细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

基于16S rDNA测序技术分析功能性便秘患者粪便菌群

运用16S rDNA测序技术分析功能性便秘（FC）患者粪便菌群特征,以期寻找FC特征菌,为FC诊治寻找新的治疗靶点。

收集福建中医药大学附属第二人民医院60例实验组（FC患者）和30例正常组的粪便,采用16S rDNA测序技术分析粪便菌群结构,并进行基因功能的预测。

两组在门水平上,主要由厚壁菌门和拟杆菌门组成;在属水平上,主要优势菌以粪杆菌属和拟杆菌属为主。实验组粪便菌群丰富度指数Chao1、Observed_OTUs较正常组升高（P＜0.05）,多样性指数Shannon指数和Simpson指数虽有上升趋势,但差异无统计学意义（P＞0.05）。布劳特菌属、罗氏菌属、Ruminococcus_gnavus_group、Ruminococcus_gauvreauii_group、Eubacterium_hallii_group、Anaerostipes、Lachnospiraceae_ND3007_group、Dorea、乳球菌属在实验组中丰度均显著降低（P＜0.01）。实验组特征菌为小杆菌属,正常组为布劳特菌属和埃希菌−志贺菌属。实验组蔗糖降解Ⅲ（PWY-621）、丙酮酸发酵成乙酸和乳酸（PWY-5100）和琥珀酸发酵成丁酸盐（PWY-5677）功能下降（P＜0.05）。

功能性便秘患者主要表现为肠道菌群丰度与多样性升高,FC的发病可能与菌群结构发生改变有关。

     

16S rDNA测序研究高脂饮食诱导的高脂血症大鼠肠道菌群变化

通过高脂饮食诱导大鼠高脂血症, 采用16S rDNA测序检测高脂血症大鼠肠道菌群变化情况。

SD大鼠20只(清洁级), 按体质量随机分为模型组和对照组, 对照组大鼠给予维持饲料, 模型组大鼠给予高脂饲料。1周后检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平。采集大鼠粪便, 采用16S rDNA测序法对大鼠肠道菌群进行分析, 考察高脂血症大鼠肠道菌群变化情况。

高脂血症大鼠肠道菌群生物多样性(Alpha多样性和Beta多样性)发生显著变化, 肠型与对照组差异明显, 在门、科、属等多个水平差异均具有统计学意义。其中, 厚壁菌门(Firmicutes)和念珠菌门(Candidatus saccharibacteria)数量显著下降, 拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)数量显著升高。

高脂饮食诱导的高脂血症可引起大鼠肠道菌群发生显著变化。

     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

基于16S rRNA基因高通量测序的太原地区健康成年人肠道菌群结构分析

目的 探讨太原地区健康成年人的肠道菌群结构及多样性。方法 采集太原地区20份健康成年人的粪便样本,提取DNA、构建菌群16S rRNA基因克隆文库、高通量测序并进行生物信息学分析。结果 测序获得优质序列1 383 680条,平均序列为69 184条±551条,归类于455个OTUs;所有样本共含有10个菌门,101个菌属,141种菌;其中核心菌门3个,依次为拟杆菌门（63.13%）、厚壁菌门（31.14%）和变形菌门（5.10%）,占所有样本微生物总量的99.37%;丰度最高的前10个菌属依次为拟杆菌属（43.34%）、普氏菌属（15.51%）、栖粪杆菌属（4.92%）、罗氏菌属（4.73%）、毛螺菌属（3.27%）、萨特菌属（2.50%）、粪球菌属（2.38%）、布劳特菌属（2.31%）、瘤胃球菌属（2.18%）和副杆状菌属（1.61%）,占样本微生物总量的82.75%,未分类的菌属占6.84%。结论 健康成年人肠道微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定,为进一步研究人体肠道菌群结构与功能提供了参考依据。     

基于高通量测序的精神分裂症患者肠道菌群多样性

目的 探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法 收集16例精神分裂症患者（schizophrenia,Sch）与18例健康者（healthy donor,HD）的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16S rRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果 精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元（operational taxonomic units,OTUs）水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数（226.58±31.67）、Chao1指数（222.29±34.45）和Shannon指数（2.66±0.69）明显低于健康对照组（293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36）,差异均有统计学意义（Ps<0.001）,而Simpson指数（0.20±0.17）明显高于健康对照组（0.07±0.03）,差异有统计学意义（P<0.01）;Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义（21.76% vs.27.05%,P=0.008;0.00% vs. 0.20%,P=0.033）,而放线菌门明显高于健康组（13.52% vs. 2.88%,P=0.020）,差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组（9.15% vs. 20.60%,P=0.031;3.29% vs. 9.58%,P=0.005）,差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组（10.89% vs.1.78%,P=0.025;10.88% vs.1.98%,P=0.046;10.78% vs.2.69%,P=0.026）,差异有统计学意义。结论 基于16S rRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

基于16S rDNA测序分析枳术丸水煎液对慢传输型便秘脾虚证模型小鼠肠道菌群的影响

基于16S rDNA测序分析慢传输型便秘（STC）脾虚证小鼠肠道菌群结构特征,初步探讨枳术丸对STC肠道菌群的可能干预机制。

40只小鼠随机分成正常组、模型组、枳术丸组与莫沙必利组。造模组（模型组、枳术丸组与莫沙必利组）采用番泻叶灌胃,随后控制饮食饮水采用饥饱失常的方法造成脾虚便秘小鼠模型。造模成功后,枳术丸组给予中药水煎剂灌胃,莫沙必利组给予莫沙必利悬浊液灌胃,正常组与模型组给予蒸馏水灌胃。连续给药7 d后测定小鼠肠道推进率和血清D−木糖水平,采集小鼠结肠内粪便进行16S rDNA检测,分析样本菌群的多样性与丰度,分析门、属、种水平的物种组成。

模型组肠道菌群丰富度指数（Chao1指数）与多样性指数（Shannon指数）较正常组均显著降低（P＜0.05）,说明STC发病过程中伴随肠道菌群物种丰富度水平和菌群物种数目的降低以及菌群多样性水平的降低。在门水平上,正常组与模型组均以厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为主;在属水平上,模型组肠鼠杆菌属（Muribaculum）、拟杆菌属（Bacteroides）、乳杆菌属（Lactobacillus）和粪杆菌属（Faecalibaculum）丰度显著升高（P＜0.05）,Lachnoclostridium和艾森伯格菌属（Eisenbergiella）丰度降低（P＜0.05）;在种水平上,模型组产酸拟杆菌（Bacteroides acidifaciens）、Faecalibaculum rodentium和约氏乳酸杆菌（Lactobacillus johnsonii）丰度较正常组显著升高（P＜0.05）,Eisenbergiella sp.丰度显著降低（P＜0.05）。以上提示STC脾虚证小鼠肠道菌群多样性发生改变。经枳术丸治疗后,枳术丸组肠鼠杆菌属、拟杆菌属、乳杆菌属、粪杆菌属、Faecalibaculum rodentium和约氏乳酸杆菌丰度显著降低（P＜0.05）,Lachnoclostridium、艾森伯格菌属和Eisenbergiella sp.丰度升高（P＜0.05）。

枳术丸对STC脾虚证小鼠肠道菌群多样性改变有明显的调节作用,并且其作用机制与调节特定菌群有关。

     

基于16S rDNA测序技术分析薏苡附子败酱散对急性溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的 从肠道菌群的角度探索薏苡附子败酱散治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法 将24只雄性SPF级C75BL/6J小鼠随机分为空白组、模型组、阳性药对照组、中药组4个组别,通过自由饮用3％DSS溶液的方法制作急性UC小鼠模型.造模成功后,中药组予以1.048 g/mL的薏苡附子败酱散溶液,阳性药对照组予以0.031...     

基于16S rDNA高通量测序技术对克罗恩病患儿肠道菌群变化的研究

目的 研究克罗恩病(Crohn′s disease,CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。 方法 纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。 结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。 结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。     

基于16S rDNA技术研究隔药饼灸对高脂血症兔肠道菌群属水平的影响

研究隔药饼灸对高脂血症兔属水平肠道菌群的作用,筛选相关菌属。

将24只兔按随机数表法分为正常组、模型组和隔药饼灸组,每组8只;干预12周后,观察TC、TG、LDL-C水平的变化,采用16S rDNA高通量测序技术分析属水平菌落差异。

与模型组比较,隔药饼灸组兔血清LDL-C、TG、TC水平均下降（均P＜0.05）。隔药饼灸组肠道菌群结构发生改善,un_f_Muribaculaceae、un_o_Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度均显著提高（均P＜0.05）,毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度均降低（均P＜0.05）。

隔药饼灸能改善异常血脂及调整菌群结构,可能与上调un_f_Muribaculaceae、un_o_Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度,降低毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度有关。

     

基于16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化

运用16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。

纳入60例STC患者和健康志愿者20例, 留取新鲜粪便样本, 冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱, 应用16S rRNA高通量测序技术, 分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。

测序后共得到1 702 004 524条有效序列, 样本序列平均有效长度为414.1 bp, 总样本平均序列条数为2 127 505.7条。与对照组比较, STC患者肠道菌群丰度指数Ace指数、Chao指数和肠道菌群多样性指数Shannon指数下降(P < 0.05), 肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高(P < 0.05)。在门水平上, STC组以拟杆菌门、放线菌门为主, 正常对照组以厚壁菌门为主。在属水平上, STC组以拟杆菌属(Bacteroides)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、巨单胞菌属(Megamonas)为主, 正常对照组以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特菌属(Blautia)为主。

STC患者肠道菌群发生紊乱, 表现为丰度及多样性下降, 菌群结构发生改变, 可能与慢传输型便秘的发生发展有关。

     

山西省东南部地区胃癌患者肠道菌群分布的配对病例对照研究

目的 观察胃癌患者肠道菌群的变化,为研究其发病机制和治疗措施提供依据.方法 按照1∶1配对原则(年龄、性别、民族、居住地等)在长治某医院根据胃镜检查结果分别选取尚未进行过治疗的10例胃癌患者(胃癌组)和10例健康人群(对照组),面对面调查填写基本信息表,留取粪便样本,采用微生物16S rDNA扩增子测定技术检测粪便菌群...     

高通量测序分析妊娠期糖尿病对早产儿肠道菌群的影响

目的 通过高通量测序技术探究妊娠期糖尿病对早产儿肠道菌群的影响,并对相关功能及代谢通路进行预测。 方法 选取符合入组条件的早产儿40例,依据孕母是否患有妊娠期糖尿病分为妊娠期糖尿病组(GDM组)和对照组,各20例,于出生后24 h内收集早产儿胎便进行16S rRNA基因测序,对测序结果进行物种分类学分析及生物信息学分析。 结果 GDM组显示出更低的物种丰富度及多样性(P=0.048)。两组物种组成存在显著差异(P=0.048),GDM组厚壁菌门与拟杆菌门比值明显升高,机会致病菌相对丰度增加,同时革兰阴性杆菌比例上升。PICRUSt功能预测分析表明,GDM组在碳水化合物转运及代谢、细胞外结构、环境信息处理代谢通路和免疫性疾病代谢通路的功能丰度增高。 结论 妊娠期糖尿病可导致早产儿肠道微生态平衡被破坏,肠道菌群失调或为母亲患有GDM的早产儿多种疾病发病率增高的原因之一。     

双相情感障碍患者健康状况与肠道菌群的相关性分析

探讨双相情感障碍（BD）患者健康状况与肠道菌群的相关性,为该类患者的治疗提供参考。

收集我院BD患者（BD组）和健康人群（健康对照组）的粪便样本,使用QIAamp^® DNA粪便抽提试剂盒进行粪便样本的总DNA提取,随后进行16S rRNA基因测序,使用主成分分析（PCoA）探究健康对照组和BD组患者肠道菌群多样性情况。采用BD患者自我报告健康问卷评估患者的健康状况。

BD患者肠道菌群Shannon指数（P = 0.020 5）、Chao指数（P = 0.025 1）和Simpson指数（P = 0.020 8）显著低于健康对照组（均P＜0.05）。加权的Unifrac PCoA分析表明,BD组患者肠道菌群相似性低于健康对照组。两组对象肠道菌群门水平上有差异的菌群为放线菌门和厚壁菌门;属、种水平上的差异菌群有普氏粪杆菌、梭状芽胞杆菌和瘤胃球菌属。两组对象在功能性身体健康（PCS）、心理健康（MCS）、睡眠质量（PSQI）、抑郁（PHQ-9）、焦虑（GAD-7）和狂躁（ASRM）的平均总成绩上差异均有统计学意义（均P＜0.05）。BD患者的功能性身体健康得分与肠道放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌属、梭状芽胞杆菌呈负相关,与普氏粪杆菌以及瘤胃球菌属呈正相关。

健康对照组和BD组患者的肠道菌群结构大致相似,BD患者的肠道菌群多样性低于健康对照组,BD患者健康状况与肠道菌群存在一定的相关性。

     

测序平台在母婴肠道菌群结构分析中产生的可能偏倚

目的将两个不同的二代测序平台及其生物信息学流程进行的相同标本的微生物群分析结果的异同进行比较。方法在同一实验室采用相同的生物信息学分析方案,使用两个不同的测序平台(Ion Torrent S5-xl和Illumina HiSeq 2500)对56个(28对)母婴粪便样本进行16S rRNA扩增子测序,采用相关性分析、主成分分析(PCA)、主坐标分析(PCoA)以及MRPP分析比较两个平台产生的微生物群落结构的异同。结果 Alpha多样性除Shannon指数外,Chao1指数(t=1.96,P=0.001 1)、Observed species指数(t=2.13,P0.001 0)、PD_whole tree指数(t=2.07,P0.001 0)、Simpson指数(t=1.87,P=0.003 1)和Good coverage指数(t=2.32,P0.001 0)差异存在统计学意义。对不同分类水平下的菌群相对丰度进行分析,测序和注释的细菌种类越多,两个平台间建立的细菌相对丰度的相关性越低。PCA结果显示,超过87%的样本被聚类。通过PCoA结果将两个平台的56个样本分为两个集群(cluster),两个平台之间的重叠率为71.43%。MRPP差异分别显示了两个测序平台的菌群数据在科水平、属水平上差异存在统计学意义(A=0.094 1,P=0.001 0;A=0.085 2,P=0.002 1)。当考虑样本来源时,在科水平上,母亲组的菌群组成没有明显的测序平台差异(A=0.006 3,P=0.149 1),新生儿组差异则有统计学意义(A=0.035 2,P=0.006 1);在属水平,母、婴组的菌群组成有显著的测序平台差异(A=0.021 6,P=0.004 2;A=0.098 1,P=0.001 0)。结论相同样本在不同平台进行扩增子测序,其菌群结构相对丰度基本相似,但其多样性和相关性仍然有很大差异。为了队列研究数据的可重复性和可靠性,建议使用相同的测序平台和分析流程以减少菌群分析中的偏倚。     

裕固族血脂异常人群肠道菌群结构特征分析

探究生活在相同环境下的同一民族血脂异常人群与健康人群的肠道菌群差异,为血脂异常的精准预防和治疗提供参考。

收集甘肃肃南县裕固族血脂异常人群和健康人群粪便样本,提取细菌总DNA,通过16S rDNA高通量测序和生物信息学技术,分析2组人群肠道菌群的差异。

裕固族健康组人群肠道菌群分属26个门,73个纲,169个目,301个科,709个属,门水平上丰度＞1%的物种有4个,属水平上丰度＞1%的物种有22个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群分属29个门,75个纲,280个目,304个科,702个属,门水平上丰度＞1%的物种有4个,属水平上丰度＞1%的物种有15个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群与健康组间拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门水平以及F/B比值存在显著差异,Р＜0.05的差异物种有5个,Subdoligranulum、Christensenellaceae_R-7_group及Dialister与血脂水平呈负相关,Lachnoclostridium、Parasutterella与血脂水平呈正相关。

肃南县裕固族血脂异常组人群肠道菌群结构与健康组存在差异,为下一步关联分析肠道菌群与血脂异常及环境因素提供了基础数据。

     

采用高通量测序技术研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的 探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3‒V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果 高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高（t=‒2.71,P=0.026;t=‒2.30,P<0.05）;分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低（t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037）,理研菌属极显著降低（t=3.79,P=0.005）。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高（均P<0.05）;梭杆菌属、泛菌属极显著升高（t=‒3.19,P=0.013;t=‒3.50,P=0.008）;分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低（t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048）。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论 广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

绝经综合征患者肠道菌群特征

研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

选取77例绝经综合征患者为病例组（P组）,24例绝经前后健康女性为健康对照组（H组）,采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。

两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义（均P＞0.05）。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种（种水平）有14个（LDA分数＞2.0）。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关（均P＜0.05）,这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关（均P＜0.05）。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集（均P＜0.05）。

绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。

     

基于16S rRNA测序分析两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群的影响

目的 探究T1L和NBV两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群结构的影响。方法 将25只小鼠随机分为5组(对照组、NBV滴鼻组、NBV灌胃组、T1L滴鼻组、T1L灌胃组),每组5只。对照组用PBS灌胃,其余组别均用2×10⁷ PFU/mL病毒滴度感染小鼠。7 d后采集小鼠粪便,从每组5个样本中选出粪便重量较重的3个样本,对粪便DNA进行V3+V4可变区特异性扩增,运用16S rRNA测序分析小鼠粪便中菌群的丰度、多样性及物种组成结构。结果 T1L和NBV灌毒后的小鼠肠道菌群丰度和多样性与对照组相比有所下降,且T1L滴鼻组下降最为显著(P<0.05);与NBV灌胃组相比,NBV滴鼻组的菌群丰度和多样性增加显著(P<0.05)。在门的级别上,T1L和NBV灌胃组中厚壁菌(Firmicutes)丰度明显减少,T1L和NBV滴鼻组中拟杆菌(Bacteroidetes)丰度明显减少;在属的级别上,T1L滴鼻组、T1L灌胃组和NBV灌胃组中罗姆布茨菌(Romboutsia)丰度明显减少,T1L滴鼻组中别样杆菌(Alistipes)丰度明显增加(P<0.05)。结论 T...     

基于16S rRNA基因扩增子测序分析日本囊对虾肠道菌群结构与功能的特征

【背景】肠道菌群在对虾的生理活动中起关键作用。日本囊对虾是我国海水养殖虾类中的主要品种之一,迄今为止有关其肠道菌群结构与功能的研究还鲜有报道。【目的】利用高通量测序技术探究日本囊对虾肠道菌群的组成结构与功能作用,揭示虾体肠道菌群与外源菌群结构间的相关性。【方法】60 d的养殖周期结束后,分别采集日本囊对虾肠道样品(归为虾肠组,n=3)、养殖水体样品(归为水体组,n=3)和对虾饲料样品(归为饲料组,n=3),提取各样品总DNA进行16SrRNA基因扩增子测序,基于生物信息学方法分析与比较样品间的菌群结构特征,并使用PICRUSt软件预测日本囊对虾肠道菌群功能。【结果】3组样品测序共获得822 713条有效序列,抽平处理后可聚类为3 416个OTU。虾肠组样品中有28.49%、59.30%的OTU可以依次在水体组、饲料组样品中检测到。门水平上,虾肠组样品中的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)。水体组、饲料组与虾肠组样品中的优势菌门结构不尽相同,但均由变形菌门和拟杆菌门组成。属水平上,虾肠组样品中的优势菌属包括弧菌属(Vibrio)、另类弧菌属(Aliivibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假黄棕杆菌属(Pseudofulvibacter)、科尔韦尔氏菌属(Colwellia)、小纺锤状菌属(Fusibacter)、发光杆菌属(Photobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)以及弓形杆菌属(Arcobacter)。水体组和饲料组中检出的核心菌属结构与虾肠组相比有明显差异,其中海命菌属(Marivita)和假单胞菌属(Pseudomonas)分别为养殖水体及对虾饲料样品中的最优势菌属。PICRUSt预测结果显示,日本囊对虾肠道菌群的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包含氨基酸代谢、碳水化合物代谢与能量代谢等。【结论】日本囊对虾肠道菌群与其他种类对虾肠道菌群的结构间存在共性,其形成在一定程度上受到了外源菌群的干预,并在虾体的日常代谢活动中发挥了一定的作用。