并不是研究所有问题的唯一选择。文中还讨论了在实际工作中应如何正确利用分子标记等问题     

菠菜性别相关 EST-SSR 标记的开发及应用

为了明确菠菜EST序列中SSR的总体特点,开发菠菜EST-SSR引物;为利用EST-SSR引物进行菠菜性别相关特异序列的克隆奠定基础,本文从NCBI上获得1093条EST,利用在线软件SSRIT检测所含SSR序列,并进行分析。共检索出68条SSR序列,分布于64条EST中,检出率为6.22%,包括22种重复基元。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0设计了7对EST-SSR引物,在适合的PCR反应体系下,分别以雌、雄菠菜DNA基因组为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,结果显示以EST序列HS097148设计的一对引物从菠菜雌雄基因组中扩增出一条雄性特异的条带,表明通过菠菜EST-SSR引物获得菠菜性别相关特异序列是可行的。     

用于绿豆种质资源遗传多样性分析的SSR及STS引物的筛选

目前能够用于绿豆(Vigna radiate)种质资源遗传多样性分析的PCR引物极其有限。通过12份农艺性状差异较大的绿豆种质对绿豆以及小豆(Vigna angularis)、豇豆(Vigna unguiculata)、菜豆(Phaseolus vulgaris)等近缘食用豆中的PCR引物进行筛选,结果表明41对绿豆SSR引物中能够有效扩增的有35对,6对有多态性;28对绿豆STS引物中有23对能够有效扩增,2对有多态性;8对小豆SSR引物能够有效扩增的有6对,但均无多态性;27对豇豆SSR引物能够有效扩增的有17对,1对有多态性;24对菜豆SSR引物能够有效扩增的有9对,1对有多态性。这些多态性引物的获得将有助于中国绿豆种质资源的遗传多样性分析。     

One and Two- dimensional Polyacrylamide Gel Electrophoretic Analysis of Seed Polypeptide Composition of Peanut Cultivars

Seed polypeptides from 46 cultivars of peanut (Arachis hypogaea L. ) were compared by SDS-PAGE and two-dimensional pelyacrylamide gel electrophoresis. Arachin, the major seed storage protein of peanut, showed polymorphism. There were four types of arachin pelypeptide pattems. Type Ⅰ consisted of only four major subunits:41 kD,38.5 kD and two of the 18 kD subunits. Type Ⅱ had six major subunits:41 kD,38.5 kD,37.5 kD and three of the 18 kD subunits. Type Ⅲ consisted of 41 kD, 38.5 kD,36.5 kD and three of the 18 kD subunits. And Type Ⅳ consisted of seven major subunits:41 kD,38.5 kD,37.5 kD,36.5 kD and three of the 18 kD subunits. The compositions of conarachin in different cultivars were similar. Amino acid composition analysis of seed protein in 8 peanut cuhivars showed that Type Ⅰ was rich in methionine and cystine.     

猕猴桃品种SSR分析的初步研究

通过对16对高多态性的猕猴桃SSR引物筛选,选用了9对稳定、适用性好的引物对我国栽培的48个猕猴桃品种(品系)进行了初步研究,在9个多态性位点上共获得213个等位基因片段,其SSR指纹图谱可将供试品种完全区分开。遗传多样性分析和分辨力检测表明,我国猕猴桃栽培品种具有较高的遗传多样性,SSR标记在猕猴桃品种中有较高鉴定效率。中华／美味品种群拥有高比例的共同等位基因,反应出两者极近的亲缘关系。本研究为进一步建立我国猕猴桃栽培品种的分子指纹鉴定体系奠定了基础,为制定猕猴桃品种资源的有效保育和利用策略提供了科学依据,并对深入研究中华猕猴桃和美味猕猴桃间的系统关系提供了实验数据。     

福建省近年来审(认)定花生品种的遗传多样性分析

以近年来通过福建省审(认)定的23个花生品种为材料,对株型、叶形、叶片大小、叶色、荚果形状、网纹粗细、网纹深浅、开花习性、种仁大小、种皮颜色和粒形共11个表型性状的Simpson遗传多样性指数(简称SI)和Shannon-Weaver遗传多样性指数(简称H')进行了分析。结果表明:除开花习性、种皮颜色和种仁大小3个性状表现一致外,23个品种的遗传多样性指数分别为SI=0.506,H'=0.796,其中以荚果形状最低(SI=0.237,H'=0.387),以网纹粗细最高(SI=0.755,H'=1.335);从50对引物中筛选出9条多态性较好引物,共扩增出59条多态性条带,平均每对引物可扩增6.56条多态性条带,引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.746~0.957,平均值为0.88。23个品种间的遗传相似系数在0.225~0.818,平均为0.579。在相似系数0.55处可分为3个类群。系谱分析表明亲本来源相近的品种优先聚在一起,利用辐照诱变材料对于拓宽花生遗传基础发挥作用较明显。SSR分析结果基本上与系谱分析的结果相吻合。     

结合SSR标记和STS标记对家蚕无鳞毛翅基因的定位

家蚕突变表型无鳞毛翅(non-lepis wing, nlw)由隐性基因nlw控制。由于家蚕雌性不发生交换, 文章采用有鳞毛翅品系P50和无鳞毛翅品系U06两个品系组配F1代及BC₁回交群体, (U06×P50)×U06和U06×(U06×P50)分别记作BC₁F和BC₁M, 根据已经构建的家蚕SSR分子标记连锁图谱及已经发表的有关序列对nlw基因进行了连锁及定位分析。得到8个与nlw基因连锁的SSR(Simple sequence repeat)标记和1个STS(Sequence-tagged sites)标记。BC₁F群中的所有正常翅个体均表现出与(U06×P50)F₁相同的杂合带型; 而所有无鳞毛个体带型与亲本U06一致, 为纯合型。利用BC₁M群体构建了关于nlw基因的遗传连锁图, 连锁图的遗传距离为125.7 cM, 与nlw基因最近的引物为STS标记cash2p, 图距为11.4 cM。     

Formation of Protein Bodies in Cotyledons of Peanut Seed

In the cotyledon ceils of developing peanut (Arachis hypogaea L.) seeds, storage protein accumulates in the protein bodies. Protein deposition in the vacuoles does not take place until approximately 6 weeks after anthesis. By depositing onto the centre of the vacuoles at the early stage and depositing in the vacuolus as protein ceous lump or flocculent materials at the later stage, protein accumulates gradually to become a spherial protein body in the whole vacuole.     

Sequence-tagged sites (STS) for studies of molecular epidemiology of scleroderris canker of conifers

 Scleroderris canker is a very damaging disease of conifers caused by a fungal pathogen, Gremmeniella abietina var ‘abietina’. This fungal pathogen is now known to comprise a number of distinct races and biotypes. In North America, two races, an indigenous North American race and an introduced European race, are present. In Europe, three distinct biotypes have been reported within the European race: one in the Alps, another in Fennoscandia, and a third that overlaps with the first two. We used random amplified microsatellites (RAMS) and DNA sequencing with arbitrary primer pairs (SWAPP) to design five PCR primer pairs flanking polymorphic regions of the genome of the European race of G. abietina. Length polymorphisms produced by repeats of basic units in microsatellites were distinguished by electrophoresis of PCR products in agarose gels, and point mutations were identified by low-ionic-strength single-strand conformation polymorphisms (LIS-SSCP). Some primers generated private alleles in the European biotype and the psychrophilic Alpine and Fennoscandian biotypes, i.e., alleles that were fixed within the two groups but polymorphic between them. Conversely, one pair of primers amplified at least 3, 4, and 7 alleles in the Fennoscandian, Alpine, and European biotypes, respectively. The Alpine and Fennoscandian biotypes, although geographically separated, were genetically more closely related to one another than to European biotype, which has an overlapping distribution. However, both Alpine and Fennoscandian biotypes have similar ecotypic adaptation. The evolution of these biotypes could be explained by their geographic separation following the end of the last glaciation. Received: 17 January 1998 / Accepted: 3 March 1998     

花生RGA片段的克隆及初步分析

目的：通过同源克隆获得了花生闽花6号的RGA片段,为其抗性的研究及抗性育种提供了参考资料。方法：试验分为两组：其一通过利用抗性基因的NBS保守区所设计的简并引物对花生品种闽花六号进行了RGA片段扩增,其二结合已登录的花生RGA片段序列经过多元比对后设计简并引物进行RGA片段的扩增及序列分析;分析比较两组克隆方法的效果。结果：测序分析表明：前者20条随机测序序列中没有一条与已知RGA片段序列相似;后者20条随机测序序列中有18条为RGA片段序列,其登录号为GenBankEU639668-EU639685。结论：前一种方法克隆扩增RGA基因片段的效率很低,而后一种方法克隆扩增效果更好,这为闽花6号花生的遗传改良提供了理论基础。     

花生RGA 片段的克隆及初步分析

目的:通过同源克隆获得了花生闽花6号的RGA片段,为其抗性的研究及抗性育种提供了参考资料。方法:试验分为两组:其一通过利用抗性基因的NBS保守区所设计的简并引物对花生品种闽花六号进行了RGA片段扩增,其二结合已登录的花生RGA片段序列经过多元比对后设计简并引物进行RGA片段的扩增及序列分析;分析比较两组克隆方法的效果。结果:测序分析表明:前者20条随机测序序列中没有一条与已知RGA片段序列相似;后者20条随机测序序列中有18条为RGA片段序列,其登录号为GenBankEU639668-EU639685。结论:前一种方法克隆扩增RGA基因片段的效率很低,而后一种方法克隆扩增效果更好,这为闽花6号花生的遗传改良提供了理论基础。     

花生种皮抗黄曲霉差异基因表达分析

选择高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078组大豆杂交探针。初步结果表明,与金花1012相比,J11种皮共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降,其中两份种质的种皮过氧化物酶（POD）差异基因表达量存在明显差异。为初步验证基因芯片分析结果,进行了POD活性测定。结果表明,种子接近成熟前,J11种皮的POD活性迅速上升,明显高于金花1012水平;金花1012则变化不明显,与相关基因差异表达量基本一致。