基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

目的观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。方法 50只恒河猴,分为成年(5～10岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只。采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。结果老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性(P> 0.05)。α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数(P=0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P=0.0132)。老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242)。在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021)。在属水平,老年组unidentified_Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八迭球菌(Sarcina)、unidentified_Spirochaetaceae相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028)。β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003)。LEfSe分析,在成年组,链球菌属(Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物。结论恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变。丰度降低,多样性增高。     

冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。     

粪便留取量对粪便中细菌结构和功能的影响CSCD

目的探究不同粪便留取量对肠道菌群构成研究结果的影响,为肠道菌群构成研究中粪便样本的采集方式提供参考。方法本研究分别对全便和部分粪便进行预处理,并使用PacBio SMRT测序技术对10名志愿者的20份粪便样本进行了16S rRNA全长测序,通过多元统计学等手段对粪便中细菌的构成、多样性和功能进行比较分析。结果Eubacterium rectale、Eubacterium ventriosum和Allisonella histaminiformans等低丰度物种的相对丰度在不同粪便留取量中有一定差异,其在全便中的相对丰度均显著高于部分粪便(P<0.05)。但Wilcoxon配对检验发现粪便留取量对肠道菌群结构、多样性和功能的影响均无显著性差异(P>0.05)。不同个体间肠道菌群结构存在明显差异,且粪便留取量的影响远小于个体差异。结论全便和部分粪便两种粪便留取量对检测微生物的组成、多样性和功能无显著影响,因此取部分粪便即可满足对肠道菌群研究的要求。     

冠突散囊菌发酵液对高脂饮食大鼠肥胖和肠道菌群的影响

本研究旨在探究突散囊菌发酵液对肥胖大鼠脂质代谢和肠道菌群紊乱的影响,为其开发利用提供科学依据。SD大鼠被随机分为正常组、模型组和冠突散囊菌发酵液干预的低、中、高剂量组,以及血脂康阳性对照组。通过高脂喂养建立食源性肥胖大鼠模型,正常组和模型组给予无菌水灌胃,各剂量组灌胃不同剂量冠突散囊菌发酵液。实验为期8周,末次给药后收集粪便和血清,用于肠道菌群分析和相关生化指标测定,并摘取肝脏进行病理学观察。结果显示,模型组大鼠体质量和Lee′s指数显著增加,血脂发生异常,肠道菌群多样性显著降低。冠突散囊菌发酵液显著降低了肥胖大鼠血清中总胆固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇的含量,提高了高密度脂蛋白胆固醇的含量。测序结果亦显示,冠突散囊菌发酵液显著提高大鼠肠道菌群的多样性,上调瘤胃球菌NK4A214＿group、UCG-005、Christensenellaceae＿R-7＿group等菌群的丰度,下调拟杆菌属Bacteroides和Turicibacter的丰度。LefSe分析还显示,冠突散囊菌发酵液可显著增加大鼠肠道中乳酸菌Lactobacillus丰度,提高肠道的防御功能。综上所述,冠突散囊菌发...     

中国深圳和芬兰艾斯堡地区 健康婴幼儿肠道菌群的比较

目的探索中国与欧洲沿海发达地区婴幼儿肠道菌群的结构差异及随年龄增长的变化趋势。方法招募深圳地区健康婴幼儿35名并收集其粪便样本,采用Illumina的MiSeq平台对肠道菌群的16S rRNA V4序列进行测序。同时,结合40名芬兰艾斯堡地区健康婴幼儿肠道菌群数据,进行两地儿童菌群结构比较。结果中国与芬兰地区幼儿肠道菌群结构较为一致,在物种多样性及均匀度方面差异无统计学意义。菌属水平分析中,两组幼儿肠道内均呈现以拟杆菌属、双歧杆菌属为主导的菌群结构。回归分析表明,幼儿肠道内菌群多样性随年龄的增长明显增加(R~2=0.174,P0.05),0～1岁与1～3岁幼儿的菌群结构差异有统计学意义(R~2=0.079,P0.05)。韦荣球菌、肠球菌和布劳特菌等菌属随年龄增长丰度明显降低,而粪杆菌、瘤胃球菌、罗斯菌等菌属显著增加。结论生命早期肠道菌群的发育主要与年龄因素密切相关,地区因素为次要因素。     

基于高通量测序的油茶地区人群肠道菌群多样性

目的探索广西油茶地区人群肠道菌群的特征。方法采用1∶1病例对照研究方法,在广西油茶地区和非油茶地区按性别、年龄匹配收集20对健康男性人群粪便和血样,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;测定血生化指标,采用16S rDNA的 V4-V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。 结果油茶组人群肠道菌群丰度(Ace指数、Chao1指数)较非油茶组显著增加(t=2.202、3.210,P=0.034、0.003);厚壁菌门、柔壁菌门在油茶组中丰度显著高于非油茶组,拟杆菌门、梭杆菌门在非油茶组中显著高于油茶组;油茶组Dialister、Faecalibacterium、毛螺旋菌属、普雷沃菌属、棒状杆菌、微球菌、双歧杆菌的丰度显著高于非油茶组;油茶组人群体质量、BMI、血清总胆固醇、低密度脂蛋白、超敏C 反应蛋白水平显著降低(t或z=2.682、3.843、2.238、2.702、1.581,P=0.007、<0.001、0.031、0.010、0.013)。结论广西油茶地区人群肠道菌群多样性具有显著特征,为通过肠道菌群研究油茶的健康效应提供了新的理论依据。     

黎族人肠道微生物群落结构特征及其与饮食关联性

【目的】对采集自海南省白沙地区的黎族健康志愿者肠道菌群进行研究,旨在揭示黎族人肠道微生物群落结构特征及其与饮食的相关性。【方法】以海南省白沙黎族自治县征集的22名志愿者晨便为研究对象,应用基于16S r RNA基因V3–V4可变区的高通量测序技术测定其肠道菌群组成,并与其他民族肠道菌群进行比较分析,详细记录黎族22名志愿者的营养物质摄入情况,探索其肠道微生物群落结构特征及其与饮食的相关性。【结果】在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes,58.96%)和硬壁菌门(Firmicutes,37.77%)在黎族志愿者肠道内含量最高;在属的水平上,普氏菌属(Prevotella,49.38%)在黎族健康志愿者肠道内含量最高。基于微生物群落α和β多样性的分析结果表明,黎族人肠道菌群与中国其他民族人群肠道菌群呈现出显著差异且α多样性显著低于其他民族,特征性差异菌属为:链型杆菌属(Catenibacterium)、普氏菌属(Prevotella)、巨型球菌属(Megasphaera)、巨单胞菌属(Megamonas)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)和布劳特氏菌属(Blautia)。基于肠道核心微生物与营养物质相关性的研究显示,普氏粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)与膳食纤维、Cu、Mg和Mn的摄入量呈现显著正相关,与脂肪和VB2的摄入量呈现显著负相关,而罗氏乳杆菌(Lactobacillus rogosae)与膳食纤维、Zn和Fe的摄入量呈显著正相关,与烟酸摄入量呈显著负相关。【结论】揭示了肠道微生物在不同地域和民族之间的差异,研究结果提供了一种通过膳食来优化菌群结构、调控宿主肠道微生态平衡的新思路。     

强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构和功能的影响

【目的】采用高通量测序方法研究强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构的影响以及可提高宿主糖代谢相关菌群功能基因的分析。【方法】分别给予两组小鼠(各10只)常规饮食和强化玉米饮食(1/4的玉米粉加3/4的常规饮食成分),喂养10周,之后采集小鼠粪便样本,提取DNA,使用高通量测序仪进行宏基因组测序分析,比较两组小鼠肠道菌群和功能基因的差异。【结果】两组小鼠的终末体重没有明显差异。各样本DNA的测序有效率足够,肠道菌群的多样性存在一定差异。属放线菌门(Actinobacteria)的双歧杆菌(Bifidobacteriales)-B.pseudolongum分支和Coriobacteriia-Collinsella/Enterorhabdus分支的丰度在强化玉米饮食组的小鼠中显著升高,相应的宏基因组中涉及糖酵解和胆汁酸合成的一些酶和功能单元的含量也在强化玉米饮食组显著升高。【结论】强化玉米饮食可以提高肠道菌群中双歧杆菌等益生菌的丰度,增加宏基因组糖脂代谢相关基因和通路的含量,从而可能促进宿主的糖代谢功能。     

山西省健康人群的肠道菌群组成特征

目的探索山西省健康人群的肠道菌群组成特征及性别和年龄对肠道菌群组成的影响。方法应用16S rRNA基因测序技术,对山西省99名健康个体的粪便细菌DNA进行测序分析。结果山西省健康人群的肠道菌群在属水平分为两个集群,相对丰度最高的分别是拟杆菌属和普氏菌属;在区分这两个集群中,拟杆菌属与普氏菌属的曲线下面积（AUC）分别是0.97、1.00。男性组与女性组的物种丰富度（richness）和多样性（diversity）差异都无统计学意义（均P>0.05）,基于Bray-Curtis距离的主坐标分析（PCoA）图显示两组人群的样本分布没有明显分离（相似性分析：r=-0.0296,P>0.05）,LEfSe分析显示与性别分组有关的细菌很少。30-39岁、40-49岁和50-59岁三组人群的物种丰富度和多样性差异都无统计学意义（均P>0.05）,基于Bray-Curtis距离的PCoA图显示三组人群的样本分布没有明显分离（相似性分析：r=0.0109,P>0.05）,LEfSe分析显示几乎没有与年龄分组有关的细菌。结论山西省健康人群的肠道菌群更倾向分为两种肠型（拟杆菌型和普氏菌型）。性别对肠道菌群组成可能没有显著影响,30-59岁人群的肠道菌群组成比较稳定     

口服益生菌对根治性放疗宫颈癌患者放疗相关性腹泻及肠道菌群的影响

目的 评价口服益生菌预防根治性放疗宫颈癌患者放疗相关性腹泻（RE）的有效性,并探讨益生菌对根治性放疗宫颈癌患者肠道菌群的影响。方法 选取2020年1月—2022年12月于广西医科大学附属肿瘤医院妇瘤科行根治性放化疗宫颈癌患者46例,随机分为口服益生菌组（OP组）和非口服益生菌组（NOP组）,每组各23例。采集两组放疗前后粪便标本,通过16S rDNA测序检测肠道菌群,分析肠道菌群多样性和组间的菌群差异。结果 OP组RE发生率为8.7%,NOP组RE发生率高达47.8%,两组差异具有统计学意义（P=0.009）。口服益生菌能够增加放疗病人肠道菌群丰富度,但不能逆转肠道菌群α-多样性下降（P=0.012）。放疗前后肠道菌群β-多样性差异不显著（P>0.05）。物种丰度分析显示放疗后肠道菌群在门、科、属、种水平的组成均发生改变;特别是腹泻患者与非腹泻患者比较：放疗前惰性乳杆菌相对丰度较高,但在放疗后惰性乳杆菌相对丰度较低。结论 宫颈癌患者根治性放疗期间口服益生菌可有效预防放疗相关性腹泻的发生。放疗影响肠道菌群的组成,特别是显著降低肠道厌氧菌的相对丰度。     

不同健康状况百岁老人肠道菌群的差异性

目的 探索广西不同健康状况百岁老人肠道菌群的特征。方法 采用1∶1病例对照研究方法,在广西长寿地区按年龄收集不同健康状况的21对百岁老人粪便和血样标本,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;使用标准量表测量身体机能和认知功能（MMSE）,测定血生化指标,采用16S rRNA的V4–V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。结果 非健康组百岁老人较健康组百岁老人肠道菌群丰度和多样性显著降低（t=3.987、 4.000、 3.703,均P<0.001）;健康组百岁老人肠道菌群中蓝藻菌门（Cyanobacteria）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）丰度显著高于非健康组,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度显著低于非健康组;健康组百岁老人肠道菌群中别样杆菌属（Alistipes）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、气味细菌属（Odoribacter）、厌氧菌属（Anaerotruncus）、丁酸单胞菌属（Butyricimonas）丰度显著高于非健康组;非健康组百岁老人肠道菌群中拟杆菌纲（Bacteroidia）、拟杆菌目（Bacteroidales）、拟杆菌种...     

基于性别二分类的青海天峻藏民肠道菌群差异分析

目的对青海省天峻县的藏族牧民健康志愿者肠道菌群进行研究,探讨青海藏民肠道菌群结构及性别对肠道菌群组成的影响。方法以28例藏族牧民志愿者的粪便样品作为研究对象,应用基于16SrDNA V3+V4可变区的高通量测序技术测定肠道菌群组成及核心菌群;通过db-RDA和菌群多样性分析,探索性别因素对肠道菌群结构的影响。结果在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门是青海藏族志愿者的优势菌群。在属水平上,优势菌属是普氏菌属、Lachnospiracea_incertae_sedis、Faecalibacterium和拟杆菌属;特有优势菌属是Lachnospiracea_incertae_sedis。db-RDA结果显示性别因素对肠道微生物群结构有一定分离趋势,多样性结果进一步证实性别差异显著影响菌群结构。男性和女性存在12种差异菌群,包括普氏菌属、Acidaminobacter属等。结论性别差异对青海藏民肠道菌群影响显著。     

婴幼儿腹泻患者肠道菌群分布特点研究

目的研究不同年龄段腹泻患儿肠道菌群分布特点,探讨不同年龄腹泻患儿肠道菌群与疾病的关联。方法选取9例符合临床诊断标准的0~1岁婴儿腹泻患者和8例符合临床诊断标准的1~3岁幼儿腹泻患者的粪便样本,同时于健康儿童中随机选取6例粪便样本作为对照,提取各组对象粪便总DNA,采用PCR-DGGE进行菌群多样性与差异性分析。结果 0~1岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,肠道菌群构成差异显著,条件致病菌巴黎链球菌数量显著增加。1~3岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,条件致病菌解没食子酸链球菌、屎肠球菌数量显著增加,长双歧杆菌数量下降。结论婴幼儿腹泻患者肠道菌群的构成与健康对照组相比差异显著,该特点可作为婴幼儿腹泻早期诊断的实验依据。     

急性心肌梗死患者肠道菌群多样性分析

目的初步探究急性心肌梗死患者肠道菌群的多样性。方法选择2015年6月至2016年3月于大连大学附属中山医院住院治疗的急性心肌梗死患者作为观察组,年龄51~70岁。选择同期经冠脉造影排除冠心病的住院患者为对照组,年龄51~70岁。排除近1个月内发生感染、炎性肠病及应用抗生素的患者。所有患者按性别与年龄分为A、B、C、D组。直接从患者粪便标本中提取细菌总DNA,PCR扩增后进行梯度凝胶电泳(DGGE)分析。结果 DGGE分析显示急性心梗患者肠道菌群丰度均较对照组下降。A组中观察组与对照组患者电泳条带数为(33.71±4.39)vs(38.71±2.56),t=-2.058,P=0.040;C组患者为(31.14±2.67)vs(35.29±3.55),t=-2.005,P=0.045;差异均具有统计学意义。B与D组中心梗患者肠道菌群丰度亦有下降趋势,但与对照组比差异无统计学意义。UPGAM法聚类分析显示除D组外,各组中观察组与对照组患者肠道菌群呈现分离现象;急性心梗患者肠道菌群有较高相似性,与非冠心病患者肠道菌群差异明显。结论急性心梗与非冠心病患者肠道菌群存在差异,急性心梗患者肠道菌群多样性较低。肠道菌群改变可能与急性心肌梗死存在一定相关性。     

裕固族血脂异常人群肠道菌群结构特征分析

目的 探究生活在相同环境下的同一民族血脂异常人群与健康人群的肠道菌群差异，为血脂异常的精准预防和治疗提供参考。方法 收集甘肃肃南县裕固族血脂异常人群和健康人群粪便样本，提取细菌总DNA，通过16S rDNA高通量测序和生物信息学技术，分析2组人群肠道菌群的差异。结果 裕固族健康组人群肠道菌群分属26个门，73个纲，169个目，301个科，709个属，门水平上丰度>1%的物种有4个，属水平上丰度>1%的物种有22个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群分属29个门，75个纲，280个目，304个科，702个属，门水平上丰度>1%的物种有4个，属水平上丰度>1%的物种有15个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群与健康组间拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门水平以及F/B比值存在显著差异，Р<0.05的差异物种有5个，Subdoligranulum、Christensenellaceae＿R-7＿group及Dialister与血脂水平呈负相关，Lachnoclostridium、Parasutterella与血脂水平呈正相关。结论 肃南县裕固族血脂异常组人群肠道菌群结构与健康组存在...     

不同“肠型”人群肠道菌群结构

目的为了发挥饮食对肠道菌群的有益调节作用,预防代谢性疾病的发生,特研究不同肠型人群肠道微生物组成和对饮食的代谢情况。方法随机招募志愿者(n=102),排除病患和近1个月内有抗生素药物史的志愿者。剩余志愿者(n=70)收集晨便、晨尿样本,通过Illumina HiSeq 2500测序仪对粪便样本中肠道菌群V3-V4区进行16S rDNA测序,分析肠道菌群的结构;通过高分辨质谱仪开展尿液代谢组分析。结果通过肠道菌群可将志愿者分成2种肠型:A和B,A肠型志愿者F/B值(肠道优势菌厚壁菌门与拟杆菌门丰度比例)低于B肠型。A肠型志愿者结肠拟杆菌科、韦荣球菌科、肠杆菌科、消化链球菌科的丰度高于B肠型,而瘤胃菌科、普雷沃菌科、紫单胞菌科和理研菌科的丰度低于B肠型。结论结果表明研究人群肠道中至少存在着2种肠型,在菌群结构上具有显著的差异。     

大豆皂甙对高盐饮食小鼠血压和肠道菌群的影响

目的：探究大豆皂甙通过影响肠道菌群对高盐引起的小鼠高血压的调控,并筛选起到稳定血压作用的目标肠道菌群,为新的功能食品和益生菌的开发提供科学依据。方法：15只健康成年雄性小鼠被随机分成3组：（1）喂食含0.5%NaCl的饲料（正常饮食,NSD组）;（2）喂食含8%NaCl的饲料（高盐饮食,HSD组）;（3）喂食含8%NaCl的饲料,高盐饮食9w后,饮食中添加大豆皂甙Bb,持续3w（高盐饮食+大豆皂甙,HSD_SI组）。实验结束前,分别收集3组小鼠新鲜粪便,提取粪便总DNA,并对16s rDNA的V3 V4区进行高通量测序,微生物多样性分析和差异OTU比对。结果：大豆皂甙可以显著降低由高盐饮食诱导的小鼠血压升高。同时减少部分在高盐饮食过程中显著增加的OTU的丰度,这部分OTU中可能包含使机体血压升高的有害菌;另外使部分在高盐饮食过程中减少的OTU的丰度得到恢复和增加,这部分OTU中可能存在潜在的可以降低机体血压的益生菌。推论：大豆皂甙可能通过影响肠道菌群而调控血压。     

泽泻对高脂高糖饮食大鼠肠道菌群多样性的影响

目的研究泽泻对高脂高糖饮食大鼠的降血脂作用与肠道菌群多样性的相关性,并测定高脂高糖饮食大鼠肠道菌群丰度与多样性的变化。方法将32只健康雄性SD大鼠随机分成正常组(control group,CON)、高脂高糖模型组(high-fat and high-sucrose diet group,HFS)、高脂高糖饲料加二甲双胍干预组(metformin treatment group,MET)和高脂高糖饲料加泽泻醇提取物干预组(Alisma orientale extract group,AOE)。每组8只,造模4周后分别灌胃给予相应药物,连续4周。CON组和HFS组灌胃给予生理盐水。检测血清TC、TG、LDL-C及HDL-C水平及其他指标,提取肠道菌群总DNA,分析肠道微生物的变化。结果 HFS组的TC、LDL-C水平明显高于CON组(Ps0.05),给药4周后,AOE组TC、LDL-C水平均显著性降低(Ps0.05)。高通量测序结果显示,AOE组中与脂质代谢、多聚糖生物合成与代谢相关的肠道菌群多样性及丰度增加显著,肠道菌群的生态环境得以改善,形成了新的肠道菌群稳态。结论泽泻醇提取物可以有效降低高脂高糖饮食大鼠的血脂水平,对其肝脏具有保护作用。泽泻醇提取物也能通过改变肠道菌群的丰度、多样性和功能类群等靶标进行脂质代谢调节。     

肥胖人群肠道菌群特征分析及机器学习模型

【背景】肠道菌群与人体健康之间的关系吸引了越来越多的关注,成为目前热门的研究热点。【目的】基于美国肠道计划公开数据库,对肥胖和健康人群肠道菌群进行比较分析,解析肥胖人群肠道菌群特征,并基于肠道菌群建立机器学习模型预测人群肥胖的状态,为基于肠道菌群干预肥胖提供理论基础。【方法】从公开数据库中获取美国肠道计划中的肠道菌数据,经过筛选得到1 655个健康(18.530)成年人的肠道菌群数据。针对α多样性,进行了Wilcox秩和检验分析并通过logsitic回归判定α多样性与肥胖之间的关系;对Unweighted Unifrac、Weighted Unifrac和Bray-Curtis三种β多样性距离进行主成分分析(principal component analysis,PCA),探索肥胖与健康人群在肠道菌群组成上的差异;对于物种差异,进行Wilcox秩和检验探索差异菌属;通过PICRUSt分析预测可能的代谢通路,同时与肠道菌群进行相关性分析。利用Scikit-Learn软件包基于属水平的肠道菌群数据建立肥胖分类机器学习模型,并进行网络搜索确定最佳模型参数。【结果】经过Wilcox秩和检验,发现肥胖人群的α多样性都较健康人群显著下降,logistic回归表明α多样性与人体肥胖状态有相关性。经过基于Weighted unifrac、Unweighted unifrac和Bray-curtis三种距离的PCA,肥胖和健康人群的肠道菌群结构上无明显差异;在门水平上,肥胖人群中的Firmicutes和Bacteroidetes比值较低,在属水平上共发现57个在两组之间具有显著性差异的属,其中肥胖人群中的Ruminococcus相对丰度较高,而Prevotella、Akkermansia和Methanobacteriales的相对丰度较低;PICRUSt预测的代谢通路有63个代谢通路在两组之间具有显著差异;梯度提升回归树对于基于肠道菌群预测肥胖人群效果最好,受试曲线下与坐标轴围成的面积(area under curve,AUC)值可以达到0.769,测试集精度可以达到0.725。【结论】基于大规模的肠道菌群数据揭示了肥胖人群肠道菌群的特征,将机器学习运用到肥胖预测上面,为精准膳食、精准医疗提供新的研究思路和理论基础。     

首发抑郁症患者肠道菌群特征及其与健康人群肠道菌群结构的差异

目的 比较首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群的差异,探讨抑郁症患者肠道菌群和抑郁症状间的关系,为抑郁症的发病机制研究及治疗提供一定的理论依据。方法 选择2019年10月至2020年9月我院收治的首发抑郁症患者及健康人群为研究对象,分为抑郁组（n=23）和健康组（n=31）。对研究对象肠道菌群16S rRNA基因中V4-V5区域片段进行基因测序,使用汉密尔顿抑郁量表对两组对象抑郁症状进行评估。检测两组对象肠道菌群α多样性、β多样性和组间差异。结果 首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群多样性差异无统计学意义（均P>0.05）。两组对象肠道拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度差异有统计学意义（均P<0.05）。两组对象芽胞杆菌目等的相对丰度差异有统计学意义（P<0.05）。在属水平和种水平上,两组对象分别有28个菌属和40个菌种的丰度差异有统计学意义（均P<0.05）。LEfSe分析显示,拟杆菌科、艾克曼菌科等10种菌科是造成两组对象肠道菌群差异的主要细菌。结论 首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群多样性未发现显著差异,但抑郁症患者肠道菌群结构与健康人群相比发生了改变,主要体现在拟杆菌...