银屑病患者咽颊部菌群结构组成分析

目的 探索银屑病患者咽颊部口腔微生物的组成变化与银屑病的发病以及疾病进展的关系,为银屑病的个性化诊疗提供新的思路。方法 采集临床上经过严格筛选的15例银屑病患者（试验组）和15例健康人（对照组）的咽颊部黏膜样本,提取细菌基因组DNA,进行PCR扩增,将扩增后的DNA样本进行16S rRNA高通量测序法分析（Illumina测序）。测序结果与Greengenes Database进行比对,通过生物信息学、医学统计学分析银屑病患者咽颊部口腔微生物结构组成与正常人的差异。结果 在菌群门的水平上,试验组中厚壁菌门在数量上占有绝对优势,其余拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、梭杆菌门也依次占有一定比例;对照组中厚壁菌门在数量上同样占有绝对优势,拟杆菌门、变形菌门等也占有不小的比例。虽然在相对丰度上银屑病患者与健康对照组有区别,但差异无统计学意义。在菌群属的水平上,试验组患者中颗粒链球菌与梭杆菌占有明显的相对丰度,对照组则以颗粒链球菌、巨型球菌、Bulleidia、Parvimonas、梭杆菌为主。两组菌群在构成上已经表现出明显的区别。另外,在银屑病患者的咽颊部菌群中颗粒链球菌、梭杆菌和Bulleidia的相对丰度有所升高,而Oribacterium与产线菌（Filifactor）则明显降低,与健康人群相比差异有统计学意义（t=2.5010,P<0.05;t=2.0875,P<0.05）。结论 银屑病患者与健康正常人咽颊部微生物组成结构在属水平上存在明显的差异。咽颊部微生物在银屑病的发病以及疾病进展中的作用值得深入研究。     

绝经综合征患者肠道菌群特征

研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

选取77例绝经综合征患者为病例组（P组）,24例绝经前后健康女性为健康对照组（H组）,采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。

两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义（均P＞0.05）。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种（种水平）有14个（LDA分数＞2.0）。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关（均P＜0.05）,这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关（均P＜0.05）。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集（均P＜0.05）。

绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。

     

绝经综合征患者肠道菌群特征CSCD

目的研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取77例绝经综合征患者为病例组(P组),24例绝经前后健康女性为健康对照组(H组),采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。结果两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义(均P>0.05)。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种(种水平)有14个(LDA分数>2.0)。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关(均P<0.05),这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关(均P<0.05)。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集(均P<0.05)。结论绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。     

应用16S rRNA测序法对过敏性鼻炎患者鼻前庭菌群组成分析

目的 探索过敏性鼻炎患者鼻前庭微生物组成与过敏性鼻炎的关系,为过敏性鼻炎的诊疗提供新思路。方法 提取细菌基因组DNA,通过16S rRNA高通量测序法分析（Illumina测序）,将测序结果与greengenes database进行比对,通过生物信息学、医学统计学分析过敏性鼻炎患者鼻前庭微生物组成与正常人的差异。结果 在门水平的相对丰度上,试验组与对照组放线菌和梭杆菌差异显著。在菌群属的研究水平上,试验组与对照组之间有明显差异的菌属有13种,包括黄单胞菌科中的一个未注释的菌属、棒状杆菌属、嗜胨菌属、厌氧球菌属、大芬戈尔德菌属、丙酸杆菌属、短杆菌属、希瓦菌属、微小单胞菌属、考克菌属、鞘脂单胞菌科中的一个未注释的菌属、嗜盐单胞菌属和叶瘤菌属。结论 过敏性鼻炎患者与健康正常人鼻前庭微生物组成存在明显的差异,进一步可深入研究鼻腔内微生物组成影响鼻炎发病的机制。     

妇科恶性肿瘤与微生物菌群的关系

近年来,随着人口老龄化和生活方式的不断改变,妇科恶性肿瘤的发病呈现上升趋势,严重损害女性生命健康。目前关于妇科恶性肿瘤的病因、发病机制尚未完全阐明。除遗传因素外,环境因素在肿瘤的发生、发展中也扮演着重要的角色。女性生殖道的解剖特点使其处于开放性结构,易受各种病原体的入侵。高通量测序及序列识别技术的不断发展与成熟,使得微生物菌群与妇科恶性肿瘤的关系成为研究的热点,阐明微生物菌群对妇科恶性肿瘤的影响至关重要,本文对微生物菌群与妇科恶性肿瘤关系的研究进展作一综述,为妇科恶性肿瘤的防治提供科学依据。     

急性化脓性扁桃体炎患者咽部菌群特征

目的基于16S rRNA基因高通量测序技术分析急性化脓性扁桃体炎患者咽部菌群特征。方法选择2017年2月至2019年10月在我院就诊的137例急性化脓性扁桃体炎(AST)患者为AST组,选择同期我院20例体检者为对照组,每个对象于左侧扁桃体采集口咽拭子,利用16S rRNA测序技术进行高通量测序分析,并对咽拭子进行细菌培养。结果AST组患者咽部菌群Ace指数、Chao指数、Shannon指数显著低于对照组,Simpson指数显著高于对照组(P<0.05)。科水平上,AST组患者咽部葡萄球菌科和巴斯德菌科相对丰度显著增加(均P<0.05)。属水平上,AST组患者咽部葡萄球菌属、嗜血杆菌属和不动杆菌属相对丰度显著增加。细菌培养结果显示,AST组患者咽部葡萄球菌属、嗜血杆菌属和克雷伯菌属的阳性率高于对照组(均P<0.05)。结论AST患者咽部菌群与健康人相比具有一定差异。AST患者的致病菌可能隶属于葡萄球菌属、嗜血杆菌属和克雷伯菌属。     

双相情感障碍患者健康状况与肠道菌群的相关性分析

探讨双相情感障碍（BD）患者健康状况与肠道菌群的相关性,为该类患者的治疗提供参考。

收集我院BD患者（BD组）和健康人群（健康对照组）的粪便样本,使用QIAamp^® DNA粪便抽提试剂盒进行粪便样本的总DNA提取,随后进行16S rRNA基因测序,使用主成分分析（PCoA）探究健康对照组和BD组患者肠道菌群多样性情况。采用BD患者自我报告健康问卷评估患者的健康状况。

BD患者肠道菌群Shannon指数（P = 0.020 5）、Chao指数（P = 0.025 1）和Simpson指数（P = 0.020 8）显著低于健康对照组（均P＜0.05）。加权的Unifrac PCoA分析表明,BD组患者肠道菌群相似性低于健康对照组。两组对象肠道菌群门水平上有差异的菌群为放线菌门和厚壁菌门;属、种水平上的差异菌群有普氏粪杆菌、梭状芽胞杆菌和瘤胃球菌属。两组对象在功能性身体健康（PCS）、心理健康（MCS）、睡眠质量（PSQI）、抑郁（PHQ-9）、焦虑（GAD-7）和狂躁（ASRM）的平均总成绩上差异均有统计学意义（均P＜0.05）。BD患者的功能性身体健康得分与肠道放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌属、梭状芽胞杆菌呈负相关,与普氏粪杆菌以及瘤胃球菌属呈正相关。

健康对照组和BD组患者的肠道菌群结构大致相似,BD患者的肠道菌群多样性低于健康对照组,BD患者健康状况与肠道菌群存在一定的相关性。

     

中国林蛙蝌蚪肠道及皮肤微生物多样性分析

肠道及皮肤微生物群落对宿主的健康有着至关重要的影响.本研究使用16S rRNA基因测序技术研究中国林蛙(Rana chensinensis)Gosner38期蝌蚪肠道和皮肤共生微生物群落组成之间的差异.在门水平上,林蛙蝌蚪肠道中的优势门为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌...     

幽门螺杆菌相关胃炎患者唾液菌群的研究

目的 探究幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,H. pylori）相关胃炎（HpAG）患者和健康人群的唾液菌群特征,找出HpAG患者与无H. pylori感染人群唾液菌群之间的差异。方法 选取符合纳入标准的门诊及住院HpAG患者30例（HP组）,无H. pylori感染者30例（HC组）,收集2组人群唾液标本,通过PCR法扩增16S r RNA基因V3―V4区,经过高通量测序后,对测序数据处理后进行ASV注释、群落结构及多样性分析。结果 群落结构分析表示HpAG患者有其特征性的菌群结构。门水平上,HC组与HP组患者均以拟杆菌门（Bacteroidota）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteriota）和放线菌门（Actinobacteriota）为主要优势菌门。与HC组比较,HP组患者唾液菌群中Fusobacteriota相对丰度显著增加（t=2.01,P<0.05）。属水平上,HC组与HP组患者均以普雷沃菌属（Prevotella）、奈瑟菌属（Neisseria）、嗜血杆菌属（Haemophi...     

基于16S rRNA和非靶向代谢组测序分析结直肠癌患者肠道菌群及代谢物的变化

目的 采用16S rRNA和非靶向代谢组测序分析的方法探讨结直肠癌患者肠道菌群和其代谢产物的变化。方法 新鲜粪便为实验样品,收集10个结直肠癌患者组样本和6个正常对照组样本进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的组成、多样性和物种差异,并对预测差异肠道菌群代谢功能;取8个结直肠癌组样本和6个正常对照组样本进行LC-MS非靶向代谢组学测序,分析代谢产物变化情况并进行功能预测。结果 结直肠癌组的菌群多样性较正常对照组无显著差异（P>0.05）。结直肠癌组的优势菌群为疣微菌门,结直肠癌组葡萄球菌、嗜冷杆菌属、毛螺菌科NK4A136、梭状芽孢杆菌vadinBB60和CAG-56相对丰度增加（P<0.05）,CAG-352、瘤胃球菌属、粪球菌属和挑剔真杆菌相对丰度降低（P<0.05）。KEGG富集分析发现,差异菌群在环境信息处理、遗传信息处理和新陈代谢等通路中发挥重要作用。非靶向代谢组学测序检测出两组样本有367种代谢物存在显著差异,对差异代谢物进行功能预测发现与咖啡因、嘌呤、氨基糖和核苷酸糖和生物素等的代谢相关。结论 结直肠癌患者的肠道菌群和代谢物与健康个体存在差异,结直肠癌...     

IgA肾病患者与健康人肠道菌群的比较

目的通过16S rRNA高通量基因测序方法对IgA肾病患者与健康人的肠道菌群进行比较。方法纳入生活于同一地区的40例IgA肾病患者与10例健康人,收集研究对象的新鲜粪便样本,提取粪便细菌总DNA,通过PCR扩增后上机测序,然后进行可操作分类单元聚类、物种分类分析及Alpha多样性分析、Beta多样性分析,最后比较两组之间的肠道菌群差异。结果与健康人相比,IgA肾病患者肠道菌群丰富度指数(Ace、Chao1)下降(u=2.308,P=0.033;u=2.259,P=0.039),多样性指数(Shannon、Simpson)升高(u=5.370,P0.001;u=4.601,P=0.007);相对丰度方面,IgA肾病患者的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门细菌数量增加(t=2.301,P=0.037;t=6.729,P=0.005;t=5.285,P=0.006),而变形菌门细菌数量减少(t=4.138,P=0.009);拟杆菌属、链球菌属细菌数量增加(t=9.037,P=0.003;t=6.001,P=0.008),而unidentified_Enterobacteriaceae数量减少(t=2.198,P=0.033)。PCoA图提示两组肠道菌群有显著差异。LDA差异贡献分析发现两组之间共有15个物种存在显著差异,其中造成显著差异影响力最大的5个物种依次是γ-变形菌纲、unidentified_Enterobacteriaceae、肠杆菌科、肠杆菌目、变形菌门(t=9.930,P=0.002;t=2.198,P=0.033;t=2.604,P=0.015;t=2.393,P=0.021;t=4.138,P=0.009),它们刚好落在同一个进化树上,在IgA肾病组的相对丰度显著降低。结论 IgA肾病患者存在肠道菌群失调,显著减少的肠杆菌科的未知属可能是IgA肾病的特征菌,其对机体免疫的影响及在IgA肾病发生发展中的作用尚不清楚,进一步研究可能为IgA肾病的防治提供新的靶点。     

高通量测序分析妊娠期糖尿病对早产儿肠道菌群的影响

目的 通过高通量测序技术探究妊娠期糖尿病对早产儿肠道菌群的影响,并对相关功能及代谢通路进行预测。 方法 选取符合入组条件的早产儿40例,依据孕母是否患有妊娠期糖尿病分为妊娠期糖尿病组(GDM组)和对照组,各20例,于出生后24 h内收集早产儿胎便进行16S rRNA基因测序,对测序结果进行物种分类学分析及生物信息学分析。 结果 GDM组显示出更低的物种丰富度及多样性(P=0.048)。两组物种组成存在显著差异(P=0.048),GDM组厚壁菌门与拟杆菌门比值明显升高,机会致病菌相对丰度增加,同时革兰阴性杆菌比例上升。PICRUSt功能预测分析表明,GDM组在碳水化合物转运及代谢、细胞外结构、环境信息处理代谢通路和免疫性疾病代谢通路的功能丰度增高。 结论 妊娠期糖尿病可导致早产儿肠道微生态平衡被破坏,肠道菌群失调或为母亲患有GDM的早产儿多种疾病发病率增高的原因之一。     

2型糖尿病足患者肠道菌群特征及与临床生化指标相关性研究

摘要 目的：通过16S rRNA测序技术检测研究对象肠道菌群,探讨2型糖尿病足患者肠道菌群特征及其与主要临床生化指标的相关性,为基于肠道菌群途径治疗糖尿病足提供新的理论基础。方法：选取研究对象分为糖足组（A组,n=32）、糖尿病组（B组,n=32）、对照组（C组,n=31）三组,收集三组研究对象粪便标本及空腹血糖、糖化血红蛋白、炎症指标等主要临床生化指标,采用16S rRNA测序技术检测受试者肠道菌群,分析2型糖尿病足患者肠道菌群特征及其与主要临床化验指标的相关性。结果：1.与糖尿病组和对照组比较,糖足组血糖、血脂水平、炎性指标明显升高（P<0.05）。2.糖足组物种丰富度明显小于其他两组（P<0.05）,三组间α多样性和?茁多样性存在差异（P<0.05）。3.糖足组中,弧菌属（尤以脱硫弧菌）、粪球菌属、厌氧棍状菌属等有害标志性物种丰度较其他两组增加,而双歧杆菌属、阿克曼菌属、普氏栖粪杆菌属、乳杆菌属等有益标志性菌种较其他两组减少。4.Spearman相关性分析表明瘤胃球菌属与FPG、HbA1c、WBC、NE%、CRP、 ESR等指标成负相关（P<0.05）,志贺菌属与WBC、NE%、CRP、ESR等指标成正相关（P<0.05）,脱硫弧菌属与FPG、HbA1c、TG、WBC、NE%、CRP等指标成正相关（P<0.05）。结论：糖足组肠道菌群更加紊乱,而紊乱的肠道菌群特征与糖足组更加紊乱的糖代谢、脂质代谢以及更严重的炎症状态有关。因此,肠道菌群紊乱可能与2型糖尿病足的发生发展密切相关。     

皮炎平联合Y形纱布敷料治疗PICC置管局部皮肤过敏的效果观察

目的观察皮炎平联合Y形纱布敷料治疗PICC置管局部皮肤过敏的效果。方法对我科行PICC置管导致局部皮肤过敏患者20例,采用生理盐水棉球清洗后予氯乙啶消毒皮肤后再用生理盐水棉球清洗一遍待干,然后在皮疹部位均匀涂抹皮炎平软膏,并给予Y形纱布敷料固定。结果经皮炎平联合Y形纱布敷料治疗后,痊愈13例,显效4例,有效2例,无效1例,总有效率95%。结论采用皮炎平联合Y形纱布敷料治疗PICC置管局部皮肤过敏的效果良好,且导管固定牢靠,无脱管、进管现象。     

采用高通量测序技术研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的 探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3‒V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果 高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高（t=‒2.71,P=0.026;t=‒2.30,P<0.05）;分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低（t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037）,理研菌属极显著降低（t=3.79,P=0.005）。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高（均P<0.05）;梭杆菌属、泛菌属极显著升高（t=‒3.19,P=0.013;t=‒3.50,P=0.008）;分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低（t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048）。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论 广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

基于PacBio SMRT测序技术评估妊娠期糖尿病人的肠道菌群

[目的]肠道菌群是位于人体肠道内的微生物菌群,其组成与人类多种疾病相关。例如,已有研究表明肠道菌群的变化与妊娠期糖尿病（gestational diabetes mellitus,GDM）的发病密切相关。因此本研究基于PacBio SMRT测序技术评估及比较了不同民族（汉族和蒙古族）及是否患GDM的孕妇的肠道菌群。[方法]本研究利用PacBio SMRT测序技术对97例患有GDM及健康的汉族和蒙古族孕妇粪便样本进行了全长16S rRNA测序及分析。[结果]总体来说,处于相同孕期的4组孕妇肠道菌群的组成相似,不同核心菌群展现出不同强弱的相关性。本研究在种的水平上共鉴定到了44个种。在汉族人中,患有妊娠期糖尿病的孕妇肠道菌群中Akkermansia muciniphila菌的相对丰度要显著低于健康孕妇;而在蒙古族人中,健康孕妇与GDM孕妇间差异并不明显。在健康对照中发现汉族孕妇肠道菌群中Bacteroides uniformis菌的相对丰度显著高于蒙古族孕妇;但在患有GDM组中未找到不同民族分组间的差异。另外,功能预测结果发现四组样本菌群功能组成高度相似,大多数功能基因都与能量代谢有关。汉族GDM患者与健康对照组间没有发现显著差异,但在蒙古族GDM患者中发现无机离子运输等功能相对丰度显著高于与蒙古族正常孕妇。[结论]在相同的孕期,妊娠期孕妇的核心肠道菌群结构与功能是相对稳定的,而民族差异也不会对妊娠期菌群产生显著性影响。但在四组间可以检测到一些低丰度的差异菌群,如Akkermansia muciniphila,其丰度的变化可能导致了肠道中一些与肠道营养吸收等有关的代谢发生变化,而这些变化可能与妊娠期糖尿病的发生密切相关。本研究将有助于探究肠道菌群在GDM发病机制中的作用。     

PICC置管后致静脉血栓的护理

目的总结分析经外周静脉置入中心静脉导管(PICC)后并发静脉血栓的情况、治疗方法及转归,并制定针对性的护理干预措施。方法选择我院放疗科一病区2012年1月~2015年6月收治的150例鼻咽癌患者为研究对象,患者均因治疗需要行PICC置管,并在循证基础上给予针对性护理干预。结果 9例患者置管后发生静脉血栓,发生率为6.00%;溶栓治疗后9例患者症状均明显缓解,无栓子脱落导致脑栓塞和肺栓塞病例。结论做好PICC置管后上肢静脉血栓的预防性护理和上肢静脉血栓形成后的护理,杜绝或减少静脉血栓的发生原因,从而降低静脉血栓的发生率。同时及早发现上肢静脉血栓形成,并及时采取恰当的处理措施,可减轻患者的痛苦及经济负担,延长PICC留置时间。     

基于高通量测序的精神分裂症患者肠道菌群多样性

目的 探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法 收集16例精神分裂症患者（schizophrenia,Sch）与18例健康者（healthy donor,HD）的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16S rRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果 精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元（operational taxonomic units,OTUs）水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数（226.58±31.67）、Chao1指数（222.29±34.45）和Shannon指数（2.66±0.69）明显低于健康对照组（293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36）,差异均有统计学意义（Ps<0.001）,而Simpson指数（0.20±0.17）明显高于健康对照组（0.07±0.03）,差异有统计学意义（P<0.01）;Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义（21.76% vs.27.05%,P=0.008;0.00% vs. 0.20%,P=0.033）,而放线菌门明显高于健康组（13.52% vs. 2.88%,P=0.020）,差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组（9.15% vs. 20.60%,P=0.031;3.29% vs. 9.58%,P=0.005）,差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组（10.89% vs.1.78%,P=0.025;10.88% vs.1.98%,P=0.046;10.78% vs.2.69%,P=0.026）,差异有统计学意义。结论 基于16S rRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

菌群16S rRNA基因测序的聚类分析方法研究进展

16S核糖体RNA（16S rRNA）基因测序是微生物分析的重要手段。16S rRNA基因测序的原始数据复杂,存在许多误差,分析前一般需要先进行序列质量控制,即对数据进行去噪、去冗余和去嵌合,最终将质量控制后的数据分为可操作分类单元（OTU）或ASV,在OTU或ASV基础上再进行菌群的各种分析。经过多年改进,聚类方法逐渐以UPARSE、DADA2、Deblur和UNOISE3等为主流,OTU聚类已经不能满足研究的需求,而ASV聚类使得菌群分析更加准确。本文除了综述聚类方法的研究进展外,还介绍了USEARCH、MOTHUR和QIIME等多种16S基因测序分析工具软件的相关研究进展。

     

克罗恩病患者肠道菌群多样性变化研究初探

目的探讨克罗恩病(CD)患者肠道菌群多样性变化。方法收集8例确诊CD患者的粪便标本(CD组),以同期8例健康人群粪便作为对照组(CN组)。收集新鲜粪便样本提取DNA,并将样本进行PCR扩增,最终进行16SrRNA数据分析。结果测序共获得990 890条高质量序列,CD组和CN组多样性指数Shannon和Simpson比较差异有统计学意义(t=-3.802和t=-2.886,P0.05)。OTUs(可操作分类学单位)比较韦恩图显示CD组共有7 437株菌种,而CN组共有7 744株菌种,其中3 438株菌种重叠。LDA差异贡献分析图提示CD患者肠道菌群以芽胞杆菌、变形菌、乳杆菌目、放线菌目、异常球菌纲、栖热菌目、假单胞菌目和交替单胞菌目等为主要特征差异细菌菌类,而CN组则以双歧杆菌目及双歧杆菌科,Odoribacteraceae、Christensenellaceae、弧菌目及弧菌科等为主要特征差异细菌菌类。据物种进化树的样本菌落分布图显示:两组样本厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门、酸杆菌门和螺旋菌门占主要门类分布。CD组及CN组细菌科类分析结果:毛螺菌科、韦荣球菌科、瘤胃菌科、丹毒丝菌科、红蝽菌科、紫单胞菌科、双歧杆菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、产碱菌科和链球菌科在两组样本中共同存在。同时从该进化树可发现,CD组中红蝽菌科、产碱菌科、丹毒丝菌科和链球菌科相对于CN组优势丰度分布,而普雷沃菌科、拟杆菌科和双歧杆菌科比CN组丰度明显减少。此外,Dethiosulfovibrionaceae、丙酸杆菌科、盐单胞菌科、希万菌科等为CD组特有菌种。结论 CD组的菌群多样性明显少于CN组,CD组有其特有优势菌群。