罗伊氏乳酸杆菌SL001对AD模型小鼠和C57BL/6小鼠肠道微生物的影响

本研究旨在调查阿尔茨海默症模型小鼠(APP/PS1双转基因小鼠,AD小鼠)与野生型小鼠(C57BL/6小鼠)肠道菌群的多样性差异,以及添食罗伊氏乳酸杆菌SL001 (Lactobacillus reuteri SL001)对两种小鼠肠道微生物菌群结构组成的影响,探讨其是否可对AD小鼠起到积极的改善作用。首先将雄性AD模型和野生型小鼠分别分成添食组和未添食组(每组5只),添食组小鼠每天用0.2 mL浓度为5×10~(11) CFU/mL的L. reuteri SL001菌悬液灌胃,未添食组则每天接受等量的无菌PBS,通过口服管饲法进行给物,周期为45 d。实验结束后,采集小鼠的粪便样本,通过高通量测序技术测定了16S rRNA V3–V4区序列,并对群落结构和多样性进行比较分析。结果显示4个处理组小鼠的肠道微生物OTUs总共包括19个门、40个纲、64个目、104个科和175个属。AD模型小鼠的α多样性大于野生型小鼠,但是两者之间的差异不显著。添食L. reuteri SL001后,两种小鼠的α多样性均增加,AD模型小鼠的增幅较小。在门水平上,4组小鼠的优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),AD模型小鼠中的拟杆菌门丰度低于野生型,厚壁菌门的丰度高于野生型,添食L. reuteri SL001会降低小鼠的厚壁菌门/拟杆菌门的比例(F/B)。在目水平上,AD模型小鼠中的拟杆菌目(Bacteroidales)、乳酸杆菌目(Lactobacillales)、芽胞杆菌目(Bacillales)和双歧杆菌目(Bifidobacteriales)的相对丰度低于野生型小鼠。在属水平上,丰度较高的属有Allobaculum、毛螺旋菌属(Lachnospiraceae_NK4A136_group)、拟杆菌属(Bacteroides)、乳酸菌属(Lactobacillus)。AD模型小鼠的拟杆菌属、乳酸菌属、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)的相对丰度低于野生型小鼠,添食L. reuteri SL001会增加这些属以及拟杆菌目、乳酸杆菌目、芽胞杆菌目和双歧杆菌目在AD模型小鼠中的丰度。AD模型小鼠的丁酸弧菌属(Butyrivibrio)相对丰度也低于野生型,添食L. reuteri SL001后,其相对丰度在两种小鼠中均出现降低。野生型小鼠的优势菌种为杆菌纲(Bacilli)中的乳酸杆菌科(Lactobacillaceae),AD模型小鼠中未发现优势菌群,这一结果与不同比例物种分类树结果相符。文中结果揭示了AD模型小鼠与野生型小鼠肠道微生物多样性差异,也表明添食L. reuteri SL001可以改善小鼠肠道细菌群落结构组成,对AD模型小鼠能够起到一定程度的积极调整作用。     

克罗恩病患者肠道菌群多样性变化研究初探

目的探讨克罗恩病(CD)患者肠道菌群多样性变化。方法收集8例确诊CD患者的粪便标本(CD组),以同期8例健康人群粪便作为对照组(CN组)。收集新鲜粪便样本提取DNA,并将样本进行PCR扩增,最终进行16SrRNA数据分析。结果测序共获得990 890条高质量序列,CD组和CN组多样性指数Shannon和Simpson比较差异有统计学意义(t=-3.802和t=-2.886,P0.05)。OTUs(可操作分类学单位)比较韦恩图显示CD组共有7 437株菌种,而CN组共有7 744株菌种,其中3 438株菌种重叠。LDA差异贡献分析图提示CD患者肠道菌群以芽胞杆菌、变形菌、乳杆菌目、放线菌目、异常球菌纲、栖热菌目、假单胞菌目和交替单胞菌目等为主要特征差异细菌菌类,而CN组则以双歧杆菌目及双歧杆菌科,Odoribacteraceae、Christensenellaceae、弧菌目及弧菌科等为主要特征差异细菌菌类。据物种进化树的样本菌落分布图显示:两组样本厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门、酸杆菌门和螺旋菌门占主要门类分布。CD组及CN组细菌科类分析结果:毛螺菌科、韦荣球菌科、瘤胃菌科、丹毒丝菌科、红蝽菌科、紫单胞菌科、双歧杆菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、产碱菌科和链球菌科在两组样本中共同存在。同时从该进化树可发现,CD组中红蝽菌科、产碱菌科、丹毒丝菌科和链球菌科相对于CN组优势丰度分布,而普雷沃菌科、拟杆菌科和双歧杆菌科比CN组丰度明显减少。此外,Dethiosulfovibrionaceae、丙酸杆菌科、盐单胞菌科、希万菌科等为CD组特有菌种。结论 CD组的菌群多样性明显少于CN组,CD组有其特有优势菌群。     

高通量测序分析口服抗生素大鼠肠道菌群组成变化

目的探讨口服抗生素大鼠肠道菌群变化。方法在雄性SD大鼠的饮用水中添加肠道不吸收的抗生素(新霉素、杆菌肽和游霉素),饮用1周后,收集粪便并提取细菌基因组DNA,PCR扩增r DNA的V4区特定序列,用Illumina Mi Seq平台测序,进行生物信息学分析大鼠粪便中肠道菌群的组成。结果与对照组相比,抗生素组样品的菌群多样性显著下降(P0.05)。克雷伯菌属、理研菌科等菌群百分比显著增高,乳杆菌属、拟杆菌目(S24-7)等菌群百分比显著下降。结论饮用抗生素的大鼠肠道菌群有显著变化。     

裕固族血脂异常人群肠道菌群结构特征分析

目的 探究生活在相同环境下的同一民族血脂异常人群与健康人群的肠道菌群差异，为血脂异常的精准预防和治疗提供参考。方法 收集甘肃肃南县裕固族血脂异常人群和健康人群粪便样本，提取细菌总DNA，通过16S rDNA高通量测序和生物信息学技术，分析2组人群肠道菌群的差异。结果 裕固族健康组人群肠道菌群分属26个门，73个纲，169个目，301个科，709个属，门水平上丰度>1%的物种有4个，属水平上丰度>1%的物种有22个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群分属29个门，75个纲，280个目，304个科，702个属，门水平上丰度>1%的物种有4个，属水平上丰度>1%的物种有15个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群与健康组间拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门水平以及F/B比值存在显著差异，Р<0.05的差异物种有5个，Subdoligranulum、Christensenellaceae＿R-7＿group及Dialister与血脂水平呈负相关，Lachnoclostridium、Parasutterella与血脂水平呈正相关。结论 肃南县裕固族血脂异常组人群肠道菌群结构与健康组存在...     

大分舌蜂不同龄期幼虫及滞育预蛹肠道细菌 群落多样性及其差异

【目的】基于昆虫肠道微生物在宿主健康与调控宿主生长发育中发挥着重要作用,本研究旨在对大分舌蜂Colleles gigas不同龄期幼虫及滞育预蛹肠道细菌群落多样性及其差异进行初步探究。【方法】利用野外采集的大分舌蜂1-5龄幼虫及滞育预蛹,提取肠道内容物细菌DNA进行16S rRNA的V3-V4基因片段PCR扩增,利用IlluminaMiseq二代高通量测序技术进行测序。依据获得的序列数据,利用生物信息学方法分析大分舌蜂幼虫和滞育预蛹肠道细菌的组成、丰度和多样性。【结果】大分舌蜂幼虫肠道细菌菌群共检测到15门,23纲,43目,80科,128属的细菌,其中最主要的门是变形菌门(Proteobacteria)(占93.74%),最主要的目是立克次氏体目(Rickettsiales)(占68.68%),最主要的科是无形体科(Anaplasmataceae)(占68.64%),最主要的属是沃尔巴克氏体属Wolbachia(占68.64%)。Beta多样性分析结果显示,细菌群落变化与幼虫发育有关,显示出低龄组(1-3龄幼虫)、高龄组(4-5龄幼虫)和滞育预蛹组3个水平。Alpha多样性分析显示,滞育预蛹组细菌多样性与高龄组和低龄组的存在显著差异,而高龄组与低龄组间差异不显著。线性判别分析结果显示,滞育预蛹组与低龄组都存在显著优势菌纲,分别是α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和γ 变形菌纲(Gammaproteobacteria),而高龄组不存在显著优势纲。在目水平,肠杆菌目(Enterobacteriales)和假单胞菌目(Pseudomonadales)为低龄组优势目,立克次氏体目(Rickettsiales)为滞育预蛹组的优势目。在科水平,肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和莫拉氏菌科(Moraxellaceae)为低龄组的优势科,无形体科(Anaplasmataceae)为滞育预蛹组的优势科。在属水平,低龄组优势属为肠杆菌属 Enterobacter和不动杆菌属Acinetobacter,滞育预蛹组优势属为沃尔巴克氏体属 Wolbachia。功能基因注释结果也显示出这3个组的特点。【结论】大分舌蜂不同龄期幼虫及滞育预蛹肠道细菌群落存在显著差异,从低龄组向高龄组再到滞育预蛹组,细菌多样性逐步降低,这可能与其进食特点以及肠道微生物驱动对肠道环境适应有关。本研究为土壤筑巢独栖野生蜜蜂肠道微生物研究奠定基础,也为此类野生蜜蜂的保护提供新的角度与方向。     

高脂饮食中添加短链菊粉对小鼠肠道菌群的影响

目的:探究高脂饮食中添加短链菊粉对小鼠肠道菌群的影响。方法:选择8周龄雄性小鼠,5只喂食高脂饲料,5只喂食10%菊粉复合型高脂饲料,喂食8周后收集小鼠粪便,检测小鼠粪便中三种主要的短链脂肪酸。同时,提取小鼠粪便中的细菌基因组,对菌群基因组16S rRNA基因V4高变区进行测序,对数据进行PCoA分析、Alpha多样性分析、LEfSe分析和16S功能预测。结果:菊粉添加后,小鼠粪便中含有的细菌DNA量增多,短链脂肪酸增加。菊粉组和对照组PCoA图可以看到明显聚类。菊粉组物种多样性低于对照组。菊粉组小鼠粪便中S24_7菌科丰度上升;Lachnospiraceae(毛螺菌科),Ruminococcaceae(瘤胃菌科)和Deferribacteraceae(脱铁杆菌科)丰度下降。16S基因功能预测发现22个第二层级的KEGG通路发生变化。结论:高脂饮食情况下短链菊粉的添加会改变小鼠肠道菌群,继而影响肠道菌群的功能。     

不同饲料饲育的家蚕幼虫肠道细菌的多样性分析

【目的】为研究饲料对不同家蚕Bombyx mori品种肠道微生物菌群的影响。【方法】以筛选到的家蚕广食性品种GS和普通品种1015为研究对象,收集从收蚁开始分别饲育桑叶(GS. m和C1015. m组)和人工饲料(GS. b组)至4龄盛时期的家蚕肠道样本,采用高通量测序的方法对其肠道微生物16S r DNA的V3-V4区进行测序分析,比较它们之间肠道微生物的差异。【结果】在门水平上,所测家蚕肠道样本的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria);在科水平上,所测样本主要优势菌为明串珠菌科(Leuconostocaceae)、乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)等;在属水平上,所测样本主要的优势菌为魏斯氏属Weissella、乳酸菌属Lactobacillus、布赫纳氏菌属Buchnera、甲基杆菌属Methylobacterium、叶瘤菌属Phyllobacterium、肠球菌属Enterococcus和脆弱拟杆菌属Bacteroides等。家蚕品种GS经桑叶和人工饲料饲育后,甲基杆菌属Methylobacterium、布赫纳氏菌属Buchnera等菌属仅在桑叶饲育的GS肠道内出现,而魏斯氏菌Weissella、短芽孢杆菌属Brevibacillus等菌属只在人工饲料饲育的GS肠道内出现。同是桑叶饲育的家蚕品种GS和1015,其肠道内相同的优势菌有叶瘤菌属Phyllobacterium、脆弱拟杆菌属Bacteroides、不动细菌属Acinetobacter等。相较于广食性蚕品种GS的肠道菌群,肠球菌属Enterococcus、草螺菌属Herbaspirillum、丝硫菌属Thiothrix等菌属仅在普通蚕品种1015肠道中被检测到。GS. b组家蚕肠道细菌的物种多样性低于GS. m和C1015. m。GS. m肠道中丰度差异显著性最高的菌群为变形菌门(Proteobacteria),GS. b肠道中丰度差异显著性最高的菌群为杆菌纲(Bacilli)和乳杆菌目(Lactobacillales),而C1015. m肠道中丰度差异显著性最高的菌群为粪肠球菌属Enterococcus和肠球菌科(Enterococcaceae)。【结论】经桑叶饲育的不同蚕品种(GS和1015)的肠道微生物比人工饲料饲育的家蚕肠道微生物更趋于一致;经桑叶饲育的广食性家蚕肠道微生物物种多样性较高于经人工饲料饲育的广食性家蚕。     

高通量测序分析DNA提取引起的对虾肠道菌群结构偏差

【目的】通过高通量测序技术,评价不同DNA试剂盒提取引起的对虾肠道菌群结构偏差,了解健康凡纳滨对虾肠道菌群结构特征。【方法】分别以细菌、粪便和组织DNA试剂盒3次重复提取凡纳滨对虾肠道总DNA(分别编号为SIB,SIS和SIT),检测DNA含量、纯度及其16S r DNA V4区可扩增性,进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序比较SIB和SIS样品菌群组成和多样性。【结果】细菌试剂盒提取的虾肠总DNA效果最好,粪便试剂盒次之,而组织试剂盒所提DNA含量低且难以被扩增。从SIB和SIS样品分别获得52151±5085和55296±5147条有效序列,同一(46800条)测序深度下,SIS样品OTU(operational taxonomic unit)数量和Shannon多样性指数均显著高于SIB的,而SIB样品间OTU重复性则优于SIS样品间的。从SIB和SIS样品鉴定的优势门一致,均包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria),但不同分类水平上绝大多数优势菌群丰度在两种样品间差异明显。【结论】高通量测序分析表明对虾肠道菌群结构因DNA提取方法不同而呈现显著偏差;本研究健康凡纳滨对虾肠道核心菌群主要由发光杆菌属(Photobacterium),乳球菌属(Lactococcus),弧菌属(Vibrio),Aliivibrio和3个分类未定属构成。     

食积大鼠肠道菌群结构与胃肠动力的关系

目的探讨高热量饮食对食积大鼠胃肠动力和肠道菌群的影响。方法 SPF级KM小鼠和SD大鼠各20只(雌雄各半),KM小鼠和SD大鼠均随机分为正常组和食积组(每组10只)。每天固定时间称量小鼠体质量,处死后进行胃排空、肠推进和D-木糖试验;大鼠胃窦和十二指肠进行病理学检查;大鼠盲肠菌群进行高通量测序。结果与正常小鼠相比,食积大鼠体质量增长缓慢,胃肠动力显著下降;高热量饮食并未造成大鼠病理性改变;但食积大鼠Observed-species、Chao1、Simpson和Shannon指数显著下降(均P0.05),PCoA和LEfSe分析结果显示食积大鼠肠道菌群结构发生显著变化;食积组布劳特菌属、脱硫弧菌属、真杆菌属、红蝽菌属和梭菌属相对丰度显著降低(均P0.05),Akkermansia和醋弧菌属相对丰度显著上升(均P0.05)。结论高热量饮食诱导食积大鼠胃肠动力下降和肠道菌群失衡,为胃肠动力和肠道菌群关系研究提供参考。     

原发性与继发性干燥综合征患者的肠道菌群差异

目的探究原发性干燥综合征(primary Sjgren′s syndrome,pSS)患者与继发性干燥综合征(secondary Sjgren′s syndrome,sSS)患者的肠道菌群差异及其与临床免疫指标之间的相关性。方法对15例pSS患者和10例sSS患者进行临床数据统计、血清标本和粪便标本采集。将采集到的粪便标本进行DNA提取和筛选,再经16S rDNA高通量测序后进行OTU分析,Alpha、Beta多样性以及样品组间显著性差异分析。同时使用免疫荧光法检测自身抗体ANA,免疫印迹法检测抗核抗体谱(SSA、SSB、Ro52),散射比浊法检测风湿系列(RF、CRP)、免疫球蛋白(IgG等)和补体(C3、C4)等12种免疫学指标,并分析肠道菌群丰度与免疫指标浓度的相关性。结果pSS患者与sSS患者肠道菌群存在差异,pSS患者的肠道菌群多样性大于sSS患者。在门水平上,sSS患者较pSS患者厚壁菌门丰度降低、变形菌门丰度升高。经ttest检验,在科水平,链球菌科为2组差异最为显著的菌科(t=0.029,P<0.01),同时在属水平,链球菌属也是差异最大的菌属(t=0.029,P<0.01),CRP与Parabacteroides等多个菌属有显著的相关性。结论pSS患者与sSS患者肠道菌群存在明显差异,这些差异可能与SSA、SSB和CRP具有相关性。     

孕期BMI变化与新生儿胎便菌群和免疫状况的关系研究CSCD

目的探究妊娠妇女孕期BMI变化对新生儿肠道菌群定植和免疫发育的影响。方法选取孕期BMI增幅<6 kg/m^(2)的12人为Am组,孕期BMI增幅≥6 kg/m^(2)的12人为Bm组。Am组妊娠妇女对应的新生儿为Af组,Bm组妊娠妇女对应的新生儿为Bf组。收集妊娠妇女孕晚期血清、新生儿脐带血清、孕晚期粪便以及新生儿出生第一个24 h胎便。对妊娠妇女的粪便及对应新生儿胎便进行DNA提取,采用16S rRNA基因测序方法分析菌群变化。利用生物信息学方法分析妊娠妇女及对应新生儿不同分组菌群结构变化。利用酶联免疫吸附法(ELISA)检测妊娠妇女孕晚期血清、脐带血清中肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-6(IL-6)水平,比较组间变化。结果BMI增幅≥6 kg/m^(2)(Bm组)的妊娠妇女与BMI增幅<6 kg/m^(2)(Am组)的相比,肠道菌群alpha多样性存在降低趋势,beta多样性存在差异。Bm组妊娠妇女粪便样本中脱硫弧菌属显著降低,拟杆菌门、纲、目、科、属以及韦荣球菌科、属显著升高。Bf组与Af组相比,胎便菌群alpha多样性同样存在降低趋势,beta多样性同样存在差异。Bf组变形菌门、γ-变形菌纲、β-变形菌纲显著升高,拟杆菌门等显著降低。Bm组较Am组血清中性粒细胞与淋巴细胞比值(neutrophil-lymphocyte ratio,NLR)存在差异,TNF-α、IL-6水平有升高趋势。在对应的新生儿的脐带血清中Bf组TNF-α、IL-6水平显著升高。结论孕期BMI增幅≥6 kg/m^(2)的妊娠妇女肠道菌群和新生儿胎便菌群存在紊乱。孕期BMI增幅≥6 kg/m^(2)的妊娠妇女孕晚期血清中和新生儿脐带血清中炎症因子增高。妊娠妇女孕期BMI增幅与拟杆菌门及拟杆菌属的增加相关,能够影响妊娠妇女和新生儿的肠道菌群与免疫。     

口服幽门螺杆菌疫苗候选株对小鼠肠道菌群的影响

目的:考察口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道菌群的影响。方法:采用PCR扩增的方法检测疫苗用载体菌侵袭性相关基因缺失状况,用豚鼠角结膜侵袭试验进一步确证其是否具有上皮细胞侵袭能力;用小鼠口服灌胃的方式检测SH02在小鼠体内的组织分布,在肠道的存留时间与活菌数;取小鼠灌胃前(0 d)和灌胃后(2、8 d)的粪便样本,提取基因组DNA,用细菌16S r RNA基因高通量测序的方式,分析评价口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道正常菌群的影响。结果:载体菌FWL01侵袭性相关基因缺失,不具有对上皮细胞的侵袭能力;SH02经口服灌胃小鼠后不能侵入机体组织内部,仅在小鼠肠道可以检测到疫苗株活菌,灌胃后24、48 h肠道粪便中活菌数分别为1.19×10~5和2.42×10~3CFU/g,72和96 h在小鼠肠道粪便中没有检测到SH02活菌存在;细菌16S r RNA基因高通量测序与分析结果表明,口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道菌群不会产生明显的影响。结论:口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道正常菌群没有明显影响。     

适量饮酒对大鼠肠道菌群与血脂水平的影响及二者相关性

目的 探究适量饮酒对大鼠肠道菌群和血脂水平的影响以及肠道菌群与血脂水平相关性。方法 28只雄性SD大鼠随机分为4组：对照组、乙醇组、低剂量白酒1组及低剂量白酒2组。分别灌胃生理盐水、酒精（1.83 g/kg）、白酒（1.83 g/kg和3.66 g/kg两个剂量）,连续灌胃30 d。检测大鼠血清高密度脂蛋白（HDL）、三酰甘油（TG）和总胆固醇（TC）水平,采用16S rDNA测序分析各组肠道菌群差异菌种并分析肠道菌群与血脂水平相关性。结果 实验表明适量饮用白酒组较乙醇组可降低大鼠血清TG和TC水平。16S r DNA测序分析显示适量饮酒组较乙醇组可增加肠道脱硫弧菌属（Desulfovibrio）、瘤胃球菌属（Ruminococcaceae＿UCG-005）、罗氏菌属（Roseburia）、别样棒菌属（Allobaculum）及粪杆菌属（Faecalibaculum）相对丰度。其中Desulfovibrio与TG和TC水平呈负相关,Ruminococcaceae＿UCG-005和Allobaculum与TC水平呈负相关,Roseburia与HDL水平呈负相关,Faecalibaculu...     

湿疹患儿肠道菌群高通量测序初步探索

目的为了解湿疹患儿肠道菌群的结构与湿疹之间的关系,通过对湿疹患儿和健康儿童粪便样本细菌总DNA提取,利用高通量测序技术,比较健康儿童和湿疹患儿肠道菌群的异同。方法 10例年龄在2个月~2岁婴幼儿由皮肤科门诊确诊为湿疹伴有过敏性疾病家族史作为研究对象,年龄和性别相当健康儿童10例作为对照,分别收集其粪便标本并提取所有样本中细菌的总DNA,对16SrRNA基因进行高通量测序,获得两组的肠道菌群结构数据并进行菌群差异性分析。结果通过Roche 454高通量测序,两组肠道微生物菌群多样性指数比较差异无统计学意义。两组主要由Firmicutes(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)4个门组成;两组在门水平上进行菌群结构比较,差异无统计学意义。两组样本在属水平上共获得200个不同属的细菌,其中Bacillus(芽孢杆菌属)、Bilophila(噬胆菌属)、Christensenella(纺锤状细菌属)、Coprobacillus、Eikenella(艾肯菌属)、Enterobacter(肠杆菌属)、Eubacterium(真杆菌属)、Lactococcus(乳球菌属)、Megamonas(巨单胞菌属)、Leuconostoc(明串珠菌属)、Morganella(摩根菌属)、Rhizobacter(根杆菌属)、Proteus(变形菌属)、Sutterella(萨特菌属)、Veillonella(韦荣球菌属)、Akkermansia、Anaeroglobus、Anaerotruncus、Butyricicoccus、Epulopiscium、Gordonibacter、Lachnospiraceae uncultured、Robinsoniella和Varibaculum共24个属在两组间差异具有统计学意义。结论湿疹患儿肠道菌群与健康儿童相比,菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)未见明显差异,但在菌群结构上发生了一些变化,某些特别的细菌菌属存在显著性差异。     

河南浓香型酒醅的真菌微生物菌群多样性及共变性

通过高通量测序研究河南三个不同酒厂的浓香型酒醅的真菌微生物菌群,逐次在门、纲、目、科和属5个水平上分析入窖酒醅和出窖酒醅的菌群多样性,探究酒醅发酵后菌群的共性变化规律.结果表明:出窖酒醅的真菌微生物多样性高于入窖酒醅的真菌微生物多样性,出窖酒醅的真菌主要有镰刀菌属Fusarium(相对丰度17％ ～32％),Plect...     

乳腺炎小鼠肠道菌群改变 及与炎性因子的相关性分析

目的采用高通量测序技术分析乳腺炎小鼠肠道菌群的丰度特征与组织炎性因子的关系。方法选用24只泌乳10 d的昆明雌鼠,随机分成4组(每组6只):健康对照组、低剂量攻菌组(含金黄色葡萄球菌10~3 CFU/25μL)、中剂量攻菌组(含金黄色葡萄球菌10~4 CFU/25μL)和高剂量攻菌组(含金黄色葡萄球菌10~5 CFU/25μL)。用非损伤方法经乳头管分别注入不同浓度的金黄色葡萄球菌悬浊液于小鼠的第4对(腹部)乳腺内。观察小鼠、组织病理学变化以及乳腺组织中TNF-α和Cav-1含量变化;收集小鼠粪便,采用高通量测序技术对小鼠粪便菌群进行分析。结果 (1)与健康对照组小鼠相比,高剂量攻菌组乳腺组织呈明显的炎性病理变化,TNF-α表达明显升高(P0.05),Cav-1表达明显降低(P0.05);(2)不同组小鼠肠道菌群物种丰度不同,对照组肠道菌群以拟杆菌门和厚壁菌门为主;与对照组相比,高剂量攻菌组乳腺炎模型小鼠厚壁菌门丰度增高,拟杆菌门、疣微菌门丰度降低,变形菌门无显著差异;进一步比较后发现,从属以上水平看,后者拟杆菌属、另枝菌属、普雷沃菌属丰度相对较低。结论提示乳腺炎发生和进展与肠道菌群的平衡有密切的关系,结果为研究乳腺炎的免疫学、病理学提供实验依据。     

强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构和功能的影响

【目的】采用高通量测序方法研究强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构的影响以及可提高宿主糖代谢相关菌群功能基因的分析。【方法】分别给予两组小鼠(各10只)常规饮食和强化玉米饮食(1/4的玉米粉加3/4的常规饮食成分),喂养10周,之后采集小鼠粪便样本,提取DNA,使用高通量测序仪进行宏基因组测序分析,比较两组小鼠肠道菌群和功能基因的差异。【结果】两组小鼠的终末体重没有明显差异。各样本DNA的测序有效率足够,肠道菌群的多样性存在一定差异。属放线菌门(Actinobacteria)的双歧杆菌(Bifidobacteriales)-B.pseudolongum分支和Coriobacteriia-Collinsella/Enterorhabdus分支的丰度在强化玉米饮食组的小鼠中显著升高,相应的宏基因组中涉及糖酵解和胆汁酸合成的一些酶和功能单元的含量也在强化玉米饮食组显著升高。【结论】强化玉米饮食可以提高肠道菌群中双歧杆菌等益生菌的丰度,增加宏基因组糖脂代谢相关基因和通路的含量,从而可能促进宿主的糖代谢功能。     

不同脑卒中风险中老年人群肠道菌群的差异

目的研究不同脑卒中风险中老年人群肠道菌群的差异,为后续研究提供参考。方法选取2017年2月至2019年2月来我院接受检查的中老年脑卒中风险者126例,根据不同卒中风险程度分为低危组(48例)、中危组(45例)、高危组(33例);同时进行认知功能筛查,选出轻度认知功能障碍患者35例为轻度障碍组,剩余91例认知功能正常者设为照组。采集所有受试者粪便并提取细菌DNA,分析肠道菌群构成情况;同时比较不同卒中风险者肠道短链脂肪酸水平并分析肠道菌群与认知功能的关系。结果低危组患者肠道菌群主要由瘤胃球菌科、柔嫩梭菌属、毛螺旋菌科、罗氏菌属及丁酸弧菌属构成。中危组患者肠道菌群主要由韦荣球菌科、埃希菌属及乳杆菌科构成。高危组患者肠道菌群主要由韦荣球菌科、肠杆菌科构成。低危组患者肠道瘤胃球菌科、毛螺旋菌科、普雷沃菌科丰富度显著高于中危组,肠杆菌科、韦荣球菌科、梭菌属及链球菌科丰富度显著低于中危组及高危组(均P0.05)。低危组患者肠道丁酸水平显著高于中危组和高危组(均P0.05)。轻度认知功能障碍患者肠道氨基酸球菌科、肠杆菌科、梭杆菌科丰富度显著高于对照组,而乳杆菌科、瘤胃菌科、毛螺菌科及普雷沃菌科丰富度显著低于对照组(均P0.05)。结论不同脑卒中风险及不同认知功能障碍中老年人肠道菌群存在显著差异。     

江苏无锡健康与肠病人群肠道脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性

[目的]研究息肉、溃疡性结肠炎、直肠结肠癌和健康人群肠道中脱硫弧菌数量的差异,及不同人群肠道菌群的多样性,分析脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性与肠道疾病之间的潜在关系.[方法]采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对58名受试者肠道脱硫弧菌的数量进行定量分析.采用PCR-DGGE技术,对不同人群的肠道脱硫弧菌和肠道菌群结构进行分析,结合16S rRNA V3区测序分析不同人群肠道菌群多样性的差异.[结果]RT-PCR分析显示,所有受试者均为脱硫弧菌阳性,其中息肉(2.9×106cfu/mL)和溃疡性结肠炎人群(1.2×106 cfu/mL)肠道中脱硫弧菌的数量明显高于健康人群(7.0×105 cfu/mL),直肠结肠癌人群(6.8×105 cfu/mL)肠道中脱硫弧菌的数量与健康人群无明显差异.DGGE图谱聚类分析结果表明,肠道疾病人群肠道中脱硫弧菌的菌群相似度较高,而与健康人群之间的差异较大.16S rRNA V3区基因测序显示肠道疾病人群与健康人群在肠道菌群多样性和优势菌群方面均有明显差异.[结论]通过RT-PCR与DGGE相结合的方法,说明肠道脱硫弧菌数量的增多是息肉和溃疡性结肠炎疾病的一个重要特征,且其菌群组成在肠道疾病人群与健康人群之间存在明显差异.与健康人群相比,肠道疾病人群的肠道微生物多样性升高,优势菌群发生偏移,菌群失衡.     

基于“肠道菌群―肠―脑轴”探讨风痰闭阻型耐药性癫痫患者的肠道菌群特点

目的 分析风痰闭阻型耐药性癫痫患者肠道微生物群的组成特点。方法 选取湖北省中西医结合医院13名风痰闭阻型耐药性癫痫患者作为观察对象,13名匹配的健康人作为对照进行研究,采用粪便基因组DNA检测,对数据进行生物信息学分析,探索风痰闭阻型耐药性癫痫人肠道菌群的结构组成特征,并进行血清炎性因子分析及相关性分析。结果在风痰闭阻型耐药性癫痫患者中观察到更高的微生物alpha丰富度,且病例组人群粪便中检测的变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科、埃希―志贺菌属、梭杆菌门、梭杆菌纲、梭杆菌目、梭杆菌科、梭杆菌属丰度较对照组增加,拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、栖粪杆菌属丰度较对照组减少（LDA值>4,P<0.05）。风痰闭阻型耐药性癫痫患者体内血清TNF-α、IL-1β、IL-6和IL-8水平显著增加,血清IL-10水平显著降低,且变形菌门、γ-变形菌纲、埃希―志贺菌属与血清TNF-α水平呈正相关,拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、栖粪杆菌属与血清TNF-α水平呈负相关;埃希―志贺菌属与血清IL-1β水平呈正相关,梭杆菌门、梭杆菌纲、梭杆菌目、梭杆菌科、梭杆菌属与血清IL-6水平呈正相关;...