禽痘疫苗病毒中网状内皮组织增生病病毒5′LTR整合位点序列分析

参照国外发表的禽网状内皮组织增生病病毒(REV)5′长末端重复序列(LTR)在禽痘病毒(FPV)疫苗株基因组上的整合位点及相关序列,合成一对来自FPV的引物,从国内5个不同厂家生产的禽痘疫苗中经PCR均扩增到REV-5′LTR。通过序列比较发现,我国5个FPV疫苗毒株中REV-5′LTR整合位点与美国和澳大利亚的天然重组禽痘疫苗完全一致。其中,有3个的REV-5′LTR插入序列也与美国的Vac-3-Am株和澳大利亚的Vac-M3-Au株有100%的同源性。另2个中国疫苗毒株中的REV-LTR插入序列与美国疫苗毒株Vac-1-Am中的REV-LTR插入序列有99.6%的同源性。但是,这5个中国禽痘疫苗毒株中整合的REV LTR与中国近年分离到的REV野毒株HA9901[1]的5′LTR的同源性只有75.4%~92.4%。     

禽痘疫苗病毒中网状内皮组织增生病病毒5'LTR整合位点序列分析

参照国外发表的禽网状内皮组织增生病病毒（REV）5’长末端重复序列（LTR）在禽痘病毒（FPV）疫苗株基因组上的整合位点及相关序列,合成一对来自FPV的引物,从国内5个不同厂家生产的禽痘疫苗中经PCR均扩增到REV-5’LTR。通过序列比较发现,我国5个FPV疫苗毒株中REV-5’LTR整合位点与美国和澳大利亚的天然重组禽痘疫苗完全一致。其中,有3个的REV-5’LTR插入序列也与美国的Vac-3-Am株和澳大利亚的Vac-M3-Au株有100％的同源性。另2个中国疫苗毒株中的REV．LTR插入序列与美国疫苗毒株Vac-1-A。中的REV-LTR插入序列有99．6％的同源性。但是,这5个中国禽痘疫苗毒株中整合的REVLTR与中国近年分离到的REV野毒株HA9901的5’LTR的同源性只有75．4％-92．4％。     

J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较

[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%～94.0%.     

J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较分析

[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%～94.0%.     

中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析

本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析。测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因Ⅰ型;CTN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%～93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV18的同源性最低,仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性最高,达93.4%。系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内。G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗。     

整合进禽反转录病毒基因组片段的鸡马立克氏病病毒重组野毒株的发现

用对禽网状内皮组织增生病病毒(REV)的单抗从广东和广西分离到的二株马立克氏病病毒(MDV)野毒株做间接荧光抗体试验, 用MDV感染细胞的基因组DNA做斑点分子杂交及PCR显示, 这二株MDV基因组中已整合进REV的LTR序列. 根据MDV基因组上易插入REV的LTR的高频位点的序列合成7条引物, 根据REV的LTR合成4条引物, 由此交叉组成28对引物, 分别从这二个MDV野毒株扩增和克隆已整合进MDV的REV-LTR序列及其相连的MDV序列. 测序证明, 二株中的REV-LTR插入序列及在MDV基因组中短独特序列(US)上的插入位点完全相同. 表明这二个毒株很可能是一次重组事件在鸡群中形成的流行毒株.     

鸭群中REV感染的流行病学调查

[目的]了解网状内皮组织增生病病毒(REV)在鸭群中的感染状态.[方法]从山东省不同地区送检的病(死)鸭中,随机采集法氏囊、脾脏和肝脏等220份样品.细胞培养分离病毒,以提取的组织DNA为模板进行特异性斑点杂交、PCR和nest-PCR检测.从不同地区阳性样品中任选一个进行克隆测序、同源性比较和进化树分析.[结果]从35/39份法氏囊、54/84份脾脏和32/97份肝脏DNA样品中检出REV(121/220).其中法氏囊的检出率最高,显著高于肝脏、脾脏(P<0.01),但用细胞培养分离病毒、常规PCR、组织DNA直接点杂交检测时,均未检出REV.YN-1和BZ-1株env基因片段与美国分离的鸭源SNV株同源性高达99.8%,LQ-1株env基因片段与美国鸡源分离株的同源性为100%,均高于近几年中国鸡源分离株.[结论]在检测REV感染时,应加强对法氏囊的检测,但由于REV在感染鸭的组织中含量很低,应采用更为敏感的nest-PCR.同源性和进化树分析表明,我国鸭源REV很可能是在引进未经对REV检疫的种鸭时引入的.     

三株新城疫病毒强毒株的生物学特性及全基因组序列分析

2009～2011年从北方发病鸡群和鸭群中分离出3株新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）。通过致病性指数测定及交叉血凝抑制试验初步分析了3个毒株的毒力和相互之间的同源性。选取鸡源分离株SDLY01与新城疫疫苗株（LaSota）进行了交叉保护试验,选取鸭源毒株SD03对樱桃谷鸭进行攻毒实验,同时设计引物对3个毒株进行了全基因组测序,并与36株NDV参考株进行了分子进化分析。结果表明3个分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117符合强毒株的序列特征,并与致病性指数测定结果相符。交叉血凝抑制试验发现3个分离株与疫苗株LaSota 的抗原同源性较低为82.5%～89.4%,两个鸡源分离株间的抗原同源性为90%,而鸭源毒株SD03与鸡源毒株SDSG01同源性为100%。交叉保护试验和攻毒实验结果显示传统的LaSota疫苗能对SDLY01流行株提供100%免疫保护,但第5天仍检测到排毒;鸭源毒株SD03对樱桃谷鸭不致病,但能检出排毒,排毒期最长为5d。全基因组测序与分析表明3个毒株基因组长度均为15192bp,属于基因Ⅶd型毒株,与同期流行的鹅源及鸭源NDV毒株之间全基因组核苷酸序列具有高度的同源性,揭示鸭源、鹅源NDV与鸡源NDV在遗传学和流行病学上密切相关。     

2017–2019年我国南方地区高致病性H5N6亚型禽流感病毒血凝素蛋白分子特征分析

【背景】自2014年以来,H5N6禽流感病毒在我国家禽和活禽市场持续进化,成为人类和动物健康的重大威胁。【目的】对2017–2019年中国南方地区93株高致病性H5N6禽流感病毒的HA基因进行分子进化分析。【方法】接种9–11日龄鸡胚分离核酸检测阳性的H5N6标本,运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从NCBI和GISAID数据库下载参考序列,利用BLAST、MEGA6.1及Clustal X等软件进行序列分析。【结果】2017–2019年,从189份江苏省H5亚型禽类/环境标本和1名H5N6患者咽拭子标本中共分离到43株病毒,完成了33株H5N6病毒的全基因组测序。下载网上同时期中国其他地区流行的H5N6毒株序列,对总计93株H5N6病毒的HA基因进行分子进化分析。93株H5N6病毒中有78株属于Clade 2.3.4.4h,9株病毒属于Clade 2.3.4.4e,4株H5N6病毒属于Clade 2.3.4.4b,1株属于Clade 2.3.4.4f,1株属于Clade 2.3.4.4g。所有93株病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸,表明它们都属于高致病性禽流感病...     

湖南湖北两省H6亚型禽流感病毒表面基因的序列分析

2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析.14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株.序列测定和进化分析结果显示:DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显.这些数据表明:不同毒株呈现一定的地域性差异.与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性.     

分子克隆化禽网状内皮组织增生症病毒传染性及其前病毒全基因组序列研究

利用脂质体转染技术,将含有SNV株禽网状内皮组织增生症病毒 （REV）前病毒全基因组cDNA克隆质粒转染鸡胚成纤维细胞（CEF）.用对REV的单克隆抗体和抗REV env-gp90的鼠血清作间接免疫荧光反应,在原始的转染细胞及随后传代的细胞中均显示病毒特异性抗原.而且,在连续传代细胞中的阳性率明显升高.用REV特异性引物对进一步传代后的细胞基因组作PCR,也检测出REV基因组.这些结果均表明所得到的分子克隆化病毒具有传染性,因而也进一步证明所用的质粒克隆包含有具感染性的全病毒基因组.对该全基因组cDNA克隆进行酶切所获得的数个亚克隆进行测序,并将序列进行拼接,完成了REV全基因组序列.REV的这个传染性克隆将有助于进一步研究REV的分子生物学特性.     

一株鸡传染性贫血病毒野毒株致病性及其全基因组序列比较

从山东某商品代肉鸡场表现生长迟缓的14日龄病鸡群分离到一株鸡传染性贫血病毒(CAV)C14株。C14株感染1日龄SPF鸡能抑制对禽流感病毒(AIV)的抗体反应,还能与禽网状内皮增生病病毒(REV)在免疫抑制上起协同作用。用PCR方法分段扩增出C14基因组的三条部分重叠片段,分别克隆于T载体并进行测序,拼接后得到其全基因组序列。测序结果表明,CAV-C14株基因组全长2298bp,含有3个互相重叠的开放阅读框和1个调控区。将C14与国内外已发表的CAV参考株基因组比较,同源性为97.2%~99.2%。序列比较表明CAV非编码区中含有的多个与复制及转录调控相关已知基序的序列都非常保守。CAV的3个编码基因VP1、VP2和VP3均有一定程度变异,以VP1变异性最大,且不同毒株间的3个蛋白质氨基酸序列的变异是互不相关的。     

中国6株狂犬病病毒街毒株全基因组测序与分析

实验研究中对分离于中国的6株狂犬病病毒街毒株进行了全基因组测序,对基因组的5个结构基因(N、P、M、G和L)的核苷酸和推断的氨基酸序列以及非编码区序列进行了分析与比较,并与来自GenBank的40株毒株从全基因组水平进行了分子进化分析。所测6株中国狂犬病病毒街毒株的全基因组核苷酸序列长度介于11 907 nt(CQ92)和11 924 nt(SH06和gg4)之间,基因组结构相同,用全基因组和不同的结构基因构建的进化树拓扑结构相似,基因组3′和5′末端高度保守而且末端11个核苷酸互补配对,5个结构基因的保守性依次是NLMGP,核苷酸同源性的最小值依次分别是81.9%、81.7%、80.7%、78.3%和76.7%。     

猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒(porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计一对PCV-2特异性引物,用该室分离的PCV-2豫A株感染PK-15细胞,从中提取PCV-2复制型基因组DNA,并以之为模板进行PCR扩增.回收PCR产物,构建重组测序质粒T-PCV-2.测序结果表明,猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组为1767bp,与GenBank收录的PCV-2国外分离株核苷酸的同源性可高达97%.序列分析表明,复制型豫A株的基因组包含10个读码框架,其中ORF1、ORF2是其两个最主要的读码框架,分别编码314、234个氨基酸.豫A株和PCV-1间的ORF1、ORF2的氨基酸序列同源性分别为85%、66%,与其它PCV-2毒株间的ORF1氨基酸同源性均在98%以上,而ORF2的氨基酸同源性为92%～97%.     

陕西省9株乙脑病毒的分离及E基因序列分析

分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%～99.7%、氨基酸同源性范围99.2%～100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%～88.9%、氨基酸同源性范围96.3%～97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%～88.1%、氨基酸同源性范围96.7%～97.6%。分析09年（陕南地区）分离株与18年（关中地区）分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%～2.9%、氨基酸差异率为0%～0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...     

广州2006年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因特性分析

为了解2006年广州地区流行的乙型流感病毒株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的基因特性,选择病原学监测病毒株和暴发性疫情病毒株,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,通过PCR方法扩增乙型流感病毒HA和NA全长基因,将扩增的DNA片段接入T-A克隆载体进行测序,并使用DNAStar软件对测序结果进行分析。结果显示:不同来源的流感病毒株HA的同源性为99%以上,都属于Victoria系;不同来源的病毒株NA同源性为98%以上。HA和NA的种系发生树分析表明:病原学监测毒株同源性更接近,而暴发性疫情毒株的同源性则相对较为分散。所有毒株与WHO推荐的2005~2006年度疫苗株B/Shanghai/361/2002的同源性只有88.9%~89.7%,说明该年度的流感疫苗对乙型流感不能提供最佳的保护。     

SPF鸡胚中内源性白血病病毒全基因序列鉴定与分析

摘要:以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46).设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序.用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列.比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%～91.5%.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒S1株基因组序列测定和分析

应用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV上海分离株S1毒株的4条基因大片段,扩增后的产物分别克隆于pCR-XL-TOPO载体鉴定后测序,同时应用RACE方法对S1毒株的3'和5'基因末端进行了成功的扩增并克隆于pMD-18T载体进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSV S1株全基因组cDNA序列.测序结果表明PRRSV S1株基因组全长15441 bp,包含9个开放式阅读框,5'UTR含有189nt,3'端UTR含有181nt,其中包含30nt Poly (A).基因组序列分析结果显示该病毒与ATCC VR-2332和BJ-4分离株的核苷酸同源性分别99.5%和99.6%.与另一国内分离株CH-1a的核苷酸同源性为90.8%.     

猪圆环病毒2型分离毒株全基因组的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型（PCV－2）基因序列,设计两对特异性引物,用PCR方法从接种疑似PMWS仔猪病料的细胞中分段扩增2个分离毒株全基因组。将扩增片段克隆入pGEM-T easy载体,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒。对质粒中的插入片段进行测序拼接,获得2株均为1768bp的全基因组序列。应用DNA star序列分析软件,对所测PCV－2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行同源性比较,并绘制系统发生树,结果发现：所测两毒株之间的核苷酸序列同源性极高,可达99．8％,亲缘关系密切;与PCV－2参考毒株的同源性介于95．3％－99．7％之间,其中与美国的一株PCV－2同源性最高,分别为99．5％和99．7％,亲缘关系很近;与国内两分离株同源性分别为96．4％和98．8％－98．9％;与PCV－1参考毒株同源性仅为77．1％－77．5％。     

1株人乳头瘤病毒6型山东地方株的全基因组序列分析

人乳头瘤病毒6型(Human papillomavirus type 6,HPV6)是引起生殖器疣与复发性喉乳头瘤的主要病原体之一.为明确2019年济南市1例尖锐湿疣患者的病毒基因组序列特征,本研究提取其尖锐湿疣组织标本总DNA,分两段进行HPV6全基因组PCR扩增和步移法Sanger测序,将拼接后的序列与全球36条不同来源的HPV6全基因组序列进行对比分析.结果 显示,1013/19/JN/CHN/HPV6株(以下简称1013/HPV6)基因组全长8031bp,属于变异谱系B1,与全球不同地区HPV6分离株序列的同源性为98.4％～99.9％.1013/HPV6株与B1亚谱系参考株AF092932全基因组序列相比具有19个核苷酸变异位点,分布在7个开放阅读框架(Open Reading Frames,ORFs)和非编码区内.本研究首次分析了分离自中国大陆的HPV6全基因序列特征,研究结果为HPV分子进化的进一步研究和分型诊断试剂的优化提供了数据.