黑茶砖茶中两种产生“金花”的曲霉菌

"金花"是曲霉属Aspergillus真菌在黑茶后发酵过程中,在砖茶内部形成的黄色闭囊壳。从广西和湖南产的黑茶砖茶中分离获得2株"金花菌",均能在培养基上形成闭囊壳。根据分离菌株的培养特征和微观形态特征及β-微管蛋白基因(Ben A)、钙调蛋白基因(Ca M)及RNA聚合酶Ⅱ基因(RPB2)的系统发育分析,参照Hubka最新的曲霉属曲霉组Aspergillus section Aspergillus分类系统,将分离菌株分别鉴定为假灰绿曲霉A.pseudoglaucus及冠突曲霉A.cristatus。另外,通过扫描电镜对这2株"金花菌"进行了形态观察,并记录了菌株A672闭囊壳的发育过程。在广西产砖茶中分离鉴定出的"金花菌"假灰绿曲霉为国内首次报道。通过比较,将过去湖南产砖茶中广泛报道的"金花菌"冠突散囊菌修订为冠突曲霉A.cristatus。黑茶茶砖中"金花菌"的分离与鉴定对于黑茶品种的鉴别和质量评价具有重要指导意义。     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析

对烟曲霉rRNA基因内转录间区(ITS区)进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较.发现3株烟曲霉的ITSⅠ区完全相同,而其中1株烟曲霉的ITSⅡ区与一条已知相应序列仅有2个碱基的变异.提示烟曲霉rRNA基因的两个ITS区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异.     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析*

对烟曲霉rRNA基因内转录间区（ITS区）进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较。发现3株烟曲霉的ITSⅠ区完全相同,而其中1株烟曲霉的ITSⅡ区与一条已知相应序列仅有2个碱基的变异。提示烟曲霉rRNA基因的两个ITS区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异。     

日耳曼曲霉(Aspergillus germanicus)—曲霉属焦曲霉组一个我国新记录种

【目的】鉴定并报道我国一个曲霉新纪录种,即日耳曼曲霉。【方法】采用形态学性状及钙调蛋白和β-微管蛋白基因部分序列及核糖体DNA ITS1-5.8S-ITS2序列进行多相系统分类学分析。【结果】根据与日耳曼曲霉Aspergillus germanicus模式菌株CBS 123887的形态学和分子性状的比较分析,两株分离自中国山东泰山地区土壤的曲霉菌(AS3.15303和AS3.15304)被鉴定为日耳曼曲霉A.germanicus。【结论】参考我国迄今已报道的曲霉物种,确定日耳曼曲霉A.germanicus是曲霉属焦曲霉组的一个我国新记录种。     

贵州地区茯砖茶“金花菌”的分离和分子鉴定

本研究对贵州地区茯砖茶中的"金花菌"进行了分离鉴定。通过PCR扩增及测序技术获得转录间隔区序列及部分核糖体大亚基(ITS+LSU)、β-微管蛋白(β-tubulin)、钙调蛋白(Ca M)和RNA聚合酶Ⅱ(RPB2)4个基因的序列,然后构建多基因系统树,并对其形态特征进行观察,将其鉴定为冠突曲霉Aspergillus cristatus。     

赤潮棕囊藻(Phaeocystis globosa)rDNA ITS区序列变异与二级结构分析

测定了南海球形棕囊藻香港株P1、P2和湛江株ZhJ1的rDNAITS区序列(含5.8srDNA),结合Gen Bank的13条同源序列,比对长度为904bp,变异位点271个,简约信息位点221个,平均(A+T)(34.5%)<(G+C)(65.4%).藻株P1、P2和ZhJ1序列存在变异位点20个,序列间相似性为97.9%～98.5%.ITS序列在种间和种内的解析度高于18srDNA和28srDNA基因;构建的NJ树、MP树、贝叶斯推断系统树的结构是一致的,不同种类的棕囊藻单独聚类,不同地理来源的球形棕囊藻混杂分布但相同地理来源的藻株多聚类在一起.RNA二级结构显示,不同藻种间5.8srDNA区结构基本一致,表现出属的特异性;ITS1、2区结构表现较大的种间差异,表明ITS区RNA二级结构可为棕囊藻分类鉴定提供有用的分子结构信息.     

灰绿藜RNA提取方法及在cDNA文库构建中的应用

目的:为分离灰绿藜耐盐相关新基因,构建叶片cDNA文库,探索从盐生植物中提取高质量RNA的方法.方法:以灰绿藜叶片为材料,应用RNA Plant Reagent法(Tiangen)、Plant RNA purification Reagent法(Invitrogen)、UNIQ柱式总RNA试剂盒提取法(Sangon)、SDS-LiCl法、TRIZOL试剂法(Invitrogen)等进行总RNA的提取,并构建其全长cDNA文库和抑制消减文库.结果:RNAPlant-Reagent法、Plant RNA purification Reagent法和UNIQ柱式总RNA试剂盒提取法获得的RNA完整性均不好;SDS-LiCl法提取的RNA完整性好(28S条带亮度是18S的2倍、条带锐利清晰)、纯度高(A280/A260为1.89±0.03,A260/A230为2.23±0.02),适合用于直接反转录及构建全长cDNA文库,并获得成功;TRIZOL试剂法简单快捷,产率高(2724±82μg/g),完整性较好,可经mRNA纯化后用于抑制消减文库的构建并获得成功.结论:建立了用于构建高质量cDNA文库的灰绿藜RNA的制备方法.     

评价ITS、BenA和CaM序列分析在曲霉菌种鉴定方面的应用

目的评价内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白基因(BenA)和钙调蛋白基因(CaM)序列分析技术对曲霉的鉴定能力。方法对169株曲霉临床分离株分别进行ITS、BenA和CaM序列测定,并在Genbank数据库中进行比对分析以获得其菌种鉴定信息。结果 169株曲霉经ITS、BenA和CaM序列分析分别有52.7%、66.3%、97.6%菌株鉴定至种水平,47.3%、33.7%、2.4%菌株鉴定至属水平,3个序列对曲霉均不存在无法鉴定情况。结论 ITS、BenA和CaM均可用于曲霉菌种鉴定,其中以CaM的鉴定能力最强。     

一株降解DON毒素真菌的鉴定及其生理特性研究

为了对实验室已分离的1株高效降解脱氧雪腐镰刀菌烯醇毒素(DON)的真菌(NJA-1)鉴定,对该菌进行了形态学观察以及rDNA ITS区基因序列的扩增、测定。形态学观察发现该菌属于曲霉属黑色组曲霉黑曲霉集合体。进一步分别用引物对BMB-CR和ITS2及ITS1和ITS4扩增rDNA的ITSⅠ-5.8S rDNA-ITSⅡ,得到总长为738 bp的基因序列,与GENBank中已有的基因序列比对和亲缘关系比较分析发现该菌rDNA ITS区基因序列与塔宾曲霉的同源性为100%,最终确定NJA-1为1株塔宾曲霉。菌株NJA-1 rDNA ITS区基因序列收录入GENBank,登陆号为EF178271。还对NJA-1的生长特性、炭源和氮源的利用、适宜生长的培养基pH等生理特性进行了测定,为该菌的大量培养提供数据基础。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析*

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P.medicaginis(菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P.sojae、P.medicaginis、P.megasperma和P．trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P.sojae,L41380可能属于是P.trifolii,P.megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

无绿藻PCR ITS1-ITS2基因分型法的建立及应用

目的建立无绿藻(Prototheca)PCR ITS1-ITS2基因鉴定分型方法,并通过系统发育树以研究各型别无绿藻菌株间的亲缘关系。方法抽提5株无绿藻临床分离菌株的DNA,通过特异性引物扩增ITS1及ITS2区后,根据该区域核苷酸片段的差异进行基因分型,借助MEGA6.0软件建立系统发育树,并通过SSU rDNA测序加以验证。结果 5株菌株中,1株鉴定为P.zopfii hydrocarbonea,2株鉴定为P.wickerhamii。虽然由于数据库中缺乏P.zopfii portoricensis菌株ITS序列导致1、2号菌株不能被鉴定,但ITS区系统发育树中这两株菌仍被归为P.zopfii中独立的一簇,与SSU rDNA系统发育树相近,证明此分型方法无误。结论 PCR ITS1-ITS2基因分型法可作为一种有效基因分型方法用于鉴定和监测无绿藻感染。     

甘草药材上的污染真菌类群及其产毒素特性

对药材市场上霉变甘草样品的污染真菌进行分析,共得到4属7种真菌,包括Penicillium、Aspergillus、Fusarium、Mucor属,其中Penicillium polonicum、Aspergillus parasiticus以及P.crustosum是优势真菌。采用高效液相色谱-质谱联用技术对优势菌菌株产黄曲霉毒素及赭曲霉毒素A的特性进行检测。结果表明A.parasiticus主要产生黄曲霉毒素(AFG2、AFG1、AFB2、AFB1)和赭曲霉毒素A(OTA);而Penicillium polonicum主要产生赭曲霉毒素A(OTA)。     

耐受高浓度甲醛真菌的筛选及鉴定

生活环境中的甲醛污染对人体健康存在着严重威胁,利用微生物分解甲醛的相关研究备受关注。通过筛选,获得10株耐受甲醛真菌,其耐受的甲醛质量浓度为1.2～1.9 g/L。通过形态鉴定,10株真菌分别隶属于曲霉属Penicillium和青霉属Aspergillus。扩增耐受能力最强的4株真菌的ITS和β-tubulin部分序列,构建系统发育树,确定3株青霉(HFTS2、HFTS8和HFTS10)同属于产红青霉P. rubens,1株曲霉(HFTS5)为众多曲霉A. creber。本研究首次发现产红青霉和众多曲霉具有高浓度甲醛耐受性,为进一步探索真菌甲醛代谢和研发工程真菌奠定基础。     

可污染食品及饲料的产黄曲霉毒素真菌的多重PCR检测

根据黄曲霉毒素生化途径中的关键调控基因aflR、omt-1和ver-1的序列以及真菌共有的5.8S rDNA的ITS序列分别设计ApaF/ApaR、OmtF/OmtR、VerF/VerR及ITS1/ITS4四对引物,研究建立产黄曲霉毒素真菌及其潜在饲料或食品污染的多重PCR快速灵敏检测体系。PCR扩增的4个DNA片段中,1032bp、797bp和600bp与基因库中对应基因或DNA序列的同源性达99%以上,仅452bp片段与对应基因ver-1的同源性为98%。通过优化主要影响因子,建立了快速检测产黄曲霉毒素真菌的单管多重PCR反应体系,并用于6种曲霉和1种青霉DNA样品的检测。结果显示,上述4个片段均平行地清晰出现在2株黄曲霉Aspergillus flavus和1株寄生曲霉A.parasiticus的DNA样品中,而其余菌种只检测到ITS片段,说明检测特异性很好。灵敏性分析表明,多重PCR检测的保守灵敏度为1ng/μL样品DNA,所有目标片段的条带均很清晰;即使DNA浓度降至0.1ng/μL,除aflR之外的所有条带也可分辨。     

大肠埃希菌氨基糖苷类耐药株 Aac(3) Ⅱ 基因保守区分析

常规方法分离鉴定47株大肠埃希菌,以标准纸片扩散法(K B法)对其进行常用氨基糖苷类药物敏感性测定,耐药株经PCR检测aac(3) Ⅱ基因保守区,扩增产物进行DNA测序分析。初步探讨大肠埃希菌氨基糖苷类抗生素耐药株与aac(3) Ⅱ基因保守区之间的关系,结果显示本地区大肠埃希菌氨基糖苷类抗生素耐药株的aac(3) Ⅱ基因保守区具65位G、84位T和65位A、84位C两种基因型,且高度耐药菌株皆为65位G、84位T基因型。Abstract:According to standard K B method,bacteriostatic tests were performed to screen out aminoglycoside resistance bacteria from 47 strains of isolated E.coli.To analyze correlations between the degree of E.coli aminoglycoside resistance and aac(3) Ⅱgene conserved region,PCR amplified aac(3) Ⅱgene conserved regions and were analyzed by DNA sequencing.The results showed that there were two species of aac(3) Ⅱgene type including 65G and 84T or 65A and 84C in the samples.Strains with high activity of modifying enzyme to gentamicin all were 65G and 84T aac(3) Ⅱgene type.     

丙型肝炎病毒NS5A蛋白的生物学调节作用

丙型肝炎病毒(HCV)是一种正链RNA病毒,基因的编码产物包括10余种结构和非结构蛋白等.NS5A是HCV编码的一种非结构蛋白,在酪蛋白激酶Ⅱ(CK Ⅱ)的催化作用下发生磷酸化修饰.在某些情况下,HCV NS5A的变异与干扰素(IFN)治疗的敏感性有关.NS5A与双链RNA蛋白激酶(PKR)之间的结合不仅与IFN的敏感性有关,而且与感染HCV的细胞发生恶性转化的过程有关.与正常细胞恶性转化有关的机制,还包括NS5A对生长因子受体结合蛋白(Grb2)?接头蛋白、细胞周期及细胞增殖的调节等环节.     

陕西省野生拟黑虫草的多基因分子生物学鉴定

虫草是中国重要的生物资源,为明确从陕西省旬邑县石门山林区采集到的1种野生虫草种类及其虫生真菌(虫草菌DY6F)的分类地位,研究在利用PCR技术对该虫草子实体的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacer, ITS)、延伸因子1α(elongation factor 1α,EF-1α)和RNA聚合酶Ⅱ大亚基(RNA polymeraseⅡlarge subunit, RPB1)的基因片段进行扩增与测序的基础上,分别基于这3个基因片段构建单基因系统进化树,并基于EF-1α和RPB1 2个基因联合序列构建多基因系统进化树。结果显示,该虫草子实体的这些基因序列与线虫草属拟黑虫草菌(Ophiocordyceps nigrella)的相应基因序列相似度为99%～100%,且在进化树上,二者聚于同一分支,支持率均为100%。因此,虫草菌DY6F被鉴定为拟黑虫草菌,该虫草为拟黑虫草。