液相原位反转录PCR:一种研究基因原位表达的有效方法

介绍了液相原位反转录PCR(inwellinsituRTPCR)的操作程序、存在的问题及改良方法,最后探讨了原位反转录PCR在研究RNA转录、加工、编辑和多聚腺苷酸化等方面的应用。     

RT—PCR检测蓝舌病毒技术的建立

蓝舌病毒 (ＢｌｕｅｔｏｎｇｕｅＶｉｒｕｓ,ＢＴＶ)是呼肠孤病毒科 (Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ)环状病毒属 (Ｏｒｂｉｖｉｒｕｓ)的代表种 ,含10个节段的双链ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)作基因组。其中 ,Ｌ2节段编码ＢＴＶ型特异性抗原ＶＰ2 ,Ｌ3节段和Ｓ7节段编码群特异性抗原多肽ＶＰ3和ＶＰ7。其中 ,ＶＰ7是ＢＴＶ粒子的主要结构多肽之一 ,其编码基因序列保守。ＶＰ7具有高度的抗原性 ,能刺激被感机体产生强的群特异性免疫反应[1] 。蓝舌病毒的易感宿主是牛、羊及野生反刍动物 ,死亡率高达 6 0 %～ 70 %以上 ,并且至今仍无有效的防治措施 ,对畜牧业…     

荧光定量PCR技术检测样品中SeMNPV有效含量

采用NCBI提供的BLAST软件在线检索SeMNPV特异性基因ORF22、ORF40,并将其构建到pMD18-T载体上.以纯化的pMD18-T-ORF22、pMD18-T-ORF40质粒为标准样品,已计数野生型SeMNPV的基因组作对照,用荧光定量PCR检测样品中SeMNPV多角体含量.荧光定量PCR检测得到标准曲线方程为con=10(-0.282CT+9.965) (相关系数R2=0.9997)和con=10(-0.296CT+9.945) (相关系数R2＝0.9995).测得一个SeMNPV多角体包含102核酸分子,检测到SeMNPV复合剂包含 633 PIBs/mg、691 PIBs/mg SeMNPV多角体,两者结果一致.与复合剂中SeMNPV实际含量相符.     

荧光定量PCR技术检测样品中SeMNPV有效含量

采用NCBI提供的BLAST软件在线检索SeMNPV特异性基因ORF22、ORF40,并将其构建到pMD18-T载体上。以纯化的pMD18-T-ORF22、pMD18-T-ORF40质粒为标准样品,已计数野生型SeMNPV的基因组作对照,用荧光定量PCR检测样品中SeMNPV多角体含量。荧光定量PCR检测得到标准曲线方程为con=10(-0.282CT 9.965)(相关系数:R2=0.9997)和con=10(-0.296CT 9.945)(相关系数:R2=0.9995)。测得一个SeMNPV多角体包含102核酸分子,检测到SeMNPV复合剂包含633PIBs/mg、691PIBs/mgSeMNPV多角体,两者结果一致。与复合剂中SeMNPV实际含量相符。     

犬瘟热病毒反转录—聚合酶链反应诊断方法的建立和初步应用

根据Ｂａｒｒｅｔｔ报道的犬瘟热病毒Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ弱毒株的融合蛋白基因序列,设计合成了一对能扩增３２４ｂｐ基因片段的引物。将异硫氰酸胍－酚－仿一步法提取得到的细胞总ＲＮＡ进行反转录,以此产物为模板进行ＰＣＲ扩增,并对ＰＣＲ扩增条件进行了优化。经鉴定,以此对引物进行的ＰＣＲ扩增,得到了与设计片段大小和酶切位点相同的产物,且不扩增犬细小病毒、犬腺病毒和狂犬病病毒犬的三种病原的核酸,这表明此方     

用差异显示反转录PCR银染技术研究植物基因表达的差异

通过调整差异显示反转录PCR(DDRT-PCR)中总RNA、锚定引物、随机引物、cDNA和dNTP等关键试剂的用量,优化了适用于银染检测的DDRT-PCR方法.PCR扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳分离后,银染能检测到多而清晰的条带.泳道中的条带数最少为40个,最多达80个,平均为60个,条带大小分布在100～900 bp范围,灵敏度为5 pg/mm² .此方法操作简便快速,灵敏度高,重复性好.采用这个改良的方法,分析了拟南芥野生型和ast突变型基因表达的差异.从16 000个cDNA扩增产物条带中筛选出28个差异条带.二次PCR扩增后,进一步筛选出13个差异条带,其中7个是野生型特异表达的,6个是突变型特异表达的,为进一步认识ast突变表型的产生机制奠定了基础.     

烟草环斑病毒IC-RT-Realtime PCR检测方法研究

本研究首次应用免疫捕捉反转录实时荧光PCR技术(IC-RT-RealtimePCR)检测烟草环斑病毒,由于综合运用了抗原抗体特异性结合、核酸分子杂交、高灵敏度实时荧光PCR技术的优点,从而使病毒检测在特异性、灵敏度、稳定性等技术指标上比传统的DAS-ELISA方法都有显著提高,解决了烟草环斑病毒检测工作中由于隐症、病毒浓度低、干扰物质存在而影响检测结果的问题。     

人传染性软疣病毒快速PCR检测方法的建立

为了能够对传染性软疣病毒(MCV)感染做出准确快速的实验室诊断,从14例临床MCV患者皮疹处提取获得病毒DNA,设计引物并进行PCR扩增获得预期的167bp的片段,经测序并与已报道的序列比对,完全一致。而使用痘病毒科其他病毒的特异引物(正痘病毒和副痘病毒属)则没有特异扩增条带。将病毒DNA进行系列稀释后行PCR扩增,结果表明PCR检测方法的敏感性为5×10-4ng/μL。     

PCR技术检测人乳头状瘤病毒DNA

本文用一对适合人乳头状瘤病毒DNA的通用PCR引物对临床阳性和正常组织进行了PCR扩增检测分析,阳性组织均得到一条特异性的DNA扩增片段,正常组织均没有任何扩增片段。阳性组织DNA扩增片段经克隆后进行DNA序列分析,证明该扩增片段确为目标DNA扩增片段。     

应用RT-PCR制备登革病毒诊断基因芯片探针

根据GenBank数据库中的生物信息,利用BLAST免费分析软件找出4种型别登革病毒的保守序列及各型特异性序列,针对上述序列设计引物经RT-PCR扩增登革病毒的特异片段,利用此RT-PCR法收集探针是一种快速、简便制备基因芯片探针的实用方法。     

鸡大肝大脾病毒RT—PCR检测方法的建立及其检测

鸡大肝大脾病(Big liver and spleen disease,BLS)是发生于商品代肉用产蛋母鸡的一种传染性疾病,1980年最先在澳大利亚发现,1988年Handlinger等对该病进行了描述.感染鸡直到性成熟后才出现临床症状,仅表现为精神沉郁、产蛋下降或达不到产蛋高峰.死亡率为1%.剖检患鸡或死亡鸡见肝脏、脾脏肿大,呈现腹膜炎和肠炎.     

鸡大肝大脾病毒RT-PCR检测方法的建立及其检测

鸡大肝大脾病(Big liver and spleen disease,BLS)是发生于商品代肉用产蛋母鸡的一种传染性疾病,1980年最先在澳大利亚发现,1988年Handlinger[1]等对该病进行了描述.感染鸡直到性成熟后才出现临床症状,仅表现为精神沉郁、产蛋下降或达不到产蛋高峰.死亡率为1%.剖检患鸡或死亡鸡见肝脏、脾脏肿大,呈现腹膜炎和肠炎.     

仙台病毒RT-PCR检测方法的建立及灰仓鼠中流行情况调查

目的建立仙台病毒（SV）RT-PCR检测方法,并对灰仓鼠仙台病毒感染情况进行调查。方法根据NCBI发表的SV（gi：9627219）基因组序列设计引物,建立RT-PCR方法,对方法的特异性和灵敏性进行验证,并用该方法检测60份灰仓鼠的肺脏样本。结果建立的SV RT-PCR方法显示有较好的敏感性和特异性：以仙台病毒为模板扩增产生197 bp的单一目的条带,经测序比对与NCBI数据库中SV相关序列的一致率为98%,而以猴副流感病毒（SV5）、犬瘟热病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒III型及腮腺炎病毒为对照无任何条带产生;能检出的SVcDNA最低浓度是96.8 ng/mL;用该方法检测60份灰仓鼠,SV的感染率为3.33%（2/60）。结论建立的SV RT-PCR方法可用于实验类啮齿动物动物SV的常规检测,自然条件下灰仓鼠感染SV的问题不容忽视。