棉铃虫核多角体病毒lef—3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒 (HelicoverpaarmigeraSingle nucleocapsidNucleopolyhedrovirus ,HaSNPV)基因组中发现了lef 3基因 ,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ F片段上 ,全长 114 0bp ,编码 379个氨基酸 ,预计蛋白质分子量为 4 4kD ,启动子区具有TATAbox ,位于起始密码子ATG上游 4 0～ 4 3nt处 ,在终止密码子下游具典型的 poly(A)终止信号AATAAA。并且在它的氨基酸序列的N -端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构     

山葡萄几丁质酶基因VCH3启动子的分离及鉴定

利用接头PCR技术首次分离了长度为1 216bp的"双优"山葡萄(Vitis amurensis Rupr.)classⅢ几丁质酶基因VCH3上游启动子序列(GenBank登录号AF441123),并用引物延伸方法鉴定了该启动子的转录起始位点,为5'-ATCAAGCAC-31序列中的第二个A.序列分析结果表明,代表真核基因启动子特征的CAAT盒和TATA盒分别位于VCH3启动子转录起始位点上游-122和-29处.另外,在转录起始位点上游-1 181 bp和-293 bp处各有一个水杨酸(SA)响应的顺式作用元件TGACG.为了鉴定该启动子的功能,将该启动子连接到β-葡糖苷酸酶基因(GUS)编码区的上游构建了VCH3启动子-GUS融合基因,并用农杆菌介导叶盘转化法将该融合基因转入烟草栽培品种NC89中.SA处理的转基因烟草根系和叶片GUS酶活性的荧光和组织化学检测结果表明VCH3启动子的驱动作用被SA诱导,因而该启动子在基因工程中将具有潜在的应用价值.     

杨扇舟蛾颗粒体病毒gra基因的分析

本研究利用已知的颗粒体蛋白基因(granulin,gra)设计引物,通过PCR扩增得到ClanGV的gra基因。对 PCR结果序列分析表明,ClanGV的gra基因开放阅读框(ORF)全长747bp,共编码248个aa,预计编码的蛋白质 大小为29．3kDe。在启始密码子ATG上游-24bp处,有一个杆状病毒晚期启动子序列,ATAAG。有两个TATA 框,分别位于ATG上游的-26bp和-65bp位置。基于gra的同源分析和进化树分析表明,ClanGV和茶小卷叶蛾颗 粒体病毒(Adoxophyes orana granulovirus,AoGV)、苹果蠹蛾颗粒体病毒(Cydia pomonella granulovirus,CpGV)、 云杉卷叶蛾颗粒体病毒(Choristoneura fumiferana granulovirus,CfGV)、马铃薯块茎蛾颗粒体病毒(Phthorimaea operculella granulovirus,PoGV)的亲缘关系较近。利用提取的颗粒体蛋白免疫家兔,制备了抗体进行免疫杂交分 析,结果显示ClanGV除了与分月扇舟蛾颗粒体病毒(Clostera anastomosis L．granulovirus,CaLGV)的颗粒体蛋 白有较强的杂交信号外,与棉铃虫核多角体病毒(Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus,HaNPV)多角体蛋 白也有明显的杂交带出现,与甜菜夜蛾核多角体病毒(Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus,SeNPV)只有非常 微弱的杂交信号。     

小花草玉梅正常和自然变异植株的AP3-3基因研究

野生小花草玉梅(Anemone rivularis var.flore-minore)正常植株和花被片自然变异植株的外观形态差异很大,该研究以二者为材料,利用常规PCR和高效热不对称PCR(Hi-Tail PCR)技术从其正常和变异植株的基因组中各分离得到1个B类基因。序列分析证明,二者隶属于B类MADS-box基因AP3家族的旁系同源基因AP3-3分枝,分别命名为NArAP3-3(正常植株)和VArAP3-3(变异植株)。NArAP3-3基因全长3 795bp,VArAP3-3基因全长3 898bp,二者均含有1个666bp的开放阅读框(ORF),可编码221个氨基酸,具有典型的植物MADS-box基因结构,其编码肽链包含了MADS区、K区、Ⅰ区和C区。对比NArAP3-3和VArAP3-3基因的全长序列,发现VArAP3-3基因比NArAP3-3多了1段49bp的插入,且在ORF序列与NArAP3-3基因相比有4个碱基突变。对二者的全长序列、所编码的221个氨基酸及插入序列的生物信息学分析显示,二者在基因启动子、蛋白质基本性质、结构功能域、二级三级预测结构等方面均有差异,推测这些差异可能是花被片变异产生的原因之一。该研究结果为进一步探索其变异机制奠定了基础。     

棉铃虫核多角体病毒lef-3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒(Helicoverpa armigera Single-nucleocapsid Nucleopolyh edrovirus,HaSNPV)基因组中发现了lef-3基因,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ -F片段上, 全长1140bp,编码379个氨基酸,预计蛋白质分子量为44kD,启动子区具有TATAbox,位于起 始密码子ATG上游40～43nt处,在终止密码子下游具典型的poly(A)终止信号AATAAA.并且 在它的氨基酸序列的N-端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构.     

海洋真菌灰绿曲霉地标蛋白编码基因AgTeaA的克隆与序列分析

为考察灰绿曲霉中地标蛋白AgTeaA对菌丝极化生长的作用,首先需要获得AgTeaA基因序列的相关信息.通过简并PCR的方法得到AgTeaA基因编码区的一段序列,以已知序列为基础通过染色体步移的方法获得基因全长及两端侧翼序列,然后通过逆转录PCR的方法确定出氨基酸序列,并利用相关生物学软件进行蛋白结构域的分析和系统进化树的构建.结果显示,AgTeaA基因编码区全长4 706 bp,对应氨基酸全长为l 477 aa,在256-320 bp,733-780bp,1 064-1 150 bp处各有一个内含子.与粟酒裂殖酵母Teal蛋白和构巢曲霉TeaA蛋白相似的是,AgTeaA在290-339aa,340-390 aa处各有一个Kelch结构域,在818-899aa,938-999aa,1 021-1 116aa,1 183-1 335aa处各有一个卷曲螺旋(coiled coil)结构域.     

水稻OsNRT1-d启动子的分离和功能分析

采用PCR技术,从水稻基因组中分离到OsNRT1-d读码框上游2 019 bp序列.序列分析表明:在起始密码ATG上游-189 bp和-127 bp处分别存在CAAT-box和TATA-box,具有典型的启动子结构.推测的转录起始位点CAC位于起始密码ATG上游-93 bp处.将OsNRT1-d启动子5′-端系列缺失后,分别与GUS报告基因融合,获得的NRT2019∷GUS、NRT1196∷GUS 和NRT719∷GUS转基因载体.农杆菌介导转化水稻,获得的转基因水稻均能启动下游GUS报告基因在水稻的根、叶、花颖和种子中表达;将转基因水稻幼苗放在滤纸上紧急干旱处理和用15% PEG6000进行模拟干旱处理,GUS基因的表达量明显升高,且干旱应答元件在-719 bp～-1 bp的范围内;GUS活性分析表明:OsNRT1-d启动子对ABA、NaCl、(NH4)2SO4、KNO3和Gln等信号没有应答反应.     

八肋游仆虫核糖体蛋白L11的基因克隆与序列分析

以单细胞真核生物八肋游仆虫Euplotes octocarinatus为实验材料,采用PCR、RT-PCR方法克隆了核糖体蛋白L11基因(EoRPL11).将该序列与GenBank中其他物种的RPL11基因序列进行同源性比对,采用DNAStar软件进行聚类分析.结果显示,成功克隆到游仆虫RPL11基因,大核中该基因全长709 bp,开放阅读框(ORF)为531 bp,编码176个氨基酸;cDNA序列与大核中ORF序列一致,表明该基因具有转录活性;所推导的氨基酸序列与嗜热四膜虫Tetrahymena thermophila的RPL11同源性最高,为66%.     

杨扇舟蛾颗粒体病毒gra基因的分析

本研究利用已知的颗粒体蛋白基因(granulin,gra)设计引物,通过PCR扩增得到ClanGV的gra基因.对PCR结果序列分析表明,ClanGV的gra基因开放阅读框(ORF)全长747bp,共编码248个aa,预计编码的蛋白质大小为29.3kDα.在启始密码子ATG上游-24bp处,有一个杆状病毒晚期启动子序列,ATAAG.有两个TATA框,分别位于ATG上游的26bp和65bp位置.基于gra的同源分析和进化树分析表明,ClanGV和茶小卷叶蛾颗粒体病毒(Adoxophyes orana granulovirus,AoGV)、苹果蠹蛾颗粒体病毒(Cydia pomonella granulovirus,CpGV)、云杉卷叶蛾颗粒体病毒(Choristoneura fumiferana granulovirus,CfGV)、马铃薯块茎蛾颗粒体病毒(Phthorimaeaoperculella granulovirus,PoGV)的亲缘关系较近.利用提取的颗粒体蛋白免疫家兔,制备了抗体进行免疫杂交分析,结果显示ClanGV除了与分月扇舟蛾颗粒体病毒(Clostera anastomosis L.granulovirus,CaLGV)的颗粒体蛋白有较强的杂交信号外,与棉铃虫核多角体病毒(Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus,HaNPV)多角体蛋白也有明显的杂交带出现,与甜菜夜蛾核多角体病毒(Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus,SeNPV)只有非常微弱的杂交信号.     

哈氏弧菌dam基因的克隆与分析

利用兼并PCR的方法克隆得到哈氏弧菌T4的DNA腺嘌呤甲基化酶(dam)基因,序列分析表明该基因编码279个氨基酸,与其它已知弧菌的Dam具有较高的同源性,其中与副溶血弧菌Dam的相同性达95%。功能检验表明所克隆的dam基因在大肠杆菌中具有DNA腺嘌呤甲基化酶活性,能够甲基化大肠杆菌染色体DNA GATC序列中的腺嘌呤。运用染色体步移法获得dam基因上游的3251 bp DNA,发现该区域含有3个基因,其与dam在染色体上的相对排列顺序为:莽草酸激酶-脱氢奎尼酸合成酶-damX-dam。对dam上游DNA序列研究发现位于翻译起点ATG上游的78bp、112bp和477bpDNA片段皆具有启动子活性,但前者的活性明显高于后二者。