红色原鸡群体遗传多样性

为了阐明红色原鸡的群体遗传结构,以对其有效保护提供遗传学依据,采用33个微卫星标记对其群体中56个个体进行了PCR-聚丙烯酰胺多态性电泳检测。33个微卫星座位共检测到140个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2～8个之间,平均每个座位等位基因数4.24个,有效等位基因数3.30个。根据等位基因频率,计算出的群体表观杂合度、期望杂合度及多态信息含量分别为0.7980、0.6506和0.5948。结果表明,红色原鸡群体遗传多样性较丰富。     

云南南部地区野猪群体的遗传多样性

野猪(Sus scrofa)是家猪的祖先,也是野生动物遗传资源和生物多样性的重要组成部分.为了阐明其群体遗传变异,以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据,本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对云南南部地区野猪群体65只个体进行了群体遗传变异分析.共检测到349个等位基因,每个座位的等位基因数从3到9不等,有效等位基因数在1.683 5-8.066 7之间,平均每个座位等位基因数(4.592 1±1.145 2)个,有效等位基因数(3.709 9±0.990 4)个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为(0.949 2±0.113 5)、(0.711 6±0.078 7)和(0.663 4±0.092 1).结果表明,本实验检测到的野猪群体遗传多样性较丰富.     

尼西鸡遗传多样性微卫星标记分析

尼西鸡抗病力强,产蛋性能高,适应高海拔及寒冷的气候条件,是具有独特群体遗传特性的高原地方鸡种。为了对其有效保护和合理利用提供遗传背景资料,筛选了家鸡基因组24条染色体上的33个微卫星标记,对随机选取的50个尼西鸡个体进行多态性检测,共检测到122个等位基因,每个座位平均等位基因数为3·7个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0·5514和0·6350,大染色体较小染色体的微卫星多态性程度高。表明尼西鸡属多态性较丰富的群体。     

大河猪76个STR基因座的遗传多态性

大河猪是中国西南中海拔地区代表性猪种之一,长期以来在当地养猪生产中发挥了重要作用。为了阐明其群体遗传变异情况,为进一步有效保护和合理利用提供科学依据,采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种60个随机抽样个体进行了微卫星PCR–聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。共检测到347个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在3—10个之间,平均每个座位等位基因数4.57个,有效等位基因数3.50个,群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0.696 2±0.071 6和0.644 1±0.091 4。结果表明,大河猪群体遗传多样性较丰富,选择潜力较大。     

金华猪遗传结构及其与太湖猪遗传分化的研究

本研究利用65个微卫星标记结合荧光标记检测技术, 对金华猪I系、II系、III系共271个个体以及嘉兴黑猪、中梅山猪、小梅山猪和二花脸猪等4个太湖猪品种和嵊县花猪各30头的基因型进行了检测, 统计分析了金华猪各品系的遗传结构及各猪种群间的遗传分化。结果显示: 金华猪品系间具有丰富的遗传变异, 平均有效等位基因数以金华猪I系最高, 为3.5; 其次是II系和III系, 分别是2.8和2.5, 金华猪3个品系的平均多态信息含量均高于0.5; I、II、III系的平均观察杂合度分别是0.381、0.399和0.442。金华猪3个品系偏离Hardy-Weinberg平衡的程度不一:I系偏离较大, III系次之, II系相对较小。分析认为金华猪各品系存在一定程度的近交, 品系间存在不同的等位基因。遗传分化结果显示: 金华猪II系和III系间遗传分化相对较小(F_ST＝0.1883), 但它们与I系间的遗传分化较大, F_ST值分别是0.3663和0.3619。同时, 金华猪各品系与太湖猪的遗传关系较近, 其中与中梅山猪群体遗传分化相对较小, F_ST值分别为0.3581、0.3560和0.3572。而金华猪各品系与嵊县花猪的遗传分化最大, F_ST值分别为0.4499, 0.4654和0.4801, 由此可见, 金华猪不同于其他浙江省地方品种, 有着独立的起源和驯化进程。     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

野生和养殖大鲵群体遗传多样性的微卫星分析

中国大鲵是世界上最大的两栖动物并且为我国特有,现在该物种野生种群急剧下降, 而人工养殖种群逐渐增多。为了对大鲵(Andrias davidianus)群体进行遗传多样性的本底调查, 本文用10对微卫星引物对28尾野生大鲵和16尾人工养殖的大鲵样本进行了遗传多样性分析。结果表明, 在10对引物中有7对检测到多态位点, 野生群体和养殖群体的观察等位基因数分别为5–8和4–6, 期望杂合度分别为0.81和0.75, 说明本实验中研究的大鲵的遗传多样性水平较高。通过人工养殖群体和野生群体的比较发现, 人工养殖群体存在较大的等位基因丢失现象, 并且遗传多样性水平低于野生群体。以上结果将为大鲵的人工繁育和遗传多样性的保护、利用提供一定的理论依据。     

雪峰乌骨鸡自然群体遗传多样性的微卫星分析

雪峰乌骨鸡是具有独特遗传特性的优质肉药兼用地方家禽品种.为了评价雪峰乌骨鸡现有品种资源的遗传背景、群体遗传结构等,提出合理的保种方法和措施,本研究筛选了家鸡基因组23条染色体上的23个微卫星标记,对采自湖南怀化的50只纯种乌骨鸡个体进行了多态性检测.结果表明:23个微卫星座位共检测到79个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2-6个之间,平均为3.435个.群体表现出较高的平均杂合度和平均多态信息含量,分别为0.6285和0.5496,说明雪峰乌骨鸡自然群体具有较丰富的遗传多样性.研究结果将为雪峰乌骨鸡种的保护和利用提供重要的理论依据.     

利用微卫星DNA标记研究绒山羊群体遗传多样性

利用7个微卫星标记对4个绒山羊品种共计18个个体的遗传多样性进行了分析和研究。计算了有效等位基因数、遗传杂合度、遗传距离等,分析了群体相关的遗传变异。结果表明,辽宁多绒山羊的有效等位基因数最大,杂合度最高;而辽宁绒山羊的有效等位基因数最小,杂合度最低。奈氏遗传距离表明,库布齐杂种绒山羊和辽宁多绒山羊的亲缘关系最近,而和阿尔巴斯绒山羊的亲缘关系最远。     

利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性

微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记,可有效地进行基因鉴定与系谱分析,并可估算群体间的遗传距离。通过选用5个微卫星标记,检测了山东省5个地方鸡种：日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异和品种间的DA遗传距离,并讨论了微卫星多态性在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面的意义。结果表明：共检测到40个等位基因,其中等位基因数最多的位点为。ADL0136(10个);等位基因数最低的位点为ADL0146(5个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。在7个品种中,杂合度最低的为寿光鸡,杂合度值为0．3327,因为此鸡种多年来一直由寿光市慈伦种鸡场进行纯繁保种,未与其他鸡种杂交,因此杂合度最小;其他鸡种杂合度也都低于0．4,据分析可能是由于日照麻鸡、济宁百日鸡群体较小;莱芜黑鸡是正在选育的一个品种,个体间遗传关系也不远;安卡黄鸡和广西黄鸡自从引人嘉明公司后,群体近交现象普遍,因此各鸡种杂合度都偏低。由此可见,通过对杂合度的计算,微卫星可以较好地反应群体内的变异。各品种PIC值的变动范围从0．6196(寿光鸡)到0．7027(莱芜黑鸡),PIC值的大小与杂合度的高低体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他鸡种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果7个鸡种被聚为3类：山东的4个地方鸡种寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡与济宁百日鸡聚为一类;安卡黄鸡和广西黄鸡聚在一起;鲁西斗鸡独自为一类。这与几个鸡种的分化与选育历史是一致的,因此聚类图能够比较正确地反映7个品种之间的亲缘关系。     

Analysis of Genetic Diversity and Structure of Guanzhong Horse Using Microsatellite Markers

To determine the genetic diversity and validate the pedigree record of Chinese Guanzhong horse, 67 individuals were genotyped with eight microsatellite markers. In our study, the mean observed and expected heterozygosities were 0.51 and 0.66, respectively. The mean observed number of alleles for the Guanzhong horse was 3.88. Nonetheless, the total value of F_ST multiloci clearly indicates that about 0.5% of overall genetic variation is due to line founder differences, while differences among individuals are responsible for the remaining 99.5%. In addition, the polymorphic information content (PIC) result showed that five loci (HTG7, HMS7, HMS2, AHT4, and HMS6) were highly polymorphic (PIC?>?0.5) and three loci (HMS3, HTG6, and COR071) were moderate polymorphic (PIC?>?0.25). Genetic distances and cluster analysis showed that the genetic relationship among 67 Guanzhong horse was generally consistent with pedigree recorded. Our results not only evaluated the genetic diversity of Chinese Guanzhong horse, but also suggested that the eight microsatellite markers might be used as subservient markers for parentage verification and individual identification in the Guanzhong horse.     

Genetic Diversity and Population Structure Analysis Between Indian Red Jungle Fowl and Domestic Chicken Using Microsatellite Markers

The present study was conducted to assess the genetic diversity, population structure, and relatedness in Indian red jungle fowl (RJF, Gallus gallus murgi) from northern India and three domestic chicken populations (gallus gallus domesticus), maintained at the institute farms, namely White Leghorn (WL), Aseel (AS) and Red Cornish (RC) using 25 microsatellite markers. All the markers were polymorphic, the number of alleles at each locus ranged from five (MCW0111) to forty-three (LEI0212) with an average number of 19 alleles per locus. Across all loci, the mean expected heterozygosity and polymorphic information content were 0.883 and 0.872, respectively. Population-specific alleles were found in each population. A UPGMA dendrogram based on shared allele distances clearly revealed two major clusters among the four populations; cluster I had genotypes from RJF and WL whereas cluster II had AS and RC genotypes. Furthermore, the estimation of population structure was performed to understand how genetic variation is partitioned within and among populations. The maximum ?K value was observed for K = 4 with four identified clusters. Furthermore, factorial analysis clearly showed four clustering; each cluster represented the four types of population used in the study. These results clearly, demonstrate the potential of microsatellite markers in elucidating the genetic diversity, relationships, and population structure analysis in RJF and domestic chicken populations.     

梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析

利用16个微卫星标记对黑龙江省部分地区(兴凯湖农场、大庆市银浪牧场、五大连池大庆农场鹿苑)的3个梅花鹿(Cervus nippon)群体进行了遗传多样性检测.统计了3个鹿群的等位基因组成、平均有效等位基因数(Ne)、平均遗传杂合度(h)和多态信息含量(PIC).结果表明,除5个位点外,其余11个微卫星位点均表现出不同的多态信息含量,其中高度多态位点5个,中度多态位点4个.这说明本研究所选用的微卫星位点可较准确地评估3个梅花鹿群体的遗传多样性,并为今后相关研究筛选出了有价值的引物.3个梅花鹿群体的平均h在0.454～0.636之间变动,其中兴凯湖梅花鹿群体最高,为0.636,具有较大的遗传潜力.     

中国沙皮犬微卫星DNA分析的遗传多样性

运用20对微卫星引物对来自中国广东省的92份沙皮犬血液样品(骨嘴型沙皮犬21只,骨肉嘴型沙皮犬29只,肉嘴型沙皮犬42只)进行了遗传背景的检测。结果表明,20个多态性微卫星座位共检测到272个等位基因,平均每个座位为13.6个。中国沙皮犬群体的平均杂合度为0.8259,所有微卫星标记座位的多态信息含量(PIC)在0.5352到0.9226之间,说明中国沙皮犬群体存在较为丰富的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果显示,3种类型沙皮犬之间已产生了一定的遗传分化。上述结果为中国沙皮犬细分为不同的品系以及澄清中国沙皮犬种质资源的混乱状况提供了理论依据。     

中华鳖5个群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记技术对洞庭(DT)、黄河(HH)、黄沙(HS)、日本(RB)以及洞庭(DT)与黄河(HH)的杂交子代(DT♀×HH♂)绿卡(LK)5个中华鳖群体的150个个体进行遗传多样性分析。11对微卫星引物扩增出的等位基因数为3～6个,平均等位基因数为4.1818。5个种群相比,绿卡(LK)的平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均观测杂合度和平均多态信息含量最高,分别是2.3969、0.5274、0.5545和0.4660。对种群间的遗传分化分析表明,黄河(HH)和洞庭(DT)之间的遗传分化最小,为0.0233,而洞庭(DT)和日本(RB)之间的遗传分化最大,为0.0969。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示黄河(HH)和洞庭(DT)及其子代绿卡(LK)亲缘关系较近,而与黄沙(HS)和日本(RB)的亲缘关系较远,最远的为日本(RB)群体。