首发抑郁症患者肠道菌群特征及其与健康人群肠道菌群结构的差异

目的 比较首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群的差异,探讨抑郁症患者肠道菌群和抑郁症状间的关系,为抑郁症的发病机制研究及治疗提供一定的理论依据。方法 选择2019年10月至2020年9月我院收治的首发抑郁症患者及健康人群为研究对象,分为抑郁组（n=23）和健康组（n=31）。对研究对象肠道菌群16S rRNA基因中V4-V5区域片段进行基因测序,使用汉密尔顿抑郁量表对两组对象抑郁症状进行评估。检测两组对象肠道菌群α多样性、β多样性和组间差异。结果 首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群多样性差异无统计学意义（均P>0.05）。两组对象肠道拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度差异有统计学意义（均P<0.05）。两组对象芽胞杆菌目等的相对丰度差异有统计学意义（P<0.05）。在属水平和种水平上,两组对象分别有28个菌属和40个菌种的丰度差异有统计学意义（均P<0.05）。LEfSe分析显示,拟杆菌科、艾克曼菌科等10种菌科是造成两组对象肠道菌群差异的主要细菌。结论 首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群多样性未发现显著差异,但抑郁症患者肠道菌群结构与健康人群相比发生了改变,主要体现在拟杆菌...     

幽门螺杆菌相关胃炎患者唾液菌群的研究

目的 探究幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,H. pylori）相关胃炎（HpAG）患者和健康人群的唾液菌群特征,找出HpAG患者与无H. pylori感染人群唾液菌群之间的差异。方法 选取符合纳入标准的门诊及住院HpAG患者30例（HP组）,无H. pylori感染者30例（HC组）,收集2组人群唾液标本,通过PCR法扩增16S r RNA基因V3―V4区,经过高通量测序后,对测序数据处理后进行ASV注释、群落结构及多样性分析。结果 群落结构分析表示HpAG患者有其特征性的菌群结构。门水平上,HC组与HP组患者均以拟杆菌门（Bacteroidota）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteriota）和放线菌门（Actinobacteriota）为主要优势菌门。与HC组比较,HP组患者唾液菌群中Fusobacteriota相对丰度显著增加（t=2.01,P<0.05）。属水平上,HC组与HP组患者均以普雷沃菌属（Prevotella）、奈瑟菌属（Neisseria）、嗜血杆菌属（Haemophi...     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

喂养方式对西安地区0～2个月婴儿肠道菌群的影响

目的 探讨母乳和混合喂养方式对西安地区婴儿肠道菌群的影响。方法 收集24例0～2月龄西安地区健康婴儿粪便样本,根据婴儿的喂养方式,将样本分为母乳喂养组（17例）和以奶粉为主的混合喂养组（7例）。利用16S rRNA基因测序技术对不同喂养方式的婴儿肠道菌群进行测序,比较不同喂养方式对婴儿肠道菌群多样性和菌群差异的影响。结果 母乳喂养组婴儿粪便样本Ace指数和Chao1指数显著高于混合喂养组（t=4.886, P<0.05; t=6.855, P<0.05）, Shannon指数显著低于混合喂养组（t=2.126,P<0.05）。门水平上,2组样本均以放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门为主,但比例存在差异。相比混合喂养组,母乳喂养组婴儿粪便样本放线菌门和拟杆菌门丰度显著升高（U=6,P<0.05;U=0,P<0.05）,厚壁菌门和变形菌门丰度显著降低（U=24,P<0.05;U=16,P<0.05）。属水平上,母乳喂养组婴儿粪便样本双歧杆菌相对丰度（72.04%）显著升高,同时发现罗氏菌属和葡萄球菌属相对丰度也高于混合喂养组（U=17,P<...     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

基于16S rRNA和非靶向代谢组测序分析结直肠癌患者肠道菌群及代谢物的变化

目的 采用16S rRNA和非靶向代谢组测序分析的方法探讨结直肠癌患者肠道菌群和其代谢产物的变化。方法 新鲜粪便为实验样品,收集10个结直肠癌患者组样本和6个正常对照组样本进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的组成、多样性和物种差异,并对预测差异肠道菌群代谢功能;取8个结直肠癌组样本和6个正常对照组样本进行LC-MS非靶向代谢组学测序,分析代谢产物变化情况并进行功能预测。结果 结直肠癌组的菌群多样性较正常对照组无显著差异（P>0.05）。结直肠癌组的优势菌群为疣微菌门,结直肠癌组葡萄球菌、嗜冷杆菌属、毛螺菌科NK4A136、梭状芽孢杆菌vadinBB60和CAG-56相对丰度增加（P<0.05）,CAG-352、瘤胃球菌属、粪球菌属和挑剔真杆菌相对丰度降低（P<0.05）。KEGG富集分析发现,差异菌群在环境信息处理、遗传信息处理和新陈代谢等通路中发挥重要作用。非靶向代谢组学测序检测出两组样本有367种代谢物存在显著差异,对差异代谢物进行功能预测发现与咖啡因、嘌呤、氨基糖和核苷酸糖和生物素等的代谢相关。结论 结直肠癌患者的肠道菌群和代谢物与健康个体存在差异,结直肠癌...     

妊娠中期牙龈炎女性唾液菌群的多样性研究

目的研究妊娠中期牙龈炎女性患者唾液菌群结构的多样性，为该类患者的治疗提供参考。方法 选取35例妊娠中期牙龈炎患者为研究组，15例妊娠中期健康女性为对照组。2组对象均取唾液样本，提取细菌DNA，进行PCR扩增与京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析，采用Quantity One软件对指纹图谱进行数据分析。结果 研究组患者唾液菌群可操作分类单元（OTUs）数量多于对照组。研究组与对照组对象唾液菌群Alpha多样性、Beta多样性，物种相似性（门、纲、目、科、属、种水平），KEGG基因通路距离及相对丰度比较差异均无统计学意义（均P>0.05）。研究组患者唾液菌群扩增序列变异数（ASV）分类单元水平（界、门、纲、目、科、属、种水平）和Proteobacteria、Campliobacterota、Pasteurellales、Pasteurellaceae、 Porphyromonadaceae、 Fusobacteriaceae、 Haemophius、 Porphyromonas、 Fusobacterium, Prevotella melaninogenica相对丰度均高于对照组...     

银屑病患者咽颊部菌群结构组成分析

目的探索银屑病患者咽颊部口腔微生物的组成变化与银屑病的发病以及疾病进展的关系,为银屑病的个性化诊疗提供新的思路。方法采集临床上经过严格筛选的15例银屑病患者(试验组)和15例健康人(对照组)的咽颊部黏膜样本,提取细菌基因组DNA,进行PCR扩增,将扩增后的DNA样本进行16SrRNA高通量测序法分析(Illumina测序)。测序结果与Greengenes Database进行比对,通过生物信息学、医学统计学分析银屑病患者咽颊部口腔微生物结构组成与正常人的差异。结果在菌群门的水平上,试验组中厚壁菌门在数量上占有绝对优势,其余拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、梭杆菌门也依次占有一定比例;对照组中厚壁菌门在数量上同样占有绝对优势,拟杆菌门、变形菌门等也占有不小的比例。虽然在相对丰度上银屑病患者与健康对照组有区别,但差异无统计学意义。在菌群属的水平上,试验组患者中颗粒链球菌与梭杆菌占有明显的相对丰度,对照组则以颗粒链球菌、巨型球菌、Bulleidia、Parvimonas、梭杆菌为主。两组菌群在构成上已经表现出明显的区别。另外,在银屑病患者的咽颊部菌群中颗粒链球菌、梭杆菌和Bulleidia的相对丰度有所升高,而Oribacterium与产线菌(Filifactor)则明显降低,与健康人群相比差异有统计学意义(t=2.5010,P0.05;t=2.0875,P0.05)。结论银屑病患者与健康正常人咽颊部微生物组成结构在属水平上存在明显的差异。咽颊部微生物在银屑病的发病以及疾病进展中的作用值得深入研究。     

不同程度口源性口臭患者口腔菌群分析CSCD

目的收集不同程度口源性口臭(IOH)患者和健康者的唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本,探讨其口腔菌群组成差异。方法随机选取于2017年6月至2022年6月以口臭为主诉就诊于新疆医科大学第一附属医院门诊的7例IOH患者和于健康管理中心体检的3例健康者,按照口气值分为轻度IOH组(H1组)、中度IOH组(H2组)和口气正常组(C组)。采集3组人群唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本。采用16S rDNA测序对微生物群进行分类比较、多样性分析和组间物种差异分析。结果仅IOH患者唾液菌群多样性明显高于健康者,且H2组高于H1组(P<0.05)。Adonis分析显示,唾液和舌苔菌群组间差异显著(P<0.05),而颊黏膜和颚黏膜菌群组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,H1组唾液和舌苔中梭杆菌属(Fusobacterium)相对丰度相比其他两组最高。LEfSe分析显示,H2组唾液中嗜血杆菌属(Haemophilus)和AF12,舌苔中奇异菌属(Atopobium)和巨球型菌属(Megasphaera)为主要优势菌。结论口腔菌群多样性增高可能是口臭加重的早期改变;唾液和舌苔菌群结构变化可能与IOH程度相关;梭杆菌属、嗜血杆菌属、AF12、奇异菌属和巨球型菌属可能是IOH加重的标志菌属。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化

目的 运用16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。方法 纳入60例STC患者和健康志愿者20例,留取新鲜粪便样本,冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱,应用16S rRNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 测序后共得到1 702 004 524条有效序列,样本序列平均有效长度为414.1 bp,总样本平均序列条数为2 127 505.7条。与对照组比较,STC患者肠道菌群丰度指数Ace指数、Chao指数和肠道菌群多样性指数Shannon指数下降(P<0.05),肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高(P<0.05)。在门水平上,STC组以拟杆菌门、放线菌门为主,正常对照组以厚壁菌门为主。在属水平上,STC组以拟杆菌属(Bacteroides)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、巨单胞菌属(Megamonas)为主,正常对照组以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特...     

百日咳鲍特菌感染婴幼儿口咽部的菌群变化

摘要：目的 通过比较健康婴幼儿与百日咳鲍特菌感染婴幼儿口咽部的菌群相对丰度,探讨百日咳鲍特菌感染对婴幼儿口咽部的菌群影响。方法 采用高通量测序技术,对53例百日咳鲍特菌感染婴幼儿和21例健康婴幼儿口咽标本进行16S rDNA测序,对测序序列进行分析,比较两组间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构差异。结果 健康婴幼儿与百日咳鲍特菌感染患儿在性别和年龄方面差异没有统计学意义。百日咳鲍特菌感染婴幼儿比健康婴幼儿口咽部菌群多样性显著增加。变形菌门（Proteobacteria）作为主要的门在百日咳鲍特菌感染患儿组中相对丰度显著高于健康婴幼儿组;两组排在相对丰度前15位的属,共有3个主要的属在百日咳鲍特菌感染患儿中显著增加,分别为盐单胞菌属（Halomonas）、嗜血杆菌属（Haemophilus）和鲍特菌属（Bordetella）;而罗氏菌属（Rothia）显著减少。结论 百日咳鲍特菌感染婴幼儿口咽部的菌群发生了显著的变化,百日咳鲍特菌感染患儿口咽部的菌群多样性比健康婴幼儿显著增加,在门和属水平百日咳鲍特菌感染患儿与健康婴幼儿主要组成方面均有显著性不同。     

不同健康状况百岁老人肠道菌群的差异性

目的 探索广西不同健康状况百岁老人肠道菌群的特征。方法 采用1∶1病例对照研究方法,在广西长寿地区按年龄收集不同健康状况的21对百岁老人粪便和血样标本,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;使用标准量表测量身体机能和认知功能（MMSE）,测定血生化指标,采用16S rRNA的V4–V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。结果 非健康组百岁老人较健康组百岁老人肠道菌群丰度和多样性显著降低（t=3.987、 4.000、 3.703,均P<0.001）;健康组百岁老人肠道菌群中蓝藻菌门（Cyanobacteria）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）丰度显著高于非健康组,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度显著低于非健康组;健康组百岁老人肠道菌群中别样杆菌属（Alistipes）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、气味细菌属（Odoribacter）、厌氧菌属（Anaerotruncus）、丁酸单胞菌属（Butyricimonas）丰度显著高于非健康组;非健康组百岁老人肠道菌群中拟杆菌纲（Bacteroidia）、拟杆菌目（Bacteroidales）、拟杆菌种...     

基于16S rDNA测序的自身免疫性甲状腺疾病患者肠道菌群研究CSCD

目的 探讨Graves病患者、桥本甲状腺炎患者及健康人的肠道菌群结构、多样性和丰度差异。方法 选取2020年8月至2020年12月于湖北省中医院甲状腺疾病诊疗中心就诊的新诊断且未经治疗的Graves病患者(GD组)、桥本甲状腺炎患者(HT组)各15例以及15例年龄、性别相匹配的健康受试者(健康对照组)。采集参与者粪便样本,采用16S rDNA高通量测序法分析肠道菌群,比较各组对象肠道菌群物种组成及丰度差异。结果 与健康对照组相比,GD组患者肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数偏低,Coverage指数偏高(均P<0.05)。GD组与HT组以及HT组与健康对照组比较,其肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数、Coverage指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。3组对象肠道优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、梭杆菌门。瘤胃球菌属、罗斯伯里菌属、罗姆布茨菌属、链球菌属等在3组对象中差异均有统计学意义(均P<0.05),其中GD组患者肠道乳杆菌目、链球菌属、链球菌科的相对丰度较高;HT组患者肠道瘤胃球菌属、消化链球菌科、消化链球菌—蒂氏菌目、罗姆布茨菌、梭菌科、严格厌氧梭状芽胞杆菌1、梭菌目的相对丰度较高;而罗斯伯里菌属、光冈菌属在健康对照组中丰度较高。GD组患者肠道中严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea丰度低于HT组,而Streptococcus的丰度高于HT组(均P<0.05)。结论 Graves病患者、桥本甲状腺炎患者的肠道菌群与健康人群有显著差异,促进脂肪累积与能量吸收的菌群在Graves病患者中降低,而条件致病菌在自身免疫性甲状腺疾病患者中丰度增加,这些菌种变化可能通过破坏肠道稳态,干预免疫调节,促进炎症反应介导自身免疫性甲状腺疾病的发病。严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea、链球菌属可能是Graves病和桥本甲状腺炎的关键差异菌属,但还需要进一步的研究以明确这些菌株介导疾病的机制。     

脑卒中后抑郁症患者粪便微生物种群多样性和均衡性分析CSCD

目的分析脑卒中后抑郁症患者粪便中的微生物种群多样性和均衡性。方法选择我院2018年10月至2020年10月神经内科住院部收治的68例脑卒中后抑郁症患者为试验组。在同一时期选择我院体检中心的68例健康体检者作为对照组。采用第二代高通量测序技术对其粪便中的微生物种群多样性和均衡性进行分析。结果(1)两组对象粪便样本微生物种群Good′s Coverage指数差异无统计学意义(P>0.05),而试验组OTU种类、Chao 1指数和Ace指数高于对照组(均P<0.05)。(2)两组对象粪便样本微生物种群Shannon指数、Simpson指数和Evenness指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。(3)两组对象粪便样本微生物种群均包括变形菌门、拟杆菌门、梭杆菌门以及厚壁菌门,其中试验组厚壁菌门相对丰度显著低于对照组,而其他3种菌门则高于对照组(均P<0.05)。(4)试验组患者粪便样本微生物种群理研菌科、氨基球菌科、梭杆菌科、Erigeronaceae、肠杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度较高,而瘤胃菌科、普雷沃菌科、毛螺菌科以及单毒丝菌科的相对丰度较低(均P<0.05)。(5)在属水平上,试验组对象粪便样本微生物种群有11种菌属的相对丰度高于对照组,有3种菌属的相对丰度低于对照组(均P<0.05)。结论脑卒中后抑郁症患者粪便中微生物种群与健康人群存在较大差异。     

急性胃肠功能损伤患者肠道菌群及其代谢产物的分析

目的 分析重症患者合并急性胃肠功能损伤（AGI）的肠道菌群变化的特征。方法 采用观察性研究方法，选择2021年1月至2022年12月本院重症监护病房收治的患者36例，根据是否发生AGI分为AGI组（n=18）和non-AGI组（n=18），记录入科时患者急性生理与慢性健康状况评分Ⅱ和序贯器官衰竭评估评分，测定患者入科时超敏C反应蛋白、降钙素原以及第1次粪便样本的乙酸、丙酸、丁酸的水平，通过16S rDNA测序分析粪便样本的菌群多样性，比较两组患者肠道菌群差异。结果 AGI组患者肠道乙酸、丙酸、丁酸水平较non-AGI组显著降低，差异均有统计学意义（均P<0.05）。AGI组患者肠道菌群alpha多样性显著低于non-AGI组。在细菌门分类水平上，两组患者肠道菌群差异无统计学意义；属水平比较，AGI组患者肠道菌群中肠球菌属、埃希—志贺菌属的相对丰度显著高于non-AGI组（均P<0.05）,non-AGI组中双歧杆菌属相对丰度显著升高（P<0.05）。结论 合并AGI重症患者肠道代谢功能失衡，菌群结构发生改变，为益生菌辅助治疗重症患者提供一定临床研究依据。     

低龄儿童龋病牙菌斑的菌群结构分析

目的通过低龄龋齿儿童与口腔健康儿童的微生物组检测,探讨低龄儿童龋病牙菌斑的菌群组成特征。方法在深圳地区招募轻度龋齿、重度龋齿及口腔健康儿童共100名,采集其牙菌斑或健康牙齿表面微生物样本,采用MiSeq测序平台进行16S V4-V5区域的高通量测序。同时,通过生物信息分析方法,对低龄龋齿儿童的牙菌斑的微生物组成的特征进行挖掘分析。结果相对口腔健康儿童,重度龋齿患儿的牙菌斑微生物多样性增加,轻度龋齿患儿则减少,但变化不显著。门水平的优势菌主要为放线菌门、变形菌门及拟杆菌门,虽有相对丰度变化但差异无统计学意义。前10位的优势菌属中,轻度及重度龋齿儿童的最高丰度优势菌属为棒状杆菌属,重度龋齿儿童与健康儿童中的棒状杆菌丰度差异有统计学意义(t=-2.195 5, P=0.028 1)。健康儿童口腔的优势菌属包含了卟啉单胞菌属,但在轻度及重度龋齿儿童的优势菌属则替换为月形单胞菌属。种水平的菌群结构分析显示,前10位的优势菌丰度变化差异无统计学意义,而低丰度的致病菌如变异链球菌(H=27.302 1, P<0.000 1)、Atopobium parvulum(H=17.418 2, P=0.000 2)、栖牙普氏菌(H=10.598 9, P=0.005 0)、唾液普氏菌(H=10.035 0, P=0.006 6)等则在重度龋齿儿童中显著富集。结论低龄龋齿儿童的牙菌斑微生物结构发生了改变,部分口腔有害菌的丰度显著增加与龋病严重程度密切相关。     

肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群的改变

目的比较健康儿童与肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群的差异,分析肺炎支原体感染对儿童口咽部菌群变化的可能影响。方法采用高通量测序技术,对30例肺炎支原体肺炎患儿及30例健康儿童16SrDNA进行测序分析,比较两组间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构差异。结果健康儿童与肺炎支原体肺炎患儿在性别、年龄、抗生素使用等方面差异无统计学意义。肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群多样性比健康儿童明显降低。在门水平上,Proteobacteria(变形菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)和Fusobacteria(梭杆菌门)在健康儿童中相对丰度显著高于肺炎支原体肺炎患儿组,而Firmicutes(厚壁菌门)、Tenericutes(柔膜菌门)和Actinobacteria(放线菌门)在肺炎支原体肺炎患儿组中相对丰度均显著高于健康儿童组;在属水平上,两组排在相对丰度前10位的属差异具有统计学意义,共有6个属在肺炎支原体肺炎患儿中显著增加,分别为Staphylococcus(葡萄球菌)、Actinomyces(放线菌属)、Acinetobacter(不动细菌属)、Atopobium(阿托波菌属)、Corynebacterium(棒状杆菌)和Abiotrophia(营养缺陷菌属)。结论肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群存在明显的改变,其口咽部菌群多样性比健康儿童明显降低,在门、属水平肺炎支原体肺炎患儿与健康儿童差异均有统计学意义。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

克罗恩病患者肠道菌群多样性变化研究初探

目的探讨克罗恩病(CD)患者肠道菌群多样性变化。方法收集8例确诊CD患者的粪便标本(CD组),以同期8例健康人群粪便作为对照组(CN组)。收集新鲜粪便样本提取DNA,并将样本进行PCR扩增,最终进行16SrRNA数据分析。结果测序共获得990 890条高质量序列,CD组和CN组多样性指数Shannon和Simpson比较差异有统计学意义(t=-3.802和t=-2.886,P0.05)。OTUs(可操作分类学单位)比较韦恩图显示CD组共有7 437株菌种,而CN组共有7 744株菌种,其中3 438株菌种重叠。LDA差异贡献分析图提示CD患者肠道菌群以芽胞杆菌、变形菌、乳杆菌目、放线菌目、异常球菌纲、栖热菌目、假单胞菌目和交替单胞菌目等为主要特征差异细菌菌类,而CN组则以双歧杆菌目及双歧杆菌科,Odoribacteraceae、Christensenellaceae、弧菌目及弧菌科等为主要特征差异细菌菌类。据物种进化树的样本菌落分布图显示:两组样本厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门、酸杆菌门和螺旋菌门占主要门类分布。CD组及CN组细菌科类分析结果:毛螺菌科、韦荣球菌科、瘤胃菌科、丹毒丝菌科、红蝽菌科、紫单胞菌科、双歧杆菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、产碱菌科和链球菌科在两组样本中共同存在。同时从该进化树可发现,CD组中红蝽菌科、产碱菌科、丹毒丝菌科和链球菌科相对于CN组优势丰度分布,而普雷沃菌科、拟杆菌科和双歧杆菌科比CN组丰度明显减少。此外,Dethiosulfovibrionaceae、丙酸杆菌科、盐单胞菌科、希万菌科等为CD组特有菌种。结论 CD组的菌群多样性明显少于CN组,CD组有其特有优势菌群。     

阴道菌群与女性不孕症的相关性

摘要：目的 探索阴道菌群结构与女性不孕症的相关性。方法 选择2018年4月于南京市东南大学附属中大医院生殖中心新确诊的15例不孕患者作为不孕组,同期体检的15例有生育史的健康育龄妇女为对照组。两组研究对象均填写统一的调查问卷,并于阴道后穹窿处采集阴道拭子。提取样本总基因组DNA,对16S rRNA基因V3?V4区高通量测序,通过生物信息学分析,比较两组对象阴道菌群结构差异。结果 不孕组和对照组研究对象的阴道菌群α多样性差异无统计学意义。β多样性箱型图及偏最小二乘法判别分析均显示两组菌群结构差异有统计学意义（P<0.05）。不孕组乳杆菌属的相对丰度（81.28%）显著低于对照组（98.63%）（t=1.712,P=0.049）;而纤毛菌属的相对丰度高于对照组,差异有统计学意义（t=2.513,P=0.009）。不孕组加德纳菌属、奇异菌属、普氏菌属和气球菌属相对丰度较对照组增加,但差异无统计学意义（P>0.05）。结论 不孕女性与正常有生育史女性阴道菌群结构存在差异,主要表现为乳杆菌属相对丰度的降低。这种改变可能影响受孕环境,从而成为女性不孕的原因之一。