裂殖酵母复制起始位点的序列特征分析和预测

DNA的精确复制是保证基因组完整性的关键。裂殖酵母是研究真核生物DNA复制等基因表达调控过程的重要模式生物。作者统计分析了裂殖酵母复制起始区的碱基组分、k-mer(k=2~4)频数、GC/AT位点偏差和GC/AT位点组分。结果发现:复制起始区的AT含量显著高于非复制起始区,且富含WW(W为A或T)二联体,而非复制起始区富含SS(S为G或C)二联体;复制起始区和非复制起始区的GC/AT位点偏差、GC/AT位点组分也存在显著差异。另外,作者仅基于DNA序列或结构特征,使用支持向量机区分了裂殖酵母复制起始区和非复制起始区,预测总精度约70%。表明DNA序列对裂殖酵母的复制起始有重要影响。该研究对进一步阐明真核生物的复制机制有重要的理论意义。     

选择性复制型腺病毒介导的自杀基因HSV -tk 在 肿瘤基因治疗中的应用

自杀基因治疗是肿瘤基因治疗的手段之一,治疗效果与自杀基因能否被高效、选择性的导入肿瘤细胞有关。肿瘤选择性复制型腺病毒（conditionally replication adenovirus,CRADs）可以特异性的在肿瘤细胞中复制,在复制的同时所携带的治疗基因也大量表达。由CRAds介导的自杀基因,实现了对肿瘤的病毒治疗和基因治疗的结合,提高了治疗效率和使用复制型腺病毒的安全性。     

病毒复制能力,血源扩散的抗原可用性以及T_(FH):T_(FR)的比率驱动诱导有效中和抗体应答

<正>病毒活疫苗可引起长期保护性的体液免疫,但其潜在机制尚未完全阐明。亲和成熟的发生、长效的保护性抗体应答的产生涉及T滤泡辅助细胞,生发中心,B细胞和T滤泡调节细胞之间的密切相互作用。作者假设通过血源途径传播的复制病毒或活疫苗引起的抗原浓度升高对于诱导和维持长期保护性抗体应答是必要的。使用复制或很少复制或不复制的甲型流感病毒,发现TFH细胞、GC B细胞和中和抗体反应的大小与病毒的复制能力直接相关。此外,还发现,在GC反应峰值期间,淋巴和循环     

基于复制-转录碰撞的突变和进化意义

复制和转录机器会同时使用相同的DNA区域作为模板,因此复制和转录不可避免地以头对头或追尾方式相互碰撞。头对头碰撞和追尾碰撞均会导致复制机器停留,从而造成DNA损伤和基因组不稳定。就基因组完整性而言,头对头碰撞比追尾碰撞的后果更严重。本文回顾总结了复制-转录冲突的解决机制和进化影响。相对于前导链,滞后链上非同义（氨基酸改变）突变的发生率更高,并且滞后链上基因的高频诱变取决于转录本和基因大小,因此,较快的适应性突变发生在滞后链上。头对头基因的高度转录增加了复制过程中响应压力的突变率。无论是头对头还是追尾模式,复制-转录冲突都可能是适应性进化的驱动力。     

一个植物乳杆菌新质粒的序列分析与归类

[目的]分离鉴定植物乳杆菌PC518的质粒并分析滚环复制p C194家族复制起点特征。[方法]从植物乳杆菌PC518中提取质粒,HindⅢ单酶切后克隆测序,然后用反向PCR方法验证质粒序列的完整性。使用DNAMAN V6. 0软件和MEGA X软件对43个p C194家族质粒的复制起点序列和复制蛋白进行比对分析。[结果]分离得到一个3 325 bp的新质粒p LP325。43个p C194家族质粒复制起点中:24个在nick上、下游均有反向重复序列,12个只在nick上游有反向重复序列,4个只在下游有反向重复序列。复制蛋白的聚类与复制起点中反向重复序列的位置是对应的。[结论]p LP325的复制方式推定为滚环复制,属于p C194家族。p C194家族复制起点的bind以反向重复序列为特征,位于nick上游或下游。     

强烈的复制链组成偏差——某些专性寄生(共生)菌特有的基因组学特征

DNA复制是一个不对称的过程。不对称的一个体现是复制链分为前导链和滞后链,前者连续复制而后者的复制却不连续。这种不对称最终导致两条链上核酸组成的不对称。链特异的核酸组成偏差最先发现于棘皮类动物和脊椎动物的线粒体DNA上。随着全基因组的大量测序,越来越多的细菌被发现具有类似的链特异的核酸组成偏差,甚至很多真核生物的染色体基因组也被发现具有类似偏差。在某些细菌中,链特异的组成偏差强烈到足以使前导链和滞后链的基因间具有分离的密码子使用。至今,共有11种细菌被发现具有和复制相关的分离的密码子使用。这11种细菌无一例外都属于专性寄生(共生)菌。对于链组成偏差产生的内在机制以及特定细菌具有强烈链组成偏差的成因,目前学术界尚没有统一的理论解释。文章对这一遗传学及基因组学的重要问题进行了综述和展望。     

Semliki森林病毒衍生的DNA疫苗与常规DNA疫苗的比较

比较Semliki森林病毒(SFV)衍生的复制型DNA疫苗载体(复制型载体)和常规非复制型DNA疫苗载体(非复制型载体)的导入效率、表达效率、诱导凋亡率和免疫效果,从而评价其作为DNA疫苗载体的应用前景.使用等量SFV载体和常规DNA载体同等效率转染细胞后,复制型载体表达强度比非复制型载体高约3倍,其诱导凋亡的能力是非复制型载体的11倍;以不同剂量的SFV载体和常规DNA载体分别转染BHK21细胞,复制型载体各剂量组载体的表达量均高于非复制型载体.复制型载体在1μg组出现峰值,而非复制型载体则出现在4μg组.体内免疫的结果表明,SFV载体pSCA-SS1免疫的各组小鼠中,低剂量1μg组小鼠的总抗体滴度高于10μg和100μg剂量组;1μg pSCA-SS1免疫的小鼠产生的总抗体滴度与CTL水平,分别与pcDNA3-SS1免疫的小鼠中10μg和100μg组相当.但10μg、100μg组pSCA-SS1免疫小鼠的总抗体及CTL水平,都低于pcDNA3-SS1免疫的小鼠的10μg、100μg组.结果提示:SFV衍生的复制型DNA疫苗载体,在低剂量组时即可诱生与常规DNA疫苗载体高剂量组相近的免疫效果.     

YfiA、Rmf和Hpf影响大肠杆菌DNA复制起始

探讨核糖体休眠因子yfiA、rmf和hpf对大肠杆菌DNA复制起始的影响。观察ΔyfiA、Δrmf和Δhpf基因缺失突变体的DNA复制式样、细胞倍增时间、细胞大小等表型变化,并使用温度敏感性实验和蛋白定量实验探究yfiA、rmf和hpf对DNA复制起始的作用机理。结果发现,相较于野生型细胞,ΔyfiA、Δrmf和Δhpf突变体出现DNA复制起始的延迟、细胞倍增时间延长、细胞体积减小等表型变化。温度敏感性试验表明YfiA、RMF和HPF蛋白不是直接通过与DnaA、DnaB或DnaC蛋白相互作用来影响DNA复制起始。蛋白定量实验表明它们可能是通过减少细胞内总蛋白的量,包括DnaA蛋白,使细菌的代谢和生长速度减慢,从而导致细菌DNA复制起始发生延迟、细胞倍增时间延长和体积减小等表型改变。这为深入研究yfiA、rmf和hpf的功能提供基础。     

双表达小干扰RNA抑制小鼠体内HBV感染

目的运用水压法复制HBV小鼠急性模型,用于研究双表达siRNA在小鼠体内对HBV复制的抑制作用。方法使用HBV质粒DNA对BALB/c小鼠进行尾静脉大剂量快速推注,获得急性HBV体内表达模型。同时使用相同方法对推注后的小鼠进行RNAi干预。对不同处理组动物的HBsAg、HBeAg、HBcAg和HBV DNA进行ELISA、免疫组织化学和实时定量RT-PCR检测。结果水压法复制HBV小鼠急性模型与HBV DNA感染剂量无明显相关。与单表达siRNA相比较,双表达siRNA对HBV抗原表达抑制较为明显。结论双表达siRNA不失为一种体内抑制HBV感染的一种策略。     

ColE1型质粒DNA载体的复制与调控研究

ColE1型质粒DNA是独立于染色体之外能自主复制的一类双链DNA分子 ,用ColE1型质粒作DNA免疫或基因治疗载体 ,可以克服如同pSC10 1质粒载体的低拷贝 ,低产量的缺点 ,是目前最广泛使用的一种DNA载体 .预计到2 0 10年这方面产品市场的销售额将达到 450亿美元 ,因此研究ColE1型质粒DNA的复制与调控机理不仅有重要的科学意义也有重要的经济意义 .ColE1型质粒DNA复制起始区是一个约 60 0bp大小的区域 ,在这个区间中 ,DNA发生单向的复制 ,它的复制受到RNAⅡ、RNAⅠ、Rom蛋白及非荷载tRNA的调控 .RNAⅡ是起复制引物作用的RNA ,它…     

溶瘤痘苗病毒的研究进展

溶瘤病毒可靶向性杀伤肿瘤细胞而不对正常细胞产生杀伤作用。近几年已开发出十余种溶瘤病毒。痘苗病毒曾在全球消灭天花行动中被广泛使用,并且有着复制速度快、免疫原性强、副作用明确等优点。痘苗病毒经过基因改造,可以选择性地在肿瘤细胞中复制并裂解细胞。目前,用于溶瘤痘苗病毒改造的主要有痘苗病毒Western Re verse株、Wyeth株、Lister株和Copenhagen株,我国使用的痘苗病毒天坛株尚未有相关报道。     

表达Rta的杆状病毒载体和更昔洛韦联用治疗鼻咽癌的实验研究

目的 联合使用一种新的表达Epstein Barr病毒（EBV）裂解性复制极早期基因Rta的杆状病毒载体及抗病毒药物更昔洛韦,试验其对激活鼻咽癌细胞中潜伏性EBV的复制和杀伤肿瘤细胞的作用。方法 用携带EBV的复制起点OriP和CMV启动子表达Rta基因的重组杆状病毒处理EBV潜伏感染的鼻咽癌细胞Hone1-EBV,和由该细胞系建立的裸鼠肿瘤模型,同时联合使用更昔洛韦,研究细胞和肿瘤生长的情况。结果 重组杆状病毒和更昔洛韦联合处理肿瘤细胞后,细胞生长活性仅为对照的51%,裸鼠活体实验中肿瘤生长也受到明显的抑制,10 d后瘤体积仅为对照的20%,瘤重仅为对照的30%。组织化学分析证实大量肿瘤细胞坏死。结论 杆状病毒载体与更昔洛韦联合可以用于EBV相关的鼻咽癌的治疗。     

原核细胞复制和表达调控

原核基因调控研究曾是分子生物学的先导,现在仍是分子生物学的一个十分活跃和重要的研究领域。原核基因的调控主要发生在复制、转录和翻译三个水平。这三个过程的主要调控点都在起始阶段。 1 DNA复制调控 DNA复制调控研究起始于复制蛋白质的研究。通过遗传和生化研究鉴别了参与大肠杆菌染色体复制的蛋白质并阐明其功能,包括起始蛋白质,复制蛋白质和专一性蛋白质。起始蛋白质参与转录活化,复制起始点的识别并形成复制体起始复制,包括     

丁酸梭菌及产丁酸代谢改造

丁酸梭菌(Clostridium butyricum)是一种专性厌氧菌,可通过多基因过表达、同源重组、基于非复制型质粒和非复制型质粒的同源重组等多种遗传操作方式对其进行改造.丁酸是丁酸梭菌发酵的产物之一,丁酸用途广泛,用于饲料添加剂,可提高动物抵抗力,减少抗生素的使用.用丁酸梭菌发酵产丁酸,其产量仍然较低,不利于工业化...     

DNA复制蛋白与复制体

有许多DNA复制蛋白是装配成一定的结构发挥作用,如引物体和复制体。在复制叉处,由DNA pol Ⅲ全酶二体、引物体和解螺旋酶装配成复制体,负责先行链和后行链的同时合成。复制中,后行链模板绕DNA pol Ⅲ全酶形成折迴环,随着复制体在复制叉处前移,后行链以5′→3′的方向合成冈崎片段。     

真核细胞DNA复制叉稳定性维持机制的研究进展

DNA复制是细胞最基本的生命活动之一,是生物体生存和繁殖的基础。从原核生物到真核生物,DNA复制过程基本保守,分为复制起始和延伸两个阶段。复制叉是DNA复制的基本结构,它容易遭受多种内源或外源的DNA复制压力影响而停顿,导致基因组不稳定,引起细胞凋亡、癌变或细胞死亡等严重后果。为了维持复制叉的稳定,细胞进化出了一系列机制,其中最重要机制之一便是S期细胞周期检验点。就影响DNA复制叉稳定的内外因素、S期细胞周期检验点与复制叉稳定性的关系以及复制叉稳定性与相关疾病的发生、治疗等问题进行简要综述。     

运用系统论原理复制人类疾病动物模型

依据系统论的基本原理,人类疾病动物模型采用整体设计,统筹考虑模型与实验动物生物学特性方面的相似性、模型复制的重复性、可靠性、适用性、可控性、易行性和经济性等,以便模型复制的顺利开展。整体性原则应贯穿整个模型复制过程,使复制的模型具有科学性和实用性。模型复制要落实系统论的相关性原则,一个模型不是孤立的,动物的各系统、各器官、各分子之间是相互联系,人类和动物在生物学、解剖学、组织学、胚胎学、生理学、病理学等方面的相互联系,疾病的发生、发展是相互联系的,相关性原则为动物模型研究人类疾病提供了理论依据。动物模型在时间和空间上处于不断运动变化发展之中,在研究模型的过程中,要用动态的方法而不是静止的方法来研究动物模型,应根据疾病的特点,分成不同的阶段,结合动物的免疫功能、营养状况、疾病的发展、转归等采用不同的对策。模型的复制采用最优化原则,要求模型设计最优化,选用高质量的实验动物,减少动物使用数量,保护动物福利与伦理,最终实现模型评价体系的最优化。     

家猪染色体复制行为的研究

本文采用外周血培养、胸苷同步化细胞、Brdu连续标记和胸苷末端标记法研究了家猪染色体复制的过程。根据家猪染色体复制带型的不同,将复制过程分为5个不同的时期,提出了各个时期的判别标准,并绘制了复制过程模式图。在同步化的细胞群中研究了Brdu掺陶入时间和不同复制期出现频率的关系。发现了家猪端着红粒染色体和双臂染色体C带异染色质区的不同步复制现象。本文还对端着丝粒染色体微小短臂的结构、失活X色体复制起始位点多态性、常染色体中某些晚复制区的不同步复制现象进行了研究。     

四种DNA复制起始方式的比较

近年来有关DNA复制的机制研究取得一些重要进展,但现有高等生物学相关专业的《生物化学》、《分子生物学》和《基因工程》等教材中DNA复制机理尤其是复制起始相关章节的内容更新不够。结合最新的研究进展,本文综述了四种DNA复制方式:双向复制(原核大肠杆菌和真核生物)、单起点单向(质粒ColE1)、哺乳动物线粒体DNA(取代环)以及最近发现的不需要引物的DNA聚合酶起始的DNA复制方式,丰富了教材相关的内容,强调复制的不同方式是不同的复制起始复合物装备的结果。文末对四种不同的复制方式异同进行了比较,根据复制原点在复制复合物装备中的重要作用,对教材中复制原点的概念进行了进一步的剖析。本文内容将有利于学生跳出课程的框架,将相关的知识点融会贯通,夯实理论基础并在将来能有所应用。     

有丝分裂期DNA合成（MiDAS）及其介导的端粒复制

DNA复制压力（replication stress，RS）是一个广泛定义DNA复制障碍的术语，通常是指那些能够扰乱复制进程，造成复制叉减慢或停滞的情况。复制压力的过度累积是肿瘤发生和基因组不稳定的主要驱动因素。细胞染色体在复制过程中会不断地遭受来自外源性或内源性复制压力，而端粒及常见脆性位点（common fragile sites，CFSs）是一类对复制压力高度敏感的区域，在复制压力较高的情况下，这些区域往往难以被完全复制。近年的研究发现，有丝分裂期DNA合成（mitotic DNA repair synthesis，MiDAS）区别于S期的复制，可以帮助难以复制的区域在进入有丝分裂期后仍然能够保证复制的进行，因此，MiDAS也被称为“复制的挽救机制”。由于端粒的维持依赖于端粒酶活性及端粒替代性延长机制（alternative lengthening of telomeres，ALT），而具有更多端粒脆性的ALT细胞中端粒-MiDAS表现出高度的活性，因此本文就MiDAS的发生机制及在不同端粒维持机制下难以复制的端粒如何应对复制压力在有丝分裂期完成DNA的合成进行综述。