基于线粒体控制区的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构分析

嘉陵裸裂尻鱼为青藏高原特有鱼类,近年来随自然地理气候的变迁和人类活动的影响,种群数量急剧减少。为了解嘉陵裸裂尻鱼的遗传背景以便更好的保护其遗传资源,本研究采用线粒体控制区部分序列变异,分析了嘉陵裸裂尻鱼6个地理种群的遗传结构和分布动态。在147尾个体中共发现17个变异位点,定义了14种单倍型,群体总的单倍型多样性较高为0.810,核苷酸多样性低为0.00698。AMOVA分析显示,44.29%的分子差异源于群体间,55.71%的分子差异源于群体内,群体间遗传分化极显著。Fst值统计检验表明,除宕昌群体和舟曲群体之间差异不显著外,其余两两群体之间Fst值统计检验均显著。基因流估计显示各群体间的基因流水平较高,遗传交流较频繁。Mantel test检验表明,嘉陵裸裂尻鱼种群之间遗传分化程度与地理距离存在显著相关。系统树和单倍型网络进化图显示,6个地理群体的单倍型按照嘉陵江水系和渭河水系形成两个大的类群。错配分布和中性检验表明嘉陵裸裂尻鱼群体在近期历史上群体大小保持稳定,未出现显著的种群扩张。根据本文所揭示的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构特征,建议将分布在嘉陵江水系的嘉陵裸裂尻鱼作为一个整体进行保护,嘉陵裸裂尻鱼渭河种群属高度分化的单倍型类群,且遗传多样性极低,需对该种群进行优先保护。     

黄河裸裂尻鱼群体遗传结构和Cyt b序列变异

测定了来自黄河上游和柴达木盆地托索湖的裸裂尻鱼共16个个体的Cytb基因全序列(1141bp),探讨了种群结构和遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以青海湖裸鲤、花斑裸鲤和极边扁咽齿鱼为外类群,用PAUP*4.0b10程序构建了单倍型NJ树;用Arlequin Ver.2000程序计算了群体间遗传变异值(Fst)和Nm值以及群体分化概率值。结果显示,来自柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼没有形成单系群,Fst=0.204(P0.05),Nm=1.95。初步判断,黄河和柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼未显著分化,支持将柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)归并入黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)的形态学结果。两种群核苷酸多样度()分别为0.0012和0.0026,表现为较低水平。根据校正的分子钟推测,黄河和托索湖裸裂尻鱼群体分歧时间为距今7万年左右的更新世末期,结合地理分布的资料和古地质事件,对黄河裸裂尻鱼群体分布水系间的历史联系进行了分析。       

基于mtDNA D-loop部分序列的软刺裸裂尻鱼遗传多样性分析

软刺裸裂尻鱼Schizopygopsis malacanthus是青藏高原特有鱼类。本研究测定了青海省玉树藏族自治州3个软刺裸裂尻鱼野生群体（隆宝滩国家级自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游）共72尾的mtDNA D-loop的部分序列（610 bp）,分析了其遗传多样性和种群遗传结构,旨在为玉树软刺裸裂尻鱼野生资源保护和合理开发提供理论依据。共发现29个多态位点,定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性为0.438±0.121～0.676±0.076,核苷酸多样性为0.003 4±0.000 5～0.008 6±0.001 3。群体遗传分化指数统计检验表明,两两群体之间的差异均极显著。基因流分析结果表明,巴塘河上、下游种群之间的基因流水平较高,个体交流频繁。AMOVA分析结果显示,79.49%的遗传变异来自于种群间,20.51%的遗传变异来自于种群内,群体间遗传分化极显著。系统发育树和单倍型进化网络结果显示,3个种群的单倍型按照隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系形成2大类群。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。建议将分布在隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系的软...     

利用Cyt b基因序列探讨柴达木裸裂尻鱼的分类学地位

长期以来,柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)的分类学地位存在争议。为此,测定了柴达木裸裂尻鱼格尔木河及托素湖种群24个个体及黄河裸裂尻鱼(S.pylzovi)黄河及大通北川河种群12个个体的Cytb基因全序列。通过遗传距离和系统发育分析,探讨了柴达木裸裂尻鱼的分类学地位。结果显示,柴达木裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼在系统进化树上并未形成相应的单系群;柴达木裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼种间平均遗传距离为0.54%,明显低于裂腹鱼亚科其他属鱼类的种间遗传距离及本属其他种间遗传距离,表明来自柴达木盆地格尔木河和托素湖的裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼之间没有达到种级水平的显著分化。综合地质学资料和柴达木水系与黄河水系现今的隔离格局,建议将柴达木裸裂尻鱼作为黄河裸裂尻鱼的一个亚种,即S.pylzovi kessleri。     

黄河上游花斑裸鲤Cyt b基因的序列变异和遗传多样性

花斑裸鲤（Gymncypris eckloni）主要分布于黄河上游高原宽谷河段深水缓流处或静水湖泊中,在高原淡水生态系统的食物链中具有重要的地位。本文获得了黄河上游花斑裸鲤5个种群共68个个体线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b基因的全序列（1 140 bp）,分析了序列变异和种群遗传多样性。68个序列经比对后,发现30个（2.63%）多态性位点,共定义了18个单倍型。结果显示,花斑裸鲤种群单倍型多样度和核苷酸多样度均低于其它鲤科鱼类,这可能与青藏高原经所经历的地质变迁和古气候环境的改变有关,由此生活在高原水域中的鱼类或多或少经历过瓶颈效应。AMOVA分析结果显示,遗传差异主要发生在种群之内,而不是来自不同地理组群间或组群内种群间。单倍型网络图和系统发育分析均没有显示出单倍型与地理位置的对应关系,提示黄河上游花斑裸鲤自然种群未出现分化,应作为一个整体进行保护。单倍型歧点分布呈现为单峰以及中性检验Fu’s Fs（&#8722;15.3400, P<0.001）和Tajima’s D（&#8722;0.6254, P =0.3080）结果综合表明,花斑裸鲤可能经历过近期的种群扩张事件。     

黄河上游花斑裸鲤Cytb基因的序列变异和遗传多样性

花斑裸鲤(Gymncypris eckloni)主要分布于黄河上游高原宽符河段深水缓流处或静水湖泊中,在高原淡水生态系统的食物链中具有重要的地位.本文获得了黄河上游仡斑裸鲤5个种群共68个个体线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因的全序列(1140bp),分析了序列变异和种群遗传多样性.68个序列经比对后,发现30个(2.63%)多态性位点,共定义了18个单倍型.结果显示,花斑裸鲤种群单倍型多样度和核苷酸多样度均低于其它鲤科鱼类,这可能与青藏高原经所经历的地质变迁和古气候环境的改变有关,由此生活在高原水域中的鱼类或多或少经历过瓶颈效应.AMOVA分析结果显示,遗传差异主要发生在种群之内,而不是来自不同地理组群问或组群内种群间.单倍型网络图和系统发育分析均没有显示出单倍型与地理位置的对应关系,提示黄河上游花斑裸鲤自然种群未出现分化,应作为一个整体进行保护.单倍犁歧点分布呈现为单峰以及中性检验Fu's Fs (-15.3400,P＜0.001)和Tajima's D(-0.6254.P=0.3080)结果综合表明,花斑裸鲤可能经历过近期的种群扩张事件.     

黄河上游极边扁咽齿鱼种群遗传结构

极边扁咽齿鱼Platypharodon extremus是黄河上游的特有鱼类,近年来由于过度捕捞、环境变迁等因素,其资源量剧减,种群处于濒危状态。研究中采集了分布于黄河上游的3个种群（n=107）,基于线粒体DNA控制区695bp序列,共检测到101个可变位点,占总分析位点的14.5%,其中58个为简约信息位点。3种群共界定了87个单倍型,种群平均单倍型多样性h=0.995,核苷酸多样性π=0.0129。结果表明,极边扁咽齿鱼的种群遗传多样性水平较高。分子方差分析（AMOVA）表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.0528,群体间尚未有显著的遗传分化。系统发生树显示3种群的单倍型混合分布,各进化枝之间分歧度很低,没有形成明显的单倍型组,也没有显示出单倍型与地理位置的对应关系。3个群体共享1个单倍型（Hap₃1）,推测它们来自于共同的祖先。歧点分布和Fu’Fs中性检测显示极边扁咽齿鱼并未经历种群扩张。     

澜沧江老挝纹胸鮡Cytb基因的序列变异与遗传结构分析

老挝纹胸鮡是分布于澜沧江流域的一种特有鱼类,喜激流底栖生活。为了解其各地理种群间的遗传结构与遗传变异,文章分析了129尾采自澜沧江8条支流水系的老挝纹胸鮡mtDNA细胞色素b基因1 138 bp的序列变异,共发现16个多态性位点,定义了15个单倍型。澜沧江老挝纹胸鮡遗传变异较低,平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别是h=0.299,π=0.299,有3个种群甚至没有变异,分子变异方差分析结果表明各种群内变异大于各种群间变异,种群间没有差异。对老挝纹胸鮡所有种群进行的单倍型错配分布呈现单峰型,中性检验结果均为负值(Tajima’s D=?2.36965,P<0.02;Fu’s Fs=?20.975,P<0.05)表明,澜沧江老挝纹胸鮡自然种群可能经历过近期的种群扩张事件。     

云南洞密蛛的种群遗传结构初探

云南洞密蛛Trogloneta yunnanense（Song&Zhu, 1994）是生活在云贵高原的一种洞穴蜘蛛。本文基于6个洞穴种群159只个体样本的线粒体COⅠ基因,初步探讨了该物种的种群结构和遗传多样性特征。研究结果表明：1)159个样本共检测到16个单倍型,种群间无共享单倍型,遗传多样性呈现出总体高、种群内低、单倍型多样性高、核苷酸多样性低的模式;2)种群间遗传分化极显著,种群内变异小,种群间F_ST值均在0.9以上（P<0.01）,种群间基因流小（Nm=0.01）,种群间变异占总变异的95.75%,种群内变异仅占4.25%;3)中性检验和核苷酸错配分布检验显示,云南洞密蛛未经历种群扩张,群体大小保持稳定。推测洞穴隔离和地下极端环境条件可能维持着云南洞密蛛的种群规模稳定,同时促进其种群间的遗传分化。     

POPULATION GENETIC STRUCTURE OF ENDANGERED SPECIES PLATΥPHARODON EXTREMUS ( SCHIZOTHORACINAE, CYPRINIDAE )IN YELLOW RIVER, CHINA

极边扁咽齿鱼Platypharodon extremus是黄河上游的特有鱼类,近年来由于过度捕捞、环境变迁等因素,其资源量剧减,种群处于濒危状态.研究中采集了分布于黄河上游的3个种群(n= 107),基于线粒体DNA控制区695bp 序列,共检测到101个可变位点,占总分析位点的14.5％,其中58个为简约信息位点.3种群共界定了87个单倍型,种群平均单倍型多样性h= 0.995,核苷酸多样性π=0.0129.结果表明,极边扁咽齿鱼的种群遗传多样性水平较高.分子方差分析(AMOVA)表明,3群体间总遗传分化系数Fst= 0.0528,群体间尚未有显著的遗传分化.系统发生树显示3种群的单倍型混合分布,各进化枝之间分歧度很低,没有形成明显的单倍型组,也没有显示出单倍型与地理位置的对应关系.3个群体共享1个单倍型(Hap_ 31),推测它们来自于共同的祖先.歧点分布和Fu’Fs中性检测显示极边扁咽齿鱼并未经历种群扩张.     

Degradation of wetlands on the Qinghai-Tibetan Plateau causing a loss in soil organic carbon in 1966–2016

Plant and Soil - Reveal the soil organic carbon (SOC) stock change in the Qinghai-Tibetan Plateau (QTP) alpine wetlands in the past fifty years. The Qinghai-Tibetan Plateau (QTP) has a large area...     

青藏高原有蹄类动物多样性和特有性: 演化与保护

青藏高原是地球上一个独特的自然地理单元, 具有丰富的生境类型和生物种类, 是生物多样性与全球环境变化领域的热点研究区域。青藏高原发育着独特的动物区系, 尤其是有蹄类动物, 如藏羚(Pantholops hodgsonii)、野牦牛(Bos mutus)、藏原羚(Procapra picticaudata)、普氏原羚(P. przewalskii)、白唇鹿(Przewalskium albirostris)等青藏高原特有动物。在本文中, 我们探讨了如下问题: 青藏高原有多少种有蹄类动物?有多少种特有有蹄类动物?其分布格局如何?生存状况如何?保护现状如何?我们首先确定了青藏高原动物地理区的地理边界。发现青藏高原有28种有蹄类, 其中10种是青藏高原特有种。青藏高原有蹄类种数占中国有蹄类的42%, 单位面积上的有蹄类物种密度比中国现生有蹄类物种平均密度高62%。特有种比例高达36%。然而, 青藏高原有蹄类物种分布不均匀, 其丰富度呈东部高西部低格局, 而高原特有有蹄类则分布于高原腹地。青藏高原有蹄类动物生存受威胁比例高, 其中71%为受威胁物种, 54%被列入濒危野生动植物种国际贸易公约(CITES)附录I或附录II。野外调查发现大额牛(Bos frontalis)已经野外灭绝, 目前仅在高黎贡山有人工养殖的群体。青藏高原有蹄类物种红色名录指数从1998-2015年呈现持续下降趋势, 全球气候变化将加剧这一趋势。青藏高原有蹄类受威胁局面仍在继续, 物种生存状况持续恶化。虽然经过40年的自然保护区建设, 但一些青藏高原有蹄类的重要种群与栖息地并没有被自然保护区和新建的三江源国家公园所覆盖。因此, 在开发青藏高原、实现人类社会经济发展目标的同时, 应尽量保存高原野生动物种群与生境, 实现青藏高原草地生态系统的可持续利用与生物多样性保护的双赢目标。     

青海省癿扎林区森林植被调查初报

位于青藏高原东南部的癿扎林区,是高山暗针叶林分布的边缘。其植物种类单纯,结构简单。本林区是森林植被向高寒灌丛、草甸的过渡地带,在一定意义上反映出青藏高原植被从森林一草甸中间过渡的一些特点。本文采取典型调查和路线踏查相结合的方法,在7300余公顷林地中共选出20×20m2典型样地8块。在8块样地的野外调查基础上,参考有关资料,首次对癿扎林区高寒常绿针叶林的生态环境、主要类型及其分布规律等问题作初步论述。     

Patterns of plant diversity at high altitudes on the Qinghai-Tibetan Plateau

Aims To describe the biodiversity patterns of plants along an altitudinal gradient on the Qinghai-Tibetan Plateau and to clarify the bias in plant specimen records at high altitude.Methods We conducted a large-scale investigation of vegetation at a wide range of altitudes, focusing on a high-altitudinal range (3?200–5?200 m) at different locations on the Qinghai-Tibetan Plateau. We then compared the altitudinal distribution of plant species obtained from our field investigation with that in plant specimen records from published sources and an online database.Important findings Our data provide evidence that altitude plays a large role in regulating species composition on the Qinghai-Tibetan Plateau. We could not, however, detect a clear relationship between altitude and species richness, although a weak monotonically increasing trend of richness was detected with increasing altitude. According to specimen records, most species have been sampled at a wide range of altitudes, and the average range of 145 species is>2?000 m. Despite this wide range, more than half of the species we observed were at higher altitudes than the specimen records indicate. High-altitude areas have probably been so poorly sampled that only a small fraction of the resident species has been recorded. This study clearly shows the regional bias of specimen records in the Qinghai-Tibetan Plateau.     

青藏高原高寒草地生态系统服务功能的互作机制

青藏高原高寒草地是我国重要的畜牧业生产基地和生态安全屏障.高寒草地退化不仅影响了当地畜牧业生产和牧民生活,而且严重地威胁着我国和东亚地区的生态安全.从高寒草地生态系统的生态、生产和生活功能角度出发,分析了青藏高原高寒草地生态系统在人口、放牧压力与资源环境承载力的相互作用关系,及其生态、生产和生活功能比例结构变化对高寒草地生态系统服务功能的影响,阐明了高寒草地生态系统服务功能的多元耦合、多维连锁和多重反馈的相互作用机制.并以藏北那曲地区为例,把2008年农牧民脱贫线和小康线作为生活功能标准,通过生态服务功能当量,确定了维持高寒草地生态系统可持续发展的生态、生产和生活功能比例结构.据此,估测了牧民的生活功能达到脱贫线和小康线标准时允许的人口承载量.结果表明,高寒草地退化使草地生态系统的人口承载量下降了60％.以那曲地区2008年的实际的牧业人口量与允许的人口承载量相比,高寒草地退化后,实际牧业人口占脱贫标准的36％,但小康标准超载了118.9％.因此,调控人口承载量是实现青藏高原高寒草地生态系统的生态、生产和生活功能协调发展的关键.     

青藏高原一新归化种

该文报道了青藏高原一归化植物新纪录印加孔雀草(Tagetes minuta L.)。     

青藏铁路沿线景观保护评价方法研究

采用遥感和地理信息系统技术 ,对新建青藏铁路唐古拉山口至拉萨段铁路沿线景观进行分类和制图的基础上 ,以景观类型为评价对象 ,采用专家评分法对铁路沿线景观美景度进行了评价 ;根据海拔高度、降水量、植被覆盖度、Shanon-Winner多样性指数、物种丰富度、表层土壤厚度、净第一性生产力、工程扰动的敏感系数和破坏后恢复能力系数计算了景观的阈值。在景观美景度和景观阈值的基础上 ,确定了景观的质量级别。以景观相对于观景者的坡度和景观的可见度对铁路沿线景观敏感度进行了分析与评价。根据景观质量、景观敏感度和距离带 ,将铁路沿线分为不同的景观保护级别 ,为铁路工程建设合理设计工程和施工场地提供科学依据     

基于MaxEnt模型预测白唇鹿的潜在分布区

研究物种分布格局对制定有效保护措施至关重要。本研究从文献记录和实地调查中获取97个分布点, 筛选出7个重要环境变量, 采用最大熵(MaxEnt)模型分析了中国青藏高原特有种白唇鹿(Przewalskium albirostris)的潜在分布区域。结果显示: 白唇鹿潜在分布区主要位于青藏高原东部, 适宜生境呈现出以西藏、青海和四川三省交界地带为核心向四周扩散的模式。刀切法(Jackknife)分析表明, 地形、气温季节变化和年降水量是决定白唇鹿分布的重要因素, 人类影响变量贡献相对较小。白唇鹿种群现状尚不清晰, 建议对该物种进行全面深入调查。     

基于ISSR标记和线粒体Cyt b基因分析高原鼠兔的遗传多样性及其遗传分化

高原鼠兔(Ochotona curzoniae)是青藏高原的特有动物和关键种。本实验应用ISSR分子标记和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因序列分析了雅鲁藏布江两岸高原鼠兔4个种群的遗传多样性和遗传分化。结果显示,两种标记所得到的4个种群的遗传多样性都较高,并以Cytb基因为指标的遗传多样性水平在种群间体现出较大差异。在ISSR标记中,分子方差分析(AMOVA)表明种群间的遗传变异为13.50%,种群分化较低且UPGMA聚类时江北岸与南岸的种群有交叉;而在Cytb基因中遗传变异主要发生在种群间,占79.24%,种群间存在着显著的遗传分化,且江北岸和南岸的两个种群分别聚为一类。研究结果表明,mtDNA基因在反映种群遗传多样性和遗传分化上较ISSR分子标记相对具有优势。